share/top/amber99sb-ildn-bsc0.ff/dna.rtp

   1 [ bondedtypes ]
   2 ; Col 1: Type of bond
   3 ; Col 2: Type of angles
   4 ; Col 3: Type of proper dihedrals
   5 ; Col 4: Type of improper dihedrals
   6 ; Col 5: Generate all dihedrals if 1, only heavy atoms of 0.
   7 ; Col 6: Number of excluded neighbors for nonbonded interactions
   8 ; Col 7: Generate 1,4 interactions between pairs of hydrogens if 1
   9 ; Col 8: Remove impropers over the same bond as a proper if it is 1
  10 ; bonds  angles  dihedrals  impropers all_dihedrals nrexcl HH14 RemoveDih
  11      1       1          9          4        1         3      1     0
  12
  13
  14 ; 5' (XXF), 3' (XXT), non-terminal (XX), and monomer (XXN) nuc's
  15
  16 [ DA5 ]
  17  [ atoms ]
  18    H5T    HO            0.44220     1
  19    O5'    OH           -0.63180     2
  20    C5'    CI           -0.00690     3
  21   H5'1    H1            0.07540     4
  22   H5'2    H1            0.07540     5
  23    C4'    CT            0.16290     6
  24    H4'    H1            0.11760     7
  25    O4'    OS           -0.36910     8
  26    C1'    CT            0.04310     9
  27    H1'    H2            0.18380    10
  28     N9    N*           -0.02680    11
  29     C8    CK            0.16070    12
  30     H8    H5            0.18770    13
  31     N7    NB           -0.61750    14
  32     C5    CB            0.07250    15
  33     C6    CA            0.68970    16
  34     N6    N2           -0.91230    17
  35    H61    H             0.41670    18
  36    H62    H             0.41670    19
  37     N1    NC           -0.76240    20
  38     C2    CQ            0.57160    21
  39     H2    H5            0.05980    22
  40     N3    NC           -0.74170    23
  41     C4    CB            0.38000    24
  42    C3'    CT            0.07130    25
  43    H3'    H1            0.09850    26
  44    C2'    CT           -0.08540    27
  45   H2'1    HC            0.07180    28
  46   H2'2    HC            0.07180    29
  47    O3'    OS           -0.52320    30
  48  [ bonds ]
  49    H5T   O5'
  50    O5'   C5'
  51    C5'  H5'1
  52    C5'  H5'2
  53    C5'   C4'
  54    C4'   H4'
  55    C4'   O4'
  56    C4'   C3'
  57    O4'   C1'
  58    C1'   H1'
  59    C1'    N9
  60    C1'   C2'
  61     N9    C8
  62     N9    C4
  63     C8    H8
  64     C8    N7
  65     N7    C5
  66     C5    C6
  67     C5    C4
  68     C6    N6
  69     C6    N1
  70     N6   H61
  71     N6   H62
  72     N1    C2
  73     C2    H2
  74     C2    N3
  75     N3    C4
  76    C3'   H3'
  77    C3'   C2'
  78    C3'   O3'
  79    C2'  H2'1
  80    C2'  H2'2
  81  [ impropers ]
  82     C4    C8    N9   C1'
  83     C6   H61    N6   H62
  84     N9    N7    C8    H8
  85     N1    N3    C2    H2
  86     C5    N6    C6    N1
  87
  88 [ DA ]
  89  [ atoms ]
  90      P    P             1.16590     1
  91    O1P    O2           -0.77610     2
  92    O2P    O2           -0.77610     3
  93    O5'    OS           -0.49540     4
  94    C5'    CI           -0.00690     5
  95   H5'1    H1            0.07540     6
  96   H5'2    H1            0.07540     7
  97    C4'    CT            0.16290     8
  98    H4'    H1            0.11760     9
  99    O4'    OS           -0.36910    10
 100    C1'    CT            0.04310    11
 101    H1'    H2            0.18380    12
 102     N9    N*           -0.02680    13
 103     C8    CK            0.16070    14
 104     H8    H5            0.18770    15
 105     N7    NB           -0.61750    16
 106     C5    CB            0.07250    17
 107     C6    CA            0.68970    18
 108     N6    N2           -0.91230    19
 109    H61    H             0.41670    20
 110    H62    H             0.41670    21
 111     N1    NC           -0.76240    22
 112     C2    CQ            0.57160    23
 113     H2    H5            0.05980    24
 114     N3    NC           -0.74170    25
 115     C4    CB            0.38000    26
 116    C3'    CT            0.07130    27
 117    H3'    H1            0.09850    28
 118    C2'    CT           -0.08540    29
 119   H2'1    HC            0.07180    30
 120   H2'2    HC            0.07180    31
 121    O3'    OS           -0.52320    32
 122  [ bonds ]
 123      P   O1P
 124      P   O2P
 125      P   O5'
 126    O5'   C5'
 127    C5'  H5'1
 128    C5'  H5'2
 129    C5'   C4'
 130    C4'   H4'
 131    C4'   O4'
 132    C4'   C3'
 133    O4'   C1'
 134    C1'   H1'
 135    C1'    N9
