share/top/encadv.ff/aminoacids.rtp

   1 ;
   2 ; Encad residue topology file.
   3 ; Note that this is only a subset of all molecules described
   4 ; in Encad. If you need to use a new one, it might help to
   5 ; study the parameter files of Encad.
   6 ;
   7 [ bondedtypes ]
   8 ; Column 1 : default bondtype
   9 ; Column 2 : default angletype
  10 ; Column 3 : default proper dihedraltype
  11 ; Column 4 : default improper dihedraltype
  12 ; Column 5 : This controls the generation of dihedrals from the bonding.
  13 ;            All possible dihedrals are generated automatically. A value of
  14 ;            1 here means that all these are retained. A value of
  15 ;            0 here requires generated dihedrals be removed if
  16 ;              * there are any dihedrals on the same central atoms
  17 ;                specified in the residue topology, or
  18 ;              * there are other identical generated dihedrals
  19 ;                sharing the same central atoms, or
  20 ;              * there are other generated dihedrals sharing the
  21 ;                same central bond that have fewer hydrogen atoms
  22 ; Column 6 : number of neighbors to exclude from non-bonded interactions
  23 ; Column 7 : 1 = generate 1,4 interactions between pairs of hydrogen atoms
  24 ;            0 = do not generate such
  25 ; Column 8 : 1 = remove proper dihedrals if found centered on the same
  26 ;                bond as an improper dihedral
  27 ;            0 = do not generate such
  28 ; bonds  angles  dihedrals  impropers all_dihedrals nrexcl  bHH14 bRemoveDih
  29      1       1        1          1        0         3        1
  30
  31
  32 [ ACE ]
  33  [ atoms ]
  34    CH3    C3   -0.357     1
  35   HH31     H    0.119     1
  36   HH32     H    0.119     1
  37   HH33     H    0.119     1
  38      C    Aprime    0.380     2
  39      O     O   -0.380     2
  40  [ bonds ]
  41    CH3   HH31
  42    CH3   HH32
  43    CH3   HH33
  44    CH3      C
  45      C      O
  46 [ dihedrals ]
  47   HH33    CH3     C     +N
  48    CH3      C    +N    +CA
  49 [ impropers ]
  50      C   HH33   CH3   HH31     improper_X_X_C_X
  51      C   HH33   CH3   HH32     improper_X_X_C_X
  52    CH3     +N     C      O     improper_X_X_A_X
  53
  54
  55 [ ALA ]
  56  [ atoms ]
  57      N    N1   -0.333     0
  58      H    HN    0.333     0
  59     CA    C1   -0.119     1
  60     HA    H     0.119     1
  61     CB    C3   -0.357     2
  62    HB1    H     0.119     2
  63    HB2    H     0.119     2
  64    HB3    H     0.119     2
  65      C    Aprime    0.380     3
  66      O    O    -0.380     3
  67  [ bonds ]
  68      N     H
  69      N    CA
  70     CA    HA
  71     CA    CB
  72     CA     C
  73     CB   HB1
  74     CB   HB2
  75     CB   HB3
  76      C     O
  77     -C     N
  78  [ dihedrals ]
  79   -CA      -C      N     CA
  80    -C       N     CA      C
  81     N      CA     CB    HB3
  82     N      CA      C     +N
  83  [ impropers ]
  84     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
  85      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
  86      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
  87     CA    HB3     CB    HB1      improper_X_X_C_X
  88     CA    HB3     CB    HB2      improper_X_X_C_X
  89     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
  90
  91
  92
  93 [ ARG ]
  94  [ atoms ]
  95      N    N1   -0.333     0
  96      H    HN    0.333     0
  97     CA    C1   -0.119     1
  98     HA    H     0.119     1
  99     CB    C2   -0.238     2
 100    HB1    H     0.119     2
 101    HB2    H     0.119     2
 102     CG    C2   -0.238     3
 103    HG1    H     0.119     3
 104    HG2    H     0.119     3
 105     CD    C2   -0.238     4
 106    HD1    H     0.119     4
 107    HD2    H     0.119     4
 108     NE    M1   -0.333     5
 109     HE    HN    0.333     5
 110     CZ    A6    0.000     6
 111    NH1    M2   -0.666     7
 112   HH11    HN    0.383     7
 113   HH12    HN    0.383     7
 114    NH2    M2   -0.666     8
 115   HH21    HN    0.383     8
 116   HH22    HN    0.383     8
 117      C    Aprime    0.380     9
 118      O    O    -0.380     9
 119  [ bonds ]
 120      N     H
 121      N    CA
 122     CA    HA
 123     CA    CB
 124     CA     C
 125     CB   HB1
 126     CB   HB2
 127     CB    CG
 128     CG   HG1
 129     CG   HG2
 130     CG    CD
 131     CD   HD1
 132     CD   HD2
 133     CD    NE
 134     NE    HE
 135     NE    CZ
 136     CZ   NH1
 137     CZ   NH2
 138    NH1  HH11
 139    NH1  HH12
 140    NH2  HH21
 141    NH2  HH22
 142      C     O
 143     -C     N
 144  [ dihedrals ]
 145   -CA      -C      N     CA
 146    -C       N     CA      C
 147     N      CA     CB     CG
 148     N      CA      C     +N
 149    CA      CB     CG     CD
 150    CB      CG     CD     NE
 151    CG      CD     NE     CZ
 152    CD      NE     CZ    NH2
 153    NE      CZ    NH1   HH12
 154    NE      CZ    NH2   HH22
 155  [ impropers ]
 156     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
 157      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
 158      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
 159     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
 160         CA     CG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
 161     CA     CG     CB    HB2      improper_X_X_C_X
 162         CB     CD     CG    HG1      improper_X_X_C_X
 163         CB     CD     CG    HG2      improper_X_X_C_X
 164     CG     NE     CD    HD1      improper_X_X_C_X
 165     CG     NE     CD    HD2      improper_X_X_C_X
 166     CD     CZ     NE     HE      improper_X_X_M_X
 167     NE    NH2     CZ    NH1      improper_X_X_A_X
 168     CZ   HH12    NH1   HH11      improper_X_X_M_X
 169     CZ   HH22    NH2   HH21      improper_X_X_M_X
 170
 171
 172 [ ARGN ]
 173  [ atoms ]
 174      N    N1   -0.333     0
 175      H    HN    0.333     0
 176     CA    C1   -0.119     1
 177     HA    H     0.119     1
 178     CB    C2   -0.238     2
 179    HB1    H     0.119     2
 180    HB2    H     0.119     2
 181     CG    C2   -0.238     3
 182    HG1    H     0.119     3
 183    HG2    H     0.119     3
 184     CD    C2   -0.238     4
 185    HD1    H     0.119     4
 186    HD2    H     0.119     4
 187     NE    M1   -0.333     5
 188     HE    HN    0.383     5
 189     CZ    A6    0.000     6
 190    NH1    M1   -0.333     7
 191    HH1    HN    0.333     7
 192    NH2    M2   -0.666     8
 193   HH21    HN    0.333     8
 194   HH22    HN    0.333     8
 195      C    Aprime    0.380     9
 196      O    O    -0.380     9
 197  [ bonds ]
 198      N     H
 199      N    CA
 200     CA    HA
 201     CA    CB
 202     CA     C
 203     CB   HB1
 204     CB   HB2
 205     CB    CG
 206     CG   HG1
 207     CG   HG2
 208     CG    CD
 209     CD   HD1
 210     CD   HD2
 211     CD    NE
 212     NE    HE
 213     NE    CZ
 214     CZ   NH1
 215     CZ   NH2
 216    NH1   HH1
 217    NH2  HH21
 218    NH2  HH22
 219      C     O
 220     -C     N
 221  [ dihedrals ]
 222   -CA      -C      N     CA
 223    -C       N     CA      C
 224     N      CA     CB     CG
 225     N      CA      C     +N
 226    CA      CB     CG     CD
 227    CB      CG     CD     NE
 228    CG      CD     NE     CZ
 229    CD      NE     CZ    NH2
 230    NE      CZ    NH1    HH1
 231    NE      CZ    NH2   HH22
 232  [ impropers ]
 233     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
 234      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
 235      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
 236     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
 237         CA     CG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
 238     CA     CG     CB    HB2      improper_X_X_C_X
 239         CB     CD     CG    HG1      improper_X_X_C_X
 240         CB     CD     CG    HG2      improper_X_X_C_X
 241     CG     NE     CD    HD1      improper_X_X_C_X
