share/top/amber99sb-ildn-bsc0.ff/aminoacids.rtp

   1 [ bondedtypes ]
   2 ; Column 1 : default bondtype
   3 ; Column 2 : default angletype
   4 ; Column 3 : default proper dihedraltype
   5 ; Column 4 : default improper dihedraltype
   6 ; Column 5 : This controls the generation of dihedrals from the bonding.
   7 ;            All possible dihedrals are generated automatically. A value of
   8 ;            1 here means that all these are retained. A value of
   9 ;            0 here requires generated dihedrals be removed if
  10 ;              * there are any dihedrals on the same central atoms
  11 ;                specified in the residue topology, or
  12 ;              * there are other identical generated dihedrals
  13 ;                sharing the same central atoms, or
  14 ;              * there are other generated dihedrals sharing the
  15 ;                same central bond that have fewer hydrogen atoms
  16 ; Column 6 : number of neighbors to exclude from non-bonded interactions
  17 ; Column 7 : 1 = generate 1,4 interactions between pairs of hydrogen atoms
  18 ;            0 = do not generate such
  19 ; Column 8 : 1 = remove proper dihedrals if found centered on the same
  20 ;                bond as an improper dihedral
  21 ;            0 = do not generate such
  22 ; bonds  angles  dihedrals  impropers all_dihedrals nrexcl HH14 RemoveDih
  23      1       1          9          4        1         3      1     0
  24
  25 ; now: water, ions, urea, terminal caps, AA's and terminal AA's
  26
  27 ; tip3p
  28 [ HOH ]
  29  [ atoms ]
  30     OW   OW           -0.834    0
  31    HW1   HW            0.417    0
  32    HW2   HW            0.417    0
  33  [ bonds ]
  34     OW   HW1
  35     OW   HW2
  36
  37 ; tip4p
  38 [ HO4 ]
  39  [ atoms ]
  40     OW   OW_tip4p      0.00     0
  41    HW1   HW            0.52     0
  42    HW2   HW            0.52     0
  43     MW   MW           -1.04     0
  44  [ bonds ]
  45     OW   HW1
  46     OW   HW2
  47
  48 [ IB+ ] ; big positive ion
  49  [ atoms ]
  50    IB     IB           1.00000     1
  51
  52 [ CA ]
  53  [ atoms ]
  54    CA     C0           2.00000     1
  55
  56 [ CL ]
  57  [ atoms ]
  58    CL     Cl          -1.00000     1
  59
  60 [ NA ]
  61  [ atoms ]
  62    NA     Na           1.00000     1
  63
  64 [ MG ]
  65  [ atoms ]
  66    MG     MG           2.00000     1
  67
  68 [ K ]
  69  [ atoms ]
  70    K      K            1.00000     1
  71
  72 [ RB ]
  73  [ atoms ]
  74    RB     Rb           1.00000     1
  75
  76 [ CS ]
  77  [ atoms ]
  78    CS     Cs           1.00000     1
  79
  80 [ LI ]
  81  [ atoms ]
  82    LI     Li           1.00000     1
  83
  84 [ ZN ]
  85  [ atoms ]
  86    ZN     Zn           2.00000     1
  87
  88 [ URE ] ; urea added in by EJS, resp charges by Jim Caldwell
  89  [ atoms ]
  90     C      C            0.880229        1
  91     O      O           -0.613359        2
  92    N1      N           -0.923545        3
  93   H11      H            0.395055        4
  94   H12      H            0.395055        5
  95    N2      N           -0.923545        6
  96   H21      H            0.395055        7
  97   H22      H            0.395055        8
  98  [ bonds ]
  99     C     N1
 100     C     N2
 101     C      O
 102    N1    H11
 103    N1    H12
 104    N2    H21
 105    N2    H22
 106  [ impropers ]
 107     N1    N2     C     O
 108      C   H11    N1   H12
 109      C   H21    N2   H22
 110
 111 [ ACE ]
 112  [ atoms ]
 113   HH31    HC           0.11230     1
 114    CH3    CT          -0.36620     2
 115   HH32    HC           0.11230     3
 116   HH33    HC           0.11230     4
 117      C    C            0.59720     5
 118      O    O           -0.56790     6
 119  [ bonds ]
 120   HH31   CH3
 121    CH3  HH32
 122    CH3  HH33
 123    CH3     C
 124      C     O
 125  [ impropers ]
 126    CH3    +N     C     O
 127
 128 [ NME ]
 129  [ atoms ]
 130      N    N           -0.41570     1
 131      H    H            0.27190     2
 132    CH3    CT          -0.14900     3
 133   HH31    H1           0.09760     4
 134   HH32    H1           0.09760     5
 135   HH33    H1           0.09760     6
 136  [ bonds ]
 137      N     H
 138      N   CH3
 139    CH3  HH31
 140    CH3  HH32
 141    CH3  HH33
 142     -C     N
 143  [ impropers ]
 144     -C   CH3     N     H
 145
 146 [ NHE ]
 147  [ atoms ]
 148      N    N           -0.46300     1
 149     H1    H            0.23150     2
 150     H2    H            0.23150     3
 151  [ bonds ]
 152      N    H1
 153      N    H2
 154     -C     N
 155  [ impropers ]
 156     -C    H1     N    H2
 157
 158 [ NH2 ]
 159  [ atoms ]
 160      N    N           -0.46300     1
 161     H1    H            0.23150     2
 162     H2    H            0.23150     3
 163  [ bonds ]
 164      N    H1
 165      N    H2
 166     -C     N
 167  [ impropers ]
 168     -C    H1     N    H2
 169
 170 ; Next are non-terminal AA's
 171
 172 [ ALA ]
 173  [ atoms ]
 174      N    N           -0.41570     1
 175      H    H            0.27190     2
 176     CA    CT           0.03370     3
 177     HA    H1           0.08230     4
 178     CB    CT          -0.18250     5
 179    HB1    HC           0.06030     6
 180    HB2    HC           0.06030     7
 181    HB3    HC           0.06030     8
 182      C    C            0.59730     9
 183      O    O           -0.56790    10
 184  [ bonds ]
 185      N     H
 186      N    CA
 187     CA    HA
 188     CA    CB
 189     CA     C
 190     CB   HB1
 191     CB   HB2
 192     CB   HB3
 193      C     O
 194     -C     N
 195  [ impropers ]
 196     -C    CA     N     H
 197     CA    +N     C     O
 198
 199 [ GLY ]
 200  [ atoms ]
 201      N    N           -0.41570     1
 202      H    H            0.27190     2
 203     CA    CT          -0.02520     3
 204    HA1    H1           0.06980     4
 205    HA2    H1           0.06980     5
 206      C    C            0.59730     6
 207      O    O           -0.56790     7
 208  [ bonds ]
 209      N     H
 210      N    CA
 211     CA   HA1
 212     CA   HA2
 213     CA     C
 214      C     O
 215     -C     N
 216  [ impropers ]
 217     -C    CA     N     H
 218     CA    +N     C     O
 219
 220 [ SER ]
 221  [ atoms ]
 222      N    N           -0.41570     1
 223      H    H            0.27190     2
 224     CA    CT          -0.02490     3
 225     HA    H1           0.08430     4
 226     CB    CT           0.21170     5
 227    HB1    H1           0.03520     6
 228    HB2    H1           0.03520     7
 229     OG    OH          -0.65460     8
 230     HG    HO           0.42750     9
 231      C    C            0.59730    10
 232      O    O           -0.56790    11
 233  [ bonds ]
 234      N     H
 235      N    CA
 236     CA    HA
 237     CA    CB
 238     CA     C
 239     CB   HB1
 240     CB   HB2
 241     CB    OG
 242     OG    HG
 243      C     O
 244     -C     N
 245  [ impropers ]
 246     -C    CA     N     H
 247     CA    +N     C     O
 248
 249 [ THR ]
 250  [ atoms ]
 251      N    N           -0.41570     1
 252      H    H            0.27190     2
 253     CA    CT          -0.03890     3
 254     HA    H1           0.10070     4
 255     CB    CT           0.36540     5
 256     HB    H1           0.00430     6
 257    CG2    CT          -0.24380     7
 258   HG21    HC           0.06420     8
 259   HG22    HC           0.06420     9
 260   HG23    HC           0.06420    10
 261    OG1    OH          -0.67610    11
 262    HG1    HO           0.41020    12
 263      C    C            0.59730    13
 264      O    O           -0.56790    14
 265  [ bonds ]
 266      N     H
 267      N    CA
 268     CA    HA
 269     CA    CB
 270     CA     C
 271     CB    HB
 272     CB   CG2
 273     CB   OG1
 274    CG2  HG21
 275    CG2  HG22
 276    CG2  HG23
 277    OG1   HG1
 278      C     O
 279     -C     N
 280  [ impropers ]
 281     -C    CA     N     H
 282     CA    +N     C     O
 283
 284 [ LEU ]
 285  [ atoms ]
 286      N    N           -0.41570     1
 287      H    H            0.27190     2
 288     CA    CT          -0.05180     3
 289     HA    H1           0.09220     4
 290     CB    CT          -0.11020     5
 291    HB1    HC           0.04570     6
 292    HB2    HC           0.04570     7
 293     CG    CT           0.35310     8
 294     HG    HC          -0.03610     9
 295    CD1    CT          -0.41210    10
 296   HD11    HC           0.10000    11
 297   HD12    HC           0.10000    12
 298   HD13    HC           0.10000    13
 299    CD2    CT          -0.41210    14
 300   HD21    HC           0.10000    15
 301   HD22    HC           0.10000    16
 302   HD23    HC           0.10000    17
 303      C    C            0.59730    18
 304      O    O           -0.56790    19
 305  [ bonds ]
 306      N     H
 307      N    CA
 308     CA    HA
 309     CA    CB
 310     CA     C
 311     CB   HB1
 312     CB   HB2
 313     CB    CG
 314     CG    HG
 315     CG   CD1
 316     CG   CD2
 317    CD1  HD11
 318    CD1  HD12
 319    CD1  HD13
 320    CD2  HD21
 321    CD2  HD22
 322    CD2  HD23
 323      C     O
 324     -C     N
 325  [ dihedrals ]
 326      C    CA    CB    CG        torsion_LEU_C_CA_CB_CG_mult1
 327      C    CA    CB    CG        torsion_LEU_C_CA_CB_CG_mult2
 328      C    CA    CB    CG        torsion_LEU_C_CA_CB_CG_mult3
 329  [ impropers ]
 330     -C    CA     N     H
 331     CA    +N     C     O
 332
 333 [ ILE ]
 334  [ atoms ]
 335      N    N           -0.41570     1
 336      H    H            0.27190     2
 337     CA    CT          -0.05970     3
 338     HA    H1           0.08690     4
 339     CB    CT           0.13030     5
 340     HB    HC           0.01870     6
 341    CG2    CT          -0.32040     7
 342   HG21    HC           0.08820     8
 343   HG22    HC           0.08820     9
 344   HG23    HC           0.08820    10
 345    CG1    CT          -0.04300    11
 346   HG11    HC           0.02360    12
 347   HG12    HC           0.02360    13
 348     CD    CT          -0.06600    14
 349    HD1    HC           0.01860    15
 350    HD2    HC           0.01860    16
 351    HD3    HC           0.01860    17
 352      C    C            0.59730    18
 353      O    O           -0.56790    19
 354  [ bonds ]
 355      N     H
 356      N    CA
 357     CA    HA
 358     CA    CB
 359     CA     C
 360     CB    HB
 361     CB   CG2
 362     CB   CG1
 363    CG2  HG21
 364    CG2  HG22
 365    CG2  HG23
 366    CG1  HG11
 367    CG1  HG12
 368    CG1    CD
 369     CD   HD1
 370     CD   HD2
 371     CD   HD3
 372      C     O
 373     -C     N
 374  [ dihedrals ]
 375      N    CA    CB   CG2        torsion_ILE_N_CA_CB_CG2_mult1
 376      N    CA    CB   CG2        torsion_ILE_N_CA_CB_CG2_mult2
 377  [ impropers ]
 378     -C    CA     N     H
 379     CA    +N     C     O
 380
 381 [ VAL ]
 382  [ atoms ]
 383      N    N           -0.41570     1
 384      H    H            0.27190     2
 385     CA    CT          -0.08750     3
 386     HA    H1           0.09690     4
 387     CB    CT           0.29850     5
 388     HB    HC          -0.02970     6
 389    CG1    CT          -0.31920     7
 390   HG11    HC           0.07910     8
 391   HG12    HC           0.07910     9
 392   HG13    HC           0.07910    10
 393    CG2    CT          -0.31920    11
 394   HG21    HC           0.07910    12
 395   HG22    HC           0.07910    13
 396   HG23    HC           0.07910    14
 397      C    C            0.59730    15
 398      O    O           -0.56790    16
 399  [ bonds ]
 400      N     H
 401      N    CA
 402     CA    HA
 403     CA    CB
 404     CA     C
 405     CB    HB
 406     CB   CG1
 407     CB   CG2
 408    CG1  HG11
 409    CG1  HG12
 410    CG1  HG13
