share/top/amber99sb-ildn-bsc0.ff/rna.rtp

   1 [ bondedtypes ]
   2 ; Col 1: Type of bond
   3 ; Col 2: Type of angles
   4 ; Col 3: Type of proper dihedrals
   5 ; Col 4: Type of improper dihedrals
   6 ; Col 5: Generate all dihedrals if 1, only heavy atoms of 0.
   7 ; Col 6: Number of excluded neighbors for nonbonded interactions
   8 ; Col 7: Generate 1,4 interactions between pairs of hydrogens if 1
   9 ; Col 8: Remove impropers over the same bond as a proper if it is 1
  10 ; bonds  angles  dihedrals  impropers all_dihedrals nrexcl HH14 RemoveDih
  11      1       1          9          4        1         3      1     0
  12
  13
  14 ; 5' (XXF), 3' (XXT), non-terminal (XX), and monomer (XXN) nuc's
  15
  16
  17 [ RA5 ]
  18  [ atoms ]
  19    H5T    HO            0.42950     1
  20    O5'    OH           -0.62230     2
  21    C5'    CI            0.05580     3
  22   H5'1    H1            0.06790     4
  23   H5'2    H1            0.06790     5
  24    C4'    CT            0.10650     6
  25    H4'    H1            0.11740     7
  26    O4'    OS           -0.35480     8
  27    C1'    CT            0.03940     9
  28    H1'    H2            0.20070    10
  29     N9    N*           -0.02510    11
  30     C8    CK            0.20060    12
  31     H8    H5            0.15530    13
  32     N7    NB           -0.60730    14
  33     C5    CB            0.05150    15
  34     C6    CA            0.70090    16
  35     N6    N2           -0.90190    17
  36    H61    H             0.41150    18
  37    H62    H             0.41150    19
  38     N1    NC           -0.76150    20
  39     C2    CQ            0.58750    21
  40     H2    H5            0.04730    22
  41     N3    NC           -0.69970    23
  42     C4    CB            0.30530    24
  43    C3'    CT            0.20220    25
  44    H3'    H1            0.06150    26
  45    C2'    CT            0.06700    27
  46   H2'1    H1            0.09720    28
  47    O2'    OH           -0.61390    29
  48   HO'2    HO            0.41860    30
  49    O3'    OS           -0.52460    31
  50  [ bonds ]
  51    H5T   O5'
  52    O5'   C5'
  53    C5'  H5'1
  54    C5'  H5'2
  55    C5'   C4'
  56    C4'   H4'
  57    C4'   O4'
  58    C4'   C3'
  59    O4'   C1'
  60    C1'   H1'
  61    C1'    N9
  62    C1'   C2'
  63     N9    C8
  64     N9    C4
  65     C8    H8
  66     C8    N7
  67     N7    C5
  68     C5    C6
  69     C5    C4
  70     C6    N6
  71     C6    N1
  72     N6   H61
  73     N6   H62
  74     N1    C2
  75     C2    H2
  76     C2    N3
  77     N3    C4
  78    C3'   H3'
  79    C3'   C2'
  80    C3'   O3'
  81    C2'  H2'1
  82    C2'   O2'
  83    O2'  HO'2
  84  [ impropers ]
  85     C4    C8    N9   C1'
  86     C6   H61    N6   H62
  87     N9    N7    C8    H8
  88     N1    N3    C2    H2
  89     C5    N6    C6    N1
  90
  91 [ RA ]
  92  [ atoms ]
  93      P    P             1.16620     1
  94    O1P    O2           -0.77600     2
  95    O2P    O2           -0.77600     3
  96    O5'    OS           -0.49890     4
  97    C5'    CI            0.05580     5
  98   H5'1    H1            0.06790     6
  99   H5'2    H1            0.06790     7
 100    C4'    CT            0.10650     8
 101    H4'    H1            0.11740     9
 102    O4'    OS           -0.35480    10
 103    C1'    CT            0.03940    11
 104    H1'    H2            0.20070    12
 105     N9    N*           -0.02510    13
 106     C8    CK            0.20060    14
 107     H8    H5            0.15530    15
 108     N7    NB           -0.60730    16
 109     C5    CB            0.05150    17
 110     C6    CA            0.70090    18
 111     N6    N2           -0.90190    19
 112    H61    H             0.41150    20
 113    H62    H             0.41150    21
 114     N1    NC           -0.76150    22
 115     C2    CQ            0.58750    23
 116     H2    H5            0.04730    24
 117     N3    NC           -0.69970    25
 118     C4    CB            0.30530    26
 119    C3'    CT            0.20220    27
 120    H3'    H1            0.06150    28
 121    C2'    CT            0.06700    29
 122   H2'1    H1            0.09720    30
 123    O2'    OH           -0.61390    31
 124   HO'2    HO            0.41860    32
 125    O3'    OS           -0.52460    33
 126  [ bonds ]
 127      P   O1P
 128      P   O2P
 129      P   O5'
 130    O5'   C5'
 131    C5'  H5'1
 132    C5'  H5'2
 133    C5'   C4'
 134    C4'   H4'
 135    C4'   O4'