 242     CG     NE     CD    HD2      improper_X_X_C_X
 243     CD     CZ     NE     HE      improper_X_X_M_X
 244     NE    NH1     CZ    NH2      improper_X_X_A_X
 245     CZ   HH21    NH2   HH22      improper_X_X_M_X
 246
 247
 248 [ ASN ]
 249  [ atoms ]
 250      N    N1   -0.333     0
 251      H    HN    0.333     0
 252     CA    C1   -0.119     1
 253     HA    H     0.119     1
 254     CB    C2   -0.238     2
 255    HB1    H     0.119     2
 256    HB2    H     0.119     2
 257     CG    Aprime    0.380     3
 258    OD1    O    -0.380     3
 259    ND2    N2   -0.666     4
 260   HD21    HN    0.333     4
 261   HD22    HN    0.333     4
 262      C    Aprime    0.380     5
 263      O    O    -0.380     5
 264  [ bonds ]
 265      N     H
 266      N    CA
 267     CA    HA
 268     CA    CB
 269     CA     C
 270     CB   HB1
 271     CB   HB2
 272     CB    CG
 273     CG   OD1
 274     CG   ND2
 275    ND2  HD21
 276    ND2  HD22
 277      C     O
 278     -C     N
 279  [ dihedrals ]
 280   -CA      -C      N     CA
 281    -C       N     CA      C
 282     N      CA     CB     CG
 283     N      CA      C     +N
 284    CA      CB     CG    ND2
 285    CB      CG    ND2   HD22
 286  [ impropers ]
 287     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
 288      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
 289      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
 290     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
 291         CA     CG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
 292     CA     CG     CB    HB2      improper_X_X_C_X
 293         CB        ND2     CG    OD1      improper_X_X_A_X
 294     CG   HD22    ND2   HD21      improper_X_X_N_X
 295
 296
 297 [ ASP ]
 298  [ atoms ]
 299      N    N1   -0.333     0
 300      H    HN    0.333     0
 301     CA    C1   -0.119     1
 302     HA    H     0.119     1
 303     CB    C2   -0.238     2
 304    HB1    H     0.119     2
 305    HB2    H     0.119     2
 306     CG    Abis    0.640     3
 307    OD1    Obis   -0.420     3
 308    OD2    Obis   -0.420     3
 309      C    Aprime    0.380     4
 310      O    O    -0.380     4
 311  [ bonds ]
 312      N     H
 313      N    CA
 314     CA    HA
 315     CA    CB
 316     CA     C
 317     CB   HB1
 318     CB   HB2
 319     CB    CG
 320     CG   OD1
 321     CG   OD2
 322      C     O
 323     -C     N
 324  [ dihedrals ]
 325   -CA      -C      N     CA
 326    -C       N     CA      C
 327     N      CA     CB     CG
 328     N      CA      C     +N
 329    CA      CB     CG    OD2
 330  [ impropers ]
 331     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
 332      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
 333      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
 334     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
 335         CA     CG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
 336     CA     CG     CB    HB2      improper_X_X_C_X
 337     CB    OD2     CG    OD1      improper_X_X_A_X
 338
 339
 340 [ ASPH ]
 341  [ atoms ]
 342      N    N1   -0.333     0
 343      H    HN    0.333     0
 344     CA    C1   -0.119     1
 345     HA    H     0.119     1
 346     CB    C2   -0.238     2
 347    HB1    H     0.119     2
 348    HB2    H     0.119     2
 349     CG    Aprime    0.380     3
 350    OD1    O    -0.380     3
 351    OD2   OH    -0.433     4
 352    HD2   HO     0.433     4
 353      C    Aprime    0.380     5
 354      O    O    -0.380     5
 355  [ bonds ]
 356      N     H
 357      N    CA
 358     CA    HA
 359     CA    CB
 360     CA     C
 361     CB   HB1
 362     CB   HB2
 363     CB    CG
 364     CG   OD1
 365     CG   OD2
 366    OD2   HD2
 367      C     O
 368     -C     N
 369  [ dihedrals ]
 370   -CA      -C      N     CA
 371    -C       N     CA      C
 372     N      CA     CB     CG
 373     N      CA      C     +N
 374    CA      CB     CG    OD2
 375    CB      CG    OD2    HD2
 376  [ impropers ]
 377     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
 378      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
 379      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
 380     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
 381         CA     CG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
 382     CA     CG     CB    HB2      improper_X_X_C_X
 383    OD2     CB     CG    OD1      improper_X_X_A_X
 384
 385
 386
 387 [ CYS2 ] ; aka CYX
 388  [ atoms ]
 389      N    N1   -0.333     0
 390      H    HN    0.333     0
 391     CA    C1   -0.119     1
 392     HA    H     0.119     1
 393     CB    C2   -0.238     2
 394    HB1    H     0.119     2
 395    HB2    H     0.119     2
 396     SG    S     0.000     3
 397      C    Aprime    0.380     4
 398      O    O    -0.380     4
 399  [ bonds ]
 400      N     H
 401      N    CA
 402     CA    HA
 403     CA    CB
 404     CA     C
 405     CB   HB1
 406     CB   HB2
 407     CB    SG
 408      C     O
 409     -C     N
 410  [ dihedrals ]
 411   -CA      -C      N     CA
 412    -C       N     CA      C
 413     N      CA     CB     SG
 414     N      CA      C     +N
 415  [ impropers ]
 416     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
 417      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
 418      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
 419     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
 420         CA     SG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
 421     CA     SG     CB    HB2      improper_X_X_C_X
 422
 423
 424 [ CYSH ]
 425  [ atoms ]
 426      N    N1   -0.333     0
 427      H    HN    0.333     0
 428     CA    C1   -0.119     1
 429     HA    H     0.119     1
 430     CB    C2   -0.238     2
 431    HB1    H     0.119     2
 432    HB2    H     0.119     2
 433     SG    SH   -0.200     3
 434     HG    H     0.200     3
 435      C    Aprime    0.380     4
 436      O    O    -0.380     4
 437  [ bonds ]
 438      N     H
 439      N    CA
 440     CA    HA
 441     CA    CB
 442     CA     C
 443     CB   HB1
 444     CB   HB2
 445     CB    SG
 446     SG    HG
 447      C     O
 448     -C     N
 449  [ dihedrals ]
 450   -CA      -C      N     CA
 451    -C       N     CA      C
 452     N      CA     CB     SG
 453    CA      CB     SG     HG
 454     N      CA      C     +N
 455  [ impropers ]
 456     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
 457      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
 458      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
 459     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
 460         CA     SG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
 461     CA     SG     CB    HB2      improper_X_X_C_X
 462
 463
 464 [ CYH ] ; same as cysh
 465  [ atoms ]
 466      N    N1   -0.333     0
 467      H    HN    0.333     0
 468     CA    C1   -0.119     1
 469     HA    H     0.119     1
 470     CB    C2   -0.238     2
 471    HB1    H     0.119     2
 472    HB2    H     0.119     2
 473     SG    SH   -0.200     3
 474     HG    H     0.200     3
 475      C    Aprime    0.380     4
 476      O    O    -0.380     4
 477  [ bonds ]
 478      N     H
 479      N    CA
 480     CA    HA
 481     CA    CB
 482     CA     C
 483     CB   HB1
 484     CB   HB2
 485     CB    SG
 486     SG    HG
 487      C     O
 488     -C     N
 489  [ dihedrals ]
 490   -CA      -C      N     CA
 491    -C       N     CA      C
 492     N      CA     CB     SG
 493    CA      CB     SG     HG
 494     N      CA      C     +N
 495  [ impropers ]
 496     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
 497      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
 498      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
 499     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
 500         CA     SG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
