share/top/charmm27.ff/atomtypes.atp

   1 H       1.00800 ;       polar H
   2 HC      1.00800 ;       N-ter H
   3 HA      1.00800 ;       nonpolar H
   4 HT      1.00800 ;       TIPS3P WATER HYDROGEN
   5 HP      1.00800 ;       aromatic H
   6 HB      1.00800 ;       backbone H
   7 HR1     1.00800 ;       his he1, (+) his HG,HD2
   8 HR2     1.00800 ;       (+) his HE1
   9 HR3     1.00800 ;       neutral his HG, HD2
  10 HS      1.00800 ;       thiol hydrogen
  11 HE1     1.00800 ;       for alkene; RHC=CR
  12 HE2     1.00800 ;       for alkene; H2C=CR
  13 HA1     1.00800 ;       alkane, CH, new LJ params (see toppar_all22_prot_aliphatic_c27.str)
  14 HA2     1.00800 ;       alkane, CH2, new LJ params (see toppar_all22_prot_aliphatic_c27.str)
  15 HA3     1.00800 ;       alkane, CH3, new LJ params (see toppar_all22_prot_aliphatic_c27.str)
  16 HF1     1.00800 ;       Aliphatic H on fluorinated C (see toppar_all22_prot_fluoro_alkanes.str)
  17 HF2     1.00800 ;       Aliphatic H on fluorinated C (see toppar_all22_prot_fluoro_alkanes.str)
  18 C       12.01100 ;      carbonyl C, peptide backbone
  19 CA      12.01100 ;      aromatic C
  20 CT1     12.01100 ;      aliphatic sp3 C for CH
  21 CT2     12.01100 ;      aliphatic sp3 C for CH2
  22 CT3     12.01100 ;      aliphatic sp3 C for CH3
  23 CPH1    12.01100 ;      his CG and CD2 carbons
  24 CPH2    12.01100 ;      his CE1 carbon
  25 CPT     12.01100 ;      trp C between rings
  26 CY      12.01100 ;      TRP C in pyrrole ring
  27 CP1     12.01100 ;      tetrahedral C (proline CA)
  28 CP2     12.01100 ;      tetrahedral C (proline CB/CG)
  29 CP3     12.01100 ;      tetrahedral C (proline CD)
  30 CC      12.01100 ;      carbonyl C, asn,asp,gln,glu,cter,ct2
  31 CD      12.01100 ;      carbonyl C, pres aspp,glup,ct1
  32 CPA     12.01100 ;      heme alpha-C
  33 CPB     12.01100 ;      heme beta-C
  34 CPM     12.01100 ;      heme meso-C
  35 CM      12.01100 ;      heme CO carbon
  36 CS      12.01100 ;      thiolate carbon
  37 CE1     12.01100 ;      for alkene; RHC=CR
  38 CE2     12.01100 ;      for alkene; H2C=CR
  39 CST     12.01100 ;      CO2 carbon
  40 CT      12.01100 ;      aliphatic sp3 C, new LJ params, no hydrogens (see toppar_all22_prot_aliphatic_c27.str)
  41 CT1x    12.01100 ;      aliphatic sp3 C for CH, new LJ params (see toppar_all22_prot_aliphatic_c27.str)
  42 CT2x    12.01100 ;      aliphatic sp3 C for CH2, new LJ params (see toppar_all22_prot_aliphatic_c27.str)
  43 CT3x    12.01100 ;      aliphatic sp3 C for CH3, new LJ params (see toppar_all22_prot_aliphatic_c27.str)
  44 CN      12.01100 ;      C for cyano group (see toppar_all22_prot_pyridines.str)
  45 CAP     12.01100 ;      aromatic C for pyrimidines (see toppar_all22_prot_pyridines.str)
  46 COA     12.01100 ;      carbonyl C for pyrimidines (see toppar_all22_prot_pyridines.str)
  47 C3      12.01100 ;      cyclopropyl carbon
  48 N       14.00700 ;      proline N
  49 NR1     14.00700 ;      neutral his protonated ring nitrogen
  50 NR2     14.00700 ;      neutral his unprotonated ring nitrogen
  51 NR3     14.00700 ;      charged his ring nitrogen
  52 NH1     14.00700 ;      peptide nitrogen
  53 NH2     14.00700 ;      amide nitrogen
  54 NH3     14.00700 ;      ammonium nitrogen
  55 NC2     14.00700 ;      guanidinium nitroogen
  56 NY      14.00700 ;      TRP N in pyrrole ring
  57 NP      14.00700 ;      Proline ring NH2+ (N-terminal)