 136    C4'   C3'
 137    O4'   C1'
 138    C1'   H1'
 139    C1'    N9
 140    C1'   C2'
 141     N9    C8
 142     N9    C4
 143     C8    H8
 144     C8    N7
 145     N7    C5
 146     C5    C6
 147     C5    C4
 148     C6    N6
 149     C6    N1
 150     N6   H61
 151     N6   H62
 152     N1    C2
 153     C2    H2
 154     C2    N3
 155     N3    C4
 156    C3'   H3'
 157    C3'   C2'
 158    C3'   O3'
 159    C2'  H2'1
 160    C2'   O2'
 161    O2'  HO'2
 162   -O3'     P
 163  [ impropers ]
 164     C4    C8    N9   C1'
 165     C6   H61    N6   H62
 166     N9    N7    C8    H8
 167     N1    N3    C2    H2
 168     C5    N6    C6    N1
 169
 170 [ RA3 ]
 171  [ atoms ]
 172      P    P             1.16620     1
 173    O1P    O2           -0.77600     2
 174    O2P    O2           -0.77600     3
 175    O5'    OS           -0.49890     4
 176    C5'    CI            0.05580     5
 177   H5'1    H1            0.06790     6
 178   H5'2    H1            0.06790     7
 179    C4'    CT            0.10650     8
 180    H4'    H1            0.11740     9
 181    O4'    OS           -0.35480    10
 182    C1'    CT            0.03940    11
 183    H1'    H2            0.20070    12
 184     N9    N*           -0.02510    13
 185     C8    CK            0.20060    14
 186     H8    H5            0.15530    15
 187     N7    NB           -0.60730    16
 188     C5    CB            0.05150    17
 189     C6    CA            0.70090    18
 190     N6    N2           -0.90190    19
 191    H61    H             0.41150    20
 192    H62    H             0.41150    21
 193     N1    NC           -0.76150    22
 194     C2    CQ            0.58750    23
 195     H2    H5            0.04730    24
 196     N3    NC           -0.69970    25
 197     C4    CB            0.30530    26
 198    C3'    CT            0.20220    27
 199    H3'    H1            0.06150    28
 200    C2'    CT            0.06700    29
 201   H2'1    H1            0.09720    30
 202    O2'    OH           -0.61390    31
 203   HO'2    HO            0.41860    32
 204    O3'    OH           -0.65410    33
 205    H3T    HO            0.43760    34
 206  [ bonds ]
 207      P   O1P
 208      P   O2P
 209      P   O5'
 210    O5'   C5'
 211    C5'  H5'1
 212    C5'  H5'2
 213    C5'   C4'
 214    C4'   H4'
 215    C4'   O4'
 216    C4'   C3'
 217    O4'   C1'
 218    C1'   H1'
 219    C1'    N9
 220    C1'   C2'
 221     N9    C8
 222     N9    C4
 223     C8    H8
 224     C8    N7
 225     N7    C5
 226     C5    C6
 227     C5    C4
 228     C6    N6
 229     C6    N1
 230     N6   H61
 231     N6   H62
 232     N1    C2
 233     C2    H2
 234     C2    N3
 235     N3    C4
 236    C3'   H3'
 237    C3'   C2'
 238    C3'   O3'
 239    C2'  H2'1
 240    C2'   O2'
 241    O2'  HO'2
 242    O3'   H3T
 243   -O3'     P
 244  [ impropers ]
 245     C4    C8    N9   C1'
 246     C6   H61    N6   H62
 247     N9    N7    C8    H8
 248     N1    N3    C2    H2
 249     C5    N6    C6    N1
 250
 251 [ RAN ]
 252  [ atoms ]
 253    H5T    HO            0.42950     1
 254    O5'    OH           -0.62230     2
 255    C5'    CI            0.05580     3
 256   H5'1    H1            0.06790     4
 257   H5'2    H1            0.06790     5
 258    C4'    CT            0.10650     6
 259    H4'    H1            0.11740     7
 260    O4'    OS           -0.35480     8
 261    C1'    CT            0.03940     9
 262    H1'    H2            0.20070    10
 263     N9    N*           -0.02510    11
 264     C8    CK            0.20060    12
 265     H8    H5            0.15530    13
 266     N7    NB           -0.60730    14
 267     C5    CB            0.05150    15
 268     C6    CA            0.70090    16
 269     N6    N2           -0.90190    17
 270    H61    H             0.41150    18
 271    H62    H             0.41150    19
 272     N1    NC           -0.76150    20
 273     C2    CQ            0.58750    21
 274     H2    H5            0.04730    22
 275     N3    NC           -0.69970    23
 276     C4    CB            0.30530    24
 277    C3'    CT            0.20220    25
 278    H3'    H1            0.06150    26
 279    C2'    CT            0.06700    27
 280   H2'1    H1            0.09720    28
 281    O2'    OH           -0.61390    29
 282   HO'2    HO            0.41860    30
 283    O3'    OH           -0.65410    31
 284    H3T    HO            0.43760    32
 285  [ bonds ]
 286    H5T   O5'
 287    O5'   C5'
 288    C5'  H5'1
