share/top/amber99sb-ildn-bsc0.ff/aminoacids.vsd

   1
   2 [ CH3 ]
   3 ; CT         sp3 aliphatic C
   4  ;bound to sp2/sp3 carbons
   5    CT           C               MCH3
   6    CT           CA              MCH3
   7    CT           CB              MCH3
   8    CT           CC              MCH3
   9    CT           CK              MCH3
  10    CT           CM              MCH3
  11    CT           CN              MCH3
  12    CT           CQ              MCH3
  13    CT           CR              MCH3
  14    CT           CT              MCH3
  15    CT           CV              MCH3
  16    CT           CW              MCH3
  17    CT           C*              MCH3
  18    CT           N               MCH3
  19    CT           S               MCH3
  20
  21 [ NH3 ]
  22 ; N3         sp3 N for charged amino groups
  23    N3           C               MNH3
  24    N3           CA              MNH3
  25    N3           CB              MNH3
  26    N3           CC              MNH3
  27    N3           CK              MNH3
  28    N3           CM              MNH3
  29    N3           CN              MNH3
  30    N3           CQ              MNH3
  31    N3           CR              MNH3
  32    N3           CT              MNH3
  33    N3           CV              MNH3
  34    N3           CW              MNH3
  35    N3           C*              MNH3
  36
  37 [ NH2 ]
  38 ; N          sp2 nitrogen in amide groups
  39    N            planar
  40    N2           planar
  41
  42
  43 ; Data for generating dummy aromatic rings.
  44 ; Actually we dont need all these bonds and angles,
  45 ; but by specifying them here it is easier to improve
  46 ; the dummy generation code later.
  47 [ PHE ]
  48   CG    CD1             0.140
  49   CG    CD2             0.140
  50   CD1   CE1             0.140
  51   CD2   CE2             0.140
  52   CE1   CZ              0.140
  53   CE2   CZ              0.140
  54   CD1   HD1             0.108
  55   CD2   HD2             0.108
  56   CE1   HE1             0.108
  57   CE2   HE2             0.108
  58   CZ    HZ              0.108
  59   CG    CD1   CE1       120.0
  60   CD1   CE1   CZ        120.0
  61   CE1   CZ    CE2       120.0
  62   CZ    CE2   CD2       120.0
  63   CE2   CD2   CG        120.0
  64   CD2   CG    CD1       120.0
  65   CG    CD1   HD1       120.0
  66   CG    CD2   HD2       120.0
  67   HD1   CD1   CE1       120.0
  68   CD1   CE1   HE1       120.0
  69   HE1   CE1   CZ        120.0
  70   CE1   CZ    HZ        120.0
  71   HZ    CZ    CE2       120.0
  72   CZ    CE2   HE2       120.0
  73   HE2   CE2   CD2       120.0
  74   HD2   CD2   CG        120.0
  75
  76
  77 [ TYR ]
  78   CG    CD1             0.140
  79   CG    CD2             0.140
  80   CD1   CE1             0.140
  81   CD2   CE2             0.140
  82   CE1   CZ              0.140
  83   CE2   CZ              0.140
  84   CD1   HD1             0.108
  85   CD2   HD2             0.108
  86   CE1   HE1             0.108
  87   CE2   HE2             0.108
  88   CZ    OH              0.1364
  89   OH    HH              0.0945
  90   CG    CD1   CE1       120.0
  91   CD1   CE1   CZ        120.0
  92   CE1   CZ    CE2       120.0
  93   CZ    CE2   CD2       120.0
  94   CE2   CD2   CG        120.0
  95   CD2   CG    CD1       120.0
  96   CG    CD1   HD1       120.0
  97   CG    CD2   HD2       120.0
  98   HD1   CD1   CE1       120.0
  99   CD1   CE1   HE1       120.0
 100   HE1   CE1   CZ        120.0
 101   CE1   CZ    OH        120.0
 102   CZ    OH    HH        113.0
 103   OH    CZ    CE2       120.0
 104   CZ    CE2   HE2       120.0
 105   HE2   CE2   CD2       120.0
 106   HD2   CD2   CG        120.0
 107
 108
 109 [ TRP ] ; angles from MD sim, corrected to be perfectly planar
 110   CB    CG              0.1495
 111   CG    CD1             0.1352
