share/top/gmx2.ff/aminoacids.vsd

   1 [ CH3 ]
   2    C3        N    MCH3
   3    C3        S    MCH3
   4    C3        C    MCH3
   5    C3       CB    MCH3
   6    C3       C1    MCH3
   7    C3       C2    MCH3
   8    C3     NR6*    MCH3
   9
  10 [ NH3 ]
  11    NL        C    MNH3
  12    NL       C1    MNH3
  13    NL       C2    MNH3
  14 [ NH2 ]
  15    NT      planar
  16    NZ      planar
  17    NL        C    MNH3
  18    NL       C1    MNH3
  19    NL       C2    MNH3
  20
  21 ; Data for generating dummy aromatic rings.
  22 ; Actually we dont need all these bonds and angles,
  23 ; but by specifying them here it is easier to improve
  24 ; the dummy generation code later.
  25 [ PHE ]
  26   CG    CD1             0.139
  27   CG    CD2             0.139
  28   CD1   CE1             0.139
  29   CD2   CE2             0.139
  30   CE1   CZ              0.139
  31   CE2   CZ              0.139
  32   CD1   HD1             0.108
  33   CD2   HD2             0.108
  34   CE1   HE1             0.108
  35   CE2   HE2             0.108
  36   CZ    HZ              0.108
  37   CG    CD1   CE1       120.0
  38   CD1   CE1   CZ        120.0
  39   CE1   CZ    CE2       120.0
  40   CZ    CE2   CD2       120.0
  41   CE2   CD2   CG        120.0
  42   CD2   CG    CD1       120.0
  43   CG    CD1   HD1       120.0
  44   CG    CD2   HD2       120.0
  45   HD1   CD1   CE1       120.0
  46   CD1   CE1   HE1       120.0
  47   HE1   CE1   CZ        120.0
  48   CE1   CZ    HZ        120.0
  49   HZ    CZ    CE2       120.0
  50   CZ    CE2   HE2       120.0
  51   HE2   CE2   CD2       120.0
  52   HD2   CD2   CG        120.0
  53
  54 [ TYR ]
  55   CG    CD1             0.139
  56   CG    CD2             0.139
  57   CD1   CE1             0.139
  58   CD2   CE2             0.139
  59   CE1   CZ              0.139
  60   CE2   CZ              0.139
  61   CD1   HD1             0.108
  62   CD2   HD2             0.108
  63   CE1   HE1             0.108
  64   CE2   HE2             0.108
  65   CZ    OH              0.136
  66   OH    HH              0.100
  67   CG    CD1   CE1       120.0
  68   CD1   CE1   CZ        120.0
  69   CE1   CZ    CE2       120.0
  70   CZ    CE2   CD2       120.0
  71   CE2   CD2   CG        120.0
  72   CD2   CG    CD1       120.0
  73   CG    CD1   HD1       120.0
  74   CG    CD2   HD2       120.0
  75   HD1   CD1   CE1       120.0
  76   CD1   CE1   HE1       120.0
  77   HE1   CE1   CZ        120.0
  78   CE1   CZ    OH        120.0
  79   CZ    OH    HH        109.5
  80   OH    CZ    CE2       120.0
  81   CZ    CE2   HE2       120.0
  82   HE2   CE2   CD2       120.0
  83   HD2   CD2   CG        120.0
  84
  85 [ TRP ]
  86   CB    CG              0.153
  87   CG    CD1             0.139
  88   CD1   NE1             0.133
  89   NE1   CE2             0.133
  90   CE2   CD2             0.139
  91   CD2   CG              0.139
  92   CE2   CZ2             0.139
  93   CZ2   CH2             0.139
  94   CH2   CZ3             0.139
  95   CZ3   CE3             0.139
  96   CE3   CD2             0.139
  97   CD1   HD1             0.108
  98   NE1   HE1             0.100
  99   CE3   HE3             0.108
