share/html/online.html

   1 <HTML>
   2 <HEAD>
   3 <TITLE>GROMACS 4.6 Online Reference </TITLE>
   4 </HEAD>
   5 <LINK rel=stylesheet href="online/style.css" type="text/css">
   6 <BODY text="#000000" bgcolor="#FFFFFF" link="#0000FF" vlink="#990000" alink="#FF0000">
   7
   8 <table WIDTH="98%" NOSAVE NOBORDER >
   9 <TR><TD WIDTH=400>
  10 <TABLE WIDTH=400 NOBORDER>
  11 <TD WIDTH=116>
  12 <a href="http://www.gromacs.org/">
  13 <img SRC="images/gmxlogo_small.jpg" BORDER=0 height=133 width=116></a></td>
  14 <td ALIGN=LEFT VALIGN=TOP WIDTH=280>
  15 <br><br>
  16 <h2>
  17 GROMACS 4.6<br>
  18 Online Reference</h2>
  19 </td>
  20 </TABLE></TD>
  21 <td ALIGN=RIGHT VALIGN=BOTTOM WIDTH="*" NOSAVE>
  22 <B>VERSION 4.6<br>
  23 Sat 19 Jan 2013</B></td>
  24 </tr>
  25 </table>
  26
  27 <hr>
  28
  29 <TABLE BORDER=0 CELLSPACING=0 CELLPADDING=10>
  30 <TR>
  31 <TD VALIGN=top WIDTH="25%">
  32 <h3>General</h3>
  33 <A HREF="online/getting_started.html">Getting Started</a>
  34 <br><br>
  35 <A HREF="online/flow.html">Flow Chart</a>
  36 <br><br>
  37 <A HREF="online/files.html">File Formats</a>
  38 <br><br>
  39 <A HREF="online/mdp_opt.html">mdp options</a>
  40 <br><br>
  41 <A HREF="gmxfaq.html">FAQ</a>
  42 <br>
  43 </TD>
  44 <TD VALIGN=top WIDTH=75%>
  45 <h3>Programs</h3>
  46 <multicol cols=5>
  47 <A HREF="online/options.html">Options</a>
  48 <br>
  49 <br><a href=online/do_dssp.html>do_dssp</a>
  50 <br><a href=online/editconf.html>editconf</a>
  51 <br><a href=online/eneconv.html>eneconv</a>
  52 <br><a href=online/g_anadock.html>g_anadock</a>
  53 <br><a href=online/g_anaeig.html>g_anaeig</a>
  54 <br><a href=online/g_analyze.html>g_analyze</a>
  55 <br><a href=online/g_angle.html>g_angle</a>
  56 <br><a href=online/g_bar.html>g_bar</a>
  57 <br><a href=online/g_bond.html>g_bond</a>
  58 <br><a href=online/g_bundle.html>g_bundle</a>
  59 <br><a href=online/g_chi.html>g_chi</a>
  60 <br><a href=online/g_cluster.html>g_cluster</a>
  61 <br><a href=online/g_clustsize.html>g_clustsize</a>
  62 <br><a href=online/g_confrms.html>g_confrms</a>
  63 <br><a href=online/g_covar.html>g_covar</a>
  64 <br><a href=online/g_current.html>g_current</a>
  65 <br><a href=online/g_density.html>g_density</a>
  66 <br><a href=online/g_densmap.html>g_densmap</a>
  67 <br><a href=online/g_densorder.html>g_densorder</a>
  68 <br><a href=online/g_dielectric.html>g_dielectric</a>
  69 <br><a href=online/g_dih.html>g_dih</a>
  70 <br><a href=online/g_dipoles.html>g_dipoles</a>
  71 <br><a href=online/g_disre.html>g_disre</a>
  72 <br><a href=online/g_dist.html>g_dist</a>
  73 <br><a href=online/g_dos.html>g_dos</a>
  74 <br><a href=online/g_dyecoupl.html>g_dyecoupl</a>
  75 <br><a href=online/g_dyndom.html>g_dyndom</a>
  76 <br><a href=online/genbox.html>genbox</a>
  77 <br><a href=online/genconf.html>genconf</a>
  78 <br><a href=online/g_enemat.html>g_enemat</a>
  79 <br><a href=online/g_energy.html>g_energy</a>
  80 <br><a href=online/genion.html>genion</a>