 289    C5'  H5'2
 290    C5'   C4'
 291    C4'   H4'
 292    C4'   O4'
 293    C4'   C3'
 294    O4'   C1'
 295    C1'   H1'
 296    C1'    N9
 297    C1'   C2'
 298     N9    C8
 299     N9    C4
 300     C8    H8
 301     C8    N7
 302     N7    C5
 303     C5    C6
 304     C5    C4
 305     C6    N6
 306     C6    N1
 307     N6   H61
 308     N6   H62
 309     N1    C2
 310     C2    H2
 311     C2    N3
 312     N3    C4
 313    C3'   H3'
 314    C3'   C2'
 315    C3'   O3'
 316    C2'  H2'1
 317    C2'   O2'
 318    O2'  HO'2
 319    O3'   H3T
 320  [ impropers ]
 321     C4    C8    N9   C1'
 322     C6   H61    N6   H62
 323     N9    N7    C8    H8
 324     N1    N3    C2    H2
 325     C5    N6    C6    N1
 326
 327
 328 [ RU5 ]
 329  [ atoms ]
 330    H5T    HO            0.42950     1
 331    O5'    OH           -0.62230     2
 332    C5'    CI            0.05580     3
 333   H5'1    H1            0.06790     4
 334   H5'2    H1            0.06790     5
 335    C4'    CT            0.10650     6
 336    H4'    H1            0.11740     7
 337    O4'    OS           -0.35480     8
 338    C1'    CT            0.06740     9
 339    H1'    H2            0.18240    10
 340     N1    N*            0.04180    11
 341     C6    CM           -0.11260    12
 342     H6    H4            0.21880    13
 343     C5    CM           -0.36350    14
 344     H5    HA            0.18110    15
 345     C4    C             0.59520    16
 346     O4    O            -0.57610    17
 347     N3    NA           -0.35490    18
 348     H3    H             0.31540    19
 349     C2    C             0.46870    20
 350     O2    O            -0.54770    21
 351    C3'    CT            0.20220    22
 352    H3'    H1            0.06150    23
 353    C2'    CT            0.06700    24
 354   H2'1    H1            0.09720    25
 355    O2'    OH           -0.61390    26
 356   HO'2    HO            0.41860    27
 357    O3'    OS           -0.52460    28
 358  [ bonds ]
 359    H5T   O5'
 360    O5'   C5'
 361    C5'  H5'1
 362    C5'  H5'2
 363    C5'   C4'
 364    C4'   H4'
 365    C4'   O4'
 366    C4'   C3'
 367    O4'   C1'
 368    C1'   H1'
 369    C1'    N1
 370    C1'   C2'
 371     N1    C6
 372     N1    C2
 373     C6    H6
 374     C6    C5
 375     C5    H5
 376     C5    C4
 377     C4    O4
 378     C4    N3
 379     N3    H3
 380     N3    C2
 381     C2    O2
 382    C3'   H3'
 383    C3'   C2'
 384    C3'   O3'
 385    C2'  H2'1
 386    C2'   O2'
 387    O2'  HO'2
 388  [ impropers ]
 389     C2    C6    N1   C1'
 390     C6    C4    C5    H5
 391     N1    N3    C2    O2
 392     C5    N3    C4    O4
 393     C4    C2    N3    H3
 394     N1    C5    C6    H6
 395
 396 [ RU ]
 397  [ atoms ]
 398      P    P             1.16620     1
 399    O1P    O2           -0.77600     2
 400    O2P    O2           -0.77600     3
 401    O5'    OS           -0.49890     4
 402    C5'    CI            0.05580     5
 403   H5'1    H1            0.06790     6
 404   H5'2    H1            0.06790     7
 405    C4'    CT            0.10650     8
 406    H4'    H1            0.11740     9
 407    O4'    OS           -0.35480    10
 408    C1'    CT            0.06740    11
 409    H1'    H2            0.18240    12
 410     N1    N*            0.04180    13
 411     C6    CM           -0.11260    14
 412     H6    H4            0.21880    15
 413     C5    CM           -0.36350    16
 414     H5    HA            0.18110    17
 415     C4    C             0.59520    18
 416     O4    O            -0.57610    19
 417     N3    NA           -0.35490    20
 418     H3    H             0.31540    21
 419     C2    C             0.46870    22
 420     O2    O            -0.54770    23
 421    C3'    CT            0.20220    24
 422    H3'    H1            0.06150    25
 423    C2'    CT            0.06700    26
 424   H2'1    H1            0.09720    27
 425    O2'    OH           -0.61390    28
 426   HO'2    HO            0.41860    29
 427    O3'    OS           -0.52460    30
 428  [ bonds ]
 429      P   O1P
 430      P   O2P
 431      P   O5'
 432    O5'   C5'
 433    C5'  H5'1
 434    C5'  H5'2
 435    C5'   C4'
 436    C4'   H4'
 437    C4'   O4'
 438    C4'   C3'
 439    O4'   C1'
 440    C1'   H1'
 441    C1'    N1
 442    C1'   C2'
 443     N1    C6
 444     N1    C2
 445     C6    H6
 446     C6    C5
 447     C5    H5
 448     C5    C4
 449     C4    O4
 450     C4    N3
 451     N3    H3
 452     N3    C2
 453     C2    O2
