share/top/gmx.ff/aminoacids.vsd

   1 ; no CH3 groups - ffgmx is a united atom forcefield
   2 [ NH3 ]
   3    NL        C    MNH3
   4    NL       CB    MNH3
   5    NL      CHE    MNH3
   6    NL      CH1    MNH3
   7    NL      CH2    MNH3
   8 [ NH2 ]
   9    NT      planar
  10    NZ      planar
  11    NL        C    MNH3
  12    NL       CB    MNH3
  13    NL      CHE    MNH3
  14    NL      CH1    MNH3
  15    NL      CH2    MNH3
  16
  17 ; Data for generating dummy aromatic rings.
  18 ; Actually we dont need all these bonds and angles,
  19 ; but by specifying them here it is easier to improve
  20 ; the dummy generation code later.
  21 [ PHE ]
  22   CG    CD1             0.139
  23   CG    CD2             0.139
  24   CD1   CE1             0.139
  25   CD2   CE2             0.139
  26   CE1   CZ              0.139
  27   CE2   CZ              0.139
  28   CD1   HD1             0.108
  29   CD2   HD2             0.108
  30   CE1   HE1             0.108
  31   CE2   HE2             0.108
  32   CZ    HZ              0.108
  33   CG    CD1   CE1       120.0
  34   CD1   CE1   CZ        120.0
  35   CE1   CZ    CE2       120.0
  36   CZ    CE2   CD2       120.0
  37   CE2   CD2   CG        120.0
  38   CD2   CG    CD1       120.0
  39   CG    CD1   HD1       120.0
  40   CG    CD2   HD2       120.0
  41   HD1   CD1   CE1       120.0
  42   CD1   CE1   HE1       120.0
  43   HE1   CE1   CZ        120.0
  44   CE1   CZ    HZ        120.0
  45   HZ    CZ    CE2       120.0
  46   CZ    CE2   HE2       120.0
  47   HE2   CE2   CD2       120.0
  48   HD2   CD2   CG        120.0
  49
  50 [ TYR ]
  51   CG    CD1             0.139
  52   CG    CD2             0.139
  53   CD1   CE1             0.139
  54   CD2   CE2             0.139
  55   CE1   CZ              0.139
  56   CE2   CZ              0.139
  57   CD1   HD1             0.108
  58   CD2   HD2             0.108
  59   CE1   HE1             0.108
  60   CE2   HE2             0.108
  61   CZ    OH              0.136
  62   OH    HH              0.100
  63   CG    CD1   CE1       120.0
  64   CD1   CE1   CZ        120.0
  65   CE1   CZ    CE2       120.0
  66   CZ    CE2   CD2       120.0
  67   CE2   CD2   CG        120.0
  68   CD2   CG    CD1       120.0
  69   CG    CD1   HD1       120.0
  70   CG    CD2   HD2       120.0
  71   HD1   CD1   CE1       120.0
  72   CD1   CE1   HE1       120.0
  73   HE1   CE1   CZ        120.0
  74   CE1   CZ    OH        120.0
  75   CZ    OH    HH        109.5
  76   OH    CZ    CE2       120.0
  77   CZ    CE2   HE2       120.0
  78   HE2   CE2   CD2       120.0
  79   HD2   CD2   CG        120.0
  80
  81 [ TRP ]
  82   CB    CG              0.153
  83   CG    CD1             0.139
  84   CD1   NE1             0.133
  85   NE1   CE2             0.133
  86   CE2   CD2             0.139
  87   CD2   CG              0.139
  88   CE2   CZ2             0.139
  89   CZ2   CH2             0.139
  90   CH2   CZ3             0.139
  91   CZ3   CE3             0.139
  92   CE3   CD2             0.139
  93   CD1   HD1             0.108
  94   NE1   HE1             0.100
  95   CE3   HE3             0.108
  96   CZ2   HZ2             0.108
  97   CZ3   HZ3             0.108
  98   CH2   HH2             0.108
  99   CB    CG    CD1       126.0
 100   CB    CG    CD2       126.0
 101   CG    CD1   NE1       108.0
 102   CD1   NE1   CE2       108.0
 103   NE1   CE2   CD2       108.0
 104   CE2   CD2   CG        108.0
 105   CD2   CG    CD1       108.0
 106   NE1   CE2   CZ2       132.0
 107   CE2   CZ2   CH2       120.0
 108   CZ2   CH2   CZ3       120.0
 109   CH2   CZ3   CE3       120.0
 110   CZ3   CE3   CD2       120.0
 111   CE3   CD2   CG        132.0
 112   CE2   CD2   CE3       120.0
 113   CD2   CE2   CZ2       120.0
 114   CG    CD1   HD1       126.0
 115   HD1   CD1   NE1       126.0
 116   CD1   NE1   HE1       126.0
 117   HE1   NE1   CE2       126.0
 118   CZ3   CE3   HE3       120.0
 119   HE3   CE3   CD2       120.0
 120   CE2   CZ2   HZ2       120.0
 121   HZ2   CZ2   CH2       120.0
 122   CH2   CZ3   HZ3       120.0
 123   HZ3   CZ3   CE3       120.0
 124   CZ2   CH2   HH2       120.0
 125   HH2   CH2   CZ3       120.0
 126
 127 [ HISA ]
 128   CG    ND1             0.133
 129   ND1   CE1             0.133
 130   CE1   NE2             0.133
 131   NE2   CD2             0.133
 132   CD2   CG              0.133
 133   ND1   HD1             0.100
 134   CG    ND1   CE1       108.0
 135   ND1   CE1   NE2       108.0
 136   CE1   NE2   CD2       108.0
 137   NE2   CD2   CG        108.0
 138   CD2   CG    ND1       108.0
 139   CG    ND1   HD1       126.0
 140   HD1   ND1   CE1       126.0
 141
 142 [ HISB ]
 143   CG    ND1             0.133
 144   ND1   CE1             0.133
 145   CE1   NE2             0.133
 146   NE2   CD2             0.133
 147   CD2   CG              0.133
 148   NE2   HE2             0.100
 149   CG    ND1   CE1       108.0
 150   ND1   CE1   NE2       108.0
 151   CE1   NE2   CD2       108.0
 152   NE2   CD2   CG        108.0
 153   CD2   CG    ND1       108.0
 154   CE1   NE2   HE2       126.0
 155   HE2   NE2   CD2       126.0
 156
 157 [ HISH ]
 158   CG    ND1             0.133
 159   ND1   CE1             0.133
 160   CE1   NE2             0.133
 161   NE2   CD2             0.133
 162   CD2   CG              0.133
 163   ND1   HD1             0.100
 164   NE2   HE2             0.100
 165   CG    ND1   CE1       108.0
 166   ND1   CE1   NE2       108.0
 167   CE1   NE2   CD2       108.0
 168   NE2   CD2   CG        108.0
 169   CD2   CG    ND1       108.0
 170   CG    ND1   HD1       126.0
 171   HD1   ND1   CE1       126.0
 172   CE1   NE2   HE2       126.0
 173   HE2   NE2   CD2       126.0