 112   CD1   NE1             0.1381
 113   NE1   CE2             0.138
 114   CE2   CD2             0.1419
 115   CD2   CG              0.1459
 116   CE2   CZ2             0.140
 117   CZ2   CH2             0.140
 118   CH2   CZ3             0.140
 119   CZ3   CE3             0.140
 120   CE3   CD2             0.1404
 121   CD1   HD1             0.108
 122   NE1   HE1             0.101
 123   CE3   HE3             0.108
 124   CZ2   HZ2             0.108
 125   CZ3   HZ3             0.108
 126   CH2   HH2             0.108
 127   CB    CG    CD1       125.6
 128   CB    CG    CD2       128.7
 129   CG    CD1   NE1       109.7
 130   CD1   NE1   CE2       111.7
 131   NE1   CE2   CD2       104.3
 132   CE2   CD2   CG        108.5
 133   CD2   CG    CD1       105.7
 134   NE1   CE2   CZ2       135.7
 135   CE2   CZ2   CH2       120.0
 136   CZ2   CH2   CZ3       120.0
 137   CH2   CZ3   CE3       120.0
 138   CZ3   CE3   CD2       120.0
 139   CE2   CD2   CE3       120.0
 140   CD2   CE2   CZ2       120.0
 141   CE3   CD2   CG        131.5
 142   CG    CD1   HD1       124.6
 143   HD1   CD1   NE1       125.7
 144   CD1   NE1   HE1       122.7
 145   HE1   NE1   CE2       125.6
 146   CZ3   CE3   HE3       120.0
 147   HE3   CE3   CD2       120.0
 148   CE2   CZ2   HZ2       120.0
 149   HZ2   CZ2   CH2       120.0
 150   CH2   CZ3   HZ3       120.0
 151   HZ3   CZ3   CE3       120.0
 152   CZ2   CH2   HH2       120.0
 153   HH2   CH2   CZ3       120.0
 154
 155
 156 [ HID ] ; angles from MD sim, corrected to be perfectly planar
 157   CG    ND1             0.1381
 158   ND1   CE1             0.1343
 159   CE1   NE2             0.1335
 160   NE2   CD2             0.1394
 161   CD2   CG              0.137
 162   ND1   HD1             0.101
 163   CE1   HE1             0.108
 164   CD2   HD2             0.108
 165   CG    ND1   CE1       107.4
 166   ND1   CE1   NE2       113.1
 167   CE1   NE2   CD2       104.5
 168   NE2   CD2   CG        109.3
 169   CD2   CG    ND1       105.7
 170   CG    ND1   HD1       127.7
 171   HD1   ND1   CE1       124.9
 172   ND1   CE1   HE1       122.9
 173   HE1   CE1   NE2       124.0
 174   CG    CD2   HD2       129.0
 175   HD2   CD2   NE2       121.7
 176
 177
 178 [ HIE ] ; angles from MD sim, corrected to be perfectly planar
 179   CG    ND1             0.1394
 180   ND1   CE1             0.1335
 181   CE1   NE2             0.1343
 182   NE2   CD2             0.1381
 183   CD2   CG              0.137
 184   CD2   HD2             0.108
 185   CE1   HE1             0.108
 186   NE2   HE2             0.101
 187   CG    ND1   CE1       104.9
 188   ND1   CE1   NE2       112.9
 189   CE1   NE2   CD2       107.3
 190   NE2   CD2   CG        106.4
 191   CD2   CG    ND1       108.5
 192   NE2   CD2   HD2       122.4
 193   HD2   CD2   CG        131.2
 194   ND1   CE1   HE1       123.8
 195   HE1   CE1   NE2       123.3
 196   CE1   NE2   HE2       125.9
 197   HE2   NE2   CD2       126.8
 198
 199
 200 [ HIP ] ; angles from MD sim, corrected to be perfectly planar
 201   CG    ND1             0.1381
 202   ND1   CE1             0.1343
 203   CE1   NE2             0.1343
 204   NE2   CD2             0.1381
 205   CD2   CG              0.137
 206   ND1   HD1             0.101
 207   CE1   HE1             0.108
 208   CD2   HD2             0.108
 209   NE2   HE2             0.101
 210   CG    ND1   CE1       107.4
 211   ND1   CE1   NE2       111.4
 212   CE1   NE2   CD2       107.2
 213   NE2   CD2   CG        107.4
 214   CD2   CG    ND1       106.6
 215   CG    ND1   HD1       127.4
 216   HD1   ND1   CE1       125.2
 217   ND1   CE1   HE1       124.3
 218   HE1   CE1   NE2       124.3
 219   CE1   NE2   HE2       126.4
 220   HE2   NE2   CD2       126.4
 221   NE2   CD2   HD2       120.8
 222   HD2   CD2   CG        131.8
 223
 224
 225