share/html/online/mdp_opt.html

   1 <HTML>
   2 <HEAD>
   3 <TITLE>mdp options</TITLE>
   4 <LINK rel=stylesheet href="style.css" type="text/css">
   5 <BODY text="#000000" bgcolor="#FFFFFF" link="#0000FF" vlink="#990000" alink="#FF0000">
   6 <TABLE WIDTH="98%" NOBORDER >
   7 <TR><TD WIDTH=400>
   8 <TABLE WIDTH=400 NOBORDER>
   9 <TD WIDTH=116>
  10 <a href="http://www.gromacs.org/"><img SRC="../images/gmxlogo_small.jpg"BORDER=0 height=133 width=116></a></td>
  11 <td ALIGN=LEFT VALIGN=TOP WIDTH=280><br><h2>mdp options</h2><font size=-1><A HREF="../online.html">Main Table of Contents</A></font><br><br></td>
  12 </TABLE></TD><TD WIDTH="*" ALIGN=RIGHT VALIGN=BOTTOM><p> </p><B>VERSION 4.0<br>
  13 Sun 18 Jan 2009</B></td></tr></TABLE>
  14 <HR>
  15
  16 <!--
  17
  18 PLEASE BE VERY CAREFUL WHEN EDITING THIS FILE: IT MUST BE
  19 AUTOMATICALLY PARSED BY A SIMPLE SCRIPT (mkmdp in the GROMACS manual repository) TO PRODUCE A
  20 CORRESPONDING LATEX FILE.
  21
  22 IF YOU'RE NOT SURE ABOUT WHAT YOU'RE DOING, DON'T DO IT!
  23
  24 -->
  25
  26 <H3>Table of Contents</H3>
  27
  28 <ul>
  29 <li><A HREF="#general"><b>General remarks</b></A>
  30 <p> </p>
  31 <li><A HREF="#pp"><b>preprocessing</b></A> (include, define)
  32 <li><A HREF="#run"><b>run control</b></A> (integrator, tinit, dt, nsteps, init_step, comm_mode, nstcomm, comm_grps)
  33 <li><A HREF="#ld"><b>langevin dynamics</b></A> (bd_fric, ld_seed)
  34 <li><A HREF="#em"><b>energy minimization</b></A> (emtol, emstep, nstcgsteep)
  35 <li><a HREF="#xmdrun"><b>shell molecular dynamics</b></a>(emtol,niter,fcstep)
  36 <li><a HREF="#tpi"><b>test particle insertion</b></a>(rtpi)
  37 <li><A HREF="#out"><b>output control</b></A> (nstxout, nstvout, nstfout, nstlog, nstcalcenergy, nstenergy, nstxtcout, xtc_precision, xtc_grps, energygrps)
  38 <li><A HREF="#nl"><b>neighbor searching</b></A> (nstlist, ns_type, pbc, periodic_molecules, rlist, rlistlong)
  39 <li><A HREF="#el"><b>electrostatics</b></A> (coulombtype, rcoulomb_switch, rcoulomb, epsilon_r, epsilon_rf)
  40 <li><A HREF="#vdw"><b>VdW</b></A> (vdwtype, rvdw_switch, rvdw, DispCorr)
  41 <li><A HREF="#table"><b>tables</b></A> (table-extension, energygrp_table)
  42 <li><A HREF="#ewald"><b>Ewald</b></A> (fourierspacing, fourier_nx, fourier_ny, fourier_nz, pme_order, ewald_rtol, ewald_geometry, epsilon_surface, optimize_fft)
  43 <li><A HREF="#tc"><b>Temperature coupling</b></A> (tcoupl, nsttcouple, tc_grps, tau_t, ref_t)
  44 <li><A HREF="#pc"><b>Pressure coupling</b></A> (pcoupl, pcoupltype,
  45   nstpcouple, tau_p, compressibility, ref_p, refcoord_scaling)
  46 <li><A HREF="#sa"><b>simulated annealing</b></A> (annealing, annealing_npoints, annealing_time, annealing_temp)
  47 <li><A HREF="#vel"><b>velocity generation</b></A> (gen_vel, gen_temp, gen_seed)
  48 <li><A HREF="#bond"><b>bonds</b></A> (constraints, constraint_algorithm, continuation, shake_tol, lincs_order, lincs_iter, lincs_warnangle, morse)
  49 <li><A HREF="#egexcl"><b>Energy group exclusions</b></A> (energygrp_excl)
  50 <li><A HREF="#walls"><b>Walls</b></A> (nwall, wall_type, wall_r_linpot, wall_atomtype,
  51 wall_density, wall_ewald_zfac)
  52 <li><A HREF="#pull"><b>COM pulling</b></A> (pull, ...)
  53 <li><A HREF="#nmr"><b>NMR refinement</b></A> (disre, disre_weighting, disre_mixed, disre_fc, disre_tau, nstdisreout, orire, orire_fc, orire_tau, orire_fitgrp, nstorireout)
  54 <li><A HREF="#free"><b>Free Energy calculations</b></A> (free_energy, init_lambda, delta_lambda, sc_alpha, sc_power, sc_sigma, couple-moltype, couple-lambda0, couple-lambda1, couple-intramol)
  55 <li><A HREF="#neq"><b>Non-equilibrium MD</b></A> (acc_grps, accelerate, freezegrps, freezedim, cos_acceleration, deform)
  56 <li><A HREF="#ef"><b>Electric fields</b></A> (E_x, E_xt, E_y, E_yt, E_z, E_zt )
  57 <li><A HREF="#qmmm"><b>Mixed quantum/classical dynamics</b></A> (QMMM, QMMM-grps, QMMMscheme, QMmethod, QMbasis, QMcharge, Qmmult, CASorbitals, CASelectrons, SH)
  58 <li><A HREF="#gbsa"><b>Implicit solvent</b></A> (implicit_solvent, gb_algorithm, nstgbradii, rgbradii, gb_epsilon_solvent, gb_saltconc, gb_obc_alpha, gb_obc_beta, gb_obc_gamma, gb_dielectric_offset, sa_algorithm, sa_surface_tension)
  59 <li><A HREF="#user"><b>User defined thingies</b></A> (user1_grps, user2_grps, userint1, userint2, userint3, userint4, userreal1, userreal2, userreal3, userreal4)
  60 <li><A HREF="#idx"><b>Index</b></A>
  61 </ul>
  62 </P>
  63
  64 <HR>
  65
  66 <A NAME="general"><br>
  67 <h3>General</h3>
  68
  69 <P>
  70 Default values are given in parentheses. The first option in
  71 the list is always the default option. Units are given in
  72 square brackets The difference between a dash and an underscore
  73 is ignored. </P>
  74
  75 <P>
  76 A <a href="mdp.html">sample <TT>.mdp</TT> file</a> is
  77 available. This should be appropriate to start a normal
  78 simulation. Edit it to suit your specific needs and desires. </P>
  79
  80 <A NAME="pp"><br>
  81 <hr>
  82 <h3>Preprocessing</h3>
  83
  84 <dl>
  85 <dt><b>include:</b></dt>
  86 <dd>directories to include in your topology. Format:
  87 <PRE>-I/home/john/mylib -I../otherlib</PRE></dd>
  88 <dt><b>define:</b></dt>
  89 <dd>defines to pass to the preprocessor, default is no defines. You can use
  90 any defines to control options in your customized topology files. Options
  91 that are already available by default are:
  92 <dd><dl compact>
  93 <dt>-DFLEXIBLE</dt>
  94 <dd>Will tell grompp to include flexible water in stead of rigid water into your
  95 topology, this can be useful for normal mode analysis.</dd>
  96 <dt>-DPOSRES</dt>
  97 <dd>Will tell grompp to include posre.itp into your topology, used for
  98 <!--Idx-->position restraints<!--EIdx-->.</dd>
  99 </dl>
 100 </dl>
 101
 102 <A NAME="run"><br>
 103 <hr>
 104 <h3>Run control</h3>
 105
 106 <dl>
 107 <dt><b>integrator:</b> (Despite the name, this list includes algorithms that are not actually integrators. <tt>steep</tt> and all entries following it are in this category)</dt>
 108 <dd><dl compact>
 109 <dt><b>md</b></dt>
 110 <dd>A <!--Idx-->leap-frog<!--EIdx--> algorithm for integrating Newton's
 111 equations of motion.</dd>
 112 <dt><b>md-vv</b></dt>
 113 <dd>A velocity Verlet algorithm for integrating Newton's equations of motion.