 501     CA     SG     CB    HB2      improper_X_X_C_X
 502
 503
 504
 505 [ GLN ]
 506  [ atoms ]
 507      N    N1   -0.333     0
 508      H    HN    0.333     0
 509     CA    C1   -0.119     1
 510     HA    H     0.119     1
 511     CB    C2   -0.238     2
 512    HB1    H     0.119     2
 513    HB2    H     0.119     2
 514     CG    C2   -0.238     3
 515    HG1    H     0.119     3
 516    HG2    H     0.119     3
 517     CD    Aprime    0.380     4
 518    OE1    O    -0.380     4
 519    NE2    N2   -0.666     5
 520   HE21    HN    0.333     5
 521   HE22    HN    0.333     5
 522      C    Aprime    0.380     6
 523      O    O    -0.380     6
 524  [ bonds ]
 525      N     H
 526      N    CA
 527     CA    HA
 528     CA    CB
 529     CA     C
 530     CB   HB1
 531     CB   HB2
 532     CB    CG
 533     CG   HG1
 534     CG   HG2
 535     CG    CD
 536     CD   OE1
 537     CD   NE2
 538    NE2  HE21
 539    NE2  HE22
 540      C     O
 541     -C     N
 542  [ dihedrals ]
 543   -CA      -C      N     CA
 544    -C       N     CA      C
 545     N      CA     CB     CG
 546    CA      CB     CG     CD
 547    CB      CG     CD    NE2
 548    CG      CD    NE2   HE22
 549     N      CA      C     +N
 550  [ impropers ]
 551     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
 552      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
 553      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
 554     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
 555         CA     CG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
 556     CA     CG     CB    HB2      improper_X_X_C_X
 557         CB     CD     CG    HG1      improper_X_X_C_X
 558         CB     CD     CG    HG2      improper_X_X_C_X
 559     CG    NE2     CD    OE1      improper_X_X_A_X
 560     CD   HE22    NE2   HE21              improper_X_X_N_X
 561
 562
 563 [ GLU ]
 564  [ atoms ]
 565      N    N1   -0.333     0
 566      H    HN    0.333     0
 567     CA    C1   -0.119     1
 568     HA    H     0.119     1
 569     CB    C2   -0.238     2
 570    HB1    H     0.119     2
 571    HB2    H     0.119     2
 572     CG    C2   -0.238     3
 573    HG1    H     0.119     3
 574    HG2    H     0.119     3
 575     CD    Abis    0.640     4
 576    OE1    Obis   -0.420     4
 577    OE2    Obis   -0.420     4
 578      C    Aprime    0.380     5
 579      O    O    -0.380     5
 580  [ bonds ]
 581      N     H
 582      N    CA
 583     CA    HA
 584     CA    CB
 585     CA     C
 586     CB   HB1
 587     CB   HB2
 588     CB    CG
 589     CG   HG1
 590     CG   HG2
 591     CG    CD
 592     CD   OE1
 593     CD   OE2
 594      C     O
 595     -C     N
 596  [ dihedrals ]
 597   -CA      -C      N     CA
 598    -C       N     CA      C
 599     N      CA     CB     CG
 600     N      CA      C     +N
 601    CA      CB     CG     CD
 602    CB      CG     CD    OE2
 603  [ impropers ]
 604     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
 605      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
 606      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
 607     CA     CG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
 608     CA     CG     CB    HB2      improper_X_X_C_X
 609     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
 610         CB     CD     CG    HG1      improper_X_X_C_X
 611         CB     CD     CG    HG2      improper_X_X_C_X
 612     CG    OE2     CD    OE1      improper_X_X_A_X
 613
 614
 615 [ GLUH ]
 616  [ atoms ]
 617      N    N1   -0.333     1
 618      H    HN    0.333     1
 619     CA    C1   -0.119     1
 620     HA    H     0.119     1
 621     CB    C2   -0.238     2
 622    HB1    H     0.119     2
 623    HB2    H     0.119     2
 624     CG    C2   -0.238     3
 625    HG1    H     0.119     3
 626    HG2    H     0.119     3
 627     CD    Aprime    0.380     4
 628    OE1    O    -0.380     4
 629    OE2    OH   -0.433     5
 630    HE2    HO    0.433     5
 631      C    Aprime    0.380     6
 632      O    O    -0.380     6
 633  [ bonds ]
 634      N     H
 635      N    CA
 636     CA    HA
 637     CA    CB
 638     CA     C
 639     CB   HB1
 640     CB   HB2
 641     CB    CG
 642     CG   HG1
 643     CG   HG2
 644     CG    CD
 645     CD   OE1
 646     CD   OE2
 647    OE2   HE2
 648      C     O
 649     -C     N
 650  [ dihedrals ]
 651   -CA      -C      N     CA
 652    -C       N     CA      C
 653     N      CA     CB     CG
 654     N      CA      C     +N
 655    CA      CB     CG     CD
 656    CB      CG     CD    OE2
 657    CG      CD    OE2    HE2
 658  [ impropers ]
 659     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
 660      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
 661      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
 662     CA     CG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
 663     CA     CG     CB    HB2      improper_X_X_C_X
 664         CB     CD     CG    HG1      improper_X_X_C_X
 665         CB     CD     CG    HG2      improper_X_X_C_X
 666     CG    OE2     CD    OE1      improper_X_X_A_X
 667     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
 668
 669
 670 [ GLY ]
 671  [ atoms ]
 672      N    N1   -0.333     0
 673      H    HN    0.333     0
 674     CA    C2   -0.238     1
 675    HA1    H     0.119     1
 676    HA2    H     0.119     1
 677      C    Aprime    0.380     2
 678      O    O    -0.380     2
 679  [ bonds ]
 680      N     H
 681      N    CA
 682     CA   HA1
 683     CA   HA2
 684     CA     C
 685      C     O
 686     -C     N
 687  [ dihedrals ]
 688   -CA      -C      N     CA
 689    -C       N     CA      C
 690     N      CA      C     +N
 691  [ impropers ]
 692     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
 693      N      C     CA    HA1      improper_X_X_C_X
 694      N      C     CA    HA2      improper_X_X_C_X
 695     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
 696
 697
 698
 699 [ HISA ]  ; A.K.A. HISD/HID
 700  [ atoms ]
 701      N    N1   -0.333     0
 702      H    HN    0.333     0
 703     CA    C1   -0.119     1
 704     HA    H     0.119     1
 705     CB    C2   -0.238     2
 706    HB1    H     0.119     2
 707    HB2    H     0.119     2
 708     CG    A5    0.000     3
 709    ND1    N1   -0.333     4
 710    HD1    HN    0.333     4
 711    CE1    A5    0.081     5
 712    HE1    H     0.119     5
 713    NE2    L5   -0.400     5
 714    CD2    A5    0.081     5
 715    HD2    H     0.119     5
 716      C    Aprime    0.380     6
 717      O    O    -0.380     6
 718  [ bonds ]
 719      N     H
 720      N    CA
 721     CA    HA
 722     CA    CB
 723     CA     C
 724     CB   HB1
 725     CB   HB2
 726     CB    CG
 727     CG   ND1
 728     CG   CD2
 729    ND1   HD1
 730    ND1   CE1
 731    CD2   HD2
 732    CD2   NE2
 733    CE1   HE1
 734    CE1   NE2
 735      C     O
 736     -C     N
 737  [ dihedrals ]
 738   -CA      -C      N     CA
 739    -C       N     CA      C
 740     N      CA     CB     CG
 741     N      CA      C     +N
 742    CA      CB     CG    CD2
 743    CB      CG    ND1    CE1
 744    CG     ND1    CE1    NE2
 745   ND1     CE1    NE2    CD2
 746   CE1     NE2    CD2     CG
 747  [ impropers ]
 748     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
 749      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
 750      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
 751     CA     CG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
 752     CA     CG     CB    HB2      improper_X_X_C_X
 753     CB    CD2     CG    ND1      improper_X_X_A_X
 754     CG    CE1    ND1    HD1      improper_X_X_N_X
 755    ND1    NE2    CE1    HE1      improper_X_X_A_X
 756    NE2     CG    CD2    HD2      improper_X_X_A_X
 757     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
 758
 759
 760
 761 [ HID ]  ; same as HISA
 762  [ atoms ]
 763      N    N1   -0.333     0
 764      H    HN    0.333     0