 136    C1'   C2'
 137     N9    C8
 138     N9    C4
 139     C8    H8
 140     C8    N7
 141     N7    C5
 142     C5    C6
 143     C5    C4
 144     C6    N6
 145     C6    N1
 146     N6   H61
 147     N6   H62
 148     N1    C2
 149     C2    H2
 150     C2    N3
 151     N3    C4
 152    C3'   H3'
 153    C3'   C2'
 154    C3'   O3'
 155    C2'  H2'1
 156    C2'  H2'2
 157   -O3'     P
 158  [ impropers ]
 159     C4    C8    N9   C1'
 160     C6   H61    N6   H62
 161     N9    N7    C8    H8
 162     N1    N3    C2    H2
 163     C5    N6    C6    N1
 164
 165 [ DA3 ]
 166  [ atoms ]
 167      P    P             1.16590     1
 168    O1P    O2           -0.77610     2
 169    O2P    O2           -0.77610     3
 170    O5'    OS           -0.49540     4
 171    C5'    CI           -0.00690     5
 172   H5'1    H1            0.07540     6
 173   H5'2    H1            0.07540     7
 174    C4'    CT            0.16290     8
 175    H4'    H1            0.11760     9
 176    O4'    OS           -0.36910    10
 177    C1'    CT            0.04310    11
 178    H1'    H2            0.18380    12
 179     N9    N*           -0.02680    13
 180     C8    CK            0.16070    14
 181     H8    H5            0.18770    15
 182     N7    NB           -0.61750    16
 183     C5    CB            0.07250    17
 184     C6    CA            0.68970    18
 185     N6    N2           -0.91230    19
 186    H61    H             0.41670    20
 187    H62    H             0.41670    21
 188     N1    NC           -0.76240    22
 189     C2    CQ            0.57160    23
 190     H2    H5            0.05980    24
 191     N3    NC           -0.74170    25
 192     C4    CB            0.38000    26
 193    C3'    CT            0.07130    27
 194    H3'    H1            0.09850    28
 195    C2'    CT           -0.08540    29
 196   H2'1    HC            0.07180    30
 197   H2'2    HC            0.07180    31
 198    O3'    OH           -0.65490    32
 199    H3T    HO            0.43960    33
 200  [ bonds ]
 201      P   O1P
 202      P   O2P
 203      P   O5'
 204    O5'   C5'
 205    C5'  H5'1
 206    C5'  H5'2
 207    C5'   C4'
 208    C4'   H4'
 209    C4'   O4'
 210    C4'   C3'
 211    O4'   C1'
 212    C1'   H1'
 213    C1'    N9
 214    C1'   C2'
 215     N9    C8
 216     N9    C4
 217     C8    H8
 218     C8    N7
 219     N7    C5
 220     C5    C6
 221     C5    C4
 222     C6    N6
 223     C6    N1
 224     N6   H61
 225     N6   H62
 226     N1    C2
 227     C2    H2
 228     C2    N3
 229     N3    C4
 230    C3'   H3'
 231    C3'   C2'
 232    C3'   O3'
 233    C2'  H2'1
 234    C2'  H2'2
 235    O3'   H3T
 236   -O3'     P
 237  [ impropers ]
 238     C4    C8    N9   C1'
 239     C6   H61    N6   H62
 240     N9    N7    C8    H8
 241     N1    N3    C2    H2
 242     C5    N6    C6    N1
 243
 244 [ DAN ]
 245  [ atoms ]
 246    H5T    HO            0.44220     1
 247    O5'    OH           -0.63180     2
 248    C5'    CI           -0.00690     3
 249   H5'1    H1            0.07540     4
 250   H5'2    H1            0.07540     5
 251    C4'    CT            0.16290     6
 252    H4'    H1            0.11760     7
 253    O4'    OS           -0.36910     8
 254    C1'    CT            0.04310     9
 255    H1'    H2            0.18380    10
 256     N9    N*           -0.02680    11
 257     C8    CK            0.16070    12
 258     H8    H5            0.18770    13
 259     N7    NB           -0.61750    14
 260     C5    CB            0.07250    15
 261     C6    CA            0.68970    16
 262     N6    N2           -0.91230    17
 263    H61    H             0.41670    18
 264    H62    H             0.41670    19
 265     N1    NC           -0.76240    20
 266     C2    CQ            0.57160    21
 267     H2    H5            0.05980    22
 268     N3    NC           -0.74170    23
 269     C4    CB            0.38000    24
 270    C3'    CT            0.07130    25
 271    H3'    H1            0.09850    26
 272    C2'    CT           -0.08540    27
 273   H2'1    HC            0.07180    28
 274   H2'2    HC            0.07180    29
 275    O3'    OH           -0.65490    30
 276    H3T    HO            0.43960    31
 277  [ bonds ]
 278    H5T   O5'
 279    O5'   C5'
 280    C5'  H5'1
 281    C5'  H5'2
 282    C5'   C4'
 283    C4'   H4'
 284    C4'   O4'
 285    C4'   C3'
 286    O4'   C1'
 287    C1'   H1'
 288    C1'    N9
 289    C1'   C2'
 290     N9    C8