 454    C3'   H3'
 455    C3'   C2'
 456    C3'   O3'
 457    C2'  H2'1
 458    C2'   O2'
 459    O2'  HO'2
 460   -O3'     P
 461  [ impropers ]
 462     C2    C6    N1   C1'
 463     C6    C4    C5    H5
 464     N1    N3    C2    O2
 465     C5    N3    C4    O4
 466     C4    C2    N3    H3
 467     N1    C5    C6    H6
 468
 469 [ RU3 ]
 470  [ atoms ]
 471      P    P             1.16620     1
 472    O1P    O2           -0.77600     2
 473    O2P    O2           -0.77600     3
 474    O5'    OS           -0.49890     4
 475    C5'    CI            0.05580     5
 476   H5'1    H1            0.06790     6
 477   H5'2    H1            0.06790     7
 478    C4'    CT            0.10650     8
 479    H4'    H1            0.11740     9
 480    O4'    OS           -0.35480    10
 481    C1'    CT            0.06740    11
 482    H1'    H2            0.18240    12
 483     N1    N*            0.04180    13
 484     C6    CM           -0.11260    14
 485     H6    H4            0.21880    15
 486     C5    CM           -0.36350    16
 487     H5    HA            0.18110    17
 488     C4    C             0.59520    18
 489     O4    O            -0.57610    19
 490     N3    NA           -0.35490    20
 491     H3    H             0.31540    21
 492     C2    C             0.46870    22
 493     O2    O            -0.54770    23
 494    C3'    CT            0.20220    24
 495    H3'    H1            0.06150    25
 496    C2'    CT            0.06700    26
 497   H2'1    H1            0.09720    27
 498    O2'    OH           -0.61390    28
 499   HO'2    HO            0.41860    29
 500    O3'    OH           -0.65410    30
 501    H3T    HO            0.43760    31
 502  [ bonds ]
 503      P   O1P
 504      P   O2P
 505      P   O5'
 506    O5'   C5'
 507    C5'  H5'1
 508    C5'  H5'2
 509    C5'   C4'
 510    C4'   H4'
 511    C4'   O4'
 512    C4'   C3'
 513    O4'   C1'
 514    C1'   H1'
 515    C1'    N1
 516    C1'   C2'
 517     N1    C6
 518     N1    C2
 519     C6    H6
 520     C6    C5
 521     C5    H5
 522     C5    C4
 523     C4    O4
 524     C4    N3
 525     N3    H3
 526     N3    C2
 527     C2    O2
 528    C3'   H3'
 529    C3'   C2'
 530    C3'   O3'
 531    C2'  H2'1
 532    C2'   O2'
 533    O2'  HO'2
 534    O3'   H3T
 535   -O3'     P
 536  [ impropers ]
 537     C2    C6    N1   C1'
 538     C6    C4    C5    H5
 539     N1    N3    C2    O2
 540     C5    N3    C4    O4
 541     C4    C2    N3    H3
 542     N1    C5    C6    H6
 543
 544 [ RUN ]
 545  [ atoms ]
 546    H5T    HO            0.42950     1
 547    O5'    OH           -0.62230     2
 548    C5'    CI            0.05580     3
 549   H5'1    H1            0.06790     4
 550   H5'2    H1            0.06790     5
 551    C4'    CT            0.10650     6
 552    H4'    H1            0.11740     7
 553    O4'    OS           -0.35480     8
 554    C1'    CT            0.06740     9
 555    H1'    H2            0.18240    10
 556     N1    N*            0.04180    11
 557     C6    CM           -0.11260    12
 558     H6    H4            0.21880    13
 559     C5    CM           -0.36350    14
 560     H5    HA            0.18110    15
 561     C4    C             0.59520    16
 562     O4    O            -0.57610    17
 563     N3    NA           -0.35490    18
 564     H3    H             0.31540    19
 565     C2    C             0.46870    20
 566     O2    O            -0.54770    21
 567    C3'    CT            0.20220    22
 568    H3'    H1            0.06150    23
 569    C2'    CT            0.06700    24
 570   H2'1    H1            0.09720    25
 571    O2'    OH           -0.61390    26
 572   HO'2    HO            0.41860    27
 573    O3'    OH           -0.65410    28
 574    H3T    HO            0.43760    29
 575  [ bonds ]
 576    H5T   O5'
 577    O5'   C5'
 578    C5'  H5'1
 579    C5'  H5'2
 580    C5'   C4'
 581    C4'   H4'
 582    C4'   O4'
 583    C4'   C3'
 584    O4'   C1'
 585    C1'   H1'
 586    C1'    N1
 587    C1'   C2'
 588     N1    C6
 589     N1    C2
 590     C6    H6
 591     C6    C5
 592     C5    H5
 593     C5    C4
 594     C4    O4
 595     C4    N3
 596     N3    H3
 597     N3    C2
 598     C2    O2
 599    C3'   H3'
 600    C3'   C2'
 601    C3'   O3'
 602    C2'  H2'1
 603    C2'   O2'
 604    O2'  HO'2
 605    O3'   H3T
 606  [ impropers ]
 607     C2    C6    N1   C1'
 608     C6    C4    C5    H5
 609     N1    N3    C2    O2
 610     C5    N3    C4    O4