 765     CA    C1   -0.119     1
 766     HA    H     0.119     1
 767     CB    C2   -0.238     2
 768    HB1    H     0.119     2
 769    HB2    H     0.119     2
 770     CG    A5    0.000     3
 771    ND1    N1   -0.333     4
 772    HD1    HN    0.333     4
 773    CE1    A5    0.081     5
 774    HE1    H     0.119     5
 775    NE2    L5   -0.400     5
 776    CD2    A5    0.081     5
 777    HD2    H     0.119     5
 778      C    Aprime    0.380     6
 779      O    O    -0.380     6
 780  [ bonds ]
 781      N     H
 782      N    CA
 783     CA    HA
 784     CA    CB
 785     CA     C
 786     CB   HB1
 787     CB   HB2
 788     CB    CG
 789     CG   ND1
 790     CG   CD2
 791    ND1   HD1
 792    ND1   CE1
 793    CD2   HD2
 794    CD2   NE2
 795    CE1   HE1
 796    CE1   NE2
 797      C     O
 798     -C     N
 799  [ dihedrals ]
 800   -CA      -C      N     CA
 801    -C       N     CA      C
 802     N      CA     CB     CG
 803     N      CA      C     +N
 804    CA      CB     CG    CD2
 805    CB      CG    ND1    CE1
 806    CG     ND1    CE1    NE2
 807   ND1     CE1    NE2    CD2
 808   CE1     NE2    CD2     CG
 809  [ impropers ]
 810     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
 811      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
 812      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
 813     CA     CG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
 814     CA     CG     CB    HB2      improper_X_X_C_X
 815     CB    CD2     CG    ND1      improper_X_X_A_X
 816     CG    CE1    ND1    HD1      improper_X_X_N_X
 817    ND1    NE2    CE1    HE1      improper_X_X_A_X
 818    NE2     CG    CD2    HD2      improper_X_X_A_X
 819     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
 820
 821
 822
 823 [ HIS1 ]   Identical to HISA
 824  [ atoms ]
 825      N    N1   -0.333     0
 826      H    HN    0.333     0
 827     CA    C1   -0.119     1
 828     HA    H     0.119     1
 829     CB    C2   -0.238     2
 830    HB1    H     0.119     2
 831    HB2    H     0.119     2
 832     CG    A5    0.000     3
 833    ND1    N1   -0.333     4
 834    HD1    HN    0.333     4
 835    CE1    A5    0.081     5
 836    HE1    H     0.119     5
 837    NE2    L5   -0.400     5
 838    CD2    A5    0.081     5
 839    HD2    H     0.119     5
 840      C    Aprime    0.380     6
 841      O    O    -0.380     6
 842  [ bonds ]
 843      N     H
 844      N    CA
 845     CA    HA
 846     CA    CB
 847     CA     C
 848     CB   HB1
 849     CB   HB2
 850     CB    CG
 851     CG   ND1
 852     CG   CD2
 853    ND1   HD1
 854    ND1   CE1
 855    CD2   HD2
 856    CD2   NE2
 857    CE1   HE1
 858    CE1   NE2
 859      C     O
 860     -C     N
 861  [ dihedrals ]
 862   -CA      -C      N     CA
 863    -C       N     CA      C
 864     N      CA     CB     CG
 865     N      CA      C     +N
 866    CA      CB     CG    CD2
 867    CB      CG    ND1    CE1
 868    CG     ND1    CE1    NE2
 869   ND1     CE1    NE2    CD2
 870   CE1     NE2    CD2     CG
 871  [ impropers ]
 872     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
 873      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
 874      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
 875     CA     CG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
 876     CA     CG     CB    HB2      improper_X_X_C_X
 877     CB    CD2     CG    ND1      improper_X_X_A_X
 878     CG    CE1    ND1    HD1      improper_X_X_N_X
 879    ND1    NE2    CE1    HE1      improper_X_X_A_X
 880    NE2     CG    CD2    HD2      improper_X_X_A_X
 881     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
 882
 883
 884 [ HISB ]   ; A.K.A. HISE/HIE
 885  [ atoms ]
 886      N    N1   -0.333     0
 887      H    HN    0.333     0
 888     CA    C1   -0.119     1
 889     HA    H     0.119     1
 890     CB    C2   -0.238     2
 891    HB1    H     0.119     2
 892    HB2    H     0.119     2
 893     CG    A5    0.200     3
 894    ND1    L5   -0.400     3
 895    CE1    A5    0.081     3
 896    HE1    H     0.119     3
 897    NE2    N1   -0.333     4
 898    HE2    HN    0.333     4
 899    CD2    A5   -0.119     5
 900    HD2    H     0.119     5
 901      C    Aprime    0.380     6
 902      O    O    -0.380     6
 903  [ bonds ]
 904      N     H
 905      N    CA
 906     CA    HA
 907     CA    CB
 908     CA     C
 909     CB   HB1
 910     CB   HB2
 911     CB    CG
 912     CG   ND1
 913     CG   CD2
 914    ND1   CE1
 915    CD2   HD2
 916    CD2   NE2
 917    CE1   HE1
 918    CE1   NE2
 919    NE2   HE2
 920      C     O
 921     -C     N
 922  [ dihedrals ]
 923   -CA      -C      N     CA
 924    -C       N     CA      C
 925     N      CA     CB     CG
 926     N      CA      C     +N
 927    CA      CB     CG    CD2
 928    CB      CG    ND1    CE1
 929    CG     ND1    CE1    NE2
 930   ND1     CE1    NE2    CD2
 931   CE1     NE2    CD2     CG
 932  [ impropers ]
 933     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
 934      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
 935      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
 936     CA     CG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
 937     CA     CG     CB    HB2      improper_X_X_C_X
 938     CB    CD2     CG    ND1      improper_X_X_A_X
 939    ND1    NE2    CE1    HE1      improper_X_X_A_X
 940    CE1    CD2    NE2    HE2      improper_X_X_N_X
 941    NE2     CG    CD2    HD2      improper_X_X_A_X
 942     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
 943
 944
 945 [ HIE ]   ; same as HISB
 946  [ atoms ]
 947      N    N1   -0.333     0
 948      H    HN    0.333     0
 949     CA    C1   -0.119     1
 950     HA    H     0.119     1
 951     CB    C2   -0.238     2
 952    HB1    H     0.119     2
 953    HB2    H     0.119     2
 954     CG    A5    0.200     3
 955    ND1    L5   -0.400     3
 956    CE1    A5    0.081     3
 957    HE1    H     0.119     3
 958    NE2    N1   -0.333     4
 959    HE2    HN    0.333     4
 960    CD2    A5   -0.119     5
 961    HD2    H     0.119     5
 962      C    Aprime    0.380     6
 963      O    O    -0.380     6
 964  [ bonds ]
 965      N     H
 966      N    CA
 967     CA    HA
 968     CA    CB
 969     CA     C
 970     CB   HB1
 971     CB   HB2
 972     CB    CG
 973     CG   ND1
 974     CG   CD2
 975    ND1   CE1
 976    CD2   HD2
 977    CD2   NE2
 978    CE1   HE1
 979    CE1   NE2
 980    NE2   HE2
 981      C     O
 982     -C     N
 983  [ dihedrals ]
 984   -CA      -C      N     CA
 985    -C       N     CA      C
 986     N      CA     CB     CG
 987     N      CA      C     +N
 988    CA      CB     CG    CD2
 989    CB      CG    ND1    CE1
 990    CG     ND1    CE1    NE2
 991   ND1     CE1    NE2    CD2
 992   CE1     NE2    CD2     CG
 993  [ impropers ]
 994     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
 995      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
 996      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
 997     CA     CG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
 998     CA     CG     CB    HB2      improper_X_X_C_X
 999     CB    CD2     CG    ND1      improper_X_X_A_X
1000    ND1    NE2    CE1    HE1      improper_X_X_A_X
1001    CE1    CD2    NE2    HE2      improper_X_X_N_X
1002    NE2     CG    CD2    HD2      improper_X_X_A_X
1003     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
1004
1005
1006
1007 [ HISH ]  ; also known as HISP (or HIS+)
1008  [ atoms ]
1009      N    N1   -0.333     1
1010      H    HN    0.333     1
1011     CA    C1   -0.119     1
1012     HA    H     0.119     1
1013     CB    C2   -0.238     2
1014    HB1    H     0.119     2
1015    HB2    H     0.119     2
1016     CG    A5    0.000     3
1017    ND1    N1   -0.300     4
1018    HD1    HN    0.375     4
1019    CE1    A5   -0.119     6
1020    HE1    H     0.119     6
1021    NE2    N1   -0.300     7
1022    HE2    HN    0.375     7
