share/top/charmm27.ff/aminoacids.rtp

   1 [ bondedtypes ]
   2 ; Column 1 : default bondtype
   3 ; Column 2 : default angletype
   4 ; Column 3 : default proper dihedraltype
   5 ; Column 4 : default improper dihedraltype
   6 ; Column 5 : This controls the generation of dihedrals from the bonding.
   7 ;            All possible dihedrals are generated automatically. A value of
   8 ;            1 here means that all these are retained. A value of
   9 ;            0 here requires generated dihedrals be removed if
  10 ;              * there are any dihedrals on the same central atoms
  11 ;                specified in the residue topology, or
  12 ;              * there are other identical generated dihedrals
  13 ;                sharing the same central atoms, or
  14 ;              * there are other generated dihedrals sharing the
  15 ;                same central bond that have fewer hydrogen atoms
  16 ; Column 6 : number of neighbors to exclude from non-bonded interactions
  17 ; Column 7 : 1 = generate 1,4 interactions between pairs of hydrogen atoms
  18 ;            0 = do not generate such
  19 ; Column 8 : 1 = remove proper dihedrals if found centered on the same
  20 ;                bond as an improper dihedral
  21 ;            0 = do not generate such
  22 ; bondtype angletype dihedraltype impropertype all_dih nrexcl HH14 bRemoveDih
  23      1       5            9            2         1       3     1       0
  24
  25 [ ALA ]
  26  [ atoms ]
  27         N       NH1     -0.47   0
  28         HN      H       0.31    1
  29         CA      CT1     0.07    2
  30         HA      HB      0.09    3
  31         CB      CT3     -0.27   4
  32         HB1     HA      0.09    5
  33         HB2     HA      0.09    6
  34         HB3     HA      0.09    7
  35         C       C       0.51    8
  36         O       O       -0.51   9
  37  [ bonds ]
  38         CB      CA
  39         N       HN
  40         N       CA
  41         C       CA
  42         C       +N
  43         CA      HA
  44         CB      HB1
  45         CB      HB2
  46         CB      HB3
  47         O       C
  48  [ impropers ]
  49         N       -C      CA      HN
  50         C       CA      +N      O
  51  [ cmap ]
  52         -C      N       CA      C       +N
  53
  54 [ ARG ]
  55  [ atoms ]
  56         N       NH1     -0.47   0
  57         HN      H       0.31    1
  58         CA      CT1     0.07    2
  59         HA      HB      0.09    3
  60         CB      CT2     -0.18   4
  61         HB1     HA      0.09    5
  62         HB2     HA      0.09    6
  63         CG      CT2     -0.18   7
  64         HG1     HA      0.09    8
  65         HG2     HA      0.09    9
  66         CD      CT2     0.20    10
  67         HD1     HA      0.09    11
  68         HD2     HA      0.09    12
  69         NE      NC2     -0.70   13
  70         HE      HC      0.44    14
  71         CZ      C       0.64    15
  72         NH1     NC2     -0.80   16
  73         HH11    HC      0.46    17
  74         HH12    HC      0.46    18
  75         NH2     NC2     -0.80   19
  76         HH21    HC      0.46    20
  77         HH22    HC      0.46    21
  78         C       C       0.51    22
  79         O       O       -0.51   23
  80  [ bonds ]
  81         CB      CA
  82         CG      CB
  83         CD      CG
  84         NE      CD
  85         CZ      NE
  86         NH2     CZ
  87         N       HN
  88         N       CA
  89         C       CA
  90         C       +N
  91         CA      HA
  92         CB      HB1
  93         CB      HB2
  94         CG      HG1
  95         CG      HG2
  96         CD      HD1
  97         CD      HD2
  98         NE      HE
  99         NH1     HH11
 100         NH1     HH12
 101         NH2     HH21
 102         NH2     HH22
 103         O       C
 104         CZ      NH1
 105  [ impropers ]
 106         N       -C      CA      HN
 107         C       CA      +N      O
 108         CZ      NH1     NH2     NE
 109  [ cmap ]
 110         -C      N       CA      C       +N
 111
 112 [ ASN ]
 113  [ atoms ]
 114         N       NH1     -0.47   0
 115         HN      H       0.31    1
 116         CA      CT1     0.07    2
 117         HA      HB      0.09    3
 118         CB      CT2     -0.18   4
 119         HB1     HA      0.09    5
 120         HB2     HA      0.09    6
 121         CG      CC      0.55    7
 122         OD1     O       -0.55   8
 123         ND2     NH2     -0.62   9
 124         HD21    H       0.32    10
 125         HD22    H       0.30    11
 126         C       C       0.51    12
 127         O       O       -0.51   13
 128  [ bonds ]
 129         CB      CA
 130         CG      CB
 131         ND2     CG
 132         N       HN
 133         N       CA
 134         C       CA
 135         C       +N
 136         CA      HA
 137         CB      HB1
 138         CB      HB2
 139         ND2     HD21
 140         ND2     HD22
 141         C       O
 142         CG      OD1
 143  [ impropers ]
 144         N       -C      CA      HN
 145         C       CA      +N      O
 146         CG      ND2     CB      OD1
 147         CG      CB      ND2     OD1
 148         ND2     CG      HD21    HD22
 149         ND2     CG      HD22    HD21
 150  [ cmap ]
 151         -C      N       CA      C       +N
 152
 153 [ ASP ]
 154  [ atoms ]
 155         N       NH1     -0.47   0
 156         HN      H       0.31    1
 157         CA      CT1     0.07    2
 158         HA      HB      0.09    3
 159         CB      CT2     -0.28   4
 160         HB1     HA      0.09    5
 161         HB2     HA      0.09    6
 162         CG      CC      0.62    7
 163         OD1     OC      -0.76   8
 164         OD2     OC      -0.76   9
 165         C       C       0.51    10
 166         O       O       -0.51   11
 167  [ bonds ]
 168         CB      CA
 169         CG      CB
 170         OD2     CG
 171         N       HN
 172         N       CA
 173         C       CA
 174         C       +N
 175         CA      HA
 176         CB      HB1
 177         CB      HB2
 178         O       C
 179         CG      OD1
 180  [ impropers ]
 181         N       -C      CA      HN
 182         C       CA      +N      O
 183         CG      CB      OD2     OD1
 184  [ cmap ]
 185         -C      N       CA      C       +N
 186
 187 [ ASPP ] ; protonated ASP
 188  [ atoms ]
 189         N       NH1     -0.47   0
 190         HN      H       0.31    1
 191         CA      CT1     0.07    2
 192         HA      HB      0.09    3
 193         CB      CT2    -0.21    4 ;
 194         HB1     HA      0.09    5 ; HB1    OD1
 195         HB2     HA      0.09    6 ;  |    //
 196         CG      CD      0.75    7 ; -CB--CG
 197         OD1     OB     -0.55    8 ;  |     \
