share/top/encads.ff/aminoacids.rtp

   1 ;
   2 ; Encad residue topology file.
   3 ; Note that this is only a subset of all molecules described
   4 ; in Encad. If you need to use a new one, it might help to
   5 ; study the parameter files of Encad.
   6 ;
   7 [ bondedtypes ]
   8 ; Column 1 : default bondtype
   9 ; Column 2 : default angletype
  10 ; Column 3 : default proper dihedraltype
  11 ; Column 4 : default improper dihedraltype
  12 ; Column 5 : This controls the generation of dihedrals from the bonding.
  13 ;            All possible dihedrals are generated automatically. A value of
  14 ;            1 here means that all these are retained. A value of
  15 ;            0 here requires generated dihedrals be removed if
  16 ;              * there are any dihedrals on the same central atoms
  17 ;                specified in the residue topology, or
  18 ;              * there are other identical generated dihedrals
  19 ;                sharing the same central atoms, or
  20 ;              * there are other generated dihedrals sharing the
  21 ;                same central bond that have fewer hydrogen atoms
  22 ; Column 6 : number of neighbors to exclude from non-bonded interactions
  23 ; Column 7 : 1 = generate 1,4 interactions between pairs of hydrogen atoms
  24 ;            0 = do not generate such
  25 ; Column 8 : 1 = remove proper dihedrals if found centered on the same
  26 ;                bond as an improper dihedral
  27 ;            0 = do not generate such
  28 ; bonds  angles  dihedrals  impropers all_dihedrals nrexcl  bHH14 bRemoveDih
  29      1       1        1          1        0         3        1
  30
  31
  32 [ ACE ]
  33  [ atoms ]
  34    CH3    C3   -0.357     1
  35   HH31     H    0.119     1
  36   HH32     H    0.119     1
  37   HH33     H    0.119     1
  38      C    Aprime    0.380     2
  39      O     O   -0.380     2
  40  [ bonds ]
  41    CH3   HH31
  42    CH3   HH32
  43    CH3   HH33
  44    CH3      C
  45      C      O
  46 [ dihedrals ]
  47   HH33    CH3     C     +N
  48    CH3      C    +N    +CA
  49 [ impropers ]
  50      C   HH33   CH3   HH31     improper_X_X_C_X
  51      C   HH33   CH3   HH32     improper_X_X_C_X
  52    CH3     +N     C      O     improper_X_X_A_X
  53
  54
  55 [ ALA ]
  56  [ atoms ]
  57      N    N1   -0.333     0
  58      H    HN    0.333     0
  59     CA    C1   -0.119     1
  60     HA    H     0.119     1
  61     CB    C3   -0.357     2
  62    HB1    H     0.119     2
  63    HB2    H     0.119     2
  64    HB3    H     0.119     2
  65      C    Aprime    0.380     3
  66      O    O    -0.380     3
  67  [ bonds ]
  68      N     H
  69      N    CA
  70     CA    HA
  71     CA    CB
  72     CA     C
  73     CB   HB1
  74     CB   HB2
  75     CB   HB3
  76      C     O
  77     -C     N
  78  [ dihedrals ]
  79   -CA      -C      N     CA
  80    -C       N     CA      C
  81     N      CA     CB    HB3
  82     N      CA      C     +N
  83  [ impropers ]
  84     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
  85      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
  86      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
  87     CA    HB3     CB    HB1      improper_X_X_C_X
  88     CA    HB3     CB    HB2      improper_X_X_C_X
  89     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
  90
  91
  92
  93 [ ARG ]
  94  [ atoms ]
  95      N    N1   -0.333     0
  96      H    HN    0.333     0
  97     CA    C1   -0.119     1
  98     HA    H     0.119     1
  99     CB    C2   -0.238     2
 100    HB1    H     0.119     2
 101    HB2    H     0.119     2
 102     CG    C2   -0.238     3
 103    HG1    H     0.119     3
 104    HG2    H     0.119     3
 105     CD    C2   -0.238     4
 106    HD1    H     0.119     4
 107    HD2    H     0.119     4
 108     NE    M1   -0.333     5
 109     HE    HN    0.533     5
 110     CZ    A6    0.000     6
 111    NH1    M2   -0.666     7
 112   HH11    HN    0.533     7
 113   HH12    HN    0.533     7
 114    NH2    M2   -0.666     8
 115   HH21    HN    0.533     8
 116   HH22    HN    0.533     8
 117      C    Aprime    0.380     9
 118      O    O    -0.380     9
 119  [ bonds ]
 120      N     H
 121      N    CA
 122     CA    HA
 123     CA    CB
 124     CA     C
 125     CB   HB1
 126     CB   HB2
 127     CB    CG
 128     CG   HG1
 129     CG   HG2
 130     CG    CD
 131     CD   HD1
 132     CD   HD2
 133     CD    NE
 134     NE    HE
 135     NE    CZ
 136     CZ   NH1
 137     CZ   NH2
 138    NH1  HH11
 139    NH1  HH12
 140    NH2  HH21
 141    NH2  HH22
 142      C     O
 143     -C     N
 144  [ dihedrals ]
 145   -CA      -C      N     CA
 146    -C       N     CA      C
 147     N      CA     CB     CG
 148     N      CA      C     +N
 149    CA      CB     CG     CD
 150    CB      CG     CD     NE
 151    CG      CD     NE     CZ
 152    CD      NE     CZ    NH2
 153    NE      CZ    NH1   HH12
 154    NE      CZ    NH2   HH22
 155  [ impropers ]
 156     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
 157      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
 158      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
 159     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
 160         CA     CG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
 161     CA     CG     CB    HB2      improper_X_X_C_X
 162         CB     CD     CG    HG1      improper_X_X_C_X
 163         CB     CD     CG    HG2      improper_X_X_C_X
 164     CG     NE     CD    HD1      improper_X_X_C_X
 165     CG     NE     CD    HD2      improper_X_X_C_X
 166     CD     CZ     NE     HE      improper_X_X_M_X
 167     NE    NH2     CZ    NH1      improper_X_X_A_X
 168     CZ   HH12    NH1   HH11      improper_X_X_M_X
 169     CZ   HH22    NH2   HH21      improper_X_X_M_X
 170
 171
 172 [ ARGN ]
 173  [ atoms ]
 174      N    N1   -0.333     0
 175      H    HN    0.333     0
 176     CA    C1   -0.119     1
 177     HA    H     0.119     1
 178     CB    C2   -0.238     2
 179    HB1    H     0.119     2
 180    HB2    H     0.119     2
 181     CG    C2   -0.238     3
 182    HG1    H     0.119     3
 183    HG2    H     0.119     3
 184     CD    C2   -0.238     4
 185    HD1    H     0.119     4
 186    HD2    H     0.119     4
 187     NE    M1   -0.333     5
 188     HE    HN    0.333     5
 189     CZ    A6    0.000     6
 190    NH1    M1   -0.333     7
 191    HH1    HN    0.333     7
 192    NH2    M2   -0.666     8
 193   HH21    HN    0.333     8
 194   HH22    HN    0.333     8
 195      C    Aprime    0.380     9
 196      O    O    -0.380     9
 197  [ bonds ]
 198      N     H
 199      N    CA
 200     CA    HA
 201     CA    CB
 202     CA     C
 203     CB   HB1
 204     CB   HB2
 205     CB    CG
 206     CG   HG1
 207     CG   HG2
 208     CG    CD
 209     CD   HD1
 210     CD   HD2
 211     CD    NE
 212     NE    HE
 213     NE    CZ
 214     CZ   NH1
 215     CZ   NH2
 216    NH1   HH1
 217    NH2  HH21
 218    NH2  HH22
 219      C     O
 220     -C     N
 221  [ dihedrals ]
 222   -CA      -C      N     CA
 223    -C       N     CA      C
 224     N      CA     CB     CG
 225     N      CA      C     +N
 226    CA      CB     CG     CD
 227    CB      CG     CD     NE
 228    CG      CD     NE     CZ
 229    CD      NE     CZ    NH2
 230    NE      CZ    NH1    HH1
 231    NE      CZ    NH2   HH22
 232  [ impropers ]
 233     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
 234      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