1023    CD2    A5   -0.119     5
1024    HD2    H     0.119     5
1025      C    Aprime    0.380     8
1026      O    O    -0.380     8
1027  [ bonds ]
1028      N     H
1029      N    CA
1030     CA    HA
1031     CA    CB
1032     CA     C
1033     CB   HB1
1034     CB   HB2
1035     CB    CG
1036     CG   ND1
1037     CG   CD2
1038    ND1   HD1
1039    ND1   CE1
1040    CD2   HD2
1041    CD2   NE2
1042    CE1   HE1
1043    CE1   NE2
1044    NE2   HE2
1045      C     O
1046     -C     N
1047  [ dihedrals ]
1048   -CA      -C      N     CA
1049    -C       N     CA      C
1050     N      CA     CB     CG
1051     N      CA      C     +N
1052    CA      CB     CG    CD2
1053    CB      CG    ND1    CE1
1054    CG     ND1    CE1    NE2
1055   ND1     CE1    NE2    CD2
1056   CE1     NE2    CD2     CG
1057  [ impropers ]
1058     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
1059      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
1060      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
1061     CA     CG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
1062     CA     CG     CB    HB2      improper_X_X_C_X
1063     CB    CD2     CG    ND1      improper_X_X_A_X
1064     CG    CE1    ND1    HD1      improper_X_X_N_X
1065    ND1    NE2    CE1    HE1      improper_X_X_A_X
1066    CE1    CD2    NE2    HE2      improper_X_X_N_X
1067    NE2     CG    CD2    HD2      improper_X_X_A_X
1068     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
1069
1070
1071 [ HIP ]  ; same as HISH
1072  [ atoms ]
1073      N    N1   -0.333     1
1074      H    HN    0.333     1
1075     CA    C1   -0.119     1
1076     HA    H     0.119     1
1077     CB    C2   -0.238     2
1078    HB1    H     0.119     2
1079    HB2    H     0.119     2
1080     CG    A5    0.000     3
1081    ND1    N1   -0.300     4
1082    HD1    HN    0.375     4
1083    CE1    A5   -0.119     6
1084    HE1    H     0.119     6
1085    NE2    N1   -0.300     7
1086    HE2    HN    0.375     7
1087    CD2    A5   -0.119     5
1088    HD2    H     0.119     5
1089      C    Aprime    0.380     8
1090      O    O    -0.380     8
1091  [ bonds ]
1092      N     H
1093      N    CA
1094     CA    HA
1095     CA    CB
1096     CA     C
1097     CB   HB1
1098     CB   HB2
1099     CB    CG
1100     CG   ND1
1101     CG   CD2
1102    ND1   HD1
1103    ND1   CE1
1104    CD2   HD2
1105    CD2   NE2
1106    CE1   HE1
1107    CE1   NE2
1108    NE2   HE2
1109      C     O
1110     -C     N
1111  [ dihedrals ]
1112   -CA      -C      N     CA
1113    -C       N     CA      C
1114     N      CA     CB     CG
1115     N      CA      C     +N
1116    CA      CB     CG    CD2
1117    CB      CG    ND1    CE1
1118    CG     ND1    CE1    NE2
1119   ND1     CE1    NE2    CD2
1120   CE1     NE2    CD2     CG
1121  [ impropers ]
1122     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
1123      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
1124      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
1125     CA     CG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
1126     CA     CG     CB    HB2      improper_X_X_C_X
1127     CB    CD2     CG    ND1      improper_X_X_A_X
1128     CG    CE1    ND1    HD1      improper_X_X_N_X
1129    ND1    NE2    CE1    HE1      improper_X_X_A_X
1130    CE1    CD2    NE2    HE2      improper_X_X_N_X
1131    NE2     CG    CD2    HD2      improper_X_X_A_X
1132     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
1133
1134
1135
1136 [ HOH ]
1137 ; SPC and encad water have identical charges.
1138 ; Include encadwater.itp instead of spc.itp to use the flexible encad bonds/angles
1139 ; instead of the rigid SPC model.
1140  [ atoms ]
1141     OW   OW   -0.82      0
1142    HW1   HW    0.41      0
1143    HW2   HW    0.41      0
1144  [ bonds ]
1145     OW   HW1
1146     OW   HW2
1147
1148
1149 [ ILE ]
1150  [ atoms ]
1151      N    N1      -0.333     0
1152      H    HN       0.333     0
1153     CA    C1      -0.119     1
1154     HA    H        0.119     1
1155     CB    C1      -0.119     2
1156     HB    H        0.119     2
1157    CG2    C3      -0.357     3
1158   HG21    H        0.119     3
1159   HG22    H        0.119     3
1160   HG23    H        0.119     3
1161    CG1    C2      -0.238     4
1162   HG11    H        0.119     4
1163   HG12    H        0.119     4
1164     CD    C3      -0.357     5
1165    HD1    H        0.119     5
1166    HD2    H        0.119     5
1167    HD3    H        0.119     5
1168      C    Aprime   0.380     6
1169      O    O       -0.380     6
1170  [ bonds ]
1171      N     H
1172      N    CA
1173     CA    HA
1174     CA    CB
1175     CA     C
1176     CB    HB
1177     CB   CG1
1178     CB   CG2
1179    CG1  HG11
1180    CG1  HG12
1181    CG1    CD
1182    CG2  HG21
1183    CG2  HG22
1184    CG2  HG23
1185     CD   HD1
1186     CD   HD2
1187     CD   HD3
1188      C     O
1189     -C     N
1190  [ dihedrals ]
1191   -CA      -C      N     CA
1192    -C       N     CA      C
1193     N      CA     CB    CG1
1194     N      CA      C     +N
1195    CA      CB    CG2   HG23
1196    CA      CB    CG1     CD
1197    CB     CG1     CD    HD3
1198  [ impropers ]
1199     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
1200      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
1201      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
1202     CA    CG1     CB    CG2      improper_C1_C2_C1_C3
1203     CA    CG1     CB     HB      improper_X_X_C_X
1204     CB     CD    CG1   HG11      improper_X_X_C_X
1205     CB     CD    CG1   HG12      improper_X_X_C_X
1206    CG1    HD3     CD    HD1      improper_X_X_C_X
1207    CG1    HD3     CD    HD2      improper_X_X_C_X
1208     CB   HG23    CG2   HG21      improper_X_X_C_X
1209     CB   HG23    CG2   HG22      improper_X_X_C_X
1210     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
1211
1212
1213
1214 [ LEU ]
1215  [ atoms ]
1216      N    N1   -0.333     0
1217      H    HN    0.333     0
1218     CA    C1   -0.119     1
1219     HA    H     0.119     1
1220     CB    C2   -0.238     2
1221    HB1    H     0.119     2
1222    HB2    H     0.119     2
1223     CG    C1   -0.119     3
1224     HG    H     0.119     3
1225    CD1    C3   -0.357     4
1226   HD11    H     0.119     4
1227   HD12    H     0.119     4
1228   HD13    H     0.119     4
1229    CD2    C3   -0.357     5
1230   HD21    H     0.119     5
1231   HD22    H     0.119     5
1232   HD23    H     0.119     5
1233      C    Aprime    0.380     6
1234      O    O    -0.380     6
1235  [ bonds ]
1236      N     H
1237      N    CA
1238     CA    HA
1239     CA    CB
1240     CA     C
1241     CB   HB1
1242     CB   HB2
1243     CB    CG
1244     CG    HG
1245     CG   CD1
1246     CG   CD2
1247    CD1  HD11
1248    CD1  HD12
1249    CD1  HD13
1250    CD2  HD21
1251    CD2  HD22
1252    CD2  HD23
1253      C     O
1254     -C     N
1255  [ dihedrals ]
1256   -CA      -C      N     CA
1257    -C       N     CA      C
1258     N      CA     CB     CG
1259     N      CA      C     +N
1260    CA      CB     CG    CD2
1261    CB      CG    CD1   HD13
1262    CB      CG    CD2   HD23
1263  [ impropers ]
1264     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
1265      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
1266      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
1267     CA     CG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
1268     CA     CG     CB    HB2      improper_X_X_C_X
1269         CB    CD2     CG     HG      improper_X_X_C_X
1270         CB    CD2     CG    CD1      improper_X_X_C_X
1271     CG   HD13    CD1   HD11      improper_X_X_C_X
1272     CG   HD13    CD1   HD12      improper_X_X_C_X
1273     CG   HD23    CD2   HD21      improper_X_X_C_X
1274     CG   HD23    CD2   HD22      improper_X_X_C_X
1275     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
1276
1277
1278 [ LYS ]  ; non-protonated - see LYSH for the most common state.