 198         OD2     OH1    -0.61    9 ; HB2     OD2-HD2
 199         HD2     H       0.44    10;
 200         C       C       0.51    11
 201         O       O       -0.51   12
 202  [ bonds ]
 203         CB      CA
 204         CG      CB
 205         OD2     CG
 206         OD2     HD2
 207         N       HN
 208         N       CA
 209         C       CA
 210         C       +N
 211         CA      HA
 212         CB      HB1
 213         CB      HB2
 214         O       C
 215         CG      OD1
 216  [ impropers ]
 217         N       -C      CA      HN
 218         C       CA      +N      O
 219         CG      CB      OD2     OD1
 220  [ cmap ]
 221         -C      N       CA      C       +N
 222
 223 [ CYS ]
 224  [ atoms ]
 225         N       NH1     -0.47   0
 226         HN      H       0.31    1
 227         CA      CT1     0.07    2
 228         HA      HB      0.09    3
 229         CB      CT2     -0.11   4
 230         HB1     HA      0.09    5
 231         HB2     HA      0.09    6
 232         SG      S       -0.23   7
 233         HG1     HS      0.16    8
 234         C       C       0.51    9
 235         O       O       -0.51   10
 236  [ bonds ]
 237         CB      CA
 238         SG      CB
 239         N       HN
 240         N       CA
 241         C       CA
 242         C       +N
 243         CA      HA
 244         CB      HB1
 245         CB      HB2
 246         SG      HG1
 247         O       C
 248  [ impropers ]
 249         N       -C      CA      HN
 250         C       CA      +N      O
 251  [ cmap ]
 252         -C      N       CA      C       +N
 253
 254 [ CYS2 ]  ; disulfide cystine
 255  [ atoms ]
 256         N       NH1     -0.47   0
 257         HN      H       0.31    1
 258         CA      CT1     0.07    2
 259         HA      HB      0.09    3
 260         CB      CT2     -0.10   4
 261         HB1     HA      0.09    5
 262         HB2     HA      0.09    6
 263         SG      SM      -0.08   7
 264         C       C       0.51    8
 265         O       O       -0.51   9
 266  [ bonds ]
 267         CB      CA
 268         SG      CB
 269         N       HN
 270         N       CA
 271         C       CA
 272         C       +N
 273         CA      HA
 274         CB      HB1
 275         CB      HB2
 276         O       C
 277  [ impropers ]
 278         N       -C      CA      HN
 279         C       CA      +N      O
 280 [ cmap ]
 281         -C      N       CA      C       +N
 282
 283 [ GLN ]
 284  [ atoms ]
 285         N       NH1     -0.47   0
 286         HN      H       0.31    1
 287         CA      CT1     0.07    2
 288         HA      HB      0.09    3
 289         CB      CT2     -0.18   4
 290         HB1     HA      0.09    5
 291         HB2     HA      0.09    6
 292         CG      CT2     -0.18   7
 293         HG1     HA      0.09    8
 294         HG2     HA      0.09    9
 295         CD      CC      0.55    10
 296         OE1     O       -0.55   11
 297         NE2     NH2     -0.62   12
 298         HE21    H       0.32    13
 299         HE22    H       0.30    14
 300         C       C       0.51    15
 301         O       O       -0.51   16
 302  [ bonds ]
 303         CB      CA
 304         CG      CB
 305         CD      CG
 306         NE2     CD
 307         N       HN
 308         N       CA
 309         C       CA
 310         C       +N
 311         CA      HA
 312         CB      HB1
 313         CB      HB2
 314         CG      HG1
 315         CG      HG2
 316         NE2     HE21
 317         NE2     HE22
 318         O       C
 319         CD      OE1
 320  [ impropers ]
 321         N       -C      CA      HN
 322         C       CA      +N      O
 323         CD      NE2     CG      OE1
 324         CD      CG      NE2     OE1
 325         NE2     CD      HE21    HE22
 326         NE2     CD      HE22    HE21
 327  [ cmap ]
 328         -C      N       CA      C       +N
 329
 330 [ GLU ]
 331  [ atoms ]
 332         N       NH1     -0.47   0
 333         HN      H       0.31    1
 334         CA      CT1     0.07    2
 335         HA      HB      0.09    3
 336         CB      CT2     -0.18   4
 337         HB1     HA      0.09    5
 338         HB2     HA      0.09    6
 339         CG      CT2     -0.28   7
 340         HG1     HA      0.09    8
 341         HG2     HA      0.09    9
 342         CD      CC      0.62    10
 343         OE1     OC      -0.76   11
 344         OE2     OC      -0.76   12
 345         C       C       0.51    13
 346         O       O       -0.51   14
 347  [ bonds ]
 348         CB      CA
 349         CG      CB
 350         CD      CG
 351         OE2     CD
 352         N       HN
 353         N       CA
 354         C       CA
 355         C       +N
 356         CA      HA
 357         CB      HB1
 358         CB      HB2
 359         CG      HG1
 360         CG      HG2
 361         O       C
 362         CD      OE1
 363  [ impropers ]
 364         N       -C      CA      HN
 365         C       CA      +N      O
 366         CD      CG      OE2     OE1
 367  [ cmap ]
 368         -C      N       CA      C       +N
 369
 370 [ GLUP ] ; protonated GLU
 371  [ atoms ]
 372         N       NH1     -0.47   0
 373         HN      H       0.31    1
 374         CA      CT1     0.07    2
 375         HA      HB      0.09    3
 376         CB      CT2     -0.18   4
 377         HB1     HA      0.09    5
 378         HB2     HA      0.09    6
 379         CG      CT2    -0.21    7 ;
 380         HG1     HA      0.09    8 ; HG1    OE1
 381         HG2     HA      0.09    9 ;  |    //
 382         CD      CD      0.75    10; -CG--CD
 383         OE1     OB     -0.55    11;  |     \
 384         OE2     OH1    -0.61    12; HG2     OE2-HE2
 385         HE2     H       0.44    13;
 386         C       C       0.51    14
 387         O       O       -0.51   15
 388  [ bonds ]
 389         CB      CA
 390         CG      CB
 391         CD      CG
 392         OE2     CD
 393         OE2     HE2
 394         N       HN
 395         N       CA
 396         C       CA
 397         C       +N
 398         CA      HA
 399         CB      HB1
 400         CB      HB2
 401         CG      HG1
 402         CG      HG2
 403         O       C
 404         CD      OE1
 405  [ impropers ]
 406         N       -C      CA      HN
 407         C       CA      +N      O
 408         CD      CG      OE2     OE1
 409  [ cmap ]
 410         -C      N       CA      C       +N
 411
 412 [ GLY ]
 413  [ atoms ]
 414         N       NH1     -0.47   0
 415         HN      H       0.31    1
 416         CA      CT2     -0.02   2
 417         HA1     HB      0.09    3
 418         HA2     HB      0.09    4
 419         C       C       0.51    5
 420         O       O       -0.51   6
 421  [ bonds ]
