share/top/gmx2.ff/ffbonded.itp

   1 [ bondtypes ]
   2   ; i    j func        b0          kb
   3     C    O    1   0.12300     502080.
   4     C   OM    1   0.12500     418400.
   5     C   OA    1   0.13600     376560.
   6     C    N    1   0.13300     418400.
   7     C   NT    1   0.13300     376560.
   8     C   NL    1   0.13300     376560.
   9    C1   OA    1   0.14300     334720.
  10    C1    N    1   0.14700     376560.
  11    C1   NT    1   0.14700     376560.
  12    C1   NL    1   0.14700     376560.
  13    C1    C    1   0.15300     334720.
  14    C1   C1    1   0.15300     334720.
  15    C2   OM    1   0.14300     376560.
  16    C2   OA    1   0.14300     334720.
  17    C2    N    1   0.14700     376560.
  18    C2   NT    1   0.14700     376560.
  19    C2   NL    1   0.14700     376560.
  20    C2    C    1   0.15300     334720.
  21    C2   C1    1   0.15300     334720.
  22    C2   C2    1   0.15300     334720.
  23    C3    N    1   0.14700     376560.
  24    C3    C    1   0.15300     334720.
  25    C3   C1    1   0.15300     334720.
  26    C3   C2    1   0.15300     334720.
  27  CR51  NR5    1   0.13300     418400.
  28  CR51 NR5*    1   0.13300     418400.
  29  CR61   C2    1   0.13900     418400.
  30  CR61 CR61    1   0.13900     418400.
  31    CB    O    1   0.12300     502080.
  32    CB   OA    1   0.13600     376560.
  33    CB   NT    1   0.13300     376560.
  34    CB  NR5    1   0.13300     418400.
  35    CB NR5*    1   0.13300     418400.
  36    CB   NP    1   0.13800     418400.
  37    CB    C    1   0.15300     334720.
  38    CB   C2    1   0.15300     334720.
  39    CB   C3    1   0.15300     334720.
  40    CB CR51    1   0.13300     418400.
  41    CB CR61    1   0.13900     418400.
  42    CB   CB    1   0.13900     418400.
  43     H    N    1   0.10000     374468.
  44     H   NT    1   0.10000     374468.
  45     H   NL    1   0.10000     374468.
  46     H NR5*    1   0.10000     374468.
  47    HO   OA    1   0.10000     313800.
  48    HW   OW    1   0.10000     418400.
  49     S    O    1   0.15000     376560.
  50     S   C2    1   0.18300     376560.
  51     S   C3    1   0.17800     376560.
  52     S   HS    1   0.13300     313800.
  53     S    S    1   0.20400     418400.
  54    FE  NR5    1   0.19800     418400.
  55    FE   NP    1   0.20900     418400.
  56    NZ    C    1   0.13400     376560.
  57    NZ    H    1   0.10000     374468.
  58    NE    C    1   0.13400     376560.
  59    NE   C2    1   0.14700     376560.
  60    NE    H    1   0.10000     374468.
  61     P   OM    1   0.14800     376560.
  62     P   OA    1   0.16100     251040.
  63    OS   C2    1   0.14300     251040.
  64    OS    P    1   0.16100     251040.
  65   CS1   OA    1   0.14300     251040.
  66   CS1 NR5*    1   0.14800     251040.
  67   CS1   C2    1   0.15300     251040.
  68   CS1   OS    1   0.14350     251040.
  69   CS1  CS1    1   0.15200     251040.
  70   NR6 CR61    1   0.13200     418400.
  71   NR6   CB    1   0.13400     418400.
  72  NR6*   C2    1   0.14800     334720.
  73  NR6*   C3    1   0.14800     334720.
  74  NR6* CR61    1   0.14000     334720.
  75  NR6*   CB    1   0.14000     334720.
  76  NR6*    H    1   0.10000     374468.
  77  NR6*  CS1    1   0.14800     334720.
  78   CS2   OA    1   0.14300     251040.
  79   CS2 CR61    1   0.13900     334720.
  80   CS2   CB    1   0.13900     334720.
  81   CS2   OS    1   0.14350     251040.
  82   CS2  CS1    1   0.15200     251040.
  83   CS2 NR6*    1   0.14000     334720.
  84    SI   C1    1   0.18700     251040.
  85    SI   OS    1   0.16300     251040.
  86     F    C    1   0.13600     418400.
  87   CR5  HCR    1   0.10800     292880.
  88   CR6  HCR    1   0.10800     292880.
  89    CB  CR6    1   0.13900     418400.
  90  CR51 CR51    1   0.13300     418400.
  91   NR6   C2    1   0.13400     418400.
  92 ; NR6*   C2    1   0.13400     418400.