 291     N9    C4
 292     C8    H8
 293     C8    N7
 294     N7    C5
 295     C5    C6
 296     C5    C4
 297     C6    N6
 298     C6    N1
 299     N6   H61
 300     N6   H62
 301     N1    C2
 302     C2    H2
 303     C2    N3
 304     N3    C4
 305    C3'   H3'
 306    C3'   C2'
 307    C3'   O3'
 308    C2'  H2'1
 309    C2'  H2'2
 310    O3'   H3T
 311  [ impropers ]
 312     C4    C8    N9   C1'
 313     C6   H61    N6   H62
 314     N9    N7    C8    H8
 315     N1    N3    C2    H2
 316     C5    N6    C6    N1
 317
 318
 319
 320 [ DT5 ]
 321  [ atoms ]
 322    H5T    HO            0.44220     1
 323    O5'    OH           -0.63180     2
 324    C5'    CI           -0.00690     3
 325   H5'1    H1            0.07540     4
 326   H5'2    H1            0.07540     5
 327    C4'    CT            0.16290     6
 328    H4'    H1            0.11760     7
 329    O4'    OS           -0.36910     8
 330    C1'    CT            0.06800     9
 331    H1'    H2            0.18040    10
 332     N1    N*           -0.02390    11
 333     C6    CM           -0.22090    12
 334     H6    H4            0.26070    13
 335     C5    CM            0.00250    14
 336     C7    CT           -0.22690    15
 337    H71    HC            0.07700    16
 338    H72    HC            0.07700    17
 339    H73    HC            0.07700    18
 340     C4    C             0.51940    19
 341     O4    O            -0.55630    20
 342     N3    NA           -0.43400    21
 343     H3    H             0.34200    22
 344     C2    C             0.56770    23
 345     O2    O            -0.58810    24
 346    C3'    CT            0.07130    25
 347    H3'    H1            0.09850    26
 348    C2'    CT           -0.08540    27
 349   H2'1    HC            0.07180    28
 350   H2'2    HC            0.07180    29
 351    O3'    OS           -0.52320    30
 352  [ bonds ]
 353    H5T   O5'
 354    O5'   C5'
 355    C5'  H5'1
 356    C5'  H5'2
 357    C5'   C4'
 358    C4'   H4'
 359    C4'   O4'
 360    C4'   C3'
 361    O4'   C1'
 362    C1'   H1'
 363    C1'    N1
 364    C1'   C2'
 365     N1    C6
 366     N1    C2
 367     C6    H6
 368     C6    C5
 369     C5    C7
 370     C5    C4
 371     C7   H71
 372     C7   H72
 373     C7   H73
 374     C4    O4
 375     C4    N3
 376     N3    H3
 377     N3    C2
 378     C2    O2
 379    C3'   H3'
 380    C3'   C2'
 381    C3'   O3'
 382    C2'  H2'1
 383    C2'  H2'2
 384  [ impropers ]
 385     C2    C6    N1   C1'
 386     C4    C6    C5    C7
 387     N1    N3    C2    O2
 388     C5    N3    C4    O4
 389     C4    C2    N3    H3
 390     N1    C5    C6    H6
 391
 392 [ DT ]
 393  [ atoms ]
 394      P    P             1.16590     1
 395    O1P    O2           -0.77610     2
 396    O2P    O2           -0.77610     3
 397    O5'    OS           -0.49540     4
 398    C5'    CI           -0.00690     5
 399   H5'1    H1            0.07540     6
 400   H5'2    H1            0.07540     7
 401    C4'    CT            0.16290     8
 402    H4'    H1            0.11760     9
 403    O4'    OS           -0.36910    10
 404    C1'    CT            0.06800    11
 405    H1'    H2            0.18040    12
 406     N1    N*           -0.02390    13
 407     C6    CM           -0.22090    14
 408     H6    H4            0.26070    15
 409     C5    CM            0.00250    16
 410     C7    CT           -0.22690    17
 411    H71    HC            0.07700    18
 412    H72    HC            0.07700    19
 413    H73    HC            0.07700    20
 414     C4    C             0.51940    21
 415     O4    O            -0.55630    22
 416     N3    NA           -0.43400    23
 417     H3    H             0.34200    24
 418     C2    C             0.56770    25
 419     O2    O            -0.58810    26
 420    C3'    CT            0.07130    27
 421    H3'    H1            0.09850    28
 422    C2'    CT           -0.08540    29
 423   H2'1    HC            0.07180    30
 424   H2'2    HC            0.07180    31
 425    O3'    OS           -0.52320    32
 426  [ bonds ]
 427      P   O1P
 428      P   O2P
 429      P   O5'
 430    O5'   C5'
 431    C5'  H5'1
 432    C5'  H5'2
 433    C5'   C4'
 434    C4'   H4'
 435    C4'   O4'
 436    C4'   C3'
 437    O4'   C1'
 438    C1'   H1'
 439    C1'    N1
 440    C1'   C2'
 441     N1    C6
 442     N1    C2
 443     C6    H6
 444     C6    C5
 445     C5    C7
 446     C5    C4
 447     C7   H71
 448     C7   H72
