share/top/encads.ff/aminoacids.c.tdb

   1 [ None ]
   2
   3 [ COO- ]
   4 [ replace ]
   5 C       C       Abis    12.011   0.84
   6 O       O1      Obis    15.9994 -0.92
   7 OXT     O2      Obis    15.9994 -0.92
   8 [ add ]
   9 2       8       O       C       CA      N
  10         Obis    15.9994 -0.92
  11 [ dihedrals ]
  12 N       CA      C       O2
  13 [ impropers ]
  14 CA      O2      C       O1      improper_X_X_A_X
  15 N       C       CA      CB      improper_X_X_C_X
  16
  17 [ Gly-COO- ]
  18 [ replace ]
  19 C       C       Abis    12.011   0.84
  20 O       O       Obis    15.9994 -0.92
  21 OXT     O2      Obis    15.9994 -0.92
  22 [ add ]
  23 2       8       O       C       CA      N
  24         Obis    15.9994 -0.92
  25 [ dihedrals ]
  26 N       CA      C       O2
  27 [ impropers ]
  28 CA      O2      C       O1      improper_X_X_A_X
  29
  30 [ COOH ]
  31 [ replace ]
  32 C       C       Aprime  12.011   0.38
  33 O       O       OH      15.9994 -0.38
  34 OXT     OT      O       15.9994 -0.433
  35 [ add ]
  36 1       2       OT      C       CA      N
  37         O       15.9994 -0.433
  38 1       2       HO      O       C       CA
  39         HO      1.008   0.433
  40 [ dihedrals ]
  41 N       CA      C       O
  42 [ impropers ]
  43 OT      CA      C       O       improper_X_X_A_X
  44