share/html/online/mdp_opt.html

   1 <HTML>
   2 <HEAD>
   3 <TITLE>mdp options</TITLE>
   4 <LINK rel=stylesheet href="style.css" type="text/css">
   5 <BODY text="#000000" bgcolor="#FFFFFF" link="#0000FF" vlink="#990000" alink="#FF0000">
   6 <TABLE WIDTH="98%" NOBORDER >
   7 <TR><TD WIDTH=400>
   8 <TABLE WIDTH=400 NOBORDER>
   9 <TD WIDTH=116>
  10 <a href="http://www.gromacs.org/"><img SRC="../images/gmxlogo_small.jpg"BORDER=0 height=133 width=116></a></td>
  11 <td ALIGN=LEFT VALIGN=TOP WIDTH=280><br><h2>mdp options</h2><font size=-1><A HREF="../online.html">Main Table of Contents</A></font><br><br></td>
  12 </TABLE></TD><TD WIDTH="*" ALIGN=RIGHT VALIGN=BOTTOM><p> </p><B>VERSION 4.0<br>
  13 Sun 18 Jan 2009</B></td></tr></TABLE>
  14 <HR>
  15
  16 <!--
  17
  18 PLEASE BE VERY CAREFUL WHEN EDITING THIS FILE: IT MUST BE
  19 AUTOMATICALLY PARSED BY A SIMPLE SCRIPT (mkmdp in the GROMACS manual repository) TO PRODUCE A
  20 CORRESPONDING LATEX FILE.
  21
  22 IF YOU'RE NOT SURE ABOUT WHAT YOU'RE DOING, DON'T DO IT!
  23
  24 -->
  25
  26 <H3>Table of Contents</H3>
  27
  28 <ul>
  29 <li><A HREF="#general"><b>General remarks</b></A>
  30 <p> </p>
  31 <li><A HREF="#pp"><b>preprocessing</b></A> (include, define)
  32 <li><A HREF="#run"><b>run control</b></A> (integrator, tinit, dt, nsteps, init_step, comm_mode, nstcomm, comm_grps)
  33 <li><A HREF="#ld"><b>langevin dynamics</b></A> (bd_fric, ld_seed)
  34 <li><A HREF="#em"><b>energy minimization</b></A> (emtol, emstep, nstcgsteep)
  35 <li><a HREF="#xmdrun"><b>shell molecular dynamics</b></a>(emtol,niter,fcstep)
  36 <li><a HREF="#tpi"><b>test particle insertion</b></a>(rtpi)
  37 <li><A HREF="#out"><b>output control</b></A> (nstxout, nstvout, nstfout, nstlog, nstcalcenergy, nstenergy, nstxtcout, xtc_precision, xtc_grps, energygrps)
  38 <li><A HREF="#nl"><b>neighbor searching</b></A> (nstlist, ns_type, pbc, periodic_molecules, rlist, rlistlong)
  39 <li><A HREF="#el"><b>electrostatics</b></A> (coulombtype, rcoulomb_switch, rcoulomb, epsilon_r, epsilon_rf)
  40 <li><A HREF="#vdw"><b>VdW</b></A> (vdwtype, rvdw_switch, rvdw, DispCorr)
  41 <li><A HREF="#table"><b>tables</b></A> (table-extension, energygrp_table)
  42 <li><A HREF="#ewald"><b>Ewald</b></A> (fourierspacing, fourier_nx, fourier_ny, fourier_nz, pme_order, ewald_rtol, ewald_geometry, epsilon_surface, optimize_fft)
  43 <li><A HREF="#tc"><b>Temperature coupling</b></A> (tcoupl, nsttcouple, tc_grps, tau_t, ref_t)
  44 <li><A HREF="#pc"><b>Pressure coupling</b></A> (pcoupl, pcoupltype,
  45   nstpcouple, tau_p, compressibility, ref_p, refcoord_scaling)
  46 <li><A HREF="#sa"><b>simulated annealing</b></A> (annealing, annealing_npoints, annealing_time, annealing_temp)
  47 <li><A HREF="#vel"><b>velocity generation</b></A> (gen_vel, gen_temp, gen_seed)
  48 <li><A HREF="#bond"><b>bonds</b></A> (constraints, constraint_algorithm, continuation, shake_tol, lincs_order, lincs_iter, lincs_warnangle, morse)
  49 <li><A HREF="#egexcl"><b>Energy group exclusions</b></A> (energygrp_excl)
  50 <li><A HREF="#walls"><b>Walls</b></A> (nwall, wall_type, wall_r_linpot, wall_atomtype,
  51 wall_density, wall_ewald_zfac)
  52 <li><A HREF="#pull"><b>COM pulling</b></A> (pull, ...)
  53 <li><A HREF="#nmr"><b>NMR refinement</b></A> (disre, disre_weighting, disre_mixed, disre_fc, disre_tau, nstdisreout, orire, orire_fc, orire_tau, orire_fitgrp, nstorireout)
  54 <li><A HREF="#free"><b>Free Energy calculations</b></A> (free_energy, init_lambda, delta_lambda, sc_alpha, sc_power, sc_sigma, couple-moltype, couple-lambda0, couple-lambda1, couple-intramol)
  55 <li><A HREF="#neq"><b>Non-equilibrium MD</b></A> (acc_grps, accelerate, freezegrps, freezedim, cos_acceleration, deform)
  56 <li><A HREF="#ef"><b>Electric fields</b></A> (E_x, E_xt, E_y, E_yt, E_z, E_zt )
  57 <li><A HREF="#qmmm"><b>Mixed quantum/classical dynamics</b></A> (QMMM, QMMM-grps, QMMMscheme, QMmethod, QMbasis, QMcharge, Qmmult, CASorbitals, CASelectrons, SH)
  58 <li><A HREF="#gbsa"><b>Implicit solvent</b></A> (implicit_solvent, gb_algorithm, nstgbradii, rgbradii, gb_epsilon_solvent, gb_saltconc, gb_obc_alpha, gb_obc_beta, gb_obc_gamma, gb_dielectric_offset, sa_algorithm, sa_surface_tension)
  59 <li><A HREF="#user"><b>User defined thingies</b></A> (user1_grps, user2_grps, userint1, userint2, userint3, userint4, userreal1, userreal2, userreal3, userreal4)
  60 <li><A HREF="#idx"><b>Index</b></A>
  61 </ul>
  62 </P>
  63
  64 <HR>
  65
  66 <A NAME="general"><br>
  67 <h3>General</h3>
  68
  69 <P>
  70 Default values are given in parentheses. The first option in
  71 the list is always the default option. Units are given in
  72 square brackets The difference between a dash and an underscore
  73 is ignored. </P>
  74
  75 <P>
  76 A <a href="mdp.html">sample <TT>.mdp</TT> file</a> is
  77 available. This should be appropriate to start a normal
  78 simulation. Edit it to suit your specific needs and desires. </P>
  79
  80 <A NAME="pp"><br>
  81 <hr>
  82 <h3>Preprocessing</h3>
  83
  84 <dl>
  85 <dt><b>include:</b></dt>
  86 <dd>directories to include in your topology. Format:
  87 <PRE>-I/home/john/mylib -I../otherlib</PRE></dd>
  88 <dt><b>define:</b></dt>
  89 <dd>defines to pass to the preprocessor, default is no defines. You can use
  90 any defines to control options in your customized topology files. Options
  91 that are already available by default are:
  92 <dd><dl compact>
  93 <dt>-DFLEXIBLE</dt>
  94 <dd>Will tell <tt>grompp</tt> to include flexible water in stead of rigid water into your
  95 topology, this can be useful for normal mode analysis.</dd>
  96 <dt>-DPOSRES</dt>
  97 <dd>Will tell <tt>grompp</tt> to include posre.itp into your topology, used for
  98 <!--Idx-->position restraint<!--EIdx-->s.</dd>
  99 </dl>
 100 </dl>
 101
 102 <A NAME="run"><br>
 103 <hr>
 104 <h3>Run control</h3>
 105
 106 <dl>
 107 <dt><b>integrator:</b> (Despite the name, this list includes algorithms that are not actually integrators. <tt>steep</tt> and all entries following it are in this category)</dt>
 108 <dd><dl compact>
 109 <dt><b>md</b></dt>
 110 <dd>A leap-frog algorithm<!--QuietIdx-->leap-frog integrator<!--EQuietIdx-->
 111 for integrating Newton's equations of motion.</dd>
 112 <dt><b>md-vv</b></dt>
 113 <dd>A velocity Verlet algorithm for integrating Newton's equations of motion.
 114 For constant NVE simulations started from corresponding points in the same trajectory, the trajectories
 115 are analytically, but not binary, identical to the <b>md</b> leap-frog integrator.  The the kinetic
 116 energy, which is determined from the whole step velocities and is therefore
 117 slightly too high. The advantage of this integrator is more accurate,
 118 reversible Nose-Hoover and Parrinello-Rahman coupling integration
 119 based on Trotter expansion, as well as (slightly too small) full step velocity
 120 output. This all comes at the cost off extra computation, especially with
 121 constraints and extra communication in parallel. Note that for nearly all
 122 production simulations the <b>md</b> integrator is accurate enough.
 123 </dd>
 124 <dt><b>md-vv-avek</b></dt>
 125 <dd>A velocity Verlet algorithm identical to <b>md-vv</b>, except that
 126 the kinetic energy is determined as the average of
 127 the two half step kinetic energies as in the <b>md</b> integrator, and this thus more accurate.
 128 With Nose-Hoover and/or Parrinello-Rahman coupling this comes with
 129 a slight increase in computational cost.
 130 </dd>
 131 <dt><b>sd</b></dt>
 132 <dd> An accurate leap-frog stochastic dynamics integrator.
 133 Four Gaussian random number are required
 134 per integration step per degree of freedom. With constraints,
 135 coordinates needs to be constrained twice per integration step.
 136 Depending on the computational cost of the force calculation,
 137 this can take a significant part of the simulation time.
 138 The temperature for one or more groups of atoms
 139 (<b><A HREF="#tc">tc_grps</A></b>)
 140 is set with <b><A HREF="#tc">ref_t</A></b> [K],
 141 the inverse friction constant for each group is set with
 142 <b><A HREF="#tc">tau_t</A></b> [ps].
 143 The parameter <b><A HREF="#tc">tcoupl</A></b> is ignored.
 144 The random generator is initialized with <b><A HREF="#ld">ld_seed</A></b>.
 145 When used as a thermostat, an appropriate value for <b>tau_t</b> is 2 ps,
 146 since this results in a friction that is lower than the internal friction
 147 of water, while it is high enough to remove excess heat
 148 (unless <b>cut-off</b> or <b>reaction-field</b> electrostatics is used).
 149 NOTE: temperature deviations decay twice as fast as with
 150 a Berendsen thermostat with the same <b>tau_t</b>.</dd>
 151 <dt><b>sd1</b></dt>
 152 <dd> An efficient leap-frog stochastic dynamics integrator.
 153 This integrator is equivalent to <b>sd</b>, except that it requires
 154 only one Gaussian random number and one constraint step.
 155 This integrator is less accurate.
 156 For water the relative error in the temperature with this integrator
 157 is 0.5 <b>delta_t</b>/<b>tau_t</b>, but for other systems it can be higher.
 158 Use with care and check the temperature.</dd>
 159 <dt><b>bd</b></dt>
 160 <dd>An Euler integrator for Brownian or position Langevin dynamics, the
 161 velocity is the force divided by a friction coefficient
 162 (<b><A HREF="#ld">bd_fric</A></b> [amu ps<sup>-1</sup>])
 163 plus random thermal noise (<b><A HREF="#tc">ref_t</A></b>).
 164 When <b><A HREF="#ld">bd_fric</A></b><tt>=0</tt>, the friction coefficient for each
 165 particle is calculated as mass/<b><A HREF="#tc">tau_t</A></b>, as for the
 166 integrator <tt>sd</tt>.
 167 The random generator is initialized with <b><A HREF="#ld">ld_seed</A></b>.</dd>
 168
 169 <dt><b>steep</b></dt>
 170 <dd>A <!--Idx-->steepest descent<!--EIdx--> algorithm for energy
 171 minimization. The maximum step size is <b><A HREF="#em">emstep</A></b>
 172 [nm], the tolerance is <b><A HREF="#em">emtol</A></b> [kJ
 173 mol<sup>-1</sup> nm<sup>-1</sup>].</dd>
 174 <dt><b>cg</b></dt>
 175 <dd>A <!--Idx-->conjugate gradient<!--EIdx--> algorithm for energy
 176 minimization, the tolerance is <b>emtol</b> [kJ mol<sup>-1</sup>
 177 nm<sup>-1</sup>]. CG is more efficient when a steepest descent step
 178 is done every once in a while, this is determined by
 179 <b><A HREF="#em">nstcgsteep</A></b>.
 180 For a minimization prior to a normal mode analysis, which requires
 181 a very high accuracy, GROMACS should be compiled in double precision.</dd>
 182 <dt><b>l-bfgs</b></dt>
 183 <dd>A <!--Idx-->quasi-Newtonian<!--EIdx--> algorithm for energy minimization
 184 according to the low-memory Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shanno approach.
 185 In practice this seems to converge faster than Conjugate Gradients, but due
 186 to the correction steps necessary it is not (yet) parallelized.