 422         N       HN
 423         N       CA
 424         C       CA
 425         C       +N
 426         CA      HA1
 427         CA      HA2
 428         O       C
 429  [ impropers ]
 430         N       -C      CA      HN
 431         C       CA      +N      O
 432  [ cmap ]
 433         -C      N       CA      C       +N
 434
 435 [ HSD ]
 436  [ atoms ]
 437         N       NH1     -0.47   0
 438         HN      H       0.31    1
 439         CA      CT1     0.07    2
 440         HA      HB      0.09    3
 441         CB      CT2     -0.09   4
 442         HB1     HA      0.09    5
 443         HB2     HA      0.09    6
 444         ND1     NR1     -0.36   7
 445         HD1     H       0.32    8
 446         CG      CPH1    -0.05   9
 447         CE1     CPH2    0.25    10
 448         HE1     HR1     0.13    11
 449         NE2     NR2     -0.70   12
 450         CD2     CPH1    0.22    13
 451         HD2     HR3     0.10    14
 452         C       C       0.51    15
 453         O       O       -0.51   16
 454  [ bonds ]
 455         CB      CA
 456         CG      CB
 457         ND1     CG
 458         CE1     ND1
 459         NE2     CD2
 460         N       HN
 461         N       CA
 462         C       CA
 463         C       +N
 464         CA      HA
 465         CB      HB1
 466         CB      HB2
 467         ND1     HD1
 468         CD2     HD2
 469         CE1     HE1
 470         O       C
 471         CG      CD2
 472         CE1     NE2
 473  [ impropers ]
 474         ND1     CG      CE1     HD1
 475         CD2     CG      NE2     HD2
 476         CE1     ND1     NE2     HE1
 477         ND1     CE1     CG      HD1
 478         CD2     NE2     CG      HD2
 479         CE1     NE2     ND1     HE1
 480         N       -C      CA      HN
 481         C       CA      +N      O
 482  [ cmap ]
 483         -C      N       CA      C       +N
 484
 485 [ HSE ]
 486  [ atoms ]
 487         N       NH1     -0.47   0
 488         HN      H       0.31    1
 489         CA      CT1     0.07    2
 490         HA      HB      0.09    3
 491         CB      CT2     -0.08   4
 492         HB1     HA      0.09    5
 493         HB2     HA      0.09    6
 494         ND1     NR2     -0.70   7
 495         CG      CPH1    0.22    8
 496         CE1     CPH2    0.25    9
 497         HE1     HR1     0.13    10
 498         NE2     NR1     -0.36   11
 499         HE2     H       0.32    12
 500         CD2     CPH1    -0.05   13
 501         HD2     HR3     0.09    14
 502         C       C       0.51    15
 503         O       O       -0.51   16
 504  [ bonds ]
 505         CB      CA
 506         CG      CB
 507         ND1     CG
 508         NE2     CD2
 509         N       HN
 510         N       CA
 511         C       CA
 512         C       +N
 513         NE2     CE1
 514         CA      HA
 515         CB      HB1
 516         CB      HB2
 517         NE2     HE2
 518         CD2     HD2
 519         CE1     HE1
 520         O       C
 521         CD2     CG
 522         CE1     ND1
 523  [ impropers ]
 524         NE2     CD2     CE1     HE2
 525         CD2     CG      NE2     HD2
 526         CE1     ND1     NE2     HE1
 527         NE2     CE1     CD2     HE2
 528         CD2     NE2     CG      HD2
 529         CE1     NE2     ND1     HE1
 530         N       -C      CA      HN
 531         C       CA      +N      O
 532  [ cmap ]
 533         -C      N       CA      C       +N
 534
 535 [ HSP ]
 536  [ atoms ]
 537         N       NH1     -0.47   0
 538         HN      H       0.31    1
 539         CA      CT1     0.07    2
 540         HA      HB      0.09    3
 541         CB      CT2     -0.05   4
 542         HB1     HA      0.09    5
 543         HB2     HA      0.09    6
 544         CD2     CPH1    0.19    7
 545         HD2     HR1     0.13    8
 546         CG      CPH1    0.19    9
 547         NE2     NR3     -0.51   10
 548         HE2     H       0.44    11
 549         ND1     NR3     -0.51   12
 550         HD1     H       0.44    13
 551         CE1     CPH2    0.32    14
 552         HE1     HR2     0.18    15
 553         C       C       0.51    16
 554         O       O       -0.51   17
 555  [ bonds ]
 556         CB      CA
 557         CG      CB
 558         ND1     CG
 559         CE1     ND1
 560         NE2     CD2
 561         N       HN
 562         N       CA
 563         C       CA
 564         C       +N
 565         CA      HA
 566         CB      HB1
 567         CB      HB2
 568         ND1     HD1
 569         NE2     HE2
 570         CD2     HD2
 571         CE1     HE1
 572         O       C
 573         CD2     CG
 574         NE2     CE1
 575  [ impropers ]
 576         ND1     CG      CE1     HD1
 577         ND1     CE1     CG      HD1
 578         NE2     CD2     CE1     HE2
 579         NE2     CE1     CD2     HE2
 580         N       -C      CA      HN
 581         C       CA      +N      O
 582  [ cmap ]
 583         -C      N       CA      C       +N
 584
 585 [ ILE ]
 586  [ atoms ]
 587         N       NH1     -0.47   0
 588         HN      H       0.31    1
 589         CA      CT1     0.07    2
 590         HA      HB      0.09    3
 591         CB      CT1     -0.09   4
 592         HB      HA      0.09    5
 593         CG2     CT3     -0.27   6
 594         HG21    HA      0.09    7
 595         HG22    HA      0.09    8
 596         HG23    HA      0.09    9
 597         CG1     CT2     -0.18   10
 598         HG11    HA      0.09    11
 599         HG12    HA      0.09    12
 600         CD      CT3     -0.27   13
 601         HD1     HA      0.09    14
 602         HD2     HA      0.09    15
 603         HD3     HA      0.09    16
 604         C       C       0.51    17
 605         O       O       -0.51   18
 606  [ bonds ]
 607         CB      CA
 608         CG1     CB
 609         CG2     CB
 610         CD      CG1
 611         N       HN
 612         N       CA
 613         C       CA
 614         C       +N
 615         CA      HA
 616         CB      HB
 617         CG1     HG11
 618         CG1     HG12
 619         CG2     HG21
 620         CG2     HG22
 621         CG2     HG23
 622         CD      HD1
 623         CD      HD2
 624         CD      HD3
 625         O       C
 626  [ impropers ]
 627         N       -C      CA      HN
 628         C       CA      +N      O
 629  [ cmap ]
 630         -C      N       CA      C       +N
 631
 632 [ LEU ]
 633  [ atoms ]
 634         N       NH1     -0.47   0
 635         HN      H       0.31    1
 636         CA      CT1     0.07    2
 637         HA      HB      0.09    3
 638         CB      CT2     -0.18   4
 639         HB1     HA      0.09    5
 640         HB2     HA      0.09    6
 641         CG      CT1     -0.09   7
 642         HG      HA      0.09    8