  81 <br><a href=online/genrestr.html>genrestr</a>
  82 <br><a href=online/g_filter.html>g_filter</a>
  83 <br><a href=online/g_gyrate.html>g_gyrate</a>
  84 <br><a href=online/g_h2order.html>g_h2order</a>
  85 <br><a href=online/g_hbond.html>g_hbond</a>
  86 <br><a href=online/g_helix.html>g_helix</a>
  87 <br><a href=online/g_helixorient.html>g_helixorient</a>
  88 <br><a href=online/g_hydorder.html>g_hydorder</a>
  89 <br><a href=online/g_kinetics.html>g_kinetics</a>
  90 <br><a href=online/g_lie.html>g_lie</a>
  91 <br><a href=online/g_luck.html>g_luck</a>
  92 <br><a href=online/g_mdmat.html>g_mdmat</a>
  93 <br><a href=online/g_membed.html>g_membed</a>
  94 <br><a href=online/g_mindist.html>g_mindist</a>
  95 <br><a href=online/g_morph.html>g_morph</a>
  96 <br><a href=online/g_msd.html>g_msd</a>
  97 <br><a href=online/gmxcheck.html>gmxcheck</a>
  98 <br><a href=online/gmxdump.html>gmxdump</a>
  99 <br><a href=online/g_nmeig.html>g_nmeig</a>
 100 <br><a href=online/g_nmens.html>g_nmens</a>
 101 <br><a href=online/g_nmtraj.html>g_nmtraj</a>
 102 <br><a href=online/g_options.html>g_options</a>
 103 <br><a href=online/g_order.html>g_order</a>
 104 <br><a href=online/g_pme_error.html>g_pme_error</a>
 105 <br><a href=online/g_polystat.html>g_polystat</a>
 106 <br><a href=online/g_potential.html>g_potential</a>
 107 <br><a href=online/g_principal.html>g_principal</a>
 108 <br><a href=online/g_protonate.html>g_protonate</a>
 109 <br><a href=online/g_rama.html>g_rama</a>
 110 <br><a href=online/g_rdf.html>g_rdf</a>
 111 <br><a href=online/g_rms.html>g_rms</a>
 112 <br><a href=online/g_rmsdist.html>g_rmsdist</a>
 113 <br><a href=online/g_rmsf.html>g_rmsf</a>
 114 <br><a href=online/grompp.html>grompp</a>
 115 <br><a href=online/g_rotacf.html>g_rotacf</a>
 116 <br><a href=online/g_rotmat.html>g_rotmat</a>
 117 <br><a href=online/g_saltbr.html>g_saltbr</a>
 118 <br><a href=online/g_sans.html>g_sans</a>
 119 <br><a href=online/g_sas.html>g_sas</a>
 120 <br><a href=online/g_select.html>g_select</a>
 121 <br><a href=online/g_sgangle.html>g_sgangle</a>
 122 <br><a href=online/g_sham.html>g_sham</a>
 123 <br><a href=online/g_sigeps.html>g_sigeps</a>
 124 <br><a href=online/g_sorient.html>g_sorient</a>
 125 <br><a href=online/g_spatial.html>g_spatial</a>
 126 <br><a href=online/g_spol.html>g_spol</a>
 127 <br><a href=online/g_tcaf.html>g_tcaf</a>
 128 <br><a href=online/g_traj.html>g_traj</a>
 129 <br><a href=online/g_tune_pme.html>g_tune_pme</a>
 130 <br><a href=online/g_vanhove.html>g_vanhove</a>
 131 <br><a href=online/g_velacc.html>g_velacc</a>
 132 <br><a href=online/g_wham.html>g_wham</a>
 133 <br><a href=online/g_wheel.html>g_wheel</a>
 134 <br><a href=online/g_x2top.html>g_x2top</a>
 135 <br><a href=online/make_edi.html>make_edi</a>
 136 <br><a href=online/make_ndx.html>make_ndx</a>
 137 <br><a href=online/mdrun.html>mdrun</a>
 138 <br><a href=online/mk_angndx.html>mk_angndx</a>
 139 <br><a href=online/pdb2gmx.html>pdb2gmx</a>
