Fix load_lj_pair_params2 for MIC
[alexxy/gromacs.git] / share / top / encadv.ff / ffbonded.itp
1 [ bondtypes ]
2   ; i    j func        b0          kb
3     OW        HW       1     0.10000   209200.0
4     OH        HO       1     0.10000   209200.0
5     N1        HN       1     0.10000   209200.0
6     N2        HN       1     0.10000   209200.0
7     C1        H        1     0.10900   209200.0
8     C2        H        1     0.10900   209200.0
9     C3        H        1     0.10900   209200.0
10     CP        H        1     0.10900   209200.0
11     C1        O        1     0.14370   209200.0
12     C2        O2       1     0.14370   209200.0
13     C2        OR       1     0.14370   209200.0
14     C1        OH       1     0.14390   209200.0
15     C2        OH       1     0.14390   209200.0
16     C3        OH       1     0.14390   209200.0
17     C1        N        1     0.14670   209200.0
18     C1        N1       1     0.14670   209200.0
19     C1        N2       1     0.14670   209200.0
20     C2        N        1     0.14670   209200.0
21     C2        N1       1     0.14670   209200.0
22     C2        N2       1     0.14670   209200.0
23     C3        N        1     0.14670   209200.0
24     C3        N1       1     0.14670   209200.0
25     C3        N2       1     0.14670   209200.0
26     CP        N        1     0.14670   209200.0
27     CP        N1       1     0.14670   209200.0
28     CP        N2       1     0.14670   209200.0
29     C1        M1       1     0.14720   209200.0
30     C1        M2       1     0.14720   209200.0
31     C1        M3       1     0.14720   209200.0
32     C2        M1       1     0.14720   209200.0
33     C2        M2       1     0.14720   209200.0
34     C2        M3       1     0.14720   209200.0
35     C3        M1       1     0.14720   209200.0
36     C3        M2       1     0.14720   209200.0
37     C3        M3       1     0.14720   209200.0
38     C1        C1       1     0.15250   209200.0
39     C1        C2       1     0.15250   209200.0
40     C1        C3       1     0.15250   209200.0
41     C2        C2       1     0.15250   209200.0
42     C2        C3       1     0.15250   209200.0
43     C3        C3       1     0.15250   209200.0
44     CP        CP       1     0.15190   209200.0
45     C1        CP       1     0.14980   209200.0
46     A6        H        1     0.10900   209200.0
47     A5        H        1     0.10900   209200.0
48     A7        H        1     0.10900   209200.0
49     A6        C1       1     0.15260   209200.0
50     A6        C2       1     0.15260   209200.0
51     A6        C3       1     0.15260   209200.0
52     A6        OH       1     0.13780   209200.0
53     A7        C1       1     0.15260   209200.0
54     A7        C2       1     0.15260   209200.0
55     A7        C3       1     0.15260   209200.0
56     Aprime        C1       1     0.15260   209200.0
57     Abis        C1       1     0.15260   209200.0
58     Aprime        C2       1     0.15260   209200.0
59     Aprime        C3       1     0.15260   209200.0
60     Abis        C2       1     0.15260   209200.0
61     Abis        C3       1     0.15260   209200.0
62     Aprime        O        1     0.12360   418400.0
63     Aprime        OH       1     0.12360   418400.0
64     Abis        Obis       1     0.12230   418400.0
65     Aprime        N        1     0.13220   418400.0
66     Aprime        N1       1     0.13220   418400.0
67     Aprime        N2       1     0.13220   418400.0
68     A5        N        1     0.13340   418400.0
69     A5        N1       1     0.13340   418400.0
70     A5        N2       1     0.13340   418400.0
71     A5        C1       1     0.15160   209200.0
72     A5        C2       1     0.15160   209200.0
73     A5        C3       1     0.15160   209200.0
74     A5        A5       1     0.13760   418400.0
75     A5        A7       1     0.14510   418400.0
76     A5        L5       1     0.13340   418400.0
77     A6        O        1     0.12280   418400.0
78     A6        O2       1     0.12280   418400.0
79     A6        OR       1     0.12280   418400.0
80     A6        A6       1     0.13890   418400.0
81     A6        A7       1     0.14110   418400.0
82     A6        M1       1     0.13350   418400.0
83     A6        M2       1     0.13350   418400.0
84     A6        M3       1     0.13350   418400.0
85     A7        N        1     0.13670   418400.0
86     A7        N2       1     0.13670   418400.0
87     A7        N1       1     0.13430   418400.0
88     A7        A7       1     0.13640   418400.0
89     SH        H        1     0.13300   209200.0
90     S         C2       1     0.18080   209200.0
91     S         C3       1     0.18080   209200.0
92     SH        C2       1     0.18080   209200.0
93     S         S        1     0.20150   209200.0
94     M1        HN       1     0.10000   209200.0
95     M2        HN       1     0.10000   209200.0
96     M3        HN       1     0.10000   209200.0
97     A6        N        1     0.13550   418400.0
98     A6        N1       1     0.13550   418400.0
99     A6        N2       1     0.13550   418400.0
100     A6        L5       1     0.13550   418400.0
101     A6        L6       1     0.13550   418400.0
102     A7        L5       1     0.13670   418400.0
103     A7        L6       1     0.13670   418400.0
104     P         OP       1     0.14800   418400.0
105     P         O2       1     0.15940   209200.0
106     Y         A6       1     0.13960   418400.0
107     Y         Aprime       1     0.13960   418400.0
108     Y         R        1     0.13840   418400.0
109     Y         W        1     0.13840   418400.0
110     Z         C2       1     0.15170   209200.0
111     Z         C3       1     0.15170   209200.0
112     Z         A6       1     0.14900   418400.0
113     Z         Aprime       1     0.14900   418400.0
114     Z         Y        1     0.14440   418400.0
115     Z         Z        1     0.13570   418400.0
116     FE        N        1     0.19800    58576.0
117     FE        N1       1     0.19800    58576.0
118     FE        N2       1     0.19800    58576.0
119     FE        W        1     0.19800    58576.0
120     OF        FE       1     0.16320    58576.0  ; iron-oxygen bond
121     OF        OF       1     0.12240   418400.0
122
123 ;[ constrainttypes ]
124
125 [ angletypes ]
126   ; i             j         k           func       th0         cth
127     HW        OW        HW       1      109.47     502.08
128     C1        OH        HO       1      110.00     502.08
129     C2        OH        HO       1      110.00     502.08
130     C3        OH        HO       1      110.00     502.08
131     Aprime        OH        HO       1      110.00     502.08
132     A6        OH        HO       1      110.00     502.08
133     C1        C1        Abis       1      110.10     502.08
134     C2        C1        Abis       1      110.10     502.08
