share/top/charmm27.ff/forcefield.doc

   1 CHARMM27 all-atom force field (CHARM22 plus CMAP for proteins)
   2
   3 *******************************************************************************
   4 *                    CHARMM port writted by                                   *
   5 *                    Par Bjelkmar, Per Larsson, Michel Cuendet,               *
   6 *                    Berk Hess and Erik Lindahl.                              *
   7 *                    Correspondance:                                          *
   8 *                    bjelkmar@cbr.su.se or lindahl@cbr.su.se                  *
   9 *******************************************************************************
  10
  11
  12 Parameters derived from c32b1 version of CHARMM
  13 NOTE: Atom-based charge groups
  14
  15 References:
  16
  17 Proteins
  18
  19 MacKerell, Jr., A. D., Feig, M., Brooks, C.L., III, Extending the
  20 treatment of backbone energetics in protein force fields: limitations
  21 of gas-phase quantum mechanics in reproducing protein conformational
  22 distributions in molecular dynamics simulations, Journal of
  23 Computational Chemistry, 25: 1400-1415, 2004.
  24
  25 and
  26
  27 MacKerell, Jr., A. D.,  et al. All-atom
  28 empirical potential for molecular modeling and dynamics Studies of
  29 proteins.  Journal of Physical Chemistry B, 1998, 102, 3586-3616.
  30
  31 Lipids
  32
  33 Feller, S. and MacKerell, Jr., A.D. An Improved Empirical Potential
  34 Energy Function for  Molecular Simulations of Phospholipids, Journal
  35 of Physical Chemistry B, 2000, 104: 7510-7515.
  36
  37 Nucleic Acids
  38
  39 Foloppe, N. and MacKerell, Jr., A.D. "All-Atom Empirical Force Field for
  40 Nucleic Acids: 2) Parameter Optimization Based on Small Molecule and
  41 Condensed Phase Macromolecular Target Data. 2000, 21: 86-104.
  42
  43 and
  44
  45 MacKerell, Jr., A.D. and Banavali, N. "All-Atom Empirical Force Field for
  46 Nucleic Acids: 2) Application to Molecular Dynamics Simulations of DNA
  47 and RNA in Solution.  2000, 21: 105-120.
  48
  49
  50
  51 If using there parameters for research please cite:
  52 Bjelkmar, P., Larsson, P., Cuendet, M. A, Bess, B., Lindahl, E.
  53 Implementation of the CHARMM force field in GROMACS: Analysis of protein
  54 stability effects from correction maps, virtual interaction sites, and
  55 water models., Journal of Chemical Theory and Computation, 6: 459-466, 2010.