 114 For constant NVE simulations started from corresponding points in the same trajectory, the trajectories
 115 are analytically, but not binary, identical to the <b>md</b> leap-frog integrator.  The the kinetic
 116 energy, which is determined from the whole step velocities and is therefore
 117 slightly too high. The advantage of this integrator is more accurate,
 118 reversible Nose-Hoover and Parrinello-Rahman coupling integration
 119 based on Trotter expansion, as well as (slightly too small) full step velocity
 120 output. This all comes at the cost off extra computation, especially with
 121 constraints and extra communication in parallel. Note that for nearly all
 122 production simulations the <b>md</b> integrator is accurate enough.
 123 </dd>
 124 <dt><b>md-vv-avek</b></dt>
 125 <dd>A velocity Verlet algorithm identical to <b>md-vv</b>, except that
 126 the kinetic energy is determined as the average of
 127 the two half step kinetic energies as in the <b>md</b> integrator, and this thus more accurate.
 128 With Nose-Hoover and/or Parrinello-Rahman coupling this comes with
 129 a slight increase in computational cost.
 130 </dd>
 131 <dt><b>sd</b></dt>
 132 <dd> An accurate leap-frog stochastic dynamics integrator.
 133 Four Gaussian random number are required
 134 per integration step per degree of freedom. With constraints,
 135 coordinates needs to be constrained twice per integration step.
 136 Depending on the computational cost of the force calculation,
 137 this can take a significant part of the simulation time.
 138 The temperature for one or more groups of atoms
 139 (<b><A HREF="#tc">tc_grps</A></b>)
 140 is set with <b><A HREF="#tc">ref_t</A></b> [K],
 141 the inverse friction constant for each group is set with
 142 <b><A HREF="#tc">tau_t</A></b> [ps].
 143 The parameter <b><A HREF="#tc">tcoupl</A></b> is ignored.
 144 The random generator is initialized with <b><A HREF="#ld">ld_seed</A></b>.
 145 When used as a thermostat, an appropriate value for <b>tau_t</b> is 2 ps,
 146 since this results in a friction that is lower than the internal friction
 147 of water, while it is high enough to remove excess heat
 148 (unless <b>cut-off</b> or <b>reaction-field</b> electrostatics is used).
 149 NOTE: temperature deviations decay twice as fast as with
 150 a Berendsen thermostat with the same <b>tau_t</b>.</dd>
 151 <dt><b>sd1</b></dt>
 152 <dd> An efficient leap-frog stochastic dynamics integrator.
 153 This integrator is equivalent to <b>sd</b>, except that it requires
 154 only one Gaussian random number and one constraint step.
 155 This integrator is less accurate.
 156 For water the relative error in the temperature with this integrator
 157 is 0.5 <b>delta_t</b>/<b>tau_t</b>, but for other systems it can be higher.
 158 Use with care and check the temperature.</dd>
 159 <dt><b>bd</b></dt>
 160 <dd>An Euler integrator for Brownian or position Langevin dynamics, the
 161 velocity is the force divided by a friction coefficient
 162 (<b><A HREF="#ld">bd_fric</A></b> [amu ps<sup>-1</sup>])
 163 plus random thermal noise (<b><A HREF="#tc">ref_t</A></b>).
 164 When <b><A HREF="#ld">bd_fric</A></b><tt>=0</tt>, the friction coefficient for each
 165 particle is calculated as mass/<b><A HREF="#tc">tau_t</A></b>, as for the
 166 integrator <tt>sd</tt>.
 167 The random generator is initialized with <b><A HREF="#ld">ld_seed</A></b>.</dd>
 168
 169 <dt><b>steep</b></dt>
 170 <dd>A <!--Idx-->steepest descent<!--EIdx--> algorithm for energy
 171 minimization. The maximum step size is <b><A HREF="#em">emstep</A></b>
 172 [nm], the tolerance is <b><A HREF="#em">emtol</A></b> [kJ
 173 mol<sup>-1</sup> nm<sup>-1</sup>].</dd>
 174 <dt><b>cg</b></dt>
 175 <dd>A <!--Idx-->conjugate gradient<!--EIdx--> algorithm for energy
 176 minimization, the tolerance is <b>emtol</b> [kJ mol<sup>-1</sup>
 177 nm<sup>-1</sup>]. CG is more efficient when a steepest descent step
 178 is done every once in a while, this is determined by
 179 <b><A HREF="#em">nstcgsteep</A></b>.
 180 For a minimization prior to a normal mode analysis, which requires
 181 a very high accuracy, GROMACS should be compiled in double precision.</dd>
 182 <dt><b>l-bfgs</b></dt>
 183 <dd>A <!--Idx-->quasi-Newtonian<!--EIdx--> algorithm for energy minimization
 184 according to the low-memory Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shanno approach.
 185 In practice this seems to converge faster than Conjugate Gradients, but due
 186 to the correction steps necessary it is not (yet) parallelized.
 187 </dd>
 188 <dt><b>nm</b></dt>
 189 <dd><!--Idx-->Normal mode analysis<!--EIdx--> is performed
 190 on the structure in the <tt>tpr</tt> file. GROMACS should be
 191 compiled in double precision.</dd>
 192 <dt><b>tpi</b></dt>
 193 <dd> Test particle insertion. The last molecule in the topology
 194 is the test particle. A trajectory should be provided with
 195 the <tt>-rerun</tt> option of <tt>mdrun</tt>. This trajectory
 196 should not contain the molecule to be inserted. Insertions
 197 are performed <b>nsteps</b> times in each frame at random locations
 198 and with random orientiations of the molecule. When <b>nstlist</b>
 199 is larger than one, <b>nstlist</b> insertions are performed
 200 in a sphere with radius <b><A HREF="#tpi">rtpi</A></b>
 201 around a the same random location using the same neighborlist
 202 (and the same long-range energy when <b>rvdw</b> or <b>rcoulomb</b>&gt;<b>rlist</b>,
 203 which is only allowed for single-atom molecules).
 204 Since neighborlist construction is expensive, one can perform several
 205 extra insertions with the same list almost for free.
 206 The random seed is set with <b><A HREF="#ld">ld_seed</A></b>.
 207 The temperature for the Boltzmann weighting is set with
 208 <b><A HREF="#tc">ref_t</A></b>, this should match the temperature
 209 of the simulation of the original trajectory.