 411    CG2  HG21
 412    CG2  HG22
 413    CG2  HG23
 414      C     O
 415     -C     N
 416  [ impropers ]
 417     -C    CA     N     H
 418     CA    +N     C     O
 419
 420 [ ASN ]
 421  [ atoms ]
 422      N    N           -0.41570     1
 423      H    H            0.27190     2
 424     CA    CT           0.01430     3
 425     HA    H1           0.10480     4
 426     CB    CT          -0.20410     5
 427    HB1    HC           0.07970     6
 428    HB2    HC           0.07970     7
 429     CG    C            0.71300     8
 430    OD1    O           -0.59310     9
 431    ND2    N           -0.91910    10
 432   HD21    H            0.41960    11
 433   HD22    H            0.41960    12
 434      C    C            0.59730    13
 435      O    O           -0.56790    14
 436  [ bonds ]
 437      N     H
 438      N    CA
 439     CA    HA
 440     CA    CB
 441     CA     C
 442     CB   HB1
 443     CB   HB2
 444     CB    CG
 445     CG   OD1
 446     CG   ND2
 447    ND2  HD21
 448    ND2  HD22
 449      C     O
 450     -C     N
 451  [ dihedrals ]
 452      C    CA    CB    CG        torsion_ASN_C_CA_CB_CG_mult1
 453      C    CA    CB    CG        torsion_ASN_C_CA_CB_CG_mult2
 454      C    CA    CB    CG        torsion_ASN_C_CA_CB_CG_mult3
 455      C    CA    CB    CG        torsion_ASN_C_CA_CB_CG_mult4
 456      C    CA    CB    CG        torsion_ASN_C_CA_CB_CG_mult5
 457      C    CA    CB    CG        torsion_ASN_C_CA_CB_CG_mult6
 458     CA    CB    CG   ND2        torsion_ASN_CA_CB_CG_ND2_mult1
 459     CA    CB    CG   ND2        torsion_ASN_CA_CB_CG_ND2_mult2
 460     CA    CB    CG   ND2        torsion_ASN_CA_CB_CG_ND2_mult3
 461     CA    CB    CG   ND2        torsion_ASN_CA_CB_CG_ND2_mult4
 462     CA    CB    CG   ND2        torsion_ASN_CA_CB_CG_ND2_mult5
 463     CA    CB    CG   ND2        torsion_ASN_CA_CB_CG_ND2_mult6
 464  [ impropers ]
 465     -C    CA     N     H
 466     CA    +N     C     O
 467     CB   ND2    CG   OD1
 468     CG  HD21   ND2  HD22
 469
 470 [ GLN ]
 471  [ atoms ]
 472      N    N           -0.41570     1
 473      H    H            0.27190     2
 474     CA    CT          -0.00310     3
 475     HA    H1           0.08500     4
 476     CB    CT          -0.00360     5
 477    HB1    HC           0.01710     6
 478    HB2    HC           0.01710     7
 479     CG    CT          -0.06450     8
 480    HG1    HC           0.03520     9
 481    HG2    HC           0.03520    10
 482     CD    C            0.69510    11
 483    OE1    O           -0.60860    12
 484    NE2    N           -0.94070    13
 485   HE21    H            0.42510    14
 486   HE22    H            0.42510    15
 487      C    C            0.59730    16
 488      O    O           -0.56790    17
 489  [ bonds ]
 490      N     H
 491      N    CA
 492     CA    HA
 493     CA    CB
 494     CA     C
 495     CB   HB1
 496     CB   HB2
 497     CB    CG
 498     CG   HG1
 499     CG   HG2
 500     CG    CD
 501     CD   OE1
 502     CD   NE2
 503    NE2  HE21
 504    NE2  HE22
 505      C     O
 506     -C     N
 507  [ impropers ]
 508     -C    CA     N     H
 509     CA    +N     C     O
 510     CG   NE2    CD   OE1
 511     CD  HE21   NE2  HE22
 512
 513 [ ARG ]
 514  [ atoms ]
 515      N    N           -0.34790     1
 516      H    H            0.27470     2
 517     CA    CT          -0.26370     3
 518     HA    H1           0.15600     4
 519     CB    CT          -0.00070     5
 520    HB1    HC           0.03270     6
 521    HB2    HC           0.03270     7
 522     CG    CT           0.03900     8
 523    HG1    HC           0.02850     9
 524    HG2    HC           0.02850    10
 525     CD    CT           0.04860    11
 526    HD1    H1           0.06870    12
 527    HD2    H1           0.06870    13
 528     NE    N2          -0.52950    14
 529     HE    H            0.34560    15
 530     CZ    CA           0.80760    16
 531    NH1    N2          -0.86270    17
 532   HH11    H            0.44780    18
 533   HH12    H            0.44780    19
 534    NH2    N2          -0.86270    20
 535   HH21    H            0.44780    21
 536   HH22    H            0.44780    22
 537      C    C            0.73410    23
 538      O    O           -0.58940    24
 539  [ bonds ]
 540      N     H
 541      N    CA
 542     CA    HA
 543     CA    CB
 544     CA     C
 545     CB   HB1
 546     CB   HB2
 547     CB    CG
 548     CG   HG1
 549     CG   HG2
 550     CG    CD
 551     CD   HD1
 552     CD   HD2
 553     CD    NE
 554     NE    HE
 555     NE    CZ
 556     CZ   NH1
 557     CZ   NH2
 558    NH1  HH11
 559    NH1  HH12
 560    NH2  HH21
 561    NH2  HH22
 562      C     O
 563     -C     N
 564  [ impropers ]
 565     -C    CA     N     H
 566     CA    +N     C     O
 567     NE   NH1    CZ   NH2
 568     CD    CZ    NE    HE
 569     CZ  HH11   NH1  HH12
 570     CZ  HH21   NH2  HH22
 571
 572 [ HID ]
 573  [ atoms ]
 574      N    N           -0.41570     1
 575      H    H            0.27190     2
 576     CA    CT           0.01880     3
 577     HA    H1           0.08810     4
 578     CB    CT          -0.04620     5
 579    HB1    HC           0.04020     6
 580    HB2    HC           0.04020     7
 581     CG    CC          -0.02660     8
 582    ND1    NA          -0.38110     9
 583    HD1    H            0.36490    10
 584    CE1    CR           0.20570    11
 585    HE1    H5           0.13920    12
 586    NE2    NB          -0.57270    13
 587    CD2    CV           0.12920    14
 588    HD2    H4           0.11470    15
 589      C    C            0.59730    16
 590      O    O           -0.56790    17
 591  [ bonds ]
 592      N     H
 593      N    CA
 594     CA    HA
 595     CA    CB
 596     CA     C
 597     CB   HB1
 598     CB   HB2
 599     CB    CG
 600     CG   ND1
 601     CG   CD2
 602    ND1   HD1
 603    ND1   CE1
 604    CE1   HE1
 605    CE1   NE2
 606    NE2   CD2
 607    CD2   HD2
 608      C     O
 609     -C     N
 610  [ impropers ]
 611     -C    CA     N     H
 612     CA    +N     C     O
 613     CG   CE1   ND1   HD1
 614     CG   NE2   CD2   HD2
 615    ND1   NE2   CE1   HE1
 616    ND1   CD2    CG    CB
 617
 618 [ HIE ]
 619  [ atoms ]
 620      N    N           -0.41570     1
 621      H    H            0.27190     2
 622     CA    CT          -0.05810     3
 623     HA    H1           0.13600     4
 624     CB    CT          -0.00740     5
 625    HB1    HC           0.03670     6
 626    HB2    HC           0.03670     7
 627     CG    CC           0.18680     8
 628    ND1    NB          -0.54320     9
 629    CE1    CR           0.16350    10
 630    HE1    H5           0.14350    11
 631    NE2    NA          -0.27950    12
 632    HE2    H            0.33390    13
 633    CD2    CW          -0.22070    14
 634    HD2    H4           0.18620    15
 635      C    C            0.59730    16
 636      O    O           -0.56790    17
 637  [ bonds ]
 638      N     H
 639      N    CA
 640     CA    HA
 641     CA    CB
 642     CA     C
 643     CB   HB2
 644     CB   HB1
 645     CB    CG
 646     CG   ND1
 647     CG   CD2
 648    ND1   CE1
 649    CE1   HE1
 650    CE1   NE2
 651    NE2   HE2
 652    NE2   CD2
 653    CD2   HD2
 654      C     O
 655     -C     N
 656  [ impropers ]
 657     -C    CA     N     H
 658     CA    +N     C     O
 659    CE1   CD2   NE2   HE2
 660     CG   NE2   CD2   HD2
 661    ND1   NE2   CE1   HE1
 662    ND1   CD2    CG    CB
 663
 664 [ HIP ]
 665  [ atoms ]
 666      N    N           -0.34790     1
 667      H    H            0.27470     2
 668     CA    CT          -0.13540     3
 669     HA    H1           0.12120     4
 670     CB    CT          -0.04140     5
 671    HB1    HC           0.08100     6
 672    HB2    HC           0.08100     7
 673     CG    CC          -0.00120     8
 674    ND1    NA          -0.15130     9
 675    HD1    H            0.38660    10
 676    CE1    CR          -0.01700    11
 677    HE1    H5           0.26810    12
 678    NE2    NA          -0.17180    13
 679    HE2    H            0.39110    14
 680    CD2    CW          -0.11410    15
 681    HD2    H4           0.23170    16
 682      C    C            0.73410    17
 683      O    O           -0.58940    18
 684  [ bonds ]
 685      N     H
 686      N    CA
 687     CA    HA
 688     CA    CB
 689     CA     C
 690     CB   HB1
 691     CB   HB2
 692     CB    CG
 693     CG   ND1
 694     CG   CD2
 695    ND1   HD1
 696    ND1   CE1
 697    CE1   HE1
 698    CE1   NE2
 699    NE2   HE2
 700    NE2   CD2
 701    CD2   HD2
 702      C     O
 703     -C     N
 704  [ impropers ]
 705     -C    CA     N     H
 706     CA    +N     C     O
 707     CG   CE1   ND1   HD1
 708    CE1   CD2   NE2   HE2
 709     CG   NE2   CD2   HD2
 710    ND1   NE2   CE1   HE1
 711    ND1   CD2    CG    CB
 712
 713 [ TRP ]
 714  [ atoms ]
 715      N    N           -0.41570     1
 716      H    H            0.27190     2
 717     CA    CT          -0.02750     3
 718     HA    H1           0.11230     4
 719     CB    CT          -0.00500     5
 720    HB1    HC           0.03390     6
 721    HB2    HC           0.03390     7
 722     CG    C*          -0.14150     8
 723    CD1    CW          -0.16380     9
 724    HD1    H4           0.20620    10
 725    NE1    NA          -0.34180    11
 726    HE1    H            0.34120    12
 727    CE2    CN           0.13800    13
 728    CZ2    CA          -0.26010    14
 729    HZ2    HA           0.15720    15
 730    CH2    CA          -0.11340    16
 731    HH2    HA           0.14170    17
 732    CZ3    CA          -0.19720    18
 733    HZ3    HA           0.14470    19
 734    CE3    CA          -0.23870    20
 735    HE3    HA           0.17000    21
 736    CD2    CB           0.12430    22
 737      C    C            0.59730    23
 738      O    O           -0.56790    24
 739  [ bonds ]
 740      N     H
 741      N    CA
 742     CA    HA
 743     CA    CB
 744     CA     C
 745     CB   HB1
 746     CB   HB2
 747     CB    CG
 748     CG   CD1
 749     CG   CD2
 750    CD1   HD1
 751    CD1   NE1
 752    NE1   HE1
 753    NE1   CE2
 754    CE2   CZ2
 755    CE2   CD2
 756    CZ2   HZ2
 757    CZ2   CH2
 758    CH2   HH2
 759    CH2   CZ3
 760    CZ3   HZ3
 761    CZ3   CE3
 762    CE3   HE3
 763    CE3   CD2
 764      C     O
 765     -C     N
 766  [ impropers ]
 767     -C    CA     N     H
 768     CA    +N     C     O
 769    CD1   CE2   NE1   HE1
 770    CE2   CH2   CZ2   HZ2
 771    CZ2   CZ3   CH2   HH2
 772    CH2   CE3   CZ3   HZ3
 773    CZ3   CD2   CE3   HE3
 774     CG   NE1   CD1   HD1
 775    CD1    CG    CB   CD2
 776
 777 [ PHE ]
 778  [ atoms ]
 779      N    N           -0.41570     1
 780      H    H            0.27190     2
 781     CA    CT          -0.00240     3
 782     HA    H1           0.09780     4
 783     CB    CT          -0.03430     5
 784    HB1    HC           0.02950     6
 785    HB2    HC           0.02950     7
 786     CG    CA           0.01180     8
 787    CD1    CA          -0.12560     9
 788    HD1    HA           0.13300    10
 789    CE1    CA          -0.17040    11
 790    HE1    HA           0.14300    12
 791     CZ    CA          -0.10720    13
 792     HZ    HA           0.12970    14
 793    CE2    CA          -0.17040    15
 794    HE2    HA           0.14300    16
 795    CD2    CA          -0.12560    17
 796    HD2    HA           0.13300    18
 797      C    C            0.59730    19
 798      O    O           -0.56790    20
 799  [ bonds ]
 800      N     H
 801      N    CA
 802     CA    HA
 803     CA    CB
 804     CA     C
 805     CB   HB1
 806     CB   HB2
 807     CB    CG
 808     CG   CD1
 809     CG   CD2
 810    CD1   HD1
 811    CD1   CE1
 812    CE1   HE1
 813    CE1    CZ
 814     CZ    HZ