 140 <br><a href=online/tpbconv.html>tpbconv</a>
 141 <br><a href=online/trjcat.html>trjcat</a>
 142 <br><a href=online/trjconv.html>trjconv</a>
 143 <br><a href=online/trjorder.html>trjorder</a>
 144 <br><a href=online/xpm2ps.html>xpm2ps</a>
 145 </multicol>
 146 </TD>
 147 </TR>
 148 </TABLE>
 149 <HR>
 150 <h3>Programs by Topic</h3>
 151 <multicol cols=3>
 152 <A HREF="#HNR1">Generating topologies and coordinates</A><br>
 153 <A HREF="#HNR2">Running a simulation</A><br>
 154 <A HREF="#HNR3">Viewing trajectories</A><br>
 155 <A HREF="#HNR4">Processing energies</A><br>
 156 <A HREF="#HNR5">Converting files</A><br>
 157 <A HREF="#HNR6">Tools</A><br>
 158 <A HREF="#HNR7">Distances between structures</A><br>
 159 <A HREF="#HNR8">Distances in structures over time</A><br>
 160 <A HREF="#HNR9">Mass distribution properties over time</A><br>
 161 <A HREF="#HNR10">Analyzing bonded interactions</A><br>
 162 <A HREF="#HNR11">Structural properties</A><br>
 163 <A HREF="#HNR12">Kinetic properties</A><br>
 164 <A HREF="#HNR13">Electrostatic properties</A><br>
 165 <A HREF="#HNR14">Protein-specific analysis</A><br>
 166 <A HREF="#HNR15">Interfaces</A><br>
 167 <A HREF="#HNR16">Covariance analysis</A><br>
 168 <A HREF="#HNR17">Normal modes</A><br>
 169 </multicol>
 170
 171 <A NAME="HNR1">
 172 <TABLE CELLSPACING=1>
 173 <TR><TD>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 174 <TR><TD COLSPAN=2><b>Generating topologies and coordinates</b>
 175 <TR><TD><A HREF="online/editconf.html">editconf</A></TD><TD>edits the box and writes subgroups </TD>
 176 <TR><TD><A HREF="online/g_protonate.html">g_protonate</A></TD><TD>protonates structures</TD>
 177 <TR><TD><A HREF="online/g_x2top.html">g_x2top</A></TD><TD>generates a primitive topology from coordinates </TD>
 178 <TR><TD><A HREF="online/genbox.html">genbox</A></TD><TD>solvates a system</TD>
 179 <TR><TD><A HREF="online/genconf.html">genconf</A></TD><TD>multiplies a conformation in 'random' orientations</TD>
 180 <TR><TD><A HREF="online/genion.html">genion</A></TD><TD>generates mono atomic ions on energetically favorable positions</TD>
 181 <TR><TD><A HREF="online/genrestr.html">genrestr</A></TD><TD>generates position restraints or distance restraints for index groups</TD>
 182 <TR><TD><A HREF="online/pdb2gmx.html">pdb2gmx</A></TD><TD>converts coordinate files to topology and FF-compliant coordinate files</TD>
 183 </TABLE>
 184
 185 <A NAME="HNR2">
 186 <TABLE CELLSPACING=1>
 187 <TR><TD>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 188 <TR><TD COLSPAN=2><b>Running a simulation</b>
 189 <TR><TD><A HREF="online/grompp.html">grompp</A></TD><TD>makes a run input file</TD>
 190 <TR><TD><A HREF="online/mdrun.html">mdrun</A></TD><TD>performs a simulation, do a normal mode analysis or an energy minimization</TD>
 191 <TR><TD><A HREF="online/tpbconv.html">tpbconv</A></TD><TD>makes a run input file for restarting a crashed run</TD>
 192 </TABLE>
 193
 194 <A NAME="HNR3">
 195 <TABLE CELLSPACING=1>