 210 Dispersion correction is implemented correctly for tpi.
 211 All relevant quantities are written to the file specified with
 212 the <tt>-tpi</tt> option of <tt>mdrun</tt>.
 213 The distribution of insertion energies is written to the file specified with
 214 the <tt>-tpid</tt> option of <tt>mdrun</tt>.
 215 No trajectory or energy file is written.
 216 Parallel tpi gives identical results to single node tpi.
 217 For charged molecules, using PME with a fine grid is most accurate
 218 and also efficient, since the potential in the system only needs
 219 to be calculated once per frame.
 220 </dd>
 221 <dt><b>tpic</b></dt>
 222 <dd> Test particle insertion into a predefined cavity location.
 223 The procedure is the same as for <b>tpi</b>, except that one coordinate
 224 extra is read from the trajectory, which is used as the insertion location.
 225 The molecule to be inserted should be centered at 0,0,0. Gromacs does
 226 not do this for you, since for different situations a different
 227 way of centering might be optimal.
 228 Also <b><A HREF="#tpi">rtpi</A></b> sets the radius for the sphere
 229 around this location. Neighbor searching is done only once per frame,
 230 <b>nstlist</b> is not used.
 231 Parallel tpic gives identical results to single node tpic.
 232 </dl>
 233
 234 <dt><b>tinit: (0) [ps]</b></dt>
 235 <dd>starting time for your run (only makes sense for integrators <tt>md</tt>,
 236 <tt>sd</tt> and <tt>bd</tt>)</dd>
 237 <dt><b>dt: (0.001) [ps]</b></dt></dd>
 238 <dd>time step for integration (only makes sense for integrators <tt>md</tt>,
 239 <tt>sd</tt> and <tt>bd</tt>)</dd>
 240 <dt><b>nsteps: (0)</b></dt>
 241 <dd>maximum number of steps to integrate or minimize, -1 is no maximum</dd>
 242 <dt><b>init_step: (0)</b></dt>
 243 <dd>The starting step.
 244 The time at an step i in a run is calculated as: t = <tt>tinit</tt> + <tt>dt</tt>*(<tt>init_step</tt> + i).
 245 The free-energy lambda is calculated as: lambda = <tt>init_lambda</tt> + <tt>delta_lambda</tt>*(<tt>init_step</tt> + i).
 246 Also non-equilibrium MD parameters can depend on the step number.
 247 Thus for exact restarts or redoing part of a run it might be necessary to
 248 set <tt>init_step</tt> to the step number of the restart frame.
 249 <tt>tpbconv</tt> does this automatically.
 250 </dd>
 251 <dt><b>comm_mode:</b></dt>
 252 <dd><dl compact>
 253 <dt><b>Linear</b></dt>
 254 <dd>Remove center of mass translation</dd>
 255 <dt><b>Angular</b></dt>
 256 <dd>Remove center of mass translation and rotation around the center of mass
 257 </dd>
 258 <dt><b>No</b></dt>
 259 <dd>No restriction on the center of mass motion
 260 </dl></dd>
 261 <dt><b>nstcomm: (10) [steps]</b></dt>
 262 <dd>frequency for center of mass motion removal</dd>
 263 <dt><b>comm_grps:</b></dt>
 264 <dd>group(s) for center of mass motion removal, default is the whole system</dd>
 265 </dl>
 266
 267 <A NAME="ld"><br>
 268 <hr>
 269 <h3><!--Idx-->Langevin dynamics<!--EIdx--></h3>
 270
 271 <dl>
 272 <dt><b>bd_fric: (0) [amu ps<sup>-1</sup>]</b></dt>
 273 <dd>Brownian dynamics friction coefficient.
 274 When <b>bd_fric</b><tt>=0</tt>, the friction coefficient for each
 275 particle is calculated as mass/<b><A HREF="#tc">tau_t</A></b>.</dd>
 276 <dt><b>ld_seed: (1993) [integer]</b></dt>
 277 <dd>used to initialize random generator for thermal noise
 278 for stochastic and Brownian dynamics.
 279 When <b>ld_seed</b> is set to -1, the seed is calculated from the process ID.
 280 When running BD or SD on multiple processors, each processor uses a seed equal
 281 to <b>ld_seed</b> plus the processor number.</dd>
 282 </dl>
 283
 284 <A NAME="em"><br>
 285 <hr>
 286 <h3><!--Idx-->Energy minimization<!--EIdx--></h3>
 287 <dl>
 288 <dt><b>emtol: (10.0) [kJ mol<sup>-1</sup> nm<sup>-1</sup>]</b></dt>
 289 <dd>the minimization is converged when the maximum force is smaller than
 290 this value</dd>
 291 <dt><b>emstep: (0.01) [nm]</b></dt>
 292 <dd>initial step-size</dd>
 293 <dt><b>nstcgsteep: (1000) [steps]</b></dt>
 294 <dd>frequency of performing 1 steepest descent step while doing
 295 conjugate gradient energy minimization.</dd>
 296 <dt><b>nbfgscorr: (10)</b></dt>
 297 <dd>Number of correction steps to use for L-BFGS minimization. A higher
 298 number is (at least theoretically) more accurate, but slower.</dd>
 299 </dl>
 300
 301 <A NAME="xmdrun"><br>
 302 <hr>
 303 <h3><!--Idx-->Shell Molecular Dynamics<!--EIdx--></h3> When shells or
 304 flexible constraints are present in the system the positions of the shells
 305 and the lengths of the flexible constraints are optimized at
 306 every time step until either the RMS force on the shells and constraints
 307 is less than emtol, or a maximum number of iterations (niter) has been reached
 308 <dl>
 309 <dt><b>emtol: (10.0) [kJ mol<sup>-1</sup> nm<sup>-1</sup>]</b></dt>
 310 <dd>the minimization is converged when the maximum force is smaller than
 311 this value. For shell MD this value should be 1.0 at most, but since the
 312 variable is used for energy minimization as well the default is 10.0.</dd>
 313 <dt><b>niter: (20)</b></dt>
 314 <dd>maximum number of iterations for optimizing the shell positions
 315 and the flexible constraints.</dd>
 316 <dt><b>fcstep: (0) [ps<sup>2</sup>]</b></dt>
 317 <dd>the step size for optimizing the flexible constraints.
 318 Should be chosen as mu/(d<sup>2</sup>V/d q<sup>2</sup>)
 319 where mu is the reduced mass of two particles in a flexible constraint
 320 and d<sup>2</sup>V/d q<sup>2</sup> is the second derivative of the potential
 321 in the constraint direction. Hopefully this number does not differ too
 322 much between the flexible constraints, as the number of iterations
 323 and thus the runtime is very sensitive to <tt>fcstep</tt>.