 235      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
 236     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
 237         CA     CG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
 238     CA     CG     CB    HB2      improper_X_X_C_X
 239         CB     CD     CG    HG1      improper_X_X_C_X
 240         CB     CD     CG    HG2      improper_X_X_C_X
 241     CG     NE     CD    HD1      improper_X_X_C_X
 242     CG     NE     CD    HD2      improper_X_X_C_X
 243     CD     CZ     NE     HE      improper_X_X_M_X
 244     NE    NH1     CZ    NH2      improper_X_X_A_X
 245     CZ   HH21    NH2   HH22      improper_X_X_M_X
 246
 247
 248 [ ASN ]
 249  [ atoms ]
 250      N    N1   -0.333     0
 251      H    HN    0.333     0
 252     CA    C1   -0.119     1
 253     HA    H     0.119     1
 254     CB    C2   -0.238     2
 255    HB1    H     0.119     2
 256    HB2    H     0.119     2
 257     CG    Aprime    0.380     3
 258    OD1    O    -0.380     3
 259    ND2    N2   -0.666     4
 260   HD21    HN    0.333     4
 261   HD22    HN    0.333     4
 262      C    Aprime    0.380     5
 263      O    O    -0.380     5
 264  [ bonds ]
 265      N     H
 266      N    CA
 267     CA    HA
 268     CA    CB
 269     CA     C
 270     CB   HB1
 271     CB   HB2
 272     CB    CG
 273     CG   OD1
 274     CG   ND2
 275    ND2  HD21
 276    ND2  HD22
 277      C     O
 278     -C     N
 279  [ dihedrals ]
 280   -CA      -C      N     CA
 281    -C       N     CA      C
 282     N      CA     CB     CG
 283     N      CA      C     +N
 284    CA      CB     CG    ND2
 285    CB      CG    ND2   HD22
 286  [ impropers ]
 287     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
 288      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
 289      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
 290     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
 291         CA     CG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
 292     CA     CG     CB    HB2      improper_X_X_C_X
 293         CB        ND2     CG    OD1      improper_X_X_A_X
 294     CG   HD22    ND2   HD21      improper_X_X_N_X
 295
 296
 297 [ ASP ]
 298  [ atoms ]
 299      N    N1   -0.333     0
 300      H    HN    0.333     0
 301     CA    C1   -0.119     1
 302     HA    H     0.119     1
 303     CB    C2   -0.238     2
 304    HB1    H     0.119     2
 305    HB2    H     0.119     2
 306     CG    Abis    0.840     3
 307    OD1    Obis   -0.920     3
 308    OD2    Obis   -0.920     3
 309      C    Aprime    0.380     4
 310      O    O    -0.380     4
 311  [ bonds ]
 312      N     H
 313      N    CA
 314     CA    HA
 315     CA    CB
 316     CA     C
 317     CB   HB1
 318     CB   HB2
 319     CB    CG
 320     CG   OD1
 321     CG   OD2
 322      C     O
 323     -C     N
 324  [ dihedrals ]
 325   -CA      -C      N     CA
 326    -C       N     CA      C
 327     N      CA     CB     CG
 328     N      CA      C     +N
 329    CA      CB     CG    OD2
 330  [ impropers ]
 331     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
 332      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
 333      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
 334     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
 335         CA     CG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
 336     CA     CG     CB    HB2      improper_X_X_C_X
 337     CB    OD2     CG    OD1      improper_X_X_A_X
 338
 339
 340 [ ASPH ]
 341  [ atoms ]
 342      N    N1   -0.333     0
 343      H    HN    0.333     0
 344     CA    C1   -0.119     1
 345     HA    H     0.119     1
 346     CB    C2   -0.238     2
 347    HB1    H     0.119     2
 348    HB2    H     0.119     2
 349     CG    Aprime    0.380     3
 350    OD1    O    -0.380     3
 351    OD2   OH    -0.433     4
 352    HD2   HO     0.433     4
 353      C    Aprime    0.380     5
 354      O    O    -0.380     5
 355  [ bonds ]
 356      N     H
 357      N    CA
 358     CA    HA
 359     CA    CB
 360     CA     C
 361     CB   HB1
 362     CB   HB2
 363     CB    CG
 364     CG   OD1
 365     CG   OD2
 366    OD2   HD2
 367      C     O
 368     -C     N
 369  [ dihedrals ]
 370   -CA      -C      N     CA
 371    -C       N     CA      C
 372     N      CA     CB     CG
 373     N      CA      C     +N
 374    CA      CB     CG    OD2
 375    CB      CG    OD2    HD2
 376  [ impropers ]
 377     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
 378      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
 379      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
 380     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
 381         CA     CG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
 382     CA     CG     CB    HB2      improper_X_X_C_X
 383    OD2     CB     CG    OD1      improper_X_X_A_X
 384
 385
 386
 387 [ CYS2 ] ; aka CYX
 388  [ atoms ]
 389      N    N1   -0.333     0
 390      H    HN    0.333     0
 391     CA    C1   -0.119     1
 392     HA    H     0.119     1
 393     CB    C2   -0.238     2
 394    HB1    H     0.119     2
 395    HB2    H     0.119     2
 396     SG    S     0.000     3
 397      C    Aprime    0.380     4
 398      O    O    -0.380     4
 399  [ bonds ]
 400      N     H
 401      N    CA
 402     CA    HA
 403     CA    CB
 404     CA     C
 405     CB   HB1
 406     CB   HB2
 407     CB    SG
 408      C     O
 409     -C     N
 410  [ dihedrals ]
 411   -CA      -C      N     CA
 412    -C       N     CA      C
 413     N      CA     CB     SG
 414     N      CA      C     +N
 415  [ impropers ]
 416     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
 417      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
 418      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
 419     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
 420         CA     SG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
 421     CA     SG     CB    HB2      improper_X_X_C_X
 422
 423
 424 [ CYSH ]
 425  [ atoms ]
 426      N    N1   -0.333     0
 427      H    HN    0.333     0
 428     CA    C1   -0.119     1
 429     HA    H     0.119     1
 430     CB    C2   -0.238     2
 431    HB1    H     0.119     2
 432    HB2    H     0.119     2
 433     SG    SH   -0.200     3
 434     HG    H     0.200     3
 435      C    Aprime    0.380     4
 436      O    O    -0.380     4
 437  [ bonds ]
 438      N     H
 439      N    CA
 440     CA    HA
 441     CA    CB
 442     CA     C
 443     CB   HB1
 444     CB   HB2
 445     CB    SG
 446     SG    HG
 447      C     O
 448     -C     N
 449  [ dihedrals ]
 450   -CA      -C      N     CA
 451    -C       N     CA      C
 452     N      CA     CB     SG
 453    CA      CB     SG     HG
 454     N      CA      C     +N
 455  [ impropers ]
 456     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
 457      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
 458      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
 459     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
 460         CA     SG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
 461     CA     SG     CB    HB2      improper_X_X_C_X
 462
 463
 464 [ CYH ] ; same as cysh
 465  [ atoms ]
 466      N    N1   -0.333     0
 467      H    HN    0.333     0
 468     CA    C1   -0.119     1
 469     HA    H     0.119     1
 470     CB    C2   -0.238     2
 471    HB1    H     0.119     2
 472    HB2    H     0.119     2
 473     SG    SH   -0.200     3
 474     HG    H     0.200     3