 187 </dd>
 188 <dt><b>nm</b></dt>
 189 <dd>Normal mode analysis<!--QuietIdx-->normal-mode analysis<!--EQuietIdx--> is performed
 190 on the structure in the <tt>tpr</tt> file. GROMACS should be
 191 compiled in double precision.</dd>
 192 <dt><b>tpi</b></dt>
 193 <dd> Test particle insertion. The last molecule in the topology
 194 is the test particle. A trajectory should be provided with
 195 the <tt>-rerun</tt> option of <tt>mdrun</tt>. This trajectory
 196 should not contain the molecule to be inserted. Insertions
 197 are performed <b>nsteps</b> times in each frame at random locations
 198 and with random orientiations of the molecule. When <b>nstlist</b>
 199 is larger than one, <b>nstlist</b> insertions are performed
 200 in a sphere with radius <b><A HREF="#tpi">rtpi</A></b>
 201 around a the same random location using the same neighborlist
 202 (and the same long-range energy when <b>rvdw</b> or <b>rcoulomb</b>&gt;<b>rlist</b>,
 203 which is only allowed for single-atom molecules).
 204 Since neighborlist construction is expensive, one can perform several
 205 extra insertions with the same list almost for free.
 206 The random seed is set with <b><A HREF="#ld">ld_seed</A></b>.
 207 The temperature for the Boltzmann weighting is set with
 208 <b><A HREF="#tc">ref_t</A></b>, this should match the temperature
 209 of the simulation of the original trajectory.
 210 Dispersion correction is implemented correctly for tpi.
 211 All relevant quantities are written to the file specified with
 212 the <tt>-tpi</tt> option of <tt>mdrun</tt>.
 213 The distribution of insertion energies is written to the file specified with
 214 the <tt>-tpid</tt> option of <tt>mdrun</tt>.
 215 No trajectory or energy file is written.
 216 Parallel tpi gives identical results to single node tpi.
 217 For charged molecules, using PME with a fine grid is most accurate
 218 and also efficient, since the potential in the system only needs
 219 to be calculated once per frame.
 220 </dd>
 221 <dt><b>tpic</b></dt>
 222 <dd> Test particle insertion into a predefined cavity location.
 223 The procedure is the same as for <b>tpi</b>, except that one coordinate
 224 extra is read from the trajectory, which is used as the insertion location.
 225 The molecule to be inserted should be centered at 0,0,0. Gromacs does
 226 not do this for you, since for different situations a different
 227 way of centering might be optimal.
 228 Also <b><A HREF="#tpi">rtpi</A></b> sets the radius for the sphere
 229 around this location. Neighbor searching is done only once per frame,
 230 <b>nstlist</b> is not used.
 231 Parallel tpic gives identical results to single node tpic.
 232 </dl>
 233
 234 <dt><b>tinit: (0) [ps]</b></dt>
 235 <dd>starting time for your run (only makes sense for integrators <tt>md</tt>,
 236 <tt>sd</tt> and <tt>bd</tt>)</dd>
 237 <dt><b>dt: (0.001) [ps]</b></dt></dd>
 238 <dd>time step for integration (only makes sense for integrators <tt>md</tt>,
 239 <tt>sd</tt> and <tt>bd</tt>)</dd>
 240 <dt><b>nsteps: (0)</b></dt>
 241 <dd>maximum number of steps to integrate or minimize, -1 is no maximum</dd>
 242 <dt><b>init_step: (0)</b></dt>
 243 <dd>The starting step.
 244 The time at an step i in a run is calculated as: t = <tt>tinit</tt> + <tt>dt</tt>*(<tt>init_step</tt> + i).
 245 The free-energy lambda is calculated as: lambda = <tt>init_lambda</tt> + <tt>delta_lambda</tt>*(<tt>init_step</tt> + i).
 246 Also non-equilibrium MD parameters can depend on the step number.
 247 Thus for exact restarts or redoing part of a run it might be necessary to
 248 set <tt>init_step</tt> to the step number of the restart frame.
 249 <tt>tpbconv</tt> does this automatically.
 250 </dd>
 251 <dt><b>comm_mode:</b></dt>
 252 <dd><dl compact>
 253 <dt><b>Linear</b></dt>
 254 <dd>Remove center of mass translation</dd>
 255 <dt><b>Angular</b></dt>
 256 <dd>Remove center of mass translation and rotation around the center of mass
 257 </dd>
 258 <dt><b>No</b></dt>
 259 <dd>No restriction on the center of mass motion
 260 </dl></dd>
 261 <dt><b>nstcomm: (10) [steps]</b></dt>
 262 <dd>frequency for center of mass motion removal</dd>
 263 <dt><b>comm_grps:</b></dt>
 264 <dd>group(s) for center of mass motion removal, default is the whole system</dd>
 265 </dl>
 266
 267 <A NAME="ld"><br>
 268 <hr>
 269 <h3><!--Idx-->Langevin dynamics<!--EIdx--></h3>
 270
 271 <dl>
 272 <dt><b>bd_fric: (0) [amu ps<sup>-1</sup>]</b></dt>
 273 <dd>Brownian dynamics friction coefficient.
 274 When <b>bd_fric</b><tt>=0</tt>, the friction coefficient for each
 275 particle is calculated as mass/<b><A HREF="#tc">tau_t</A></b>.</dd>
 276 <dt><b>ld_seed: (1993) [integer]</b></dt>
 277 <dd>used to initialize random generator for thermal noise
 278 for stochastic and Brownian dynamics.
 279 When <b>ld_seed</b> is set to -1, the seed is calculated from the process ID.
 280 When running BD or SD on multiple processors, each processor uses a seed equal
 281 to <b>ld_seed</b> plus the processor number.</dd>
 282 </dl>
 283
 284 <A NAME="em"><br>
 285 <hr>
 286 <h3>Energy minimization<!--QuietIdx-->energy minimization<!--EQuietIdx--></h3>
 287 <dl>
 288 <dt><b>emtol: (10.0) [kJ mol<sup>-1</sup> nm<sup>-1</sup>]</b></dt>
 289 <dd>the minimization is converged when the maximum force is smaller than
 290 this value</dd>
 291 <dt><b>emstep: (0.01) [nm]</b></dt>
 292 <dd>initial step-size</dd>
 293 <dt><b>nstcgsteep: (1000) [steps]</b></dt>
 294 <dd>frequency of performing 1 steepest descent step while doing
 295 conjugate gradient energy minimization.</dd>
 296 <dt><b>nbfgscorr: (10)</b></dt>
 297 <dd>Number of correction steps to use for L-BFGS minimization. A higher
 298 number is (at least theoretically) more accurate, but slower.</dd>
 299 </dl>
 300
 301 <A NAME="xmdrun"><br>
 302 <hr>
 303 <h3>Shell Molecular Dynamics<!--QuietIdx-->shell molecular dynamics<!--EQuietIdx--></h3>
 304 When shells or
 305 flexible constraints are present in the system the positions of the shells
 306 and the lengths of the flexible constraints are optimized at
 307 every time step until either the RMS force on the shells and constraints
 308 is less than emtol, or a maximum number of iterations (niter) has been reached
 309 <dl>
 310 <dt><b>emtol: (10.0) [kJ mol<sup>-1</sup> nm<sup>-1</sup>]</b></dt>
 311 <dd>the minimization is converged when the maximum force is smaller than
 312 this value. For shell MD this value should be 1.0 at most, but since the
 313 variable is used for energy minimization as well the default is 10.0.</dd>
 314 <dt><b>niter: (20)</b></dt>
 315 <dd>maximum number of iterations for optimizing the shell positions
 316 and the flexible constraints.</dd>
 317 <dt><b>fcstep: (0) [ps<sup>2</sup>]</b></dt>
 318 <dd>the step size for optimizing the flexible constraints.
 319 Should be chosen as mu/(d<sup>2</sup>V/dq<sup>2</sup>)
 320 where mu is the reduced mass of two particles in a flexible constraint
 321 and d<sup>2</sup>V/dq<sup>2</sup> is the second derivative of the potential
 322 in the constraint direction. Hopefully this number does not differ too
 323 much between the flexible constraints, as the number of iterations
 324 and thus the runtime is very sensitive to <tt>fcstep</tt>.
 325 Try several values!</dd>
 326 </dl>
 327
 328 <A NAME="tpi"><br>
 329 <hr>
 330 <h3>Test particle insertion</h3>
 331 <dl>
 332 <dt><b>rtpi: (0.05) [nm]</b></dt>
 333 <dd>the test particle insertion radius see integrators
 334 <b><a href="#run">tpi</a></b> and <b><a href="#run">tpic</a></b></dd>
 335 </dl>
 336
 337 <A NAME="out"><br>
 338 <hr>
 339 <h3>Output control</h3>
 340 <dl>
 341 <dt><b>nstxout: (100) [steps]</b></dt>
 342 <dd>frequency to write coordinates to output
 343 <!--Idx-->trajectory file<!--EIdx-->, the last coordinates are always written</dd>
 344 <dt><b>nstvout: (100) [steps]</b></dt>
 345 <dd>frequency  to write velocities to output trajectory,
 346 the last velocities are always written</dd>
 347 <dt><b>nstfout: (0) [steps]</b></dt>
 348 <dd>frequency to write forces to output trajectory.</dd>
 349 <dt><b>nstlog: (100) [steps]</b></dt>
 350 <dd>frequency to write energies to <!--Idx-->log file<!--EIdx-->,
 351 the last energies are always written</dd>
 352 <dt><b>nstcalcenergy: (-1)</b></dt>
 353 <dd>frequency for calculating the energies, 0 is never.
 354 This option is only relevant with dynamics.
 355 With a twin-range cut-off setup <b>nstcalcenergy</b> should be equal to
 356 or a multiple of <b>nstlist</b>.
 357 This option affects the performance in parallel simulations,
 358 because calculating energies requires global communication between all
 359 processes which can become a bottleneck at high parallelization.
 360 The default value of -1 sets <b>nstcalcenergy</b> equal to <b>nstlist</b>,
 361 unless <b>nstlist</b> &le;0, then a value of 10 is used.
 362 If <b>nstenergy</b> is smaller than the automatically generated value,
 363 the lowest common denominator of <b>nstenergy</b> and <b>nstlist</b> is used.
 364 </dd>
 365 <dt><b>nstenergy: (100) [steps]</b></dt>
 366 <dd>frequency to write energies to energy file,
 367 the last energies are always written,
 368 should be a multiple of <b>nstcalcenergy</b>.
 369 Note that the exact sums and fluctuations over all MD steps
 370 modulo <b>nstcalcenergy</b> are stored in the energy file,
 371 so <tt>g_energy</tt> can report exact
 372 energy averages and fluctuations also when <b>nstenergy</b><tt>&gt;1</tt></dd>
 373 <dt><b>nstxtcout: (0) [steps]</b></dt>
 374 <dd>frequency to write coordinates to xtc trajectory</dd>
 375 <dt><b>xtc_precision: (1000) [real]</b></dt>
 376 <dd>precision to write to xtc trajectory</dd>
 377 <dt><b>xtc_grps:</b></dt>
 378 <dd>group(s) to write to xtc trajectory, default the whole system is written
 379 (if <b>nstxtcout</b> &gt; 0)</dd>
 380 <dt><b>energygrps:</b></dt>
 381 <dd>group(s) to write to energy file</dd>
 382 </dl>
 383
 384 <A NAME="nl"><br>
 385 <hr>
 386 <h3>Neighbor searching<!--QuietIdx-->neighbor searching<!--EQuietIdx--></h3>
 387 <dl>
 388 <dt><b>nstlist: (10) [steps]</b></dt>
 389 <dd><dl compact>
 390 <dt><b>&gt;0</b></dt>
 391 <dd>Frequency to update the <!--Idx-->neighbor list<!--EIdx--> (and
 392 the long-range forces, when using twin-range cut-offs). When this is 0,
 393 the neighbor list is made only once.
 394 With energy minimization the neighborlist will be updated for every
 395 energy evaluation when <b>nstlist</b><tt>&gt;0</tt>.</dd>
 396 <dt><b>0</b></dt>
 397 <dd>The neighbor list is only constructed once and never updated.
 398 This is mainly useful for vacuum simulations in which all particles
 399 see each other.</dd>
 400 <dt><b>-1</b></dt>
 401 <dd>Automated update frequency.
 402 This can only be used with switched, shifted or user potentials where
 403 the cut-off can be smaller than <b>rlist</b>. One then has a buffer
 404 of size <b>rlist</b> minus the longest cut-off.
 405 The neighbor list is only updated when one or more particles have moved further
 406 than half the buffer size from the center of geometry of their charge group
 407 as determined at the previous neighbor search.
 408 Coordinate scaling due to pressure coupling or the <b>deform</b> option
 409 is taken into account.
 410 This option guarantees that their are no cut-off artifacts,
 411 but for larger systems this can come at a high computational cost,
 412 since the neighbor list update frequency will be determined
 413 by just one or two particles moving slightly beyond the half buffer length
 414 (which does not necessarily imply that the neighbor list is invalid),
 415 while 99.99% of the particles are fine.
 416 </dd>
 417 </dl></dd>
 418
 419 <dt><b>ns_type:</b></dt>
 420 <dd><dl compact>
 421 <dt><b>grid</b></dt>
 422 <dd>Make a grid in the box and only check atoms in neighboring grid
 423 cells when constructing a new neighbor list every <b>nstlist</b> steps.
 424 In large systems grid search is much faster than simple search.</dd>
 425 <dt><b>simple</b></dt>
 426 <dd>Check every atom in the box when constructing a new neighbor list
 427 every <b>nstlist</b> steps.</dd>
 428 </dl></dd>
 429
 430 <dt><b>pbc:</b></dt>
 431 <dd><dl compact>
 432 <dt><b>xyz</b></dt>
 433 <dd>Use periodic boundary conditions in all directions.</dd>
 434 <dt><b>no</b></dt>
 435 <dd>Use no periodic boundary conditions, ignore the box.