 196 <TR><TD>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 197 <TR><TD COLSPAN=2><b>Viewing trajectories</b>
 198 <TR><TD><A HREF="online/g_nmtraj.html">g_nmtraj</A></TD><TD>generate a virtual trajectory from an eigenvector</TD>
 199 <TR><TD><A HREF="online/ngmx.html">ngmx</A></TD><TD>displays a trajectory</TD>
 200 </TABLE>
 201
 202 <A NAME="HNR4">
 203 <TABLE CELLSPACING=1>
 204 <TR><TD>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 205 <TR><TD COLSPAN=2><b>Processing energies</b>
 206 <TR><TD><A HREF="online/g_enemat.html">g_enemat</A></TD><TD>extracts an energy matrix from an energy file</TD>
 207 <TR><TD><A HREF="online/g_energy.html">g_energy</A></TD><TD>writes energies to xvg files and displays averages</TD>
 208 <TR><TD><A HREF="online/mdrun.html">mdrun</A></TD><TD>with -rerun (re)calculates energies for trajectory frames</TD>
 209 </TABLE>
 210
 211 <A NAME="HNR5">
 212 <TABLE CELLSPACING=1>
 213 <TR><TD>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 214 <TR><TD COLSPAN=2><b>Converting files</b>
 215 <TR><TD><A HREF="online/editconf.html">editconf</A></TD><TD>converts and manipulates structure files</TD>
 216 <TR><TD><A HREF="online/eneconv.html">eneconv</A></TD><TD>converts energy files</TD>
 217 <TR><TD><A HREF="online/g_sigeps.html">g_sigeps</A></TD><TD>convert c6/12 or c6/cn combinations to and from sigma/epsilon</TD>
 218 <TR><TD><A HREF="online/trjcat.html">trjcat</A></TD><TD>concatenates trajectory files</TD>
 219 <TR><TD><A HREF="online/trjconv.html">trjconv</A></TD><TD>converts and manipulates trajectory files</TD>
 220 <TR><TD><A HREF="online/xpm2ps.html">xpm2ps</A></TD><TD>converts XPM matrices to encapsulated postscript (or XPM)</TD>
 221 </TABLE>
 222
 223 <A NAME="HNR6">
 224 <TABLE CELLSPACING=1>
 225 <TR><TD>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 226 <TR><TD COLSPAN=2><b>Tools</b>
 227 <TR><TD><A HREF="online/g_analyze.html">g_analyze</A></TD><TD>analyzes data sets</TD>
 228 <TR><TD><A HREF="online/g_dyndom.html">g_dyndom</A></TD><TD>interpolate and extrapolate structure rotations</TD>
 229 <TR><TD><A HREF="online/g_filter.html">g_filter</A></TD><TD>frequency filters trajectories, useful for making smooth movies</TD>
 230 <TR><TD><A HREF="online/g_lie.html">g_lie</A></TD><TD>free energy estimate from linear combinations</TD>
 231 <TR><TD><A HREF="online/g_morph.html">g_morph</A></TD><TD>linear interpolation of conformations </TD>
 232 <TR><TD><A HREF="online/g_pme_error.html">g_pme_error</A></TD><TD>estimates the error of using PME with a given input file</TD>
 233 <TR><TD><A HREF="online/g_select.html">g_select</A></TD><TD>selects groups of atoms based on flexible textual selections</TD>
 234 <TR><TD><A HREF="online/g_sham.html">g_sham</A></TD><TD>read/write xmgr and xvgr data sets</TD>
 235 <TR><TD><A HREF="online/g_spatial.html">g_spatial</A></TD><TD>calculates the spatial distribution function</TD>
 236 <TR><TD><A HREF="online/g_traj.html">g_traj</A></TD><TD>plots x, v and f of selected atoms/groups (and more) from a trajectory</TD>