 815     CZ   CE2
 816    CE2   HE2
 817    CE2   CD2
 818    CD2   HD2
 819      C     O
 820     -C     N
 821  [ impropers ]
 822     -C    CA     N     H
 823     CA    +N     C     O
 824     CG   CE2   CD2   HD2
 825     CZ   CD2   CE2   HE2
 826    CE1   CE2    CZ    HZ
 827    CD1    CZ   CE1   HE1
 828     CG   CE1   CD1   HD1
 829    CD1   CD2    CG    CB
 830
 831 [ TYR ]
 832  [ atoms ]
 833      N    N           -0.41570     1
 834      H    H            0.27190     2
 835     CA    CT          -0.00140     3
 836     HA    H1           0.08760     4
 837     CB    CT          -0.01520     5
 838    HB1    HC           0.02950     6
 839    HB2    HC           0.02950     7
 840     CG    CA          -0.00110     8
 841    CD1    CA          -0.19060     9
 842    HD1    HA           0.16990    10
 843    CE1    CA          -0.23410    11
 844    HE1    HA           0.16560    12
 845     CZ    C            0.32260    13
 846     OH    OH          -0.55790    14
 847     HH    HO           0.39920    15
 848    CE2    CA          -0.23410    16
 849    HE2    HA           0.16560    17
 850    CD2    CA          -0.19060    18
 851    HD2    HA           0.16990    19
 852      C    C            0.59730    20
 853      O    O           -0.56790    21
 854  [ bonds ]
 855      N     H
 856      N    CA
 857     CA    HA
 858     CA    CB
 859     CA     C
 860     CB   HB1
 861     CB   HB2
 862     CB    CG
 863     CG   CD1
 864     CG   CD2
 865    CD1   HD1
 866    CD1   CE1
 867    CE1   HE1
 868    CE1    CZ
 869     CZ    OH
 870     CZ   CE2
 871     OH    HH
 872    CE2   HE2
 873    CE2   CD2
 874    CD2   HD2
 875      C     O
 876     -C     N
 877  [ impropers ]
 878     -C    CA     N     H
 879     CA    +N     C     O
 880     CG   CE2   CD2   HD2
 881     CZ   CD2   CE2   HE2
 882    CD1    CZ   CE1   HE1
 883     CG   CE1   CD1   HD1
 884    CD1   CD2    CG    CB
 885    CE1   CE2    CZ    OH
 886
 887 [ GLU ]
 888  [ atoms ]
 889      N    N           -0.51630     1
 890      H    H            0.29360     2
 891     CA    CT           0.03970     3
 892     HA    H1           0.11050     4
 893     CB    CT           0.05600     5
 894    HB1    HC          -0.01730     6
 895    HB2    HC          -0.01730     7
 896     CG    CT           0.01360     8
 897    HG1    HC          -0.04250     9
 898    HG2    HC          -0.04250    10
 899     CD    C            0.80540    11
 900    OE1    O2          -0.81880    12
 901    OE2    O2          -0.81880    13
 902      C    C            0.53660    14
 903      O    O           -0.58190    15
 904  [ bonds ]
 905      N     H
 906      N    CA
 907     CA    HA
 908     CA    CB
 909     CA     C
 910     CB   HB1
 911     CB   HB2
 912     CB    CG
 913     CG   HG1
 914     CG   HG2
 915     CG    CD
 916     CD   OE1
 917     CD   OE2
 918      C     O
 919     -C     N
 920  [ impropers ]
 921     -C    CA     N     H
 922     CA    +N     C     O
 923     CG   OE1    CD   OE2
 924
 925 [ ASP ]
 926  [ atoms ]
 927      N    N           -0.51630     1
 928      H    H            0.29360     2
 929     CA    CT           0.03810     3
 930     HA    H1           0.08800     4
 931     CB    CT          -0.03030     5
 932    HB1    HC          -0.01220     6
 933    HB2    HC          -0.01220     7
 934     CG    C            0.79940     8
 935    OD1    O2          -0.80140     9
 936    OD2    O2          -0.80140    10
 937      C    C            0.53660    11
 938      O    O           -0.58190    12
 939  [ bonds ]
 940      N     H
 941      N    CA
 942     CA    HA
 943     CA    CB
 944     CA     C
 945     CB   HB1
 946     CB   HB2
 947     CB    CG
 948     CG   OD1
 949     CG   OD2
 950      C     O
 951     -C     N
 952  [ dihedrals ]
 953      N    CA    CB    CG        torsion_ASP_N_CA_CB_CG_mult1
 954      N    CA    CB    CG        torsion_ASP_N_CA_CB_CG_mult2
 955      N    CA    CB    CG        torsion_ASP_N_CA_CB_CG_mult3
 956      N    CA    CB    CG        torsion_ASP_N_CA_CB_CG_mult4
 957      N    CA    CB    CG        torsion_ASP_N_CA_CB_CG_mult5
 958      N    CA    CB    CG        torsion_ASP_N_CA_CB_CG_mult6
 959     CA    CB    CG   OD1        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult1
 960     CA    CB    CG   OD1        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult2
 961     CA    CB    CG   OD1        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult3
 962     CA    CB    CG   OD1        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult4
 963     CA    CB    CG   OD1        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult5
 964     CA    CB    CG   OD1        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult6
 965     CA    CB    CG   OD2        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult1
 966     CA    CB    CG   OD2        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult2
 967     CA    CB    CG   OD2        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult3
 968     CA    CB    CG   OD2        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult4
 969     CA    CB    CG   OD2        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult5
 970     CA    CB    CG   OD2        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult6
 971  [ impropers ]
 972     -C    CA     N     H
 973     CA    +N     C     O
 974     CB   OD1    CG   OD2
 975
 976 [ LYS ]
 977  [ atoms ]
 978      N    N           -0.34790     1
 979      H    H            0.27470     2
 980     CA    CT          -0.24000     3
 981     HA    H1           0.14260     4
 982     CB    CT          -0.00940     5
 983    HB1    HC           0.03620     6
 984    HB2    HC           0.03620     7
 985     CG    CT           0.01870     8
 986    HG1    HC           0.01030     9
 987    HG2    HC           0.01030    10
 988     CD    CT          -0.04790    11
 989    HD1    HC           0.06210    12
 990    HD2    HC           0.06210    13
 991     CE    CT          -0.01430    14
 992    HE1    HP           0.11350    15
 993    HE2    HP           0.11350    16
 994     NZ    N3          -0.38540    17
 995    HZ1    H            0.34000    18
 996    HZ2    H            0.34000    19
 997    HZ3    H            0.34000    20
 998      C    C            0.73410    21
 999      O    O           -0.58940    22
1000  [ bonds ]
1001      N     H
1002      N    CA
1003     CA    HA
1004     CA    CB
1005     CA     C
1006     CB   HB1
1007     CB   HB2
1008     CB    CG
1009     CG   HG1
1010     CG   HG2
1011     CG    CD
1012     CD   HD1
1013     CD   HD2
1014     CD    CE
1015     CE   HE1
1016     CE   HE2
1017     CE    NZ
1018     NZ   HZ1
1019     NZ   HZ2
1020     NZ   HZ3
1021      C     O
1022     -C     N
1023  [ impropers ]
1024     -C    CA     N     H
1025     CA    +N     C     O
1026
1027 [ ORN ] ; charges taken from amber99.prm of tinker 4.0
1028  [ atoms ]
1029      N    N           -0.34790     1
1030      H    H            0.27470     2
1031     CA    CT          -0.24000     3
1032     HA    H1           0.14260     4
1033     CB    CT           0.00990     5
1034    HB1    HC           0.03620     6
1035    HB2    HC           0.03620     7
1036     CG    CT          -0.02790     8
1037    HG1    HC           0.06210     9
1038    HG2    HC           0.06210    10
1039     CD    CT          -0.01430    11
1040    HD1    HP           0.11350    12
1041    HD2    HP           0.11350    13
1042     NE    N3          -0.38540    14
1043    HE1    H            0.34000    15
1044    HE2    H            0.34000    16
1045    HE3    H            0.34000    17
1046      C    C            0.73410    18
1047      O    O           -0.58940    19
1048  [ bonds ]
1049      N     H
1050      N    CA
1051     CA    HA
1052     CA    CB
1053     CA     C
1054     CB   HB1
1055     CB   HB2
1056     CB    CG
1057     CG   HG1
1058     CG   HG2
1059     CG    CD
1060     CD   HD1
1061     CD   HD2
1062     CD    NE
1063     NE   HE1
1064     NE   HE2
1065     NE   HE3
1066      C     O
1067     -C     N
1068  [ impropers ]
1069     -C    CA     N     H
1070     CA    +N     C     O
1071
1072 [ DAB ] ; sidechain charges fit to maintain heavy atom charge group trend LYS -> ORN -> DAB
1073  [ atoms ]
1074      N    N           -0.34790     1
1075      H    H            0.27470     2
1076     CA    CT          -0.24000     3
1077     HA    H1           0.14260     4
1078     CB    CT           0.02920     5
1079    HB1    HC           0.07470     6
1080    HB2    HC           0.07470     7
1081     CG    CT          -0.01430     8
1082    HG1    HP           0.11350     9
1083    HG2    HP           0.11350    10
1084     ND    N3          -0.38540    11
1085    HD1    H            0.34000    12
1086    HD2    H            0.34000    13
1087    HD3    H            0.34000    14
1088      C    C            0.73410    15
1089      O    O           -0.58940    16
1090  [ bonds ]
1091      N     H
1092      N    CA
1093     CA    HA
1094     CA    CB
1095     CA     C
1096     CB   HB1
1097     CB   HB2
1098     CB    CG
1099     CG   HG1
1100     CG   HG2
1101     CG    ND
1102     ND   HD1
1103     ND   HD2
1104     ND   HD3
1105      C     O
1106     -C     N
1107  [ impropers ]
1108     -C    CA     N     H
1109     CA    +N     C     O
1110
1111 [ LYN ]
1112  [ atoms ]
1113      N    N           -0.41570     1
1114      H    H            0.27190     2
1115     CA    CT          -0.07206     3
1116     HA    H1           0.09940     4
1117     CB    CT          -0.04845     5
1118    HB1    HC           0.03400     6
1119    HB2    HC           0.03400     7
1120     CG    CT           0.06612     8
1121    HG1    HC           0.01041     9
1122    HG2    HC           0.01041    10
1123     CD    CT          -0.03768    11
1124    HD1    HC           0.01155    12
1125    HD2    HC           0.01155    13
1126     CE    CT           0.32604    14
1127    HE1    HP          -0.03358    15
1128    HE2    HP          -0.03358    16
1129     NZ    N3          -1.03581    17
1130    HZ1    H            0.38604    18
1131    HZ2    H            0.38604    19
1132      C    C            0.59730    20
1133      O    O           -0.56790    21
1134  [ bonds ]
1135      N     H
1136      N    CA
1137     CA    HA
1138     CA    CB
1139     CA     C
1140     CB   HB1
1141     CB   HB2
1142     CB    CG
1143     CG   HG1
1144     CG   HG2
1145     CG    CD
1146     CD   HD1
1147     CD   HD2
1148     CD    CE
1149     CE   HE1
1150     CE   HE2
1151     CE    NZ
1152     NZ   HZ1
1153     NZ   HZ2
1154      C     O
1155     -C     N
1156  [ impropers ]
1157     -C    CA     N     H
1158     CA    +N     C     O
1159
1160 [ PRO ]
1161  [ atoms ]
1162      N    N           -0.25480     1
1163     CD    CT           0.01920     2
1164    HD1    H1           0.03910     3
1165    HD2    H1           0.03910     4
1166     CG    CT           0.01890     5
1167    HG1    HC           0.02130     6
1168    HG2    HC           0.02130     7
1169     CB    CT          -0.00700     8
1170    HB1    HC           0.02530     9
1171    HB2    HC           0.02530    10
1172     CA    CT          -0.02660    11
1173     HA    H1           0.06410    12
1174      C    C            0.58960    13
1175      O    O           -0.57480    14
1176  [ bonds ]
1177      N    CD
1178      N    CA
1179     CD   HD1
1180     CD   HD2
1181     CD    CG
1182     CG   HG1
1183     CG   HG2
1184     CG    CB
1185     CB   HB1
1186     CB   HB2
1187     CB    CA
1188     CA    HA
1189     CA     C
1190      C     O
1191     -C     N
1192  [ impropers ]
1193     CA    +N     C     O
1194     -C    CD     N    CA
1195
1196 [ HYP ] ; S Park, R J Radmer, T E Klein & V S Pande (submitted).