  93  NR6*  CR5    1   0.13400     418400.
  94    CB  CR5    1   0.13900     418400.
  95   CR5  NR5    1   0.13300     418400.
  96   CR5 NR5*    1   0.13300     418400.
  97   CR6   C2    1   0.13900     418400.
  98   CR6  CR6    1   0.13900     418400.
  99   CP2  CP2    1   0.15300     334720.
 100   CP3  CP2    1   0.15300     334720.
 101     C  CP2    1   0.15300     334720.
 102    OS    C    1   0.14350     251040.
 103    C1   OS    1   0.14350     251040.
 104 ; Added by RMS & EAB, Oct 95
 105   CR5   HC    1   0.10900     292880.
 106    C1   HC    1   0.10900     292880.
 107    C2   HC    1   0.10900     292880.
 108    C3   HC    1   0.10900     292880.
 109
 110 ; get the constraint distances
 111 #include "ff_dum.itp"
 112
 113 [ constrainttypes ]
 114 ; now the constraints for the rigid NH3 groups
 115  MNH3    C    2   DC_MNC1
 116  MNH3   C1    2   DC_MNC2
 117  MNH3   C2    2   DC_MNC2
 118  MNH3 MNH3    2   DC_MNMN
 119 ; now the constraints for the rigid CH3 groups
 120  MCH3    N    2   DC_MCN
 121  MCH3    S    2   DC_MCS
 122  MCH3    C    2   DC_MCC
 123  MCH3   CB    2   DC_MCC
 124  MCH3   C1    2   DC_MCC
 125  MCH3   C2    2   DC_MCC
 126  MCH3 NR6*    2   DC_MCNR
 127  MCH3 MCH3    2   DC_MCMC
 128 ; and the angle-constraining bonds for OH and SH groups in proteins:
 129    C2   HS    2   DC_CS
 130    C2   HO    2   DC_CO
 131    C1   HO    2   DC_CO
 132    CB   HO    2   DC_CO
 133    C    HO    2   DC_CO
 134    P    HO    2   DC_PO
 135
 136 [ angletypes ]
 137   ; i    j    k func       tHC         cth
 138    HO   OA    C    1   109.500     397.480
 139    HO   OA   C1    1   109.500     397.480
 140    HO   OA   C2    1   109.500     397.480
 141    HO   OA   CB    1   109.500     397.480
 142     P   OA   HO    1   109.500     397.480
 143   CS1   OA   HO    1   109.500     397.480
 144   CS2   OA   HO    1   109.500     397.480
 145    HW   OW   HW    1   109.500     502.080
 146    C1    N    C    1   122.000     502.080
 147    C2    N    C    1   122.000     502.080
 148    C2    N   C1    1   116.000     502.080
 149    C3    N    C    1   117.000     502.080
 150    C3    N   C1    1   125.000     502.080
 151    C3    N   C2    1   125.000     502.080
 152     H    N    C    1   123.000     292.880
 153     H    N   C1    1   115.000     376.560
 154     H    N   C2    1   115.000     376.560
 155     H    N   C3    1   120.000     376.560
 156     H   NT    C    1   120.000     292.880
 157     H   NT   C1    1   120.000     376.560
 158     H   NT   C2    1   120.000     376.560
 159     H   NT   CB    1   120.000     292.880
 160     H   NT    H    1   120.000     334.720
 161     H   NL    C    1   109.500     376.560
 162     H   NL   C1    1   109.500     376.560
 163     H   NL   C2    1   109.500     376.560
 164     H   NL    H    1   109.500     334.720
 165  CR51  NR5 CR51    1   108.000     418.400
 166    CB  NR5 CR51    1   108.000     418.400
 167    FE  NR5 CR51    1   125.000     251.040
 168  CR51 NR5* CR51    1   108.000     418.400
 169    CB NR5* CR51    1   108.000     418.400
 170   CS1 NR5* CR51    1   126.000     418.400
 171   CS1 NR5*   CB    1   126.000     418.400
 172     H NR5* CR51    1   126.000     376.560
 173     H NR5*   CB    1   126.000     376.560
 174    CB   NP   CB    1   108.000     418.400
 175    FE   NP   CB    1   126.000     418.400
 176    OM    C   OM    1   126.000     502.080
 177    OA    C    O    1   124.000     502.080
 178     N    C    O    1   124.000     502.080