 643         CD1     CT3     -0.27   9
 644         HD11    HA      0.09    10
 645         HD12    HA      0.09    11
 646         HD13    HA      0.09    12
 647         CD2     CT3     -0.27   13
 648         HD21    HA      0.09    14
 649         HD22    HA      0.09    15
 650         HD23    HA      0.09    16
 651         C       C       0.51    17
 652         O       O       -0.51   18
 653  [ bonds ]
 654         CB      CA
 655         CG      CB
 656         CD1     CG
 657         CD2     CG
 658         N       HN
 659         N       CA
 660         C       CA
 661         C       +N
 662         CA      HA
 663         CB      HB1
 664         CB      HB2
 665         CG      HG
 666         CD1     HD11
 667         CD1     HD12
 668         CD1     HD13
 669         CD2     HD21
 670         CD2     HD22
 671         CD2     HD23
 672         O       C
 673  [ impropers ]
 674         N       -C      CA      HN
 675         C       CA      +N      O
 676  [ cmap ]
 677         -C      N       CA      C       +N
 678
 679 [ LYS ]
 680  [ atoms ]
 681         N       NH1     -0.47   0
 682         HN      H       0.31    1
 683         CA      CT1     0.07    2
 684         HA      HB      0.09    3
 685         CB      CT2     -0.18   4
 686         HB1     HA      0.09    5
 687         HB2     HA      0.09    6
 688         CG      CT2     -0.18   7
 689         HG1     HA      0.09    8
 690         HG2     HA      0.09    9
 691         CD      CT2     -0.18   10
 692         HD1     HA      0.09    11
 693         HD2     HA      0.09    12
 694         CE      CT2     0.21    13
 695         HE1     HA      0.05    14
 696         HE2     HA      0.05    15
 697         NZ      NH3     -0.30   16
 698         HZ1     HC      0.33    17
 699         HZ2     HC      0.33    18
 700         HZ3     HC      0.33    19
 701         C       C       0.51    20
 702         O       O       -0.51   21
 703  [ bonds ]
 704         CB      CA
 705         CG      CB
 706         CD      CG
 707         CE      CD
 708         NZ      CE
 709         N       HN
 710         N       CA
 711         C       CA
 712         C       +N
 713         CA      HA
 714         CB      HB1
 715         CB      HB2
 716         CG      HG1
 717         CG      HG2
 718         CD      HD1
 719         CD      HD2
 720         CE      HE1
 721         CE      HE2
 722         O       C
 723         NZ      HZ1
 724         NZ      HZ2
 725         NZ      HZ3
 726  [ impropers ]
 727         N       -C      CA      HN
 728         C       CA      +N      O
 729  [ cmap ]
 730         -C      N       CA      C       +N
 731
 732 [ LSN ] ; neutral lysine residue
 733  [ atoms ]
 734         N       NH1     -0.47   0
 735         HN      H       0.31    1
 736         CA      CT1     0.07    2
 737         HA      HB      0.09    3
 738         CB      CT2     -0.18   4
 739         HB1     HA      0.09    5
 740         HB2     HA      0.09    6
 741         CG      CT2     -0.18   7
 742         HG1     HA      0.09    8
 743         HG2     HA      0.09    9
 744         CD      CT2     -0.18   10
 745         HD1     HA      0.09    11
 746         HD2     HA      0.09    12
 747         CE      CT2     0.13    13
 748         HE1     HA      0.075   14
 749         HE2     HA      0.075   15
 750         NZ      NH2     -0.96   16
 751         HZ1     HC      0.34    17
 752         HZ2     HC      0.34    18
 753         C       C       0.51    19
 754         O       O       -0.51   20
 755  [ bonds ]
 756         CB      CA
 757         CG      CB
 758         CD      CG
 759         CE      CD
 760         NZ      CE
 761         N       HN
 762         N       CA
 763         C       CA
 764         C       +N
 765         CA      HA
 766         CB      HB1
 767         CB      HB2
 768         CG      HG1
 769         CG      HG2
 770         CD      HD1
 771         CD      HD2
 772         CE      HE1
 773         CE      HE2
 774         O       C
 775         NZ      HZ1
 776         NZ      HZ2
 777  [ impropers ]
 778         N       -C      CA      HN
 779         C       CA      +N      O
 780 [ cmap ]
 781         -C      N       CA      C       +N
 782
 783 [ MET ]
 784  [ atoms ]
 785         N       NH1     -0.47   0
 786         HN      H       0.31    1
 787         CA      CT1     0.07    2
 788         HA      HB      0.09    3
 789         CB      CT2     -0.18   4
 790         HB1     HA      0.09    5
 791         HB2     HA      0.09    6
 792         CG      CT2     -0.14   7
 793         HG1     HA      0.09    8
 794         HG2     HA      0.09    9
 795         SD      S       -0.09   10
 796         CE      CT3     -0.22   11
 797         HE1     HA      0.09    12
 798         HE2     HA      0.09    13
 799         HE3     HA      0.09    14
 800         C       C       0.51    15
 801         O       O       -0.51   16
 802  [ bonds ]
 803         CB      CA
 804         CG      CB
 805         SD      CG
 806         CE      SD
 807         N       HN
 808         N       CA
 809         C       CA
 810         C       +N
 811         CA      HA
 812         CB      HB1
 813         CB      HB2
 814         CG      HG1
 815         CG      HG2
 816         CE      HE1
 817         CE      HE2
 818         CE      HE3
 819         O       C
 820  [ impropers ]
 821         N       -C      CA      HN
 822         C       CA      +N      O
 823  [ cmap ]
 824         -C      N       CA      C       +N
 825
 826 [ PHE ]
 827  [ atoms ]
 828         N       NH1     -0.47   0
 829         HN      H       0.31    1
 830         CA      CT1     0.07    2
 831         HA      HB      0.09    3
 832         CB      CT2     -0.18   4
 833         HB1     HA      0.09    5
 834         HB2     HA      0.09    6
 835         CG      CA      0.00    7
 836         CD1     CA      -0.115  8
 837         HD1     HP      0.115   9
 838         CE1     CA      -0.115  10
 839         HE1     HP      0.115   11
 840         CZ      CA      -0.115  12
 841         HZ      HP      0.115   13
 842         CD2     CA      -0.115  14
 843         HD2     HP      0.115   15
 844         CE2     CA      -0.115  16
 845         HE2     HP      0.115   17
 846         C       C       0.51    18
 847         O       O       -0.51   19
 848  [ bonds ]
 849         CB      CA
 850         CG      CB
 851         CD2     CG
 852         CE1     CD1
 853         CZ      CE2
 854         N       HN
 855         N       CA
 856         C       CA
 857         C       +N
 858         CA      HA
 859         CB      HB1
 860         CB      HB2
 861         CD1     HD1
 862         CD2     HD2
 863         CE1     HE1
 864         O       C
 865         CD1     CG