 611     C4    C2    N3    H3
 612     N1    C5    C6    H6
 613
 614
 615 [ RG5 ]
 616  [ atoms ]
 617    H5T    HO            0.42950     1
 618    O5'    OH           -0.62230     2
 619    C5'    CI            0.05580     3
 620   H5'1    H1            0.06790     4
 621   H5'2    H1            0.06790     5
 622    C4'    CT            0.10650     6
 623    H4'    H1            0.11740     7
 624    O4'    OS           -0.35480     8
 625    C1'    CT            0.01910     9
 626    H1'    H2            0.20060    10
 627     N9    N*            0.04920    11
 628     C8    CK            0.13740    12
 629     H8    H5            0.16400    13
 630     N7    NB           -0.57090    14
 631     C5    CB            0.17440    15
 632     C6    C             0.47700    16
 633     O6    O            -0.55970    17
 634     N1    NA           -0.47870    18
 635     H1    H             0.34240    19
 636     C2    CA            0.76570    20
 637     N2    N2           -0.96720    21
 638    H21    H             0.43640    22
 639    H22    H             0.43640    23
 640     N3    NC           -0.63230    24
 641     C4    CB            0.12220    25
 642    C3'    CT            0.20220    26
 643    H3'    H1            0.06150    27
 644    C2'    CT            0.06700    28
 645   H2'1    H1            0.09720    29
 646    O2'    OH           -0.61390    30
 647   HO'2    HO            0.41860    31
 648    O3'    OS           -0.52460    32
 649  [ bonds ]
 650    H5T   O5'
 651    O5'   C5'
 652    C5'  H5'1
 653    C5'  H5'2
 654    C5'   C4'
 655    C4'   H4'
 656    C4'   O4'
 657    C4'   C3'
 658    O4'   C1'
 659    C1'   H1'
 660    C1'    N9
 661    C1'   C2'
 662     N9    C8
 663     N9    C4
 664     C8    H8
 665     C8    N7
 666     N7    C5
 667     C5    C6
 668     C5    C4
 669     C6    O6
 670     C6    N1
 671     N1    H1
 672     N1    C2
 673     C2    N2
 674     C2    N3
 675     N2   H21
 676     N2   H22
 677     N3    C4
 678    C3'   H3'
 679    C3'   C2'
 680    C3'   O3'
 681    C2'  H2'1
 682    C2'   O2'
 683    O2'  HO'2
 684  [ impropers ]
 685     C4    C8    N9   C1'
 686     C5    N1    C6    O6
 687     C6    C2    N1    H1
 688     C2   H21    N2   H22
 689     N9    N7    C8    H8
 690     N2    N1    C2    N3
 691
 692 [ RG ]
 693  [ atoms ]
 694      P    P             1.16620     1
 695    O1P    O2           -0.77600     2
 696    O2P    O2           -0.77600     3
 697    O5'    OS           -0.49890     4
 698    C5'    CI            0.05580     5
 699   H5'1    H1            0.06790     6
 700   H5'2    H1            0.06790     7
 701    C4'    CT            0.10650     8
 702    H4'    H1            0.11740     9
 703    O4'    OS           -0.35480    10
 704    C1'    CT            0.01910    11
 705    H1'    H2            0.20060    12
 706     N9    N*            0.04920    13
 707     C8    CK            0.13740    14
 708     H8    H5            0.16400    15
 709     N7    NB           -0.57090    16
 710     C5    CB            0.17440    17
 711     C6    C             0.47700    18
 712     O6    O            -0.55970    19
 713     N1    NA           -0.47870    20
 714     H1    H             0.34240    21
 715     C2    CA            0.76570    22
 716     N2    N2           -0.96720    23
 717    H21    H             0.43640    24
 718    H22    H             0.43640    25
 719     N3    NC           -0.63230    26
 720     C4    CB            0.12220    27
 721    C3'    CT            0.20220    28
 722    H3'    H1            0.06150    29
 723    C2'    CT            0.06700    30
 724   H2'1    H1            0.09720    31
 725    O2'    OH           -0.61390    32
 726   HO'2    HO            0.41860    33
 727    O3'    OS           -0.52460    34
 728  [ bonds ]
 729      P   O1P
 730      P   O2P
 731      P   O5'
 732    O5'   C5'
 733    C5'  H5'1
 734    C5'  H5'2
 735    C5'   C4'
 736    C4'   H4'
 737    C4'   O4'
 738    C4'   C3'
 739    O4'   C1'
 740    C1'   H1'
 741    C1'    N9
 742    C1'   C2'
 743     N9    C8
 744     N9    C4
 745     C8    H8
 746     C8    N7
 747     N7    C5
 748     C5    C6
 749     C5    C4
 750     C6    O6
 751     C6    N1
 752     N1    H1
 753     N1    C2
 754     C2    N2
 755     C2    N3
 756     N2   H21
 757     N2   H22
 758     N3    C4
 759    C3'   H3'
 760    C3'   C2'
 761    C3'   O3'
 762    C2'  H2'1
 763    C2'   O2'
 764    O2'  HO'2
 765   -O3'     P
 766  [ impropers ]