 324 Try several values!</dd>
 325 </dl>
 326
 327 <A NAME="tpi"><br>
 328 <hr>
 329 <h3>Test particle insertion</h3>
 330 <dl>
 331 <dt><b>rtpi: (0.05) [nm]</b></dt>
 332 <dd>the test particle insertion radius see integrators
 333 <b><a href="#run">tpi</a></b> and <b><a href="#run">tpic</a></b></dd>
 334 </dl>
 335
 336 <A NAME="out"><br>
 337 <hr>
 338 <h3>Output control</h3>
 339 <dl>
 340 <dt><b>nstxout: (100) [steps]</b></dt>
 341 <dd>frequency to write coordinates to output
 342 <!--Idx-->trajectory file<!--EIdx-->, the last coordinates are always written</dd>
 343 <dt><b>nstvout: (100) [steps]</b></dt>
 344 <dd>frequency  to write velocities to output trajectory,
 345 the last velocities are always written</dd>
 346 <dt><b>nstfout: (0) [steps]</b></dt>
 347 <dd>frequency to write forces to output trajectory.</dd>
 348 <dt><b>nstlog: (100) [steps]</b></dt>
 349 <dd>frequency to write energies to <!--Idx-->log file<!--EIdx-->,
 350 the last energies are always written</dd>
 351 <dt><b>nstcalcenergy: (-1)</b></dt>
 352 <dd>frequency for calculating the energies, 0 is never.
 353 This option is only relevant with dynamics.
 354 With a twin-range cut-off setup <b>nstcalcenergy</b> should be equal to
 355 or a multiple of <b>nstlist</b>.
 356 This option affects the performance in parallel simulations,
 357 because calculating energies requires global communication between all
 358 processes which can become a bottleneck at high parallelization.
 359 The default value of -1 sets <b>nstcalcenergy</b> equal to <b>nstlist</b>,
 360 unless <b>nstlist</b> &le;0, then a value of 10 is used.
 361 If <b>nstenergy</b> is smaller than the automatically generated value,
 362 the lowest common denominator of <b>nstenergy</b> and <b>nstlist</b> is used.
 363 </dd>
 364 <dt><b>nstenergy: (100) [steps]</b></dt>
 365 <dd>frequency to write energies to energy file,
 366 the last energies are always written,
 367 should be a multiple of <b>nstcalcenergy</b>.
 368 Note that the exact sums and fluctuations over all MD steps
 369 modulo <b>nstcalcenergy</b> are stored in the energy file,
 370 so <tt>g_energy</tt> can report exact
 371 energy averages and fluctuations also when <b>nstenergy</b><tt>&gt;1</tt></dd>
 372 <dt><b>nstxtcout: (0) [steps]</b></dt>
 373 <dd>frequency to write coordinates to xtc trajectory</dd>
 374 <dt><b>xtc_precision: (1000) [real]</b></dt>
 375 <dd>precision to write to xtc trajectory</dd>
 376 <dt><b>xtc_grps:</b></dt>
 377 <dd>group(s) to write to xtc trajectory, default the whole system is written
 378 (if <b>nstxtcout</b> is larger than zero)</dd>
 379 <dt><b>energygrps:</b></dt>
 380 <dd>group(s) to write to energy file</dd>
 381 </dl>
 382
 383 <A NAME="nl"><br>
 384 <hr>
 385 <h3><!--Idx-->Neighbor searching<!--EIdx--></h3>
 386 <dl>
 387 <dt><b>nstlist: (10) [steps]</b></dt>
 388 <dd><dl compact>
 389 <dt><b>&gt;0</b></dt>
 390 <dd>Frequency to update the <!--Idx-->neighbor list<!--EIdx--> (and
 391 the long-range forces, when using twin-range cut-off's). When this is 0,
 392 the neighbor list is made only once.
 393 With energy minimization the neighborlist will be updated for every
 394 energy evaluation when <b>nstlist</b><tt>&gt;0</tt>.</dd>
 395 <dt><b>0</b></dt>
 396 <dd>The neighbor list is only constructed once and never updated.
 397 This is mainly useful for vacuum simulations in which all particles
 398 see each other.</dd>
 399 <dt><b>-1</b></dt>
 400 <dd>Automated update frequency.
 401 This can only be used with switched, shifted or user potentials where
 402 the cut-off can be smaller than <b>rlist</b>. One then has a buffer
 403 of size <b>rlist</b> minus the longest cut-off.
 404 The neighbor list is only updated when one or more particles have moved further
 405 than half the buffer size from the center of geometry of their charge group
 406 as determined at the previous neighbor search.
 407 Coordinate scaling due to pressure coupling or the <b>deform</b> option
 408 is taken into account.
 409 This option guarantees that their are no cut-off artifacts.
 410 But for larger systems this can come at a high computational cost,
 411 since the neighbor list update frequency will be determined
 412 by just one or two particles moving slightly beyond the half buffer length
 413 (which not even necessarily implies that the neighbor list is invalid),
 414 while 99.99% of the particles are fine.
 415 </dd>
 416 </dl></dd>
 417
 418 <dt><b>ns_type:</b></dt>
 419 <dd><dl compact>
 420 <dt><b>grid</b></dt>
 421 <dd>Make a grid in the box and only check atoms in neighboring grid
 422 cells when constructing a new neighbor list every <b>nstlist</b> steps.
 423 In large systems grid search is much faster than simple search.</dd>
 424 <dt><b>simple</b></dt>
 425 <dd>Check every atom in the box when constructing a new neighbor list
 426 every <b>nstlist</b> steps.</dd>
 427 </dl></dd>
 428
 429 <dt><b>pbc:</b></dt>
 430 <dd><dl compact>
 431 <dt><b>xyz</b></dt>
 432 <dd>Use periodic boundary conditions in all directions.</dd>
 433 <dt><b>no</b></dt>
 434 <dd>Use no periodic boundary conditions, ignore the box.
 435 To simulate without cut-offs, set all cut-offs to 0 and <b>nstlist</b><tt>=0</tt>.
 436 For best performance without cut-offs, use <b>nstlist</b><tt>=0</tt>,
 437 <b>ns_type</b><tt>=simple</tt>
 438 and particle decomposition instead of domain decomposition.</dd>
 439 <dt><b>xy</b></dt>
 440 <dd>Use periodic boundary conditions in x and y directions only.
 441 This works only with <b>ns_type</b><tt>=grid</tt> and can be used
 442 in combination with <b><a href="#walls">walls</a></b>.
 443 Without walls or with only one wall the system size is infinite
 444 in the z direction. Therefore pressure coupling or Ewald summation
 445 methods can not be used.
 446 These disadvantages do not apply when two walls are used.</dd>
 447 </dl></dd>
 448
 449 <dt><b>periodic_molecules:</b></dt>
 450 <dd><dl compact>
 451 <dt><b>no</b></dt>
 452 <dd>molecules are finite, fast molecular pbc can be used</dd>
 453 <dt><b>yes</b></dt>
 454 <dd>for systems with molecules that couple to themselves through
 455 the periodic boundary conditions, this requires a slower pbc algorithm
 456 and molecules are not made whole in the output</dd>
 457 </dl></dd>
 458
 459 <dt><b>rlist: (1) [nm]</b></dt>
 460 <dd>cut-off distance for the short-range neighbor list</dd>
 461
 462 <dt><b>rlistlong: (-1) [nm]</b></dt>
 463 <dd>Cut-off distance for the long-range neighbor list.
 464 This parameter is only relevant for a twin-range cut-off setup
 465 with switched potentials. In that case a buffer region is required to account
 466 for the size of charge groups. In all other cases this parameter
 467 is automatically set to the longest cut-off distance.</dd>
 468 </dl>
 469
 470
 471 <A NAME="el"><br>
 472 <hr>
 473 <h3><!--Idx-->Electrostatics<!--EIdx--></h3>
 474 <dl>
 475 <dt><b>coulombtype:</b></dt>
 476 <dd><dl compact>
 477
 478 <dt><b>Cut-off</b></dt>
 479 <dd>Twin range cut-off's with neighborlist cut-off <b>rlist</b> and
 480 Coulomb cut-off <b>rcoulomb</b>,
 481 where <b>rcoulomb</b>&ge;<b>rlist</b>.