 179    NT    C    O    1   124.000     502.080
 180    NL    C    O    1   124.000     502.080
 181    C1    C    O    1   121.000     502.080
 182    C1    C   OM    1   117.000     502.080
 183    C1    C   OA    1   115.000     502.080
 184    C1    C    N    1   115.000     502.080
 185    C1    C   NT    1   115.000     502.080
 186    C2    C    O    1   121.000     502.080
 187    C2    C   OM    1   117.000     502.080
 188    C2    C   OA    1   115.000     502.080
 189    C2    C    N    1   115.000     502.080
 190    C2    C   NT    1   115.000     502.080
 191    C2    C   NL    1   115.000     502.080
 192    C3    C    O    1   121.000     502.080
 193    C3    C    N    1   115.000     502.080
 194    CB    C    O    1   121.000     502.080
 195    CB    C    N    1   115.000     502.080
 196    CB    C   NT    1   115.000     502.080
 197    NZ    C   NZ    1   120.000     502.080
 198    NE    C   NZ    1   120.000     502.080
 199     C   C1    N    1   109.500     460.240
 200     C   C1   NT    1   109.500     460.240
 201     C   C1   NL    1   109.500     460.240
 202    C1   C1   OA    1   109.500     460.240
 203    C1   C1    N    1   109.500     460.240
 204    C1   C1   NT    1   109.500     460.240
 205    C1   C1   NL    1   109.500     460.240
 206    C1   C1    C    1   109.500     460.240
 207    C1   C1   C1    1   111.000     460.240
 208    C2   C1   OA    1   109.500     460.240
 209    C2   C1    N    1   109.500     460.240
 210    C2   C1   NT    1   109.500     460.240
 211    C2   C1   NL    1   109.500     460.240
 212    C2   C1    C    1   109.500     460.240
 213    C2   C1   C1    1   111.000     460.240
 214    C2   C1   C2    1   109.500     460.240
 215    C3   C1   OA    1   111.000     460.240
 216    C3   C1    N    1   109.500     460.240
 217    C3   C1   NT    1   109.500     460.240
 218    C3   C1   NL    1   109.500     460.240
 219    C3   C1    C    1   109.500     460.240
 220    C3   C1   C1    1   111.000     460.240
 221    C3   C1   C2    1   111.000     460.240
 222    C3   C1   C3    1   111.000     460.240
 223    SI   C1   C3    1   109.500     460.240
 224     C   C2    N    1   109.500     460.240
 225     C   C2   NT    1   109.500     460.240
 226     C   C2   NL    1   109.500     460.240
 227    C1   C2   OA    1   109.500     460.240
 228    C1   C2    N    1   109.500     460.240
 229    C1   C2    C    1   111.000     460.240
 230    C1   C2   C1    1   109.500     460.240
 231    C2   C2   OM    1   109.500     460.240
 232    C2   C2   OA    1   109.500     460.240
 233    C2   C2    N    1   109.500     460.240
 234    C2   C2   NT    1   109.500     460.240
 235    C2   C2   NL    1   109.500     460.240
 236    C2   C2    C    1   111.000     460.240
 237    C2   C2   C1    1   111.000     460.240
 238    C2   C2   C2    1   111.000     460.240
 239    C3   C2   OM    1   109.500     460.240
 240    C3   C2   OA    1   111.000     460.240
 241    C3   C2   C2    1   111.000     460.240
 242    C3   C2   C1    1   111.000     460.240
 243    CB   C2   OM    1   109.500     460.240
 244    CB   C2   C1    1   111.000     460.240
 245    CB   C2   C2    1   111.000     460.240
 246     S   C2   C1    1   113.000     460.240
 247     S   C2   C2    1   113.000     460.240
 248    NE   C2   C2    1   109.500     460.240
 249    OS   C2   C1    1   111.000     460.240
 250  NR6*   C2   C1    1   111.000     460.240
 251  NR6*   C2   CB    1   109.500     460.240