 436 To simulate without cut-offs, set all cut-offs to 0 and <b>nstlist</b><tt>=0</tt>.
 437 For best performance without cut-offs, use <b>nstlist</b><tt>=0</tt>,
 438 <b>ns_type</b><tt>=simple</tt>
 439 and particle decomposition instead of domain decomposition.</dd>
 440 <dt><b>xy</b></dt>
 441 <dd>Use periodic boundary conditions in x and y directions only.
 442 This works only with <b>ns_type</b><tt>=grid</tt> and can be used
 443 in combination with <b><a href="#walls">walls</a></b>.
 444 Without walls or with only one wall the system size is infinite
 445 in the z direction. Therefore pressure coupling or Ewald summation
 446 methods can not be used.
 447 These disadvantages do not apply when two walls are used.</dd>
 448 </dl></dd>
 449
 450 <dt><b>periodic_molecules:</b></dt>
 451 <dd><dl compact>
 452 <dt><b>no</b></dt>
 453 <dd>molecules are finite, fast molecular PBC can be used</dd>
 454 <dt><b>yes</b></dt>
 455 <dd>for systems with molecules that couple to themselves through
 456 the periodic boundary conditions, this requires a slower PBC algorithm
 457 and molecules are not made whole in the output</dd>
 458 </dl></dd>
 459
 460 <dt><b>rlist: (1) [nm]</b></dt>
 461 <dd>cut-off distance for the short-range neighbor list</dd>
 462
 463 <dt><b>rlistlong: (-1) [nm]</b></dt>
 464 <dd>Cut-off distance for the long-range neighbor list.
 465 This parameter is only relevant for a twin-range cut-off setup
 466 with switched potentials. In that case a buffer region is required to account
 467 for the size of charge groups. In all other cases this parameter
 468 is automatically set to the longest cut-off distance.</dd>
 469 </dl>
 470
 471
 472 <A NAME="el"><br>
 473 <hr>
 474 <h3>Electrostatics<!--QuietIdx-->electrostatics<!--EQuietIdx--></h3>
 475 <dl>
 476 <dt><b>coulombtype:</b></dt>
 477 <dd><dl compact>
 478
 479 <dt><b>Cut-off</b></dt>
 480 <dd>Twin range cut-offs with neighborlist cut-off <b>rlist</b> and
 481 Coulomb cut-off <b>rcoulomb</b>,
 482 where <b>rcoulomb</b>&ge;<b>rlist</b>.
 483
 484 <dt><b>Ewald</b></dt>
 485 <dd>Classical <!--Idx-->Ewald sum<!--EIdx--> electrostatics.
 486 The real-space cut-off <b>rcoulomb</b> should be equal to <b>rlist</b>.
 487 Use e.g. <b>rlist</b><tt>=0.9</tt>, <b>rcoulomb</b><tt>=0.9</tt>. The highest magnitude of
 488 wave vectors used in reciprocal space is controlled by <b>fourierspacing</b>.
 489 The relative accuracy of direct/reciprocal space
 490 is controlled by <b>ewald_rtol</b>.
 491 <br>
 492 NOTE: Ewald scales as O(N<sup>3/2</sup>)
 493 and is thus extremely slow for large systems. It is included mainly for
 494 reference - in most cases PME will perform much better.</dd>
 495
 496 <dt><b><!--Idx-->PME<!--EIdx--></b></dt>
 497 <dd>Fast Particle-Mesh Ewald electrostatics. Direct space is similar
 498 to the Ewald sum, while the reciprocal part is performed with
 499 FFTs. Grid dimensions are controlled with <b>fourierspacing</b> and the
 500 interpolation order with <b>pme_order</b>. With a grid spacing of 0.1
 501 nm and cubic interpolation the electrostatic forces have an accuracy
 502 of 2-3*10<sup>-4</sup>. Since the error from the vdw-cutoff is larger than this you
 503 might try 0.15 nm. When running in parallel the interpolation
 504 parallelizes better than the FFT, so try decreasing grid dimensions
 505 while increasing interpolation.</dd>
 506
 507 <dt><b><!--Idx-->PPPM<!--EIdx--></b></dt>
 508 <dd>Particle-Particle Particle-Mesh algorithm for long range
 509 electrostatic interactions.
 510 Use for example <b>rlist</b><tt>=0.9</tt>, <b>rcoulomb</b><tt>=0.9</TT>.
 511 The grid dimensions are controlled by <b>fourierspacing</b>.
 512 Reasonable grid spacing for PPPM is 0.05-0.1 nm.
 513 See <tt>Shift</tt> for the details of the particle-particle potential.
 514 <br>
 515 NOTE: PPPM is not functional in the current version, but we plan to implement
 516 PPPM through a small modification of the PME code.</dd>
 517
 518 <dt><b>Reaction-Field electrostatics<!--QuietIdx-->reaction-field electrostatics<!--EQuietIdx--></b></dt>
 519 <dd>Reaction field with Coulomb cut-off <b>rcoulomb</b>,
 520 where <b>rcoulomb</b> &ge; <b>rlist</b>.
 521 The dielectric constant beyond the cut-off is <b>epsilon_rf</b>.
 522 The dielectric constant can be set to infinity by setting <b>epsilon_rf</b><tt>=0</tt>.</dd>
 523
 524 <dt><b>Generalized-Reaction-Field</b></dt>
 525 <dd>Generalized reaction field with Coulomb cut-off <b>rcoulomb</b>,
 526 where <b>rcoulomb</b> &ge; <b>rlist</b>.
 527 The dielectric constant beyond the cut-off is <b>epsilon_rf</b>.
 528 The ionic strength is computed from the number of charged
 529 (i.e. with non zero charge) <!--Idx-->charge group<!--EIdx-->s.
 530 The temperature for the GRF potential is set with
 531 <b><A HREF="#tc">ref_t</A></b> [K].</dd>
 532
 533 <dt><b>Reaction-Field-zero</b></dt>
 534 <dd>In GROMACS normal reaction-field electrostatics leads to bad
 535 energy conservation. <b>Reaction-Field-zero</b> solves this
 536 by making the potential zero beyond the cut-off. It can only
 537 be used with an infinite dielectric constant (<b>epsilon_rf=0</b>),
 538 because only for that value the force vanishes at the cut-off.
 539 <b>rlist</b> should be 0.1 to 0.3 nm larger than <b>rcoulomb</b>
 540 to accommodate for the size of charge groups and diffusion
 541 between neighbor list updates. This, and the fact that table lookups
 542 are used instead of analytical functions make <b>Reaction-Field-zero</b>
 543 computationally more expensive than normal reaction-field.</dd>
 544
 545 <dt><b>Reaction-Field-nec</b></dt>
 546 <dd>The same as <b>Reaction-Field</b>, but implemented as in
 547 GROMACS versions before 3.3. No reaction-field correction is applied
 548 to excluded atom pairs and self pairs.
 549 The 1-4 interactions are calculated using a reaction-field.
 550 The missing correction due to the excluded pairs that do not have a 1-4
 551 interaction is up to a few percent of the total electrostatic
 552 energy and causes a minor difference in the forces and the pressure.</dd>
 553
 554 <dt><b>Shift</b></dt>
 555 <dd>Analogous to <b>Shift</b> for <b>vdwtype</b>.
 556 You might want to use <b>Reaction-Field-zero</b> instead,
 557 which has a similar potential shape, but has a physical interpretation
 558 and has better energies due to the exclusion correction terms.
 559 </dd>
 560
 561 <dt><b>Encad-Shift</b></dt>
 562 <dd>The Coulomb
 563 potential is decreased over the whole range, using the definition
 564 from the Encad simulation package.</dd>
 565
 566 <dt><b>Switch</b></dt>
 567 <dd>Analogous to <b>Switch</b> for <b>vdwtype</b>.
 568 Switching the Coulomb potential can lead to serious artifacts,
 569 advice: use <b>Reaction-Field-zero</b> instead.</dd>
 570
 571 <dt><b>User</b></dt>
 572 <dd><a name="usertab"></a><tt>mdrun</tt> will now expect to find a file
 573 <tt>table.xvg</tt> with user-defined potential functions for
 574 repulsion, dispersion and Coulomb. When pair interactions are present,
 575 <tt>mdrun</tt> also expects to find a file <tt>tablep.xvg</tt> for
 576 the pair interactions. When the same interactions should be used
 577 for non-bonded and pair interactions the user can specify the same
 578 file name for both table files.
 579 These files should contain 7
 580 columns: the <tt>x</tt> value,
 581 <tt>f(x)</tt>, <tt>-f'(x)</tt>,
 582 <tt>g(x)</tt>, <tt>-g'(x)</tt>,
 583 <tt>h(x)</tt>, <tt>-h'(x)</tt>,
 584 where <tt>f(x)</tt> is the Coulomb function, <tt>g(x)</tt> the dispersion function
 585 and <tt>h(x)</tt> the repulsion function.
 586 When <b>vdwtype</b> is not set to <b>User</b> the values
 587 for <tt>g</tt>, <tt>-g'</tt>, <tt>h</tt> and <tt>-h'</tt> are ignored.
 588 For the non-bonded interactions <tt>x</tt> values should run
 589 from 0 to the largest cut-off distance + <b>table-extension</b>
 590 and should be uniformly spaced. For the pair interactions the table
 591 length in the file will be used.
 592 The optimal spacing, which is used for non-user tables,
 593 is <tt>0.002</tt> [nm] when you run in single precision
 594 or <tt>0.0005</tt> [nm] when you run in double precision.
 595 The function value at <tt>x=0</tt> is not important. More information is
 596 in the printed manual.</dd>
 597
 598 <dt><b>PME-Switch</b></dt>
 599 <dd>A combination of PME and a switch function for the direct-space part
 600 (see above). <b>rcoulomb</b> is allowed to be smaller than <b>rlist</b>.
 601 This is mainly useful constant energy simulations. For constant temperature
 602 simulations the advantage of improved energy conservation
 603 is usually outweighed by the small loss in accuracy of the electrostatics.
 604 </dd>
 605
 606 <dt><b>PME-User</b></dt>
 607 <dd>A combination of PME and user tables (see above).
 608 <b>rcoulomb</b> is allowed to be smaller than <b>rlist</b>.
 609 The PME mesh contribution is subtracted from the user table by <tt>mdrun</tt>.
 610 Because of this subtraction the user tables should contain
 611 about 10 decimal places.</dd>
 612
 613 <dt><b>PME-User-Switch</b></dt>
 614 <dd>A combination of PME-User and a switching function (see above).
 615 The switching function is applied to final particle-particle interaction,
 616 i.e. both to the user supplied function and the PME Mesh correction part.</dd>
 617
 618 </dl></dd>
 619
 620 <A NAME="el2">
 621 <dt><b>rcoulomb_switch: (0) [nm]</b></dt>
 622 <dd>where to start switching the Coulomb potential</dd>
 623
 624 <dt><b>rcoulomb: (1) [nm]</b></dt>
 625 <dd>distance for the Coulomb <!--Idx-->cut-off<!--EIdx--></dd>
 626
 627 <dt><b>epsilon_r: (1)</b></dt>
 628 <dd>The relative <!--Idx-->dielectric constant<!--EIdx-->.
 629 A value of 0 means infinity.</dd>
 630
 631 <dt><b>epsilon_rf: (1)</b></dt>
 632 <dd>The relative dielectric constant of the reaction field.
 633 This is only used with reaction-field electrostatics.
 634 A value of 0 means infinity.</dd>
 635 </dl>
 636
 637 <A NAME="vdw">
 638 <hr>
 639 <h3>VdW</h3>
 640 <dl>
 641 <dt><b>vdwtype:</b></dt>
 642 <dd><dl compact>
 643 <dt><b>Cut-off</b></dt>
 644 <dd>Twin range cut-offs with neighbor list cut-off <b>rlist</b> and
 645 VdW cut-off <b>rvdw</b>,
 646 where <b>rvdw</b> <tt>&ge;</tt> <b>rlist</b>.</dd>
 647 <dt><b>Shift</b></dt>
 648 <dd>The LJ (not Buckingham) potential is decreased over the whole
 649 range and the forces decay smoothly to zero between <b>rvdw_switch</b>
 650 and <b>rvdw</b>.  The neighbor search cut-off <b>rlist</b> should be
 651 0.1 to 0.3 nm larger than <b>rvdw</b> to accommodate for the size of
 652 charge groups and diffusion between neighbor list
 653 updates.</dd>
 654
 655 <dt><b>Switch</b></dt>
 656 <dd>The LJ (not Buckingham)
 657 potential is normal out to <b>rvdw_switch</b>, after which it is switched
 658 off to reach zero at <b>rvdw</b>. Both the potential and force functions
 659 are continuously smooth, but be aware that all switch functions will give rise
 660 to a bulge (increase) in the force (since we are switching the potential).
 661 The neighbor search cut-off <b>rlist</b> should be 0.1 to 0.3 nm larger than
 662 <b>rvdw</b> to accommodate for the size of charge groups and diffusion
 663 between neighbor list updates.</dd>
 664
 665 <dt><b>Encad-Shift</b></dt>
 666 <dd>The LJ (not Buckingham)
 667 potential is decreased over the whole range, using the definition
 668 from the Encad simulation package.</dd>
 669
 670 <dt><b>User</b></dt>
 671 <dd>See <b><a href="#usertab">user</a></b> for <b>coulombtype</b>.
 672 The function value at <tt>x=0</tt> is not important. When you want to
 673 use LJ correction, make sure that <b>rvdw</b> corresponds to the
 674 cut-off in the user-defined function.