 482
 483 <dt><b>Ewald</b></dt>
 484 <dd>Classical <!--Idx-->Ewald sum<!--EIdx--> electrostatics.
 485 The real-space cut-off <b>rcoulomb</b> should be equal to <b>rlist</b>.
 486 Use e.g. <b>rlist</b><tt>=0.9</tt>, <b>rcoulomb</b><tt>=0.9</tt>. The highest magnitude of
 487 wave vectors used in reciprocal space is controlled by <b>fourierspacing</b>.
 488 The relative accuracy of direct/reciprocal space
 489 is controlled by <b>ewald_rtol</b>.
 490 <br>
 491 NOTE: Ewald scales as O(N<sup>3/2</sup>)
 492 and is thus extremely slow for large systems. It is included mainly for
 493 reference - in most cases PME will perform much better.</dd>
 494
 495 <dt><b><!--Idx-->PME<!--EIdx--></b></dt>
 496 <dd>Fast Particle-Mesh Ewald electrostatics. Direct space is similar
 497 to the Ewald sum, while the reciprocal part is performed with
 498 FFTs. Grid dimensions are controlled with <b>fourierspacing</b> and the
 499 interpolation order with <b>pme_order</b>. With a grid spacing of 0.1
 500 nm and cubic interpolation the electrostatic forces have an accuracy
 501 of 2-3*10<sup>-4</sup>. Since the error from the vdw-cutoff is larger than this you
 502 might try 0.15 nm. When running in parallel the interpolation
 503 parallelizes better than the FFT, so try decreasing grid dimensions
 504 while increasing interpolation.</dd>
 505
 506 <dt><b><!--Idx-->PPPM<!--EIdx--></b></dt>
 507 <dd>Particle-Particle Particle-Mesh algorithm for long range
 508 electrostatic interactions.
 509 Use for example <b>rlist</b><tt>=0.9</tt>, <b>rcoulomb</b><tt>=0.9</TT>.
 510 The grid dimensions are controlled by <b>fourierspacing</b>.
 511 Reasonable grid spacing for PPPM is 0.05-0.1 nm.
 512 See <tt>Shift</tt> for the details of the particle-particle potential.
 513 <br>
 514 NOTE: PPPM is not functional in the current version, we plan to implement
 515 PPPM through a small modification of the PME code.</dd>
 516
 517 <dt><b><!--Idx-->Reaction-Field<!--EIdx--></b></dt>
 518 <dd>Reaction field with Coulomb cut-off <b>rcoulomb</b>,
 519 where <b>rcoulomb</b> &ge <b>rlist</b>.
 520 The dielectric constant beyond the cut-off is <b>epsilon_rf</b>.
 521 The dielectric constant can be set to infinity by setting <b>epsilon_rf</b><tt>=0</tt>.</dd>
 522
 523 <dt><b>Generalized-Reaction-Field</b></dt>
 524 <dd>Generalized reaction field with Coulomb cut-off <b>rcoulomb</b>,
 525 where <b>rcoulomb</b> &ge <b>rlist</b>.
 526 The dielectric constant beyond the cut-off is <b>epsilon_rf</b>.
 527 The ionic strength is computed from the number of charged
 528 (i.e. with non zero charge) <!--Idx-->charge group<!--EIdx-->s.
 529 The temperature for the GRF potential is set with
 530 <b><A HREF="#tc">ref_t</A></b> [K].</dd>
 531
 532 <dt><b>Reaction-Field-zero</b></dt>
 533 <dd>In GROMACS normal reaction-field electrostatics leads to bad
 534 energy conservation. <b>Reaction-Field-zero</b> solves this
 535 by making the potential zero beyond the cut-off. It can only
 536 be used with an infinite dielectric constant (<b>epsilon_rf=0</b>),
 537 because only for that value the force vanishes at the cut-off.
 538 <b>rlist</b> should be 0.1 to 0.3 nm larger than <b>rcoulomb</b>
 539 to accommodate for the size of charge groups and diffusion
 540 between neighbor list updates. This, and the fact that table lookups
 541 are used instead of analytical functions make <b>Reaction-Field-zero</b>
 542 computationally more expensive than normal reaction-field.</dd>
 543
 544 <dt><b>Reaction-Field-nec</b></dt>
 545 <dd>The same as <b>Reaction-Field</b>, but implemented as in
 546 GROMACS versions before 3.3. No reaction-field correction is applied
 547 to excluded atom pairs and self pairs.
 548 The 1-4 interactions are calculated using a reaction-field.
 549 The missing correction due to the excluded pairs that do not have a 1-4
 550 interaction is up to a few percent of the total electrostatic
 551 energy and causes a minor difference in the forces and the pressure.</dd>
 552
 553 <dt><b>Shift</b></dt>
 554 <dd>Analogous to <b>Shift</b> for <b>vdwtype</b>.
 555 You might want to use <b>Reaction-Field-zero</b> instead,
 556 which has a similar potential shape, but has a physical interpretation
 557 and has better energies due to the exclusion correction terms.
 558 </dd>
 559
 560 <dt><b>Encad-Shift</b></dt>
 561 <dd>The Coulomb
 562 potential is decreased over the whole range, using the definition
 563 from the Encad simulation package.</dd>
 564
 565 <dt><b>Switch</b></dt>
 566 <dd>Analogous to <b>Switch</b> for <b>vdwtype</b>.
 567 Switching the Coulomb potential can lead to serious artifacts,
 568 advice: use <b>Reaction-Field-zero</b> instead.</dd>
 569
 570 <dt><b>User</b></dt>
 571 <dd><a name="usertab"></a><tt>mdrun</tt> will now expect to find a file
 572 <tt>table.xvg</tt> with user-defined potential functions for
 573 repulsion, dispersion and Coulomb. When pair interactions are present,
 574 <tt>mdrun</tt> also expects to find a file <tt>tablep.xvg</tt> for
 575 the pair interactions. When the same interactions should be used
 576 for non-bonded and pair interactions the user can specify the same
 577 file name for both table files.
 578 These files should contain 7
 579 columns: the <tt>x</tt> value,
 580 <tt>f(x)</tt>, <tt>-f'(x)</tt>,
 581 <tt>g(x)</tt>, <tt>-g'(x)</tt>,
 582 <tt>h(x)</tt>, <tt>-h'(x)</tt>,
 583 where f(x) is the Coulomb function, g(x) the dispersion function
 584 and h(x) the repulsion function.
 585 When <b>vdwtype</b> is not set to <b>User</b> the values
 586 for g, -g', h and -h' are ignored.
 587 For the non-bonded interactions <tt>x</tt> values should run
 588 from 0 to the largest cut-off distance + <b>table-extension</b>
 589 and should be uniformly spaced. For the pair interactions the table
 590 length in the file will be used.
 591 The optimal spacing, which is used for non-user tables,
 592 is <tt>0.002</tt> [nm] when you run in single precision
 593 or <tt>0.0005</tt> [nm] when you run in double precision.