135     C3        C1        Abis       1      110.10     502.08
136     HN        N2        HN       1      120.00     502.08
137     CP        N1        HN       1      119.50     502.08
138     CP        N2        HN       1      119.50     502.08
139     C1        N1        HN       1      119.50     502.08
140     C1        N2        HN       1      119.50     502.08
141     C2        N1        HN       1      119.50     502.08
142     C2        N2        HN       1      119.50     502.08
143     C3        N1        HN       1      119.50     502.08
144     C3        N2        HN       1      119.50     502.08
145     A6        N1        HN       1      119.60     502.08
146     A6        N2        HN       1      119.60     502.08
147     A5        N1        HN       1      119.60     502.08
148     A5        N2        HN       1      119.60     502.08
149     A7        N1        HN       1      119.60     502.08
150     A7        N2        HN       1      119.60     502.08
151     Aprime        N1        HN       1      119.60     502.08
152     Aprime        N2        HN       1      119.60     502.08
153     N2        Aprime        N2       1      113.00     502.08
154     C2        Aprime        C3       1      118.00     502.08
155     C1        N         C1       1      112.40     502.08
156     C1        N         C2       1      112.40     502.08
157     C1        N         C3       1      112.40     502.08
158     C1        N1        CP       1      112.40     502.08
159     C1        N1        C1       1      112.40     502.08
160     C1        N1        C2       1      112.40     502.08
161     C1        N1        C3       1      112.40     502.08
162     C1        N2        CP       1      112.40     502.08
163     C1        N2        C1       1      112.40     502.08
164     C1        N2        C2       1      112.40     502.08
165     C1        N2        C3       1      112.40     502.08
166     C2        N         C2       1      112.40     502.08
167     C2        N         C3       1      112.40     502.08
168     C2        N1        C2       1      112.40     502.08
169     C2        N1        C3       1      112.40     502.08
170     C2        N2        C2       1      112.40     502.08
171     C2        N2        C3       1      112.40     502.08
172     C3        N         C3       1      112.40     502.08
173     C3        N1        C3       1      112.40     502.08
174     C3        N2        C3       1      112.40     502.08
175     C1        N         CP       1      112.40     502.08
176     A6        N         C1       1      121.30     502.08
177     A6        N         C2       1      121.30     502.08
178     A6        N         C3       1      121.30     502.08
179     A6        N1        C1       1      121.30     502.08
180     A6        N1        C2       1      121.30     502.08
181     A6        N1        C3       1      121.30     502.08
182     A6        N2        C1       1      121.30     502.08
183     A6        N2        C2       1      121.30     502.08
184     A6        N2        C3       1      121.30     502.08
185     A5        N         C1       1      121.30     502.08
186     A5        N         C2       1      121.30     502.08
187     A5        N         C3       1      121.30     502.08
188     A5        N1        C1       1      121.30     502.08
189     A5        N1        C2       1      121.30     502.08
190     A5        N1        C3       1      121.30     502.08
191     A5        N2        C1       1      121.30     502.08
192     A5        N2        C2       1      121.30     502.08
193     A5        N2        C3       1      121.30     502.08
194     A7        N         C1       1      121.30     502.08
195     A7        N         C2       1      121.30     502.08
196     A7        N         C3       1      121.30     502.08
197     A7        N1        C1       1      121.30     502.08
198     A7        N1        C2       1      121.30     502.08
199     A7        N1        C3       1      121.30     502.08
200     A7        N2        C1       1      121.30     502.08
201     A7        N2        C2       1      121.30     502.08
202     A7        N2        C3       1      121.30     502.08
203     Aprime        N         C1       1      121.30     502.08
204     Aprime        N         C2       1      121.30     502.08
205     Aprime        N         C3       1      121.30     502.08
206     Aprime        N1        C1       1      121.30     502.08
207     Aprime        N1        C2       1      121.30     502.08
208     Aprime        N1        C3       1      121.30     502.08
209     Aprime        N2        C1       1      121.30     502.08
210     Aprime        N2        C2       1      121.30     502.08
211     Aprime        N2        C3       1      121.30     502.08
212     A5        N         A5       1      108.00    1004.16
213     A5        N1        A5       1      108.00    1004.16
214     A5        N2        A5       1      108.00    1004.16
215     A5        N1        A7       1      108.00    1004.16
216     H         C1        H        1      109.50     502.08
217     H         C2        H        1      109.50     502.08
218     H         C3        H        1      109.50     502.08
219     H         CP        H        1      109.50     502.08
220     O         C1        H        1      109.00     502.08
221     OH        C1        H        1      109.00     502.08
222     OH        C2        H        1      109.00     502.08
223     OH        C3        H        1      109.00     502.08
224     O2        C2        H        1      109.00     502.08
225     OR        C2        H        1      109.00     502.08
226     O         C1        C1       1      109.50     502.08
227     O         C1        C2       1      109.50     502.08
228     O         C1        C3       1      109.50     502.08
229     OH        C1        C1       1      107.90     502.08
230     OH        C1        C2       1      107.90     502.08
231     OH        C1        C3       1      107.90     502.08
232     OH        C2        C1       1      107.90     502.08
233     OH        C2        C2       1      107.90     502.08
234     OH        C2        C3       1      107.90     502.08
235     O2        C2        C1       1      109.50     502.08
236     O2        C2        C2       1      109.50     502.08
237     O2        C2        C3       1      109.50     502.08
238     OR        C2        C1       1      109.50     502.08
239     OR        C2        C2       1      109.50     502.08
240     OR        C2        C3       1      109.50     502.08
241     C1        C1        H        1      109.50     502.08
242     C1        C2        H        1      109.50     502.08
243     C1        C3        H        1      109.50     502.08
244     C1        CP        H        1      109.50     502.08