 252  NR6*   C2  CS1    1   109.500     460.240
 253  NR5* CR51  NR5    1   108.000     418.400
 254  NR5* CR51 NR5*    1   108.000     418.400
 255    CB CR51  NR5    1   108.000     418.400
 256    CB CR51 NR5*    1   108.000     418.400
 257  CR61 CR61 CR61    1   120.000     418.400
 258    CB CR61   C2    1   126.000     418.400
 259    CB CR61 CR61    1   120.000     418.400
 260    CB CR61   CB    1   120.000     418.400
 261   NR6 CR61   CB    1   120.000     418.400
 262   NR6 CR61  NR6    1   120.000     418.400
 263  NR6* CR61 CR61    1   120.000     418.400
 264  NR6* CR61   CB    1   120.000     418.400
 265   CS2 CR61 CR61    1   120.000     418.400
 266    C2   CB  NR5    1   126.000     418.400
 267    C2   CB NR5*    1   126.000     418.400
 268  CR51   CB  NR5    1   108.000     418.400
 269  CR51   CB NR5*    1   108.000     418.400
 270  CR51   CB   C2    1   126.000     418.400
 271  CR61   CB   OA    1   120.000     418.400
 272  CR61   CB   NT    1   120.000     418.400
 273  CR61   CB NR5*    1   132.000     418.400
 274  CR61   CB   NP    1   126.000     418.400
 275  CR61   CB    C    1   120.000     418.400
 276  CR61   CB   C2    1   120.000     418.400
 277  CR61   CB   C3    1   120.000     418.400
 278  CR61   CB CR61    1   120.000     418.400
 279    CB   CB    O    1   120.000     418.400
 280    CB   CB   NT    1   120.000     418.400
 281    CB   CB  NR5    1   108.000     418.400
 282    CB   CB NR5*    1   108.000     418.400
 283    CB   CB   NP    1   108.000     418.400
 284    CB   CB   C2    1   126.000     418.400
 285    CB   CB   C3    1   120.000     418.400
 286    CB   CB CR51    1   108.000     418.400
 287    CB   CB CR61    1   120.000     418.400
 288    CB   CB   CB    1   120.000     418.400
 289   NR6   CB    O    1   120.000     418.400
 290   NR6   CB   NT    1   120.000     418.400
 291   NR6   CB NR5*    1   132.000     418.400
 292   NR6   CB   C2    1   120.000     418.400
 293   NR6   CB CR61    1   120.000     418.400
 294   NR6   CB   CB    1   120.000     418.400
 295   NR6   CB  NR6    1   120.000     418.400
 296  NR6*   CB    O    1   120.000     418.400
 297  NR6*   CB   NT    1   120.000     418.400
 298  NR6*   CB CR61    1   120.000     418.400
 299  NR6*   CB   CB    1   120.000     418.400
 300  NR6*   CB  NR6    1   120.000     418.400
 301  NR6*   CB NR6*    1   120.000     418.400
 302   CS2   CB    C    1   120.000     418.400
 303   CS2   CB   C2    1   120.000     418.400
 304   CS2   CB CR61    1   120.000     418.400
 305   CS2   CB  NR6    1   120.000     418.400
 306    C3    S    O    1   107.000     460.240
 307    C3    S   C2    1   100.000     460.240
 308    C3    S   C3    1    97.000     460.240
 309    HS    S   C2    1    96.000     397.480
 310     S    S   C2    1   104.000     460.240
 311    NP   FE  NR5    1   115.000      41.840
 312    NP   FE   NP    1    90.000     418.400
 313     H   NZ    C    1   120.000     292.880
 314     H   NZ    H    1   120.000     334.720
 315    C2   NE    C    1   124.000     502.080
 316     H   NE    C    1   120.000     292.880
 317     H   NE   C2    1   116.000     376.560
 318    OM    P   OM    1   120.000     585.760
 319    OA    P   OM    1   109.600     397.480
 320    OS    P   OM    1   109.600     397.480
 321    OS    P   OA    1   103.000     397.480
 322    OS    P   OS    1   103.000     397.480
 323     P   OS   C2    1   120.000     397.480
 324     P   OS    P    1   120.000     397.480
 325   CS1   OS    P    1   120.000     397.480