  58 NPH     14.00700 ;      heme pyrrole N
  59 NC      14.00700 ;      N for cyano group (see toppar_all22_prot_pyridines.str)
  60 O       15.99900 ;      carbonyl oxygen
  61 OB      15.99900 ;      carbonyl oxygen in acetic acid
  62 OC      15.99900 ;      carboxylate oxygen
  63 OH1     15.99900 ;      hydroxyl oxygen
  64 OS      15.99940 ;      ester oxygen
  65 OT      15.99940 ;      TIPS3P WATER OXYGEN
  66 OM      15.99900 ;      heme CO/O2 oxygen
  67 OST     15.99900 ;      CO2 oxygen
  68 OCA     15.99900 ;      carbonyl O for pyrimidines (see toppar_all22_prot_pyridines.str)
  69 S       32.06000 ;      sulphur
  70 SM      32.06000 ;      sulfur C-S-S-C type
  71 SS      32.06000 ;      thiolate sulfur
  72 HE      4.00260 ;       helium
  73 NE      20.17970 ;      neon
  74 CF1     12.01100 ;      monofluoromethyl (see toppar_all22_prot_fluoro_alkanes.str)
  75 CF2     12.01100 ;      difluoromethyl (see toppar_all22_prot_fluoro_alkanes.str)
  76 CF3     12.01100 ;      trifluoromethyl (see toppar_all22_prot_fluoro_alkanes.str)
  77 FE      55.84700 ;      heme iron 56
  78 CLAL    35.45300 ;      Chlorine Atom (see toppar_all22_prot_aldehydes.str)
  79 FA      18.99800 ;      aromatic flourine (see toppar_all22_prot_pyridines.str)
  80 F1      18.99800 ;      Fluorine, monofluoro (see toppar_all22_prot_fluoro_alkanes.str)
  81 F2      18.99800 ;      Fluorine, difluoro (see toppar_all22_prot_fluoro_alkanes.str)
  82 F3      18.99800 ;      Fluorine, trifluoro (see toppar_all22_prot_fluoro_alkanes.str)
  83 DUM     0.00000 ;       dummy atom
  84 HL      1.008000 ;      polar H (equivalent to protein H)
  85 HCL     1.008000 ;      charged H for PE (equivalent to protein HC)
  86 HOL     1.008000 ;      Nucleic acid phosphate hydroxyl proton
  87 HAL1    1.008000 ;      alphatic proton
  88 HAL2    1.008000 ;      alphatic proton
  89 HAL3    1.008000 ;      alphatic proton
  90 HEL1    1.008000 ;      for alkene; RHC=CR
  91 HEL2    1.008000 ;      for alkene; H2C=CR
  92 CL      12.011000 ;     carbonyl C (acetic acid/methyl acetate)
  93 CTL1    12.011000 ;     sp3 carbon with 1 H (-CH1-)
  94 CTL2    12.011000 ;     carbon of methylene group (-CH2-)
  95 CTL3    12.011000 ;     carbon of methyl group (-CH3)
  96 CTL5    12.011000 ;     carbon of methyl group (-CH3) for tetramethylammonium
  97 CEL1    12.011000 ;     for alkene; RHC=CR
  98 CEL2    12.011000 ;     for alkene; H2C=CR
  99 NTL     14.007000 ;     ammonium nitrogen
 100 NH3L    14.007000 ;     nitrogen phosphatidylethanolamine
 101 OBL     15.999400 ;     acetic acid carboxyl oxygen (e. to protein OB)
 102 OCL     15.999400 ;     acetate oxygen
 103 OSL     15.999400 ;     Nucleic acid phosphate ester oxygen
 104 O2L     15.999400 ;     Nucleic acid =O in phosphate or sulfate
 105 OHL     15.999400 ;     Nucleic acid phosphate hydroxyl oxygen
 106 PL      30.974000 ;     phosphorus
 107 SL      32.060000 ;     Sulfate sulfur
 108 SOD     22.989770 ;     Sodium Ion
 109 MG      24.305000 ;     Magnesium Ion
 110 POT     39.102000 ;     Potassium Ion! check masses
 111 CES     132.900000 ;    Cesium Ion
 112 CAL     40.080000 ;     Calcium Ion
 113 CLA     35.450000 ;     Chloride Ion
 114 ZN      65.370000 ;     zinc (II) cation
 115 CC1A    12.01100 ;      alkene conjugation
 116 CC1B    12.01100 ;      alkene conjugation
 117 CC2     12.01100 ;      alkene conjugation