 675 When <b>coulombtype</b> is not set to <b>User</b> the values
 676 for <tt>f</tt> and <tt>-f'</tt> are ignored.</dd>
 677 </dl></dd>
 678
 679 <dt><b>rvdw_switch: (0) [nm]</b></dt>
 680 <dd>where to start switching the LJ potential</dd>
 681
 682 <dt><b>rvdw: (1) [nm]</b></dt>
 683 <dd>distance for the LJ or Buckingham <!--Idx-->cut-off<!--EIdx--></dd>
 684
 685 <dt><b>DispCorr:</b></dt>
 686 <dd><dl compact></dd>
 687 <dt><b>no</b></dt>
 688 <dd>don't apply any correction</dd>
 689 <dt><b>EnerPres</b></dt>
 690 <dd>apply long range <!--Idx-->dispersion correction<!--EIdx-->s for Energy
 691 and Pressure</dd>
 692 <dt><b>Ener</b></dt>
 693 <dd>apply long range dispersion corrections for Energy
 694 only</dd>
 695 </dl>
 696 </dl>
 697
 698 <A NAME="table">
 699 <hr>
 700 <h3>Tables</h3>
 701 <dl>
 702 <dt><b>table-extension: (1) [nm]</b></dt>
 703 <dd>Extension of the non-bonded potential lookup tables beyond the largest cut-off distance.
 704 The value should be large enough to account for charge group sizes
 705 and the diffusion between neighbor-list updates.
 706 Without user defined potential the same table length is used
 707 for the lookup tables for the 1-4 interactions,
 708 which are always tabulated irrespective of the use of
 709 tables for the non-bonded interactions. </dd>
 710
 711 <dt><b>energygrp_table:</b></dt>
 712 <dd>When user tables are used for electrostatics and/or VdW,
 713 here one can give pairs of energy groups for which seperate
 714 user tables should be used.
 715 The two energy groups will be appended to the table file name,
 716 in order of their definition in <b>energygrps</b>, seperated by underscores.
 717 For example, if <tt>energygrps = Na Cl Sol</tt>
 718 and <tt>energygrp_table = Na Na Na Cl</tt>, <tt>mdrun</tt> will read
 719 <tt>table_Na_Na.xvg</tt> and <tt>table_Na_Cl.xvg</tt> in addition
 720 to the normal <tt>table.xvg</tt> which will be used for all other
 721 energy group pairs.
 722 </dd>
 723 </dl>
 724
 725 <A NAME="ewald">
 726 <hr>
 727 <h3>Ewald</h3>
 728 <dl>
 729 <dt><b>fourierspacing: (0.12) [nm]</b></dt>
 730 <dd>The maximum grid spacing for the FFT grid when using PPPM or PME.
 731 For ordinary Ewald the spacing times the box dimensions determines the
 732 highest magnitude to use in each direction. In all cases
 733 each direction can be overridden by entering a non-zero value for
 734 <b>fourier_n[xyz]</b>.
 735 For optimizing the relative load of the particle-particle interactions
 736 and the mesh part of PME it is useful to know that
 737 the accuracy of the electrostatics remains nearly constant
 738 when the Coulomb cut-off and the PME grid spacing are scaled
 739 by the same factor.</dd>
 740
 741 <dt><b>fourier_nx (0) ; fourier_ny (0) ; fourier_nz: (0)</b></dt>
 742 <dd>Highest magnitude of wave vectors in reciprocal space when using Ewald.</dd>
 743 <dd>Grid size when using PPPM or PME. These values override
 744 <b>fourierspacing</b> per direction. The best choice is powers of
 745 2, 3, 5 and 7. Avoid large primes.</dd>
 746
 747 <dt><b>pme_order (4)</b></dt>
 748 <dd>Interpolation order for PME. 4 equals cubic interpolation. You might try
 749 6/8/10 when running in parallel and simultaneously decrease grid dimension.</dd>
 750
 751 <dt><b>ewald_rtol (1e-5)</b></dt>
 752 <dd>The relative strength of the Ewald-shifted direct potential at
 753 <b>rcoulomb</b> is given by <b>ewald_rtol</b>.
 754 Decreasing this will give a more accurate direct sum,
 755 but then you need more wave vectors for the reciprocal sum.</dd>
 756
 757 <dt><b>ewald_geometry: (3d)</b></dt>
 758 <dd><dl compact>
 759 <dt><b>3d</b></dt>
 760 <dd>The Ewald sum is performed in all three dimensions.</dd>
 761 <dt><b>3dc</b></dt>
 762 <dd>The reciprocal sum is still performed in 3D,
 763 but a force and potential correction applied in the <tt>z</tt>
 764 dimension to produce a pseudo-2D summation.
 765 If your system has a slab geometry in the <tt>x-y</tt> plane you can
 766 try to increase the <tt>z</tt>-dimension of the box (a box height of 3 times
 767 the slab height is usually ok)
 768 and use this option.</dd>
 769 </dl></dd>
 770
 771 <dt><b>epsilon_surface: (0)</b></dt>
 772 <dd>This controls the dipole correction to the Ewald summation in 3D. The
 773 default value of zero means it is turned off. Turn it on by setting it to the value
 774 of the relative permittivity of the imaginary surface around your infinite system. Be
 775 careful - you shouldn't use this if you have free mobile charges in your system.
 776 This value does not affect the slab 3DC variant of the long range corrections.</dd>
 777
 778
 779 <dt><b>optimize_fft:</b></dt>
 780 <dd><dl compact>
 781 <dt><b>no</b></dt>
 782 <dd>Don't calculate the optimal FFT plan for the grid at startup.</dd>
 783 <dt><b>yes</b></dt>
 784 <dd>Calculate the optimal FFT plan for the grid at startup. This saves a
 785 few percent for long simulations, but takes a couple of minutes
 786 at start.</dd>
 787 </dl></dd>
 788
 789 </dl>
 790
 791 <A NAME="tc"><br>
 792 <hr>
 793 <h3>Temperature coupling<!--QuietIdx-->temperature coupling<!--EQuietIdx--></h3>
 794
 795 <dl>
 796 <dt><b>tcoupl:</b></dt>
 797 <dd><dl compact>
 798 <dt><b>no</b></dt>
 799 <dd>No temperature coupling.</dd>
 800 <dt><b>berendsen</b></dt>
 801 <dd>Temperature coupling with a Berendsen-thermostat to a bath with
 802 temperature <b>ref_t</b> [K], with time constant <b>tau_t</b> [ps].
 803 Several groups can be coupled separately, these are specified in the
 804 <b>tc_grps</b> field separated by spaces.</dd>
 805 <dt><b>nose-hoover</b></dt>
 806 <dd>Temperature coupling using a Nose-Hoover extended
 807 ensemble. The reference temperature and coupling groups are selected
 808 as above, but in this case <b>tau_t</b> [ps] controls the period
 809 of the temperature fluctuations at equilibrium, which is slightly
 810 different from a relaxation time.
 811 For NVT simulations the conserved energy quantity is written
 812 to energy and log file.</dd>
 813 <dt><b>v-rescale</b></dt>
 814 <dd>Temperature coupling using velocity rescaling with a stochastic term
 815 (JCP 126, 014101).
 816 This thermostat is similar to Berendsen coupling, with the same scaling
 817 using <b>tau_t</b>, but the stochastic term ensures that a proper
 818 canonical ensemble is generated. The random seed is set with
 819 <b><A HREF="#ld">ld_seed</A></b>.
 820 This thermostat works correctly even for <b>tau_t</b><tt>=0</tt>.
 821 For NVT simulations the conserved energy quantity is written
 822 to the energy and log file.</dd>
 823 </dl>
 824 <dt><b>nsttcouple: (-1)</b></dt>
 825 <dd>The frequency for coupling the temperature.
 826 The default value of -1 sets <b>nsttcouple</b> equal to <b>nstlist</b>,
 827 unless <b>nstlist</b>&le;0, then a value of 10 is used.
 828 For velocity Verlet integrators <b>nsttcouple</b> is set to 1.</dd>
 829 </dd>
 830 <dt><b>nh-chain-length (10)</b></dt>
 831 <dd>the number of chained Nose-Hoover thermostats for velocity Verlet integrators, the leap-frog <b>md</b> integrator only supports 1.  Data for the NH chain variables is not printed to the .edr, but can be using the <tt>GMX_NOSEHOOVER_CHAINS</tt> environment variable</dd>
 832 <dt><b>tc_grps:</b></dt>
 833 <dd>groups to couple separately to temperature bath</dd>
 834 <dt><b>tau_t: [ps]</b></dt>
 835 <dd>time constant for coupling (one for each group in <b>tc_grps</b>),
 836 -1 means no temperature coupling</dd>
 837 <dt><b>ref_t: [K]</b></dt>
 838 <dd>reference temperature for coupling (one for each group in <b>tc_grps</b>)</dd>
 839 </dl>
 840
 841 <A NAME="pc"><br>
 842 <hr>
 843 <h3>Pressure coupling<!--QuietIdx-->pressure coupling<!--EQuietIdx--></h3>
 844
 845 <dl>
 846 <dt><b>pcoupl:</b></dt>
 847 <dd><dl compact>
 848 <dt><b>no</b></dt>
 849 <dd>No pressure coupling. This means a fixed box size.</dd>
 850 <dt><b>berendsen</b></dt>
 851 <dd>Exponential relaxation pressure coupling with time constant
 852 <b>tau_p</b> [ps]. The box is scaled every timestep. It has been
 853 argued that this does not yield a correct thermodynamic ensemble,
 854 but it is the most efficient way to scale a box at the beginning
 855 of a run.</dd>
 856 <dt><b>Parrinello-Rahman</b></dt>
 857 <dd>Extended-ensemble pressure coupling where the box vectors are
 858 subject to an equation of motion. The equation of motion for the atoms
 859 is coupled to this. No instantaneous scaling takes place.  As for
 860 Nose-Hoover temperature coupling the time constant <b>tau_p</b> [ps]
 861 is the period of pressure fluctuations at equilibrium. This is
 862 probably a better method when you want to apply pressure scaling
 863 during data collection, but beware that you can get very large
 864 oscillations if you are starting from a different pressure. For
 865 simulations where the exact fluctation of the NPT ensemble are
 866 important, or if the pressure coupling time is very short it may not
 867 be appropriate, as the previous time step pressure is used in some
 868 steps of the GROMACS implementation for the current time step pressure.</dd>
 869 </dl></dd>
 870 <dt><b>MTTK</b></dt>
 871 <dd>Martyna-Tuckerman-Tobias-Klein implementation, only useable with <b>md-vv</b>
 872 or <b>md-vv-avek</b>, very similar to Parrinello-Rahman.
 873 As for Nose-Hoover temperature coupling the time constant <b>tau_p</b>
 874 [ps] is the period of pressure fluctuations at equilibrium. This is
 875 probably a better method when you want to apply pressure scaling
 876 during data collection, but beware that you can get very large
 877 oscillations if you are starting from a different pressure. Currently only supports isotropic scaling.</dd>
 878 </dl></dd>
 879
 880 <dl>
 881 <dt><b>pcoupltype:</b></dt>
 882 <dd><dl compact>
 883 <dt><b>isotropic</b></dt>
 884 <dd>Isotropic pressure coupling with time constant <b>tau_p</b> [ps].
 885 The compressibility and reference pressure are set with
 886 <b>compressibility</b> [bar<sup>-1</sup>] and <b>ref_p</b> [bar], one
 887 value is needed.</dd>
 888 <dt><b>semiisotropic</b></dt>
 889 <dd>Pressure coupling which is isotropic in the <tt>x</tt> and <tt>y</tt> direction,
 890 but different in the <tt>z</tt> direction.
 891 This can be useful for membrane simulations.
 892 2 values are needed for <tt>x/y</tt> and <tt>z</tt> directions respectively.</dd>
 893 <dt><b>anisotropic</b></dt>
 894 <dd>Idem, but 6 values are needed for <tt>xx</tt>, <tt>yy</tt>, <tt>zz</tt>, <tt>xy/yx</tt>, <tt>xz/zx</tt> and <tt>yz/zy</tt>
 895 components, respectively.
 896 When the off-diagonal compressibilities are set to zero,
 897 a rectangular box will stay rectangular.
 898 Beware that anisotropic scaling can lead to extreme deformation
 899 of the simulation box.</dd>
 900 <dt><b>surface-tension</b></dt>
 901 <dd>Surface tension coupling for surfaces parallel to the xy-plane.
 902 Uses normal pressure coupling for the <tt>z</tt>-direction, while the surface tension
 903 is coupled to the <tt>x/y</tt> dimensions of the box.
 904 The first <b>ref_p</b> value is the reference surface tension times
 905 the number of surfaces [bar nm],
 906 the second value is the reference <tt>z</tt>-pressure [bar].
 907 The two <b>compressibility</b> [bar<sup>-1</sup>] values are the compressibility
 908 in the <tt>x/y</tt> and <tt>z</tt> direction respectively.
 909 The value for the <tt>z</tt>-compressibility should be reasonably accurate since it
 910 influences the convergence of the surface-tension, it can also be set to zero
 911 to have a box with constant height.</dd>
 912 </dl></dd>
 913
 914 <dt><b>nstpcouple: (-1)</b></dt>
 915 <dd>The frequency for coupling the pressure.
 916 The default value of -1 sets <b>nstpcouple</b> equal to <b>nstlist</b>,
 917 unless <b>nstlist</b> &le;0, then a value of 10 is used.