1279  [ atoms ]
1280      N    N1   -0.333     0
1281      H    HN    0.333     0
1282     CA    C1   -0.119     1
1283     HA    H     0.119     1
1284     CB    C2   -0.238     2
1285    HB1    H     0.119     2
1286    HB2    H     0.119     2
1287     CG    C2   -0.238     3
1288    HG1    H     0.119     3
1289    HG2    H     0.119     3
1290     CD    C2   -0.238     4
1291    HD1    H     0.119     4
1292    HD2    H     0.119     4
1293     CE    C2   -0.238     5
1294    HE1    H     0.119     5
1295    HE2    H     0.119     5
1296     NZ    N2   -0.666     6
1297    HZ1    HN    0.333     6
1298    HZ2    HN    0.333     6
1299      C    Aprime    0.380     7
1300      O    O    -0.380     7
1301  [ bonds ]
1302      N     H
1303      N    CA
1304     CA    HA
1305     CA    CB
1306     CA     C
1307     CB   HB1
1308     CB   HB2
1309     CB    CG
1310     CG   HG1
1311     CG   HG2
1312     CG    CD
1313     CD   HD1
1314     CD   HD2
1315     CD    CE
1316     CE   HE1
1317     CE   HE2
1318     CE    NZ
1319     NZ   HZ1
1320     NZ   HZ2
1321      C     O
1322     -C     N
1323  [ dihedrals ]
1324   -CA      -C      N     CA
1325    -C       N     CA      C
1326     N      CA     CB     CG
1327     N      CA      C     +N
1328    CA      CB     CG     CD
1329    CB      CG     CD     CE
1330    CG      CD     CE     NZ
1331    CD      CE     NZ    HZ2
1332  [ impropers ]
1333     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
1334      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
1335      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
1336     CA     CG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
1337     CA     CG     CB    HB2      improper_X_X_C_X
1338     CB     CD     CG    HG1      improper_X_X_C_X
1339     CB     CD     CG    HG2      improper_X_X_C_X
1340     CG     CE     CD    HD1      improper_X_X_C_X
1341     CG     CE     CD    HD2      improper_X_X_C_X
1342     CD     NZ     CE    HE1      improper_X_X_C_X
1343     CD     NZ     CE    HE2      improper_X_X_C_X
1344     CE    HZ2     NZ    HZ1      improper_X_X_M_X
1345     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
1346
1347
1348
1349 [ LYSH ]
1350  [ atoms ]
1351      N    N1   -0.333     0
1352      H    HN    0.333     0
1353     CA    C1   -0.119     1
1354     HA    H     0.119     1
1355     CB    C2   -0.238     2
1356    HB1    H     0.119     2
1357    HB2    H     0.119     2
1358     CG    C2   -0.238     3
1359    HG1    H     0.119     3
1360    HG2    H     0.119     3
1361     CD    C2   -0.238     4
1362    HD1    H     0.119     4
1363    HD2    H     0.119     4
1364     CE    C2   -0.238     5
1365    HE1    H     0.119     5
1366    HE2    H     0.119     5
1367     NZ    M3   -0.910     6
1368    HZ1    HN    0.370     6
1369    HZ2    HN    0.370     6
1370    HZ3    HN    0.370     6
1371      C    Aprime    0.380     7
1372      O    O    -0.380     7
1373  [ bonds ]
1374      N     H
1375      N    CA
1376     CA    HA
1377     CA    CB
1378     CA     C
1379     CB   HB1
1380     CB   HB2
1381     CB    CG
1382     CG   HG1
1383     CG   HG2
1384     CG    CD
1385     CD   HD1
1386     CD   HD2
1387     CD    CE
1388     CE   HE1
1389     CE   HE2
1390     CE    NZ
1391     NZ   HZ1
1392     NZ   HZ2
1393     NZ   HZ3
1394      C     O
1395     -C     N
1396  [ dihedrals ]
1397   -CA      -C      N     CA
1398    -C       N     CA      C
1399     N      CA     CB     CG
1400     N      CA      C     +N
1401    CA      CB     CG     CD
1402    CB      CG     CD     CE
1403    CG      CD     CE     NZ
1404    CD      CE     NZ    HZ3
1405  [ impropers ]
1406     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
1407      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
1408      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
1409     CA     CG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
1410     CA     CG     CB    HB2      improper_X_X_C_X
1411     CB     CD     CG    HG1      improper_X_X_C_X
1412     CB     CD     CG    HG2      improper_X_X_C_X
1413     CG     CE     CD    HD1      improper_X_X_C_X
1414     CG     CE     CD    HD2      improper_X_X_C_X
1415     CD     NZ     CE    HE1      improper_X_X_C_X
1416     CD     NZ     CE    HE2      improper_X_X_C_X
1417     CE    HZ3     NZ    HZ1      improper_X_X_M3_X
1418     CE    HZ3     NZ    HZ2      improper_X_X_M3_X
1419     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
1420
1421
1422 [ MET ]
1423  [ atoms ]
1424      N    N1   -0.333     0
1425      H    HN    0.333     0
1426     CA    C1   -0.119     1
1427     HA    H     0.119     1
1428     CB    C2   -0.238     2
1429    HB1    H     0.119     2
1430    HB2    H     0.119     2
1431     CG    C2   -0.238     3
1432    HG1    H     0.119     3
1433    HG2    H     0.119     3
1434     SD    S     0.000     4
1435     CE    C3   -0.357     5
1436    HE1    H     0.119     5
1437    HE2    H     0.119     5
1438    HE3    H     0.119     5
1439      C    Aprime    0.380     6
1440      O    O    -0.380     6
1441  [ bonds ]
1442      N     H
1443      N    CA
1444     CA    HA
1445     CA    CB
1446     CA     C
1447     CB   HB1
1448     CB   HB2
1449     CB    CG
1450     CG   HG1
1451     CG   HG2
1452     CG    SD
1453     SD    CE
1454     CE   HE1
1455     CE   HE2
1456     CE   HE3
1457      C     O
1458     -C     N
1459  [ dihedrals ]
1460   -CA      -C      N     CA
1461    -C       N     CA      C
1462     N      CA     CB     CG
1463     N      CA      C     +N
1464    CA      CB     CG     SD
1465    CB      CG     SD     CE
1466    CG      SD     CE    HE3
1467  [ impropers ]
1468     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
1469      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
1470      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
1471     CA     CG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
1472     CA     CG     CB    HB2      improper_X_X_C_X
1473     CB     SD     CG    HG1      improper_X_X_C_X
1474     CB     SD     CG    HG2      improper_X_X_C_X
1475     SD    HE3     CE    HE1      improper_X_X_C_X
1476     SD    HE3     CE    HE2      improper_X_X_C_X
1477     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
1478
1479
1480 [ NAC ] ; metylamide, a.k.a NMA.