 767     C4    C8    N9   C1'
 768     C5    N1    C6    O6
 769     C6    C2    N1    H1
 770     C2   H21    N2   H22
 771     N9    N7    C8    H8
 772     N2    N1    C2    N3
 773
 774 [ RG3 ]
 775  [ atoms ]
 776      P    P             1.16620     1
 777    O1P    O2           -0.77600     2
 778    O2P    O2           -0.77600     3
 779    O5'    OS           -0.49890     4
 780    C5'    CI            0.05580     5
 781   H5'1    H1            0.06790     6
 782   H5'2    H1            0.06790     7
 783    C4'    CT            0.10650     8
 784    H4'    H1            0.11740     9
 785    O4'    OS           -0.35480    10
 786    C1'    CT            0.01910    11
 787    H1'    H2            0.20060    12
 788     N9    N*            0.04920    13
 789     C8    CK            0.13740    14
 790     H8    H5            0.16400    15
 791     N7    NB           -0.57090    16
 792     C5    CB            0.17440    17
 793     C6    C             0.47700    18
 794     O6    O            -0.55970    19
 795     N1    NA           -0.47870    20
 796     H1    H             0.34240    21
 797     C2    CA            0.76570    22
 798     N2    N2           -0.96720    23
 799    H21    H             0.43640    24
 800    H22    H             0.43640    25
 801     N3    NC           -0.63230    26
 802     C4    CB            0.12220    27
 803    C3'    CT            0.20220    28
 804    H3'    H1            0.06150    29
 805    C2'    CT            0.06700    30
 806   H2'1    H1            0.09720    31
 807    O2'    OH           -0.61390    32
 808   HO'2    HO            0.41860    33
 809    O3'    OH           -0.65410    34
 810    H3T    HO            0.43760    35
 811  [ bonds ]
 812      P   O1P
 813      P   O2P
 814      P   O5'
 815    O5'   C5'
 816    C5'  H5'1
 817    C5'  H5'2
 818    C5'   C4'
 819    C4'   H4'
 820    C4'   O4'
 821    C4'   C3'
 822    O4'   C1'
 823    C1'   H1'
 824    C1'    N9
 825    C1'   C2'
 826     N9    C8
 827     N9    C4
 828     C8    H8
 829     C8    N7
 830     N7    C5
 831     C5    C6
 832     C5    C4
 833     C6    O6
 834     C6    N1
 835     N1    H1
 836     N1    C2
 837     C2    N2
 838     C2    N3
 839     N2   H21
 840     N2   H22
 841     N3    C4
 842    C3'   H3'
 843    C3'   C2'
 844    C3'   O3'
 845    C2'  H2'1
 846    C2'   O2'
 847    O2'  HO'2
 848    O3'   H3T
 849   -O3'     P
 850  [ impropers ]
 851     C4    C8    N9   C1'
 852     C5    N1    C6    O6
 853     C6    C2    N1    H1
 854     C2   H21    N2   H22
 855     N9    N7    C8    H8
 856     N2    N1    C2    N3
 857
 858 [ RGN ]
 859  [ atoms ]
 860    H5T    HO            0.42950     1
 861    O5'    OH           -0.62230     2
 862    C5'    CI            0.05580     3
 863   H5'1    H1            0.06790     4
 864   H5'2    H1            0.06790     5
 865    C4'    CT            0.10650     6
 866    H4'    H1            0.11740     7
 867    O4'    OS           -0.35480     8
 868    C1'    CT            0.01910     9
 869    H1'    H2            0.20060    10
 870     N9    N*            0.04920    11
 871     C8    CK            0.13740    12
 872     H8    H5            0.16400    13
 873     N7    NB           -0.57090    14
 874     C5    CB            0.17440    15
 875     C6    C             0.47700    16
 876     O6    O            -0.55970    17
 877     N1    NA           -0.47870    18
 878     H1    H             0.34240    19
 879     C2    CA            0.76570    20
 880     N2    N2           -0.96720    21
 881    H21    H             0.43640    22
 882    H22    H             0.43640    23
 883     N3    NC           -0.63230    24
 884     C4    CB            0.12220    25
 885    C3'    CT            0.20220    26
 886    H3'    H1            0.06150    27
 887    C2'    CT            0.06700    28
 888   H2'1    H1            0.09720    29
 889    O2'    OH           -0.61390    30
 890   HO'2    HO            0.41860    31
 891    O3'    OH           -0.65410    32
 892    H3T    HO            0.43760    33
 893  [ bonds ]
 894    H5T   O5'
 895    O5'   C5'
 896    C5'  H5'1
 897    C5'  H5'2
 898    C5'   C4'
 899    C4'   H4'
 900    C4'   O4'
 901    C4'   C3'
 902    O4'   C1'
 903    C1'   H1'
 904    C1'    N9
 905    C1'   C2'
 906     N9    C8
 907     N9    C4
 908     C8    H8
 909     C8    N7
 910     N7    C5
 911     C5    C6
 912     C5    C4
 913     C6    O6
 914     C6    N1
 915     N1    H1
 916     N1    C2
