share/top/amber99sb-ildn-bsc0.ff/forcefield.doc

   1 AMBER99SB-ILDN-BSC0 protein, nucleic AMBER94 with ParmBSC0 (Perez et al., Biophys J. 2, 3817–29, 2007)
   2
   3 ********************************************************************
   4 * The original ffamber ports were written by Eric J. Sorin,        *
   5 * CSU Long Beach, Dept. of Chem & Biochem, and have now been       *
   6 * integrated with the standard gromacs distribution.               *
   7 * (Please don't blame Eric for errors we might have introduced.)   *
   8 * For the implementation/validation, please read/cite:             *
   9 * Sorin & Pande (2005). Biophys. J. 88(4), 2472-2493.              *
  10 * For related material and updates, please consult                 *
  11 * http://chemistry.csulb.edu/ffamber/                              *
  12 ********************************************************************
  13
  14 AMBER99SB-ILDN FF: Lindorff-Larsen et al., Proteins 78, 1950-58, 2010
  15 ParmBSC0: Perez et al., Biophys J. 2(11), 3817–3829, 2007
  16
  17 Added the new atomtpye CI plus the bonds, angles (which are the same as CT) and dihedrals for the ParmBSC0 dihedrals, based on work by Thomas Piggot, May 2011, for the AMBER99SB force field.
  18
  19 If you use these parameters please cite, in addition to the original publications of the force fields (AMBER99SB-ILDN and/or ParmBSC0), the following work:
  20
  21 Single-Stranded DNA within Nanopores: Conformational Dynamics and Implications for Sequencing; a Molecular Dynamics Simulation Study
  22 Andrew T. Guy, Thomas J. Piggot, and Syma Khalid
  23 Biophysical Journal Volume 103, Issue 5, 5 September 2012, Pages 1028–1036
  24 http://dx.doi.org/10.1016/j.bpj.2012.08.012
  25