245     C2        C1        H        1      109.50     502.08
246     C2        C2        H        1      109.50     502.08
247     C2        C3        H        1      109.50     502.08
248     C3        C1        H        1      109.50     502.08
249     C3        C2        H        1      109.50     502.08
250     C3        C3        H        1      109.50     502.08
251     CP        C1        H        1      109.50     502.08
252     CP        CP        H        1      109.50     502.08
253     N         C1        H        1      109.50     502.08
254     N         C2        H        1      109.50     502.08
255     N         C3        H        1      109.50     502.08
256     N         CP        H        1      109.50     502.08
257     N1        CP        H        1      109.50     502.08
258     N1        C1        H        1      109.50     502.08
259     N1        C2        H        1      109.50     502.08
260     N1        C3        H        1      109.50     502.08
261     N2        CP        H        1      109.50     502.08
262     N2        C1        H        1      109.50     502.08
263     N2        C2        H        1      109.50     502.08
264     N2        C3        H        1      109.50     502.08
265     M1        C1        H        1      109.50     502.08
266     M1        C2        H        1      109.50     502.08
267     M1        C3        H        1      109.50     502.08
268     M2        C1        H        1      109.50     502.08
269     M2        C2        H        1      109.50     502.08
270     M2        C3        H        1      109.50     502.08
271     M3        C1        H        1      109.50     502.08
272     M3        C2        H        1      109.50     502.08
273     M3        C3        H        1      109.50     502.08
274     M1        C1        C1       1      111.00     502.08
275     M1        C1        C2       1      111.00     502.08
276     M1        C1        C3       1      111.00     502.08
277     M1        C2        C1       1      111.00     502.08
278     M1        C2        C2       1      111.00     502.08
279     M1        C2        C3       1      111.00     502.08
280     M2        C1        C1       1      111.00     502.08
281     M2        C1        C2       1      111.00     502.08
282     M2        C1        C3       1      111.00     502.08
283     M2        C2        C1       1      111.00     502.08
284     M2        C2        C2       1      111.00     502.08
285     M2        C2        C3       1      111.00     502.08
286     M3        C1        C1       1      111.00     502.08
287     M3        C1        C2       1      111.00     502.08
288     M3        C1        C3       1      111.00     502.08
289     M3        C2        C1       1      111.00     502.08
290     M3        C2        C2       1      111.00     502.08
291     M3        C2        C3       1      111.00     502.08
292     A6        C1        H        1      109.50     502.08
293     A6        C2        H        1      109.50     502.08
294     A6        C3        H        1      109.50     502.08
295     A5        C1        H        1      109.50     502.08
296     A5        C2        H        1      109.50     502.08
297     A5        C3        H        1      109.50     502.08
298     A7        C1        H        1      109.50     502.08
299     A7        C2        H        1      109.50     502.08
300     A7        C3        H        1      109.50     502.08
301     Aprime        C1        H        1      109.50     502.08
302     Aprime        C2        H        1      109.50     502.08
303     Aprime        C3        H        1      109.50     502.08
304     Abis        C2        H        1      109.50     502.08
305     Abis        C3        H        1      109.50     502.08
306     Abis        C1        H        1      109.50     502.08
307     C1        C1        N        1      109.10     502.08
308     C1        C1        N1       1      109.10     502.08
309     C1        C1        N2       1      109.10     502.08
310     C1        C2        N        1      109.10     502.08
311     C1        C2        N1       1      109.10     502.08
312     C1        C2        N2       1      109.10     502.08
313     C2        C1        N        1      109.10     502.08
314     C2        C1        N1       1      109.10     502.08
315     C2        C1        N2       1      109.10     502.08
316     C2        C2        N        1      109.10     502.08
317     C2        C2        N1       1      109.10     502.08
318     C2        C2        N2       1      109.10     502.08
319     C3        C1        N        1      109.10     502.08
320     C3        C1        N1       1      109.10     502.08
321     C3        C1        N2       1      109.10     502.08
322     C3        C2        N        1      109.10     502.08
323     C3        C2        N1       1      109.10     502.08
324     C3        C2        N2       1      109.10     502.08
325     CP        C1        N        1      104.00     502.08
326     CP        C1        N1       1      109.10     502.08
327     CP        C1        N2       1      109.10     502.08
328     A6        C1        N        1      111.30     502.08
329     A6        C1        N1       1      111.30     502.08
330     A6        C1        N2       1      111.30     502.08
331     A6        C2        N        1      111.30     502.08
332     A6        C2        N1       1      111.30     502.08
333     A6        C2        N2       1      111.30     502.08
334     A5        C1        N        1      111.30     502.08
335     A5        C1        N1       1      111.30     502.08
336     A5        C1        N2       1      111.30     502.08
337     A5        C2        N        1      111.30     502.08
338     A5        C2        N1       1      111.30     502.08
339     A5        C2        N2       1      111.30     502.08
340     A7        C1        N        1      111.30     502.08
341     A7        C1        N1       1      111.30     502.08
342     A7        C1        N2       1      111.30     502.08
343     A7        C2        N        1      111.30     502.08
344     A7        C2        N1       1      111.30     502.08
345     A7        C2        N2       1      111.30     502.08
346     Aprime        C1        N        1      111.30     502.08
347     Aprime        C1        N1       1      111.30     502.08
348     Aprime        C1        N2       1      111.30     502.08
349     Aprime        C2        N        1      111.30     502.08
350     Aprime        C2        N1       1      111.30     502.08
351     Aprime        C2        N2       1      111.30     502.08
352     Abis        C2        N        1      111.30     502.08
353     Abis        C2        N1       1      111.30     502.08
354     Abis        C2        N2       1      111.30     502.08
355     A6        C1        M1       1      111.30     502.08