 866         CZ      CE1
 867         CE2     CD2
 868         CE2     HE2
 869         CZ      HZ
 870  [ impropers ]
 871         N       -C      CA      HN
 872         C       CA      +N      O
 873  [ cmap ]
 874         -C      N       CA      C       +N
 875
 876 [ PRO ]
 877  [ atoms ]
 878         N       N       -0.29   0
 879         CD      CP3     0.00    1
 880         HD1     HA      0.09    2
 881         HD2     HA      0.09    3
 882         CA      CP1     0.02    4
 883         HA      HB      0.09    5
 884         CB      CP2     -0.18   6
 885         HB1     HA      0.09    7
 886         HB2     HA      0.09    8
 887         CG      CP2     -0.18   9
 888         HG1     HA      0.09    10
 889         HG2     HA      0.09    11
 890         C       C       0.51    12
 891         O       O       -0.51   13
 892  [ bonds ]
 893         C       CA
 894         C       +N
 895         N       CA
 896         CA      CB
 897         CB      CG
 898         CG      CD
 899         N       CD
 900         HA      CA
 901         HG1     CG
 902         HG2     CG
 903         HD1     CD
 904         HD2     CD
 905         HB1     CB
 906         HB2     CB
 907         O       C
 908  [ impropers ]
 909         N       -C      CA      CD
 910         C       CA      +N      O
 911  [ cmap ]
 912         -C      N       CA      C       +N
 913
 914 [ SER ]
 915  [ atoms ]
 916         N       NH1     -0.47   0
 917         HN      H       0.31    1
 918         CA      CT1     0.07    2
 919         HA      HB      0.09    3
 920         CB      CT2     0.05    4
 921         HB1     HA      0.09    5
 922         HB2     HA      0.09    6
 923         OG      OH1     -0.66   7
 924         HG1     H       0.43    8
 925         C       C       0.51    9
 926         O       O       -0.51   10
 927  [ bonds ]
 928         CB      CA
 929         OG      CB
 930         N       HN
 931         N       CA
 932         C       CA
 933         C       +N
 934         CA      HA
 935         CB      HB1
 936         CB      HB2
 937         OG      HG1
 938         O       C
 939  [ impropers ]
 940         N       -C      CA      HN
 941         C       CA      +N      O
 942  [ cmap ]
 943         -C      N       CA      C       +N
 944
 945 [ THR ]
 946  [ atoms ]
 947         N       NH1     -0.47   0
 948         HN      H       0.31    1
 949         CA      CT1     0.07    2
 950         HA      HB      0.09    3
 951         CB      CT1     0.14    4
 952         HB      HA      0.09    5
 953         OG1     OH1     -0.66   6
 954         HG1     H       0.43    7
 955         CG2     CT3     -0.27   8
 956         HG21    HA      0.09    9
 957         HG22    HA      0.09    10
 958         HG23    HA      0.09    11
 959         C       C       0.51    12
 960         O       O       -0.51   13
 961  [ bonds ]
 962         CB      CA
 963         OG1     CB
 964         CG2     CB
 965         N       HN
 966         N       CA
 967         C       CA
 968         C       +N
 969         CA      HA
 970         CB      HB
 971         OG1     HG1
 972         CG2     HG21
 973         CG2     HG22
 974         CG2     HG23
 975         O       C
 976  [ impropers ]
 977         N       -C      CA      HN
 978         C       CA      +N      O
 979  [ cmap ]
 980         -C      N       CA      C       +N
 981
 982 [ TRP ]
 983  [ atoms ]
 984         N       NH1     -0.47   0
 985         HN      H       0.31    1
 986         CA      CT1     0.07    2
 987         HA      HB      0.09    3
 988         CB      CT2     -0.18   4
 989         HB1     HA      0.09    5
 990         HB2     HA      0.09    6
 991         CG      CY      -0.03   7
 992         CD1     CA      0.035   8
 993         HD1     HP      0.115   9
 994         NE1     NY      -0.61   10
 995         HE1     H       0.38    11
 996         CE2     CPT     0.13    12
 997         CD2     CPT     -0.02   13
 998         CE3     CA      -0.115  14
 999         HE3     HP      0.115   15
1000         CZ3     CA      -0.115  16
1001         HZ3     HP      0.115   17
1002         CZ2     CA      -0.115  18
1003         HZ2     HP      0.115   19
1004         CH2     CA      -0.115  20
1005         HH2     HP      0.115   21
1006         C       C       0.51    22
1007         O       O       -0.51   23
1008  [ bonds ]
1009         CB      CA
1010         CG      CB
1011         CD2     CG
1012         NE1     CD1
1013         CZ2     CE2
1014         N       HN
1015         N       CA
1016         C       CA
1017         C       +N
1018         CZ3     CH2
1019         CD2     CE3
1020         NE1     CE2
1021         CA      HA
1022         CB      HB1
1023         CB      HB2
1024         CD1     HD1
1025         NE1     HE1
1026         CE3     HE3
1027         CZ2     HZ2
1028         CZ3     HZ3
1029         CH2     HH2
1030         O       C
1031         CD1     CG
1032         CE2     CD2
1033         CZ3     CE3
1034         CH2     CZ2
1035  [ impropers ]
1036         N       -C      CA      HN
1037         C       CA      +N      O
1038  [ cmap ]
1039         -C      N       CA      C       +N
1040
1041 [ TYR ]
1042  [ atoms ]
1043         N       NH1     -0.47   0
1044         HN      H       0.31    1
1045         CA      CT1     0.07    2
1046         HA      HB      0.09    3
1047         CB      CT2     -0.18   4
1048         HB1     HA      0.09    5
1049         HB2     HA      0.09    6
1050         CG      CA      0.00    7
1051         CD1     CA      -0.115  8
1052         HD1     HP      0.115   9
1053         CE1     CA      -0.115  10
1054         HE1     HP      0.115   11
1055         CZ      CA      0.11    12
1056         OH      OH1     -0.54   13
1057         HH      H       0.43    14
1058         CD2     CA      -0.115  15
1059         HD2     HP      0.115   16
1060         CE2     CA      -0.115  17
1061         HE2     HP      0.115   18
1062         C       C       0.51    19
1063         O       O       -0.51   20
1064  [ bonds ]
1065         CB      CA
1066         CG      CB
1067         CD2     CG
1068         CE1     CD1
1069         CZ      CE2
1070         OH      CZ
1071         N       HN
1072         N       CA
1073         C       CA
1074         C       +N
1075         CA      HA
1076         CB      HB1
1077         CB      HB2
1078         CD1     HD1
1079         CD2     HD2
1080         CE1     HE1
1081         CE2     HE2
1082         OH      HH
1083         O       C
1084         CD1     CG
1085         CE1     CZ
1086         CE2     CD2
1087  [ impropers ]
1088         N       -C      CA      HN
1089         C       CA      +N      O
1090  [ cmap ]
1091         -C      N       CA      C       +N
1092
1093 [ VAL ]
1094  [ atoms ]
1095         N       NH1     -0.47   0
