share/top/gmx.ff/h2p8o25.itp

   1 ;
   2 ; Force field based on GROMOS with new charges as described in
   3 ; D. van der Spoel, K.A. Feenstra, M.A. Hemminga and H.J.C. Berendsen:
   4 ; Molecular modeling of the RNA binding N-terminal part of cowpea chlorotic
   5 ; mottle virus coat protein in solution with phosphate ions
   6 ; Biophys. J. 71 pp. 2920-2932 (1996)
   7 ;
   8 ; Octa Phosphate  h2p8o25(5-)
   9 ; Anton Feenstra,  June 23 '95
  10 ; based on ab-initio full geometry opt. by Gaussian '92 on tetra phosphate
  11 ; charge densities by Gaussian '92
  12 ; Gaussian '92 output manually symmetrized and muliplied (and adjusted)
  13 ;
  14 ;     4    5 8    9 12  13 16  17 20  21 24  25 28  29 32  33
  15 ;      \  /   \  /   \  /   \  /   \  /   \  /   \  /   \  /
  16 ;        1      7     11     15     19     23     27     31
  17 ;      /  \   /  \   /  \   /  \   /  \   /  \   /  \   /  \
  18 ;  3-2      6     10     14     18     22     26     30     34-35
  19 ;
  20 ;           *      *      *      *      *      *      *
  21 ;    OM   OM*OM  OM*OM  OM*OM  OM*OM  OM*OM  OM*OM  OM*OM   OM
  22 ;      \  / * \  / * \  / * \  / * \  / * \  / * \  / * \  /
  23 ;       P1 *   P2 *   P2 *   P2 * * P2   * P2   * P2   * P1
  24 ;      /  \   /  \   /  \   /  \   /  \   /  \   /  \   /  \
  25 ; HO-OA   *OS1   *OS2   *OS2   *OS2*   OS2*   OS2*   OS1*   OA-HO
  26 ;         *      *      *      *   *      *      *      *
  27 ;    1    *   2  *   3  *   4  * 5 *   6  *   7  *   8  *   9
  28 ;
  29 ; charge groups (see * above)
  30 ;  [HPO3]  [PO3]  [PO3]   ..    [O]    ..   [PO3]  [PO3]  [PO3H]
  31 ;  -0.59   -0.97  -0.97   ..   -0.88   ..   -0.97  -0.97  -0.59
  32 ;
  33 ; bond-lengths:         angles:         dihedrals:
  34 ; P-OM     0.155        OA-P-OS  97     H-OA-P-OS  3
  35 ; P-OS     0.165        OS-P-OS  102    OA-P-OS-P  -19
  36 ; P-OA     0.164        OS-P-OM  109    OS-P-OS-P  -222 / -147
  37 ; OA-H     0.101        OA-P-OM  110
  38
  39 ; !!! ATTENTION: file has not (yet) been tested in simulation !!!
  40
  41 [ moleculetype ]
  42 ; name  nrexcl
  43 h2p8o25   3
  44
  45 [ atoms ]
  46 ;   nr    type   resnr  residu    atom    cgnr          charge          mass
  47      1      P       1     PI       P1       1            1.85
  48      2     OA       1     PI       O2       1           -1.02
  49      3     HO       1     PI       H3       1            0.58
  50      4     OM       1     PI       O4       1           -1.0
  51      5     OM       1     PI       O5       1           -1.0
  52      6     OS       1     PI       O6       2           -0.92
  53      7      P       1     PI       P7       2            1.95
  54      8     OM       1     PI       O8       2           -1.0
  55      9     OM       1     PI       O9       2           -1.0
  56     10     OS       1     PI       O10      3           -0.88
  57     11      P       1     PI       P11      3            1.95
  58     12     OM       1     PI       O12      3           -1.0
  59     13     OM       1     PI       O13      3           -1.0
  60     14     OS       1     PI       O14      4           -0.88
  61     15      P       1     PI       P15      4            1.95
  62     16     OM       1     PI       O16      4           -1.0
  63     17     OM       1     PI       O17      4           -1.0
  64     18     OS       1     PI       O18      5           -0.88
  65     19      P       1     PI       P19      6            1.95
  66     20     OM       1     PI       O20      6           -1.0
  67     21     OM       1     PI       O21      6           -1.0
  68     22     OS       1     PI       O22      6           -0.88
  69     23      P       1     PI       P23      7            1.95
  70     24     OM       1     PI       O24      7           -1.0
  71     25     OM       1     PI       O25      7           -1.0
  72     26     OS       1     PI       O26      7           -0.88
  73     27      P       1     PI       P27      8            1.95
  74     28     OM       1     PI       O28      8           -1.0
  75     29     OM       1     PI       O29      8           -1.0
  76     30     OS       1     PI       O30      8           -0.92
  77     31      P       1     PI       P31      9            1.85
  78     32     OM       1     PI       O32      9           -1.0
  79     33     OM       1     PI       O33      9           -1.0
  80     34     OA       1     PI       O34      9           -1.02
  81     35     HO       1     PI       H35      9            0.58
  82
  83 [ bonds ]
  84 ;  ai    aj funct           c0           c1
  85     2    1    1            0.164