1197  [ atoms ]
1198      N    N           -0.25480     1
1199    CD2    CT           0.05950     2
1200   HD21    H1           0.07000     3
1201   HD22    H1           0.07000     4
1202     CG    CT           0.04000     5
1203     HG    H1           0.04160     6
1204    OD1    OH          -0.61340     7
1205    HD1    HO           0.38510     8
1206     CB    CT           0.02030     9
1207    HB1    HC           0.04260    10
1208    HB2    HC           0.04260    11
1209     CA    CT           0.00470    12
1210     HA    H1           0.07700    13
1211      C    C            0.58960    14
1212      O    O           -0.57480    15
1213  [ bonds ]
1214      N   CD2
1215      N    CA
1216    CD2  HD21
1217    CD2  HD22
1218    CD2    CG
1219     CG    HG
1220     CG   OD1
1221     CG    CB
1222    OD1   HD1
1223     CB   HB1
1224     CB   HB2
1225     CB    CA
1226     CA    HA
1227     CA     C
1228      C     O
1229     -C     N
1230  [ impropers ]
1231     CA    +N     C     O
1232     -C   CD2     N    CA
1233
1234 [ CYS ]
1235  [ atoms ]
1236      N    N           -0.41570     1
1237      H    H            0.27190     2
1238     CA    CT           0.02130     3
1239     HA    H1           0.11240     4
1240     CB    CT          -0.12310     5
1241    HB1    H1           0.11120     6
1242    HB2    H1           0.11120     7
1243     SG    SH          -0.31190     8
1244     HG    HS           0.19330     9
1245      C    C            0.59730    10
1246      O    O           -0.56790    11
1247  [ bonds ]
1248      N     H
1249      N    CA
1250     CA    HA
1251     CA    CB
1252     CA     C
1253     CB   HB1
1254     CB   HB2
1255     CB    SG
1256     SG    HG
1257      C     O
1258     -C     N
1259  [ impropers ]
1260     -C    CA     N     H
1261     CA    +N     C     O
1262
1263 [ CYM ]
1264  [ atoms ]
1265      N    N           -0.41570     1
1266      H    H            0.27190     2
1267     CA    CT          -0.03510     3
1268     HA    H1           0.05080     4
1269     CB    CT          -0.24130     5
1270    HB1    H1           0.11220     6
1271    HB2    H1           0.11220     7
1272     SG    SH          -0.88440     8
1273      C    C            0.59730     9
1274      O    O           -0.56790    10
1275  [ bonds ]
1276      N     H
1277      N    CA
1278     CA    HA
1279     CA    CB
1280     CA     C
1281     CB   HB1
1282     CB   HB2
1283     CB    SG
1284      C     O
1285     -C     N
1286  [ impropers ]
1287     -C    CA     N     H
1288     CA    +N     C     O
1289
1290 [ CYX ]
1291  [ atoms ]
1292      N    N           -0.41570     1
1293      H    H            0.27190     2
1294     CA    CT           0.04290     3
1295     HA    H1           0.07660     4
1296     CB    CT          -0.07900     5
1297    HB1    H1           0.09100     6
1298    HB2    H1           0.09100     7
1299     SG    S           -0.10810     8
1300      C    C            0.59730     9
1301      O    O           -0.56790    10
1302  [ bonds ]
1303      N     H
1304      N    CA
1305     CA    HA
1306     CA    CB
1307     CA     C
1308     CB   HB1
1309     CB   HB2
1310     CB    SG
1311      C     O
1312     -C     N
1313  [ impropers ]
1314     -C    CA     N     H
1315     CA    +N     C     O
1316
1317 [ MET ]
1318  [ atoms ]
1319      N    N           -0.41570     1
1320      H    H            0.27190     2
1321     CA    CT          -0.02370     3
1322     HA    H1           0.08800     4
1323     CB    CT           0.03420     5
1324    HB1    HC           0.02410     6
1325    HB2    HC           0.02410     7
1326     CG    CT           0.00180     8
1327    HG1    H1           0.04400     9
1328    HG2    H1           0.04400    10
1329     SD    S           -0.27370    11
1330     CE    CT          -0.05360    12
1331    HE1    H1           0.06840    13
1332    HE2    H1           0.06840    14
1333    HE3    H1           0.06840    15
1334      C    C            0.59730    16
1335      O    O           -0.56790    17
1336  [ bonds ]
1337      N     H
1338      N    CA
1339     CA    HA
1340     CA    CB
1341     CA     C
1342     CB   HB1
1343     CB   HB2
1344     CB    CG
1345     CG   HG1
1346     CG   HG2
1347     CG    SD
1348     SD    CE
1349     CE   HE1
1350     CE   HE2
1351     CE   HE3
1352      C     O
1353     -C     N
1354  [ impropers ]
1355     -C    CA     N     H
1356     CA    +N     C     O
1357
1358 ; non-terminal acidic AA's
1359
1360 [ ASH ]
1361  [ atoms ]
1362      N    N           -0.41570     1
1363      H    H            0.27190     2
1364     CA    CT           0.03410     3
1365     HA    H1           0.08640     4
1366     CB    CT          -0.03160     5
1367    HB1    HC           0.04880     6
1368    HB2    HC           0.04880     7
1369     CG    C            0.64620     8
1370    OD1    O           -0.55540     9
1371    OD2    OH          -0.63760    10
1372    HD2    HO           0.47470    11
1373      C    C            0.59730    12
1374      O    O           -0.56790    13
1375  [ bonds ]
1376      N     H
1377      N    CA
1378     CA    HA
1379     CA    CB
1380     CA     C
1381     CB   HB1
1382     CB   HB2
1383     CB    CG
1384     CG   OD1
1385     CG   OD2
1386    OD2   HD2
1387      C     O
1388     -C     N
1389  [ impropers ]
1390     -C    CA     N     H
1391     CA    +N     C     O
1392     CB   OD1    CG   OD2
1393
1394
1395 [ GLH ]
1396  [ atoms ]
1397      N    N           -0.41570     1
1398      H    H            0.27190     2
1399     CA    CT           0.01450     3
1400     HA    H1           0.07790     4
1401     CB    CT          -0.00710     5
1402    HB1    HC           0.02560     6
1403    HB2    HC           0.02560     7
1404     CG    CT          -0.01740     8
1405    HG1    HC           0.04300     9
1406    HG2    HC           0.04300    10
1407     CD    C            0.68010    11
1408    OE1    O           -0.58380    12
1409    OE2    OH          -0.65110    13
1410    HE2    HO           0.46410    14
1411      C    C            0.59730    15
1412      O    O           -0.56790    16
1413  [ bonds ]
1414      N     H
1415      N    CA
1416     CA    HA
1417     CA    CB
1418     CA     C
1419     CB   HB1
1420     CB   HB2
1421     CB    CG
1422     CG   HG1
1423     CG   HG2
1424     CG    CD
1425     CD   OE1
1426     CD   OE2
1427    OE2   HE2
1428      C     O
1429     -C     N
1430  [ impropers ]
1431     -C    CA     N     H
1432     CA    +N     C     O
1433     CG   OE1    CD   OE2
1434
1435 ; C-terminal AA's
1436
1437 [ CALA ]
1438  [ atoms ]
1439      N    N           -0.38210     1
1440      H    H            0.26810     2
1441     CA    CT          -0.17470     3
1442     HA    H1           0.10670     4
1443     CB    CT          -0.20930     5
1444    HB1    HC           0.07640     6
1445    HB2    HC           0.07640     7
1446    HB3    HC           0.07640     8
1447      C    C            0.77310     9
1448    OC1    O2          -0.80550    10
1449    OC2    O2          -0.80550    11
1450  [ bonds ]
1451      N     H
1452      N    CA
1453     CA    HA
1454     CA    CB
1455     CA     C
1456     CB   HB1
1457     CB   HB2
1458     CB   HB3
1459      C   OC1
1460      C   OC2
1461     -C     N
1462  [ impropers ]
1463     -C    CA     N     H
1464     CA   OC1     C   OC2
1465
1466 [ CGLY ]
1467  [ atoms ]
1468      N    N           -0.38210     1
1469      H    H            0.26810     2
1470     CA    CT          -0.24930     3
1471    HA1    H1           0.10560     4
1472    HA2    H1           0.10560     5
1473      C    C            0.72310     6
1474    OC1    O2          -0.78550     7
1475    OC2    O2          -0.78550     8
1476  [ bonds ]
1477      N     H
1478      N    CA
1479     CA   HA1
1480     CA   HA2
1481     CA     C
1482      C   OC1
1483      C   OC2
1484     -C     N
1485  [ impropers ]
1486     -C    CA     N     H
1487     CA   OC1     C   OC2
1488
1489 [ CSER ]
1490  [ atoms ]
1491      N    N           -0.38210     1
1492      H    H            0.26810     2
1493     CA    CT          -0.27220     3
1494     HA    H1           0.13040     4
1495     CB    CT           0.11230     5
1496    HB1    H1           0.08130     6
1497    HB2    H1           0.08130     7
1498     OG    OH          -0.65140     8
1499     HG    HO           0.44740     9
1500      C    C            0.81130    10
1501    OC1    O2          -0.81320    11
1502    OC2    O2          -0.81320    12
1503  [ bonds ]
1504      N     H
1505      N    CA
1506     CA    HA
1507     CA    CB
1508     CA     C
1509     CB   HB1
1510     CB   HB2
1511     CB    OG
1512     OG    HG
1513      C   OC1
1514      C   OC2
1515     -C     N
1516  [ impropers ]
1517     -C    CA     N     H
1518     CA   OC1     C   OC2
1519
1520 [ CTHR ]
1521  [ atoms ]
1522      N    N           -0.38210     1
1523      H    H            0.26810     2
1524     CA    CT          -0.24200     3
1525     HA    H1           0.12070     4
1526     CB    CT           0.30250     5
1527     HB    H1           0.00780     6
1528    CG2    CT          -0.18530     7
1529   HG21    HC           0.05860     8
1530   HG22    HC           0.05860     9
1531   HG23    HC           0.05860    10
1532    OG1    OH          -0.64960    11
1533    HG1    HO           0.41190    12
1534      C    C            0.78100    13
1535    OC1    O2          -0.80440    14
1536    OC2    O2          -0.80440    15
1537  [ bonds ]
1538      N     H
1539      N    CA
1540     CA    HA
1541     CA    CB
1542     CA     C
1543     CB    HB
1544     CB   CG2
1545     CB   OG1
1546    CG2  HG21
1547    CG2  HG22
1548    CG2  HG23
1549    OG1   HG1
1550      C   OC1
1551      C   OC2
1552     -C     N
1553  [ impropers ]
1554     -C    CA     N     H
1555     CA   OC1     C   OC2
1556
1557 [ CLEU ]
1558  [ atoms ]
1559      N    N           -0.38210     1
1560      H    H            0.26810     2
1561     CA    CT          -0.28470     3
1562     HA    H1           0.13460     4
1563     CB    CT          -0.24690     5
1564    HB1    HC           0.09740     6
1565    HB2    HC           0.09740     7
1566     CG    CT           0.37060     8
1567     HG    HC          -0.03740     9
1568    CD1    CT          -0.41630    10
1569   HD11    HC           0.10380    11
1570   HD12    HC           0.10380    12
1571   HD13    HC           0.10380    13
1572    CD2    CT          -0.41630    14
1573   HD21    HC           0.10380    15
1574   HD22    HC           0.10380    16
1575   HD23    HC           0.10380    17
1576      C    C            0.83260    18
1577    OC1    O2          -0.81990    19
1578    OC2    O2          -0.81990    20
1579  [ bonds ]
1580      N     H
1581      N    CA
1582     CA    HA
1583     CA    CB
1584     CA     C
1585     CB   HB1
1586     CB   HB2
1587     CB    CG
1588     CG    HG
1589     CG   CD1
1590     CG   CD2
1591    CD1  HD11
1592    CD1  HD12
1593    CD1  HD13
1594    CD2  HD21
1595    CD2  HD22
1596    CD2  HD23
1597      C   OC1
1598      C   OC2
1599     -C     N
1600  [ dihedrals ]
1601      C    CA    CB    CG        torsion_LEU_C_CA_CB_CG_mult1
1602      C    CA    CB    CG        torsion_LEU_C_CA_CB_CG_mult2
1603      C    CA    CB    CG        torsion_LEU_C_CA_CB_CG_mult3
1604  [ impropers ]
1605     -C    CA     N     H
1606     CA   OC1     C   OC2
1607
1608 [ CILE ]
1609  [ atoms ]
1610      N    N           -0.38210     1
1611      H    H            0.26810     2
1612     CA    CT          -0.31000     3
1613     HA    H1           0.13750     4
1614     CB    CT           0.03630     5
1615     HB    HC           0.07660     6
1616    CG2    CT          -0.34980     7
1617   HG21    HC           0.10210     8
1618   HG22    HC           0.10210     9
1619   HG23    HC           0.10210    10
1620    CG1    CT          -0.03230    11
1621   HG11    HC           0.03210    12
1622   HG12    HC           0.03210    13
1623     CD    CT          -0.06990    14
1624    HD1    HC           0.01960    15
1625    HD2    HC           0.01960    16
1626    HD3    HC           0.01960    17
1627      C    C            0.83430    18
1628    OC1    O2          -0.81900    19
1629    OC2    O2          -0.81900    20
1630  [ bonds ]
1631      N     H
1632      N    CA
1633     CA    HA
1634     CA    CB
1635     CA     C
1636     CB    HB
1637     CB   CG2
1638     CB   CG1
1639    CG2  HG21
1640    CG2  HG22
1641    CG2  HG23
1642    CG1  HG11
1643    CG1  HG12
1644    CG1    CD
1645     CD   HD1
1646     CD   HD2
1647     CD   HD3
1648      C   OC1
1649      C   OC2
1650     -C     N
1651  [ dihedrals ]
1652      N    CA    CB   CG2        torsion_ILE_N_CA_CB_CG2_mult1
1653      B    CA    CB   CG2        torsion_ILE_N_CA_CB_CG2_mult2
1654  [ impropers ]
1655     -C    CA     N     H
1656     CA   OC1     C   OC2
1657
1658 [ CVAL ]
1659  [ atoms ]
1660      N    N           -0.38210     1
1661      H    H            0.26810     2
1662     CA    CT          -0.34380     3
1663     HA    H1           0.14380     4
1664     CB    CT           0.19400     5
1665     HB    HC           0.03080     6
1666    CG1    CT          -0.30640     7
1667   HG11    HC           0.08360     8
1668   HG12    HC           0.08360     9
1669   HG13    HC           0.08360    10
1670    CG2    CT          -0.30640    11
1671   HG21    HC           0.08360    12
1672   HG22    HC           0.08360    13
1673   HG23    HC           0.08360    14
1674      C    C            0.83500    15
1675    OC1    O2          -0.81730    16
1676    OC2    O2          -0.81730    17
1677  [ bonds ]
1678      N     H
1679      N    CA
1680     CA    HA
1681     CA    CB
1682     CA     C