 594 The function value at <tt>x=0</tt> is not important. More information is
 595 in the printed manual.</dd>
 596
 597 <dt><b>PME-Switch</b></dt>
 598 <dd>A combination of PME and a switch function for the direct-space part
 599 (see above). <b>rcoulomb</b> is allowed to be smaller than <b>rlist</b>.
 600 This is mainly useful constant energy simulations. For constant temperature
 601 simulations the advantage of improved energy conservation
 602 is usually outweighed by the small loss in accuracy of the electrostatics.
 603 </dd>
 604
 605 <dt><b>PME-User</b></dt>
 606 <dd>A combination of PME and user tables (see above).
 607 <b>rcoulomb</b> is allowed to be smaller than <b>rlist</b>.
 608 The PME mesh contribution is subtracted from the user table by <tt>mdrun</tt>.
 609 Because of this subtraction the user tables should contain
 610 about 10 decimal places.</dd>
 611
 612 <dt><b>PME-User-Switch</b></dt>
 613 <dd>A combination of PME-User and a switching function (see above).
 614 The switching function is applied to final particle-particle interaction,
 615 i.e. both to the user supplied function and the PME Mesh correction part.</dd>
 616
 617 </dl></dd>
 618
 619 <A NAME="el2">
 620 <dt><b>rcoulomb_switch: (0) [nm]</b></dt>
 621 <dd>where to start switching the Coulomb potential</dd>
 622
 623 <dt><b>rcoulomb: (1) [nm]</b></dt>
 624 <dd>distance for the Coulomb <!--Idx-->cut-off<!--EIdx--></dd>
 625
 626 <dt><b>epsilon_r: (1)</b></dt>
 627 <dd>The relative <!--Idx-->dielectric constant<!--EIdx-->.
 628 A value of 0 means infinity.</dd>
 629
 630 <dt><b>epsilon_rf: (1)</b></dt>
 631 <dd>The relative dielectric constant of the reaction field.
 632 This is only used with reaction-field electrostatics.
 633 A value of 0 means infinity.</dd>
 634 </dl>
 635
 636 <A NAME="vdw">
 637 <hr>
 638 <h3>VdW</h3>
 639 <dl>
 640 <dt><b>vdwtype:</b></dt>
 641 <dd><dl compact>
 642 <dt><b>Cut-off</b></dt>
 643 <dd>Twin range cut-off's with neighbor list cut-off <b>rlist</b> and
 644 VdW cut-off <b>rvdw</b>,
 645 where <b>rvdw</b> <tt>&ge</tt> <b>rlist</b>.</dd>
 646 <dt><b>Shift</b></dt>
 647 <dd>The LJ (not Buckingham) potential is decreased over the whole
 648 range and the forces decay smoothly to zero between <b>rvdw_switch</b>
 649 and <b>rvdw</b>.  The neighbor search cut-off <b>rlist</b> should be
 650 0.1 to 0.3 nm larger than <b>rvdw</b> to accommodate for the size of
 651 charge groups and diffusion between neighbor list
 652 updates.</dd>
 653
 654 <dt><b>Switch</b></dt>
 655 <dd>The LJ (not Buckingham)
 656 potential is normal out to <b>rvdw_switch</b>, after which it is switched
 657 off to reach zero at <b>rvdw</b>. Both the potential and force functions
 658 are continuously smooth, but be aware that all switch functions will give rise
 659 to a bulge (increase) in the force (since we are switching the potential).
 660 The neighbor search cut-off <b>rlist</b> should be 0.1 to 0.3 nm larger than
 661 <b>rvdw</b> to accommodate for the size of charge groups and diffusion
 662 between neighbor list updates.</dd>
 663
 664 <dt><b>Encad-Shift</b></dt>
 665 <dd>The LJ (not Buckingham)
 666 potential is decreased over the whole range, using the definition
 667 from the Encad simulation package.</dd>
 668
 669 <dt><b>User</b></dt>
 670 <dd>See <b><a href="#usertab">user</a></b> for <b>coulombtype</b>.
 671 The function value at <tt>x=0</tt> is not important. When you want to
 672 use LJ correction, make sure that <b>rvdw</b> corresponds to the
 673 cut-off in the user-defined function.
 674 When <b>coulombtype</b> is not set to <b>User</b> the values
 675 for f and -f' are ignored.</dd>
 676 </dl></dd>
 677
 678 <dt><b>rvdw_switch: (0) [nm]</b></dt>
 679 <dd>where to start switching the LJ potential</dd>
 680
 681 <dt><b>rvdw: (1) [nm]</b></dt>
 682 <dd>distance for the LJ or Buckingham <!--Idx-->cut-off<!--EIdx--></dd>
 683
 684 <dt><b>DispCorr:</b></dt>
 685 <dd><dl compact></dd>
 686 <dt><b>no</b></dt>
 687 <dd>don't apply any correction</dd>
 688 <dt><b>EnerPres</b></dt>
 689 <dd>apply long range <!--Idx-->dispersion correction<!--EIdx-->s for Energy
 690 and Pressure</dd>
 691 <dt><b>Ener</b></dt>
 692 <dd>apply long range dispersion corrections for Energy
 693 only</dd>
 694 </dl>
 695 </dl>
 696
 697 <A NAME="table">
 698 <hr>
 699 <h3>Tables</h3>
 700 <dl>
 701 <dt><b>table-extension: (1) [nm]</b></dt>
 702 <dd>Extension of the non-bonded potential lookup tables beyond the largest cut-off distance.
 703 The value should be large enough to account for charge group sizes
 704 and the diffusion between neighbor-list updates.
 705 Without user defined potential the same table length is used
 706 for the lookup tables for the 1-4 interactions,
 707 which are always tabulated irrespective of the use of
 708 tables for the non-bonded interactions. </dd>
 709
 710 <dt><b>energygrp_table:</b></dt>
 711 <dd>When user tables are used for electrostatics and/or VdW,
 712 here one can give pairs of energy groups for which seperate
 713 user tables should be used.
 714 The two energy groups will be appended to the table file name,
 715 in order of their definition in <b>energygrps</b>, seperated by underscores.
 716 For example, if <tt>energygrps = Na Cl Sol</tt>
 717 and <tt>energygrp_table = Na Na Na Cl</tt>, <tt>mdrun</tt> will read
 718 <tt>table_Na_Na.xvg</tt> and <tt>table_Na_Cl.xvg</tt> in addition
 719 to the normal <tt>table.xvg</tt> which will be used for all other
 720 energy group pairs.
 721 </dd>
 722 </dl>
 723
 724 <A NAME="ewald">
 725 <hr>
 726 <h3>Ewald</h3>
 727 <dl>
 728 <dt><b>fourierspacing: (0.12) [nm]</b></dt>
 729 <dd>The maximum grid spacing for the FFT grid when using PPPM or PME.
 730 For ordinary Ewald the spacing times the box dimensions determines the
 731 highest magnitude to use in each direction. In all cases
 732 each direction can be overridden by entering a non-zero value for
 733 <b>fourier_n*</b>.
