share/top/amber99sb-ildn-bsc0.ff/tip5p.itp

   1 [ moleculetype ]
   2 ; molname       nrexcl
   3 SOL             2
   4
   5 [ atoms ]
   6 ; id  at type     res nr  res name  at name  cg nr  charge    mass
   7   1   OW_tip5p    1       SOL       OW       1       0        16.00000
   8   2   HW_tip5p    1       SOL       HW1      1       0.241     1.00800
   9   3   HW_tip5p    1       SOL       HW2      1       0.241     1.00800
  10   4   MW          1       SOL       LP1      1      -0.241     0.00000
  11   5   MW          1       SOL       LP2      1      -0.241     0.00000
  12
  13 #ifndef FLEXIBLE
  14
  15 [ settles ]
  16 ; i     funct   doh     dhh
  17 1       1       0.09572 0.15139
  18
  19 #else
  20
  21 [ bonds ]
  22 ; i     j       funct   length  force.c.
  23 1       2       1       0.09572 502416.0 0.09572        502416.0
  24 1       3       1       0.09572 502416.0 0.09572        502416.0
  25
  26 [ angles ]
  27 ; i     j       k       funct   angle   force.c.
  28 2       1       3       1       104.52  628.02  104.52  628.02
  29
  30 #endif
  31
  32
  33 [ virtual_sites3 ]
  34 ; Vsite from                    funct   a               b               c
  35 4      1       2       3       4        -0.344908262    -0.34490826     -6.4437903493
  36 5      1       2       3       4        -0.344908262    -0.34490826     6.4437903493
  37
  38
  39 [ exclusions ]
  40 1       2       3       4       5
  41 2       1       3       4       5
  42 3       1       2       4       5
  43 4       1       2       3       5
  44 5       1       2       3       4
  45
  46
  47 ; The positions of the vsites are computed as follows:
  48 ;
  49 ;            LP1 LP2
  50 ;
  51 ;               O
  52 ;
  53 ;       H1              H2
  54 ;
  55 ; angle A (H1-O-H2) = 104.52
  56 ; angle B (M1-O-M2) = 109.47
  57 ; dist C (H-O) = 0.09572 nm
  58 ; dist D (M-O) = 0.070 nm
  59 ;
  60 ;atom   x               y               z
  61 ;O      0.0             0.0             0.0
  62 ;H1     0.585882276     0.756950327     0.0
  63 ;H2     0.585882276     -0.756950327    0.0
  64 ;M1     -0.404151276    0.0             0.571543301
  65 ;M2     -0.404151276    0.0             -0.571543301
  66 ; Dummy pos x4 = x1 + a4*(x2-x1) + b4*(x3-x1) + c4*((x2-x1) x (x3-x1))
  67 ; Dummy pos x5 = x1 + a5*(x2-x1) + b5*(x3-x1) + c5*((x2-x1) x (x3-x1))
  68 ; a4 = b4 = a5 = b5 = (D*cos(B/2)) / (2*C*cos(A/2))  = -0.34490826
  69 ; c5 = -c4 = (D * sin(B/2))/ (C^2 * sin(A)) = 6.4437903