 475      C    Aprime    0.380     4
 476      O    O    -0.380     4
 477  [ bonds ]
 478      N     H
 479      N    CA
 480     CA    HA
 481     CA    CB
 482     CA     C
 483     CB   HB1
 484     CB   HB2
 485     CB    SG
 486     SG    HG
 487      C     O
 488     -C     N
 489  [ dihedrals ]
 490   -CA      -C      N     CA
 491    -C       N     CA      C
 492     N      CA     CB     SG
 493    CA      CB     SG     HG
 494     N      CA      C     +N
 495  [ impropers ]
 496     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
 497      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
 498      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
 499     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
 500         CA     SG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
 501     CA     SG     CB    HB2      improper_X_X_C_X
 502
 503
 504
 505 [ GLN ]
 506  [ atoms ]
 507      N    N1   -0.333     0
 508      H    HN    0.333     0
 509     CA    C1   -0.119     1
 510     HA    H     0.119     1
 511     CB    C2   -0.238     2
 512    HB1    H     0.119     2
 513    HB2    H     0.119     2
 514     CG    C2   -0.238     3
 515    HG1    H     0.119     3
 516    HG2    H     0.119     3
 517     CD    Aprime    0.380     4
 518    OE1    O    -0.380     4
 519    NE2    N2   -0.666     5
 520   HE21    HN    0.333     5
 521   HE22    HN    0.333     5
 522      C    Aprime    0.380     6
 523      O    O    -0.380     6
 524  [ bonds ]
 525      N     H
 526      N    CA
 527     CA    HA
 528     CA    CB
 529     CA     C
 530     CB   HB1
 531     CB   HB2
 532     CB    CG
 533     CG   HG1
 534     CG   HG2
 535     CG    CD
 536     CD   OE1
 537     CD   NE2
 538    NE2  HE21
 539    NE2  HE22
 540      C     O
 541     -C     N
 542  [ dihedrals ]
 543   -CA      -C      N     CA
 544    -C       N     CA      C
 545     N      CA     CB     CG
 546    CA      CB     CG     CD
 547    CB      CG     CD    NE2
 548    CG      CD    NE2   HE22
 549     N      CA      C     +N
 550  [ impropers ]
 551     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
 552      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
 553      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
 554     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
 555         CA     CG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
 556     CA     CG     CB    HB2      improper_X_X_C_X
 557         CB     CD     CG    HG1      improper_X_X_C_X
 558         CB     CD     CG    HG2      improper_X_X_C_X
 559     CG    NE2     CD    OE1      improper_X_X_A_X
 560     CD   HE22    NE2   HE21              improper_X_X_N_X
 561
 562
 563 [ GLU ]
 564  [ atoms ]
 565      N    N1   -0.333     0
 566      H    HN    0.333     0
 567     CA    C1   -0.119     1
 568     HA    H     0.119     1
 569     CB    C2   -0.238     2
 570    HB1    H     0.119     2
 571    HB2    H     0.119     2
 572     CG    C2   -0.238     3
 573    HG1    H     0.119     3
 574    HG2    H     0.119     3
 575     CD    Abis    0.840     4
 576    OE1    Obis   -0.920     4
 577    OE2    Obis   -0.920     4
 578      C    Aprime    0.380     5
 579      O    O    -0.380     5
 580  [ bonds ]
 581      N     H
 582      N    CA
 583     CA    HA
 584     CA    CB
 585     CA     C
 586     CB   HB1
 587     CB   HB2
 588     CB    CG
 589     CG   HG1
 590     CG   HG2
 591     CG    CD
 592     CD   OE1
 593     CD   OE2
 594      C     O
 595     -C     N
 596  [ dihedrals ]
 597   -CA      -C      N     CA
 598    -C       N     CA      C
 599     N      CA     CB     CG
 600     N      CA      C     +N
 601    CA      CB     CG     CD
 602    CB      CG     CD    OE2
 603  [ impropers ]
 604     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
 605      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
 606      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
 607     CA     CG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
 608     CA     CG     CB    HB2      improper_X_X_C_X
 609     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
 610         CB     CD     CG    HG1      improper_X_X_C_X
 611         CB     CD     CG    HG2      improper_X_X_C_X
 612     CG    OE2     CD    OE1      improper_X_X_A_X
 613
 614
 615 [ GLUH ]
 616  [ atoms ]
 617      N    N1   -0.333     1
 618      H    HN    0.333     1
 619     CA    C1   -0.119     1
 620     HA    H     0.119     1
 621     CB    C2   -0.238     2
 622    HB1    H     0.119     2
 623    HB2    H     0.119     2
 624     CG    C2   -0.238     3
 625    HG1    H     0.119     3
 626    HG2    H     0.119     3
 627     CD    Aprime    0.380     4
 628    OE1    O    -0.380     4
 629    OE2    OH   -0.433     5
 630    HE2    HO    0.433     5
 631      C    Aprime    0.380     6
 632      O    O    -0.380     6
 633  [ bonds ]
 634      N     H
 635      N    CA
 636     CA    HA
 637     CA    CB
 638     CA     C
 639     CB   HB1
 640     CB   HB2
 641     CB    CG
 642     CG   HG1
 643     CG   HG2
 644     CG    CD
 645     CD   OE1
 646     CD   OE2
 647    OE2   HE2
 648      C     O
 649     -C     N
 650  [ dihedrals ]
 651   -CA      -C      N     CA
 652    -C       N     CA      C
 653     N      CA     CB     CG
 654     N      CA      C     +N
 655    CA      CB     CG     CD
 656    CB      CG     CD    OE2
 657    CG      CD    OE2    HE2
 658  [ impropers ]
 659     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
 660      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
 661      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
 662     CA     CG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
 663     CA     CG     CB    HB2      improper_X_X_C_X
 664         CB     CD     CG    HG1      improper_X_X_C_X
 665         CB     CD     CG    HG2      improper_X_X_C_X
 666     CG    OE2     CD    OE1      improper_X_X_A_X
 667     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
 668
 669
 670 [ GLY ]
 671  [ atoms ]
 672      N    N1   -0.333     0
 673      H    HN    0.333     0
 674     CA    C2   -0.238     1
 675    HA1    H     0.119     1
 676    HA2    H     0.119     1
 677      C    Aprime    0.380     2
 678      O    O    -0.380     2
 679  [ bonds ]
 680      N     H
 681      N    CA
 682     CA   HA1
 683     CA   HA2
 684     CA     C
 685      C     O
 686     -C     N
 687  [ dihedrals ]
 688   -CA      -C      N     CA
 689    -C       N     CA      C
 690     N      CA      C     +N
 691  [ impropers ]
 692     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
 693      N      C     CA    HA1      improper_X_X_C_X
 694      N      C     CA    HA2      improper_X_X_C_X
 695     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
 696
 697
 698
 699 [ HISA ]  ; A.K.A. HISD/HID
 700  [ atoms ]
 701      N    N1   -0.333     0
 702      H    HN    0.333     0
 703     CA    C1   -0.119     1
 704     HA    H     0.119     1
 705     CB    C2   -0.238     2
 706    HB1    H     0.119     2
 707    HB2    H     0.119     2
 708     CG    A5    0.000     3
 709    ND1    N1   -0.333     4
 710    HD1    HN    0.333     4
 711    CE1    A5    0.081     5
 712    HE1    H     0.119     5
 713    NE2    L5   -0.400     5
 714    CD2    A5    0.081     5
 715    HD2    H     0.119     5
 716      C    Aprime    0.380     6
 717      O    O    -0.380     6
 718  [ bonds ]
 719      N     H
 720      N    CA
 721     CA    HA
 722     CA    CB
 723     CA     C
 724     CB   HB1
 725     CB   HB2
 726     CB    CG
 727     CG   ND1