356     A6        C1        M2       1      111.30     502.08
357     A6        C1        M3       1      111.30     502.08
358     A6        C2        M1       1      111.30     502.08
359     A6        C2        M2       1      111.30     502.08
360     A6        C2        M3       1      111.30     502.08
361     A5        C1        M1       1      111.30     502.08
362     A5        C1        M2       1      111.30     502.08
363     A5        C1        M3       1      111.30     502.08
364     A5        C2        M1       1      111.30     502.08
365     A5        C2        M2       1      111.30     502.08
366     A5        C2        M3       1      111.30     502.08
367     A7        C1        M1       1      111.30     502.08
368     A7        C1        M2       1      111.30     502.08
369     A7        C1        M3       1      111.30     502.08
370     A7        C2        M1       1      111.30     502.08
371     A7        C2        M2       1      111.30     502.08
372     A7        C2        M3       1      111.30     502.08
373     Aprime        C1        M1       1      111.30     502.08
374     Aprime        C1        M2       1      111.30     502.08
375     Aprime        C1        M3       1      111.30     502.08
376     Aprime        C2        M1       1      111.30     502.08
377     Aprime        C2        M2       1      111.30     502.08
378     Aprime        C2        M3       1      111.30     502.08
379     Abis        C2        M1       1      111.30     502.08
380     Abis        C2        M2       1      111.30     502.08
381     Abis        C2        M3       1      111.30     502.08
382     Abis        C1        M1       1      111.30     502.08
383     Abis        C1        M2       1      111.30     502.08
384     Abis        C1        M3       1      111.30     502.08
385     Abis        C1        N        1      111.30     502.08
386     Abis        C1        N1       1      111.30     502.08
387     Abis        C1        N2       1      111.30     502.08
388     C1        C1        C1       1      111.40     502.08
389     C1        C1        C2       1      111.40     502.08
390     C1        C1        C3       1      111.40     502.08
391     C1        C2        C1       1      111.40     502.08
392     C1        C2        C2       1      111.40     502.08
393     C1        C2        C3       1      111.40     502.08
394     C1        CP        CP       1      107.20     502.08
395     C2        C1        C2       1      111.40     502.08
396     C2        C1        C3       1      111.40     502.08
397     C2        C2        C2       1      111.40     502.08
398     C2        C2        C3       1      111.40     502.08
399     C3        C1        C3       1      111.40     502.08
400     C3        C2        C3       1      111.40     502.08
401     CP        CP        CP       1      103.90     502.08
402      N        CP        CP       1      105.10     502.08
403     N1        CP        CP       1      105.10     502.08
404     N2        CP        CP       1      105.10     502.08
405     Aprime        N         CP       1      125.80     502.08
406     A6        C1        C1       1      114.10     502.08
407     A6        C1        C2       1      114.10     502.08
408     A6        C1        C3       1      114.10     502.08
409     A6        C2        C1       1      114.10     502.08
410     A6        C2        C2       1      114.10     502.08
411     A6        C2        C3       1      114.10     502.08
412     A5        C1        C1       1      113.90     502.08
413     A5        C1        C2       1      113.90     502.08
414     A5        C1        C3       1      113.90     502.08
415     A5        C2        C1       1      113.90     502.08
416     A5        C2        C2       1      113.90     502.08
417     A5        C2        C3       1      113.90     502.08
418     A7        C1        C1       1      110.10     502.08
419     A7        C1        C2       1      110.10     502.08
420     A7        C1        C3       1      110.10     502.08
421     A7        C2        C1       1      110.10     502.08
422     A7        C2        C2       1      110.10     502.08
423     A7        C2        C3       1      110.10     502.08
424     Aprime        C1        C1       1      110.10     502.08
425     Aprime        C1        C2       1      110.10     502.08
426     Aprime        C1        C3       1      110.10     502.08
427     Aprime        C1        CP       1      111.90     502.08
428     Abis        C1        CP       1      110.10     502.08
429     Aprime        C2        C1       1      110.10     502.08
430     Aprime        C2        C2       1      110.10     502.08
431     Aprime        C2        C3       1      110.10     502.08
432     Abis        C2        C1       1      110.10     502.08
433     Abis        C2        C2       1      110.10     502.08
434     Abis        C2        C3       1      110.10     502.08
435     S         C2        C1       1      115.50     502.08
436     S         C2        C2       1      115.50     502.08
437     S         C2        C3       1      115.50     502.08
438     SH        C2        C1       1      115.50     502.08
439     SH        C2        C2       1      115.50     502.08
440     SH        C2        C3       1      115.50     502.08
441     S         C2        H        1      110.00     502.08
442     S         C3        H        1      110.00     502.08
443     SH        C2        H        1      110.00     502.08
444     C2        SH        H        1      110.00     502.08
445     H         A6        H        1      120.00     502.08
446     H         A5        H        1      120.00     502.08
447     H         A7        H        1      120.00     502.08
448     A6        A6        H        1      120.00     502.08
449     A6        A7        H        1      120.00     502.08
450     A5        A5        H        1      126.00     502.08
451     A5        A7        H        1      120.00     502.08
452     A7        A6        H        1      120.00     502.08
453     A7        A5        H        1      126.00     502.08
454     A7        A7        H        1      120.00     502.08
455     O         A6        O        1      120.00     502.08
456     O         Aprime        O        1      120.00     502.08
457     OH        Aprime        O        1      120.00     502.08
458     O2        A6        O        1      120.00     502.08
459     OR        A6        O        1      120.00     502.08
460     N         A6        H        1      120.00     502.08
461     N         A5        H        1      126.00     502.08
462     N         A7        H        1      120.00     502.08
463     N1        A6        H        1      120.00     502.08
464     N1        A5        H        1      126.00     502.08
465     N1        A7        H        1      120.00     502.08
