share/top/atommass.dat

   1 ; NOTE: longest names match
   2 ; General atoms
   3 ; '???' or '*' matches any residue name
   4 ???  H      1.00790
   5 ???  He     4.00260
   6 ???  Li     6.94100
   7 ???  Be     9.01220
   8 ???  B     10.81100
   9 ???  C     12.01070
  10 ???  N     14.00670
  11 ???  O     15.99940
  12 ???  F     18.99840
  13 ???  Ne    20.17970
  14 ???  Na    22.98970
  15 ???  Mg    24.30500
  16 ???  Al    26.98150
  17 ???  Si    28.08550
  18 ???  P     30.97380
  19 ???  S     32.06500
  20 ???  Cl    35.45300
  21 ???  Ar    39.94800
  22 ???  K     39.09830
  23 ???  Ca    40.07800
  24 ???  Sc    44.95590
  25 ???  Ti    47.86700
  26 ???  V     50.94150
  27 ???  Cr    51.99610
  28 ???  Mn    54.93800
  29 ???  Fe    55.84500
  30 ???  Co    58.93320
  31 ???  Ni    58.69340
  32 ???  Cu    63.54600
  33 ???  Zn    65.39000
  34 ???  Ga    69.72300
  35 ???  Ge    72.64000
  36 ???  As    74.92160
  37 ???  Se    78.96000
  38 ???  Br    79.90400
  39 ???  Kr    83.80000
  40 ???  Rb    85.46780
  41 ???  Sr    87.62000
  42 ???  Y     88.90590
  43 ???  Zr    91.22400
  44 ???  Nb    92.90640
  45 ???  Mo    95.94000
  46 ???  Tc    98.00000
  47 ???  Ru   101.07000
  48 ???  Rh   102.90550
  49 ???  Pd   106.42000
  50 ???  Ag   107.86820
  51 ???  Cd   112.41100
  52 ???  In   114.81800
  53 ???  Sn   118.71000
  54 ???  Sb   121.76000
  55 ???  Te   127.60000
  56 ???  I    126.90450
  57 ???  Xe   131.29300
  58 ???  Cs   132.90550
  59 ???  Ba   137.32700
  60 ???  La   138.90550
  61 ???  Ce   140.11600
  62 ???  Pr   140.90770
  63 ???  Nd   144.24000
  64 ???  Pm   145.00000
  65 ???  Sm   150.36000
  66 ???  Eu   151.96400
  67 ???  Gd   157.25000
  68 ???  Tb   158.92530
  69 ???  Dy   162.50000
  70 ???  Ho   164.93030
  71 ???  Er   167.25900
  72 ???  Tm   168.93420
  73 ???  Yb   173.04000
  74 ???  Lu   174.96700
  75 ???  Hf   178.49000
  76 ???  Ta   180.94790
  77 ???  W    183.84000
  78 ???  Re   186.20700
  79 ???  Os   190.23000
  80 ???  Ir   192.21700
  81 ???  Pt   195.07800
  82 ???  Au   196.96650
  83 ???  Hg   200.59000
  84 ???  Tl   204.38330
  85 ???  Pb   207.20000
  86 ???  Bi   208.98040
  87 ???  Po   209.00000
  88 ???  At   210.00000
  89 ???  Rn   222.00000
  90 ???  Fr   223.00000
  91 ???  Ra   226.00000
  92 ???  Ac   227.00000
  93 ???  Th   232.03810
  94 ???  Pa   231.03590
  95 ???  U    238.02890
  96 ???  Np   237.00000
  97 ???  Pu   244.00000
  98 ???  Am   243.00000
  99 ???  Cm   247.00000
 100 ???  Bk   247.00000
 101 ???  Cf   251.00000
 102 ???  Es   252.00000
 103 ???  Fm   257.00000
 104 ???  Md   258.00000
 105 ???  No   259.00000
 106 ???  Lr   262.00000
 107 ???  Rf   261.00000
 108 ???  Db   262.00000
 109 ???  Sg   266.00000
 110 ???  Bh   264.00000
 111 ???  Hs   277.00000
 112 ???  Mt   268.00000
 113
 114 ; Proteins
 115 ; all hydrogen masses for proteins are added to the heavy atoms
 116 ; set all dummy masses to zero: the masses are now in the atoms
 117 AAA MN1  0.0
 118 AAA MN2  0.0
 119 LYS MNZ1 0.0
 120 LYS MNZ2 0.0
 121 LYSH MNZ1 0.0
 122 LYSH MNZ2 0.0
 123 TYR MW   0.0
 124
 125 ; This is for the N-terminus (H1 is summed into the N)
 126 AAA H2   1.008
 127 AAA H3   1.008
 128 AAA CA  13.0190
 129 AAA CB  14.0270
 130 AAA CG  14.0270
 131 AAA CD  13.0190
 132 AAA CE  13.0190
 133 AAA CH  13.0190
 134 AAA CZ  13.0190
 135 AAA N   15.0147
 136 AAA OG  15.9994
 137 AAA OH  15.9994
 138 AAA SG  32.0600
 139 ALA CB  15.0350
 140 ARG CD  14.0270
 141 ARG CZ  12.0110
 142 ARG NH  16.0227
 143 ASN ND  16.0227
 144 ASN CG  12.0110
 145 ASP CG  12.0110
 146 ASPH OD2 17.0074
 147 CYS SG  33.068
 148 GLN CD  12.0110
 149 GLN NE  16.0227
 150 GLU CD  12.0110
 151 GLUH OE2 17.0074
 152 HIS CG  12.0110
 153 HISA NE  14.0067
 154 HISB ND  14.0067
 155 HIS1 NE  14.0067
 156 ILE CB  13.0190
 157 ILE CD  15.0350
 158 ILE CG2 15.0350
 159 LEU CD  15.0350
 160 LEU CG  13.0190
 161 LYS CD  14.0270
 162 LYS CE  14.0270
 163 LYS NZ  16.0227
 164 LYSH NZ  17.0307
 165 MET CE  15.0350
 166 PHE CG  12.0110
 167 PRO N   14.0067
 168 PRO CD  14.0270
 169 SER OG  17.0074
 170 THR CB  13.0190
 171 THR CG  15.0350
 172 THR OG  17.0074
 173 TRP CD2 12.0110
 174 TRP CE2 12.0110
 175 TRP CG  12.0110
 176 TYR CG  12.0110
 177 TYR CZ  12.0110
 178 TYR OH  17.0074
 179 VAL CB  13.0190
 180 VAL CG  15.0350
 181 ; water
 182 SOL OW  15.9994
 183 SOL HW   1.008
 184 SOL MW   0.0
 185 SOL LP   0.0
 186 ; DMSO
 187 DMSO CD  15.03500
 188 DMSO SD  32.06000
 189 DMSO OD  15.99940