 326   CS1   OS  CS1    1   109.500     334.720
 327   CS2   OS    P    1   120.000     397.480
 328    SI   OS  CS1    1   120.000     397.480
 329    SI   OS  CS2    1   120.000     397.480
 330    SI   OS   SI    1   155.000     397.480
 331    OS  CS1 NR5*    1   109.500     284.512
 332   CS1  CS1   OA    1   109.500     284.512
 333   CS1  CS1 NR5*    1   109.500     284.512
 334   CS1  CS1   OS    1   109.500     284.512
 335   CS1  CS1  CS1    1   109.500     251.040
 336  NR6*  CS1   C2    1   109.500     251.040
 337  NR6*  CS1   OS    1   109.500     284.512
 338  NR6*  CS1  CS1    1   109.500     251.040
 339   CS2  CS1   OA    1   109.500     284.512
 340   CS2  CS1 NR5*    1   109.500     284.512
 341   CS2  CS1   C2    1   109.500     251.040
 342   CS2  CS1   OS    1   109.500     284.512
 343   CS2  CS1  CS1    1   109.500     251.040
 344   CS2  CS1 NR6*    1   109.500     251.040
 345    CB  NR6 CR61    1   120.000     418.400
 346    CB  NR6   CB    1   120.000     418.400
 347    C3 NR6*   C2    1   120.000     418.400
 348  CR61 NR6* CR61    1   120.000     418.400
 349    CB NR6*   C2    1   120.000     418.400
 350    CB NR6*   C3    1   120.000     418.400
 351    CB NR6* CR61    1   120.000     418.400
 352    CB NR6*   CB    1   120.000     418.400
 353     H NR6*   C2    1   120.000     376.560
 354     H NR6*   CB    1   120.000     376.560
 355   CS1 NR6* CR61    1   120.000     418.400
 356   CS1 NR6*   CB    1   120.000     418.400
 357   CS1 NR6*    H    1   120.000     376.560
 358   CS2 NR6*   CB    1   120.000     418.400
 359   CS2 NR6*    H    1   120.000     376.560
 360    CB  CS2 CR61    1   120.000     418.400
 361   CS1  CS2   OA    1   109.500     284.512
 362   CS1  CS2   OS    1   109.500     284.512
 363   CS1  CS2  CS1    1   109.500     251.040
 364  NR6*  CS2   CB    1   120.000     418.400
 365  NR6*  CS2  CS1    1   120.000     418.400
 366    C1   SI   C1    1   109.500     397.480
 367    OS   SI   C1    1   109.500     397.480
 368    OS   SI   OS    1   109.500     397.480
 369     F    C    F    1   107.600     460.240
 370    C2    C    F    1   111.400     460.240
 371     C   C2   OA    1   110.900     460.240
 372   CS1   OS   C2    1   112.900     397.480
 373    OS   C2   C2    1   107.900     460.240
 374   CR6  CR6  HCR    1   120.000     376.560
 375   CR5  CR6  HCR    1   120.000     376.560
 376    CB  CR6  HCR    1   120.000     376.560
 377    CB  CR5  HCR    1   120.000     376.560
 378  NR5*  CR5  HCR    1   120.000     376.560
 379  NR5*  CR6  HCR    1   120.000     376.560
 380    CB CR51 CR51    1   108.000     418.400
 381     H    N    H    1   109.500     334.720
 382     C   C1   OA    1   109.500     460.240
 383    NL   C1   C3    1   109.500     460.240
 384    C2    S    S    1   104.000     460.240
 385  NR5*   CB CR61    1   132.000     418.400
 386    C1   CB  NR5    1   126.000     418.400
 387 ;   CB  NR5 CR51    1   125.000     251.040
 388    CB    C NR6*    1   120.000     418.400
 389     O    C NR6*    1   120.000     418.400
 390     C NR6*    H    1   120.000     376.560
 391    CB   CB    C    1   120.000     418.400
 392   NR6   CB    C    1   120.000     418.400
 393     C NR6*    C    1   120.000     418.400
 394   NR6   CB NR6*    1   120.000     418.400
 395   NR6   CB    O    1   120.000     418.400
 396    C2   NT   C1    1   116.000     502.080
 397   CR5   CB   C2    1   126.000     418.400
 398    CB   CB  CR5    1   108.000     418.400
 399    CB  CR5 NR5*    1   108.000     418.400
