share/top/gromos54a7.ff/dppc.itp

   1 ; Parameters for DPPC (1,2-dipalmitoyl-sn-glycero-3-phosphocholine)
   2 ; To be used in conjunction with the GROMOS 54a7 forcefield files.
   3 ; Please cite the following references when using this topology:
   4 ; Poger D, van Gunsteren WF & Mark AE (2010) J. Comput. Chem. 31(6), 1117-1125
   5 ; Poger D & Mark AE (2010) J. Chem. Theory Comput. 6(1), 325-336
   6
   7 [ moleculetype ]
   8 ; Name   nrexcl
   9 DPPC     3
  10
  11 [ atoms ]
  12 ;  nr  type  resnr  resid  atom  cgnr  charge    mass    total_charge
  13     1  CH3p    1    DPPC    CN1    1    0.400  15.0350
  14     2  CH3p    1    DPPC    CN2    1    0.400  15.0350
  15     3  CH3p    1    DPPC    CN3    1    0.400  15.0350
  16     4    NL    1    DPPC    NTM    1   -0.500  14.0067
  17     5   CH2    1    DPPC     CA    1    0.300  14.0270      ;  1.000
  18     6   CH2    1    DPPC     CB    2    0.400  14.0270
  19     7    OA    1    DPPC     OA    2   -0.800  15.9994
  20     8     P    1    DPPC      P    2    1.700  30.9738
  21     9    OM    1    DPPC     OB    2   -0.800  15.9994
  22    10    OM    1    DPPC     OC    2   -0.800  15.9994
  23    11    OA    1    DPPC     OD    2   -0.700  15.9994      ; -1.000
  24    12   CH2    1    DPPC     CC    3    0.400  14.0270
  25    13   CH1    1    DPPC     CD    3    0.300  13.0190
  26    14    OE    1    DPPC     OE    3   -0.700  15.9994
  27    15     C    1    DPPC    C1A    3    0.700  12.0110
  28    16     O    1    DPPC     OF    3   -0.700  15.9994      ;  0.000
  29    17   CH2    1    DPPC    C1B    4    0.000  14.0270      ;  0.000
  30    18   CH2    1    DPPC    C1C    5    0.000  14.0270      ;  0.000
  31    19   CH2    1    DPPC    C1D    6    0.000  14.0270      ;  0.000
  32    20   CH2    1    DPPC    C1E    7    0.000  14.0270      ;  0.000
  33    21   CH2    1    DPPC    C1F    8    0.000  14.0270      ;  0.000
  34    22   CH2    1    DPPC    C1G    9    0.000  14.0270      ;  0.000
  35    23   CH2    1    DPPC    C1H   10    0.000  14.0270      ;  0.000
  36    24   CH2    1    DPPC    C1I   11    0.000  14.0270      ;  0.000
  37    25   CH2    1    DPPC    C1J   12    0.000  14.0270      ;  0.000
  38    26   CH2    1    DPPC    C1K   13    0.000  14.0270      ;  0.000
  39    27   CH2    1    DPPC    C1L   14    0.000  14.0270      ;  0.000
  40    28   CH2    1    DPPC    C1M   15    0.000  14.0270      ;  0.000
  41    29   CH2    1    DPPC    C1N   16    0.000  14.0270      ;  0.000
  42    30   CH2    1    DPPC    C1O   17    0.000  14.0270      ;  0.000
  43    31   CH3    1    DPPC    C1P   18    0.000  15.0350      ;  0.000
  44    32   CH2    1    DPPC     CE   19    0.500  14.0270
  45    33    OE    1    DPPC     OG   19   -0.700  15.9994
  46    34     C    1    DPPC    C2A   19    0.800  12.0110
  47    35     O    1    DPPC     OH   19   -0.600  15.9994      ;  0.000
  48    36   CH2    1    DPPC    C2B   20    0.000  14.0270      ;  0.000
  49    37   CH2    1    DPPC    C2C   21    0.000  14.0270      ;  0.000
  50    38   CH2    1    DPPC    C2D   22    0.000  14.0270      ;  0.000
  51    39   CH2    1    DPPC    C2E   23    0.000  14.0270      ;  0.000
  52    40   CH2    1    DPPC    C2F   24    0.000  14.0270      ;  0.000
  53    41   CH2    1    DPPC    C2G   25    0.000  14.0270      ;  0.000
  54    42   CH2    1    DPPC    C2H   26    0.000  14.0270      ;  0.000
  55    43   CH2    1    DPPC    C2I   27    0.000  14.0270      ;  0.000
  56    44   CH2    1    DPPC    C2J   28    0.000  14.0270      ;  0.000
  57    45   CH2    1    DPPC    C2K   29    0.000  14.0270      ;  0.000