 728     CG   CD2
 729    ND1   HD1
 730    ND1   CE1
 731    CD2   HD2
 732    CD2   NE2
 733    CE1   HE1
 734    CE1   NE2
 735      C     O
 736     -C     N
 737  [ dihedrals ]
 738   -CA      -C      N     CA
 739    -C       N     CA      C
 740     N      CA     CB     CG
 741     N      CA      C     +N
 742    CA      CB     CG    CD2
 743    CB      CG    ND1    CE1
 744    CG     ND1    CE1    NE2
 745   ND1     CE1    NE2    CD2
 746   CE1     NE2    CD2     CG
 747  [ impropers ]
 748     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
 749      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
 750      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
 751     CA     CG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
 752     CA     CG     CB    HB2      improper_X_X_C_X
 753     CB    CD2     CG    ND1      improper_X_X_A_X
 754     CG    CE1    ND1    HD1      improper_X_X_N_X
 755    ND1    NE2    CE1    HE1      improper_X_X_A_X
 756    NE2     CG    CD2    HD2      improper_X_X_A_X
 757     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
 758
 759
 760
 761 [ HID ]  ; same as HISA
 762  [ atoms ]
 763      N    N1   -0.333     0
 764      H    HN    0.333     0
 765     CA    C1   -0.119     1
 766     HA    H     0.119     1
 767     CB    C2   -0.238     2
 768    HB1    H     0.119     2
 769    HB2    H     0.119     2
 770     CG    A5    0.000     3
 771    ND1    N1   -0.333     4
 772    HD1    HN    0.333     4
 773    CE1    A5    0.081     5
 774    HE1    H     0.119     5
 775    NE2    L5   -0.400     5
 776    CD2    A5    0.081     5
 777    HD2    H     0.119     5
 778      C    Aprime    0.380     6
 779      O    O    -0.380     6
 780  [ bonds ]
 781      N     H
 782      N    CA
 783     CA    HA
 784     CA    CB
 785     CA     C
 786     CB   HB1
 787     CB   HB2
 788     CB    CG
 789     CG   ND1
 790     CG   CD2
 791    ND1   HD1
 792    ND1   CE1
 793    CD2   HD2
 794    CD2   NE2
 795    CE1   HE1
 796    CE1   NE2
 797      C     O
 798     -C     N
 799  [ dihedrals ]
 800   -CA      -C      N     CA
 801    -C       N     CA      C
 802     N      CA     CB     CG
 803     N      CA      C     +N
 804    CA      CB     CG    CD2
 805    CB      CG    ND1    CE1
 806    CG     ND1    CE1    NE2
 807   ND1     CE1    NE2    CD2
 808   CE1     NE2    CD2     CG
 809  [ impropers ]
 810     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
 811      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
 812      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
 813     CA     CG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
 814     CA     CG     CB    HB2      improper_X_X_C_X
 815     CB    CD2     CG    ND1      improper_X_X_A_X
 816     CG    CE1    ND1    HD1      improper_X_X_N_X
 817    ND1    NE2    CE1    HE1      improper_X_X_A_X
 818    NE2     CG    CD2    HD2      improper_X_X_A_X
 819     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
 820
 821
 822
 823 [ HIS1 ]   Identical to HISA
 824  [ atoms ]
 825      N    N1   -0.333     0
 826      H    HN    0.333     0
 827     CA    C1   -0.119     1
 828     HA    H     0.119     1
 829     CB    C2   -0.238     2
 830    HB1    H     0.119     2
 831    HB2    H     0.119     2
 832     CG    A5    0.000     3
 833    ND1    N1   -0.333     4
 834    HD1    HN    0.333     4
 835    CE1    A5    0.081     5
 836    HE1    H     0.119     5
 837    NE2    L5   -0.400     5
 838    CD2    A5    0.081     5
 839    HD2    H     0.119     5
 840      C    Aprime    0.380     6
 841      O    O    -0.380     6
 842  [ bonds ]
 843      N     H
 844      N    CA
 845     CA    HA
 846     CA    CB
 847     CA     C
 848     CB   HB1
 849     CB   HB2
 850     CB    CG
 851     CG   ND1
 852     CG   CD2
 853    ND1   HD1
 854    ND1   CE1
 855    CD2   HD2
 856    CD2   NE2
 857    CE1   HE1
 858    CE1   NE2
 859      C     O
 860     -C     N
 861  [ dihedrals ]
 862   -CA      -C      N     CA
 863    -C       N     CA      C
 864     N      CA     CB     CG
 865     N      CA      C     +N
 866    CA      CB     CG    CD2
 867    CB      CG    ND1    CE1
 868    CG     ND1    CE1    NE2
 869   ND1     CE1    NE2    CD2
 870   CE1     NE2    CD2     CG
 871  [ impropers ]
 872     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
 873      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
 874      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
 875     CA     CG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
 876     CA     CG     CB    HB2      improper_X_X_C_X
 877     CB    CD2     CG    ND1      improper_X_X_A_X
 878     CG    CE1    ND1    HD1      improper_X_X_N_X
 879    ND1    NE2    CE1    HE1      improper_X_X_A_X
 880    NE2     CG    CD2    HD2      improper_X_X_A_X
 881     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
 882
 883
 884 [ HISB ]   ; A.K.A. HISE/HIE
 885  [ atoms ]
 886      N    N1   -0.333     0
 887      H    HN    0.333     0
 888     CA    C1   -0.119     1
 889     HA    H     0.119     1
 890     CB    C2   -0.238     2
 891    HB1    H     0.119     2
 892    HB2    H     0.119     2
 893     CG    A5    0.200     3
 894    ND1    L5   -0.400     3
 895    CE1    A5    0.081     3
 896    HE1    H     0.119     3
 897    NE2    N1   -0.333     4
 898    HE2    HN    0.333     4
 899    CD2    A5   -0.119     5
 900    HD2    H     0.119     5
 901      C    Aprime    0.380     6
 902      O    O    -0.380     6
 903  [ bonds ]
 904      N     H
 905      N    CA
 906     CA    HA
 907     CA    CB
 908     CA     C
 909     CB   HB1
 910     CB   HB2
 911     CB    CG
 912     CG   ND1
 913     CG   CD2
 914    ND1   CE1
 915    CD2   HD2
 916    CD2   NE2
 917    CE1   HE1
 918    CE1   NE2
 919    NE2   HE2
 920      C     O
 921     -C     N
 922  [ dihedrals ]
 923   -CA      -C      N     CA
 924    -C       N     CA      C
 925     N      CA     CB     CG
 926     N      CA      C     +N
 927    CA      CB     CG    CD2
 928    CB      CG    ND1    CE1
 929    CG     ND1    CE1    NE2
 930   ND1     CE1    NE2    CD2
 931   CE1     NE2    CD2     CG
 932  [ impropers ]
 933     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
 934      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
 935      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
 936     CA     CG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
 937     CA     CG     CB    HB2      improper_X_X_C_X
 938     CB    CD2     CG    ND1      improper_X_X_A_X
 939    ND1    NE2    CE1    HE1      improper_X_X_A_X
 940    CE1    CD2    NE2    HE2      improper_X_X_N_X
 941    NE2     CG    CD2    HD2      improper_X_X_A_X
 942     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
 943
 944
 945 [ HIE ]   ; same as HISB
 946  [ atoms ]
 947      N    N1   -0.333     0
 948      H    HN    0.333     0
 949     CA    C1   -0.119     1
 950     HA    H     0.119     1
 951     CB    C2   -0.238     2
 952    HB1    H     0.119     2
 953    HB2    H     0.119     2
 954     CG    A5    0.200     3
 955    ND1    L5   -0.400     3
 956    CE1    A5    0.081     3
 957    HE1    H     0.119     3
 958    NE2    N1   -0.333     4
 959    HE2    HN    0.333     4
 960    CD2    A5   -0.119     5
 961    HD2    H     0.119     5
 962      C    Aprime    0.380     6
 963      O    O    -0.380     6
 964  [ bonds ]
 965      N     H
 966      N    CA
 967     CA    HA
 968     CA    CB
 969     CA     C
 970     CB   HB1
 971     CB   HB2
 972     CB    CG