1683     CB    HB
1684     CB   CG1
1685     CB   CG2
1686    CG1  HG11
1687    CG1  HG12
1688    CG1  HG13
1689    CG2  HG21
1690    CG2  HG22
1691    CG2  HG23
1692      C   OC1
1693      C   OC2
1694     -C     N
1695  [ impropers ]
1696     -C    CA     N     H
1697     CA   OC1     C   OC2
1698
1699 [ CASN ]
1700  [ atoms ]
1701      N    N           -0.38210     1
1702      H    H            0.26810     2
1703     CA    CT          -0.20800     3
1704     HA    H1           0.13580     4
1705     CB    CT          -0.22990     5
1706    HB1    HC           0.10230     6
1707    HB2    HC           0.10230     7
1708     CG    C            0.71530     8
1709    OD1    O           -0.60100     9
1710    ND2    N           -0.90840    10
1711   HD21    H            0.41500    11
1712   HD22    H            0.41500    12
1713      C    C            0.80500    13
1714    OC1    O2          -0.81470    14
1715    OC2    O2          -0.81470    15
1716  [ bonds ]
1717      N     H
1718      N    CA
1719     CA    HA
1720     CA    CB
1721     CA     C
1722     CB   HB1
1723     CB   HB2
1724     CB    CG
1725     CG   OD1
1726     CG   ND2
1727    ND2  HD21
1728    ND2  HD22
1729      C   OC1
1730      C   OC2
1731     -C     N
1732  [ dihedrals ]
1733      C    CA    CB    CG        torsion_ASN_C_CA_CB_CG_mult1
1734      C    CA    CB    CG        torsion_ASN_C_CA_CB_CG_mult2
1735      C    CA    CB    CG        torsion_ASN_C_CA_CB_CG_mult3
1736      C    CA    CB    CG        torsion_ASN_C_CA_CB_CG_mult4
1737      C    CA    CB    CG        torsion_ASN_C_CA_CB_CG_mult5
1738      C    CA    CB    CG        torsion_ASN_C_CA_CB_CG_mult6
1739     CA    CB    CG   ND2        torsion_ASN_CA_CB_CG_ND2_mult1
1740     CA    CB    CG   ND2        torsion_ASN_CA_CB_CG_ND2_mult2
1741     CA    CB    CG   ND2        torsion_ASN_CA_CB_CG_ND2_mult3
1742     CA    CB    CG   ND2        torsion_ASN_CA_CB_CG_ND2_mult4
1743     CA    CB    CG   ND2        torsion_ASN_CA_CB_CG_ND2_mult5
1744     CA    CB    CG   ND2        torsion_ASN_CA_CB_CG_ND2_mult6
1745  [ impropers ]
1746     -C    CA     N     H
1747     CA   OC1     C   OC2
1748     CB   ND2    CG   OD1
1749     CG  HD21   ND2  HD22
1750
1751 [ CGLN ]
1752  [ atoms ]
1753      N    N           -0.38210     1
1754      H    H            0.26810     2
1755     CA    CT          -0.22480     3
1756     HA    H1           0.12320     4
1757     CB    CT          -0.06640     5
1758    HB1    HC           0.04520     6
1759    HB2    HC           0.04520     7
1760     CG    CT          -0.02100     8
1761    HG1    HC           0.02030     9
1762    HG2    HC           0.02030    10
1763     CD    C            0.70930    11
1764    OE1    O           -0.60980    12
1765    NE2    N           -0.95740    13
1766   HE21    H            0.43040    14
1767   HE22    H            0.43040    15
1768      C    C            0.77750    16
1769    OC1    O2          -0.80420    17
1770    OC2    O2          -0.80420    18
1771  [ bonds ]
1772      N     H
1773      N    CA
1774     CA    HA
1775     CA    CB
1776     CA     C
1777     CB   HB1
1778     CB   HB2
1779     CB    CG
1780     CG   HG1
1781     CG   HG2
1782     CG    CD
1783     CD   OE1
1784     CD   NE2
1785    NE2  HE21
1786    NE2  HE22
1787      C   OC1
1788      C   OC2
1789     -C     N
1790  [ impropers ]
1791     -C    CA     N     H
1792     CA   OC1     C   OC2
1793     CG   NE2    CD   OE1
1794     CD  HE21   NE2  HE22
1795
1796 [ CARG ]
1797  [ atoms ]
1798      N    N           -0.34810     1
1799      H    H            0.27640     2
1800     CA    CT          -0.30680     3
1801     HA    H1           0.14470     4
1802     CB    CT          -0.03740     5
1803    HB1    HC           0.03710     6
1804    HB2    HC           0.03710     7
1805     CG    CT           0.07440     8
1806    HG1    HC           0.01850     9
1807    HG2    HC           0.01850    10
1808     CD    CT           0.11140    11
1809    HD1    H1           0.04680    12
1810    HD2    H1           0.04680    13
1811     NE    N2          -0.55640    14
1812     HE    H            0.34790    15
1813     CZ    CA           0.83680    16
1814    NH1    N2          -0.87370    17
1815   HH11    H            0.44930    18
1816   HH12    H            0.44930    19
1817    NH2    N2          -0.87370    20
1818   HH21    H            0.44930    21
1819   HH22    H            0.44930    22
1820      C    C            0.85570    23
1821    OC1    O2          -0.82660    24
1822    OC2    O2          -0.82660    25
1823  [ bonds ]
1824      N     H
1825      N    CA
1826     CA    HA
1827     CA    CB
1828     CA     C
1829     CB   HB1
1830     CB   HB2
1831     CB    CG
1832     CG   HG1
1833     CG   HG2
1834     CG    CD
1835     CD   HD1
1836     CD   HD2
1837     CD    NE
1838     NE    HE
1839     NE    CZ
1840     CZ   NH1
1841     CZ   NH2
1842    NH1  HH11
1843    NH1  HH12
1844    NH2  HH21
1845    NH2  HH22
1846      C   OC1
1847      C   OC2
1848     -C     N
1849  [ impropers ]
1850     -C    CA     N     H
1851     CA   OC1     C   OC2
1852     NE   NH1    CZ   NH2
1853     CD    CZ    NE    HE
1854     CZ  HH11   NH1  HH12
1855     CZ  HH21   NH2  HH22
1856
1857 [ CHID ]
1858  [ atoms ]
1859      N    N           -0.38210     1
1860      H    H            0.26810     2
1861     CA    CT          -0.17390     3
1862     HA    H1           0.11000     4
1863     CB    CT          -0.10460     5
1864    HB1    HC           0.05650     6
1865    HB2    HC           0.05650     7
1866     CG    CC           0.02930     8
1867    ND1    NA          -0.38920     9
1868    HD1    H            0.37550    10
1869    CE1    CR           0.19250    11
1870    HE1    H5           0.14180    12
1871    NE2    NB          -0.56290    13
1872    CD2    CV           0.10010    14
1873    HD2    H4           0.12410    15
1874      C    C            0.76150    16
1875    OC1    O2          -0.80160    17
1876    OC2    O2          -0.80160    18
1877  [ bonds ]
1878      N     H
1879      N    CA
1880     CA    HA
1881     CA    CB
1882     CA     C
1883     CB   HB1
1884     CB   HB2
1885     CB    CG
1886     CG   ND1
1887     CG   CD2
1888    ND1   HD1
1889    ND1   CE1
1890    CE1   HE1
1891    CE1   NE2
1892    NE2   CD2
1893    CD2   HD2
1894      C   OC1
1895      C   OC2
1896     -C     N
1897  [ impropers ]
1898     -C    CA     N     H
1899     CA   OC1     C   OC2
1900     CG   CE1   ND1   HD1
1901     CG   NE2   CD2   HD2
1902    ND1   NE2   CE1   HE1
1903    ND1   CD2    CG    CB
1904
1905 [ CHIE ]
1906  [ atoms ]
1907      N    N           -0.38210     1
1908      H    H            0.26810     2
1909     CA    CT          -0.26990     3
1910     HA    H1           0.16500     4
1911     CB    CT          -0.10680     5
1912    HB1    HC           0.06200     6
1913    HB2    HC           0.06200     7
1914     CG    CC           0.27240     8
1915    ND1    NB          -0.55170     9
1916    CE1    CR           0.15580    10
1917    HE1    H5           0.14480    11
1918    NE2    NA          -0.26700    12
1919    HE2    H            0.33190    13
1920    CD2    CW          -0.25880    14
1921    HD2    H4           0.19570    15
1922      C    C            0.79160    16
1923    OC1    O2          -0.80650    17
1924    OC2    O2          -0.80650    18
1925  [ bonds ]
1926      N     H
1927      N    CA
1928     CA    HA
1929     CA    CB
1930     CA     C
1931     CB   HB1
1932     CB   HB2
1933     CB    CG
1934     CG   ND1
1935     CG   CD2
1936    ND1   CE1
1937    CE1   HE1
1938    CE1   NE2
1939    NE2   HE2
1940    NE2   CD2
1941    CD2   HD2
1942      C   OC1
1943      C   OC2
1944     -C     N
1945  [ impropers ]
1946     -C    CA     N     H
1947     CA   OC1     C   OC2
1948    CE1   CD2   NE2   HE2
1949     CG   NE2   CD2   HD2
1950    ND1   NE2   CE1   HE1
1951    ND1   CD2    CG    CB
1952
1953 [ CHIP ]
1954  [ atoms ]
1955      N    N           -0.34810     1
1956      H    H            0.27640     2
1957     CA    CT          -0.14450     3
1958     HA    H1           0.11150     4
1959     CB    CT          -0.08000     5
1960    HB1    HC           0.08680     6
1961    HB2    HC           0.08680     7
1962     CG    CC           0.02980     8
1963    ND1    NA          -0.15010     9
1964    HD1    H            0.38830    10
1965    CE1    CR          -0.02510    11
1966    HE1    H5           0.26940    12
1967    NE2    NA          -0.16830    13
1968    HE2    H            0.39130    14
1969    CD2    CW          -0.12560    15
1970    HD2    H4           0.23360    16
1971      C    C            0.80320    17
1972    OC1    O2          -0.81770    18
1973    OC2    O2          -0.81770    19
1974  [ bonds ]
1975      N     H
1976      N    CA
1977     CA    HA
1978     CA    CB
1979     CA     C
1980     CB   HB1
1981     CB   HB2
1982     CB    CG
1983     CG   ND1
1984     CG   CD2
1985    ND1   HD1
1986    ND1   CE1
1987    CE1   HE1
1988    CE1   NE2
1989    NE2   HE2
1990    NE2   CD2
1991    CD2   HD2
1992      C   OC1
1993      C   OC2
1994     -C     N
1995  [ impropers ]
1996     -C    CA     N     H
1997     CA   OC1     C   OC2
1998     CG   CE1   ND1   HD1
1999    CE1   CD2   NE2   HE2
2000     CG   NE2   CD2   HD2
2001    ND1   NE2   CE1   HE1
2002    ND1   CD2    CG    CB
2003
2004 [ CTRP ]
2005  [ atoms ]
2006      N    N           -0.38210     1
2007      H    H            0.26810     2
2008     CA    CT          -0.20840     3
2009     HA    H1           0.12720     4
2010     CB    CT          -0.07420     5
2011    HB1    HC           0.04970     6
2012    HB2    HC           0.04970     7
2013     CG    C*          -0.07960     8
2014    CD1    CW          -0.18080     9
2015    HD1    H4           0.20430    10
2016    NE1    NA          -0.33160    11
2017    HE1    H            0.34130    12
2018    CE2    CN           0.12220    13
2019    CZ2    CA          -0.25940    14
2020    HZ2    HA           0.15670    15
2021    CH2    CA          -0.10200    16
2022    HH2    HA           0.14010    17
2023    CZ3    CA          -0.22870    18
2024    HZ3    HA           0.15070    19
2025    CE3    CA          -0.18370    20
2026    HE3    HA           0.14910    21
2027    CD2    CB           0.10780    22
2028      C    C            0.76580    23
2029    OC1    O2          -0.80110    24
2030    OC2    O2          -0.80110    25
2031  [ bonds ]
2032      N     H
2033      N    CA
2034     CA    HA
2035     CA    CB
2036     CA     C
2037     CB   HB1
2038     CB   HB2
2039     CB    CG
2040     CG   CD1
2041     CG   CD2
2042    CD1   HD1
2043    CD1   NE1
2044    NE1   HE1
2045    NE1   CE2
2046    CE2   CZ2
2047    CE2   CD2
2048    CZ2   HZ2
2049    CZ2   CH2
2050    CH2   HH2
2051    CH2   CZ3
2052    CZ3   HZ3
2053    CZ3   CE3
2054    CE3   HE3
2055    CE3   CD2
2056      C   OC1
2057      C   OC2
2058     -C     N
2059  [ impropers ]
2060     -C    CA     N     H
2061     CA   OC1     C   OC2
2062    CD1   CE2   NE1   HE1
2063    CE2   CH2   CZ2   HZ2
2064    CZ2   CZ3   CH2   HH2
2065    CH2   CE3   CZ3   HZ3
2066    CZ3   CD2   CE3   HE3
2067     CG   NE1   CD1   HD1
2068    CD1    CG    CB   CD2
2069
2070 [ CPHE ]
2071  [ atoms ]
2072      N    N           -0.38210     1
2073      H    H            0.26810     2
2074     CA    CT          -0.18250     3
2075     HA    H1           0.10980     4
2076     CB    CT          -0.09590     5
2077    HB1    HC           0.04430     6
2078    HB2    HC           0.04430     7
2079     CG    CA           0.05520     8
2080    CD1    CA          -0.13000     9
2081    HD1    HA           0.14080    10
2082    CE1    CA          -0.18470    11
2083    HE1    HA           0.14610    12
2084     CZ    CA          -0.09440    13
2085     HZ    HA           0.12800    14
2086    CE2    CA          -0.18470    15
2087    HE2    HA           0.14610    16
2088    CD2    CA          -0.13000    17
2089    HD2    HA           0.14080    18
2090      C    C            0.76600    19
2091    OC1    O2          -0.80260    20
2092    OC2    O2          -0.80260    21
2093  [ bonds ]
2094      N     H
2095      N    CA
2096     CA    HA
2097     CA    CB
2098     CA     C
2099     CB   HB1
2100     CB   HB2
2101     CB    CG
2102     CG   CD1
2103     CG   CD2
2104    CD1   HD1
2105    CD1   CE1
2106    CE1   HE1
2107    CE1    CZ
2108     CZ    HZ
2109     CZ   CE2
2110    CE2   HE2
2111    CE2   CD2
2112    CD2   HD2
2113      C   OC1
2114      C   OC2
2115     -C     N
2116  [ impropers ]
2117     -C    CA     N     H
2118     CA   OC1     C   OC2
2119     CG   CE2   CD2   HD2
2120     CZ   CD2   CE2   HE2
2121    CE1   CE2    CZ    HZ
2122    CD1    CZ   CE1   HE1
2123     CG   CE1   CD1   HD1
2124    CD1   CD2    CG    CB
2125
2126 [ CTYR ]
2127  [ atoms ]
2128      N    N           -0.38210     1
2129      H    H            0.26810     2
2130     CA    CT          -0.20150     3
2131     HA    H1           0.10920     4
2132     CB    CT          -0.07520     5
2133    HB1    HC           0.04900     6
2134    HB2    HC           0.04900     7
2135     CG    CA           0.02430     8
2136    CD1    CA          -0.19220     9
2137    HD1    HA           0.17800    10
2138    CE1    CA          -0.24580    11
2139    HE1    HA           0.16730    12
2140     CZ    C            0.33950    13
2141     OH    OH          -0.56430    14
2142     HH    HO           0.40170    15
2143    CE2    CA          -0.24580    16
2144    HE2    HA           0.16730    17
2145    CD2    CA          -0.19220    18
2146    HD2    HA           0.17800    19
2147      C    C            0.78170    20
2148    OC1    O2          -0.80700    21