1481  [ atoms ]
1482      N    N1   -0.333     1
1483      H    HN    0.333     1
1484    CH3    C3   -0.357     2
1485   HH31    H     0.119     2
1486   HH32    H     0.119     2
1487   HH33    H     0.119     2
1488  [ bonds ]
1489      N     H
1490      N   CH3
1491    CH3  HH31
1492    CH3  HH32
1493    CH3  HH33
1494     -C     N
1495  [ dihedrals ]
1496    -CA     -C      N     CH3
1497     -C      N    CH3    HH33
1498  [ impropers ]
1499     -C    CH3      N       H      improper_X_X_N_X
1500      N   HH33    CH3    HH31      improper_X_X_C_X
1501      N   HH33    CH3    HH32      improper_X_X_C_X
1502
1503
1504 [ NH2 ]
1505  [ atoms ]
1506      N     N2  -0.666     1
1507     H1     HN   0.333     1
1508     H2     HN   0.333     1
1509  [ bonds ]
1510     -C     N
1511      N     H1
1512      N     H2
1513  [ dihedrals ]
1514    -CA     -C      N      H2
1515  [ impropers ]
1516     -C     H2      N      H1     improper_X_X_N_X
1517
1518
1519 [ NHE ]
1520 ; same as NH2
1521  [ atoms ]
1522      N     N2  -0.666     1
1523     H1     HN   0.333     1
1524     H2     HN   0.333     1
1525  [ bonds ]
1526     -C     N
1527      N     H1
1528      N     H2
1529  [ dihedrals ]
1530    -CA     -C      N      H2
1531  [ impropers ]
1532     -C     H2      N      H1     improper_X_X_N_X
1533
1534
1535 [ PHE ]
1536  [ atoms ]
1537      N    N1   -0.333     0
1538      H    HN    0.333     0
1539     CA    C1   -0.119     1
1540     HA    H     0.119     1
1541     CB    C2   -0.238     2
1542    HB1    H     0.119     2
1543    HB2    H     0.119     2
1544     CG    A6    0.000     3
1545    CD1    A6   -0.119     4
1546    HD1    H     0.119     4
1547    CE1    A6   -0.119     5
1548    HE1    H     0.119     5
1549     CZ    A6   -0.119     6
1550     HZ    H     0.119     6
1551    CE2    A6   -0.119     7
1552    HE2    H     0.119     7
1553    CD2    A6   -0.119     8
1554    HD2    H     0.119     8
1555      C    Aprime    0.380     9
1556      O    O    -0.380     9
1557  [ bonds ]
1558      N     H
1559      N    CA
1560     CA    HA
1561     CA    CB
1562     CA     C
1563     CB   HB1
1564     CB   HB2
1565     CB    CG
1566     CG   CD1
1567     CG   CD2
1568    CD1   HD1
1569    CD1   CE1
1570    CD2   HD2
1571    CD2   CE2
1572    CE1   HE1
1573    CE1    CZ
1574    CE2   HE2
1575    CE2    CZ
1576     CZ    HZ
1577      C     O
1578     -C     N
1579  [ dihedrals ]
1580   -CA      -C      N     CA
1581    -C       N     CA      C
1582     N      CA     CB     CG
1583     N      CA      C     +N
1584    CA      CB     CG    CD2
1585    CB      CG     CD1   CE1
1586    CB      CG     CD2   CE2
1587    CG     CD1     CE1    CZ
1588   CD1     CE1     CZ    CE2
1589   CE1      CZ     CE2   CD2
1590    CZ     CE2     CD2    CG
1591  [ impropers ]
1592     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
1593      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
1594      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
1595     CA     CG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
1596     CA     CG     CB    HB2      improper_X_X_C_X
1597         CB    CD2     CG    CD1      improper_X_X_A_X
1598         CG    CE1    CD1    HD1      improper_X_X_A_X
1599    CD1     CZ    CE1    HE1      improper_X_X_A_X
1600    CE1    CE2     CZ     HZ      improper_X_X_A_X
1601    CE2     CG    CD2    HD2      improper_X_X_A_X
1602     CZ    CD2    CE2    HE2      improper_X_X_A_X
1603     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
1604
1605
1606 [ PRO ]
1607  [ atoms ]
1608      N    N     0.000     0
1609     CA    C1   -0.119     1
1610     HA    H     0.119     1
1611     CB    CP   -0.238     2
1612    HB1    H     0.119     2
1613    HB2    H     0.119     2
1614     CG    CP   -0.238     3
1615    HG1    H     0.119     3
1616    HG2    H     0.119     3
1617     CD    CP   -0.238     4
1618    HD1    H     0.119     4
1619    HD2    H     0.119     4
1620      C    Aprime    0.380     5
1621      O    O    -0.380     5
1622  [ bonds ]
1623      N    CA
1624     CA    HA
1625     CA    CB
1626     CA     C
1627     CB   HB1
1628     CB   HB2
1629     CB    CG
1630     CG   HG1
1631     CG   HG2
1632     CG    CD
1633     CD   HD1
1634     CD   HD2
1635     CD     N
1636      C     O
1637     -C     N
1638  [ dihedrals ]
1639    -CA     -C      N     CD
1640    -C       N     CA      C
1641     N      CA     CB     CG
1642     N      CA      C     +N
1643    CA      CB     CG     CD
1644    CB      CG     CD      N
1645  [ impropers ]
1646     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
1647      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
1648      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
1649     CA     CG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
1650     CA     CG     CB    HB2      improper_X_X_C_X
1651     CB     CD     CG    HG1      improper_X_X_C_X
1652     CB     CD     CG    HG2      improper_X_X_C_X
1653     CG      N     CD    HD1      improper_X_X_C_X
1654     CG      N     CD    HD2      improper_X_X_C_X
1655     -C     CD      N     CA      improper_X_X_N_X
1656     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
1657
1658
1659
1660 [ SER ]
1661  [ atoms ]
1662      N    N1   -0.333     0
1663      H    HN    0.333     0
1664     CA    C1   -0.119     1
1665     HA    H     0.119     1
1666     CB    C2   -0.238     2
1667    HB1    H     0.119     2
1668    HB2    H     0.119     2
1669     OG    OH   -0.433     3
1670     HG    HO    0.433     3
1671      C    Aprime    0.380     4
1672      O    O    -0.380     4
1673  [ bonds ]
1674      N     H
1675      N    CA
1676     CA    HA
1677     CA    CB
1678     CA     C
1679     CB   HB1
1680     CB   HB2
1681     CB    OG
1682     OG    HG
1683      C     O
1684     -C     N
1685  [ dihedrals ]
1686   -CA      -C      N     CA
1687    -C       N     CA      C
1688     N      CA     CB     OG
1689     N      CA      C     +N
1690    CA      CB     OG     HG
1691  [ impropers ]
1692     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
1693      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
1694      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
1695     CA     OG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
1696     CA     OG     CB    HB2      improper_X_X_C_X
1697     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
1698
1699
1700 [ THR ]
1701  [ atoms ]
1702      N    N1   -0.333     0
1703      H    HN    0.333     0
1704     CA    C1   -0.119     1
1705     HA    H     0.119     1
1706     CB    C1   -0.119     2
1707     HB    H     0.119     2
1708    OG1    OH   -0.433     3
1709    HG1    HO    0.433     3
1710    CG2    C3   -0.357     4
1711   HG21    H     0.119     4
1712   HG22    H     0.119     4
1713   HG23    H     0.119     4
1714      C    Aprime    0.380     5
1715      O    O    -0.380     5
1716  [ bonds ]
1717      N     H
1718      N    CA
1719     CA    HA
1720     CA    CB
1721     CA     C
1722     CB    HB
1723     CB   OG1
1724     CB   CG2
1725    OG1   HG1
1726    CG2  HG21
1727    CG2  HG22
1728    CG2  HG23
1729      C     O
1730     -C     N
1731  [ dihedrals ]
1732   -CA      -C      N     CA
1733    -C       N     CA      C
1734     N      CA     CB    CG2
1735     N      CA      C     +N
1736    CA      CB     OG1   HG1
1737    CA      CB     CG2  HG23
1738  [ impropers ]
1739     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