 237 <TR><TD><A HREF="online/g_tune_pme.html">g_tune_pme</A></TD><TD>time mdrun as a function of PME nodes to optimize settings</TD>
 238 <TR><TD><A HREF="online/g_wham.html">g_wham</A></TD><TD>weighted histogram analysis after umbrella sampling</TD>
 239 <TR><TD><A HREF="online/gmxcheck.html">gmxcheck</A></TD><TD>checks and compares files</TD>
 240 <TR><TD><A HREF="online/gmxdump.html">gmxdump</A></TD><TD>makes binary files human readable</TD>
 241 <TR><TD><A HREF="online/make_ndx.html">make_ndx</A></TD><TD>makes index files</TD>
 242 <TR><TD><A HREF="online/mk_angndx.html">mk_angndx</A></TD><TD>generates index files for g_angle</TD>
 243 <TR><TD><A HREF="online/trjorder.html">trjorder</A></TD><TD>orders molecules according to their distance to a group</TD>
 244 <TR><TD><A HREF="online/xpm2ps.html">xpm2ps</A></TD><TD>convert XPM (XPixelMap) file to postscript</TD>
 245 </TABLE>
 246
 247 <A NAME="HNR7">
 248 <TABLE CELLSPACING=1>
 249 <TR><TD>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 250 <TR><TD COLSPAN=2><b>Distances between structures</b>
 251 <TR><TD><A HREF="online/g_cluster.html">g_cluster</A></TD><TD>clusters structures</TD>
 252 <TR><TD><A HREF="online/g_confrms.html">g_confrms</A></TD><TD>fits two structures and calculates the rmsd </TD>
 253 <TR><TD><A HREF="online/g_rms.html">g_rms</A></TD><TD>calculates rmsd's with a reference structure and rmsd matrices</TD>
 254 <TR><TD><A HREF="online/g_rmsf.html">g_rmsf</A></TD><TD>calculates atomic fluctuations</TD>
 255 </TABLE>
 256
 257 <A NAME="HNR8">
 258 <TABLE CELLSPACING=1>
 259 <TR><TD>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 260 <TR><TD COLSPAN=2><b>Distances in structures over time</b>
 261 <TR><TD><A HREF="online/g_bond.html">g_bond</A></TD><TD>calculates distances between atoms</TD>
 262 <TR><TD><A HREF="online/g_dist.html">g_dist</A></TD><TD>calculates the distances between the centers of mass of two groups</TD>
 263 <TR><TD><A HREF="online/g_mindist.html">g_mindist</A></TD><TD>calculates the minimum distance between two groups</TD>
 264 <TR><TD><A HREF="online/g_mdmat.html">g_mdmat</A></TD><TD>calculates residue contact maps</TD>
 265 <TR><TD><A HREF="online/g_polystat.html">g_polystat</A></TD><TD>calculates static properties of polymers</TD>
 266 <TR><TD><A HREF="online/g_rmsdist.html">g_rmsdist</A></TD><TD>calculates atom pair distances averaged with power -2, -3 or -6</TD>
 267 </TABLE>
 268
 269 <A NAME="HNR9">
 270 <TABLE CELLSPACING=1>
 271 <TR><TD>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 272 <TR><TD COLSPAN=2><b>Mass distribution properties over time</b>
 273 <TR><TD><A HREF="online/g_gyrate.html">g_gyrate</A></TD><TD>calculates the radius of gyration</TD>
 274 <TR><TD><A HREF="online/g_msd.html">g_msd</A></TD><TD>calculates mean square displacements</TD>
 275 <TR><TD><A HREF="online/g_polystat.html">g_polystat</A></TD><TD>calculates static properties of polymers</TD>
