share/top/gmx2.ff/aminoacids.hdb

   1 ACE     1
   2 3       4       HA      CA      C       O
   3 ALA     3
   4 1       1       H       N       -C      CA
   5 1       5       HA      CA      N       C       CB
   6 3       4       HB      CB      CA      N
   7 ARG     8
   8 1       1       H       N       -C      CA
   9 1       5       HA      CA      N       C       CB
  10 2       6       HB      CB      CG      CA
  11 2       6       HG      CG      CD      CB
  12 2       6       HD      CD      NE      CG
  13 1       1       HE      NE      CD      CZ
  14 2       3       HH1     NH1     CZ      NE
  15 2       3       HH2     NH2     CZ      NE
  16 ASN     4
  17 1       1       H       N       -C      CA
  18 1       5       HA      CA      N       C       CB
  19 2       6       HB      CB      CG      CA
  20 2       3       HD2     ND2     CG      CB
  21 ASP     3
  22 1       1       H       N       -C      CA
  23 1       5       HA      CA      N       C       CB
  24 2       6       HB      CB      CG      CA
  25 ASPH    4
  26 1       1       H       N       -C      CA
  27 1       5       HA      CA      N       C       CB
  28 2       6       HB      CB      CG      CA
  29 1       2       HD1     OD1     CG      CB
  30 CYS2    3
  31 1       1       H       N       -C      CA
  32 1       5       HA      CA      N       C       CB
  33 2       6       HB      CB      SG      CA
  34 CYSH    4
  35 1       1       H       N       -C      CA
  36 1       5       HA      CA      N       C       CB
  37 2       6       HB      CB      SG      CA
  38 1       2       HG      SG      CB      CA
  39 FAD     7
  40 2       3       HN6     AN6     AC6     AC5
  41 1       2       HO2*    AO2*    AC2*    AC1*
  42 1       2       HO3*    AO3*    AC3*    AC2*
  43 1       2       H4*     O4*     C4*     C5*
  44 1       2       H3*     O3*     C3*     C4*
  45 1       2       H2*     O2*     C2*     C3*
  46 1       2       H3      N3      C4      C4A
  47 GLN     5
  48 1       1       H       N       -C      CA
  49 1       5       HA      CA      N       C       CB
  50 2       6       HB      CB      CG      CA
  51 2       6       HG      CG      CD      CB
  52 2       3       HE2     NE2     CD      CG
  53 GLU     4
  54 1       1       H       N       -C      CA
  55 1       5       HA      CA      N       C       CB
  56 2       6       HB      CB      CG      CA
  57 2       6       HG      CG      CD      CB
  58 GLUH    5
  59 1       1       H       N       -C      CA
  60 1       5       HA      CA      N       C       CB
  61 2       6       HB      CB      CG      CA
  62 2       6       HG      CG      CD      CB
  63 1       2       HE2     OE2     CD      CG
  64 GLY     2
  65 1       1       H       N       -C      CA
  66 2       6       HA      CA      C       N
  67 HEME    18
  68 3       4       HMA     CMA     C3A     C4A
  69 3       4       HMB     CMB     C2B     C3B
  70 3       4       HMC     CMC     C2C     C3C
  71 3       4       HMD     CMD     C2D     C1D
  72 3       4       HBC     CBC     CAC     C3C
  73 2       6       HAC     CAC     C3C     CBC
  74 2       6       HAB     CAB     CBB     C3B
  75 3       4       HBB     CBB     CAB     C3B
  76 1       1       HHC     CHC     C4B     C1C
  77 1       1       HHD     CHD     C4C     C1D
  78 1       1       HHB     CHB     C4A     C1B
  79 1       1       HHA     CHA     C4D     C1A
  80 2       6       HBA     CBA     CAA     CGA
  81 2       6       HAA     CAA     CBA     C2A
  82 2       6       HBD     CBD     CAD     CGD
  83 2       6       HAD     CAD     CBD     C2D
  84 1       4       H2A     O2A     CGA     CBA
  85 1       4       H2D     O2D     CGD     CBD
  86 HIS1    6
  87 1       1       H       N       -C      CA
  88 1       5       HA      CA      N       C       CB
  89 2       6       HB      CB      CG      CA
  90 1       1       HD2     CD2     CG      NE2
  91 1       1       HE1     CE1     ND1     NE2
  92 1       1       HD1     ND1     CG      CE1
  93 HISA    6
  94 1       1       H       N       -C      CA
  95 1       5       HA      CA      N       C       CB
  96 2       6       HB      CB      CG      CA
  97 1       1       HD1     ND1     CG      CE1
  98 1       1       HD2     CD2     CG      NE2
  99 1       1       HE1     CE1     ND1     NE2
 100 HISB    6
 101 1       1       H       N       -C      CA
 102 2       6       HB      CB      CG      CA
 103 1       5       HA      CA      N       C       CB
 104 1       1       HE2     NE2     CE1     CD2
 105 1       1       HD2     CD2     CG      NE2
 106 1       1       HE1     CE1     ND1     NE2
 107 HISH    7
 108 1       1       H       N       -C      CA
 109 1       5       HA      CA      N       C       CB
 110 2       6       HB      CB      CG      CA
 111 1       1       HD2     CD2     CG      NE2