466     N2        A6        H        1      120.00     502.08
467     N2        A5        H        1      126.00     502.08
468     N2        A7        H        1      120.00     502.08
469     N         Aprime        O        1      123.50    1004.16
470     N1        Aprime        O        1      123.50    1004.16
471     N2        Aprime        O        1      123.50    1004.16
472     C1        Aprime        O        1      121.00     502.08
473     C1        Aprime        OH       1      121.00     502.08
474     C2        Aprime        O        1      121.00     502.08
475     C2        Aprime        OH       1      121.00     502.08
476     C3        Aprime        O        1      121.00     502.08
477     C3        Aprime        C3       1      121.00     502.08
478     C1        Aprime        N        1      115.50     502.08
479     C1        Aprime        N1       1      115.50     502.08
480     C1        Aprime        N2       1      115.50     502.08
481     C2        Aprime        N        1      115.50     502.08
482     C2        Aprime        N1       1      115.50     502.08
483     C2        Aprime        N2       1      115.50     502.08
484     C3        Aprime        N        1      115.50     502.08
485     C3        Aprime        N1       1      115.50     502.08
486     C3        Aprime        N2       1      115.50     502.08
487     Obis        Abis        C1       1      117.70     502.08
488     Obis        Abis        C2       1      117.70     502.08
489     Obis        Abis        C3       1      117.70     502.08
490     Obis        Abis        Obis       1      124.60    1004.16
491     C2        A5        A5       1      126.00     502.08
492     C2        A5        L5       1      126.00     502.08
493     L5        A5        H        1      126.00     502.08
494     C2        A5        A7       1      126.00     502.08
495     A5        A5        N        1      108.00    1004.16
496     A5        A5        N1       1      108.00    1004.16
497     A5        A5        N2       1      108.00    1004.16
498     A5        A5        L5       1      108.00    1004.16
499     N1        A5        L5       1      108.00    1004.16
500     C2        A5        N1       1      126.00     502.08
501     A7        A5        A5       1      108.00    1004.16
502     M1        A6        M1       1      120.00    1004.16
503     M1        A6        M2       1      120.00    1004.16
504     M1        A6        M3       1      120.00    1004.16
505     M2        A6        M2       1      120.00    1004.16
506     M2        A6        M3       1      120.00    1004.16
507     M3        A6        M3       1      120.00    1004.16
508     A6        A6        C1       1      120.10     502.08
509     A6        A6        C2       1      120.10     502.08
510     A6        A6        C3       1      120.10     502.08
511     A6        A6        A6       1      120.00    1004.16
512     A6        A6        OH       1      118.40     502.08
513     A7        A6        A6       1      120.00    1004.16
514     A5        A7        A7       1      108.00    1004.16
515     A7        A7        A6       1      120.00    1004.16
516     A5        A7        A6       1      132.00    1004.16
517     N         A7        A6       1      132.00     502.08
518     N1        A7        A6       1      132.00     502.08
519     N2        A7        A6       1      132.00     502.08
520     N1        A7        A7       1      108.00    1004.16
521     L5        A7        A6       1      132.00     502.08
522     L6        A7        A6       1      132.00     502.08
523     C2        S         C2       1       99.10     502.08
524     C2        S         C3       1       99.10     502.08
525     S         S         C2       1      104.30     502.08
526     HN        M2        HN       1      120.00     502.08
527     HN        M3        HN       1      109.50     502.08
528     C1        M1        HN       1      119.50     502.08
529     C1        M2        HN       1      119.50     502.08
530     C1        M3        HN       1      109.50     502.08
531     C2        M1        HN       1      119.50     502.08
532     C2        M2        HN       1      119.50     502.08
533     C2        M3        HN       1      109.50     502.08
534     C3        M1        HN       1      119.50     502.08
535     C3        M2        HN       1      119.50     502.08
536     C3        M3        HN       1      109.50     502.08
537     A6        M1        HN       1      119.60     502.08
538     A6        M2        HN       1      119.60     502.08
539     A6        M3        HN       1      119.60     502.08
540     A6        M1        C1       1      123.20     502.08
541     A6        M1        C2       1      123.20     502.08
542     A6        M1        C3       1      123.20     502.08
543     A6        M2        C1       1      123.20     502.08
544     A6        M2        C2       1      123.20     502.08
545     A6        M2        C3       1      123.20     502.08
546     A6        M3        C1       1      123.20     502.08
547     A6        M3        C2       1      123.20     502.08
548     A6        M3        C3       1      123.20     502.08
549     A5        L5        A5       1      108.00    1004.16
550     A6        N1        A6       1      120.00     502.08
551     OH        C1        N        1      109.50     502.08
552     OH        C1        N1       1      109.50     502.08
553     OH        C1        N2       1      109.50     502.08
554     C3        A7        A6       1      108.86     502.08
555     C3        A7        A7       1      132.53     502.08
556     L5        A7        A7       1      108.00     502.08
557     A7        A7        L6       1      120.00     502.08
558     A5        L5        A7       1      108.00     502.08
559     A6        L5        A7       1      119.33     502.08
560     N1        A5        N1       1      108.00    1004.16
561     Y         A6        H        1      120.00     502.08
562     Z         C2        H        1      110.00     502.08
563     Z         C3        H        1      110.00     502.08
564     Z         A6        H        1      120.00     502.08
565     A6        N         FE       1      120.00     502.08
566     A6        N1        FE       1      120.00     502.08
567     A6        N2        FE       1      120.00     502.08
568     A5        N         FE       1      120.00     502.08
569     A5        N1        FE       1      120.00     502.08
570     A5        N2        FE       1      120.00     502.08
571     A7        N         FE       1      120.00     502.08
572     A7        N1        FE       1      120.00     502.08
573     A7        N2        FE       1      120.00     502.08
574     Aprime        N         FE       1      120.00     502.08
575     Aprime        N1        FE       1      120.00     502.08