 276 <TR><TD><A HREF="online/g_rdf.html">g_rdf</A></TD><TD>calculates radial distribution functions</TD>
 277 <TR><TD><A HREF="online/g_rotacf.html">g_rotacf</A></TD><TD>calculates the rotational correlation function for molecules</TD>
 278 <TR><TD><A HREF="online/g_rotmat.html">g_rotmat</A></TD><TD>plots the rotation matrix for fitting to a reference structure</TD>
 279 <TR><TD><A HREF="online/g_sans.html">g_sans</A></TD><TD>computes the small angle neutron scattering spectra</TD>
 280 <TR><TD><A HREF="online/g_traj.html">g_traj</A></TD><TD>plots x, v, f, box, temperature and rotational energy</TD>
 281 <TR><TD><A HREF="online/g_vanhove.html">g_vanhove</A></TD><TD>calculates Van Hove displacement functions</TD>
 282 </TABLE>
 283
 284 <A NAME="HNR10">
 285 <TABLE CELLSPACING=1>
 286 <TR><TD>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 287 <TR><TD COLSPAN=2><b>Analyzing bonded interactions</b>
 288 <TR><TD><A HREF="online/g_angle.html">g_angle</A></TD><TD>calculates distributions and correlations for angles and dihedrals</TD>
 289 <TR><TD><A HREF="online/g_bond.html">g_bond</A></TD><TD>calculates bond length distributions</TD>
 290 <TR><TD><A HREF="online/mk_angndx.html">mk_angndx</A></TD><TD>generates index files for g_angle</TD>
 291 </TABLE>
 292
 293 <A NAME="HNR11">
 294 <TABLE CELLSPACING=1>
 295 <TR><TD>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 296 <TR><TD COLSPAN=2><b>Structural properties</b>
 297 <TR><TD><A HREF="online/g_anadock.html">g_anadock</A></TD><TD>cluster structures from Autodock runs</TD>
 298 <TR><TD><A HREF="online/g_bundle.html">g_bundle</A></TD><TD>analyzes bundles of axes, e.g. helices</TD>
 299 <TR><TD><A HREF="online/g_clustsize.html">g_clustsize</A></TD><TD>calculate size distributions of atomic clusters</TD>
 300 <TR><TD><A HREF="online/g_disre.html">g_disre</A></TD><TD>analyzes distance restraints</TD>
 301 <TR><TD><A HREF="online/g_hbond.html">g_hbond</A></TD><TD>computes and analyzes hydrogen bonds</TD>
 302 <TR><TD><A HREF="online/g_order.html">g_order</A></TD><TD>computes the order parameter per atom for carbon tails</TD>
 303 <TR><TD><A HREF="online/g_principal.html">g_principal</A></TD><TD>calculates axes of inertia for a group of atoms</TD>
 304 <TR><TD><A HREF="online/g_rdf.html">g_rdf</A></TD><TD>calculates radial distribution functions</TD>
 305 <TR><TD><A HREF="online/g_saltbr.html">g_saltbr</A></TD><TD>computes salt bridges</TD>
 306 <TR><TD><A HREF="online/g_sas.html">g_sas</A></TD><TD>computes solvent accessible surface area</TD>
 307 <TR><TD><A HREF="online/g_sgangle.html">g_sgangle</A></TD><TD>computes the angle and distance between two groups</TD>
 308 <TR><TD><A HREF="online/g_sorient.html">g_sorient</A></TD><TD>analyzes solvent orientation around solutes</TD>
 309 <TR><TD><A HREF="online/g_spol.html">g_spol</A></TD><TD>analyzes solvent dipole orientation and polarization around solutes</TD>
 310 </TABLE>
 311
 312 <A NAME="HNR12">
 313 <TABLE CELLSPACING=1>