 918 For velocity Verlet integrators <b>nstpcouple</b> is set to 1.</dd>
 919 </dd>
 920
 921 <dt><b>tau_p: (1) [ps]</b></dt>
 922 <dd>time constant for coupling</dd>
 923 <dt><b>compressibility: [bar<sup>-1</sup>]</b></dt>
 924 <dd>compressibility (NOTE: this is now really in bar<sup>-1</sup>)
 925 For water at 1 atm and 300 K the compressibility is 4.5e-5 [bar<sup>-1</sup>].</dd>
 926 <dt><b>ref_p: [bar]</b></dt>
 927 <dd>reference pressure for coupling</dd>
 928 <dt><b>refcoord_scaling:</b></dt>
 929 <dd><dl compact>
 930 <dt><b>no</b></dt>
 931 <dd>The reference coordinates for position restraints are not modified.
 932 Note that with this option the virial and pressure will depend on the absolute
 933 positions of the reference coordinates.</dd>
 934 <dt><b>all</b></dt>
 935 <dd>The reference coordinates are scaled with the scaling matrix of the pressure coupling.</dd>
 936 <dt><b>com</b></dt>
 937 <dd>Scale the center of mass of the reference coordinates with the scaling matrix of the pressure coupling. The vectors of each reference coordinate to the center of mass are not scaled. Only one COM is used, even when there are multiple molecules with position restraints. For calculating the COM of the reference coordinates in the starting configuration, periodic boundary conditions are not taken into account.
 938 </dl></dd>
 939 </dd>
 940 </dl>
 941
 942 <A NAME="sa"><br>
 943 <hr>
 944 <h3>Simulated annealing<!--QuietIdx-->simulated annealing<!--EQuietIdx--></h3>
 945
 946 Simulated annealing is controlled separately for each temperature group in GROMACS. The reference temperature is a piecewise linear function, but you can use an arbitrary number of points for each group, and choose either a single sequence or a periodic behaviour for each group. The actual annealing is performed by dynamically changing the reference temperature used in the thermostat algorithm selected, so remember that the system will usually not instantaneously reach the reference temperature!
 947 <dl>
 948 <dt><b>annealing:</b></dt>
 949 <dd>Type of annealing for each temperature group</dd>
 950 <dd><dl compact></dd>
 951 <dt><b>no</b></dt>
 952 <dd>No simulated annealing - just couple to reference temperature value.</dd>
 953 <dt><b>single</b></dt>
 954 <dd>A single sequence of annealing points. If your simulation is longer than the time of the last point, the temperature will be coupled to this constant value after the annealing sequence has reached the last time point.</dd>
 955 <dt><b>periodic</b></dt>
 956 <dd>The annealing will start over at the first reference point once the last reference time is reached. This is repeated until the simulation ends.
 957 </dd>
 958 </dl>
 959
 960 <dt><b>annealing_npoints:</b></dt>
 961 <dd>A list with the number of annealing reference/control points used for
 962 each temperature group. Use 0 for groups that are not annealed. The number of entries should equal the number of temperature groups.</dd>
 963
 964 <dt><b>annealing_time:</b></dt>
 965 <dd>List of times at the annealing reference/control points for each group. If you are using periodic annealing, the times will be used modulo the last value, i.e. if the values are 0, 5, 10, and 15, the coupling will restart at the 0ps value after 15ps, 30ps, 45ps, etc. The number of entries should equal the sum of the numbers given in <tt>annealing_npoints</tt>.</dd>
 966
 967 <dt><b>annealing_temp:</b></dt>
 968 <dd>List of temperatures at the annealing reference/control points for each group. The number of entries should equal the sum of the numbers given in <tt>annealing_npoints</tt>.</dd>
 969 <br>
 970 Confused? OK, let's use an example. Assume you have two temperature groups, set the group selections to <tt>annealing = single periodic</tt>, the number of points of each group to <tt>annealing_npoints = 3 4</tt>, the times to <tt>annealing_time = 0 3 6 0 2 4 6</tt> and finally temperatures to <tt>annealing_temp = 298 280 270 298 320 320 298</tt>.
 971 The first group will be coupled to 298K at 0ps, but the reference temperature will drop linearly to reach 280K at 3ps, and then linearly between 280K and 270K from 3ps to 6ps. After this is stays constant, at 270K. The second group is coupled to 298K at 0ps, it increases linearly to 320K at 2ps, where it stays constant until 4ps. Between 4ps and 6ps it decreases to 298K, and then it starts over with the same pattern again, i.e. rising linearly from 298K to 320K between 6ps and 8ps. Check the summary printed by <tt>grompp</tt> if you are unsure!
 972 </dl>
 973
 974 <A NAME="vel"><br>
 975 <hr>
 976 <h3>Velocity generation</h3>
 977
 978 <dl>
 979 <dt><b>gen_vel:</b></dt>
 980 <dd><dl compact>
 981 <dt><b>no</b></dt>
 982 <dd> Do not generate velocities. The velocities are set to zero
 983 when there are no velocities in the input structure file.</dd>
 984 <dt><b>yes</b></dt>
 985 <dd>Generate velocities in <tt>grompp</tt> according to a Maxwell distribution at
 986 temperature <b>gen_temp</b> [K], with random seed <b>gen_seed</b>.
 987 This is only meaningful with integrator <b><A HREF="#run">md</A></b>.</dd>
 988 </dl></dd>
 989 <dt><b>gen_temp: (300) [K]</b></dt>
 990 <dd>temperature for Maxwell distribution</dd>
 991 <dt><b>gen_seed: (173529) [integer]</b></dt>
 992 <dd>used to initialize random generator for random velocities,
 993 when <b>gen_seed</b> is set to -1, the seed is calculated from
 994 the process ID number.
 995 </dl>
 996
 997 <A NAME="bond"><br>
 998 <hr>
 999 <h3>Bonds</h3>
1000
1001 <dl>
1002 <dt><b>constraints<!--QuietIdx-->constraint algorithms<!--QuietEIdx-->:</b></dt>
1003 <dd><dl compact>
1004 <dt><b>none</b></dt>
1005 <dd>No constraints except for those defined explicitly in the topology,
1006 i.e. bonds are represented by a harmonic (or other) potential
1007 or a Morse potential (depending on the setting of <b>morse</b>)
1008 and angles by a harmonic (or other) potential.
1009 <dt><b>h-bonds</b></dt>
1010 <dd>Convert the bonds with H-atoms to constraints.</dd>
1011 <dt><b>all-bonds</b></dt>
1012 <dd>Convert all bonds to constraints.</dd>
1013 <dt><b>h-angles</b></dt>
1014 <dd>Convert all bonds and additionally the angles that involve H-atoms
1015 to bond-constraints.</dd>
1016 <dt><b>all-angles</b></dt>
1017 <dd>Convert all bonds and angles to bond-constraints.</dd>
1018 </dl>
1019
1020 <dt><b>constraint_algorithm:</b></dt>
1021 <dd><dl compact>
1022 <dt><b><!--Idx-->LINCS<!--EIdx--></b></dt>
1023 <dd>LINear Constraint Solver.
1024 With domain decomposition the parallel version P-LINCS is used.
1025 The accuracy in set with
1026 <b>lincs_order</b>, which sets the number of matrices in the expansion
1027 for the matrix inversion.
1028 After the matrix inversion correction the algorithm does
1029 an iterative correction to compensate for lengthening due to rotation.
1030 The number of such iterations can be controlled with
1031 <b>lincs_iter</b>. The root mean square relative constraint deviation
1032 is printed to the log file every <b>nstlog</b> steps.
1033 If a bond rotates more than <b>lincs_warnangle</b> [degrees] in one step,
1034 a warning will be printed both to the log file and to <TT>stderr</TT>.
1035 LINCS should not be used with coupled angle constraints.
1036 </dd>
1037 <dt><b><!--Idx-->SHAKE<!--EIdx--></b></dt>
1038 <dd>SHAKE is slightly slower and less stable than LINCS, but does work with
1039 angle constraints.
1040 The relative tolerance is set with <b>shake_tol</b>, 0.0001 is a good value
1041 for ``normal'' MD. SHAKE does not support constraints between atoms
1042 on different nodes, thus it can not be used with domain decompositon
1043 when inter charge-group constraints are present.
1044 SHAKE can not be used with energy minimization.
1045 </dd>
1046 </dl></dd>
1047 <dt><b>continuation:</b></dt>
1048 <dd>This option was formerly known as <tt>unconstrained_start</tt>.</dd>
1049 <dd><dl compact>
1050 <dt><b>no</b></dt>
1051 <dd>apply constraints to the start configuration and reset shells</dd>
1052 <dt><b>yes</b></dt>
1053 <dd>do not apply constraints to the start configuration
1054 and do not reset shells, useful for exact coninuation and reruns</dd>
1055 </dl></dd>
1056
1057 <A NAME="bond2">
1058 <dt><b>shake_tol: (0.0001)</b></dt>
1059 <dd>relative tolerance for SHAKE</dd>
1060 <dt><b>lincs_order: (4)</b></dt>
1061 <dd>Highest order in the expansion of the constraint coupling matrix.
1062 When constraints form triangles, an additional expansion of the same
1063 order is applied on top of the normal expansion only for the couplings
1064 within such triangles.
1065 For ``normal'' MD simulations an order of 4 usually suffices, 6 is
1066 needed for large time-steps with virtual sites or BD.
1067 For accurate energy minimization an order of 8 or more might be required.
1068 With domain decomposition, the cell size is limited by the distance
1069 spanned by <b>lincs_order</b>+1 constraints. When one wants to scale
1070 further than this limit, one can decrease <b>lincs_order</b> and increase
1071 <b>lincs_iter</b>, since the accuracy does not deteriorate
1072 when (1+<b>lincs_iter</b>)*<b>lincs_order</b> remains constant.</dd>
1073 <dt><b>lincs_iter: (1)</b></dt>
1074 <dd>Number of iterations to correct for rotational lengthening in LINCS.
1075 For normal runs a single step is sufficient, but for NVE
1076 runs where you want to conserve energy accurately or for accurate
1077 energy minimization you might want to increase it to 2.
1078 <dt><b>lincs_warnangle: </b>(30) [degrees]</dt>
1079 <dd>maximum angle that a bond can rotate before LINCS will complain</dd>
1080
1081 <dt><b>morse:</b></dt>
1082 <dd><dl compact>
1083 <dt><b>no</b></dt>
1084 <dd>bonds are represented by a harmonic potential</dd>
1085 <dt><b>yes</b></dt>
1086 <dd>bonds are represented by a Morse potential</dd>
1087 </dl></dd>
1088 </dl>
1089
1090 <A NAME="egexcl"><br>
1091 <hr>
1092 <h3>Energy group <!--Idx-->exclusions<!--EIdx--></h3>
1093 <dl>
1094 <dt><b>energygrp_excl: </b></dt>
1095 <dd>Pairs of energy groups for which all non-bonded interactions are
1096 excluded. An example: if you have two energy groups <tt>Protein</tt>
1097 and <tt>SOL</tt>, specifying
1098 <br>
1099 <tt>energygrp_excl&nbsp;=&nbsp;Protein&nbsp;Protein&nbsp;&nbsp;SOL&nbsp;SOL</tt>
1100 <br>
1101 would give only the non-bonded interactions between the protein and the
1102 solvent. This is especially useful for speeding up energy calculations with
1103 <tt>mdrun -rerun</tt> and for excluding interactions within frozen groups.</dd>
1104 </dl>
1105
1106 <A NAME="walls"><br>
1107 <hr>
1108 <h3>Walls<!--QuietIdx-->walls<!--EQuietIdx--></h3>
1109 <dl>
1110 <dt><b>nwall: 0</b></dt>
1111 <dd>When set to <b>1</b> there is a wall at <tt>z=0</tt>, when set to <b>2</b>
1112 there is also a wall at <tt>z=z_box</tt>. Walls can only be used with <b>pbc=xy</b>.
1113 When set to <b>2</b> pressure coupling and Ewald summation can be used
1114 (it is usually best to use semiisotropic pressure coupling with
1115 the <tt>x/y</tt> compressibility set to 0, as otherwise the surface area will change).
1116 Walls interact wit the rest of the system through an optional <tt>wall_atomtype</tt>.
1117 Energy groups <tt>wall0</tt> and <tt>wall1</tt> (for <b>nwall=2</b>) are
1118 added automatically to monitor the interaction of energy groups
1119 with each wall.
1120 The <A HREF="#run">center of mass motion removal</A> will be turned
1121 off in the <tt>z</tt>-direction.</dd>
1122 <dt><b>wall_atomtype:</b></dt>
1123 <dd>the atom type name in the force field for each wall.
1124 By (for example) defining a special wall atom type in the topology with its
1125 own combination rules, this allows for independent tuning of the interaction
1126 of each atomtype with the walls.</dd>
1127 <dt><b>wall_type:</b></dt>
1128 <dd><dl compact>
1129 <dt><b>9-3</b></dt>
1130 <dd>LJ integrated over the volume behind the wall: 9-3 potential</dd>
1131 <dt><b>10-4</b></dt>
1132 <dd>LJ integrated over the wall surface: 10-4 potential</dd>
1133 <dt><b>12-6</b></dt>
1134 <dd>direct LJ potential with the z distance from the wall</dd>
1135 <dt><b>table</b></dt><dd>user defined potentials indexed with the z distance from the wall, the tables are read analogously to
1136 the <b><A HREF="#table">energygrp_table</A></b> option,
1137 where the first name is for a ``normal'' energy group and the second name
1138 is <tt>wall0</tt> or <tt>wall1</tt>,
1139 only the dispersion and repulsion columns are used</dd>
1140 </dl></dd>
1141 <dt><b>wall_r_linpot: -1 (nm)</b></dt>
1142 <dd>Below this distance from the wall the potential is continued
1143 linearly and thus the force is constant. Setting this option to
1144 a postive value is especially useful for equilibration when some atoms
1145 are beyond a wall.
1146 When the value is &le;0 (&lt;0 for <b>wall_type=table</b>),
1147 a fatal error is generated when atoms are beyond a wall.