576     Aprime        N2        FE       1      120.00     502.08
577     Y         R         Y        1      105.40    1004.16
578     Y         A6        Y        1      124.50     502.08
579     Y         Aprime        Y        1      124.50     502.08
580     Y         W         Y        1      105.40     502.08
581     FE        W         Y        1      127.30     502.08
582     R         Y         A6       1      125.50    1004.16
583     R         Y         Aprime       1      125.50    1004.16
584     W         Y         A6       1      125.20    1004.16
585     W         Y         Aprime       1      125.20    1004.16
586     Z         Y         A6       1      124.20    1004.16
587     Z         Y         Aprime       1      124.20    1004.16
588     Z         Y         R        1      109.50    1004.16
589     Z         Y         W        1      109.50    1004.16
590     Y         Z         C2       1      125.40     502.08
591     Y         Z         C3       1      125.40     502.08
592     Y         Z         A6       1      124.40    1004.16
593     Y         Z         Aprime       1      124.40    1004.16
594     Z         Z         C2       1      127.50     502.08
595     Z         Z         C3       1      127.50     502.08
596     Z         Z         A6       1      128.40    1004.16
597     Z         Z         Aprime       1      128.40    1004.16
598     Z         Z         Y        1      107.00    1004.16
599     Z         C2        C1       1      109.50     502.08
600     Z         C2        C2       1      109.50     502.08
601     Z         C2        C3       1      109.50     502.08
602     Z         A6        A6       1      120.00    1004.16
603     Z         A6        A7       1      120.00    1004.16
604     W         FE        N        1       90.00     502.08
605     W         FE        N1       1       90.00     502.08
606     W         FE        N2       1       90.00     502.08
607     W         FE        W        1      180.00     502.08
608     OF        FE        N        1      180.00     502.08
609     OF        FE        N1       1      180.00     502.08
610     OF        FE        N2       1      180.00     502.08
611     OF        FE        W        1       90.00     502.08
612     OF        OF        FE       1      120.00     502.08
613
614
615 [ dihedraltypes ]
616 ; Encad proper dihedrals. Note that there is a difference pf
617 ; sign in the cosine definition between Gromacs and Encad. All angle values
618 ; here are thus offset 180 degrees.
619   ; i    l func        q0          cq
620     C1        A6        A6        H     1    180.00      167.36      1
621     C2        A6        A6        H     1    180.00      167.36      1
622     C2        A5        A5        H     1    180.00      167.36      1
623     C2        A5        A7        H     1    180.00      167.36      1
624     C3        A6        A6        H     1    180.00      167.36      1
625     C3        A7        A6        H     1    180.00      167.36      1
626     C3        A7        A7        H     1    180.00      167.36      1
627     C2        A5        A7        A6    1    180.00      167.36      1
628     H         A6        N         C1    1    180.00      167.36      1
629     A6        A6        A6        H     1      0.00      167.36      1
630     L5        A7        A7        L5    1      0.00      167.36      1
631     L5        A7        A7        L6    1          0.00      167.36      1
632     L6        A7        A7        L6    1          0.00      167.36      1
633     N         A7        A6        A6    1          0.00      167.36      1
634     N1        A7        A6        A6    1          0.00      167.36      1
635     N2        A7        A6        A6    1          0.00      167.36      1
636     N1        A7        A7        A6    1          0.00      167.36      1
637     A6        A7        L5        A5    1    180.00       83.68          2 
638     A7        A7        N1        A5    1    180.00      167.36      1
639     Aprime        N         C1        Aprime    1      0.00        0.00      0 ; will be removed by grompp
640     Aprime        N         C2        Aprime    1      0.00        0.00      0 ; will be removed by grompp
641     Aprime        N1        C1        Aprime    1      0.00        0.00      0 ; will be removed by grompp
642     Aprime        N1        C2        Aprime    1      0.00        0.00      0 ; will be removed by grompp
643     Aprime        N2        C1        Aprime    1      0.00        0.00      0 ; will be removed by grompp
644     Aprime        N2        C2        Aprime    1      0.00        0.00      0 ; will be removed by grompp
645     HN        N2        Aprime        N2    1    180.00       41.84      2 ; not present in aanahn
646     C1        Aprime        N         C1    1    180.00       41.84      2
647     C1        Aprime        N         C2    1    180.00       41.84      2
648     C1        Aprime        N         C3    1    180.00       41.84      2
649     C1        Aprime        N1        C1    1    180.00       41.84      2
650     C1        Aprime        N1        C2    1    180.00       41.84      2
651     C1        Aprime        N1        C3    1    180.00       41.84      2
652     C1        Aprime        N2        C1    1    180.00       41.84      2
653     C1        Aprime        N2        C2    1    180.00       41.84      2
654     C1        Aprime        N2        C3    1    180.00       41.84      2
655     C2        Aprime        N         C1    1    180.00       41.84      2
656     C2        Aprime        N         C2    1    180.00       41.84      2
657     C2        Aprime        N         C3    1    180.00       41.84      2
658     C2        Aprime        N1        C1    1    180.00       41.84      2
659     C2        Aprime        N1        C2    1    180.00       41.84      2
660     C2        Aprime        N1        C3    1    180.00       41.84      2
661     C2        Aprime        N2        C1    1    180.00       41.84      2
662     C2        Aprime        N2        C2    1    180.00       41.84      2
663     C2        Aprime        N2        C3    1    180.00       41.84      2
664     C3        Aprime        N         C1    1    180.00       41.84      2
665     C3        Aprime        N         C2    1    180.00       41.84      2
666     C3        Aprime        N         C3    1    180.00       41.84      2
667     C3        Aprime        N1        C1    1    180.00       41.84      2
668     C3        Aprime        N1        C2    1    180.00       41.84      2
669     C3        Aprime        N1        C3    1    180.00       41.84      2
670     C3        Aprime        N2        C1    1    180.00       41.84      2
671     C3        Aprime        N2        C2    1    180.00       41.84      2