 449     C7   H73
 450     C4    O4
 451     C4    N3
 452     N3    H3
 453     N3    C2
 454     C2    O2
 455    C3'   H3'
 456    C3'   C2'
 457    C3'   O3'
 458    C2'  H2'1
 459    C2'  H2'2
 460   -O3'     P
 461  [ impropers ]
 462     C2    C6    N1   C1'
 463     C4    C6    C5    C7
 464     N1    N3    C2    O2
 465     C5    N3    C4    O4
 466     C4    C2    N3    H3
 467     N1    C5    C6    H6
 468
 469 [ DT3 ]
 470  [ atoms ]
 471      P    P             1.16590     1
 472    O1P    O2           -0.77610     2
 473    O2P    O2           -0.77610     3
 474    O5'    OS           -0.49540     4
 475    C5'    CI           -0.00690     5
 476   H5'1    H1            0.07540     6
 477   H5'2    H1            0.07540     7
 478    C4'    CT            0.16290     8
 479    H4'    H1            0.11760     9
 480    O4'    OS           -0.36910    10
 481    C1'    CT            0.06800    11
 482    H1'    H2            0.18040    12
 483     N1    N*           -0.02390    13
 484     C6    CM           -0.22090    14
 485     H6    H4            0.26070    15
 486     C5    CM            0.00250    16
 487     C7    CT           -0.22690    17
 488    H71    HC            0.07700    18
 489    H72    HC            0.07700    19
 490    H73    HC            0.07700    20
 491     C4    C             0.51940    21
 492     O4    O            -0.55630    22
 493     N3    NA           -0.43400    23
 494     H3    H             0.34200    24
 495     C2    C             0.56770    25
 496     O2    O            -0.58810    26
 497    C3'    CT            0.07130    27
 498    H3'    H1            0.09850    28
 499    C2'    CT           -0.08540    29
 500   H2'1    HC            0.07180    30
 501   H2'2    HC            0.07180    31
 502    O3'    OH           -0.65490    32
 503    H3T    HO            0.43960    33
 504  [ bonds ]
 505      P   O1P
 506      P   O2P
 507      P   O5'
 508    O5'   C5'
 509    C5'  H5'1
 510    C5'  H5'2
 511    C5'   C4'
 512    C4'   H4'
 513    C4'   O4'
 514    C4'   C3'
 515    O4'   C1'
 516    C1'   H1'
 517    C1'    N1
 518    C1'   C2'
 519     N1    C6
 520     N1    C2
 521     C6    H6
 522     C6    C5
 523     C5    C7
 524     C5    C4
 525     C7   H71
 526     C7   H72
 527     C7   H73
 528     C4    O4
 529     C4    N3
 530     N3    H3
 531     N3    C2
 532     C2    O2
 533    C3'   H3'
 534    C3'   C2'
 535    C3'   O3'
 536    C2'  H2'1
 537    C2'  H2'2
 538    O3'   H3T
 539   -O3'     P
 540  [ impropers ]
 541     C2    C6    N1   C1'
 542     C4    C6    C5    C7
 543     N1    N3    C2    O2
 544     C5    N3    C4    O4
 545     C4    C2    N3    H3
 546     N1    C5    C6    H6
 547
 548 [ DTN ]
 549  [ atoms ]
 550    H5T    HO            0.44220     1
 551    O5'    OH           -0.63180     2
 552    C5'    CI           -0.00690     3
 553   H5'1    H1            0.07540     4
 554   H5'2    H1            0.07540     5
 555    C4'    CT            0.16290     6
 556    H4'    H1            0.11760     7
 557    O4'    OS           -0.36910     8
 558    C1'    CT            0.06800     9
 559    H1'    H2            0.18040    10
 560     N1    N*           -0.02390    11
 561     C6    CM           -0.22090    12
 562     H6    H4            0.26070    13
 563     C5    CM            0.00250    14
 564     C7    CT           -0.22690    15
 565    H71    HC            0.07700    16
 566    H72    HC            0.07700    17
 567    H73    HC            0.07700    18
 568     C4    C             0.51940    19
 569     O4    O            -0.55630    20
 570     N3    NA           -0.43400    21
 571     H3    H             0.34200    22
 572     C2    C             0.56770    23
 573     O2    O            -0.58810    24
 574    C3'    CT            0.07130    25
 575    H3'    H1            0.09850    26
 576    C2'    CT           -0.08540    27
 577   H2'1    HC            0.07180    28
 578   H2'2    HC            0.07180    29
 579    O3'    OH           -0.65490    30
 580    H3T    HO            0.43960    31
 581  [ bonds ]
 582    H5T   O5'
 583    O5'   C5'
 584    C5'  H5'1
 585    C5'  H5'2
 586    C5'   C4'
 587    C4'   H4'
 588    C4'   O4'
 589    C4'   C3'
 590    O4'   C1'
 591    C1'   H1'
 592    C1'    N1
 593    C1'   C2'
 594     N1    C6
 595     N1    C2
 596     C6    H6
 597     C6    C5
 598     C5    C7
 599     C5    C4
 600     C7   H71
 601     C7   H72