 973     CG   ND1
 974     CG   CD2
 975    ND1   CE1
 976    CD2   HD2
 977    CD2   NE2
 978    CE1   HE1
 979    CE1   NE2
 980    NE2   HE2
 981      C     O
 982     -C     N
 983  [ dihedrals ]
 984   -CA      -C      N     CA
 985    -C       N     CA      C
 986     N      CA     CB     CG
 987     N      CA      C     +N
 988    CA      CB     CG    CD2
 989    CB      CG    ND1    CE1
 990    CG     ND1    CE1    NE2
 991   ND1     CE1    NE2    CD2
 992   CE1     NE2    CD2     CG
 993  [ impropers ]
 994     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
 995      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
 996      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
 997     CA     CG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
 998     CA     CG     CB    HB2      improper_X_X_C_X
 999     CB    CD2     CG    ND1      improper_X_X_A_X
1000    ND1    NE2    CE1    HE1      improper_X_X_A_X
1001    CE1    CD2    NE2    HE2      improper_X_X_N_X
1002    NE2     CG    CD2    HD2      improper_X_X_A_X
1003     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
1004
1005
1006
1007 [ HISH ]  ; also known as HISP (or HIS+)
1008  [ atoms ]
1009      N    N1   -0.333     1
1010      H    HN    0.333     1
1011     CA    C1   -0.119     1
1012     HA    H     0.119     1
1013     CB    C2   -0.238     2
1014    HB1    H     0.119     2
1015    HB2    H     0.119     2
1016     CG    A5    0.200     3
1017    ND1    N1   -0.300     3
1018    HD1    HN    0.375     3
1019    CE1    A5    0.206     3
1020    HE1    H     0.119     3
1021    NE2    N1   -0.300     3
1022    HE2    HN    0.375     3
1023    CD2    A5    0.206     3
1024    HD2    H     0.119     3
1025      C    Aprime    0.380     4
1026      O    O    -0.380     4
1027  [ bonds ]
1028      N     H
1029      N    CA
1030     CA    HA
1031     CA    CB
1032     CA     C
1033     CB   HB1
1034     CB   HB2
1035     CB    CG
1036     CG   ND1
1037     CG   CD2
1038    ND1   HD1
1039    ND1   CE1
1040    CD2   HD2
1041    CD2   NE2
1042    CE1   HE1
1043    CE1   NE2
1044    NE2   HE2
1045      C     O
1046     -C     N
1047  [ dihedrals ]
1048   -CA      -C      N     CA
1049    -C       N     CA      C
1050     N      CA     CB     CG
1051     N      CA      C     +N
1052    CA      CB     CG    CD2
1053    CB      CG    ND1    CE1
1054    CG     ND1    CE1    NE2
1055   ND1     CE1    NE2    CD2
1056   CE1     NE2    CD2     CG
1057  [ impropers ]
1058     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
1059      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
1060      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
1061     CA     CG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
1062     CA     CG     CB    HB2      improper_X_X_C_X
1063     CB    CD2     CG    ND1      improper_X_X_A_X
1064     CG    CE1    ND1    HD1      improper_X_X_N_X
1065    ND1    NE2    CE1    HE1      improper_X_X_A_X
1066    CE1    CD2    NE2    HE2      improper_X_X_N_X
1067    NE2     CG    CD2    HD2      improper_X_X_A_X
1068     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
1069
1070
1071
1072 [ HOH ]
1073 ; SPC and encad water have identical charges.
1074 ; Include encadwater.itp instead of spc.itp to use the flexible encad bonds/angles
1075 ; instead of the rigid SPC model.
1076  [ atoms ]
1077     OW   OW   -0.82      0
1078    HW1   HW    0.41      0
1079    HW2   HW    0.41      0
1080  [ bonds ]
1081     OW   HW1
1082     OW   HW2
1083
1084
1085 [ ILE ]
1086  [ atoms ]
1087      N    N1   -0.333     0
1088      H    HN    0.333     0
1089     CA    C1   -0.119     1
1090     HA    H     0.119     1
1091     CB    C1   -0.119     2
1092     HB    H     0.119     2
1093    CG2    C3   -0.357     3
1094   HG21    H     0.119     3
1095   HG22    H     0.119     3
1096   HG23    H     0.119     3
1097    CG1    C2   -0.238     4
1098   HG11    H     0.119     4
1099   HG12    H     0.119     4
1100     CD    C3   -0.357     5
1101    HD1    H     0.119     5
1102    HD2    H     0.119     5
1103    HD3    H     0.119     5
1104      C    Aprime    0.380     6
1105      O    O    -0.380     6
1106  [ bonds ]
1107      N     H
1108      N    CA
1109     CA    HA
1110     CA    CB
1111     CA     C
1112     CB    HB
1113     CB   CG1
1114     CB   CG2
1115    CG1  HG11
1116    CG1  HG12
1117    CG1    CD
1118    CG2  HG21
1119    CG2  HG22
1120    CG2  HG23
1121     CD   HD1
1122     CD   HD2
1123     CD   HD3
1124      C     O
1125     -C     N
1126  [ dihedrals ]
1127   -CA      -C      N     CA
1128    -C       N     CA      C
1129     N      CA     CB    CG1
1130     N      CA      C     +N
1131    CA      CB    CG2   HG23
1132    CA      CB    CG1     CD
1133    CB     CG1     CD    HD3
1134  [ impropers ]
1135     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
1136      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
1137      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
1138     CA    CG1     CB    CG2      improper_C1_C2_C1_C3
1139     CA    CG1     CB     HB      improper_X_X_C_X
1140     CB     CD    CG1   HG11      improper_X_X_C_X
1141     CB     CD    CG1   HG12      improper_X_X_C_X
1142    CG1    HD3     CD    HD1      improper_X_X_C_X
1143    CG1    HD3     CD    HD2      improper_X_X_C_X
1144     CB   HG23    CG2   HG21      improper_X_X_C_X
1145     CB   HG23    CG2   HG22      improper_X_X_C_X
1146     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
1147
1148
1149
1150 [ LEU ]
1151  [ atoms ]
1152      N    N1   -0.333     0
1153      H    HN    0.333     0
1154     CA    C1   -0.119     1
1155     HA    H     0.119     1
1156     CB    C2   -0.238     2
1157    HB1    H     0.119     2
1158    HB2    H     0.119     2
1159     CG    C1   -0.119     3
1160     HG    H     0.119     3
1161    CD1    C3   -0.357     4
1162   HD11    H     0.119     4
1163   HD12    H     0.119     4
1164   HD13    H     0.119     4
1165    CD2    C3   -0.357     5
1166   HD21    H     0.119     5
1167   HD22    H     0.119     5
1168   HD23    H     0.119     5
1169      C    Aprime    0.380     6
1170      O    O     -0.380     6
1171  [ bonds ]
1172      N     H
1173      N    CA
1174     CA    HA
1175     CA    CB
1176     CA     C
1177     CB   HB1
1178     CB   HB2
1179     CB    CG
1180     CG    HG
1181     CG   CD1
1182     CG   CD2
1183    CD1  HD11
1184    CD1  HD12
1185    CD1  HD13
1186    CD2  HD21
1187    CD2  HD22
1188    CD2  HD23
1189      C     O
1190     -C     N
1191  [ dihedrals ]
1192   -CA      -C      N     CA
1193    -C       N     CA      C
1194     N      CA     CB     CG
1195     N      CA      C     +N
1196    CA      CB     CG    CD2
1197    CB      CG    CD1   HD13
1198    CB      CG    CD2   HD23
1199  [ impropers ]
1200     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
1201      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
1202      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
1203     CA     CG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
1204     CA     CG     CB    HB2      improper_X_X_C_X
1205         CB    CD2     CG     HG      improper_X_X_C_X
1206         CB    CD2     CG    CD1      improper_X_X_C_X
1207     CG   HD13    CD1   HD11      improper_X_X_C_X
1208     CG   HD13    CD1   HD12      improper_X_X_C_X
1209     CG   HD23    CD2   HD21      improper_X_X_C_X
1210     CG   HD23    CD2   HD22      improper_X_X_C_X
1211     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
1212
1213
1214 [ LYS ]  ; non-protonated - see LYSH for the most common state.