 118 NS1     14.00700 ;      N for deprotonated Schiff's base
 119 NS2     14.00700 ;      N for protonated Schiff's base
 120 OWT3    15.9994 ; TIP3P
 121 HWT3    1.0080 ; TIP3P
 122 OWT4    15.9994 ; TIP4P
 123 HWT4    1.0080 ; TIP4P
 124 MWT4    0.0000 ; TIP4P
 125 OWT5    15.9994 ; TIP5P
 126 HWT5    1.0080 ; TIP5P
 127 MWT5    0.0000 ; TIP5P
 128 MNH3    0.0000 ; vsite (rigid tetrahedrical NH3 group)
 129 MNH2    0.0000 ; vsite
 130 MCH3    0.0000 ; vsite (rigid CH3 group connected to carbons)
 131 MCH3S   0.0000 ; vsite (rigid CH3 group connected to S)
 132 MW      0.0    ; Dummy mass in rigid tyrosine rings
 133 ; DNA and RNA section
 134 P       30.974 ;        Phosphorus  ### For DNA
 135 P2      30.974000 ;     pyrophosphate phosphorus (see toppar_all27_na_nad_ppi.str)  ### For DNA
 136 P3      30.974000 ;     protonated pyrophosphate phosphorus (see toppar_all27_na_nad_ppi.str)  ### For DNA
 137 HN1     1.008000 ;      Nucleic acid amine proton  ### For DNA
 138 HN2     1.008000 ;      Nucleic acid ring nitrogen proton  ### For DNA
 139 HN3     1.008000 ;      Nucleic acid aromatic carbon proton  ### For DNA
 140 HN3B    1.008000 ;      NAD+ aromatic hydrogen  ### For DNA
 141 HN3C    1.008000 ;      Standard aromatic hydrogen (as in benzene)  ### For DNA
 142 HNP     1.008000 ;      pure aromatic H  ### For DNA
 143 HN4     1.008000 ;      Nucleic acid phosphate hydroxyl proton  ### For DNA
 144 HN5     1.008000 ;      Nucleic acid ribose hydroxyl proton  ### For DNA
 145 HN6     1.008000 ;      Nucleic acid ribose aliphatic proton  ### For DNA
 146 HN7     1.008000 ;      Nucleic acid proton (equivalent to protein HA)  ### For DNA
 147 HN8     1.008000 ;      Bound to CN8 in nucleic acids/model compounds  ### For DNA
 148 HN9     1.008000 ;      Bound to CN9 in nucleic acids/model compounds  ### For DNA
 149 HNE1    1.008000 ;      for alkene; RHC=CR (modified thy patch Sasha)  ### For DNA
 150 HNE2    1.008000 ;      for alkene; H2C=CR (modified thy patch Sasha)  ### For DNA
 151 CN1     12.011000 ;     Nucleic acid carbonyl carbon  ### For DNA
 152 CN1A    12.011000 ;     NAD+/NADH amide carbonyl carbon  ### For DNA
 153 CN1T    12.011000 ;     Nucleic acid carbonyl carbon (T/U C2)  ### For DNA
 154 CN2     12.011000 ;     Nucleic acid aromatic carbon to amide  ### For DNA
 155 CN3     12.011000 ;     Nucleic acid aromatic carbon  ### For DNA
 156 CN3A    12.011000 ;     NAD+ aromatic carbon  ### For DNA
 157 CN3B    12.011000 ;     NAD+ aromatic carbon  ### For DNA
 158 CN3C    12.011000 ;     NADH aromatic carbon  ### For DNA
 159 CN3D    12.011000 ;     Nucleic acid aromatic carbon for 5MC  ### For DNA
 160 CN3T    12.011000 ;     Nucleic acid aromatic carbon, Thy C5  ### For DNA
 161 CN4     12.011000 ;     Nucleic acid purine C8 and ADE C2  ### For DNA
 162 CN5     12.011000 ;     Nucleic acid purine C4 and C5  ### For DNA
 163 CN5G    12.011000 ;     Nucleic acid guanine C5  ### For DNA
 164 CN7     12.011000 ;     Nucleic acid carbon (equivalent to protein CT1)  ### For DNA
 165 CN7B    12.011000 ;     Nucleic acid aliphatic carbon for C1'  ### For DNA
 166 CN7C    12.011000 ;     C2' in arabinose  ### For DNA
 167 CN7D    12.011000 ;     C2' in nucleic acids fluorine derivatives  ### For DNA
 168 CN8     12.011000 ;     Nucleic acid carbon (equivalent to protein CT2)  ### For DNA
 169 CN8B    12.011000 ;     Nucleic acid carbon (equivalent to protein CT2)  ### For DNA