 917     C2    N2
 918     C2    N3
 919     N2   H21
 920     N2   H22
 921     N3    C4
 922    C3'   H3'
 923    C3'   C2'
 924    C3'   O3'
 925    C2'  H2'1
 926    C2'   O2'
 927    O2'  HO'2
 928    O3'   H3T
 929  [ impropers ]
 930     C4    C8    N9   C1'
 931     C5    N1    C6    O6
 932     C6    C2    N1    H1
 933     C2   H21    N2   H22
 934     N9    N7    C8    H8
 935     N2    N1    C2    N3
 936
 937
 938 [ RC5 ]
 939  [ atoms ]
 940    H5T    HO            0.42950     1
 941    O5'    OH           -0.62230     2
 942    C5'    CI            0.05580     3
 943   H5'1    H1            0.06790     4
 944   H5'2    H1            0.06790     5
 945    C4'    CT            0.10650     6
 946    H4'    H1            0.11740     7
 947    O4'    OS           -0.35480     8
 948    C1'    CT            0.00660     9
 949    H1'    H2            0.20290    10
 950     N1    N*           -0.04840    11
 951     C6    CM            0.00530    12
 952     H6    H4            0.19580    13
 953     C5    CM           -0.52150    14
 954     H5    HA            0.19280    15
 955     C4    CA            0.81850    16
 956     N4    N2           -0.95300    17
 957    H41    H             0.42340    18
 958    H42    H             0.42340    19
 959     N3    NC           -0.75840    20
 960     C2    C             0.75380    21
 961     O2    O            -0.62520    22
 962    C3'    CT            0.20220    23
 963    H3'    H1            0.06150    24
 964    C2'    CT            0.06700    25
 965   H2'1    H1            0.09720    26
 966    O2'    OH           -0.61390    27
 967   HO'2    HO            0.41860    28
 968    O3'    OS           -0.52460    29
 969  [ bonds ]
 970    H5T   O5'
 971    O5'   C5'
 972    C5'  H5'1
 973    C5'  H5'2
 974    C5'   C4'
 975    C4'   H4'
 976    C4'   O4'
 977    C4'   C3'
 978    O4'   C1'
 979    C1'   H1'
 980    C1'    N1
 981    C1'   C2'
 982     N1    C6
 983     N1    C2
 984     C6    H6
 985     C6    C5
 986     C5    H5
 987     C5    C4
 988     C4    N4
 989     C4    N3
 990     N4   H41
 991     N4   H42
 992     N3    C2
 993     C2    O2
 994    C3'   H3'
 995    C3'   C2'
 996    C3'   O3'
 997    C2'  H2'1
 998    C2'   O2'
 999    O2'  HO'2
1000  [ impropers ]
1001     C2    C6    N1   C1'
1002     N1    N3    C2    O2
1003     C4   H41    N4   H42
1004     N1    C5    C6    H6
1005     C6    C4    C5    H5
1006     C5    N4    C4    N3
1007
1008 [ RC ]
1009  [ atoms ]
1010      P    P             1.16620     1
1011    O1P    O2           -0.77600     2
1012    O2P    O2           -0.77600     3
1013    O5'    OS           -0.49890     4
1014    C5'    CI            0.05580     5
1015   H5'1    H1            0.06790     6
1016   H5'2    H1            0.06790     7
1017    C4'    CT            0.10650     8
1018    H4'    H1            0.11740     9
1019    O4'    OS           -0.35480    10
1020    C1'    CT            0.00660    11
1021    H1'    H2            0.20290    12
1022     N1    N*           -0.04840    13
1023     C6    CM            0.00530    14
1024     H6    H4            0.19580    15
1025     C5    CM           -0.52150    16
1026     H5    HA            0.19280    17
1027     C4    CA            0.81850    18
1028     N4    N2           -0.95300    19
1029    H41    H             0.42340    20
1030    H42    H             0.42340    21
1031     N3    NC           -0.75840    22
1032     C2    C             0.75380    23
1033     O2    O            -0.62520    24
1034    C3'    CT            0.20220    25
1035    H3'    H1            0.06150    26
1036    C2'    CT            0.06700    27
1037   H2'1    H1            0.09720    28
1038    O2'    OH           -0.61390    29
1039   HO'2    HO            0.41860    30
1040    O3'    OS           -0.52460    31
1041  [ bonds ]
1042      P   O1P
1043      P   O2P
1044      P   O5'
1045    O5'   C5'
1046    C5'  H5'1
1047    C5'  H5'2
1048    C5'   C4'
1049    C4'   H4'
1050    C4'   O4'
1051    C4'   C3'
1052    O4'   C1'
1053    C1'   H1'
1054    C1'    N1
1055    C1'   C2'
1056     N1    C6
1057     N1    C2
1058     C6    H6
1059     C6    C5
1060     C5    H5
1061     C5    C4
1062     C4    N4
1063     C4    N3
1064     N4   H41
1065     N4   H42
1066     N3    C2
1067     C2    O2
1068    C3'   H3'
1069    C3'   C2'
1070    C3'   O3'
1071    C2'  H2'1
1072    C2'   O2'
1073    O2'  HO'2
1074   -O3'     P
1075  [ impropers ]
1076     C2    C6    N1   C1'