1096         HN      H       0.31    1
1097         CA      CT1     0.07    2
1098         HA      HB      0.09    3
1099         CB      CT1     -0.09   4
1100         HB      HA      0.09    5
1101         CG1     CT3     -0.27   6
1102         HG11    HA      0.09    7
1103         HG12    HA      0.09    8
1104         HG13    HA      0.09    9
1105         CG2     CT3     -0.27   10
1106         HG21    HA      0.09    11
1107         HG22    HA      0.09    12
1108         HG23    HA      0.09    13
1109         C       C       0.51    14
1110         O       O       -0.51   15
1111  [ bonds ]
1112         CB      CA
1113         CG1     CB
1114         CG2     CB
1115         N       HN
1116         N       CA
1117         C       CA
1118         C       +N
1119         CA      HA
1120         CB      HB
1121         CG1     HG11
1122         CG1     HG12
1123         CG1     HG13
1124         CG2     HG21
1125         CG2     HG22
1126         CG2     HG23
1127         O       C
1128  [ impropers ]
1129         N       -C      CA      HN
1130         C       CA      +N      O
1131  [ cmap ]
1132         -C      N       CA      C       +N
1133
1134 [ ALAD ] ; Alanine dipeptide
1135  [ atoms ]
1136         CL      CT3     -0.27   0
1137         HL1     HA      0.09    1
1138         HL2     HA      0.09    2
1139         HL3     HA      0.09    3
1140         CLP     C       0.51    4
1141         OL      O       -0.51   5
1142         NL      NH1     -0.47   6
1143         HL      H       0.31    7
1144         CA      CT1     0.07    8
1145         HA      HB      0.09    9
1146         CB      CT3     -0.27   10
1147         HB1     HA      0.09    11
1148         HB2     HA      0.09    12
1149         HB3     HA      0.09    13
1150         CRP     C       0.51    14
1151         OR      O       -0.51   15
1152         NR      NH1     -0.47   16
1153         HR      H       0.31    17
1154         CR      CT3     -0.11   18
1155         HR1     HA      0.09    19
1156         HR2     HA      0.09    20
1157         HR3     HA      0.09    21
1158  [ bonds ]
1159         CL      CLP
1160         CLP     NL
1161         NL      CA
1162         CA      CRP
1163         CRP     NR
1164         NR      CR
1165         CLP     OL
1166         CRP     OR
1167         NL      HL
1168         NR      HR
1169         CA      HA
1170         CA      CB
1171         CL      HL1
1172         CL      HL2
1173         CL      HL3
1174         CB      HB1
1175         CB      HB2
1176         CB      HB3
1177         CR      HR1
1178         CR      HR2
1179         CR      HR3
1180  [ impropers ]
1181         CLP     CL      NL      OL
1182         NL      CLP     CA      HL
1183         CRP     CA      NR      OR
1184         NR      CRP     CR      HR
1185  [ cmap ]
1186         CLP     NL      CA      CRP     NR
1187
1188 [ HEME ]
1189  [ atoms ]
1190         FE      FE       0.24   0
1191         NA      NPH     -0.18   1
1192         NB      NPH     -0.18   2
1193         NC      NPH     -0.18   3
1194         ND      NPH     -0.18   4
1195         C1A     CPA      0.12   5
1196         C2A     CPB     -0.06   6
1197         C3A     CPB     -0.06   7
1198         C4A     CPA      0.12   8
1199         C1B     CPA      0.12   9
1200         C2B     CPB     -0.06   10
1201         C3B     CPB     -0.06   11
1202         C4B     CPA      0.12   12
1203         C1C     CPA      0.12   13
1204         C2C     CPB     -0.06   14
1205         C3C     CPB     -0.06   15
1206         C4C     CPA      0.12   16
1207         C1D     CPA      0.12   17
1208         C2D     CPB     -0.06   18
1209         C3D     CPB     -0.06   19
1210         C4D     CPA      0.12   20
1211         CHA     CPM     -0.10   21
1212         HA      HA       0.10   22
1213         CHB     CPM     -0.10   23
1214         HB      HA       0.10   24
1215         CHC     CPM     -0.10   25
1216         HC      HA       0.10   26
1217         CHD     CPM     -0.10   27
1218         HD      HA       0.10   28
1219         CMA     CT3     -0.27   29
1220         HMA1    HA       0.09   30
1221         HMA2    HA       0.09   31
1222         HMA3    HA       0.09   32
1223         CAA     CT2     -0.18   33
1224         HAA1    HA       0.09   34
1225         HAA2    HA       0.09   35
1226         CBA     CT2     -0.28   36
1227         HBA1    HA       0.09   37
1228         HBA2    HA       0.09   38
1229         CGA     CC       0.62   39
1230         O1A     OC      -0.76   40
1231         O2A     OC      -0.76   41
1232         CMB     CT3     -0.27   42
1233         HMB1    HA       0.09   43
1234         HMB2    HA       0.09   44
1235         HMB3    HA       0.09   45
1236         CAB     CE1     -0.15   46
1237         HAB     HE1      0.15   47
1238         CBB     CE2     -0.42   48
1239         HBB1    HE2      0.21   49
1240         HBB2    HE2      0.21   50
1241         CMC     CT3     -0.27   51
1242         HMC1    HA       0.09   52
1243         HMC2    HA       0.09   53
1244         HMC3    HA       0.09   54
1245         CAC     CE1     -0.15   55
1246         HAC     HE1      0.15   56
1247         CBC     CE2     -0.42   57
1248         HBC1    HE2      0.21   58
1249         HBC2    HE2      0.21   59
1250         CMD     CT3     -0.27   60
1251         HMD1    HA       0.09   61
1252         HMD2    HA       0.09   62
1253         HMD3    HA       0.09   63
1254         CAD     CT2     -0.18   64
1255         HAD1    HA       0.09   65
1256         HAD2    HA       0.09   66
1257         CBD     CT2     -0.28   67
1258         HBD1    HA       0.09   68
1259         HBD2    HA       0.09   69
1260         CGD     CC       0.62   70
1261         O1D     OC      -0.76   71
1262         O2D     OC      -0.76   72
1263  [ bonds ]
1264         FE      NA
1265         FE      NB
1266         FE      NC
1267         FE      ND
1268         NA      C1A
1269         C1A     C2A
1270         C2A     C3A
1271         C3A     C4A
1272         NA      C4A
1273         C2A     CAA
1274         CAA     CBA
1275         CBA     CGA
1276         CGA     O1A
1277         CGA     O2A
1278         C3A     CMA
1279         CHB     C4A
1280         CHB     C1B
1281         NB      C1B
1282         C1B     C2B
1283         C2B     C3B
1284         C3B     C4B
1285         NB      C4B
1286         C2B     CMB
1287         C3B     CAB
1288         CAB     CBB
1289         CHC     C4B
1290         CHC     C1C
1291         NC      C1C
1292         C1C     C2C
1293         C2C     C3C
1294         C3C     C4C
1295         NC      C4C
1296         C2C     CMC
1297         C3C     CAC
1298         CAC     CBC
1299         CHD     C4C
1300         CHD     C1D
1301         ND      C1D
1302         C1D     C2D
1303         C2D     C3D