1148 </dd>
1149 <dt><b>wall_density: [nm<sup>-3</sup>/nm<sup>-2</sup>]</b></dt>
1150 <dd>the number density of the atoms for each wall for wall types
1151 <b>9-3</b> and <b>10-4</b>
1152 <dt><b>wall_ewald_zfac: 3</b></dt>
1153 <dd>The scaling factor for the third box vector for Ewald summation only,
1154 the minimum is 2.
1155 Ewald summation can only be used with <b>nwall=2</b>, where one
1156 should use <b><A HREF="#ewald">ewald_geometry</A><tt>=3dc</tt></b>.
1157 The empty layer in the box serves to decrease the unphysical Coulomb
1158 interaction between periodic images.
1159 </dl>
1160
1161 <A NAME="pull"><br>
1162 <hr>
1163 <h3>COM <!--Idx-->pulling<!--EIdx--></h3>
1164 <dl>
1165 <dt><b>pull:</b></dt>
1166 <dd><dl compact>
1167 <dt><b>no</b></dt>
1168 <dd>No center of mass pulling.
1169 All the following pull options will be ignored
1170 (and if present in the <tt>.mdp</tt> file, they unfortunately generate warnings)</dd>
1171 <dt><b>umbrella</b></dt>
1172 <dd>Center of mass pulling using an umbrella potential
1173 between the reference group and one or more groups.</dd>
1174 <dt><b>constraint</b></dt>
1175 <dd>Center of mass pulling using a constraint
1176 between the reference group and one or more groups.
1177 The setup is identical to the option <b>umbrella</b>, except for the fact
1178 that a rigid constraint is applied instead of a harmonic potential.</dd>
1179 <dt><b>constant_force</b></dt>
1180 <dd>Center of mass pulling using a linear potential and therefore
1181 a constant force. For this option there is no reference position
1182 and therefore the parameters <b>pull_init</b> and <b>pull_rate</b>
1183 are not used.</dd>
1184 </dl></dd>
1185 <dt><b>pull_geometry:</b></dt>
1186 <dd><dl compact>
1187 <dt><b>distance</b></dt>
1188 <dd>Pull along the vector connecting the two groups.
1189 Components can be selected with <b>pull_dim</b>.</dd>
1190 <dt><b>direction</b></dt>
1191 <dd>Pull in the direction of <b>pull_vec</b>.</dd>
1192 <dt><b>direction_periodic</b></dt>
1193 <dd>As <b>direction</b>, but allows the distance to be larger than
1194 half the box size. With this geometry the box should not be dynamic
1195 (e.g. no pressure scaling) in the pull dimensions and the pull force
1196 is not added to virial.</dd>
1197 <dt><b>cylinder</b></dt>
1198 <dd>Designed for pulling with respect to a layer where the reference COM
1199 is given by a local cylindrical part of the reference group.
1200 The pulling is in the direction of <b>pull_vec</b>.
1201 From the reference group a cylinder is selected around the axis going
1202 through the pull group with direction <b>pull_vec</b> using two radii.
1203 The radius <b>pull_r1</b> gives the radius within which all
1204 the relative weights are one, between <b>pull_r1</b> and
1205 <b>pull_r0</b> the weights are switched to zero. Mass weighting is also used.
1206 Note that the radii should be smaller than half the box size.
1207 For tilted cylinders they should be even smaller than half the box size
1208 since the distance of an atom in the reference group
1209 from the COM of the pull group has both a radial and an axial component.
1210 <dt><b>position</b></dt>
1211 <dd>Pull to the position of the reference group plus
1212 <b>pull_init</b> + time*<b>pull_rate</b>*<b>pull_vec</b>.</dd>
1213 </dl></dd>
1214 <dt><b>pull_dim: (Y Y Y)</b></dt>
1215 <dd>the distance components to be used with geometry <b>distance</b>
1216 and <b>position</b>, and also sets which components are printed
1217 to the output files</dd>
1218 <dt><b>pull_r1: (1) [nm]</b></dt>
1219 <dd>the inner radius of the cylinder for geometry <b>cylinder</b></dd>
1220 <dt><b>pull_r0: (1) [nm]</b></dt>
1221 <dd>the outer radius of the cylinder for geometry <b>cylinder</b></dd>
1222 <dt><b>pull_constr_tol: (1e-6)</b></dt>
1223 <dd>the relative constraint tolerance for constraint pulling</dd>
1224 <dt><b>pull_start:</b></dt>
1225 <dd><dl compact>
1226 <dt><b>no</b></dt>
1227 <dd>do not modify <b>pull_init</b>
1228 <dt><b>yes</b></dt>
1229 <dd>add the COM distance of the starting conformation to <b>pull_init</b></dd>
1230 </dl>
1231 <dt><b>pull_nstxout: (10)</b></dt>
1232 <dd>frequency for writing out the COMs of all the pull group</dd>
1233 <dt><b>pull_nstfout: (1)</b></dt>
1234 <dd>frequency for writing out the force of all the pulled group</dd>
1235 <dt><b>pull_ngroups: (1)</b></dt>
1236 <dd>The number of pull groups, not including the reference group.
1237 If there is only one group, there is no difference in treatment
1238 of the reference and pulled group (except with the cylinder geometry).
1239 Below only the pull options for the reference group (ending on 0)
1240 and the first group (ending on 1) are given,
1241 further groups work analogously, but with the number 1 replaced
1242 by the group number.</dd>
1243 <dt><b>pull_group0: </b></dt>
1244 <dd>The name of the reference group. When this is empty an absolute reference
1245 of (0,0,0) is used. With an absolute reference the system is no longer
1246 translation invariant and one should think about what to do with
1247 the <A HREF="#run">center of mass motion</A>.</dd>
1248 <dt><b>pull_weights0: </b></dt>
1249 <dd>see <b>pull_weights1</b></dd>
1250 <dt><b>pull_pbcatom0: (0)</b></dt>
1251 <dd>see <b>pull_pbcatom1</b></dd>
1252 <dt><b>pull_group1: </b></dt>
1253 <dd>The name of the pull group.</dd>
1254 <dt><b>pull_weights1: </b></dt>
1255 <dd>Optional relative weights which are multiplied with the masses of the atoms
1256 to give the total weight for the COM. The number should be 0, meaning all 1,
1257 or the number of atoms in the pull group.</dd>
1258 <dt><b>pull_pbcatom1: (0)</b></dt>
1259 <dd>The reference atom for the treatment of periodic boundary conditions
1260 inside the group
1261 (this has no effect on the treatment of the pbc between groups).
1262 This option is only important when the diameter of the pull group
1263 is larger than half the shortest box vector.
1264 For determining the COM, all atoms in the group are put at their periodic image
1265 which is closest to <b>pull_pbcatom1</b>.
1266 A value of 0 means that the middle atom (number wise) is used.
1267 This parameter is not used with geometry <b>cylinder</b>.
1268 A value of -1 turns on cosine weighting, which is useful for a group
1269 of molecules in a periodic system, e.g. a water slab (see Engin et al.
1270 J. Chem. Phys. B 2010).</dd>
1271 <dt><b>pull_vec1: (0.0 0.0 0.0)</b></dt>
1272 <dd>The pull direction. <tt>grompp</tt> normalizes the vector.</dd>
1273 <dt><b>pull_init1: (0.0) / (0.0 0.0 0.0) [nm]</b></dt>
1274 <dd>The reference distance at t=0. This is a single value,
1275 except for geometry <b>position</b> which uses a vector.</dd>
1276 <dt><b>pull_rate1: (0) [nm/ps]</b></dt>
1277 <dd>The rate of change of the reference position.</dd>
1278 <dt><b>pull_k1: (0) [kJ mol<sup>-1</sup> nm<sup>-2</sup>] / [kJ mol<sup>-1</sup> nm<sup>-1</sup>]</b></dt>
1279 <dd>The force constant. For umbrella pulling this is the harmonic force
1280 constant in [kJ mol<sup>-1</sup> nm<sup>-2</sup>]. For constant force pulling
1281 this is the force constant of the linear potential, and thus minus (!)
1282 the constant force in [kJ mol<sup>-1</sup> nm<sup>-1</sup>].</dd>
1283 <dt><b>pull_kB1: (pull_k1) [kJ mol<sup>-1</sup> nm<sup>-2</sup>] / [kJ mol<sup>-1</sup> nm<sup>-1</sup>]</b></dt>
1284 <dd>As <b>pull_k1</b>, but for state B. This is only used when
1285 <A HREF="#free"><b>free_energy</b></A> is turned on.
1286 The force constant is then (1 - lambda)*<b>pull_k1</b> + lambda*<b>pull_kB1</b>.
1287 </dl>
1288
1289 <A NAME="nmr"><br>
1290 <hr>
1291 <h3><!--Idx-->NMR refinement<!--EIdx--></h3>
1292 <dl>
1293 <dt><b>disre:</b></dt>
1294 <dd><dl compact>
1295 <dt><b>no</b></dt>
1296 <dd>ignore <!--Idx-->distance restraint<!--EIdx--> information in topology file</dd>
1297 <dt><b>simple</b></dt>
1298 <dd>simple (per-molecule) distance restraints.
1299 <dt><b>ensemble</b></dt>
1300 <dd>distance restraints over an ensemble of molecules in one
1301 simulation box. Normally, one would perform ensemble averaging over
1302 multiple subsystems, each in a separate box, using <tt>mdrun -multi</tt>;s
1303 upply <tt>topol0.tpr</tt>, <tt>topol1.tpr</tt>, ... with different
1304 coordinates and/or velocities.
1305 The environment variable <tt>GMX_DISRE_ENSEMBLE_SIZE</tt> sets the number
1306 of systems within each ensemble (usually equal to the <tt>mdrun -multi</tt> value).</dd>
1307 </dd>
1308 </dl></dd>
1309 <dt><b>disre_weighting:</b></dt>
1310 <dd><dl compact>
1311 <dt><b>equal</b> (default)</dt>
1312 <dd>divide the restraint force equally over all atom pairs in the restraint</dd>
1313 <dt><b>conservative</b></dt>
1314 <dd>the forces are the derivative of the restraint potential,
1315 this results in an r<sup>-7</sup> weighting of the atom pairs.
1316 The forces are conservative when <tt>disre_tau</tt> is zero.</dd>
1317 </dl></dd>
1318 <dt><b>disre_mixed:</b></dt>
1319 <dd><dl compact>
1320 <dt><b>no</b></dt>
1321 <dd>the violation used in the calculation of the restraint force is the
1322 time-averaged violation </dd>
1323 <dt><b>yes</b></dt>
1324 <dd>the violation used in the calculation of the restraint force is the
1325 square root of the product of the time-averaged violation and the instantaneous violation</dd>
1326 </dl></dd>
1327
1328 <dt><b>disre_fc: (1000) [kJ mol<sup>-1</sup> nm<sup>-2</sup>]</b></dt>
1329 <dd>force constant for distance restraints, which is multiplied by a
1330 (possibly) different factor for each restraint given in the <tt>fac</tt>
1331 column of the interaction in the topology file.</dd>
1332
1333 <dt><b>disre_tau: (0) [ps]</b></dt>
1334 <dd>time constant for distance restraints running average. A value of zero turns off time averaging.</dd>
1335
1336 <dt><b>nstdisreout: (100) [steps]</b></dt>
1337 <dd>period between steps when the running time-averaged and instantaneous distances
1338 of all atom pairs involved in restraints are written to the energy file
1339 (can make the energy file very large)</dd>
1340
1341 <A NAME="nmr2">
1342 <dt><b>orire:</b></dt>
1343 <dd><dl compact>
1344 <dt><b>no</b></dt>
1345 <dd>ignore <!--Idx-->orientation restraint<!--EIdx--> information in topology file</dd>
1346 <dt><b>yes</b></dt>
1347 <dd>use orientation restraints, ensemble averaging can be performed
1348 with <tt>mdrun -multi</tt></dd>
1349 </dl>
1350 <dt><b>orire_fc: (0) [kJ mol]</b></dt>
1351 <dd>force constant for orientation restraints, which is multiplied by a
1352 (possibly) different weight factor for each restraint, can be set to zero to
1353 obtain the orientations from a free simulation</dd>
1354 <dt><b>orire_tau: (0) [ps]</b></dt>
1355 <dd>time constant for orientation restraints running average. A value of zero turns off time averaging.</dd>
1356 <dt><b>orire_fitgrp: </b></dt>
1357 <dd>fit group for orientation restraining. This group of atoms is used
1358 to determine the rotation <b>R</b> of the system with respect to the
1359 reference orientation. The reference orientation is the starting
1360 conformation of the first subsystem. For a protein, backbone is a reasonable
1361 choice</dd>
1362 <dt><b>nstorireout: (100) [steps]</b></dt>
1363 <dd>period between steps when the running time-averaged and instantaneous orientations
1364 for all restraints, and the molecular order tensor are written to the energy file
1365 (can make the energy file very large)</dd>
1366 </dl>
1367
1368 <A NAME="free"><br>
1369 <hr>
1370 <h3>Free energy calculations<!--QuietIdx-->free energy calculations<!--EQuietIdx--></h3>
1371
1372 <dl>
1373 <dt><b>free_energy:</b></dt>
1374 <dd><dl compact>
1375 <dt><b>no</b></dt>
1376 <dd>Only use topology A.</dd>
1377 <dt><b>yes</b></dt>
1378 <dd>Interpolate between topology A (lambda=0) to topology B (lambda=1)
1379 and write the derivative of the Hamiltonian with respect to lambda (as specified with <b>dhdl_derivatives</b>), or the Hamiltonian differences with respect to other lambda values (as specified with <b>foreign_lambda</b>) to
1380 the energy file and/or to <tt>dhdl.xvg</tt>, where they can be processed by, for example <tt>g_bar</tt>.