 602     C7   H73
 603     C4    O4
 604     C4    N3
 605     N3    H3
 606     N3    C2
 607     C2    O2
 608    C3'   H3'
 609    C3'   C2'
 610    C3'   O3'
 611    C2'  H2'1
 612    C2'  H2'2
 613    O3'   H3T
 614  [ impropers ]
 615     C2    C6    N1   C1'
 616     C4    C6    C5    C7
 617     N1    N3    C2    O2
 618     C5    N3    C4    O4
 619     C4    C2    N3    H3
 620     N1    C5    C6    H6
 621
 622
 623
 624 [ DG5 ]
 625  [ atoms ]
 626    H5T    HO            0.44220     1
 627    O5'    OH           -0.63180     2
 628    C5'    CI           -0.00690     3
 629   H5'1    H1            0.07540     4
 630   H5'2    H1            0.07540     5
 631    C4'    CT            0.16290     6
 632    H4'    H1            0.11760     7
 633    O4'    OS           -0.36910     8
 634    C1'    CT            0.03580     9
 635    H1'    H2            0.17460    10
 636     N9    N*            0.05770    11
 637     C8    CK            0.07360    12
 638     H8    H5            0.19970    13
 639     N7    NB           -0.57250    14
 640     C5    CB            0.19910    15
 641     C6    C             0.49180    16
 642     O6    O            -0.56990    17
 643     N1    NA           -0.50530    18
 644     H1    H             0.35200    19
 645     C2    CA            0.74320    20
 646     N2    N2           -0.92300    21
 647    H21    H             0.42350    22
 648    H22    H             0.42350    23
 649     N3    NC           -0.66360    24
 650     C4    CB            0.18140    25
 651    C3'    CT            0.07130    26
 652    H3'    H1            0.09850    27
 653    C2'    CT           -0.08540    28
 654   H2'1    HC            0.07180    29
 655   H2'2    HC            0.07180    30
 656    O3'    OS           -0.52320    31
 657  [ bonds ]
 658    H5T   O5'
 659    O5'   C5'
 660    C5'  H5'1
 661    C5'  H5'2
 662    C5'   C4'
 663    C4'   H4'
 664    C4'   O4'
 665    C4'   C3'
 666    O4'   C1'
 667    C1'   H1'
 668    C1'    N9
 669    C1'   C2'
 670     N9    C8
 671     N9    C4
 672     C8    H8
 673     C8    N7
 674     N7    C5
 675     C5    C6
 676     C5    C4
 677     C6    O6
 678     C6    N1
 679     N1    H1
 680     N1    C2
 681     C2    N2
 682     C2    N3
 683     N2   H21
 684     N2   H22
 685     N3    C4
 686    C3'   H3'
 687    C3'   C2'
 688    C3'   O3'
 689    C2'  H2'1
 690    C2'  H2'2
 691  [ impropers ]
 692     C4    C8    N9   C1'
 693     C5    N1    C6    O6
 694     C6    C2    N1    H1
 695     C2   H21    N2   H22
 696     N9    N7    C8    H8
 697     N2    N1    C2    N3
 698
 699 [ DG ]
 700  [ atoms ]
 701      P    P             1.16590     1
 702    O1P    O2           -0.77610     2
 703    O2P    O2           -0.77610     3
 704    O5'    OS           -0.49540     4
 705    C5'    CI           -0.00690     5
 706   H5'1    H1            0.07540     6
 707   H5'2    H1            0.07540     7
 708    C4'    CT            0.16290     8
 709    H4'    H1            0.11760     9
 710    O4'    OS           -0.36910    10
 711    C1'    CT            0.03580    11
 712    H1'    H2            0.17460    12
 713     N9    N*            0.05770    13
 714     C8    CK            0.07360    14
 715     H8    H5            0.19970    15
 716     N7    NB           -0.57250    16
 717     C5    CB            0.19910    17
 718     C6    C             0.49180    18
 719     O6    O            -0.56990    19
 720     N1    NA           -0.50530    20
 721     H1    H             0.35200    21
 722     C2    CA            0.74320    22
 723     N2    N2           -0.92300    23
 724    H21    H             0.42350    24
 725    H22    H             0.42350    25
 726     N3    NC           -0.66360    26
 727     C4    CB            0.18140    27
 728    C3'    CT            0.07130    28
 729    H3'    H1            0.09850    29
 730    C2'    CT           -0.08540    30
 731   H2'1    HC            0.07180    31
 732   H2'2    HC            0.07180    32
 733    O3'    OS           -0.52320    33
 734  [ bonds ]
 735      P   O1P
 736      P   O2P
 737      P   O5'
 738    O5'   C5'
 739    C5'  H5'1
 740    C5'  H5'2
 741    C5'   C4'
 742    C4'   H4'
 743    C4'   O4'
 744    C4'   C3'
 745    O4'   C1'
 746    C1'   H1'
 747    C1'    N9
 748    C1'   C2'
 749     N9    C8
 750     N9    C4
 751     C8    H8
 752     C8    N7
 753     N7    C5
 754     C5    C6
 755     C5    C4
 756     C6    O6