672     C3        Aprime        N2        C3    1    180.00       41.84      2
673     C1        Aprime        N1        HN    1    180.00       41.84      2
674     C1        Aprime        N2        HN    1    180.00       41.84      2
675     C2        Aprime        N1        HN    1    180.00       41.84      2
676     C2        Aprime        N2        HN    1    180.00       41.84      2
677     C3        Aprime        N1        HN    1    180.00       41.84      2
678     C3        Aprime        N2        HN    1    180.00       41.84      2
679     C1        A6        A6        A6    1      0.00      334.72      1
680     C2        A6        A6        A6    1      0.00      334.72      1
681     C3        A6        A6        A6    1      0.00      334.72      1
682     A6        A6        A6        A6    1    180.00      334.72      1
683     N         C1        CP        CP    1    180.00       41.84      1
684     N1        C1        CP        CP    1    180.00       41.84      1
685     N2        C1        CP        CP    1    180.00       41.84      1
686     C1        Aprime        N         CP    1    180.00       41.84      2
687     C2        Aprime        N         CP    1    180.00       41.84      2
688     C3        Aprime        N         CP    1    180.00       41.84      2
689     Aprime        N         CP        CP    1      0.00       41.84      1
690     C1        A6        A6        X     1    180.00       41.84      2
691     C2        A6        A6        X     1    180.00       41.84      2
692     C2        A5        A5        X     1    180.00       41.84      2
693     C2        A5        A7        X     1    180.00       41.84      2
694     C3        A6        A6        X     1    180.00       41.84      2
695     C3        A7        A6        X     1    180.00       41.84      2
696     C3        A7        A7        X     1    180.00       41.84      2
697     X         A5        N         C1    1      0.00      167.36      1
698     X         A5        N         C2    1      0.00      167.36      1
699     X         A5        N         C3    1      0.00      167.36      1
700     X         A5        N1        C1    1      0.00      167.36      1
701     X         A5        N1        C2    1      0.00      167.36      1
702     X         A5        N1        C3    1      0.00      167.36      1
703     X         A5        N2        C1    1      0.00      167.36      1
704     X         A5        N2        C2    1      0.00      167.36      1
705     X         A5        N2        C3    1      0.00      167.36      1
706     C2        A5        N1        X     1      0.00      167.36      1
707     X         A6        N         C1    1      0.00      167.36      1
708     X         A6        N         C2    1      0.00      167.36      1
709     X         A6        N         C3    1      0.00      167.36      1
710     X         A7        N         C1    1    180.00      167.36      1
711     X         A7        N         C2    1    180.00      167.36      1
712     X         A7        N         C3    1    180.00      167.36      1
713     X         A7        N1        C1    1    180.00      167.36      1
714     X         A7        N1        C2    1    180.00      167.36      1
715     X         A7        N1        C3    1    180.00      167.36      1
716     X         A7        N2        C1    1    180.00      167.36      1
717     X         A7        N2        C2    1    180.00      167.36      1
718     X         A7        N2        C3    1    180.00      167.36      1
719     S         S         C2        X     1      0.00        0.00      0 ; will be removed by grompp
720     X         A6        A6        X     1    180.00      167.36      1
721     X         A6        A7        X     1    180.00      167.36      1
722     X         A5        A5        X     1    180.00      167.36      1
723     X         A5        A7        X     1    180.00      167.36      1
724     X         A7        A7        X     1    180.00      167.36      1
725     X         A5        N         X     1    180.00      334.72      2
726     X         A5        N1        X     1    180.00      334.72      2
727     X         A5        N2        X     1    180.00      334.72      2
728     X         A5        L5        X     1    180.00       41.84      2
729     X         A6        N         X     1    180.00      167.36      1
730     X         A6        N1        X     1    180.00      167.36      1 
731     X         A6        N2        X     1    180.00      167.36      1
732     X         A6        L5        X     1    180.00      167.36      1 
733     X         A6        L6        X     1    180.00      167.36      1 
734     X         A7        L5        X     1    180.00      167.36      1 
735     X         A7        L6        X     1    180.00      167.36      1 
736     X         P         O2        X     1      0.00       8.368      3
737     X         P         OP        X     1      0.00       8.368      3
738     X         N         C1        X     1      0.00        0.00      0 ; will be removed by grompp
739     X         N         C2        X     1      0.00        0.00      0 ; will be removed by grompp
740     X         N         C3        X     1      0.00        0.00      0 ; will be removed by grompp
741     X         N         CP        X     1      0.00        0.00      0 ; will be removed by grompp
742     X         N1        C1        X     1      0.00        0.00      0 ; will be removed by grompp
743     X         N1        C2        X     1      0.00        0.00      0 ; will be removed by grompp
744     X         N1        C3        X     1      0.00        0.00      0 ; will be removed by grompp
745     X         N1        CP        X     1      0.00        0.00      0 ; will be removed by grompp
746     X         N2        C1        X     1      0.00        0.00      0 ; will be removed by grompp
747     X         N2        C2        X     1      0.00        0.00      0 ; will be removed by grompp
748     X         N2        C3        X     1      0.00        0.00      0 ; will be removed by grompp
749     X         N2        CP        X     1      0.00        0.00      0 ; will be removed by grompp
750     X         C1        O         X     1      0.00      2.5104      3
751     X         C1        OH        X     1      0.00      2.5104      3
752     X         C2        OH        X     1      0.00      2.5104      3
753     X         C2        O2        X     1      0.00      2.5104      3
754     X         C2        OR        X     1      0.00      2.5104      3
755     X         C3        OH        X     1      0.00      2.5104      3
756     X         C1        C1        X     1      0.00      5.8576      3
757     X         C1        C2        X     1      0.00      5.8576      3
758     X         C1        C3        X     1      0.00      5.8576      3