2149    OC2    O2          -0.80700    22
2150  [ bonds ]
2151      N     H
2152      N    CA
2153     CA    HA
2154     CA    CB
2155     CA     C
2156     CB   HB1
2157     CB   HB2
2158     CB    CG
2159     CG   CD1
2160     CG   CD2
2161    CD1   HD1
2162    CD1   CE1
2163    CE1   HE1
2164    CE1    CZ
2165     CZ    OH
2166     CZ   CE2
2167     OH    HH
2168    CE2   HE2
2169    CE2   CD2
2170    CD2   HD2
2171      C   OC1
2172      C   OC2
2173     -C     N
2174  [ impropers ]
2175     -C    CA     N     H
2176     CA   OC1     C   OC2
2177     CG   CE2   CD2   HD2
2178     CZ   CD2   CE2   HE2
2179    CD1    CZ   CE1   HE1
2180     CG   CE1   CD1   HD1
2181    CD1   CD2    CG    CB
2182    CE1   CE2    CZ    OH
2183
2184 [ CGLU ]
2185  [ atoms ]
2186      N    N           -0.51920     1
2187      H    H            0.30550     2
2188     CA    CT          -0.20590     3
2189     HA    H1           0.13990     4
2190     CB    CT           0.00710     5
2191    HB1    HC          -0.00780     6
2192    HB2    HC          -0.00780     7
2193     CG    CT           0.06750     8
2194    HG1    HC          -0.05480     9
2195    HG2    HC          -0.05480    10
2196     CD    C            0.81830    11
2197    OE1    O2          -0.82200    12
2198    OE2    O2          -0.82200    13
2199      C    C            0.74200    14
2200    OC1    O2          -0.79300    15
2201    OC2    O2          -0.79300    16
2202  [ bonds ]
2203      N     H
2204      N    CA
2205     CA    HA
2206     CA    CB
2207     CA     C
2208     CB   HB1
2209     CB   HB2
2210     CB    CG
2211     CG   HG1
2212     CG   HG2
2213     CG    CD
2214     CD   OE1
2215     CD   OE2
2216      C   OC1
2217      C   OC2
2218     -C     N
2219  [ impropers ]
2220     -C    CA     N     H
2221     CA   OC1     C   OC2
2222     CG   OE1    CD   OE2
2223
2224 [ CASP ]
2225  [ atoms ]
2226      N    N           -0.51920     1
2227      H    H            0.30550     2
2228     CA    CT          -0.18170     3
2229     HA    H1           0.10460     4
2230     CB    CT          -0.06770     5
2231    HB1    HC          -0.02120     6
2232    HB2    HC          -0.02120     7
2233     CG    C            0.88510     8
2234    OD1    O2          -0.81620     9
2235    OD2    O2          -0.81620    10
2236      C    C            0.72560    11
2237    OC1    O2          -0.78870    12
2238    OC2    O2          -0.78870    13
2239  [ bonds ]
2240      N     H
2241      N    CA
2242     CA    HA
2243     CA    CB
2244     CA     C
2245     CB   HB1
2246     CB   HB2
2247     CB    CG
2248     CG   OD1
2249     CG   OD2
2250      C   OC1
2251      C   OC2
2252     -C     N
2253  [ dihedrals ]
2254      N    CA    CB    CG        torsion_ASP_N_CA_CB_CG_mult1
2255      N    CA    CB    CG        torsion_ASP_N_CA_CB_CG_mult2
2256      N    CA    CB    CG        torsion_ASP_N_CA_CB_CG_mult3
2257      N    CA    CB    CG        torsion_ASP_N_CA_CB_CG_mult4
2258      N    CA    CB    CG        torsion_ASP_N_CA_CB_CG_mult5
2259      N    CA    CB    CG        torsion_ASP_N_CA_CB_CG_mult6
2260     CA    CB    CG   OD1        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult1
2261     CA    CB    CG   OD1        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult2
2262     CA    CB    CG   OD1        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult3
2263     CA    CB    CG   OD1        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult4
2264     CA    CB    CG   OD1        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult5
2265     CA    CB    CG   OD1        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult6
2266     CA    CB    CG   OD2        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult1
2267     CA    CB    CG   OD2        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult2
2268     CA    CB    CG   OD2        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult3
2269     CA    CB    CG   OD2        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult4
2270     CA    CB    CG   OD2        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult5
2271     CA    CB    CG   OD2        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult6
2272  [ impropers ]
2273     -C    CA     N     H
2274     CA   OC1     C   OC2
2275     CB   OD1    CG   OD2
2276
2277 [ CLYS ]
2278  [ atoms ]
2279      N    N           -0.34810     1
2280      H    H            0.27640     2
2281     CA    CT          -0.29030     3
2282     HA    H1           0.14380     4
2283     CB    CT          -0.05380     5
2284    HB1    HC           0.04820     6
2285    HB2    HC           0.04820     7
2286     CG    CT           0.02270     8
2287    HG1    HC           0.01340     9
2288    HG2    HC           0.01340    10
2289     CD    CT          -0.03920    11
2290    HD1    HC           0.06110    12
2291    HD2    HC           0.06110    13
2292     CE    CT          -0.01760    14
2293    HE1    HP           0.11210    15
2294    HE2    HP           0.11210    16
2295     NZ    N3          -0.37410    17
2296    HZ1    H            0.33740    18
2297    HZ2    H            0.33740    19
2298    HZ3    H            0.33740    20
2299      C    C            0.84880    21
2300    OC1    O2          -0.82520    22
2301    OC2    O2          -0.82520    23
2302  [ bonds ]
2303      N     H
2304      N    CA
2305     CA    HA
2306     CA    CB
2307     CA     C
2308     CB   HB1
2309     CB   HB2
2310     CB    CG
2311     CG   HG1
2312     CG   HG2
2313     CG    CD
2314     CD   HD1
2315     CD   HD2
2316     CD    CE
2317     CE   HE1
2318     CE   HE2
2319     CE    NZ
2320     NZ   HZ1
2321     NZ   HZ2
2322     NZ   HZ3
2323      C   OC1
2324      C   OC2
2325     -C     N
2326  [ impropers ]
2327     -C    CA     N     H
2328     CA   OC1     C   OC2
2329
2330 [ CPRO ]
2331  [ atoms ]
2332      N    N           -0.28020     1
2333     CD    CT           0.04340     2
2334    HD1    H1           0.03310     3
2335    HD2    H1           0.03310     4
2336     CG    CT           0.04660     5
2337    HG1    HC           0.01720     6
2338    HG2    HC           0.01720     7
2339     CB    CT          -0.05430     8
2340    HB1    HC           0.03810     9
2341    HB2    HC           0.03810    10
2342     CA    CT          -0.13360    11
2343     HA    H1           0.07760    12
2344      C    C            0.66310    13
2345    OC1    O2          -0.76970    14
2346    OC2    O2          -0.76970    15
2347  [ bonds ]
2348      N    CD
2349      N    CA
2350     CD   HD1
2351     CD   HD2
2352     CD    CG
2353     CG   HG1
2354     CG   HG2
2355     CG    CB
2356     CB   HB1
2357     CB   HB2
2358     CB    CA
2359     CA    HA
2360     CA     C
2361      C   OC1
2362      C   OC2
2363     -C     N
2364  [ impropers ]
2365     CA   OC1     C   OC2
2366     -C    CD     N    CA
2367
2368 [ CCYS ]
2369  [ atoms ]
2370      N    N           -0.38210     1
2371      H    H            0.26810     2
2372     CA    CT          -0.16350     3
2373     HA    H1           0.13960     4
2374     CB    CT          -0.19960     5
2375    HB1    H1           0.14370     6
2376    HB2    H1           0.14370     7
2377     SG    SH          -0.31020     8
2378     HG    HS           0.20680     9
2379      C    C            0.74970    10
2380    OC1    O2          -0.79810    11
2381    OC2    O2          -0.79810    12
2382  [ bonds ]
2383      N     H
2384      N    CA
2385     CA    HA
2386     CA    CB
2387     CA     C
2388     CB   HB1
2389     CB   HB2
2390     CB    SG
2391     SG    HG
2392      C   OC1
2393      C   OC2
2394     -C     N
2395  [ impropers ]
2396     -C    CA     N     H
2397     CA   OC1     C   OC2
2398
2399 [ CCYX ]
2400  [ atoms ]
2401      N    N           -0.38210     1
2402      H    H            0.26810     2
2403     CA    CT          -0.13180     3
2404     HA    H1           0.09380     4
2405     CB    CT          -0.19430     5
2406    HB1    H1           0.12280     6
2407    HB2    H1           0.12280     7
2408     SG    S           -0.05290     8
2409      C    C            0.76180     9
2410    OC1    O2          -0.80410    10
2411    OC2    O2          -0.80410    11
2412  [ bonds ]
2413      N     H
2414      N    CA
2415     CA    HA
2416     CA    CB
2417     CA     C
2418     CB   HB1
2419     CB   HB2
2420     CB    SG
2421      C   OC1
2422      C   OC2
2423     -C     N
2424  [ impropers ]
2425     -C    CA     N     H
2426     CA   OC1     C   OC2
2427
2428 [ CMET ]
2429  [ atoms ]
2430      N    N           -0.38210     1
2431      H    H            0.26810     2
2432     CA    CT          -0.25970     3
2433     HA    H1           0.12770     4
2434     CB    CT          -0.02360     5
2435    HB1    HC           0.04800     6
2436    HB2    HC           0.04800     7
2437     CG    CT           0.04920     8
2438    HG1    H1           0.03170     9
2439    HG2    H1           0.03170    10
2440     SD    S           -0.26920    11
2441     CE    CT          -0.03760    12
2442    HE1    H1           0.06250    13
2443    HE2    H1           0.06250    14
2444    HE3    H1           0.06250    15
2445      C    C            0.80130    16
2446    OC1    O2          -0.81050    17
2447    OC2    O2          -0.81050    18
2448  [ bonds ]
2449      N     H
2450      N    CA
2451     CA    HA
2452     CA    CB
2453     CA     C
2454     CB   HB1
2455     CB   HB2
2456     CB    CG
2457     CG   HG1
2458     CG   HG2
2459     CG    SD
2460     SD    CE
2461     CE   HE1
2462     CE   HE2
2463     CE   HE3
2464      C   OC1
2465      C   OC2
2466     -C     N
2467  [ impropers ]
2468     -C    CA     N     H
2469     CA   OC1     C   OC2
2470
2471 ; N-terminal AA's
2472
2473 [ NALA ]
2474  [ atoms ]
2475      N    N3           0.14140     1
2476     H1    H            0.19970     2
2477     H2    H            0.19970     3
2478     H3    H            0.19970     4
2479     CA    CT           0.09620     5
2480     HA    HP           0.08890     6
2481     CB    CT          -0.05970     7
2482    HB1    HC           0.03000     8
2483    HB2    HC           0.03000     9
2484    HB3    HC           0.03000    10
2485      C    C            0.61630    11
2486      O    O           -0.57220    12
2487  [ bonds ]
2488      N    H1
2489      N    H2
2490      N    H3
2491      N    CA
2492     CA    HA
2493     CA    CB
2494     CA     C
2495     CB   HB1
2496     CB   HB2
2497     CB   HB3
2498      C     O
2499      C    +N
2500  [ impropers ]
2501     CA    +N     C     O
2502
2503 [ NGLY ]
2504  [ atoms ]
2505      N    N3           0.29430     1
2506     H1    H            0.16420     2
2507     H2    H            0.16420     3
2508     H3    H            0.16420     4
2509     CA    CT          -0.01000     5
2510    HA1    HP           0.08950     6
2511    HA2    HP           0.08950     7
2512      C    C            0.61630     8
2513      O    O           -0.57220     9
2514  [ bonds ]
2515      N    H1
2516      N    H2
2517      N    H3
2518      N    CA
2519     CA   HA1
2520     CA   HA2
2521     CA     C
2522      C     O
2523      C    +N
2524  [ impropers ]
2525     CA    +N     C     O
2526
2527 [ NSER ]
2528  [ atoms ]
2529      N    N3           0.18490     1
2530     H1    H            0.18980     2
2531     H2    H            0.18980     3
2532     H3    H            0.18980     4
2533     CA    CT           0.05670     5
2534     HA    HP           0.07820     6
2535     CB    CT           0.25960     7
2536    HB1    H1           0.02730     8
2537    HB2    H1           0.02730     9
2538     OG    OH          -0.67140    10
2539     HG    HO           0.42390    11
2540      C    C            0.61630    12
2541      O    O           -0.57220    13
2542  [ bonds ]
2543      N    H1
2544      N    H2
2545      N    H3
2546      N    CA
2547     CA    HA
2548     CA    CB
2549     CA     C
2550     CB   HB1
2551     CB   HB2
2552     CB    OG
2553     OG    HG
2554      C     O
2555      C    +N
2556  [ impropers ]
2557     CA    +N     C     O
2558
2559 [ NTHR ]
2560  [ atoms ]
2561      N    N3           0.18120     1
2562     H1    H            0.19340     2
2563     H2    H            0.19340     3
2564     H3    H            0.19340     4
2565     CA    CT           0.00340     5
2566     HA    HP           0.10870     6
2567     CB    CT           0.45140     7
2568     HB    H1          -0.03230     8
2569    CG2    CT          -0.25540     9
2570   HG21    HC           0.06270    10
2571   HG22    HC           0.06270    11
2572   HG23    HC           0.06270    12
2573    OG1    OH          -0.67640    13
2574    HG1    HO           0.40700    14
2575      C    C            0.61630    15
2576      O    O           -0.57220    16
2577  [ bonds ]
2578      N    H1
2579      N    H2
2580      N    H3
2581      N    CA
2582     CA    HA
2583     CA    CB
2584     CA     C
2585     CB    HB
2586     CB   CG2
2587     CB   OG1
2588    CG2  HG21
2589    CG2  HG22
2590    CG2  HG23
2591    OG1   HG1
2592      C     O
2593      C    +N
2594  [ impropers ]
2595     CA    +N     C     O
2596
2597 [ NLEU ]
2598  [ atoms ]
2599      N    N3           0.10100     1
2600     H1    H            0.21480     2
2601     H2    H            0.21480     3
2602     H3    H            0.21480     4
2603     CA    CT           0.01040     5
2604     HA    HP           0.10530     6
2605     CB    CT          -0.02440     7
2606    HB1    HC           0.02560     8
2607    HB2    HC           0.02560     9
2608     CG    CT           0.34210    10
2609     HG    HC          -0.03800    11