1215  [ atoms ]
1216      N    N1   -0.333     0
1217      H    HN    0.333     0
1218     CA    C1   -0.119     1
1219     HA    H     0.119     1
1220     CB    C2   -0.238     2
1221    HB1    H     0.119     2
1222    HB2    H     0.119     2
1223     CG    C2   -0.238     3
1224    HG1    H     0.119     3
1225    HG2    H     0.119     3
1226     CD    C2   -0.238     4
1227    HD1    H     0.119     4
1228    HD2    H     0.119     4
1229     CE    C2   -0.238     5
1230    HE1    H     0.119     5
1231    HE2    H     0.119     5
1232     NZ    N2   -0.666     6
1233    HZ1    HN    0.333     6
1234    HZ2    HN    0.333     6
1235      C    Aprime    0.380     7
1236      O    O    -0.380     7
1237  [ bonds ]
1238      N     H
1239      N    CA
1240     CA    HA
1241     CA    CB
1242     CA     C
1243     CB   HB1
1244     CB   HB2
1245     CB    CG
1246     CG   HG1
1247     CG   HG2
1248     CG    CD
1249     CD   HD1
1250     CD   HD2
1251     CD    CE
1252     CE   HE1
1253     CE   HE2
1254     CE    NZ
1255     NZ   HZ1
1256     NZ   HZ2
1257      C     O
1258     -C     N
1259  [ dihedrals ]
1260   -CA      -C      N     CA
1261    -C       N     CA      C
1262     N      CA     CB     CG
1263     N      CA      C     +N
1264    CA      CB     CG     CD
1265    CB      CG     CD     CE
1266    CG      CD     CE     NZ
1267    CD      CE     NZ    HZ2
1268  [ impropers ]
1269     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
1270      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
1271      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
1272     CA     CG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
1273     CA     CG     CB    HB2      improper_X_X_C_X
1274     CB     CD     CG    HG1      improper_X_X_C_X
1275     CB     CD     CG    HG2      improper_X_X_C_X
1276     CG     CE     CD    HD1      improper_X_X_C_X
1277     CG     CE     CD    HD2      improper_X_X_C_X
1278     CD     NZ     CE    HE1      improper_X_X_C_X
1279     CD     NZ     CE    HE2      improper_X_X_C_X
1280     CE    HZ2     NZ    HZ1      improper_X_X_M_X
1281     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
1282
1283
1284
1285 [ LYSH ]
1286  [ atoms ]
1287      N    N1   -0.333     0
1288      H    HN    0.333     0
1289     CA    C1   -0.119     1
1290     HA    H     0.119     1
1291     CB    C2   -0.238     2
1292    HB1    H     0.119     2
1293    HB2    H     0.119     2
1294     CG    C2   -0.238     3
1295    HG1    H     0.119     3
1296    HG2    H     0.119     3
1297     CD    C2   -0.238     4
1298    HD1    H     0.119     4
1299    HD2    H     0.119     4
1300     CE    C2   -0.238     5
1301    HE1    H     0.119     5
1302    HE2    H     0.119     5
1303     NZ    M3   -0.710     6
1304    HZ1    HN    0.570     6
1305    HZ2    HN    0.570     6
1306    HZ3    HN    0.570     6
1307      C    Aprime    0.380     7
1308      O    O    -0.380     7
1309  [ bonds ]
1310      N     H
1311      N    CA
1312     CA    HA
1313     CA    CB
1314     CA     C
1315     CB   HB1
1316     CB   HB2
1317     CB    CG
1318     CG   HG1
1319     CG   HG2
1320     CG    CD
1321     CD   HD1
1322     CD   HD2
1323     CD    CE
1324     CE   HE1
1325     CE   HE2
1326     CE    NZ
1327     NZ   HZ1
1328     NZ   HZ2
1329     NZ   HZ3
1330      C     O
1331     -C     N
1332  [ dihedrals ]
1333   -CA      -C      N     CA
1334    -C       N     CA      C
1335     N      CA     CB     CG
1336     N      CA      C     +N
1337    CA      CB     CG     CD
1338    CB      CG     CD     CE
1339    CG      CD     CE     NZ
1340    CD      CE     NZ    HZ3
1341  [ impropers ]
1342     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
1343      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
1344      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
1345     CA     CG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
1346     CA     CG     CB    HB2      improper_X_X_C_X
1347     CB     CD     CG    HG1      improper_X_X_C_X
1348     CB     CD     CG    HG2      improper_X_X_C_X
1349     CG     CE     CD    HD1      improper_X_X_C_X
1350     CG     CE     CD    HD2      improper_X_X_C_X
1351     CD     NZ     CE    HE1      improper_X_X_C_X
1352     CD     NZ     CE    HE2      improper_X_X_C_X
1353     CE    HZ3     NZ    HZ1      improper_X_X_M3_X
1354     CE    HZ3     NZ    HZ2      improper_X_X_M3_X
1355     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
1356
1357
1358 [ MET ]
1359  [ atoms ]
1360      N    N1   -0.333     0
1361      H    HN    0.333     0
1362     CA    C1   -0.119     1
1363     HA    H     0.119     1
1364     CB    C2   -0.238     2
1365    HB1    H     0.119     2
1366    HB2    H     0.119     2
1367     CG    C2   -0.238     3
1368    HG1    H     0.119     3
1369    HG2    H     0.119     3
1370     SD    S     0.000     4
1371     CE    C3   -0.357     5
1372    HE1    H     0.119     5
1373    HE2    H     0.119     5
1374    HE3    H     0.119     5
1375      C    Aprime    0.380     6
1376      O    O    -0.380     6
1377  [ bonds ]
1378      N     H
1379      N    CA
1380     CA    HA
1381     CA    CB
1382     CA     C
1383     CB   HB1
1384     CB   HB2
1385     CB    CG
1386     CG   HG1
1387     CG   HG2
1388     CG    SD
1389     SD    CE
1390     CE   HE1
1391     CE   HE2
1392     CE   HE3
1393      C     O
1394     -C     N
1395  [ dihedrals ]
1396   -CA      -C      N     CA
1397    -C       N     CA      C
1398     N      CA     CB     CG
1399     N      CA      C     +N
1400    CA      CB     CG     SD
1401    CB      CG     SD     CE
1402    CG      SD     CE    HE3
1403  [ impropers ]
1404     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
1405      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
1406      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
1407     CA     CG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
1408     CA     CG     CB    HB2      improper_X_X_C_X
1409     CB     SD     CG    HG1      improper_X_X_C_X
1410     CB     SD     CG    HG2      improper_X_X_C_X
1411     SD    HE3     CE    HE1      improper_X_X_C_X
1412     SD    HE3     CE    HE2      improper_X_X_C_X
1413     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
1414
1415
1416 [ NAC ] ; metylamide, a.k.a NMA.