 112 1       1       HE1     CE1     ND1     NE2
 113 1       1       HD1     ND1     CG      CE1
 114 1       1       HE2     NE2     CE1     CD2
 115 HO4     1
 116 3       10      HW      OW
 117 HOH     1
 118 2       7       HW      OW
 119 HYP     3
 120 1       5       HA      CA      N       C       CB
 121 1       2       HD1     OD1     CG      CB
 122 1       5       HG      CG      CB      OD1     CD2
 123 ILE     6
 124 1       1       H       N       -C      CA
 125 1       5       HA      CA      N       C       CB
 126 1       5       HB      CB      CA      CG1     CG2
 127 2       6       HG1     CG1     CD      CB
 128 3       4       HG2     CG2     CB      CA
 129 3       4       HD      CD      CG1     CB
 130 LEU     6
 131 1       1       H       N       -C      CA
 132 1       5       HA      CA      N       C       CB
 133 2       6       HB      CB      CG      CA
 134 1       5       HG      CG      CB      CD1     CD2
 135 3       4       HD1     CD1     CG      CB
 136 3       4       HD2     CD2     CG      CB
 137 LYS     7
 138 1       1       H       N       -C      CA
 139 1       5       HA      CA      N       C       CB
 140 2       6       HB      CB      CG      CA
 141 2       6       HG      CG      CD      CB
 142 2       6       HD      CD      CE      CG
 143 2       6       HE      CE      NZ      CD
 144 2       4       HZ      NZ      CE      CD
 145 LYSH    7
 146 1       1       H       N       -C      CA
 147 1       5       HA      CA      N       C       CB
 148 2       6       HB      CB      CG      CA
 149 2       6       HG      CG      CD      CB
 150 2       6       HD      CD      CE      CG
 151 2       6       HE      CE      NZ      CD
 152 3       4       HZ      NZ      CE      CD
 153 MET     5
 154 1       1       H       N       -C      CA
 155 1       5       HA      CA      N       C       CB
 156 2       6       HB      CB      CG      CA
 157 2       6       HG      CG      SD      CB
 158 3       4       HE      CE      SD      CG
 159 NAC     2
 160 1       1       H       N       -C      CA
 161 3       4       HA      CA      N       -C
 162 NH2     1
 163 2       3       H       N       -C      -CA
 164 OCT     8
 165 3       4       H1      C1      C2      C3
 166 2       6       H2      C2      C1      C3
 167 2       6       H3      C3      C2      C4
 168 2       6       H4      C4      C3      C5
 169 2       6       H5      C5      C4      C6
 170 2       6       H6      C6      C5      C7
 171 2       6       H7      C7      C6      C8
 172 2       6       H8      C8      C7      O9
 173 PHE     8
 174 1       1       H       N       -C      CA
 175 1       5       HA      CA      N       C       CB
 176 2       6       HB      CB      CG      CA
 177 1       1       HD1     CD1     CG      CE1
 178 1       1       HD2     CD2     CG      CE2
 179 1       1       HE1     CE1     CD1     CZ
 180 1       1       HE2     CE2     CD2     CZ
 181 1       1       HZ      CZ      CE1     CE2
 182 PRO     4
 183 1       5       HA      CA      N       C       CB
 184 2       6       HB      CB      CG      CA
 185 2       6       HG      CG      CD      CB
 186 2       6       HD      CD      N       CG
 187 SER     4
 188 1       1       H       N       -C      CA
 189 1       5       HA      CA      N       C       CB
 190 2       6       HB      CB      OG      CA
 191 1       2       HG      OG      CB      CA
 192 TFE     1
 193 1       2       H       O       C2      C1
 194 THR     5
 195 1       1       H       N       -C      CA
 196 1       5       HA      CA      N       C       CB
 197 1       5       HB      CB      CA      OG1     CG2
 198 1       2       HG1     OG1     CB      CA
 199 3       4       HG2     CG2     CB      CA
 200 TRP     9
 201 1       1       H       N       -C      CA
 202 1       5       HA      CA      N       C       CB
 203 2       6       HB      CB      CG      CA
 204 1       1       HD1     CD1     NE1     CG
 205 1       1       HE1     NE1     CD1     CE2
 206 1       1       HE3     CE3     CD2     CZ3
 207 1       1       HZ3     CZ3     CE3     CH2
 208 1       1       HH2     CH2     CZ3     CZ2
 209 1       1       HZ2     CZ2     CE2     CH2
 210 TYR     8
 211 1       1       H       N       -C      CA
 212 1       5       HA      CA      N       C       CB
 213 2       6       HB      CB      CG      CA
 214 1       1       HD1     CD1     CG      CE1
 215 1       1       HD2     CD2     CG      CE2
 216 1       1       HE1     CE1     CD1     CZ
 217 1       1       HE2     CE2     CD2     CZ
 218 1       2       HH      OH      CZ      CE1
 219 VAL     5
 220 1       1       H       N       -C      CA
 221 1       5       HA      CA      N       C       CB
 222 1       5       HB      CB      CA      CG1     CG2
 223 3       4       HG1     CG1     CB      CA
 224 3       4       HG2     CG2     CB      CA