 170 CN9     12.011000 ;     Nucleic acid carbon (equivalent to protein CT3)  ### For DNA
 171 CNE1    12.011000 ;     for alkene; RHC=CR (modified thy patch Sasha)  ### For DNA
 172 CNE2    12.011000 ;     for alkene; H2C=CR (modified thy patch Sasha)  ### For DNA
 173 CNA     12.011000 ;     pure aromatic carbon  ### For DNA
 174 CNA2    12.011000 ;     pure aromatic carbon bound to F  ### For DNA
 175 CN6     12.011000 ;     carbocyclic sugar (see toppar_all27_na_carbocyclic.str)  ### For DNA
 176 CN7E    12.011000 ;     carbocyclic sugar (see toppar_all27_na_carbocyclic.str)  ### For DNA
 177 NN1     14.007000 ;     Nucleic acid amide nitrogen  ### For DNA
 178 NN1C    14.007000 ;     Nucleic acid imino nitrogen (cyt taut Sasha)  ### For DNA
 179 NN2     14.007000 ;     Nucleic acid protonated ring nitrogen  ### For DNA
 180 NN2B    14.007000 ;     From NN2, for N9 in GUA different from ADE  ### For DNA
 181 NN2C    14.007000 ;     Nucleic acid protonated ring nitrogen (cyt taut Sasha)  ### For DNA
 182 NN2U    14.007000 ;     Nucleic acid protonated ring nitrogen, ura N3  ### For DNA
 183 NN2G    14.007000 ;     Nucleic acid protonated ring nitrogen, gua N1  ### For DNA
 184 NN3     14.007000 ;     Nucleic acid unprotonated ring nitrogen  ### For DNA
 185 NN3A    14.007000 ;     Nucleic acid unprotonated ring nitrogen, ade N1 and N3  ### For DNA
 186 NN3I    14.007000 ;     Nucleic acid unprotonated ring nitrogen, inosine N3  ### For DNA
 187 NN3G    14.007000 ;     Nucleic acid unprotonated ring nitrogen, gua N3  ### For DNA
 188 NN4     14.007000 ;     Nucleic acid purine N7  ### For DNA
 189 NN5     14.007000 ;     Nucleic acid sp2 amine nitrogen  ### For DNA
 190 NN6     14.007000 ;     Nucleic acid sp3 amine nitrogen (equiv to protein nh3)  ### For DNA
 191 ON1     15.999400 ;     Nucleic acid carbonyl oxygen  ### For DNA
 192 ON1C    15.999400 ;     Nucleic acid carbonyl oxygen, cyt O2  ### For DNA
 193 ON2     15.999400 ;     Nucleic acid phosphate ester oxygen  ### For DNA
 194 ON3     15.999400 ;     Nucleic acid =O in phosphate  ### For DNA
 195 ON4     15.999400 ;     Nucleic acid phosphate hydroxyl oxygen  ### For DNA
 196 ON5     15.999400 ;     Nucleic acid ribose hydroxyl oxygen  ### For DNA
 197 ON6     15.999400 ;     Nucleic acid deoxyribose ring oxygen  ### For DNA
 198 ON6B    15.999400 ;     Nucleic acid ribose ring oxygen  ### For DNA
 199 ON2B    15.999400 ;     Nucleic acid phosphate ester oxygen (pres tp1/tp2, toppar_tyr_ser_thr_phosphate.str)  ### For DNA
 200 FN1     18.998400 ;     Fluorine for sugar derivatives (NF)  ### For DNA
 201 FNA     18.998400 ;     Aromatic fluorine  ### For DNA
 202 CC1A    12.011000 ;     alkene conjugation  ### For DNA
 203 CC1B    12.011000 ;     alkene conjugation  ### For DNA
 204 CC2     12.011000 ;     alkene conjugation  ### For DNA
 205 NS1     14.007000 ;     N for deprotonated Schiff's base  ### For DNA
 206 NS2     14.007000 ;     N for protonated Schiff's base  ### For DNA
 207 SP      32.060000 ;     positive Sulphur, S-adenosylmethionine (SAM)  ### For DNA
 208 CPH1    12.011000 ;     For imidazole model compound (NF)
 209 CPH2    12.011000 ;     For imidazole model compound (NF)
 210 HR3     1.008000 ;      For imidazole model compound (NF)
 211 HR1     1.008000 ;      For imidazole model compound (NF)
 212 NR1     14.007000 ;     For nitrogen in imidazol (NF)
 213 NR2     14.007000 ;     For nitrogen in imidazol (NF)