share/top/gmx.ff/atomtypes.atp

   1     O  15.99940 ;     CARBONYL OXYGEN (C=O)
   2    OM  15.99940 ;     CARBOXYL OXYGEN (CO-)
   3    OA  15.99940 ;     HYDROXYL OXYGEN (OH)
   4    OW  15.99940 ;     WATER OXYGEN
   5     N  14.00670 ;     PEPTIDE NITROGEN (N OR NH)
   6    NT  14.00670 ;     TERMINAL NITROGEN (NH2)
   7    NL  14.00670 ;     TERMINAL NITROGEN (NH3)
   8   NR5  14.00670 ;     AROMATIC N (5-RING,2 BONDS)
   9  NR5*  14.00670 ;     AROMATIC N (5-RING,3 BONDS)
  10    NP  14.00670 ;     PORPHYRIN NITROGEN
  11     C  12.01100 ;     BARE CARBON (PEPTIDE,C=O,C-N)
  12   CH1  13.01900 ;     ALIPHATIC CH-GROUP
  13   CH2  14.02700 ;     ALIPHATIC CH2-GROUP
  14   CH3  15.03500 ;     ALIPHATIC CH3-GROUP
  15  CR51  13.01900 ;     AROMATIC CH-GROUP (5-RING), united
  16  CR61  13.01900 ;     AROMATIC CH-GROUP (6-RING), united
  17    CB  12.01100 ;     BARE CARBON (5-,6-RING)
  18     H   1.00800 ;     HYDROGEN BONDED TO NITROGEN
  19    HO   1.00800 ;     HYDROXYL HYDROGEN
  20    HW   1.00800 ;     WATER HYDROGEN
  21    HS   1.00800 ;     HYDROGEN BONDED TO SULFUR
  22     S  32.06000 ;     SULFUR
  23    FE  55.84700 ;     IRON
  24    ZN  65.37000 ;     ZINC
  25    NZ  14.00670 ;     ARG NH (NH2)
  26    NE  14.00670 ;     ARG NE (NH)
  27     P  30.97380 ;     PHOSPHOR
  28    OS  15.99940 ;     SUGAR OR ESTER OXYGEN
  29   CS1  13.01900 ;     SUGAR CH-GROUP
  30   NR6  14.00670 ;     AROMATIC N (6-RING,2 BONDS)
  31  NR6*  14.00670 ;     AROMATIC N (6-RING,3 BONDS)
  32   CS2  14.02700 ;     SUGAR CH2-GROUP
  33    SI  28.08000 ;     SILICON
  34    NA  22.98980 ;     SODIUM (1+)
  35     K  39.10000 ;     POTASSIUM (1+) (proefschrift Straatsma)
  36    CL  35.45300 ;     CHLORINE (1-)
  37    CA  40.08000 ;     CALCIUM (2+)
  38    MG  24.30500 ;     MAGNESIUM (2+)
  39     F  18.99840 ;     FLUORINE (COV. BOUND)
  40   CP2  14.02700 ;     ALIPHATIC CH2-GROUP USING Ryckaert-
  41   CP3  15.03500 ;     ALIPHATIC CH3-GROUP USING Ryckaert-
  42   CR5  12.01100 ;     AROMATIC CH-GROUP (5-RING)+H
  43   CR6  12.01100 ;     AROMATIC C- bonded to H (6-RING)+H
  44   HCR   1.00800 ;     H attached to aromatic C (5 or 6 ri
  45  OWT3  15.99940 ;     TIP3P WATER OXYGEN
  46  OWT4  15.99940 ;     TIP4P WATER OXYGEN
  47    SD  32.06000 ;     DMSO Sulphur
  48    OD  15.99940 ;     DMSO Oxygen
  49    CD  15.03500 ;     DMSO Carbon
  50   CHE  12.01100 ;     HEME RING CARBON
  51  MNH3   0       ;     Dummy mass in rigid tetraedrical NH3 group
  52    MW   0       ;     Dummy mass in rigid tyrosine rings
  53    IW   0       ;     Dummy particle in TIP4P etc.