 400    CB   CB  CR6    1   120.000     418.400
 401     H NR5*  CR5    1   126.000     376.560
 402    CB NR5*  CR5    1   108.000     418.400
 403   CR6   CB NR5*    1   132.000     418.400
 404    CB  CR6   C2    1   126.000     418.400
 405    CB  CR6  CR6    1   120.000     418.400
 406    CB  CR6   CB    1   120.000     418.400
 407   NR6  CR6   CB    1   120.000     418.400
 408   CR6  CR6  CR6    1   120.000     418.400
 409   CR6   CB   C2    1   120.000     418.400
 410   CR6   CB  CR6    1   120.000     418.400
 411    CB  CR6   C2    1   126.000     418.400
 412    CB  CR6  CR6    1   120.000     418.400
 413    CB  CR6   CB    1   120.000     418.400
 414   NR6  CR6   CB    1   120.000     418.400
 415   NR6  CR6  NR6    1   120.000     418.400
 416  NR6*  CR6  CR6    1   120.000     418.400
 417  NR6*  CR6   CB    1   120.000     418.400
 418   CS2  CR6  CR6    1   120.000     418.400
 419   CR6   CB   OA    1   120.000     418.400
 420   CR6   CB   NT    1   120.000     418.400
 421   CR6   CB NR5*    1   132.000     418.400
 422   CR6   CB   NP    1   126.000     418.400
 423   CR6   CB    C    1   120.000     418.400
 424   CR6   CB   C2    1   120.000     418.400
 425   CR6   CB   C3    1   120.000     418.400
 426   CR6   CB  CR6    1   120.000     418.400
 427   CP2  CP2  CP2    1   111.000     460.240
 428   CP2  CP2  CP3    1   111.000     460.240
 429     C  CP2  CP2    1   111.000     460.240
 430     O    C  CP2    1   121.000     502.080
 431    OA    C  CP2    1   115.000     502.080
 432    OS    C  CP2    1   121.000     502.080
 433 ;   C1   C2   OS    1   121.000     502.080
 434    C1   OS    C    1   119.000     397.480
 435    C2   C1   OS    1   106.000     397.480
 436    OS    C    O    1   124.000     397.480
 437    C2   OS    C    1   119.000     397.480
 438
 439 ; Added by DvdS, Oct 95
 440    NL   C1   HC    1   109.500     292.880      ; N-terminus
 441    NT   C1   HC    1   109.500     292.880      ; N-terminus
 442  NR5*   CB  CR5    1   108.000     418.400      ; HIS stuff
 443    CB  CR5   HC    1   126.000     292.880
 444  NR5*  CR5   HC    1   126.000     292.880
 445  NR5*  CR5 NR5*    1   108.000     418.400
 446   CR5  NR5* CR5    1   108.000     418.400
 447   NR5   CB  CR5    1   108.000     418.400
 448    CB  NR5  CR5    1   108.000     418.400
 449   NR5  CR5   HC    1   126.000     292.880
 450   NR5  CR5 NR5*    1   126.000     292.880
 451    CB  CR5  NR5    1   108.000     418.400
 452    HC  CR5  NR5    1   126.000     292.880
 453   CR5  NR5  CR5    1   108.000     418.400
 454
 455 ; Added by RMS & EAB, Oct 95
 456    C1   C3   HC    1   109.500     292.880
 457    C2   C3   HC    1   109.500     292.880
 458    C3   C3   HC    1   109.500     292.880
 459     S   C3   HC    1   109.500     292.880
 460    HC   C3   HC    1   109.500     292.880
 461    HC   C2   HC    1   109.500     292.880
 462    HC   C1   HC    1   109.500     292.880
 463     N   C2   HC    1   109.500     292.880
 464    NT   C2   HC    1   109.500     292.880
 465    NL   C2   HC    1   109.500     292.880
 466     C   C2   HC    1   109.500     292.880
 467    CB   C2   HC    1   109.500     292.880
 468    C1   C2   HC    1   109.500     292.880
 469    C2   C2   HC    1   109.500     292.880
 470    C3   C2   HC    1   109.500     292.880
 471     S   C2   HC    1   109.500     292.880
 472     C   C2   HC    1   109.500     292.880
 473    NE   C2   HC    1   109.500     292.880
 474    OA   C2   HC    1   109.500     292.880