 100   CZ2   HZ2             0.108
 101   CZ3   HZ3             0.108
 102   CH2   HH2             0.108
 103   CB    CG    CD1       126.0
 104   CB    CG    CD2       126.0
 105   CG    CD1   NE1       108.0
 106   CD1   NE1   CE2       108.0
 107   NE1   CE2   CD2       108.0
 108   CE2   CD2   CG        108.0
 109   CD2   CG    CD1       108.0
 110   NE1   CE2   CZ2       132.0
 111   CE2   CD2   CE3       120.0
 112   CD2   CE2   CZ2       120.0
 113   CE2   CZ2   CH2       120.0
 114   CZ2   CH2   CZ3       120.0
 115   CH2   CZ3   CE3       120.0
 116   CZ3   CE3   CD2       120.0
 117   CE3   CD2   CG        132.0
 118   CG    CD1   HD1       126.0
 119   HD1   CD1   NE1       126.0
 120   CD1   NE1   HE1       126.0
 121   HE1   NE1   CE2       126.0
 122   CZ3   CE3   HE3       120.0
 123   HE3   CE3   CD2       120.0
 124   CE2   CZ2   HZ2       120.0
 125   HZ2   CZ2   CH2       120.0
 126   CH2   CZ3   HZ3       120.0
 127   HZ3   CZ3   CE3       120.0
 128   CZ2   CH2   HH2       120.0
 129   HH2   CH2   CZ3       120.0
 130
 131 [ HISA ]
 132   CG    ND1             0.133
 133   ND1   CE1             0.133
 134   CE1   NE2             0.133
 135   NE2   CD2             0.133
 136   CD2   CG              0.133
 137   ND1   HD1             0.100
 138   CE1   HE1             0.109
 139   CD2   HD2             0.109
 140   CG    ND1   CE1       108.0
 141   ND1   CE1   NE2       108.0
 142   CE1   NE2   CD2       108.0
 143   NE2   CD2   CG        108.0
 144   CD2   CG    ND1       108.0
 145   CG    ND1   HD1       126.0
 146   HD1   ND1   CE1       126.0
 147   ND1   CE1   HE1       126.0
 148   HE1   CE1   NE2       126.0
 149   CG    CD2   HD2       126.0
 150   HD2   CD2   NE2       126.0
 151
 152 [ HISB ]
 153   CG    ND1             0.133
 154   ND1   CE1             0.133
 155   CE1   NE2             0.133
 156   NE2   CD2             0.133
 157   CD2   CG              0.133
 158   CD2   HD2             0.109
 159   CE1   HE1             0.109
 160   NE2   HE2             0.100
 161   CG    ND1   CE1       108.0
 162   ND1   CE1   NE2       108.0
 163   CE1   NE2   CD2       108.0
 164   NE2   CD2   CG        108.0
 165   CD2   CG    ND1       108.0
 166   NE2   CD2   HD2       126.0
 167   HD2   CD2   CG        126.0
 168   ND1   CE1   HE1       126.0
 169   HE1   CE1   NE2       126.0
 170   CE1   NE2   HE2       126.0
 171   HE2   NE2   CD2       126.0
 172
 173 [ HISH ]
 174   CG    ND1             0.133
 175   ND1   CE1             0.133
 176   CE1   NE2             0.133
 177   NE2   CD2             0.133
 178   CD2   CG              0.133
 179   ND1   HD1             0.100
 180   CE1   HE1             0.109
 181   CD2   HD2             0.109
 182   NE2   HE2             0.100
 183   CG    ND1   CE1       108.0
 184   ND1   CE1   NE2       108.0
 185   CE1   NE2   CD2       108.0
 186   NE2   CD2   CG        108.0
 187   CD2   CG    ND1       108.0
 188   CG    ND1   HD1       126.0
 189   HD1   ND1   CE1       126.0
 190   ND1   CE1   HE1       126.0
 191   HE1   CE1   NE2       126.0
 192   CE1   NE2   HE2       126.0
 193   HE2   NE2   CD2       126.0
 194   NE2   CD2   HD2       126.0
 195   HD2   CD2   CG        126.0