 314 <TR><TD>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 315 <TR><TD COLSPAN=2><b>Kinetic properties</b>
 316 <TR><TD><A HREF="online/g_bar.html">g_bar</A></TD><TD>calculates free energy difference estimates through Bennett's acceptance ratio</TD>
 317 <TR><TD><A HREF="online/g_current.html">g_current</A></TD><TD>calculate current autocorrelation function of system</TD>
 318 <TR><TD><A HREF="online/g_dos.html">g_dos</A></TD><TD>analyzes density of states and properties based on that</TD>
 319 <TR><TD><A HREF="online/g_dyecoupl.html">g_dyecoupl</A></TD><TD>extracts dye dynamics from trajectories</TD>
 320 <TR><TD><A HREF="online/g_kinetics.html">g_kinetics</A></TD><TD>analyzes kinetic constants from properties based on the Eyring model</TD>
 321 <TR><TD><A HREF="online/g_principal.html">g_principal</A></TD><TD>calculate principal axes of inertion for a group of atoms</TD>
 322 <TR><TD><A HREF="online/g_tcaf.html">g_tcaf</A></TD><TD>calculates viscosities of liquids</TD>
 323 <TR><TD><A HREF="online/g_traj.html">g_traj</A></TD><TD>plots x, v, f, box, temperature and rotational energy</TD>
 324 <TR><TD><A HREF="online/g_vanhove.html">g_vanhove</A></TD><TD>compute Van Hove correlation function</TD>
 325 <TR><TD><A HREF="online/g_velacc.html">g_velacc</A></TD><TD>calculates velocity autocorrelation functions</TD>
 326 </TABLE>
 327
 328 <A NAME="HNR13">
 329 <TABLE CELLSPACING=1>
 330 <TR><TD>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 331 <TR><TD COLSPAN=2><b>Electrostatic properties</b>
 332 <TR><TD><A HREF="online/g_current.html">g_current</A></TD><TD>calculates dielectric constants for charged systems</TD>
 333 <TR><TD><A HREF="online/g_dielectric.html">g_dielectric</A></TD><TD>calculates frequency dependent dielectric constants</TD>
 334 <TR><TD><A HREF="online/g_dipoles.html">g_dipoles</A></TD><TD>computes the total dipole plus fluctuations</TD>
 335 <TR><TD><A HREF="online/g_potential.html">g_potential</A></TD><TD>calculates the electrostatic potential across the box</TD>
 336 <TR><TD><A HREF="online/g_spol.html">g_spol</A></TD><TD>analyze dipoles around a solute</TD>
 337 <TR><TD><A HREF="online/genion.html">genion</A></TD><TD>generates mono atomic ions on energetically favorable positions</TD>
 338 </TABLE>
 339
 340 <A NAME="HNR14">
 341 <TABLE CELLSPACING=1>
 342 <TR><TD>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 343 <TR><TD COLSPAN=2><b>Protein-specific analysis</b>
 344 <TR><TD><A HREF="online/do_dssp.html">do_dssp</A></TD><TD>assigns secondary structure and calculates solvent accessible surface area</TD>
 345 <TR><TD><A HREF="online/g_chi.html">g_chi</A></TD><TD>calculates everything you want to know about chi and other dihedrals</TD>
 346 <TR><TD><A HREF="online/g_helix.html">g_helix</A></TD><TD>calculates basic properties of alpha helices</TD>
 347 <TR><TD><A HREF="online/g_helixorient.html">g_helixorient</A></TD><TD>calculates local pitch/bending/rotation/orientation inside helices</TD>
 348 <TR><TD><A HREF="online/g_rama.html">g_rama</A></TD><TD>computes Ramachandran plots</TD>