2610    CD1    CT          -0.41060    12
2611   HD11    HC           0.09800    13
2612   HD12    HC           0.09800    14
2613   HD13    HC           0.09800    15
2614    CD2    CT          -0.41040    16
2615   HD21    HC           0.09800    17
2616   HD22    HC           0.09800    18
2617   HD23    HC           0.09800    19
2618      C    C            0.61230    20
2619      O    O           -0.57130    21
2620  [ bonds ]
2621      N    H1
2622      N    H2
2623      N    H3
2624      N    CA
2625     CA    HA
2626     CA    CB
2627     CA     C
2628     CB   HB1
2629     CB   HB2
2630     CB    CG
2631     CG    HG
2632     CG   CD1
2633     CG   CD2
2634    CD1  HD11
2635    CD1  HD12
2636    CD1  HD13
2637    CD2  HD21
2638    CD2  HD22
2639    CD2  HD23
2640      C     O
2641      C    +N
2642  [ dihedrals ]
2643      C    CA    CB    CG        torsion_LEU_C_CA_CB_CG_mult1
2644      C    CA    CB    CG        torsion_LEU_C_CA_CB_CG_mult2
2645      C    CA    CB    CG        torsion_LEU_C_CA_CB_CG_mult3
2646  [ impropers ]
2647     CA    +N     C     O
2648
2649 [ NILE ]
2650  [ atoms ]
2651      N    N3           0.03110     1
2652     H1    H            0.23290     2
2653     H2    H            0.23290     3
2654     H3    H            0.23290     4
2655     CA    CT           0.02570     5
2656     HA    HP           0.10310     6
2657     CB    CT           0.18850     7
2658     HB    HC           0.02130     8
2659    CG2    CT          -0.37200     9
2660   HG21    HC           0.09470    10
2661   HG22    HC           0.09470    11
2662   HG23    HC           0.09470    12
2663    CG1    CT          -0.03870    13
2664   HG11    HC           0.02010    14
2665   HG12    HC           0.02010    15
2666     CD    CT          -0.09080    16
2667    HD1    HC           0.02260    17
2668    HD2    HC           0.02260    18
2669    HD3    HC           0.02260    19
2670      C    C            0.61230    20
2671      O    O           -0.57130    21
2672  [ bonds ]
2673      N    H1
2674      N    H2
2675      N    H3
2676      N    CA
2677     CA    HA
2678     CA    CB
2679     CA     C
2680     CB    HB
2681     CB   CG2
2682     CB   CG1
2683    CG2  HG21
2684    CG2  HG22
2685    CG2  HG23
2686    CG1  HG11
2687    CG1  HG12
2688    CG1    CD
2689     CD   HD1
2690     CD   HD2
2691     CD   HD3
2692      C     O
2693      C    +N
2694  [ dihedrals ]
2695      N    CA    CB   CG2        torsion_ILE_N_CA_CB_CG2_mult1
2696      B    CA    CB   CG2        torsion_ILE_N_CA_CB_CG2_mult2
2697  [ impropers ]
2698     CA    +N     C     O
2699
2700 [ NVAL ]
2701  [ atoms ]
2702      N    N3           0.05770     1
2703     H1    H            0.22720     2
2704     H2    H            0.22720     3
2705     H3    H            0.22720     4
2706     CA    CT          -0.00540     5
2707     HA    HP           0.10930     6
2708     CB    CT           0.31960     7
2709     HB    HC          -0.02210     8
2710    CG1    CT          -0.31290     9
2711   HG11    HC           0.07350    10
2712   HG12    HC           0.07350    11
2713   HG13    HC           0.07350    12
2714    CG2    CT          -0.31290    13
2715   HG21    HC           0.07350    14
2716   HG22    HC           0.07350    15
2717   HG23    HC           0.07350    16
2718      C    C            0.61630    17
2719      O    O           -0.57220    18
2720  [ bonds ]
2721      N    H1
2722      N    H2
2723      N    H3
2724      N    CA
2725     CA    HA
2726     CA    CB
2727     CA     C
2728     CB    HB
2729     CB   CG1
2730     CB   CG2
2731    CG1  HG11
2732    CG1  HG12
2733    CG1  HG13
2734    CG2  HG21
2735    CG2  HG22
2736    CG2  HG23
2737      C     O
2738      C    +N
2739  [ impropers ]
2740     CA    +N     C     O
2741
2742 [ NASN ]
2743  [ atoms ]
2744      N    N3           0.18010     1
2745     H1    H            0.19210     2
2746     H2    H            0.19210     3
2747     H3    H            0.19210     4
2748     CA    CT           0.03680     5
2749     HA    HP           0.12310     6
2750     CB    CT          -0.02830     7
2751    HB1    HC           0.05150     8
2752    HB2    HC           0.05150     9
2753     CG    C            0.58330    10
2754    OD1    O           -0.57440    11
2755    ND2    N           -0.86340    12
2756   HD21    H            0.40970    13
2757   HD22    H            0.40970    14
2758      C    C            0.61630    15
2759      O    O           -0.57220    16
2760  [ bonds ]
2761      N    H1
2762      N    H2
2763      N    H3
2764      N    CA
2765     CA    HA
2766     CA    CB
2767     CA     C
2768     CB   HB1
2769     CB   HB2
2770     CB    CG
2771     CG   OD1
2772     CG   ND2
2773    ND2  HD21
2774    ND2  HD22
2775      C     O
2776      C    +N
2777  [ dihedrals ]
2778      C    CA    CB    CG        torsion_ASN_C_CA_CB_CG_mult1
2779      C    CA    CB    CG        torsion_ASN_C_CA_CB_CG_mult2
2780      C    CA    CB    CG        torsion_ASN_C_CA_CB_CG_mult3
2781      C    CA    CB    CG        torsion_ASN_C_CA_CB_CG_mult4
2782      C    CA    CB    CG        torsion_ASN_C_CA_CB_CG_mult5
2783      C    CA    CB    CG        torsion_ASN_C_CA_CB_CG_mult6
2784     CA    CB    CG   ND2        torsion_ASN_CA_CB_CG_ND2_mult1
2785     CA    CB    CG   ND2        torsion_ASN_CA_CB_CG_ND2_mult2
2786     CA    CB    CG   ND2        torsion_ASN_CA_CB_CG_ND2_mult3
2787     CA    CB    CG   ND2        torsion_ASN_CA_CB_CG_ND2_mult4
2788     CA    CB    CG   ND2        torsion_ASN_CA_CB_CG_ND2_mult5
2789     CA    CB    CG   ND2        torsion_ASN_CA_CB_CG_ND2_mult6
2790  [ impropers ]
2791     CA    +N     C     O
2792     CB   ND2    CG   OD1
2793     CG  HD21   ND2  HD22
2794
2795 [ NGLN ]
2796  [ atoms ]
2797      N    N3           0.14930     1
2798     H1    H            0.19960     2
2799     H2    H            0.19960     3
2800     H3    H            0.19960     4
2801     CA    CT           0.05360     5
2802     HA    HP           0.10150     6
2803     CB    CT           0.06510     7
2804    HB1    HC           0.00500     8
2805    HB2    HC           0.00500     9
2806     CG    CT          -0.09030    10
2807    HG1    HC           0.03310    11
2808    HG2    HC           0.03310    12
2809     CD    C            0.73540    13
2810    OE1    O           -0.61330    14
2811    NE2    N           -1.00310    15
2812   HE21    H            0.44290    16
2813   HE22    H            0.44290    17
2814      C    C            0.61230    18
2815      O    O           -0.57130    19
2816  [ bonds ]
2817      N    H1
2818      N    H2
2819      N    H3
2820      N    CA
2821     CA    HA
2822     CA    CB
2823     CA     C
2824     CB   HB1
2825     CB   HB2
2826     CB    CG
2827     CG   HG1
2828     CG   HG2
2829     CG    CD
2830     CD   OE1
2831     CD   NE2
2832    NE2  HE21
2833    NE2  HE22
2834      C     O
2835      C    +N
2836  [ impropers ]
2837     CA    +N     C     O
2838     CG   NE2    CD   OE1
2839     CD  HE21   NE2  HE22
2840
2841 [ NARG ]
2842  [ atoms ]
2843      N    N3           0.13050     1
2844     H1    H            0.20830     2
2845     H2    H            0.20830     3
2846     H3    H            0.20830     4
2847     CA    CT          -0.02230     5
2848     HA    HP           0.12420     6
2849     CB    CT           0.01180     7
2850    HB1    HC           0.02260     8
2851    HB2    HC           0.02260     9
2852     CG    CT           0.02360    10
2853    HG1    HC           0.03090    11
2854    HG2    HC           0.03090    12
2855     CD    CT           0.09350    13
2856    HD1    H1           0.05270    14
2857    HD2    H1           0.05270    15
2858     NE    N2          -0.56500    16
2859     HE    H            0.35920    17
2860     CZ    CA           0.82810    18
2861    NH1    N2          -0.86930    19
2862   HH11    H            0.44940    20
2863   HH12    H            0.44940    21
2864    NH2    N2          -0.86930    22
2865   HH21    H            0.44940    23
2866   HH22    H            0.44940    24
2867      C    C            0.72140    25
2868      O    O           -0.60130    26
2869  [ bonds ]
2870      N    H1
2871      N    H2
2872      N    H3
2873      N    CA
2874     CA    HA
2875     CA    CB
2876     CA     C
2877     CB   HB1
2878     CB   HB2
2879     CB    CG
2880     CG   HG1
2881     CG   HG2
2882     CG    CD
2883     CD   HD1
2884     CD   HD2
2885     CD    NE
2886     NE    HE
2887     NE    CZ
2888     CZ   NH1
2889     CZ   NH2
2890    NH1  HH11
2891    NH1  HH12
2892    NH2  HH21
2893    NH2  HH22
2894      C     O
2895      C    +N
2896  [ impropers ]
2897     CA    +N     C     O
2898     NE   NH1    CZ   NH2
2899     CD    CZ    NE    HE
2900     CZ  HH11   NH1  HH12
2901     CZ  HH21   NH2  HH22
2902
2903 [ NHID ]
2904  [ atoms ]
2905      N    N3           0.15420     1
2906     H1    H            0.19630     2
2907     H2    H            0.19630     3
2908     H3    H            0.19630     4
2909     CA    CT           0.09640     5
2910     HA    HP           0.09580     6
2911     CB    CT           0.02590     7
2912    HB1    HC           0.02090     8
2913    HB2    HC           0.02090     9
2914     CG    CC          -0.03990    10
2915    ND1    NA          -0.38190    11
2916    HD1    H            0.36320    12
2917    CE1    CR           0.21270    13
2918    HE1    H5           0.13850    14
2919    NE2    NB          -0.57110    15
2920    CD2    CV           0.10460    16
2921    HD2    H4           0.12990    17
2922      C    C            0.61230    18
2923      O    O           -0.57130    19
2924  [ bonds ]
2925      N    H1
2926      N    H2
2927      N    H3
2928      N    CA
2929     CA    HA
2930     CA    CB
2931     CA     C
2932     CB   HB1
2933     CB   HB2
2934     CB    CG
2935     CG   ND1
2936     CG   CD2
2937    ND1   HD1
2938    ND1   CE1
2939    CE1   HE1
2940    CE1   NE2
2941    NE2   CD2
2942    CD2   HD2
2943      C     O
2944      C    +N
2945  [ impropers ]
2946     CA    +N     C     O
2947     CG   CE1   ND1   HD1
2948     CG   NE2   CD2   HD2
2949    ND1   NE2   CE1   HE1
2950    ND1   CD2    CG    CB
2951
2952 [ NHIE ]
2953  [ atoms ]
2954      N    N3           0.14720     1
2955     H1    H            0.20160     2
2956     H2    H            0.20160     3
2957     H3    H            0.20160     4
2958     CA    CT           0.02360     5
2959     HA    HP           0.13800     6
2960     CB    CT           0.04890     7
2961    HB1    HC           0.02230     8
2962    HB2    HC           0.02230     9
2963     CG    CC           0.17400    10
2964    ND1    NB          -0.55790    11
2965    CE1    CR           0.18040    12
2966    HE1    H5           0.13970    13
2967    NE2    NA          -0.27810    14
2968    HE2    H            0.33240    15
2969    CD2    CW          -0.23490    16
2970    HD2    H4           0.19630    17
2971      C    C            0.61230    18
2972      O    O           -0.57130    19
2973  [ bonds ]
2974      N    H1
2975      N    H2
2976      N    H3
2977      N    CA
2978     CA    HA
2979     CA    CB
2980     CA     C
2981     CB   HB1
2982     CB   HB2
2983     CB    CG
2984     CG   ND1
2985     CG   CD2
2986    ND1   CE1
2987    CE1   HE1
2988    CE1   NE2
2989    NE2   HE2
2990    NE2   CD2
2991    CD2   HD2
2992      C     O
2993      C    +N
2994  [ impropers ]
2995     CA    +N     C     O
2996    CE1   CD2   NE2   HE2
2997     CG   NE2   CD2   HD2
2998    ND1   NE2   CE1   HE1
2999    ND1   CD2    CG    CB
3000
3001 [ NHIP ]
3002  [ atoms ]
3003      N    N3           0.25600     1
3004     H1    H            0.17040     2
3005     H2    H            0.17040     3
3006     H3    H            0.17040     4
3007     CA    CT           0.05810     5
3008     HA    HP           0.10470     6
3009     CB    CT           0.04840     7
3010    HB1    HC           0.05310     8
3011    HB2    HC           0.05310     9
3012     CG    CC          -0.02360    10
3013    ND1    NA          -0.15100    11
3014    HD1    H            0.38210    12
3015    CE1    CR          -0.00110    13
3016    HE1    H5           0.26450    14
3017    NE2    NA          -0.17390    15
3018    HE2    H            0.39210    16
3019    CD2    CW          -0.14330    17
3020    HD2    H4           0.24950    18
3021      C    C            0.72140    19
3022      O    O           -0.60130    20
3023  [ bonds ]
3024      N    H1
3025      N    H2
3026      N    H3
3027      N    CA
3028     CA    HA
3029     CA    CB
3030     CA     C
3031     CB   HB1
3032     CB   HB2
3033     CB    CG
3034     CG   ND1
3035     CG   CD2
3036    ND1   HD1
3037    ND1   CE1
3038    CE1   HE1
3039    CE1   NE2
3040    NE2   HE2
3041    NE2   CD2
3042    CD2   HD2
3043      C     O
3044      C    +N
3045  [ impropers ]
3046     CA    +N     C     O
3047     CG   CE1   ND1   HD1
3048    CE1   CD2   NE2   HE2
3049     CG   NE2   CD2   HD2
3050    ND1   NE2   CE1   HE1
3051    ND1   CD2    CG    CB
3052
3053 [ NTRP ]
3054  [ atoms ]
3055      N    N3           0.19130     1
3056     H1    H            0.18880     2
3057     H2    H            0.18880     3
3058     H3    H            0.18880     4
3059     CA    CT           0.04210     5
3060     HA    HP           0.11620     6
3061     CB    CT           0.05430     7
3062    HB1    HC           0.02220     8
3063    HB2    HC           0.02220     9
3064     CG    C*          -0.16540    10
3065    CD1    CW          -0.17880    11
3066    HD1    H4           0.21950    12
3067    NE1    NA          -0.34440    13
3068    HE1    H            0.34120    14
3069    CE2    CN           0.15750    15
3070    CZ2    CA          -0.27100    16
