share/top/gromos54a7.ff/aminoacids.vsd

   1 ; no CH3 groups - Gromos96 is a united atom forcefield
   2 [ NH3 ]
   3    NL        C    MNH3
   4    NL      CH1    MNH3
   5    NL      CH2    MNH3
   6 [ NH2 ]
   7    NT      planar
   8    NZ      planar
   9    NL        C    MNH3
  10    NL      CH1    MNH3
  11    NL      CH2    MNH3
  12
  13 ; Data for generating dummy aromatic rings.
  14 ; Actually we dont need all these bonds and angles,
  15 ; but by specifying them here it is easier to improve
  16 ; the dummy generation code later.
  17 [ PHE ]
  18   CG    CD1             0.139
  19   CG    CD2             0.139
  20   CD1   CE1             0.139
  21   CD2   CE2             0.139
  22   CE1   CZ              0.139
  23   CE2   CZ              0.139
  24   CD1   HD1             0.109
  25   CD2   HD2             0.109
  26   CE1   HE1             0.109
  27   CE2   HE2             0.109
  28   CZ    HZ              0.109
  29   CG    CD1   CE1       120.0
  30   CD1   CE1   CZ        120.0
  31   CE1   CZ    CE2       120.0
  32   CZ    CE2   CD2       120.0
  33   CE2   CD2   CG        120.0
  34   CD2   CG    CD1       120.0
  35   CG    CD1   HD1       120.0
  36   CG    CD2   HD2       120.0
  37   HD1   CD1   CE1       120.0
  38   CD1   CE1   HE1       120.0
  39   HE1   CE1   CZ        120.0
  40   CE1   CZ    HZ        120.0
  41   HZ    CZ    CE2       120.0
  42   CZ    CE2   HE2       120.0
  43   HE2   CE2   CD2       120.0
  44   HD2   CD2   CG        120.0
  45
  46 [ TYR ]
  47   CG    CD1             0.139
  48   CG    CD2             0.139
  49   CD1   CE1             0.139
  50   CD2   CE2             0.139
  51   CE1   CZ              0.139
  52   CE2   CZ              0.139
  53   CD1   HD1             0.109
  54   CD2   HD2             0.109
  55   CE1   HE1             0.109
  56   CE2   HE2             0.109
  57   CZ    OH              0.136
  58   OH    HH              0.100
  59   CG    CD1   CE1       120.0
  60   CD1   CE1   CZ        120.0
  61   CE1   CZ    CE2       120.0
  62   CZ    CE2   CD2       120.0
  63   CE2   CD2   CG        120.0
  64   CD2   CG    CD1       120.0
  65   CG    CD1   HD1       120.0
  66   CG    CD2   HD2       120.0
  67   HD1   CD1   CE1       120.0
  68   CD1   CE1   HE1       120.0
  69   HE1   CE1   CZ        120.0
  70   CE1   CZ    OH        120.0
  71   CZ    OH    HH        109.5
  72   OH    CZ    CE2       120.0
  73   CZ    CE2   HE2       120.0
  74   HE2   CE2   CD2       120.0
  75   HD2   CD2   CG        120.0
  76
  77 [ TRP ]
  78   CB    CG              0.153
  79   CG    CD1             0.133
  80   CD1   NE1             0.133
  81   NE1   CE2             0.133
  82   CE2   CD2             0.139
  83   CD2   CG              0.139
  84   CE2   CZ2             0.139
  85   CZ2   CH2             0.139
  86   CH2   CZ3             0.139
  87   CZ3   CE3             0.139
  88   CE3   CD2             0.139
  89   CD1   HD1             0.109
  90   NE1   HE1             0.100
  91   CE3   HE3             0.109
  92   CZ2   HZ2             0.109
  93   CZ3   HZ3             0.109
  94   CH2   HH2             0.109
  95   CB    CG    CD1       126.0
  96   CB    CG    CD2       126.0
  97   CG    CD1   NE1       108.0
  98   CD1   NE1   CE2       108.0
  99   NE1   CE2   CD2       108.0
 100   CE2   CD2   CG        108.0
 101   CD2   CG    CD1       108.0
 102   NE1   CE2   CZ2       132.0
 103   CE2   CD2   CE3       120.0
 104   CD2   CE2   CZ2       120.0
 105   CE2   CZ2   CH2       120.0
 106   CZ2   CH2   CZ3       120.0
 107   CH2   CZ3   CE3       120.0
 108   CZ3   CE3   CD2       120.0
 109   CE3   CD2   CG        132.0
 110   CG    CD1   HD1       126.0
 111   HD1   CD1   NE1       126.0
 112   CD1   NE1   HE1       126.0
 113   HE1   NE1   CE2       126.0
 114   CZ3   CE3   HE3       120.0
 115   HE3   CE3   CD2       120.0
 116   CE2   CZ2   HZ2       120.0
 117   HZ2   CZ2   CH2       120.0
 118   CH2   CZ3   HZ3       120.0
 119   HZ3   CZ3   CE3       120.0
 120   CZ2   CH2   HH2       120.0
 121   HH2   CH2   CZ3       120.0
 122
 123 [ HISA ]
 124   CG    ND1             0.133
 125   ND1   CE1             0.133
 126   CE1   NE2             0.133
 127   NE2   CD2             0.133
 128   CD2   CG              0.133
 129   ND1   HD1             0.100
 130   CG    ND1   CE1       108.0
 131   ND1   CE1   NE2       108.0
 132   CE1   NE2   CD2       108.0
 133   NE2   CD2   CG        108.0
 134   CD2   CG    ND1       108.0
 135   CG    ND1   HD1       126.0
 136   HD1   ND1   CE1       126.0
 137
 138 [ HISB ]
 139   CG    ND1             0.133
 140   ND1   CE1             0.133
 141   CE1   NE2             0.133
 142   NE2   CD2             0.133
 143   CD2   CG              0.133
 144   NE2   HE2             0.100
 145   CG    ND1   CE1       108.0
 146   ND1   CE1   NE2       108.0
 147   CE1   NE2   CD2       108.0
 148   NE2   CD2   CG        108.0
 149   CD2   CG    ND1       108.0
 150   CE1   NE2   HE2       126.0
 151   HE2   NE2   CD2       126.0
 152
 153 [ HISH ]
 154   CG    ND1             0.133
 155   ND1   CE1             0.133
 156   CE1   NE2             0.133
 157   NE2   CD2             0.133
 158   CD2   CG              0.133
 159   ND1   HD1             0.100
 160   NE2   HE2             0.100
 161   CG    ND1   CE1       108.0
 162   ND1   CE1   NE2       108.0
 163   CE1   NE2   CD2       108.0
 164   NE2   CD2   CG        108.0
 165   CD2   CG    ND1       108.0
 166   CG    ND1   HD1       126.0
 167   HD1   ND1   CE1       126.0
 168   CE1   NE2   HE2       126.0
 169   HE2   NE2   CD2       126.0