1077     N1    N3    C2    O2
1078     C4   H41    N4   H42
1079     N1    C5    C6    H6
1080     C6    C4    C5    H5
1081     C5    N4    C4    N3
1082
1083 [ RC3 ]
1084  [ atoms ]
1085      P    P             1.16620     1
1086    O1P    O2           -0.77600     2
1087    O2P    O2           -0.77600     3
1088    O5'    OS           -0.49890     4
1089    C5'    CI            0.05580     5
1090   H5'1    H1            0.06790     6
1091   H5'2    H1            0.06790     7
1092    C4'    CT            0.10650     8
1093    H4'    H1            0.11740     9
1094    O4'    OS           -0.35480    10
1095    C1'    CT            0.00660    11
1096    H1'    H2            0.20290    12
1097     N1    N*           -0.04840    13
1098     C6    CM            0.00530    14
1099     H6    H4            0.19580    15
1100     C5    CM           -0.52150    16
1101     H5    HA            0.19280    17
1102     C4    CA            0.81850    18
1103     N4    N2           -0.95300    19
1104    H41    H             0.42340    20
1105    H42    H             0.42340    21
1106     N3    NC           -0.75840    22
1107     C2    C             0.75380    23
1108     O2    O            -0.62520    24
1109    C3'    CT            0.20220    25
1110    H3'    H1            0.06150    26
1111    C2'    CT            0.06700    27
1112   H2'1    H1            0.09720    28
1113    O2'    OH           -0.61390    29
1114   HO'2    HO            0.41860    30
1115    O3'    OH           -0.65410    31
1116    H3T    HO            0.43760    32
1117  [ bonds ]
1118      P   O1P
1119      P   O2P
1120      P   O5'
1121    O5'   C5'
1122    C5'  H5'1
1123    C5'  H5'2
1124    C5'   C4'
1125    C4'   H4'
1126    C4'   O4'
1127    C4'   C3'
1128    O4'   C1'
1129    C1'   H1'
1130    C1'    N1
1131    C1'   C2'
1132     N1    C6
1133     N1    C2
1134     C6    H6
1135     C6    C5
1136     C5    H5
1137     C5    C4
1138     C4    N4
1139     C4    N3
1140     N4   H41
1141     N4   H42
1142     N3    C2
1143     C2    O2
1144    C3'   H3'
1145    C3'   C2'
1146    C3'   O3'
1147    C2'  H2'1
1148    C2'   O2'
1149    O2'  HO'2
1150    O3'   H3T
1151   -O3'     P
1152  [ impropers ]
1153     C2    C6    N1   C1'
1154     N1    N3    C2    O2
1155     C4   H41    N4   H42
1156     N1    C5    C6    H6
1157     C6    C4    C5    H5
1158     C5    N4    C4    N3
1159
1160 [ RCN ]
1161  [ atoms ]
1162    H5T    HO            0.42950     1
1163    O5'    OH           -0.62230     2
1164    C5'    CI            0.05580     3
1165   H5'1    H1            0.06790     4
1166   H5'2    H1            0.06790     5
1167    C4'    CT            0.10650     6
1168    H4'    H1            0.11740     7
1169    O4'    OS           -0.35480     8
1170    C1'    CT            0.00660     9
1171    H1'    H2            0.20290    10
1172     N1    N*           -0.04840    11
1173     C6    CM            0.00530    12
1174     H6    H4            0.19580    13
1175     C5    CM           -0.52150    14
1176     H5    HA            0.19280    15
1177     C4    CA            0.81850    16
1178     N4    N2           -0.95300    17
1179    H41    H             0.42340    18
1180    H42    H             0.42340    19
1181     N3    NC           -0.75840    20
1182     C2    C             0.75380    21
1183     O2    O            -0.62520    22
1184    C3'    CT            0.20220    23
1185    H3'    H1            0.06150    24
1186    C2'    CT            0.06700    25
1187   H2'1    H1            0.09720    26
1188    O2'    OH           -0.61390    27
1189   HO'2    HO            0.41860    28
1190    O3'    OH           -0.65410    29
1191    H3T    HO            0.43760    30
1192  [ bonds ]
1193    H5T   O5'
1194    O5'   C5'
1195    C5'  H5'1
1196    C5'  H5'2
1197    C5'   C4'
1198    C4'   H4'
1199    C4'   O4'
1200    C4'   C3'
1201    O4'   C1'
1202    C1'   H1'
1203    C1'    N1
1204    C1'   C2'
1205     N1    C6
1206     N1    C2
1207     C6    H6
1208     C6    C5
1209     C5    H5
1210     C5    C4
1211     C4    N4
1212     C4    N3
1213     N4   H41
1214     N4   H42
1215     N3    C2
1216     C2    O2
1217    C3'   H3'
1218    C3'   C2'
1219    C3'   O3'
1220    C2'  H2'1
1221    C2'   O2'
1222    O2'  HO'2
1223    O3'   H3T
1224  [ impropers ]
1225     C2    C6    N1   C1'
1226     N1    N3    C2    O2
1227     C4   H41    N4   H42
1228     N1    C5    C6    H6
1229     C6    C4    C5    H5
1230     C5    N4    C4    N3
1231
1232