759     X         C2        C2        X     1      0.00      5.8576      3
760     X         C2        C3        X     1      0.00      5.8576      3
761     X         C3        C3        X     1      0.00      5.8576      3
762     X         C1        CP        X     1    180.00      5.8576      3
763     X         CP        CP        X     1    180.00      5.8576      3
764     X         C1        Aprime        X     1      0.00        0.00      0 ; will be removed by grompp
765     X         C2        Aprime        X     1      0.00        0.00      0 ; will be removed by grompp
766     X         C3        Aprime        X     1      0.00        0.00      0 ; will be removed by grompp
767     X         CP        Aprime        X     1      0.00        0.00      0 ; will be removed by grompp
768     X         C1        A6        X     1      0.00      0.4184      6
769     X         C1        A5        X     1      0.00      0.4184      6
770     X         C1        A7        X     1      0.00      0.4184      6
771     X         C1        Abis        X     1      0.00      0.4184      6
772     X         C2        A6        X     1      0.00      0.4184      6
773     X         C2        A5        X     1      0.00      0.4184      6
774     X         C2        A7        X     1      0.00      0.4184      6
775     X         C2        Abis        X     1      0.00      0.4184      6
776     X         C3        A6        X     1      0.00      0.4184      6
777     X         C3        A5        X     1      0.00      0.4184      6
778     X         C3        A7        X     1      0.00      0.4184      6
779     X         C3        Abis        X     1      0.00      0.4184      6
780     X         C1        M3        X     1      0.00      5.8576      3
781     X         C2        M3        X     1      0.00      5.8576      3
782     X         C3        M3        X     1      0.00      5.8576      3
783     X         A6        O2        X     1      0.00      2.5104      3
784     X         Aprime        OH        X     1      0.00      2.5104      3
785     X         A6        OH        X     1      0.00      2.5104      3
786     X         A6        M1        X     1    180.00       41.84      2
787     X         A6        M2        X     1    180.00       41.84      2
788     X         A6        M3        X     1    180.00       41.84      2
789     X         S         C2        X     1      0.00       4.184      3
790     X         S         C3        X     1      0.00       4.184      3
791     X         SH        C2        X     1      0.00       4.184      3
792     X         S         S         X     1      0.00      25.104      2
793     X         M1        C1        X     1      0.00      5.8576      3
794     X         M1        C2        X     1      0.00      5.8576      3
795     X         M1        C3        X     1      0.00      5.8576      3
796     X         M2        C1        X     1      0.00      5.8576      3
797     X         M2        C2        X     1      0.00      5.8576      3
798     X         M2        C3        X     1      0.00      5.8576      3
799     X         Y         A6        X     1    180.00       41.84      2
800     X         Y         Aprime        X     1    180.00       41.84      2
801     X         Y         R         X     1    180.00       83.68      2
802     X         Y         W         X     1    180.00       83.68      2
803     X         Z         C2        X     1      0.00      0.4184      6
804     X         Z         C3        X     1      0.00      0.4184      6
805     X         Z         A6        X     1    180.00       41.84      2
806     X         Z         Aprime        X     1    180.00       41.84      2
807     X         Z         Y         X     1    180.00       83.68      2
808     X         Z         Z         X     1    180.00       83.68      2
809     X         FE        N         X     1      0.00        0.00      0 ; will be removed by grompp
810     X         FE        N1        X     1      0.00        0.00      0 ; will be removed by grompp
811     X         FE        N2        X     1      0.00        0.00      0 ; will be removed by grompp
812     X         FE        W         X     1      0.00        0.00      0 ; will be removed by grompp
813     X         OF        FE        X     1      0.00        0.00      0 ; will be removed by grompp
814  
815
816
817 ; Encad out-of-plane potentials are the same functional form as
818 ; Gromacs proper dihedrals (i.e. cosine, but with shifted sign).
819 ; Note that the atom order is different too; In Gromacs, the first atom
820 ; of an improper is the center one, while it is the 3rd in Encad.
821
822 ; Since they use the same type as proper dihedrals we use defines here
823 ; to avoid mistakes in ambiguous cases.
824 ;
825 ; Note: the three parameters are repeated, to avoid having the free energy B state
826 ; picked up from the default proper dihedral parameter types 
827 ; (grompp would give errors about non-matching multiplicity between A/B states)
828 ;
829 ; DNA
830 #define improper_X_X_P_X          180.0   8.368  3        180.0   8.368  3
831 #define improper_X_X_M2_X         180.0   8.368  2        180.0   8.368  2
832 ; Proteins
833 #define improper_X_X_N_X          180.0   8.368  2        180.0   8.368  2                      
834 #define improper_X_X_C_X          180.0   8.368  3        180.0   8.368  3      
835 #define improper_X_X_A_X          180.0   8.368  2        180.0   8.368  2                      
836 #define improper_A_X_C1_X          60.0  75.312  1         60.0  75.312  1
837 #define improper_A_X_C1_H         -60.0  75.312  1        -60.0  75.312  1
838 #define improper_X_X_C1_A          60.0  75.312  1         60.0  75.312  1
839 #define improper_C3_C2_C1_C3   60.0  75.312      1     60.0  75.312      1
840 #define improper_C_C1_C1_C3        60.0  75.312  1         60.0  75.312  1
841 #define improper_C3_C1_C1_OH  -60.0  75.312      1    -60.0  75.312      1
842 #define improper_C1_C2_C1_C3  -60.0  75.312      1    -60.0  75.312      1
843 #define improper_N_A_C1_C         -60.0  75.312  1        -60.0  75.312  1
844 #define improper_M_A_C1_C     -60.0  75.312      1    -60.0  75.312  1
845 #define improper_X_X_M_X          180.0   8.368  2        180.0   8.368  2
846 #define improper_X_X_M3_X         180.0   8.368  3        180.0   8.368  3
847 ; Heme
848 #define improper_X_X_R_X          180.0   8.368  2        180.0   8.368  2
849 #define improper_X_X_W_X          180.0   8.368  2        180.0   8.368  2
850 #define improper_X_X_Y_X          180.0   8.368  2        180.0   8.368  2
851 #define improper_X_X_Z_X          180.0   8.368  2        180.0   8.368  2
852 #define improper_X_X_FE_X         180.0   0.000  4        180.0   0.000  4
853 #define improper_X_X_OF_X         180.0   8.368  2        180.0   8.368  2
854
855
856