 757     C6    N1
 758     N1    H1
 759     N1    C2
 760     C2    N2
 761     C2    N3
 762     N2   H21
 763     N2   H22
 764     N3    C4
 765    C3'   H3'
 766    C3'   C2'
 767    C3'   O3'
 768    C2'  H2'1
 769    C2'  H2'2
 770   -O3'     P
 771  [ impropers ]
 772     C4    C8    N9   C1'
 773     C5    N1    C6    O6
 774     C6    C2    N1    H1
 775     C2   H21    N2   H22
 776     N9    N7    C8    H8
 777     N2    N1    C2    N3
 778
 779 [ DG3 ]
 780  [ atoms ]
 781      P    P             1.16590     1
 782    O1P    O2           -0.77610     2
 783    O2P    O2           -0.77610     3
 784    O5'    OS           -0.49540     4
 785    C5'    CI           -0.00690     5
 786   H5'1    H1            0.07540     6
 787   H5'2    H1            0.07540     7
 788    C4'    CT            0.16290     8
 789    H4'    H1            0.11760     9
 790    O4'    OS           -0.36910    10
 791    C1'    CT            0.03580    11
 792    H1'    H2            0.17460    12
 793     N9    N*            0.05770    13
 794     C8    CK            0.07360    14
 795     H8    H5            0.19970    15
 796     N7    NB           -0.57250    16
 797     C5    CB            0.19910    17
 798     C6    C             0.49180    18
 799     O6    O            -0.56990    19
 800     N1    NA           -0.50530    20
 801     H1    H             0.35200    21
 802     C2    CA            0.74320    22
 803     N2    N2           -0.92300    23
 804    H21    H             0.42350    24
 805    H22    H             0.42350    25
 806     N3    NC           -0.66360    26
 807     C4    CB            0.18140    27
 808    C3'    CT            0.07130    28
 809    H3'    H1            0.09850    29
 810    C2'    CT           -0.08540    30
 811   H2'1    HC            0.07180    31
 812   H2'2    HC            0.07180    32
 813    O3'    OH           -0.65490    33
 814    H3T    HO            0.43960    34
 815  [ bonds ]
 816      P   O1P
 817      P   O2P
 818      P   O5'
 819    O5'   C5'
 820    C5'  H5'1
 821    C5'  H5'2
 822    C5'   C4'
 823    C4'   H4'
 824    C4'   O4'
 825    C4'   C3'
 826    O4'   C1'
 827    C1'   H1'
 828    C1'    N9
 829    C1'   C2'
 830     N9    C8
 831     N9    C4
 832     C8    H8
 833     C8    N7
 834     N7    C5
 835     C5    C6
 836     C5    C4
 837     C6    O6
 838     C6    N1
 839     N1    H1
 840     N1    C2
 841     C2    N2
 842     C2    N3
 843     N2   H21
 844     N2   H22
 845     N3    C4
 846    C3'   H3'
 847    C3'   C2'
 848    C3'   O3'
 849    C2'  H2'1
 850    C2'  H2'2
 851    O3'   H3T
 852   -O3'     P
 853  [ impropers ]
 854     C4    C8    N9   C1'
 855     C5    N1    C6    O6
 856     C6    C2    N1    H1
 857     C2   H21    N2   H22
 858     N9    N7    C8    H8
 859     N2    N1    C2    N3
 860
 861 [ DGN ]
 862  [ atoms ]
 863    H5T    HO            0.44220     1
 864    O5'    OH           -0.63180     2
 865    C5'    CI           -0.00690     3
 866   H5'1    H1            0.07540     4
 867   H5'2    H1            0.07540     5
 868    C4'    CT            0.16290     6
 869    H4'    H1            0.11760     7
 870    O4'    OS           -0.36910     8
 871    C1'    CT            0.03580     9
 872    H1'    H2            0.17460    10
 873     N9    N*            0.05770    11
 874     C8    CK            0.07360    12
 875     H8    H5            0.19970    13
 876     N7    NB           -0.57250    14
 877     C5    CB            0.19910    15
 878     C6    C             0.49180    16
 879     O6    O            -0.56990    17
 880     N1    NA           -0.50530    18
 881     H1    H             0.35200    19
 882     C2    CA            0.74320    20
 883     N2    N2           -0.92300    21
 884    H21    H             0.42350    22
 885    H22    H             0.42350    23
 886     N3    NC           -0.66360    24
 887     C4    CB            0.18140    25
 888    C3'    CT            0.07130    26
 889    H3'    H1            0.09850    27
 890    C2'    CT           -0.08540    28
 891   H2'1    HC            0.07180    29
 892   H2'2    HC            0.07180    30
 893    O3'    OH           -0.65490    31
 894    H3T    HO            0.43960    32
 895  [ bonds ]
 896    H5T   O5'
 897    O5'   C5'
 898    C5'  H5'1
 899    C5'  H5'2
 900    C5'   C4'
 901    C4'   H4'
 902    C4'   O4'
 903    C4'   C3'
 904    O4'   C1'
 905    C1'   H1'
 906    C1'    N9