 475     C   C1   HC    1   109.500     292.880
 476     N   C1   HC    1   109.500     292.880
 477    OA   C1   HC    1   109.500     292.880
 478    C1   C1   HC    1   109.500     292.880
 479    C2   C1   HC    1   109.500     292.880
 480    C3   C1   HC    1   109.500     292.880
 481     C   C1   HC    1   109.500     292.880
 482
 483 [ dihedraltypes ]
 484   ; i    l func        q0          cq
 485  NR5*  NR5    2     0.000     167.360
 486  NR5* NR5*    2     0.000     167.360
 487     C    O    2     0.000     167.360
 488     C   OM    2     0.000     167.360
 489     C   NT    2     0.000     167.360
 490    C1   OA    2    35.264     334.720
 491    C1   C1    2    35.264     334.720
 492    C2    N    2     0.000     167.360
 493    C2   NT    2     0.000     167.360
 494    C2    C    2     0.000     167.360
 495    C2   C1    2    35.264     334.720
 496    C3   C1    2    35.264     334.720
 497  CR51  NR5    2     0.000     167.360
 498  CR51 NR5*    2     0.000     167.360
 499  CR51 CR51    2     0.000     167.360
 500  CR61 CR61    2     0.000     167.360
 501    CB    O    2     0.000     167.360
 502    CB   OA    2     0.000     167.360
 503    CB   NT    2     0.000     167.360
 504    CB  NR5    2     0.000     167.360
 505    CB NR5*    2     0.000     167.360
 506    CB   NP    2     0.000     167.360
 507    CB    C    2     0.000     167.360
 508    CB   C2    2     0.000     167.360
 509    CB   C3    2     0.000     167.360
 510    CB CR51    2     0.000     167.360
 511    CB CR61    2     0.000     167.360
 512    CB   CB    2     0.000     167.360
 513     H    N    2     0.000     167.360
 514     H   NT    2     0.000     167.360
 515     H   NL    2    35.264     334.720
 516     H NR5*    2     0.000     167.360
 517    FE   NP    2     0.000     167.360
 518    NZ    C    2     0.000     167.360
 519    NE    C    2     0.000     167.360
 520    NE    H    2     0.000     167.360
 521   CS1 NR5*    2     0.000     167.360
 522   CS1   C2    2    35.264     334.720
 523   CS1   CB    2     0.000     167.360
 524   CS1  CS1    2    35.264     334.720
 525   NR6 CR61    2     0.000     167.360
 526   NR6   CB    2     0.000     167.360
 527   NR6  NR6    2     0.000     167.360
 528  NR6*   C2    2     0.000     167.360
 529  NR6*   C3    2     0.000     167.360
 530  NR6* CR61    2     0.000     167.360
 531  NR6*   CB    2     0.000     167.360
 532  NR6*    H    2     0.000     167.360
 533  NR6*  CS1    2     0.000     167.360
 534  NR6*  NR6    2     0.000     167.360
 535  NR6* NR6*    2     0.000     167.360
 536   CS2   CB    2     0.000     167.360
 537   CS2  CS1    2    35.264     334.720
 538   CS2 NR6*    2     0.000     167.360
 539    SI   C1    2    35.264     334.720
 540     C   C1    2     0.000     167.360
 541   NR6    C    2     0.000     167.360
 542     C    C    2     0.000     167.360
 543     C NR6*    2     0.000     167.360
 544   NR6   C2    2     0.000     167.360
 545   CR5  HCR    2     0.000     167.360
 546   CR6  HCR    2     0.000     167.360
 547   CR5  CR5    2     0.000     167.360
 548    CB  CR5    2     0.000     167.360
 549   NR6  CR5    2     0.000     167.360
 550  NR6*  CR5    2     0.000     167.360
 551   CR5  NR5    2     0.000     167.360
 552   CR5 NR5*    2     0.000     167.360
 553   CR5  CR5    2     0.000     167.360
 554    CB  CR5    2     0.000     167.360
 555    CB  CR6    2     0.000     167.360
 556   CR6  CR6    2     0.000     167.360