1381 The potentials, bond-lengths and angles are interpolated linearly as
1382 described in the manual. When <b>sc_alpha</b> is larger than zero, soft-core
1383 potentials are used for the LJ and Coulomb interactions.</dd>
1384 </dl></dd>
1385 <dt><b>init_lambda: (0)</b></dt>
1386 <dd>starting value for lambda</dd>
1387 <dt><b>delta_lambda: (0)</b></dt>
1388 <dd>increment per time step for lambda</dd>
1389 <dt><b>foreign_lambda: ()</b></dt>
1390 <dd>Zero, one or more lambda values for which Delta H values will
1391 be determined and written to dhdl.xvg every <b>nstdhdl</b> steps.
1392 Free energy differences between different lambda values can then
1393 be determined with <tt>g_bar</tt>.</dd>
1394 <dt><b>dhdl_derivatives: (yes)</b></dt>
1395 <dd>If yes (the default), the derivatives of the Hamiltonian with respect to lambda at each <b>nstdhdl</b> step are written out. These values are needed for interpolation of linear energy differences with <tt>g_bar</tt> (although the same can also be achieved with the right <b>foreign lambda</b> setting, that may not be as flexible), or with thermodynamic integration</dd>
1396 <dt><b>sc_alpha: (0)</b></dt>
1397 <dd>the soft-core parameter, a value of 0 results in linear interpolation of
1398 the LJ and Coulomb interactions</dd>
1399 <dt><b>sc_power: (0)</b></dt>
1400 <dd>the power for lambda in the soft-core function,
1401 only the values 1 and 2 are supported</dd>
1402 <dt><b>sc_sigma: (0.3) [nm]</b></dt>
1403 <dd>the soft-core sigma for particles which have a C6 or C12 parameter equal
1404 to zero or a sigma smaller than <b>sc_sigma</b></dd>
1405 <dt><b>couple-moltype:</b></dt>
1406 <dd>Here one can supply a molecule type (as defined in the topology)
1407 for calculating solvation or coupling free energies.
1408 There is a special option <b>system</b> that couples all molecule types
1409 in the system. This can be useful for equilibrating a system
1410 starting from (nearly) random coordinates.
1411 <b>free_energy</b> has to be turned on.
1412 The Van der Waals interactions and/or charges in this molecule type can be
1413 turned on or off between lambda=0 and lambda=1, depending on the settings
1414 of <b>couple-lambda0</b> and <b>couple-lambda1</b>. If you want to decouple
1415 one of several copies of a molecule, you need to copy and rename
1416 the molecule definition in the topology.</dd>
1417 <dt><b>couple-lambda0:</b></dt>
1418 <dd><dl compact>
1419 <dt><b>vdw-q</b></dt>
1420 <dd>all interactions are on at lambda=0
1421 <dt><b>vdw</b></dt>
1422 <dd>the charges are zero (no Coulomb interactions) at lambda=0
1423 <dt><b>q</b></dt>
1424 <dd>the Van der Waals interactions are turned at lambda=0; soft-core interactions will be required to avoid singularities
1425 <dt><b>none</b></dt>
1426 <dd>the Van der Waals interactions are turned off and the charges are zero at lambda=0; soft-core interactions will be required to avoid singularities
1427 </dl>
1428 <dt><b>couple-lambda1:</b></dt>
1429 <dd> analogous to <b>couple-lambda1</b>, but for lambda=1
1430 <dt><b>couple-intramol:</b></dt>
1431 <dd><dl compact>
1432 <dt><b>no</b></dt>
1433 <dd>All intra-molecular non-bonded interactions for moleculetype <b>couple-moltype</b> are replaced by exclusions and explicit pair interactions. In this manner the decoupled state of the molecule corresponds to the proper vacuum state without periodicity effects.
1434 <dt><b>yes</b></dt>
1435 <dd>The intra-molecular Van der Waals and Coulomb interactions are also turned on/off. This can be useful for partitioning free-energies of relatively large molecules, where the intra-molecular non-bonded interactions might lead to kinetically trapped vacuum conformations. The 1-4 pair interactions are not turned off.
1436 </dl>
1437 <dt><b>nstdhdl: (10)</b></dt>
1438 <dd>the frequency for writing dH/dlambda and possibly Delta H to dhdl.xvg,
1439 0 means no ouput, should be a multiple of <b>nstcalcenergy</b></dd>
1440 <dt><b>separate_dhdl_file: (yes)</b></dt>
1441 <dd><dl compact>
1442 <dt><b>yes</b></dt>
1443 <dd>the free energy values that are calculated (as specified with the <b>foreign-lambda</b> and <b>dhdl_derivatives</b> settings) are written out to a separate file, with the default name <tt>dhdl.xvg</tt>. This file can be used directly with <tt>g_bar</tt>.</dd>
1444 <dt><b>no</b></dt>
1445 <dd>The free energy values are written out to the energy output file (<tt>ener.edr</tt>, in accumulated blocks at every <b>nstenergy</b> steps), where they can be extracted with <tt>g_energy</tt> or used directly with <tt>g_bar</tt>.</dd>
1446 </dl>
1447 <dt><b>dh_hist_size: (0)</b></dt>
1448 <dd>If nonzero, specifies the size of the histogram into which the Delta H values (specified with <b>foreign_lambda</b>) and the derivative dH/dl values are binned, and written to ener.edr. This can be used to save disk space while calculating free energy differences. One histogram gets written for each <b>foreign lambda</b> and two for the dH/dl, at every <b>nstenergy</b> step. Be aware that incorrect histogram settings (too small size or too wide bins) can introduce errors. Do not use histograms unless you're certain you need it.</dd>
1449 <dt><b>dh_hist_spacing (0.1)</b></dt>
1450 <dd>Specifies the bin width of the histograms, in energy units. Used in conjunction with <b>dh_hist_size</b>. This size limits the accuracy with which free energies can be calculated.  Do not use histograms unless you're certain you need it.</dd>
1451 </dl>
1452
1453
1454 <A NAME="neq"><br>
1455 <hr>
1456 <h3>Non-equilibrium MD<!--QuietIdx-->non-equilibrium MD<!--EQuietIdx--></h3>
1457
1458 <dl>
1459 <dt><b>acc_grps: </b></dt>
1460 <dd>groups for constant acceleration (e.g.: <tt>Protein Sol</tt>)
1461 all atoms in groups Protein and Sol will experience constant acceleration
1462 as specified in the <b>accelerate</b> line</dd>
1463 <dt><b>accelerate: (0) [nm ps<sup>-2</sup>]</b></dt>
1464 <dd>acceleration for <b>acc_grps</b>; x, y and z for each group
1465 (e.g. <tt>0.1 0.0 0.0 -0.1 0.0 0.0</tt> means that first group has constant
1466 acceleration of 0.1 nm ps<sup>-2</sup> in X direction, second group the
1467 opposite).</dd>
1468 <dt><b>freezegrps: </b></dt>
1469 <dd>Groups that are to be frozen (i.e. their X, Y, and/or Z position will
1470 not be updated; e.g. <tt>Lipid SOL</tt>). <b>freezedim</b> specifies for
1471 which dimension the freezing applies.
1472 To avoid spurious contibrutions to the virial and pressure due to large
1473 forces between completely frozen atoms you need to use
1474 <A HREF="#egexcl">energy group exclusions</A>, this also saves computing time.
1475 Note that coordinates of frozen atoms are not scaled by pressure-coupling
1476 algorithms.</dd>
1477 <dt><b>freezedim: </b></dt>
1478 <dd>dimensions for which groups in <b>freezegrps</b> should be frozen,
1479 specify <tt>Y</tt> or <tt>N</tt> for X, Y and Z and for each group
1480 (e.g. <tt>Y Y N N N N</tt> means that particles in the first group
1481 can move only in Z direction. The particles in the second group can
1482 move in any direction).</dd>
1483 <dt><b>cos_acceleration: (0) [nm ps<sup>-2</sup>]</b></dt>
1484 <dd>the amplitude of the acceleration profile for calculating the
1485 <!--Idx-->viscosity<!--EIdx-->.
1486 The acceleration is in the X-direction and the magnitude is
1487 <b>cos_acceleration</b> cos(2 pi z/boxheight).
1488 Two terms are added to the energy file:
1489 the amplitude of the velocity profile and 1/viscosity.</dd>
1490 <dt><b><!--Idx-->deform<!--EIdx-->: (0 0 0 0 0 0) [nm ps<sup>-1</sup>]</b></dt>
1491 <dd>The velocities of deformation for the box elements:
1492 a(x) b(y) c(z) b(x) c(x) c(y). Each step the box elements
1493 for which <b>deform</b> is non-zero are calculated as:
1494 box(ts)+(t-ts)*deform, off-diagonal elements are corrected
1495 for periodicity. The coordinates are transformed accordingly.
1496 Frozen degrees of freedom are (purposely) also transformed.
1497 The time ts is set to t at the first step and at steps at which
1498 x and v are written to trajectory to ensure exact restarts.
1499 Deformation can be used together with semiisotropic or anisotropic
1500 pressure coupling when the appropriate compressibilities are set to zero.
1501 The diagonal elements can be used to <!--Idx-->strain<!--EIdx--> a solid.
1502 The off-diagonal elements can be used to <!--Idx-->shear<!--EIdx--> a solid
1503 or a liquid.</dd>
1504 </dl>
1505
1506 <A NAME="ef"><br>
1507 <hr>
1508 <h3>Electric fields<!--QuietIdx-->electric field<!--EQuietIdx--></h3>
1509
1510 <dl>
1511 <dt><b>E_x ; E_y ; E_z:</b></dt>
1512 <dd>If you want to use an electric field in a direction, enter 3 numbers
1513 after the appropriate <b>E_*</b>, the first number: the number of cosines,
1514 only 1 is implemented (with frequency 0) so enter 1,
1515 the second number: the strength of the electric field in
1516 <b>V nm<sup>-1</sup></b>,
1517 the third number: the phase of the cosine, you can enter any number here
1518 since a cosine of frequency zero has no phase.</dd>
1519 <dt><b>E_xt;  E_yt;  E_zt: </b></dt>
1520 <dd>not implemented yet</dd>
1521 </dl>
1522 <br>
1523
1524 <hr>
1525 <A NAME="qmmm"><br>
1526 <h3>Mixed quantum/classical molecular dynamics<!--QuietIdx>QM/MM<!--EQuietIdx--></h3>
1527
1528 <dl>
1529 <dt><b>QMMM:</b></dt>
1530 <dd><dl compact="compact">
1531 <dt><b>no</b></dt>
1532 <dd>No QM/MM.</dd>
1533 <dt><b>yes</b></dt>
1534 <dd>Do a QM/MM simulation. Several groups can be described at
1535 different QM levels separately. These are specified in
1536 the <b>QMMM-grps</b> field separated by spaces. The level of <i>ab
1537 initio</i> theory at which the groups are described is specified
1538 by <b>QMmethod</b> and <b>QMbasis</b> Fields. Describing the
1539 groups at different levels of theory is only possible with the ONIOM
1540 QM/MM scheme, specified by <b>QMMMscheme</b>.</dd>
1541 </dl></dd>
1542
1543 <dt><b>QMMM-grps:</b></dt>
1544 <dd>groups to be descibed at the QM level</dd>
1545
1546 <dt><b>QMMMscheme:</b></dt>
1547 <dd><dl compact="compact">
1548 <dt><b>normal</b></dt>
1549 <dd>normal QM/MM. There can only be one <b>QMMM-grps</b> that is modelled
1550 at the <b>QMmethod</b> and <b>QMbasis</b> level of <i>ab initio</i>
1551 theory. The rest of the system is described at the MM level. The QM
1552 and MM subsystems interact as follows: MM point charges are included
1553 in the QM one-electron hamiltonian and all Lennard-Jones interactions
1554 are described at the MM level.</dd>
1555 <dt><b>ONIOM</b></dt>
1556 <dd>The interaction between the subsystem is described using the ONIOM
1557 method by Morokuma and co-workers. There can be more than one <b>QMMM-grps</b> each modeled at a different level of QM theory
1558 (<b>QMmethod</b> and <b>QMbasis</b>).