1304         C3D     C4D
1305         ND      C4D
1306         C2D     CMD
1307         C3D     CAD
1308         CAD     CBD
1309         CBD     CGD
1310         CGD     O1D
1311         CGD     O2D
1312         CHA     C4D
1313         CHA     C1A
1314         CHA     HA
1315         CHB     HB
1316         CHC     HC
1317         CHD     HD
1318         CAA     HAA1
1319         CAA     HAA2
1320         CBA     HBA1
1321         CBA     HBA2
1322         CMA     HMA1
1323         CMA     HMA2
1324         CMA     HMA3
1325         CMB     HMB1
1326         CMB     HMB2
1327         CMB     HMB3
1328         CAB     HAB
1329         CBB     HBB1
1330         CBB     HBB2
1331         CMC     HMC1
1332         CMC     HMC2
1333         CMC     HMC3
1334         CAC     HAC
1335         CBC     HBC1
1336         CBC     HBC2
1337         CMD     HMD1
1338         CMD     HMD2
1339         CMD     HMD3
1340         CAD     HAD1
1341         CAD     HAD2
1342         CBD     HBD1
1343         CBD     HBD2
1344  [ angles ]
1345         ;  ai    aj    ak   th0     cth     ub0     cub
1346            NA    FE    NC   180.0   0.0     0.0     0.0
1347            NB    FE    ND   180.0   0.0     0.0     0.0
1348  [ impropers ]
1349         C2A     C1A     C3A     CAA
1350         C3A     C2A     C4A     CMA
1351         C2B     C1B     C3B     CMB
1352         C3B     C2B     C4B     CAB
1353         C2C     C1C     C3C     CMC
1354         C3C     C2C     C4C     CAC
1355         C2D     C1D     C3D     CMD
1356         C3D     C2D     C4D     CAD
1357         CGA     CBA     O2A     O1A
1358         CGD     CBD     O2D     O1D
1359         C4A     NA      C1A     C2A
1360         C1A     NA      C4A     C3A
1361         C4B     NB      C1B     C2B
1362         C1B     NB      C4B     C3B
1363         C4C     NC      C1C     C2C
1364         C1C     NC      C4C     C3C
1365         C4D     ND      C1D     C2D
1366         C1D     ND      C4D     C3D
1367         NA      C1A     C2A     C3A
1368         NA      C4A     C3A     C2A
1369         NB      C1B     C2B     C3B
1370         NB      C4B     C3B     C2B
1371         NC      C1C     C2C     C3C
1372         NC      C4C     C3C     C2C
1373         ND      C1D     C2D     C3D
1374         ND      C4D     C3D     C2D
1375         NA      C1A     CHA     C4D
1376         NA      C4A     CHB     C1B
1377         NB      C1B     CHB     C4A
1378         NB      C4B     CHC     C1C
1379         NC      C1C     CHC     C4B
1380         NC      C4C     CHD     C1D
1381         ND      C1D     CHD     C4C
1382         ND      C4D     CHA     C1A
1383         CHA     C1A     C4D     HA
1384         CHB     C1B     C4A     HB
1385         CHC     C1C     C4B     HC
1386         CHD     C1D     C4C     HD
1387         C1A     C2A     CHA     NA
1388         C4A     C3A     CHB     NA
1389         C1B     C2B     CHB     NB
1390         C4B     C3B     CHC     NB
1391         C1C     C2C     CHC     NC
1392         C4C     C3C     CHD     NC
1393         C1D     C2D     CHD     ND
1394         C4D     C3D     CHA     ND
1395         NA      C1A     C4A     FE
1396         NB      C1B     C4B     FE
1397         NC      C1C     C4C     FE
1398         ND      C1D     C4D     FE
1399
1400 [ HEO2 ]
1401  [ atoms ]
1402         FE      FE       0.24   0
1403         NA      NPH     -0.18   1
1404         NB      NPH     -0.18   2
1405         NC      NPH     -0.18   3
1406         ND      NPH     -0.18   4
1407         C1A     CPA      0.12   5
1408         C2A     CPB     -0.06   6
1409         C3A     CPB     -0.06   7
1410         C4A     CPA      0.12   8
1411         C1B     CPA      0.12   9
1412         C2B     CPB     -0.06   10
1413         C3B     CPB     -0.06   11
1414         C4B     CPA      0.12   12
1415         C1C     CPA      0.12   13
1416         C2C     CPB     -0.06   14
1417         C3C     CPB     -0.06   15
1418         C4C     CPA      0.12   16
1419         C1D     CPA      0.12   17
1420         C2D     CPB     -0.06   18
1421         C3D     CPB     -0.06   19
1422         C4D     CPA      0.12   20
1423         CHA     CPM     -0.10   21
1424         HA      HA       0.10   22
1425         CHB     CPM     -0.10   23
1426         HB      HA       0.10   24
1427         CHC     CPM     -0.10   25
1428         HC      HA       0.10   26
1429         CHD     CPM     -0.10   27
1430         HD      HA       0.10   28
1431         CMA     CT3     -0.27   29
1432         HMA1    HA       0.09   30
1433         HMA2    HA       0.09   31
1434         HMA3    HA       0.09   32
1435         CAA     CT2     -0.18   33
1436         HAA1    HA       0.09   34
1437         HAA2    HA       0.09   35
1438         CBA     CT2     -0.28   36
1439         HBA1    HA       0.09   37
1440         HBA2    HA       0.09   38
1441         CGA     CC       0.62   39
1442         O1A     OC      -0.76   40
1443         O2A     OC      -0.76   41
1444         CMB     CT3     -0.27   42
1445         HMB1    HA       0.09   43
1446         HMB2    HA       0.09   44
1447         HMB3    HA       0.09   45
1448         CAB     CE1     -0.15   46
1449         HAB     HE1      0.15   47
1450         CBB     CE2     -0.42   48
1451         HBB1    HE2      0.21   49
1452         HBB2    HE2      0.21   50
1453         CMC     CT3     -0.27   51
1454         HMC1    HA       0.09   52
1455         HMC2    HA       0.09   53
1456         HMC3    HA       0.09   54
1457         CAC     CE1     -0.15   55
1458         HAC     HE1      0.15   56
1459         CBC     CE2     -0.42   57
1460         HBC1    HE2      0.21   58
1461         HBC2    HE2      0.21   59
1462         CMD     CT3     -0.27   60
1463         HMD1    HA       0.09   61
1464         HMD2    HA       0.09   62
1465         HMD3    HA       0.09   63
1466         CAD     CT2     -0.18   64
1467         HAD1    HA       0.09   65
1468         HAD2    HA       0.09   66
1469         CBD     CT2     -0.28   67
1470         HBD1    HA       0.09   68
1471         HBD2    HA       0.09   69
1472         CGD     CC       0.62   70
1473         O1D     OC      -0.76   71
1474         O2D     OC      -0.76   72
1475         O1      OM      0.021   73
1476         O2      OM     -0.021   74
1477  [ bonds ]
1478         FE      NA
1479         FE      NB
1480         FE      NC
1481         FE      ND
1482         NA      C1A
1483         C1A     C2A
1484         C2A     C3A
1485         C3A     C4A
1486         NA      C4A
1487         C2A     CAA
1488         CAA     CBA
1489         CBA     CGA
1490         CGA     O1A
1491         CGA     O2A
1492         C3A     CMA
1493         CHB     C4A
1494         CHB     C1B
1495         NB      C1B
1496         C1B     C2B
1497         C2B     C3B