 557    OS    C    2     0.000     167.360
 558     C    O    2     0.000     167.360
 559    C1   OS    2    35.264     334.720
 560    C1   OA    2    35.264     334.720
 561 ; Added DvdS, Oct 95
 562   CR5   HC    2     0.000     167.360
 563
 564 [ dihedraltypes ]
 565   ; j    k func      phi0          cp   mult
 566     C   OA    1   180.000      16.736      2
 567     C    N    1   180.000      33.472      2
 568     C   NT    1   180.000      33.472      2
 569     C   NL    1     0.000       3.766      3
 570    C1   OA    1     0.000       1.255      3
 571    C1    N    1   180.000       0.418      6
 572    C1   NT    1     0.000       3.766      6
 573    C1   NL    1     0.000       3.766      3
 574    C1    C    1     0.000       0.418      6
 575    C1   C1    1     0.000       5.858      3
 576    C2   OA    1     0.000       1.255      3
 577    C2    N    1   180.000       0.418      6
 578    C2   NT    1     0.000       3.766      6
 579    C2   NL    1     0.000       3.766      3
 580    C2    C    1     0.000       0.418      6
 581    C2   C1    1     0.000       5.858      3
 582    C2   C2    1     0.000       5.858      3
 583    CB   OA    1   180.000       7.113      2
 584    CB   NT    1   180.000      33.472      2
 585    CB    C    1   180.000       5.858      2
 586    CB   C2    1     0.000       0.418      6
 587    CB CR61    1   180.000      41.840      2
 588     S   C2    1     0.000       2.929      3
 589     S    S    1     0.000      16.736      2
 590    FE  NR5    1     0.000       0.000      4
 591    NZ    C    1   180.000      33.472      2
 592    NE    C    1   180.000      33.472      2
 593    NE   C2    1   180.000       0.418      6
 594 ; two or three dihedral potentials are needed over some bonds,
 595 ; put the parameters in your topology manually
 596 ;    P   OA    1     0.000       1.046      3
 597 ;    P   OA    1     0.000       3.138      2
 598    OS   C2    1     0.000       3.766      3
 599 ;   OS    P    1     0.000       1.046      3
 600 ;   OS    P    1     0.000       3.138      2
 601   CS1   OA    1     0.000       1.255      3
 602   CS1 NR5*    1     0.000       0.000      2
 603   CS1   C2    1     0.000       5.858      3
 604   CS1   OS    1     0.000       3.766      3
 605 ;  CS1  CS1    1     0.000       5.858      3
 606 ;  CS1  CS1    1     0.000       0.418      2
 607 ;  CS1  CS1    1     0.000       2.092      2
 608   NR6   CB    1   180.000      33.472      2
 609  NR6*   C2    1     0.000       0.418      6
 610  NR6*   CB    1   180.000      33.472      2
 611  NR6*  CS1    1     0.000       0.000      2
 612   CS2   OA    1     0.000       1.255      3
 613   CS2   OS    1     0.000       3.766      3
 614 ;  CS2  CS1    1     0.000       5.858      3
 615 ;  CS2  CS1    1     0.000       0.418      2
 616 ;  CS2  CS1    1     0.000       2.092      2
 617    SI   C1    1     0.000       5.858      3
 618    SI   OS    1     0.000       3.766      3
 619     C  CP2    1     0.000       0.418      6
 620    C1   OS    1     0.000       3.766      3
 621     C   OS    1     0.000       3.766      3
 622   CP2  CP2    1     0.000       0.418      6
 623
 624 ; Added DvdS
 625    C1   C3    1   180.000       0.418      6
 626    C2   C3    1   180.000       0.418      6
 627     S   C3    1   180.000       0.418      6
 628
 629 [ dihedraltypes ]
 630 CP2 CP2  3   9.2789   12.156  -13.120 -3.0597 26.240 -31.495
 631  C2  C2  3   9.2789   12.156  -13.120 -3.0597 26.240 -31.495
 632