3071    HZ2    HA           0.15890    17
3072    CH2    CA          -0.10800    18
3073    HH2    HA           0.14110    19
3074    CZ3    CA          -0.20340    20
3075    HZ3    HA           0.14580    21
3076    CE3    CA          -0.22650    22
3077    HE3    HA           0.16460    23
3078    CD2    CB           0.11320    24
3079      C    C            0.61230    25
3080      O    O           -0.57130    26
3081  [ bonds ]
3082      N    H1
3083      N    H2
3084      N    H3
3085      N    CA
3086     CA    HA
3087     CA    CB
3088     CA     C
3089     CB   HB1
3090     CB   HB2
3091     CB    CG
3092     CG   CD1
3093     CG   CD2
3094    CD1   HD1
3095    CD1   NE1
3096    NE1   HE1
3097    NE1   CE2
3098    CE2   CZ2
3099    CE2   CD2
3100    CZ2   HZ2
3101    CZ2   CH2
3102    CH2   HH2
3103    CH2   CZ3
3104    CZ3   HZ3
3105    CZ3   CE3
3106    CE3   HE3
3107    CE3   CD2
3108      C     O
3109      C    +N
3110  [ impropers ]
3111     CA    +N     C     O
3112    CD1   CE2   NE1   HE1
3113    CE2   CH2   CZ2   HZ2
3114    CZ2   CZ3   CH2   HH2
3115    CH2   CE3   CZ3   HZ3
3116    CZ3   CD2   CE3   HE3
3117     CG   NE1   CD1   HD1
3118    CD1    CG    CB   CD2
3119
3120 [ NPHE ]
3121  [ atoms ]
3122      N    N3           0.17370     1
3123     H1    H            0.19210     2
3124     H2    H            0.19210     3
3125     H3    H            0.19210     4
3126     CA    CT           0.07330     5
3127     HA    HP           0.10410     6
3128     CB    CT           0.03300     7
3129    HB1    HC           0.01040     8
3130    HB2    HC           0.01040     9
3131     CG    CA           0.00310    10
3132    CD1    CA          -0.13920    11
3133    HD1    HA           0.13740    12
3134    CE1    CA          -0.16020    13
3135    HE1    HA           0.14330    14
3136     CZ    CA          -0.12080    15
3137     HZ    HA           0.13290    16
3138    CE2    CA          -0.16030    17
3139    HE2    HA           0.14330    18
3140    CD2    CA          -0.13910    19
3141    HD2    HA           0.13740    20
3142      C    C            0.61230    21
3143      O    O           -0.57130    22
3144  [ bonds ]
3145      N    H1
3146      N    H2
3147      N    H3
3148      N    CA
3149     CA    HA
3150     CA    CB
3151     CA     C
3152     CB   HB1
3153     CB   HB2
3154     CB    CG
3155     CG   CD1
3156     CG   CD2
3157    CD1   HD1
3158    CD1   CE1
3159    CE1   HE1
3160    CE1    CZ
3161     CZ    HZ
3162     CZ   CE2
3163    CE2   HE2
3164    CE2   CD2
3165    CD2   HD2
3166      C     O
3167      C    +N
3168  [ impropers ]
3169     CA    +N     C     O
3170     CG   CE2   CD2   HD2
3171     CZ   CD2   CE2   HE2
3172    CE1   CE2    CZ    HZ
3173    CD1    CZ   CE1   HE1
3174     CG   CE1   CD1   HD1
3175    CD1   CD2    CG    CB
3176
3177 [ NTYR ]
3178  [ atoms ]
3179      N    N3           0.19400     1
3180     H1    H            0.18730     2
3181     H2    H            0.18730     3
3182     H3    H            0.18730     4
3183     CA    CT           0.05700     5
3184     HA    HP           0.09830     6
3185     CB    CT           0.06590     7
3186    HB1    HC           0.01020     8
3187    HB2    HC           0.01020     9
3188     CG    CA          -0.02050    10
3189    CD1    CA          -0.20020    11
3190    HD1    HA           0.17200    12
3191    CE1    CA          -0.22390    13
3192    HE1    HA           0.16500    14
3193     CZ    C            0.31390    15
3194     OH    OH          -0.55780    16
3195     HH    HO           0.40010    17
3196    CE2    CA          -0.22390    18
3197    HE2    HA           0.16500    19
3198    CD2    CA          -0.20020    20
3199    HD2    HA           0.17200    21
3200      C    C            0.61230    22
3201      O    O           -0.57130    23
3202  [ bonds ]
3203      N    H1
3204      N    H2
3205      N    H3
3206      N    CA
3207     CA    HA
3208     CA    CB
3209     CA     C
3210     CB   HB1
3211     CB   HB2
3212     CB    CG
3213     CG   CD1
3214     CG   CD2
3215    CD1   HD1
3216    CD1   CE1
3217    CE1   HE1
3218    CE1    CZ
3219     CZ    OH
3220     CZ   CE2
3221     OH    HH
3222    CE2   HE2
3223    CE2   CD2
3224    CD2   HD2
3225      C     O
3226      C    +N
3227  [ impropers ]
3228     CA    +N     C     O
3229     CG   CE2   CD2   HD2
3230     CZ   CD2   CE2   HE2
3231    CD1    CZ   CE1   HE1
3232     CG   CE1   CD1   HD1
3233    CD1   CD2    CG    CB
3234    CE1   CE2    CZ    OH
3235
3236
3237 [ NGLU ]
3238  [ atoms ]
3239      N    N3           0.00170     1
3240     H1    H            0.23910     2
3241     H2    H            0.23910     3
3242     H3    H            0.23910     4
3243     CA    CT           0.05880     5
3244     HA    HP           0.12020     6
3245     CB    CT           0.09090     7
3246    HB1    HC          -0.02320     8
3247    HB2    HC          -0.02320     9
3248     CG    CT          -0.02360    10
3249    HG1    HC          -0.03150    11
3250    HG2    HC          -0.03150    12
3251     CD    C            0.80870    13
3252    OE1    O2          -0.81890    14
3253    OE2    O2          -0.81890    15
3254      C    C            0.56210    16
3255      O    O           -0.58890    17
3256  [ bonds ]
3257      N    H1
3258      N    H2
3259      N    H3
3260      N    CA
3261     CA    HA
3262     CA    CB
3263     CA     C
3264     CB   HB1
3265     CB   HB2
3266     CB    CG
3267     CG   HG1
3268     CG   HG2
3269     CG    CD
3270     CD   OE1
3271     CD   OE2
3272      C     O
3273      C    +N
3274  [ impropers ]
3275     CA    +N     C     O
3276     CG   OE1    CD   OE2
3277
3278 [ NASP ]
3279  [ atoms ]
3280      N    N3           0.07820     1
3281     H1    H            0.22000     2
3282     H2    H            0.22000     3
3283     H3    H            0.22000     4
3284     CA    CT           0.02920     5
3285     HA    HP           0.11410     6
3286     CB    CT          -0.02350     7
3287    HB1    HC          -0.01690     8
3288    HB2    HC          -0.01690     9
3289     CG    C            0.81940    10
3290    OD1    O2          -0.80840    11
3291    OD2    O2          -0.80840    12
3292      C    C            0.56210    13
3293      O    O           -0.58890    14
3294  [ bonds ]
3295      N    H1
3296      N    H2
3297      N    H3
3298      N    CA
3299     CA    HA
3300     CA    CB
3301     CA     C
3302     CB   HB1
3303     CB   HB2
3304     CB    CG
3305     CG   OD1
3306     CG   OD2
3307      C     O
3308      C    +N
3309  [ dihedrals ]
3310      N    CA    CB    CG        torsion_ASP_N_CA_CB_CG_mult1
3311      N    CA    CB    CG        torsion_ASP_N_CA_CB_CG_mult2
3312      N    CA    CB    CG        torsion_ASP_N_CA_CB_CG_mult3
3313      N    CA    CB    CG        torsion_ASP_N_CA_CB_CG_mult4
3314      N    CA    CB    CG        torsion_ASP_N_CA_CB_CG_mult5
3315      N    CA    CB    CG        torsion_ASP_N_CA_CB_CG_mult6
3316     CA    CB    CG   OD1        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult1
3317     CA    CB    CG   OD1        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult2
3318     CA    CB    CG   OD1        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult3
3319     CA    CB    CG   OD1        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult4
3320     CA    CB    CG   OD1        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult5
3321     CA    CB    CG   OD1        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult6
3322     CA    CB    CG   OD2        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult1
3323     CA    CB    CG   OD2        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult2
3324     CA    CB    CG   OD2        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult3
3325     CA    CB    CG   OD2        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult4
3326     CA    CB    CG   OD2        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult5
3327     CA    CB    CG   OD2        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult6
3328  [ impropers ]
3329     CA    +N     C     O
3330     CB   OD1    CG   OD2
3331
3332 [ NLYS ]
3333  [ atoms ]
3334      N    N3           0.09660     1
3335     H1    H            0.21650     2
3336     H2    H            0.21650     3
3337     H3    H            0.21650     4
3338     CA    CT          -0.00150     5
3339     HA    HP           0.11800     6
3340     CB    CT           0.02120     7
3341    HB1    HC           0.02830     8
3342    HB2    HC           0.02830     9
3343     CG    CT          -0.00480    10
3344    HG1    HC           0.01210    11
3345    HG2    HC           0.01210    12
3346     CD    CT          -0.06080    13
3347    HD1    HC           0.06330    14
3348    HD2    HC           0.06330    15
3349     CE    CT          -0.01810    16
3350    HE1    HP           0.11710    17
3351    HE2    HP           0.11710    18
3352     NZ    N3          -0.37640    19
3353    HZ1    H            0.33820    20
3354    HZ2    H            0.33820    21
3355    HZ3    H            0.33820    22
3356      C    C            0.72140    23
3357      O    O           -0.60130    24
3358  [ bonds ]
3359      N    H1
3360      N    H2
3361      N    H3
3362      N    CA
3363     CA    HA
3364     CA    CB
3365     CA     C
3366     CB   HB1
3367     CB   HB2
3368     CB    CG
3369     CG   HG1
3370     CG   HG2
3371     CG    CD
3372     CD   HD1
3373     CD   HD2
3374     CD    CE
3375     CE   HE1
3376     CE   HE2
3377     CE    NZ
3378     NZ   HZ1
3379     NZ   HZ2
3380     NZ   HZ3
3381      C     O
3382      C    +N
3383  [ impropers ]
3384     CA    +N     C     O
3385
3386 [ NPRO ]
3387  [ atoms ]
3388      N    N3          -0.20200     1
3389     H1    H            0.31200     2
3390     H2    H            0.31200     3
3391     CD    CT          -0.01200     4
3392    HD1    HP           0.10000     5
3393    HD2    HP           0.10000     6
3394     CG    CT          -0.12100     7
3395    HG1    HC           0.10000     8
3396    HG2    HC           0.10000     9
3397     CB    CT          -0.11500    10
3398    HB1    HC           0.10000    11
3399    HB2    HC           0.10000    12
3400     CA    CT           0.10000    13
3401     HA    HP           0.10000    14
3402      C    C            0.52600    15
3403      O    O           -0.50000    16
3404  [ bonds ]
3405      N    H1
3406      N    H2
3407      N    CD
3408      N    CA
3409     CD   HD1
3410     CD   HD2
3411     CD    CG
3412     CG   HG1
3413     CG   HG2
3414     CG    CB
3415     CB   HB1
3416     CB   HB2
3417     CB    CA
3418     CA    HA
3419     CA     C
3420      C     O
3421      C    +N
3422  [ impropers ]
3423     CA    +N     C     O
3424
3425 [ NCYS ]
3426  [ atoms ]
3427      N    N3           0.13250     1
3428     H1    H            0.20230     2
3429     H2    H            0.20230     3
3430     H3    H            0.20230     4
3431     CA    CT           0.09270     5
3432     HA    HP           0.14110     6
3433     CB    CT          -0.11950     7
3434    HB1    H1           0.11880     8
3435    HB2    H1           0.11880     9
3436     SG    SH          -0.32980    10
3437     HG    HS           0.19750    11
3438      C    C            0.61230    12
3439      O    O           -0.57130    13
3440  [ bonds ]
3441      N    H1
3442      N    H2
3443      N    H3
3444      N    CA
3445     CA    HA
3446     CA    CB
3447     CA     C
3448     CB   HB1
3449     CB   HB2
3450     CB    SG
3451     SG    HG
3452      C     O
3453      C    +N
3454  [ impropers ]
3455     CA    +N     C     O
3456
3457 [ NCYX ]
3458  [ atoms ]
3459      N    N3           0.20690     1
3460     H1    H            0.18150     2
3461     H2    H            0.18150     3
3462     H3    H            0.18150     4
3463     CA    CT           0.10550     5
3464     HA    HP           0.09220     6
3465     CB    CT          -0.02770     7
3466    HB1    H1           0.06800     8
3467    HB2    H1           0.06800     9
3468     SG    S           -0.09840    10
3469      C    C            0.61230    11
3470      O    O           -0.57130    12
3471  [ bonds ]
3472      N    H1
3473      N    H2
3474      N    H3
3475      N    CA
3476     CA    HA
3477     CA    CB
3478     CA     C
3479     CB   HB2
3480     CB   HB1
3481     CB    SG
3482      C     O
3483      C    +N
3484  [ impropers ]
3485     CA    +N     C     O
3486
3487 [ NMET ]
3488  [ atoms ]
3489      N    N3           0.15920     1
3490     H1    H            0.19840     2
3491     H2    H            0.19840     3
3492     H3    H            0.19840     4
3493     CA    CT           0.02210     5
3494     HA    HP           0.11160     6
3495     CB    CT           0.08650     7
3496    HB1    HC           0.01250     8
3497    HB2    HC           0.01250     9
3498     CG    CT           0.03340    10
3499    HG1    H1           0.02920    11
3500    HG2    H1           0.02920    12
3501     SD    S           -0.27740    13
3502     CE    CT          -0.03410    14
3503    HE1    H1           0.05970    15
3504    HE2    H1           0.05970    16
3505    HE3    H1           0.05970    17
3506      C    C            0.61230    18
3507      O    O           -0.57130    19
3508  [ bonds ]
3509      N    H1
3510      N    H2
3511      N    H3
3512      N    CA
3513     CA    HA
3514     CA    CB
3515     CA     C
3516     CB   HB1
3517     CB   HB2
3518     CB    CG
3519     CG   HG1
3520     CG   HG2
3521     CG    SD
3522     SD    CE
3523     CE   HE1
3524     CE   HE2
3525     CE   HE3
3526      C     O
3527      C    +N
3528  [ impropers ]
3529     CA    +N     C     O
3530