 734 For optimizing the relative load of the particle-particle interactions
 735 and the mesh part of PME it is useful to know that
 736 the accuracy of the electrostatics remains nearly constant
 737 when the Coulomb cut-off and the PME grid spacing are scaled
 738 by the same factor.</dd>
 739
 740 <dt><b>fourier_nx (0) ; fourier_ny (0) ; fourier_nz: (0)</b></dt>
 741 <dd>Highest magnitude of wave vectors in reciprocal space when using Ewald.</dd>
 742 <dd>Grid size when using PPPM or PME. These values override
 743 <b>fourierspacing</b> per direction. The best choice is powers of
 744 2, 3, 5 and 7. Avoid large primes.</dd>
 745
 746 <dt><b>pme_order (4)</b></dt>
 747 <dd>Interpolation order for PME. 4 equals cubic interpolation. You might try
 748 6/8/10 when running in parallel and simultaneously decrease grid dimension.</dd>
 749
 750 <dt><b>ewald_rtol (1e-5)</b></dt>
 751 <dd>The relative strength of the Ewald-shifted direct potential at
 752 <b>rcoulomb</b> is given by <b>ewald_rtol</b>.
 753 Decreasing this will give a more accurate direct sum,
 754 but then you need more wave vectors for the reciprocal sum.</dd>
 755
 756 <dt><b>ewald_geometry: (3d)</b></dt>
 757 <dd><dl compact>
 758 <dt><b>3d</b></dt>
 759 <dd>The Ewald sum is performed in all three dimensions.</dd>
 760 <dt><b>3dc</b></dt>
 761 <dd>The reciprocal sum is still performed in 3d,
 762 but a force and potential correction applied in the z
 763 dimension to produce a pseudo-2d summation.
 764 If your system has a slab geometry in the x-y plane you can
 765 try to increase the z-dimension of the box (a box height of 3 times
 766 the slab height is usually ok)
 767 and use this option.</dd>
 768 </dl></dd>
 769
 770 <dt><b>epsilon_surface: (0)</b></dt>
 771 <dd>This controls the dipole correction to the Ewald summation in 3d. The
 772 default value of zero means it is turned off. Turn it on by setting it to the value
 773 of the relative permittivity of the imaginary surface around your infinite system. Be
 774 careful - you shouldn't use this if you have free mobile charges in your system.
 775 This value does not affect the slab 3DC variant of the long range corrections.</dd>
 776
 777
 778 <dt><b>optimize_fft:</b></dt>
 779 <dd><dl compact>
 780 <dt><b>no</b></dt>
 781 <dd>Don't calculate the optimal FFT plan for the grid at startup.</dd>
 782 <dt><b>yes</b></dt>
 783 <dd>Calculate the optimal FFT plan for the grid at startup. This saves a
 784 few percent for long simulations, but takes a couple of minutes
 785 at start.</dd>
 786 </dl></dd>
 787
 788 </dl>
 789
 790 <A NAME="tc"><br>
 791 <hr>
 792 <h3><!--Idx-->Temperature coupling<!--EIdx--></h3>
 793
 794 <dl>
 795 <dt><b>tcoupl:</b></dt>
 796 <dd><dl compact>
 797 <dt><b>no</b></dt>
 798 <dd>No temperature coupling.</dd>
 799 <dt><b>berendsen</b></dt>
 800 <dd>Temperature coupling with a Berendsen-thermostat to a bath with
 801 temperature <b>ref_t</b> [K], with time constant <b>tau_t</b> [ps].
 802 Several groups can be coupled separately, these are specified in the
 803 <b>tc_grps</b> field separated by spaces.</dd>
 804 <dt><b>nose-hoover</b></dt>
 805 <dd>Temperature coupling using a Nose-Hoover extended
 806 ensemble. The reference temperature and coupling groups are selected
 807 as above, but in this case <b>tau_t</b> [ps] controls the period
 808 of the temperature fluctuations at equilibrium, which is slightly
 809 different from a relaxation time.
 810 For NVT simulations the conserved energy quantity is written
 811 to energy and log file.</dd>
 812 <dt><b>v-rescale</b></dt>
 813 <dd>Temperature coupling using velocity rescaling with a stochastic term
 814 (JCP 126, 014101).
 815 This thermostat is similar to Berendsen coupling, with the same scaling
 816 using <b>tau_t</b>, but the stochastic term ensures that a proper
 817 canonical ensemble is generated. The random seed is set with
 818 <b><A HREF="#ld">ld_seed</A></b>.
 819 This thermostat works correctly even for <b>tau_t</b><tt>=0</tt>.
 820 For NVT simulations the conserved energy quantity is written
 821 to the energy and log file.</dd>
 822 </dl>
 823 <dt><b>nsttcouple: (-1)</b></dt>
 824 <dd>The frequency for coupling the temperature.
 825 The default value of -1 sets <b>nsttcouple</b> equal to <b>nstlist</b>,
 826 unless <b>nstlist</b>&le;0, then a value of 10 is used.
 827 For velocity Verlet integrators <b>nsttcouple</b> is set to 1.</dd>
 828 </dd>
 829 <dt><b>nh-chain-length (10)</b></dt>
 830 <dd>the number of chained Nose-Hoover thermostats for velocity Verlet integrators, the leap-frog <b>md</b> integrator only supports 1.  Data for the NH chain variables is not printed to the .edr, but can be using the <tt>GMX_NOSEHOOVER_CHAINS</tt> environment variable</dd>
 831 <dt><b>tc_grps:</b></dt>
 832 <dd>groups to couple separately to temperature bath</dd>
 833 <dt><b>tau_t: [ps]</b></dt>
 834 <dd>time constant for coupling (one for each group in <b>tc_grps</b>),
 835 -1 means no temperature coupling</dd>
 836 <dt><b>ref_t: [K]</b></dt>
 837 <dd>reference temperature for coupling (one for each group in <b>tc_grps</b>)</dd>
 838 </dl>
 839
 840 <A NAME="pc"><br>
 841 <hr>
 842 <h3><!--Idx-->Pressure coupling<!--EIdx--></h3>
 843
 844 <dl>
 845 <dt><b>pcoupl:</b></dt>
 846 <dd><dl compact>
 847 <dt><b>no</b></dt>
 848 <dd>No pressure coupling. This means a fixed box size.</dd>
 849 <dt><b>berendsen</b></dt>
 850 <dd>Exponential relaxation pressure coupling with time constant
 851 <b>tau_p</b> [ps]. The box is scaled every timestep. It has been
 852 argued that this does not yield a correct thermodynamic ensemble,
 853 but it is the most efficient way to scale a box at the beginning
 854 of a run.</dd>
 855 <dt><b>Parrinello-Rahman</b></dt>
 856 <dd>Extended-ensemble pressure coupling where the box vectors are
 857 subject to an equation of motion. The equation of motion for the atoms
 858 is coupled to this. No instantaneous scaling takes place.  As for
 859 Nose-Hoover temperature coupling the time constant <b>tau_p</b> [ps]
 860 is the period of pressure fluctuations at equilibrium. This is
 861 probably a better method when you want to apply pressure scaling
 862 during data collection, but beware that you can get very large
 863 oscillations if you are starting from a different pressure. For
 864 simulations where the exact fluctation of the NPT ensemble are
 865 important, or if the pressure coupling time is very short it may not
 866 be appropriate, as the previous time step pressure is used in some
 867 steps of the GROMACS implementation for the current time step pressure.</dd>
 868 </dl></dd>
 869 <dt><b>MTTK</b></dt>
 870 <dd>Martyna-Tuckerman-Tobias-Klein implementation, only useable with <b>md-vv</b>
 871 or <b>md-vv-avek</b>, very similar to Parrinello-Rahman.