1417  [ atoms ]
1418      N    N1   -0.333     1
1419      H    HN    0.333     1
1420    CH3    C3   -0.357     2
1421   HH31    H     0.119     2
1422   HH32    H     0.119     2
1423   HH33    H     0.119     2
1424  [ bonds ]
1425      N     H
1426      N   CH3
1427    CH3  HH31
1428    CH3  HH32
1429    CH3  HH33
1430     -C     N
1431  [ dihedrals ]
1432    -CA     -C      N     CH3
1433     -C      N    CH3    HH33
1434  [ impropers ]
1435     -C    CH3      N       H      improper_X_X_N_X
1436      N   HH33    CH3    HH31      improper_X_X_C_X
1437      N   HH33    CH3    HH32      improper_X_X_C_X
1438
1439
1440 [ NH2 ]
1441  [ atoms ]
1442      N     N2  -0.666     1
1443     H1     HN   0.333     1
1444     H2     HN   0.333     1
1445  [ bonds ]
1446     -C     N
1447      N     H1
1448      N     H2
1449  [ dihedrals ]
1450    -CA     -C      N      H2
1451  [ impropers ]
1452     -C     H2      N      H1     improper_X_X_N_X
1453
1454
1455 [ NHE ]
1456 ; same as NH2
1457  [ atoms ]
1458      N     N2  -0.666     1
1459     H1     HN   0.333     1
1460     H2     HN   0.333     1
1461  [ bonds ]
1462     -C     N
1463      N     H1
1464      N     H2
1465  [ dihedrals ]
1466    -CA     -C      N      H2
1467  [ impropers ]
1468     -C     H2      N      H1     improper_X_X_N_X
1469
1470
1471 [ PHE ]
1472  [ atoms ]
1473      N    N1   -0.333     0
1474      H    HN    0.333     0
1475     CA    C1   -0.119     1
1476     HA    H     0.119     1
1477     CB    C2   -0.238     2
1478    HB1    H     0.119     2
1479    HB2    H     0.119     2
1480     CG    A6    0.000     3
1481    CD1    A6   -0.119     4
1482    HD1    H     0.119     4
1483    CE1    A6   -0.119     5
1484    HE1    H     0.119     5
1485     CZ    A6   -0.119     6
1486     HZ    H     0.119     6
1487    CE2    A6   -0.119     7
1488    HE2    H     0.119     7
1489    CD2    A6   -0.119     8
1490    HD2    H     0.119     8
1491      C    Aprime    0.380     9
1492      O    O    -0.380     9
1493  [ bonds ]
1494      N     H
1495      N    CA
1496     CA    HA
1497     CA    CB
1498     CA     C
1499     CB   HB1
1500     CB   HB2
1501     CB    CG
1502     CG   CD1
1503     CG   CD2
1504    CD1   HD1
1505    CD1   CE1
1506    CD2   HD2
1507    CD2   CE2
1508    CE1   HE1
1509    CE1    CZ
1510    CE2   HE2
1511    CE2    CZ
1512     CZ    HZ
1513      C     O
1514     -C     N
1515  [ dihedrals ]
1516   -CA      -C      N     CA
1517    -C       N     CA      C
1518     N      CA     CB     CG
1519     N      CA      C     +N
1520    CA      CB     CG    CD2
1521    CB      CG     CD1   CE1
1522    CB      CG     CD2   CE2
1523    CG     CD1     CE1    CZ
1524   CD1     CE1     CZ    CE2
1525   CE1      CZ     CE2   CD2
1526    CZ     CE2     CD2    CG
1527  [ impropers ]
1528     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
1529      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
1530      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
1531     CA     CG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
1532     CA     CG     CB    HB2      improper_X_X_C_X
1533         CB    CD2     CG    CD1      improper_X_X_A_X
1534         CG    CE1    CD1    HD1      improper_X_X_A_X
1535    CD1     CZ    CE1    HE1      improper_X_X_A_X
1536    CE1    CE2     CZ     HZ      improper_X_X_A_X
1537    CE2     CG    CD2    HD2      improper_X_X_A_X
1538     CZ    CD2    CE2    HE2      improper_X_X_A_X
1539     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
1540
1541
1542 [ PRO ]
1543  [ atoms ]
1544      N    N     0.000     0
1545     CA    C1   -0.119     1
1546     HA    H     0.119     1
1547     CB    CP   -0.238     2
1548    HB1    H     0.119     2
1549    HB2    H     0.119     2
1550     CG    CP   -0.238     3
1551    HG1    H     0.119     3
1552    HG2    H     0.119     3
1553     CD    CP   -0.238     4
1554    HD1    H     0.119     4
1555    HD2    H     0.119     4
1556      C    Aprime    0.380     5
1557      O    O    -0.380     5
1558  [ bonds ]
1559      N    CA
1560     CA    HA
1561     CA    CB
1562     CA     C
1563     CB   HB1
1564     CB   HB2
1565     CB    CG
1566     CG   HG1
1567     CG   HG2
1568     CG    CD
1569     CD   HD1
1570     CD   HD2
1571     CD     N
1572      C     O
1573     -C     N
1574  [ dihedrals ]
1575    -CA     -C      N     CD
1576    -C       N     CA      C
1577     N      CA     CB     CG
1578     N      CA      C     +N
1579    CA      CB     CG     CD
1580    CB      CG     CD      N
1581  [ impropers ]
1582     -C     CA      N     CD      improper_X_X_N_X
1583      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
1584      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
1585     CA     CG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
1586     CA     CG     CB    HB2      improper_X_X_C_X
1587     CB     CD     CG    HG1      improper_X_X_C_X
1588     CB     CD     CG    HG2      improper_X_X_C_X
1589     CG      N     CD    HD1      improper_X_X_C_X
1590     CG      N     CD    HD2      improper_X_X_C_X
1591     -C     CD      N     CA      improper_X_X_N_X
1592     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
1593
1594
1595
1596 [ SER ]
1597  [ atoms ]
1598      N    N1   -0.333     0
1599      H    HN    0.333     0
1600     CA    C1   -0.119     1
1601     HA    H     0.119     1
1602     CB    C2   -0.238     2
1603    HB1    H     0.119     2
1604    HB2    H     0.119     2
1605     OG    OH   -0.433     3
1606     HG    HO    0.433     3
1607      C    Aprime    0.380     4
1608      O    O    -0.380     4
1609  [ bonds ]
1610      N     H
1611      N    CA
1612     CA    HA
1613     CA    CB
1614     CA     C
1615     CB   HB1
1616     CB   HB2
1617     CB    OG
1618     OG    HG
1619      C     O
1620     -C     N
1621  [ dihedrals ]
1622   -CA      -C      N     CA
1623    -C       N     CA      C
1624     N      CA     CB     OG
1625     N      CA      C     +N
1626    CA      CB     OG     HG
1627  [ impropers ]
1628     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
1629      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
1630      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
1631     CA     OG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
1632     CA     OG     CB    HB2      improper_X_X_C_X
1633     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
1634
1635
1636 [ THR ]
1637  [ atoms ]
1638      N    N1   -0.333     0
1639      H    HN    0.333     0
1640     CA    C1   -0.119     1
1641     HA    H     0.119     1
1642     CB    C1   -0.119     2
1643     HB    H     0.119     2
1644    OG1    OH   -0.433     3
1645    HG1    HO    0.433     3
1646    CG2    C3   -0.357     4
1647   HG21    H     0.119     4
1648   HG22    H     0.119     4
1649   HG23    H     0.119     4
1650      C    Aprime    0.380     5
1651      O    O    -0.380     5
1652  [ bonds ]
1653      N     H
1654      N    CA
1655     CA    HA
1656     CA    CB
1657     CA     C
1658     CB    HB
1659     CB   OG1
1660     CB   CG2
1661    OG1   HG1
1662    CG2  HG21
1663    CG2  HG22
1664    CG2  HG23
1665      C     O
1666     -C     N
1667  [ dihedrals ]
1668   -CA      -C      N     CA
1669    -C       N     CA      C
1670     N      CA     CB    CG2
1671     N      CA      C     +N
1672    CA      CB     OG1   HG1
1673    CA      CB     CG2  HG23
1674  [ impropers ]