  58    46   CH2    1    DPPC    C2L   30    0.000  14.0270      ;  0.000
  59    47   CH2    1    DPPC    C2M   31    0.000  14.0270      ;  0.000
  60    48   CH2    1    DPPC    C2N   32    0.000  14.0270      ;  0.000
  61    49   CH2    1    DPPC    C2O   33    0.000  14.0270      ;  0.000
  62    50   CH3    1    DPPC    C2P   34    0.000  15.0350      ;  0.000
  63 ; total charge of the molecule:   0.000
  64
  65 [ bonds ]
  66 ;  ai   aj  funct   c0         c1
  67     1    4    2   gb_21
  68     2    4    2   gb_21
  69     3    4    2   gb_21
  70     4    5    2   gb_21
  71     5    6    2   gb_27
  72     6    7    2   gb_18
  73     7    8    2   gb_28
  74     8    9    2   gb_24
  75     8   10    2   gb_24
  76     8   11    2   gb_28
  77    11   12    2   gb_18
  78    12   13    2   gb_27
  79    13   14    2   gb_18
  80    13   32    2   gb_27
  81    14   15    2   gb_10
  82    15   16    2   gb_5
  83    15   17    2   gb_23
  84    17   18    2   gb_27
  85    18   19    2   gb_27
  86    19   20    2   gb_27
  87    20   21    2   gb_27
  88    21   22    2   gb_27
  89    22   23    2   gb_27
  90    23   24    2   gb_27
  91    24   25    2   gb_27
  92    25   26    2   gb_27
  93    26   27    2   gb_27
  94    27   28    2   gb_27
  95    28   29    2   gb_27
  96    29   30    2   gb_27
  97    30   31    2   gb_27
  98    32   33    2   gb_18
  99    33   34    2   gb_10
 100    34   35    2   gb_5
 101    34   36    2   gb_23
 102    36   37    2   gb_27
 103    37   38    2   gb_27
 104    38   39    2   gb_27
 105    39   40    2   gb_27
 106    40   41    2   gb_27
 107    41   42    2   gb_27
 108    42   43    2   gb_27
 109    43   44    2   gb_27
 110    44   45    2   gb_27
 111    45   46    2   gb_27
 112    46   47    2   gb_27
 113    47   48    2   gb_27
 114    48   49    2   gb_27
 115    49   50    2   gb_27
 116
 117 [ pairs ]
 118 ;  ai   aj  funct  ;  all 1-4 pairs but the ones excluded in GROMOS itp
 119     1    6    1
 120     2    6    1
 121     3    6    1
 122     4    7    1
 123     5    8    1
 124     6    9    1
 125     6   10    1
 126     6   11    1
 127     7   12    1
 128     8   13    1
 129     9   12    1
 130    10   12    1
 131    11   14    1
 132    11   32    1
 133    12   15    1
 134    12   33    1
 135    13   16    1
 136    13   17    1
 137    13   34    1
 138    14   18    1
 139    14   33    1
 140    15   19    1
 141    15   32    1
 142    16   18    1
 143    17   20    1
 144    18   21    1
 145    19   22    1
 146    20   23    1
 147    21   24    1
 148    22   25    1
 149    23   26    1
 150    24   27    1
 151    25   28    1
 152    26   29    1
 153    27   30    1
 154    28   31    1
 155    32   35    1
 156    32   36    1
 157    33   37    1
 158    34   38    1
 159    35   37    1
 160    36   39    1
 161    37   40    1
 162    38   41    1
 163    39   42    1
 164    40   43    1
 165    41   44    1
 166    42   45    1
 167    43   46    1
 168    44   47    1
 169    45   48    1
 170    46   49    1
 171    47   50    1
 172
 173 [ angles ]
 174 ;  ai   aj   ak  funct   angle     fc
 175     1    4    2    2    ga_13
 176     1    4    3    2    ga_13
 177     1    4    5    2    ga_13
 178     2    4    3    2    ga_13
 179     2    4    5    2    ga_13
 180     3    4    5    2    ga_13
 181     4    5    6    2    ga_15
 182     5    6    7    2    ga_15
 183     6    7    8    2    ga_26
 184     7    8    9    2    ga_14
 185     7    8   10    2    ga_14
 186     7    8   11    2    ga_5
 187     8   11   12    2    ga_26
 188     9    8   10    2    ga_29
 189     9    8   11    2    ga_14