  86     3    2    1            0.101
  87     4    1    1            0.155
  88     5    1    1            0.155
  89     6    1    1            0.165
  90     7    6    1            0.165
  91     8    7    1            0.155
  92     9    7    1            0.155
  93     10   7    1            0.165
  94     11   10   1            0.165
  95     12   11   1            0.155
  96     13   11   1            0.155
  97     14   11   1            0.165
  98     15   14   1            0.165
  99     16   15   1            0.155
 100     17   15   1            0.155
 101     18   15   1            0.165
 102     19   18   1            0.165
 103     20   19   1            0.155
 104     21   19   1            0.155
 105     22   19   1            0.165
 106     23   22   1            0.165
 107     24   23   1            0.155
 108     25   23   1            0.155
 109     26   23   1            0.165
 110     27   26   1            0.165
 111     28   27   1            0.155
 112     29   27   1            0.155
 113     30   27   1            0.165
 114     31   30   1            0.165
 115     32   31   1            0.155
 116     33   31   1            0.155
 117     34   31   1            0.164
 118     35   34   1            0.101
 119
 120 [ angles ]
 121 ;  ai    aj    ak funct           c0           c1
 122     1     2     3     1        113.0
 123     1     6     7     1        137.0      400
 124     2     1     4     1        110.0
 125     2     1     5     1        110.0
 126     2     1     6     1         97.0
 127     4     1     5     1        118.0
 128     4     1     6     1        109.0
 129     5     1     6     1        109.0
 130     6     7     8     1        109.0
 131     6     7     9     1        109.0
 132     6     7    10     1        102.0
 133     7    10    11     1        147.0      400
 134     8     7     9     1        118.0
 135     8     7    10     1        109.0
 136     9     7    10     1        109.0
 137    10    11    12     1        109.0
 138    10    11    13     1        109.0
 139    10    11    14     1        102.0
 140    11    14    15     1        147.0      400
 141    12    11    13     1        118.0
 142    12    11    14     1        109.0
 143    13    11    14     1        109.0
 144    14    15    16     1        109.0
 145    14    15    17     1        109.0
 146    14    15    18     1        102.0
 147    15    18    19     1        147.0      400
 148    16    15    17     1        118.0
 149    16    15    18     1        109.0
 150    17    15    18     1        109.0
 151    18    19    20     1        109.0
 152    18    19    21     1        109.0
 153    18    19    22     1        102.0
 154    19    22    23     1        147.0      400
 155    20    19    21     1        118.0
 156    20    19    22     1        109.0
 157    21    19    22     1        109.0
 158    22    23    24     1        109.0
 159    22    23    25     1        109.0
 160    22    23    26     1        102.0
 161    23    26    27     1        147.0      400
 162    24    23    25     1        118.0
 163    24    23    26     1        109.0
 164    25    23    26     1        109.0
 165    26    27    28     1        109.0
 166    26    27    29     1        109.0
 167    26    27    30     1        102.0
 168    27    30    31     1        137.0      400
 169    28    27    29     1        118.0
 170    28    27    30     1        109.0
 171    29    27    30     1        109.0
 172    30    31    32     1        109.0
 173    30    31    33     1        109.0
 174    30    31    34     1         97.0
 175    31    34    35     1        113.0
 176    32    31    33     1        118.0
 177    32    31    34     1        110.0
 178    33    31    34     1        110.0
 179
 180 [ dihedrals ]
 181 ;  ai    aj    ak    al funct           c0           c1           c2
 182     6     1     2     3    1  ;    3
 183     7     6     1     2    1     -19    3.0 3
 184    10     7     6     1    1    -222    3.0 3
 185    11    10     7     6    1    -147    3.0 3
 186    14    11    10     7    1    -222    3.0 3
 187    15    14    11    10    1    -147    3.0 3
 188    18    15    14    11    1    -222    3.0 3
 189    19    18    15    14    1    -147    3.0 3
 190    22    19    18    15    1    -147    3.0 3
 191    23    22    19    18    1    -222    3.0 3
 192    26    23    22    19    1    -147    3.0 3
 193    27    26    23    22    1    -222    3.0 3
 194    30    27    26    23    1    -147    3.0 3
 195    31    30    27    26    1    -222    3.0 3
 196    34    31    30    27    1     -19    3.0 3
 197    35    34    31    30    1  ;    3