1675     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
1676      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
1677      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
1678     CA    CG2     CB    OG1      improper_X_X_C_X
1679     CA    CG2     CB     HB      improper_X_X_C_X
1680     CB   HG23    CG2   HG21      improper_X_X_C_X
1681     CB   HG23    CG2   HG22      improper_X_X_C_X
1682     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
1683
1684
1685 [ TRP ]
1686  [ atoms ]
1687      N    N1   -0.333     0
1688      H    HN    0.333     0
1689     CA    C1   -0.119     1
1690     HA    H     0.119     1
1691     CB    C2   -0.238     2
1692    HB1    H     0.119     2
1693    HB2    H     0.119     2
1694     CG    A5    0.000     3
1695    CD1    A5   -0.119     4
1696    HD1    H     0.119     4
1697    NE1    N1   -0.333     5
1698    HE1    HN    0.333     5
1699    CE2    A7    0.000     6
1700    CZ2    A6   -0.119     7
1701    HZ2    H     0.119     7
1702    CH2    A6   -0.119     8
1703    HH2    H     0.119     8
1704    CZ3    A6   -0.119     9
1705    HZ3    H     0.119     9
1706    CE3    A6   -0.119     10
1707    HE3    H     0.119     10
1708    CD2    A7    0.000     11
1709      C    Aprime    0.380     12
1710      O    O    -0.380     12
1711  [ bonds ]
1712      N     H
1713      N    CA
1714     CA    HA
1715     CA    CB
1716     CA     C
1717     CB   HB1
1718     CB   HB2
1719     CB    CG
1720     CG   CD1
1721     CG   CD2
1722    CD1   HD1
1723    CD1   NE1
1724    CD2   CE2
1725    CD2   CE3
1726    NE1   HE1
1727    NE1   CE2
1728    CE2   CZ2
1729    CE3   HE3
1730    CE3   CZ3
1731    CZ2   HZ2
1732    CZ2   CH2
1733    CZ3   HZ3
1734    CZ3   CH2
1735    CH2   HH2
1736      C     O
1737     -C     N
1738  [ dihedrals ]
1739   -CA      -C      N     CA
1740    -C       N     CA      C
1741     N      CA     CB     CG
1742     N      CA      C     +N
1743    CA      CB     CG    CD2
1744    CB      CG    CD1    NE1
1745    CG     CD1    NE1    CE2
1746   CD1     NE1    CE2    CD2
1747   NE1     CE2    CD2    CE3
1748   NE1     CE2    CZ2    CH2
1749   CE2     CZ2    CH2    CZ3
1750   CZ2     CH2    CZ3    CE3
1751   CH2     CZ3    CE3    CD2
1752   CZ3     CE3    CD2    CE2
1753    CB      CG    CD2    CE3
1754  [ impropers ]
1755     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
1756     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
1757      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
1758      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
1759         CA     CG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
1760     CA     CG     CB    HB2          improper_X_X_C_X
1761         CB    CD2     CG    CD1      improper_X_X_A_X
1762         CG    NE1    CD1    HD1      improper_X_X_A_X
1763    CD1    CE2    NE1    HE1      improper_X_X_N_X
1764    NE1    CD2    CE2    CZ2      improper_X_X_A_X
1765    CE2    CH2    CZ2    HZ2      improper_X_X_A_X
1766    CZ2    CZ3    CH2    HH2      improper_X_X_A_X
1767    CH2    CE3    CZ3    HZ3      improper_X_X_A_X
1768    CZ3    CD2    CE3    HE3      improper_X_X_A_X
1769     CG    CD2    CE2    CE3      improper_X_X_A_X
1770
1771
1772 [ TYR ]
1773  [ atoms ]
1774      N    N1   -0.333     0
1775      H    HN    0.333     0
1776     CA    C1   -0.119     1
1777     HA    H     0.119     1
1778     CB    C2   -0.238     2
1779    HB1    H     0.119     2
1780    HB2    H     0.119     2
1781     CG    A6    0.000     3
1782    CD1    A6   -0.119     4
1783    HD1    H     0.119     4
1784    CE1    A6   -0.119     5
1785    HE1    H     0.119     5
1786     CZ    A6    0.000     6
1787     OH    OH   -0.433     7
1788     HH    HO    0.433     7
1789    CE2    A6   -0.119     8
1790    HE2    H     0.119     8
1791    CD2    A6   -0.119     9
1792    HD2    H     0.119     9
1793      C    Aprime    0.380     10
1794      O    O    -0.380     10
1795  [ bonds ]
1796      N     H
1797      N    CA
1798     CA    HA
1799     CA    CB
1800     CA     C
1801     CB   HB1
1802     CB   HB2
1803     CB    CG
1804     CG   CD1
1805     CG   CD2
1806    CD1   HD1
1807    CD1   CE1
1808    CD2   HD2
1809    CD2   CE2
1810    CE1   HE1
1811    CE1    CZ
1812    CE2   HE2
1813    CE2    CZ
1814     CZ    OH
1815     OH    HH
1816      C     O
1817     -C     N
1818  [ dihedrals ]
1819   -CA      -C      N     CA
1820    -C       N     CA      C
1821     N      CA     CB     CG
1822     N      CA      C     +N
1823    CA      CB     CG    CD2
1824    CB      CG     CD1   CE1
1825    CB      CG     CD2   CE2
1826    CG     CD1     CE1    CZ
1827   CD1     CE1     CZ    CE2
1828   CE1      CZ     OH     HO
1829   CE1      CZ     CE2   CD2
1830    CZ     CE2     CD2    CG
1831  [ impropers ]
1832     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
1833      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
1834      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
1835     CA     CG     CB    HB1      improper_X_X_C_X
1836     CA     CG     CB    HB2      improper_X_X_C_X
1837         CB    CD2     CG    CD1      improper_X_X_A_X
1838         CG    CE1    CD1    HD1      improper_X_X_A_X
1839    CD1     CZ    CE1    HE1      improper_X_X_A_X
1840    CE1    CE2     CZ     OH      improper_X_X_A_X
1841    CE2     CG    CD2    HD2      improper_X_X_A_X
1842     CZ    CD2    CE2    HE2      improper_X_X_A_X
1843     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
1844
1845
1846
1847
1848 [ VAL ]
1849  [ atoms ]
1850      N    N1   -0.333     0
1851      H    HN    0.333     0
1852     CA    C1   -0.119     1
1853     HA    H     0.119     1
1854     CB    C1   -0.119     2
1855     HB    H     0.119     2
1856    CG1    C3   -0.357     3
1857   HG11    H     0.119     3
1858   HG12    H     0.119     3
1859   HG13    H     0.119     3
1860    CG2    C3   -0.357     4
1861   HG21    H     0.119     4
1862   HG22    H     0.119     4
1863   HG23    H     0.119     4
1864      C    Aprime    0.380     5
1865      O    O    -0.380     5
1866  [ bonds ]
1867      N     H
1868      N    CA
1869     CA    HA
1870     CA    CB
1871     CA     C
1872     CB    HB
1873     CB   CG1
1874     CB   CG2
1875    CG1  HG11
1876    CG1  HG12
1877    CG1  HG13
1878    CG2  HG21
1879    CG2  HG22
1880    CG2  HG23
1881      C     O
1882     -C     N
1883  [ dihedrals ]
1884   -CA      -C      N     CA
1885    -C       N     CA      C
1886     N      CA     CB    CG2
1887     N      CA      C     +N
1888    CA      CB    CG2   HG23
1889    CA      CB    CG1   HG13
1890  [ impropers ]
1891     -C     CA      N      H      improper_X_X_N_X
1892      N      C     CA     HA      improper_X_X_C_X
1893      N      C     CA     CB      improper_N_A_C1_C
1894     CA    CG2     CB     HB      improper_X_X_C_X
1895     CA    CG2     CB    CG1      improper_X_X_C_X
1896     CB   HG13    CG1   HG11      improper_X_X_C_X
1897     CB   HG13    CG1   HG12      improper_X_X_C_X
1898     CB   HG23    CG2   HG21      improper_X_X_C_X
1899     CB   HG23    CG2   HG22      improper_X_X_C_X
1900     CA     +N      C      O      improper_X_X_A_X
1901
1902
1903
1904 [ CL ]
1905  [ atoms ]
1906     CL   CL  -1.000     0
1907
1908 [ NA ]
1909  [ atoms ]
1910     NA   NA   1.000     0
1911
1912 [ FE ]
1913  [ atoms ]
1914     FE   FE   2.000     0
1915
1916 [ Ar ]
1917  [ atoms ]
1918     AR   AR   0.000     0
1919