 190    10    8   11    2    ga_14
 191    11   12   13    2    ga_15
 192    12   13   14    2    ga_13
 193    12   13   32    2    ga_13
 194    13   14   15    2    ga_22
 195    13   32   33    2    ga_15
 196    14   13   32    2    ga_13
 197    14   15   16    2    ga_31
 198    14   15   17    2    ga_16
 199    15   17   18    2    ga_15
 200    16   15   17    2    ga_35
 201    17   18   19    2    ga_15
 202    18   19   20    2    ga_15
 203    19   20   21    2    ga_15
 204    20   21   22    2    ga_15
 205    21   22   23    2    ga_15
 206    22   23   24    2    ga_15
 207    23   24   25    2    ga_15
 208    24   25   26    2    ga_15
 209    25   26   27    2    ga_15
 210    26   27   28    2    ga_15
 211    27   28   29    2    ga_15
 212    28   29   30    2    ga_15
 213    29   30   31    2    ga_15
 214    32   33   34    2    ga_22
 215    33   34   35    2    ga_31
 216    33   34   36    2    ga_16
 217    34   36   37    2    ga_15
 218    35   34   36    2    ga_35
 219    36   37   38    2    ga_15
 220    37   38   39    2    ga_15
 221    38   39   40    2    ga_15
 222    39   40   41    2    ga_15
 223    40   41   42    2    ga_15
 224    41   42   43    2    ga_15
 225    42   43   44    2    ga_15
 226    43   44   45    2    ga_15
 227    44   45   46    2    ga_15
 228    45   46   47    2    ga_15
 229    46   47   48    2    ga_15
 230    47   48   49    2    ga_15
 231    48   49   50    2    ga_15
 232
 233 [ dihedrals ]
 234 ; GROMOS improper dihedrals
 235 ;  ai   aj   ak   al  funct   angle     fc
 236    13   14   32   12    2     gi_2 ; asymmetric atom CD
 237    15   14   16   17    2     gi_1 ; planarity of sn-2 carbonyl
 238    34   33   35   36    2     gi_1 ; planarity of sn-1 carbonyl
 239
 240 [ dihedrals ]
 241 ;  ai   aj   ak   al  funct    ph0      cp     mult
 242     1    4    5    6    1      gd_29
 243     4    5    6    7    1      gd_4
 244     4    5    6    7    1      gd_36
 245     5    6    7    8    1      gd_29
 246     6    7    8   11    1      gd_20
 247     6    7    8   11    1      gd_27
 248     7    8   11   12    1      gd_20
 249     7    8   11   12    1      gd_27
 250     8   11   12   13    1      gd_29
 251    11   12   13   32    1      gd_34
 252    12   13   14   15    1      gd_29
 253    12   13   32   33    1      gd_34
 254    13   14   15   17    1      gd_13
 255    13   32   33   34    1      gd_29
 256    14   15   17   18    1      gd_40
 257    15   17   18   19    1      gd_34
 258    17   18   19   20    1      gd_34
 259    18   19   20   21    1      gd_34
 260    19   20   21   22    1      gd_34
 261    20   21   22   23    1      gd_34
 262    21   22   23   24    1      gd_34
 263    22   23   24   25    1      gd_34
 264    23   24   25   26    1      gd_34
 265    24   25   26   27    1      gd_34
 266    25   26   27   28    1      gd_34
 267    26   27   28   29    1      gd_34
 268    27   28   29   30    1      gd_34
 269    28   29   30   31    1      gd_34
 270    32   33   34   36    1      gd_13
 271    33   34   36   37    1      gd_40
 272    34   36   37   38    1      gd_34
 273    36   37   38   39    1      gd_34
 274    37   38   39   40    1      gd_34
 275    38   39   40   41    1      gd_34
 276    39   40   41   42    1      gd_34
 277    40   41   42   43    1      gd_34
 278    41   42   43   44    1      gd_34
 279    42   43   44   45    1      gd_34
 280    43   44   45   46    1      gd_34
 281    44   45   46   47    1      gd_34
 282    45   46   47   48    1      gd_34
 283    46   47   48   49    1      gd_34
 284    47   48   49   50    1      gd_34