 349 <TR><TD><A HREF="online/g_wheel.html">g_wheel</A></TD><TD>plots helical wheels</TD>
 350 <TR><TD><A HREF="online/g_xrama.html">g_xrama</A></TD><TD>shows animated Ramachandran plots</TD>
 351 </TABLE>
 352
 353 <A NAME="HNR15">
 354 <TABLE CELLSPACING=1>
 355 <TR><TD>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 356 <TR><TD COLSPAN=2><b>Interfaces</b>
 357 <TR><TD><A HREF="online/g_bundle.html">g_bundle</A></TD><TD>analyzes bundles of axes, e.g. transmembrane helices</TD>
 358 <TR><TD><A HREF="online/g_density.html">g_density</A></TD><TD>calculates the density of the system</TD>
 359 <TR><TD><A HREF="online/g_densmap.html">g_densmap</A></TD><TD>calculates 2D planar or axial-radial density maps</TD>
 360 <TR><TD><A HREF="online/g_densorder.html">g_densorder</A></TD><TD>calculate surface fluctuations</TD>
 361 <TR><TD><A HREF="online/g_h2order.html">g_h2order</A></TD><TD>computes the orientation of water molecules</TD>
 362 <TR><TD><A HREF="online/g_hydorder.html">g_hydorder</A></TD><TD>computes tetrahedrality parameters around a given atom</TD>
 363 <TR><TD><A HREF="online/g_order.html">g_order</A></TD><TD>computes the order parameter per atom for carbon tails</TD>
 364 <TR><TD><A HREF="online/g_membed.html">g_membed</A></TD><TD>embeds a protein into a lipid bilayer</TD>
 365 <TR><TD><A HREF="online/g_potential.html">g_potential</A></TD><TD>calculates the electrostatic potential across the box</TD>
 366 </TABLE>
 367
 368 <A NAME="HNR16">
 369 <TABLE CELLSPACING=1>
 370 <TR><TD>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 371 <TR><TD COLSPAN=2><b>Covariance analysis</b>
 372 <TR><TD><A HREF="online/g_anaeig.html">g_anaeig</A></TD><TD>analyzes the eigenvectors</TD>
 373 <TR><TD><A HREF="online/g_covar.html">g_covar</A></TD><TD>calculates and diagonalizes the covariance matrix</TD>
 374 <TR><TD><A HREF="online/make_edi.html">make_edi</A></TD><TD>generate input files for essential dynamics sampling</TD>
 375 </TABLE>
 376
 377 <A NAME="HNR17">
 378 <TABLE CELLSPACING=1>
 379 <TR><TD>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 380 <TR><TD COLSPAN=2><b>Normal modes</b>
 381 <TR><TD><A HREF="online/g_anaeig.html">g_anaeig</A></TD><TD>analyzes the normal modes</TD>
 382 <TR><TD><A HREF="online/g_nmeig.html">g_nmeig</A></TD><TD>diagonalizes the Hessian </TD>
 383 <TR><TD><A HREF="online/g_nmtraj.html">g_nmtraj</A></TD><TD>generate oscillating trajectory of an eigenmode</TD>
 384 <TR><TD><A HREF="online/g_nmens.html">g_nmens</A></TD><TD>generates an ensemble of structures from the normal modes</TD>
 385 <TR><TD><A HREF="online/grompp.html">grompp</A></TD><TD>makes a run input file</TD>
 386 <TR><TD><A HREF="online/mdrun.html">mdrun</A></TD><TD>finds a potential energy minimum and calculates the Hessian</TD>
 387 </TABLE>
 388 <p>
 389 <hr>
 390 <div ALIGN=RIGHT>
 391 <font size="-1"><a href="http://www.gromacs.org">http://www.gromacs.org</a></font><br>
 392 </body>
 393 </html>