1498         C3B     C4B
1499         NB      C4B
1500         C2B     CMB
1501         C3B     CAB
1502         CAB     CBB
1503         CHC     C4B
1504         CHC     C1C
1505         NC      C1C
1506         C1C     C2C
1507         C2C     C3C
1508         C3C     C4C
1509         NC      C4C
1510         C2C     CMC
1511         C3C     CAC
1512         CAC     CBC
1513         CHD     C4C
1514         CHD     C1D
1515         ND      C1D
1516         C1D     C2D
1517         C2D     C3D
1518         C3D     C4D
1519         ND      C4D
1520         C2D     CMD
1521         C3D     CAD
1522         CAD     CBD
1523         CBD     CGD
1524         CGD     O1D
1525         CGD     O2D
1526         CHA     C4D
1527         CHA     C1A
1528         CHA     HA
1529         CHB     HB
1530         CHC     HC
1531         CHD     HD
1532         CAA     HAA1
1533         CAA     HAA2
1534         CBA     HBA1
1535         CBA     HBA2
1536         CMA     HMA1
1537         CMA     HMA2
1538         CMA     HMA3
1539         CMB     HMB1
1540         CMB     HMB2
1541         CMB     HMB3
1542         CAB     HAB
1543         CBB     HBB1
1544         CBB     HBB2
1545         CMC     HMC1
1546         CMC     HMC2
1547         CMC     HMC3
1548         CAC     HAC
1549         CBC     HBC1
1550         CBC     HBC2
1551         CMD     HMD1
1552         CMD     HMD2
1553         CMD     HMD3
1554         CAD     HAD1
1555         CAD     HAD2
1556         CBD     HBD1
1557         CBD     HBD2
1558         O1      O2
1559         O1      FE
1560  [ angles ]
1561         ;  ai    aj    ak   th0     cth     ub0     cub
1562            NA    FE    NC   180.0   0.0     0.0     0.0
1563            NB    FE    ND   180.0   0.0     0.0     0.0
1564            FE    O1    O2   122.0   50.00   0.0     0.0
1565  [ impropers ]
1566         C2A     C1A     C3A     CAA
1567         C3A     C2A     C4A     CMA
1568         C2B     C1B     C3B     CMB
1569         C3B     C2B     C4B     CAB
1570         C2C     C1C     C3C     CMC
1571         C3C     C2C     C4C     CAC
1572         C2D     C1D     C3D     CMD
1573         C3D     C2D     C4D     CAD
1574         CGA     CBA     O2A     O1A
1575         CGD     CBD     O2D     O1D
1576         C4A     NA      C1A     C2A
1577         C1A     NA      C4A     C3A
1578         C4B     NB      C1B     C2B
1579         C1B     NB      C4B     C3B
1580         C4C     NC      C1C     C2C
1581         C1C     NC      C4C     C3C
1582         C4D     ND      C1D     C2D
1583         C1D     ND      C4D     C3D
1584         NA      C1A     C2A     C3A
1585         NA      C4A     C3A     C2A
1586         NB      C1B     C2B     C3B
1587         NB      C4B     C3B     C2B
1588         NC      C1C     C2C     C3C
1589         NC      C4C     C3C     C2C
1590         ND      C1D     C2D     C3D
1591         ND      C4D     C3D     C2D
1592         NA      C1A     CHA     C4D
1593         NA      C4A     CHB     C1B
1594         NB      C1B     CHB     C4A
1595         NB      C4B     CHC     C1C
1596         NC      C1C     CHC     C4B
1597         NC      C4C     CHD     C1D
1598         ND      C1D     CHD     C4C
1599         ND      C4D     CHA     C1A
1600         CHA     C1A     C4D     HA
1601         CHB     C1B     C4A     HB
1602         CHC     C1C     C4B     HC
1603         CHD     C1D     C4C     HD
1604         C1A     C2A     CHA     NA
1605         C4A     C3A     CHB     NA
1606         C1B     C2B     CHB     NB
1607         C4B     C3B     CHC     NB
1608         C1C     C2C     CHC     NC
1609         C4C     C3C     CHD     NC
1610         C1D     C2D     CHD     ND
1611         C4D     C3D     CHA     ND
1612         NA      C1A     C4A     FE
1613         NB      C1B     C4B     FE
1614         NC      C1C     C4C     FE
1615         ND      C1D     C4D     FE
1616
1617 [ O2 ] ; O2 ligand for HEME
1618  [ atoms ]
1619         O1      OM      0.021   0
1620         O2      OM     -0.021   1
1621  [ bonds ]
1622         O1 O2
1623
1624 [ CO ] ; CO ligand for HEME
1625  [ atoms ]
1626         C       CM      0.021   0
1627         O       OM     -0.021   1
1628  [ bonds ]
1629         C O
1630
1631 [ HOH ]
1632  [ atoms ]
1633         OW      OT      -0.834  0
1634         HW1     HT      0.417   1
1635         HW2     HT      0.417   2
1636  [ bonds ]
1637         OW      HW1
1638         OW      HW2
1639         HW1     HW2
1640
1641 [ TIP3 ]
1642  [ atoms ]
1643         OH2     OT      -0.834  0
1644         H1      HT      0.417   1
1645         H2      HT      0.417   2
1646  [ bonds ]
1647         OH2     H1
1648         OH2     H2
1649         H1      H2
1650
1651 [ TP3M ]
1652  [ atoms ]
1653         OH2     OT      -0.834  0
1654         H1      HT      0.417   1
1655         H2      HT      0.417   2
1656  [ bonds ]
1657         OH2     H1
1658         OH2     H2
1659
1660 [ HO4 ]
1661 ; TIP4P
1662  [ atoms ]
1663        OW      OWT4    0.00    0
1664        HW1     HWT4    0.52    0
1665        HW2     HWT4    0.52    0
1666        MW      MWT4    -1.04   0
1667  [ bonds ]
1668        OW      HW1
1669        OW      HW2
1670
1671 [ SOD ]
1672  [ atoms ]
1673         SOD     SOD     1.00    0
1674
1675 [ MG ]
1676  [ atoms ]
1677         MG      MG      2.00    0
1678
1679 [ POT ]
1680  [ atoms ]
1681         POT     POT     1.00    0
1682
1683 [ CES ]
1684  [ atoms ]
1685         CES     CES     1.00    0
1686
1687 [ CAL ]
1688  [ atoms ]
1689         CAL     CAL     2.00    0
1690
1691 [ CLA ]
1692  [ atoms ]
1693         CLA     CLA     -1.00   0
1694
1695 [ ZN2 ]
1696  [ atoms ]
1697         ZN      ZN      2.00    0
1698
1699 [ ACE ]
1700  [ atoms ]
1701         CH3     CT3     -0.270  0
1702         HH31    HA      0.090   1
1703         HH32    HA      0.090   2
1704         HH33    HA      0.090   3
1705         C       C       0.510   4
1706         O       O       -0.510  5
1707  [ bonds ]
1708         C       CH3
1709         C       +N
1710         CH3     HH31
1711         CH3     HH32
1712         CH3     HH33
1713         O       C
1714  [ impropers ]
1715         C       CH3     +N      O
1716
1717 [ CT3 ]
1718 ; this can also be done with the .c.tdb, but the atom naming is different
1719 ; and this can matter
1720  [ atoms ]
1721         N       NH1     -0.470  0
1722         HN      H       0.310   1
1723         CH3     CT3     -0.110  2
1724         HH31    HA      0.090   3
1725         HH32    HA      0.090   4
1726         HH33    HA      0.090   5
1727  [ bonds ]
1728         -C      N
1729         N       HN
1730         N       CH3
1731         CH3     HH31
1732         CH3     HH32
1733         CH3     HH33
1734
1735  [ impropers ]
1736         N       -C      CH3     HN
1737         -C      CH3     N       -O