1740      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
1741      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
1742     CA    CG2     CB    OG1      improper_X_X_C_X
1743     CA    CG2     CB     HB      improper_X_X_C_X
1744     CB   HG23    CG2   HG21      improper_X_X_C_X
1745     CB   HG23    CG2   HG22      improper_X_X_C_X
1746     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
1747
1748
1749 [ TRP ]
1750  [ atoms ]
1751      N    N1   -0.333     0
1752      H    HN    0.333     0
1753     CA    C1   -0.119     1
1754     HA    H     0.119     1
1755     CB    C2   -0.238     2
1756    HB1    H     0.119     2
1757    HB2    H     0.119     2
1758     CG    A5    0.000     3
1759    CD1    A5   -0.119     4
1760    HD1    H     0.119     4
1761    NE1    N1   -0.333     5
1762    HE1    HN    0.333     5
1763    CE2    A7    0.000     6
1764    CZ2    A6   -0.119     7
1765    HZ2    H     0.119     7
1766    CH2    A6   -0.119     8
1767    HH2    H     0.119     8
1768    CZ3    A6   -0.119     9
1769    HZ3    H     0.119     9
1770    CE3    A6   -0.119     10
1771    HE3    H     0.119     10
1772    CD2    A7    0.000     11
1773      C    Aprime    0.380     12
1774      O    O    -0.380     12
1775  [ bonds ]
1776      N     H
1777      N    CA
1778     CA    HA
1779     CA    CB
1780     CA     C
1781     CB   HB1
1782     CB   HB2
1783     CB    CG
1784     CG   CD1
1785     CG   CD2
1786    CD1   HD1
1787    CD1   NE1
1788    CD2   CE2
1789    CD2   CE3
1790    NE1   HE1
1791    NE1   CE2
1792    CE2   CZ2
1793    CE3   HE3
1794    CE3   CZ3
1795    CZ2   HZ2
1796    CZ2   CH2
1797    CZ3   HZ3
1798    CZ3   CH2
1799    CH2   HH2
1800      C     O
1801     -C     N
1802  [ dihedrals ]
1803   -CA      -C      N     CA
1804    -C       N     CA      C
1805     N      CA     CB     CG
1806     N      CA      C     +N
1807    CA      CB     CG    CD2
1808    CB      CG    CD1    NE1
1809    CG     CD1    NE1    CE2
1810   CD1     NE1    CE2    CD2
1811   NE1     CE2    CD2    CE3
1812   NE1     CE2    CZ2    CH2
1813   CE2     CZ2    CH2    CZ3
1814   CZ2     CH2    CZ3    CE3
1815   CH2     CZ3    CE3    CD2
1816   CZ3     CE3    CD2    CE2
1817    CB      CG    CD2    CE3
1818  [ impropers ]
1819     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
1820     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
1821      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
1822      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
1823         CA     CG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
1824     CA     CG     CB    HB2          improper_X_X_C_X
1825         CB    CD2     CG    CD1      improper_X_X_A_X
1826         CG    NE1    CD1    HD1      improper_X_X_A_X
1827    CD1    CE2    NE1    HE1      improper_X_X_N_X
1828    NE1    CD2    CE2    CZ2      improper_X_X_A_X
1829    CE2    CH2    CZ2    HZ2      improper_X_X_A_X
1830    CZ2    CZ3    CH2    HH2      improper_X_X_A_X
1831    CH2    CE3    CZ3    HZ3      improper_X_X_A_X
1832    CZ3    CD2    CE3    HE3      improper_X_X_A_X
1833     CG    CD2    CE2    CE3      improper_X_X_A_X
1834
1835
1836 [ TYR ]
1837  [ atoms ]
1838      N    N1   -0.333     0
1839      H    HN    0.333     0
1840     CA    C1   -0.119     1
1841     HA    H     0.119     1
1842     CB    C2   -0.238     2
1843    HB1    H     0.119     2
1844    HB2    H     0.119     2
1845     CG    A6    0.000     3
1846    CD1    A6   -0.119     4
1847    HD1    H     0.119     4
1848    CE1    A6   -0.119     5
1849    HE1    H     0.119     5
1850     CZ    A6    0.000     6
1851     OH    OH   -0.433     7
1852     HH    HO    0.433     7
1853    CE2    A6   -0.119     8
1854    HE2    H     0.119     8
1855    CD2    A6   -0.119     9
1856    HD2    H     0.119     9
1857      C    Aprime    0.380     10
1858      O    O    -0.380     10
1859  [ bonds ]
1860      N     H
1861      N    CA
1862     CA    HA
1863     CA    CB
1864     CA     C
1865     CB   HB1
1866     CB   HB2
1867     CB    CG
1868     CG   CD1
1869     CG   CD2
1870    CD1   HD1
1871    CD1   CE1
1872    CD2   HD2
1873    CD2   CE2
1874    CE1   HE1
1875    CE1    CZ
1876    CE2   HE2
1877    CE2    CZ
1878     CZ    OH
1879     OH    HH
1880      C     O
1881     -C     N
1882  [ dihedrals ]
1883   -CA      -C      N     CA
1884    -C       N     CA      C
1885     N      CA     CB     CG
1886     N      CA      C     +N
1887    CA      CB     CG    CD2
1888    CB      CG     CD1   CE1
1889    CB      CG     CD2   CE2
1890    CG     CD1     CE1    CZ
1891   CD1     CE1     CZ    CE2
1892   CE1      CZ     OH     HO
1893   CE1      CZ     CE2   CD2
1894    CZ     CE2     CD2    CG
1895  [ impropers ]
1896     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
1897      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
1898      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
1899     CA     CG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
1900     CA     CG     CB    HB2      improper_X_X_C_X
1901         CB    CD2     CG    CD1      improper_X_X_A_X
1902         CG    CE1    CD1    HD1      improper_X_X_A_X
1903    CD1     CZ    CE1    HE1      improper_X_X_A_X
1904    CE1    CE2     CZ     OH      improper_X_X_A_X
1905    CE2     CG    CD2    HD2      improper_X_X_A_X
1906     CZ    CD2    CE2    HE2      improper_X_X_A_X
1907     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
1908
1909
1910
1911
1912 [ VAL ]
1913  [ atoms ]
1914      N    N1   -0.333     0
1915      H    HN    0.333     0
1916     CA    C1   -0.119     1
1917     HA    H     0.119     1
1918     CB    C1   -0.119     2
1919     HB    H     0.119     2
1920    CG1    C3   -0.357     3
1921   HG11    H     0.119     3
1922   HG12    H     0.119     3
1923   HG13    H     0.119     3
1924    CG2    C3   -0.357     4
1925   HG21    H     0.119     4
1926   HG22    H     0.119     4
1927   HG23    H     0.119     4
1928      C    Aprime    0.380     5
1929      O    O    -0.380     5
1930  [ bonds ]
1931      N     H
1932      N    CA
1933     CA    HA
1934     CA    CB
1935     CA     C
1936     CB    HB
1937     CB   CG1
1938     CB   CG2
1939    CG1  HG11
1940    CG1  HG12
1941    CG1  HG13
1942    CG2  HG21
1943    CG2  HG22
1944    CG2  HG23
1945      C     O
1946     -C     N
1947  [ dihedrals ]
1948   -CA      -C      N     CA
1949    -C       N     CA      C
1950     N      CA     CB    CG2
1951     N      CA      C     +N
1952    CA      CB    CG2   HG23
1953    CA      CB    CG1   HG13
1954  [ impropers ]
1955     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
1956      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
1957      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
1958     CA    CG2     CB     HB      improper_X_X_C_X
1959     CA    CG2     CB    CG1      improper_X_X_C_X
1960     CB   HG13    CG1   HG11      improper_X_X_C_X
1961     CB   HG13    CG1   HG12      improper_X_X_C_X
1962     CB   HG23    CG2   HG21      improper_X_X_C_X
1963     CB   HG23    CG2   HG22      improper_X_X_C_X
1964     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
1965
1966
1967
1968 [ CL ]
1969  [ atoms ]
1970     CL   CL  -1.000     0
1971
1972 [ NA ]
1973  [ atoms ]
1974     NA   NA   1.000     0
1975
1976 [ FE ]
1977  [ atoms ]
1978     FE   FE   2.000     0
1979
1980 [ Ar ]
1981  [ atoms ]
1982     AR   AR   0.000     0
1983