1559 </dd></dl></dd>
1560
1561 <dt><b>QMmethod: (RHF)</b></dt>
1562 <dd>Method used to compute the energy and gradients on the QM
1563 atoms. Available methods are AM1, PM3, RHF, UHF, DFT, B3LYP, MP2,
1564 CASSCF, and MMVB. For CASSCF, the number of electrons and orbitals
1565 included in the active space is specified by <b>CASelectrons</b>
1566 and <b>CASorbitals</b>. </dd>
1567
1568 <dt><b>QMbasis: (STO-3G)</b></dt>
1569 <dd>Basis set used to expand the electronic wavefuntion. Only Gaussian
1570 basis sets are currently available, <i>i.e.</i> STO-3G, 3-21G, 3-21G*,
1571 3-21+G*, 6-21G, 6-31G, 6-31G*, 6-31+G*, and 6-311G.</dd>
1572
1573 <dt><b>QMcharge: (0) [integer]</b></dt>
1574 <dd>The total charge in <tt>e</tt> of the <b>QMMM-grps</b>. In case
1575 there are more than one <b>QMMM-grps</b>, the total charge of each
1576 ONIOM layer needs to be specified separately.</dd>
1577
1578 <dt><b>QMmult: (1) [integer]</b></dt>
1579 <dd>The multiplicity of the <b>QMMM-grps</b>. In case there are more
1580 than one <b>QMMM-grps</b>, the multiplicity of each ONIOM layer needs
1581 to be specified separately.</dd>
1582
1583 <dt><b>CASorbitals: (0) [integer]</b></dt>
1584 <dd>The number of orbitals to be included in the active space when
1585 doing a CASSCF computation.</dd>
1586
1587 <dt><b>CASelectrons: (0) [integer]</b></dt>
1588 <dd>The number of electrons to be included in the active space when
1589 doing a CASSCF computation.</dd>
1590
1591 <dt><b>SH:</b></dt>
1592 <dd><dl compact="compact">
1593 <dt><b>no</b></dt>
1594 <dd>No surface hopping. The system is always in the electronic
1595 ground-state.</dd>
1596 <dt><b>yes</b></dt>
1597 <dd>Do a QM/MM MD simulation on the excited state-potential energy
1598 surface and enforce a <i>diabatic</i> hop to the ground-state when the
1599 system hits the conical intersection hyperline in the course the
1600 simulation. This option only works in combination with the CASSCF
1601 method.</dd>
1602 </dl>
1603 </dl>
1604
1605 <A NAME="gbsa"><br>
1606 <hr>
1607 <h3>Implicit solvent</h3>
1608
1609 <dl>
1610 <dt><b>implicit_solvent:</b></dt>
1611 <dd><dl compact="compact">
1612 <dt><b>no</b></dt>
1613 <dd>No implicit solvent</dd>
1614 <dt><b>GBSA</b></dt>
1615 <dd>Do a simulation with implicit solvent using the Generalized Born formalism.
1616 Three different methods for calculating the Born radii are available, Still, HCT and
1617 OBC. These are specified with the <b>gb_algorithm</b> field. The non-polar solvation
1618 is specified with the <b>sa_algorithm</b> field.</dd>
1619 </dl>
1620
1621 <dt><b>gb_algorithm:</b></dt>
1622 <dd><dl compact="compact">
1623 <dt><b>Still</b></dt>
1624 <dd>Use the Still method to calculate the Born radii</dd>
1625 <dt><b>HCT</b></dt>
1626 <dd>Use the Hawkins-Cramer-Truhlar method to calculate the Born radii</dd>
1627 <dt><b>OBC</b></dt>
1628 <dd>Use the Onufriev-Bashford-Case method to calculate the Born radii</dd>
1629 </dl>
1630
1631 <dt><b>nstgbradii: (1) [steps]</b></dt>
1632 <dd>Frequency to (re)-calculate the Born radii. For most practial purposes,
1633 setting a value larger than 1 violates energy conservation and leads to
1634 unstable trajectories.</dd>
1635
1636 <dt><b>rgbradii: (1.0) [nm]</b></dt>
1637 <dd>Cut-off for the calculation of the Born radii. Currently must be equal to rlist</dd>
1638
1639 <dt><b>gb_epsilon_solvent: (80)</b></dt>
1640 <dd>Dielectric constant for the implicit solvent</dd>
1641
1642 <dt><b>gb_saltconc: (0) [M]</b></dt>
1643 <dd>Salt concentration for implicit solvent models, currently not used</dd>
1644
1645 <dt><b>gb_obc_alpha (1); gb_obc_beta (0.8); gb_obc_gamma (4.85);</b></dt>
1646 <dd>Scale factors for the OBC model. Default values are OBC(II).
1647 Values for OBC(I) are 0.8, 0 and 2.91 respectively</dd>
1648
1649 <dt><b>gb_dielectric_offset: (0.009) [nm]</b></dt>
1650 <dd>Distance for the di-electric offset when calculating the Born radii. This is
1651 the offset between the center of each atom the center of the polarization energy
1652 for the corresponding atom</dd>
1653
1654 <dt><b>sa_algorithm</b></dt>
1655 <dd><dl compact="compact">
1656 <dt><b>Ace-approximation</b></dt>
1657 <dd>Use an Ace-type approximation (default)</dd>
1658 <dt><b>None</b></dt>
1659 <dd>No non-polar solvation calculation done. For GBSA only the polar part gets
1660 calculated</dd>
1661 </dl>
1662
1663 <dt><b>sa_surface_tension: [kJ mol<sup>-1</sup> nm<sup>-2</sup>]</b></dt>
1664 <dd>Default value for surface tension with SA algorithms. The default value is -1;
1665 Note that if this default value is not changed
1666 it will be overridden by <tt>grompp</tt> using values that are specific for the choice
1667 of radii algorithm (0.0049 kcal/mol/Angstrom<sup>2</sup> for Still, 0.0054 kcal/mol/Angstrom<sup>2</sup>
1668 for HCT/OBC)
1669
1670 Setting it to 0 will while using an sa_algorithm other than None means
1671 no non-polar calculations are done.
1672 </dd>
1673 </dl>
1674
1675 <A NAME="user"><br>
1676 <hr>
1677 <h3>User defined thingies</h3>
1678
1679 <dl>
1680 <dt><b>user1_grps; user2_grps: </b></dt>
1681 <dt><b>userint1 (0); userint2 (0); userint3 (0); userint4 (0)</b></dt>
1682 <dt><b>userreal1 (0); userreal2 (0); userreal3 (0); userreal4 (0)</b></dt>
1683 <dd>These you can use if you modify code. You can pass integers and
1684 reals to your subroutine. Check the inputrec definition in
1685 <tt>src/include/types/inputrec.h</tt></dd>
1686
1687 </dl>
1688
1689 <A NAME="idx"><br>
1690 <hr>
1691 <h3>Index</h3>
1692
1693 <P>
1694
1695 <multicol cols=4>
1696 <A HREF="#neq">acc_grps</A><br>
1697 <A HREF="#neq">accelerate</A><br>
1698 <A HREF="#sa">annealing</A><br>
1699 <A HREF="#sa">annealing_npoints</A><br>
1700 <A HREF="#sa">annealing_time</A><br>
1701 <A HREF="#sa">annealing_temp</A><br>
1702 <A HREF="#ld">bd_fric</A><br>
1703 <A HREF="#vdw">bDispCorr</A><br>
1704 <A HREF="#run">comm_mode</A><br>
1705 <A HREF="#run">comm_grps</A><br>
1706 <A HREF="#pc">compressibility</A><br>
1707 <A HREF="#bond">constraint_algorithm</A><br>
1708 <A HREF="#bond">constraints</A><br>
1709 <A HREF="#neq">cos_acceleration</A><br>
1710 <A HREF="#el">coulombtype</A><br>
1711 <A HREF="#free">couple-intramol</A><br>
1712 <A HREF="#free">couple-lambda0</A><br>
1713 <A HREF="#free">couple-lambda1</A><br>
1714 <A HREF="#free">couple-moltype</A><br>
1715 <A HREF="#pp">define</A><br>
1716 <A HREF="#neq">deform</A><br>
1717 <A HREF="#free">delta_lambda</A><br>
1718 <A HREF="#nmr">disre</A><br>
1719 <A HREF="#nmr">disre_weighting</A><br>
1720 <A HREF="#nmr">disre_mixed</A><br>
1721 <A HREF="#nmr">disre_fc</A><br>
1722 <A HREF="#nmr">disre_tau</A><br>
1723 <A HREF="#run">dt</A><br>
1724 <A HREF="#em">emstep</A><br>
1725 <A HREF="#em">emtol</A><br>
1726 <A HREF="#egexcl">energygrp_excl</A><br>
1727 <A HREF="#table">energygrp_table</A><br>
1728 <A HREF="#out">energygrps</A><br>
1729 <A HREF="#el2">epsilon_r</A><br>
1730 <A HREF="#el2">epsilon_rf</A><br>
1731 <A HREF="#ewald">ewald_rtol</A><br>
1732 <A HREF="#ewald">ewald_geometry</A><br>
1733 <A HREF="#ewald">epsilon_surface</A><br>
1734 <A HREF="#ef">E_x</A><br>
1735 <A HREF="#ef">E_xt</A><br>
1736 <A HREF="#ef">E_y</A><br>
1737 <A HREF="#ef">E_yt</A><br>
1738 <A HREF="#ef">E_z</A><br>
1739 <A HREF="#ef">E_zt </A><br>
1740 <A HREF="#xmdrun">fcstep</A><br>
1741 <A HREF="#ewald">fourier_nx</A><br>
1742 <A HREF="#ewald">fourier_ny</A><br>
1743 <A HREF="#ewald">fourier_nz</A><br>
1744 <A HREF="#ewald">fourierspacing</A><br>
1745 <A HREF="#free">free_energy</A><br>
1746 <A HREF="#neq">freezedim </A><br>
1747 <A HREF="#neq">freezegrps</A><br>
1748 <A HREF="#vel">gen_seed</A><br>
1749 <A HREF="#vel">gen_temp</A><br>
1750 <A HREF="#vel">gen_vel</A><br>
1751 <A HREF="#pp">include</A><br>
1752 <A HREF="#free">init_lambda</A><br>
1753 <A HREF="#run">init_step</A><br>
1754 <A HREF="#run">integrator</A><br>
1755 <A HREF="#ld">ld_seed</A><br>
1756 <A HREF="#bond2">lincs_iter</A><br>
1757 <A HREF="#bond2">lincs_order</A><br>
1758 <A HREF="#bond2">lincs_warnangle</A><br>
1759 <A HREF="#bond2">morse</A><br>
1760 <A HREF="#em">nbfgscorr</A><br>
1761 <A HREF="#xmdrun">niter</A><br>
1762 <A HREF="#tc">nh-chain-length</A><br>
1763 <A HREF="#em">nstcgsteep</A><br>
1764 <A HREF="#out">nstcalcenergy</A><br>
1765 <A HREF="#run">nstcomm</A><br>
1766 <A HREF="#nmr">nstdisreout</A><br>
1767 <A HREF="#out">nstenergy</A><br>
1768 <A HREF="#run">nsteps</A><br>
1769 <A HREF="#out">nstfout</A><br>
1770 <A HREF="#nl">nstlist</A><br>
1771 <A HREF="#out">nstlog</A><br>
1772 <A HREF="#pc">nstpcouple</A><br>
1773 <A HREF="#tc">nsttcouple</A><br>
1774 <A HREF="#out">nstvout</A><br>
1775 <A HREF="#out">nstxout</A><br>
1776 <A HREF="#out">nstxtcout</A><br>
1777 <A HREF="#nl">ns_type</A><br>
1778 <A HREF="#wall">nwall</A><br>
1779 <A HREF="#ewald">optimize_fft</A><br>
1780 <A HREF="#nmr2">orire</A><br>
1781 <A HREF="#nmr2">orire_fc</A><br>
1782 <A HREF="#nmr2">orire_tau</A><br>
1783 <A HREF="#nmr2">orire_fitgrp</A><br>
1784 <A HREF="#nmr2">nstorireout</A><br>
1785 <A HREF="#nl">pbc</A><br>
1786 <A HREF="#pc">pcoupl</A><br>
1787 <A HREF="#pc">pcoupltype</A><br>
1788 <A HREF="#nl">periodic_molecules</A><br>
1789 <A HREF="#ewald">pme_order</A><br>
1790 <A HREF="#pull">pull</A><br>
1791 <A HREF="#pc">refcoord_scaling</A><br>
1792 <A HREF="#pc">ref_p</A><br>
1793 <A HREF="#tc">ref_t</A><br>
1794 <A HREF="#el2">rcoulomb_switch</A><br>
1795 <A HREF="#el2">rcoulomb</A><br>
1796 <A HREF="#nl">rlist</A><br>
1797 <A HREF="#nl">rlistlong</A><br>
1798 <A HREF="#tpi">rtpi</A><br>
1799 <A HREF="#vdw">rvdw_switch</A><br>
1800 <A HREF="#vdw">rvdw</A><br>
1801 <A HREF="#free">sc_alpha</A><br>
1802 <A HREF="#free">sc_power</A><br>
1803 <A HREF="#free">sc_sigma</A><br>
1804 <A HREF="#bond2">shake_tol</A><br>
1805 <A HREF="#table">table-extension</A><br>
1806 <A HREF="#pc">tau_p</A><br>
1807 <A HREF="#tc">tau_t</A><br>
1808 <A HREF="#tc">tc_grps</A><br>
1809 <A HREF="#tc">tcoupl</A><br>
1810 <A HREF="#run">tinit</A><br>
1811 <A HREF="#bond">continuation</A><br>
1812 <A HREF="#user">user1_grps</A><br>
1813 <A HREF="#user">user2_grps</A><br>
1814 <A HREF="#user">userint1</A><br>
1815 <A HREF="#user">userint2</A><br>
1816 <A HREF="#user">userint3</A><br>
1817 <A HREF="#user">userint4</A><br>
1818 <A HREF="#user">userreal1</A><br>
1819 <A HREF="#user">userreal2</A><br>
1820 <A HREF="#user">userreal3</A><br>
1821 <A HREF="#user">userreal4</A><br>
1822 <A HREF="#el">vdwtype</A><br>
1823 <A HREF="#out">xtc_grps</A><br>
1824 <A HREF="#out">xtc_precision</A><br>
1825 <A HREF="#sa">zero_temp_time</A><br>
1826 <A HREF="#walls">wall_atomtype</A><br>
1827 <A HREF="#walls">wall_density</A><br>
1828 <A HREF="#walls">wall_ewald_zfac</A><br>
1829 <A HREF="#walls">wall_r_linpot</A><br>
1830 <A HREF="#walls">wall_type</A><br>
1831 </multicol>
1832
1833 <hr>
1834 <div ALIGN=RIGHT>
1835 <font size="-1"><a href="http://www.gromacs.org">http://www.gromacs.org</a></font><br>
1836
1837 </div>
1838 </BODY>
1839 </HTML>
1840