share/top/gmx2.ff/tip4p.itp

   1 ;
   2 ; Note the strange order of atoms to make it faster in gromacs.
   3 ;
   4 [ moleculetype ]
   5 ; molname       nrexcl
   6 SOL             2
   7
   8 [ atoms ]
   9 ; id    at type res nr  residu name     at name cg nr   charge
  10 1       OWT4            1       SOL      OW     1       0.0
  11 2       H               1       SOL     HW1     1       0.52
  12 3       H               1       SOL     HW2     1       0.52
  13 4       IW              1       SOL      MW     1      -1.04
  14
  15 #ifndef FLEXIBLE
  16 [ settles ]
  17 ; OW    funct   doh        dhh
  18 1       1       0.09572    0.15139
  19 #else
  20 [ bonds ]
  21 ; i     j       funct   length  force.c.
  22 1       2       1       0.09572 502416.0 0.09572        502416.0
  23 1       3       1       0.09572 502416.0 0.09572        502416.0
  24
  25 [ angles ]
  26 ; i     j       k       funct   angle   force.c.
  27 2       1       3       1       104.52  628.02  104.52  628.02
  28 #endif
  29
  30 [ exclusions ]
  31 1       2       3       4
  32 2       1       3       4
  33 3       1       2       4
  34 4       1       2       3
  35
  36 ; The position of the virtual site is computed as follows:
  37 ;
  38 ;               O
  39 ;
  40 ;               D
  41 ;
  42 ;       H               H
  43 ;
  44 ; const = distance (OD) / [ cos (angle(DOH))    * distance (OH) ]
  45 ;         0.015 nm      / [ cos (52.26 deg)     * 0.09572 nm    ]
  46
  47 ; Vsite pos x4 = x1 + a*(x2-x1) + b*(x3-x1)
  48
  49 [ virtual_sites3 ]
  50 ; Vsite from                    funct   a               b
  51 4       1       2       3       1       0.128012065     0.128012065
  52