 907    C1'   C2'
 908     N9    C8
 909     N9    C4
 910     C8    H8
 911     C8    N7
 912     N7    C5
 913     C5    C6
 914     C5    C4
 915     C6    O6
 916     C6    N1
 917     N1    H1
 918     N1    C2
 919     C2    N2
 920     C2    N3
 921     N2   H21
 922     N2   H22
 923     N3    C4
 924    C3'   H3'
 925    C3'   C2'
 926    C3'   O3'
 927    C2'  H2'1
 928    C2'  H2'2
 929    O3'   H3T
 930  [ impropers ]
 931     C4    C8    N9   C1'
 932     C5    N1    C6    O6
 933     C6    C2    N1    H1
 934     C2   H21    N2   H22
 935     N9    N7    C8    H8
 936     N2    N1    C2    N3
 937
 938 [ DC5 ]
 939  [ atoms ]
 940    H5T    HO            0.44220     1
 941    O5'    OH           -0.63180     2
 942    C5'    CI           -0.00690     3
 943   H5'1    H1            0.07540     4
 944   H5'2    H1            0.07540     5
 945    C4'    CT            0.16290     6
 946    H4'    H1            0.11760     7
 947    O4'    OS           -0.36910     8
 948    C1'    CT           -0.01160     9
 949    H1'    H2            0.19630    10
 950     N1    N*           -0.03390    11
 951     C6    CM           -0.01830    12
 952     H6    H4            0.22930    13
 953     C5    CM           -0.52220    14
 954     H5    HA            0.18630    15
 955     C4    CA            0.84390    16
 956     N4    N2           -0.97730    17
 957    H41    H             0.43140    18
 958    H42    H             0.43140    19
 959     N3    NC           -0.77480    20
 960     C2    C             0.79590    21
 961     O2    O            -0.65480    22
 962    C3'    CT            0.07130    23
 963    H3'    H1            0.09850    24
 964    C2'    CT           -0.08540    25
 965   H2'1    HC            0.07180    26
 966   H2'2    HC            0.07180    27
 967    O3'    OS           -0.52320    28
 968  [ bonds ]
 969    H5T   O5'
 970    O5'   C5'
 971    C5'  H5'1
 972    C5'  H5'2
 973    C5'   C4'
 974    C4'   H4'
 975    C4'   O4'
 976    C4'   C3'
 977    O4'   C1'
 978    C1'   H1'
 979    C1'    N1
 980    C1'   C2'
 981     N1    C6
 982     N1    C2
 983     C6    H6
 984     C6    C5
 985     C5    H5
 986     C5    C4
 987     C4    N4
 988     C4    N3
 989     N4   H41
 990     N4   H42
 991     N3    C2
 992     C2    O2
 993    C3'   H3'
 994    C3'   C2'
 995    C3'   O3'
 996    C2'  H2'1
 997    C2'  H2'2
 998  [ impropers ]
 999    C1'    N1    C6    C2
1000     N1    N3    C2    O2
1001     C4   H41    N4   H42
1002     N1    C5    C6    H6
1003     C6    C4    C5    H5
1004     C5    N4    C4    N3
1005
1006 [ DC ]
1007  [ atoms ]
1008      P    P             1.16590     1
1009    O1P    O2           -0.77610     2
1010    O2P    O2           -0.77610     3
1011    O5'    OS           -0.49540     4
1012    C5'    CI           -0.00690     5
1013   H5'1    H1            0.07540     6
1014   H5'2    H1            0.07540     7
1015    C4'    CT            0.16290     8
1016    H4'    H1            0.11760     9
1017    O4'    OS           -0.36910    10
1018    C1'    CT           -0.01160    11
1019    H1'    H2            0.19630    12
1020     N1    N*           -0.03390    13
1021     C6    CM           -0.01830    14
1022     H6    H4            0.22930    15
1023     C5    CM           -0.52220    16
1024     H5    HA            0.18630    17
1025     C4    CA            0.84390    18
1026     N4    N2           -0.97730    19
1027    H41    H             0.43140    20
1028    H42    H             0.43140    21
1029     N3    NC           -0.77480    22
1030     C2    C             0.79590    23
1031     O2    O            -0.65480    24
1032    C3'    CT            0.07130    25
1033    H3'    H1            0.09850    26
1034    C2'    CT           -0.08540    27
1035   H2'1    HC            0.07180    28
1036   H2'2    HC            0.07180    29
1037    O3'    OS           -0.52320    30
1038  [ bonds ]
1039      P   O1P
1040      P   O2P
1041      P   O5'
1042    O5'   C5'
1043    C5'  H5'1
1044    C5'  H5'2
1045    C5'   C4'
1046    C4'   H4'
1047    C4'   O4'
1048    C4'   C3'
1049    O4'   C1'
1050    C1'   H1'
1051    C1'    N1
1052    C1'   C2'
1053     N1    C6
1054     N1    C2
1055     C6    H6
1056     C6    C5
1057     C5    H5
1058     C5    C4
1059     C4    N4
1060     C4    N3
1061     N4   H41
1062     N4   H42
1063     N3    C2
1064     C2    O2
1065    C3'   H3'
1066    C3'   C2'
1067    C3'   O3'
1068    C2'  H2'1
1069    C2'  H2'2
1070   -O3'     P
1071  [ impropers ]
1072     C2    C6    N1   C1'
1073     N1    N3    C2    O2
1074     C4   H41    N4   H42
1075     N1    C5    C6    H6
1076     C6    C4    C5    H5
1077     C5    N4    C4    N3
1078
1079 [ DC3 ]
1080  [ atoms ]
1081      P    P             1.16590     1
1082    O1P    O2           -0.77610     2
1083    O2P    O2           -0.77610     3
1084    O5'    OS           -0.49540     4
1085    C5'    CI           -0.00690     5
1086   H5'1    H1            0.07540     6
1087   H5'2    H1            0.07540     7
1088    C4'    CT            0.16290     8
1089    H4'    H1            0.11760     9
1090    O4'    OS           -0.36910    10
1091    C1'    CT           -0.01160    11
1092    H1'    H2            0.19630    12
1093     N1    N*           -0.03390    13
1094     C6    CM           -0.01830    14
1095     H6    H4            0.22930    15
1096     C5    CM           -0.52220    16
1097     H5    HA            0.18630    17
1098     C4    CA            0.84390    18
1099     N4    N2           -0.97730    19
1100    H41    H             0.43140    20
1101    H42    H             0.43140    21
1102     N3    NC           -0.77480    22
1103     C2    C             0.79590    23
1104     O2    O            -0.65480    24
1105    C3'    CT            0.07130    25
1106    H3'    H1            0.09850    26
1107    C2'    CT           -0.08540    27
1108   H2'1    HC            0.07180    28
1109   H2'2    HC            0.07180    29
1110    O3'    OH           -0.65490    30
1111    H3T    HO            0.43960    31
1112  [ bonds ]
1113      P   O1P
1114      P   O2P
1115      P   O5'
1116    O5'   C5'
1117    C5'  H5'1
1118    C5'  H5'2
1119    C5'   C4'
1120    C4'   H4'
1121    C4'   O4'
1122    C4'   C3'
1123    O4'   C1'
1124    C1'   H1'
1125    C1'    N1
1126    C1'   C2'
1127     N1    C6
1128     N1    C2
1129     C6    H6
1130     C6    C5
1131     C5    H5
1132     C5    C4
1133     C4    N4
1134     C4    N3
1135     N4   H41
1136     N4   H42
1137     N3    C2
1138     C2    O2
1139    C3'   H3'
1140    C3'   C2'
1141    C3'   O3'
1142    C2'  H2'1
1143    C2'  H2'2
1144    O3'   H3T
1145   -O3'     P
1146  [ impropers ]
1147     C2    C6    N1   C1'
1148     N1    N3    C2    O2
1149     C4   H41    N4   H42
1150     N1    C5    C6    H6
1151     C6    C4    C5    H5
1152     C5    N4    C4    N3
1153
1154 [ DCN ]
1155  [ atoms ]
1156    H5T    HO            0.44220     1
1157    O5'    OH           -0.63180     2
1158    C5'    CI           -0.00690     3
1159   H5'1    H1            0.07540     4
1160   H5'2    H1            0.07540     5
1161    C4'    CT            0.16290     6
1162    H4'    H1            0.11760     7
1163    O4'    OS           -0.36910     8
1164    C1'    CT           -0.01160     9
1165    H1'    H2            0.19630    10
1166     N1    N*           -0.03390    11
1167     C6    CM           -0.01830    12
1168     H6    H4            0.22930    13
1169     C5    CM           -0.52220    14
1170     H5    HA            0.18630    15
1171     C4    CA            0.84390    16
1172     N4    N2           -0.97730    17
1173    H41    H             0.43140    18
1174    H42    H             0.43140    19
1175     N3    NC           -0.77480    20
1176     C2    C             0.79590    21
1177     O2    O            -0.65480    22
1178    C3'    CT            0.07130    23
1179    H3'    H1            0.09850    24
1180    C2'    CT           -0.08540    25
1181   H2'1    HC            0.07180    26
1182   H2'2    HC            0.07180    27
1183    O3'    OH           -0.65490    28
1184    H3T    HO            0.43960    29
1185  [ bonds ]
1186    H5T   O5'
1187    O5'   C5'
1188    C5'  H5'1
1189    C5'  H5'2
1190    C5'   C4'
1191    C4'   H4'
1192    C4'   O4'
1193    C4'   C3'
1194    O4'   C1'
1195    C1'   H1'
1196    C1'    N1
1197    C1'   C2'
1198     N1    C6
1199     N1    C2
1200     C6    H6
1201     C6    C5
1202     C5    H5
1203     C5    C4
1204     C4    N4
1205     C4    N3
1206     N4   H41
1207     N4   H42
1208     N3    C2
1209     C2    O2
1210    C3'   H3'
1211    C3'   C2'
1212    C3'   O3'
1213    C2'  H2'1
1214    C2'  H2'2
1215    O3'   H3T
1216  [ impropers ]
1217     C2    C6    N1   C1'
1218     N1    N3    C2    O2
1219     C4   H41    N4   H42
1220     N1    C5    C6    H6
1221     C6    C4    C5    H5
1222     N3    C4    N4    C5
1223