 872 As for Nose-Hoover temperature coupling the time constant <b>tau_p</b>
 873 [ps] is the period of pressure fluctuations at equilibrium. This is
 874 probably a better method when you want to apply pressure scaling
 875 during data collection, but beware that you can get very large
 876 oscillations if you are starting from a different pressure. Currently only supports isotropic scaling.</dd>
 877 </dl></dd>
 878
 879 <dl>
 880 <dt><b>pcoupltype:</b></dt>
 881 <dd><dl compact>
 882 <dt><b>isotropic</b></dt>
 883 <dd>Isotropic pressure coupling with time constant <b>tau_p</b> [ps].
 884 The compressibility and reference pressure are set with
 885 <b>compressibility</b> [bar<sup>-1</sup>] and <b>ref_p</b> [bar], one
 886 value is needed.</dd>
 887 <dt><b>semiisotropic</b></dt>
 888 <dd>Pressure coupling which is isotropic in the x and y direction,
 889 but different in the z direction.
 890 This can be useful for membrane simulations.
 891 2 values are needed for x/y and z directions respectively.</dd>
 892 <dt><b>anisotropic</b></dt>
 893 <dd>Idem, but 6 values are needed for xx, yy, zz, xy/yx, xz/zx and yz/zy
 894 components, respectively.
 895 When the off-diagonal compressibilities are set to zero,
 896 a rectangular box will stay rectangular.
 897 Beware that anisotropic scaling can lead to extreme deformation
 898 of the simulation box.</dd>
 899 <dt><b>surface-tension</b></dt>
 900 <dd>Surface tension coupling for surfaces parallel to the xy-plane.
 901 Uses normal pressure coupling for the z-direction, while the surface tension
 902 is coupled to the x/y dimensions of the box.
 903 The first <b>ref_p</b> value is the reference surface tension times
 904 the number of surfaces [bar nm],
 905 the second value is the reference z-pressure [bar].
 906 The two <b>compressibility</b> [bar<sup>-1</sup>] values are the compressibility
 907 in the x/y and z direction respectively.
 908 The value for the z-compressibility should be reasonably accurate since it
 909 influences the convergence of the surface-tension, it can also be set to zero
 910 to have a box with constant height.</dd>
 911 </dl></dd>
 912
 913 <dt><b>nstpcouple: (-1)</b></dt>
 914 <dd>The frequency for coupling the pressure.
 915 The default value of -1 sets <b>nstpcouple</b> equal to <b>nstlist</b>,
 916 unless <b>nstlist</b> &le;0, then a value of 10 is used.
 917 For velocity Verlet integrators <b>nstpcouple</b> is set to 1.</dd>
 918 </dd>
 919
 920 <dt><b>tau_p: (1) [ps]</b></dt>
 921 <dd>time constant for coupling</dd>
 922 <dt><b>compressibility: [bar<sup>-1</sup>]</b></dt>
 923 <dd>compressibility (NOTE: this is now really in bar<sup>-1</sup>)
 924 For water at 1 atm and 300 K the compressibility is 4.5e-5 [bar<sup>-1</sup>].</dd>
 925 <dt><b>ref_p: [bar]</b></dt>
 926 <dd>reference pressure for coupling</dd>
 927 <dt><b>refcoord_scaling:</b></dt>
 928 <dd><dl compact>
 929 <dt><b>no</b></dt>
 930 <dd>The reference coordinates for position restraints are not modified.
 931 Note that with this option the virial and pressure will depend on the absolute
 932 positions of the reference coordinates.</dd>
 933 <dt><b>all</b></dt>
 934 <dd>The reference coordinates are scaled with the scaling matrix of the pressure coupling.</dd>
 935 <dt><b>com</b></dt>
 936 <dd>Scale the center of mass of the reference coordinates with the scaling matrix of the pressure coupling. The vectors of each reference coordinate to the center of mass are not scaled. Only one COM is used, even when there are multiple molecules with position restraints. For calculating the COM of the reference coordinates in the starting configuration, periodic boundary conditions are not taken into account.
 937 </dl></dd>
 938 </dd>
 939 </dl>
 940
 941 <A NAME="sa"><br>
 942 <hr>
 943 <h3><!--Idx-->Simulated annealing<!--EIdx--></h3>
 944
 945 Simulated annealing is controlled separately for each temperature group in GROMACS. The reference temperature is a piecewise linear function, but you can use an arbitrary number of points for each group, and choose either a single sequence or a periodic behaviour for each group. The actual annealing is performed by dynamically changing the reference temperature used in the thermostat algorithm selected, so remember that the system will usually not instantaneously reach the reference temperature!
 946 <dl>
 947 <dt><b>annealing:</b></dt>
 948 <dd>Type of annealing for each temperature group</dd>
 949 <dd><dl compact></dd>
 950 <dt><b>no</b></dt>
 951 <dd>No simulated annealing - just couple to reference temperature value.</dd>
 952 <dt><b>single</b></dt>
 953 <dd>A single sequence of annealing points. If your simulation is longer than the time of the last point, the temperature will be coupled to this constant value after the annealing sequence has reached the last time point.</dd>
 954 <dt><b>periodic</b></dt>
 955 <dd>The annealing will start over at the first reference point once the last reference time is reached. This is repeated until the simulation ends.
 956 </dd>
 957 </dl>
 958
 959 <dt><b>annealing_npoints:</b></dt>
 960 <dd>A list with the number of annealing reference/control points used for
 961 each temperature group. Use 0 for groups that are not annealed. The number of entries should equal the number of temperature groups.</dd>
 962
 963 <dt><b>annealing_time:</b></dt>
 964 <dd>List of times at the annealing reference/control points for each group. If you are using periodic annealing, the times will be used modulo the last value, i.e. if the values are 0, 5, 10, and 15, the coupling will restart at the 0ps value after 15ps, 30ps, 45ps, etc. The number of entries should equal the sum of the numbers given in <tt>annealing_npoints</tt>.</dd>
 965
 966 <dt><b>annealing_temp:</b></dt>
 967 <dd>List of temperatures at the annealing reference/control points for each group. The number of entries should equal the sum of the numbers given in <tt>annealing_npoints</tt>.</dd>
 968 <br>
 969 Confused? OK, let's use an example. Assume you have two temperature groups, set the group selections to <tt>annealing = single periodic</tt>, the number of points of each group to <tt>annealing_npoints = 3 4</tt>, the times to <tt>annealing_time = 0 3 6 0 2 4 6</tt> and finally temperatures to <tt>annealing_temp = 298 280 270 298 320 320 298</tt>.
 970 The first group will be coupled to 298K at 0ps, but the reference temperature will drop linearly to reach 280K at 3ps, and then linearly between 280K and 270K from 3ps to 6ps. After this is stays constant, at 270K. The second group is coupled to 298K at 0ps, it increases linearly to 320K at 2ps, where it stays constant until 4ps. Between 4ps and 6ps it decreases to 298K, and then it starts over with the same pattern again, i.e. rising linearly from 298K to 320K between 6ps and 8ps. Check the summary printed by grompp if you are unsure!
 971 </dl>
 972
 973 <A NAME="vel"><br>
 974 <hr>
 975 <h3>Velocity generation</h3>
 976
 977 <dl>
 978 <dt><b>gen_vel:</b></dt>
 979 <dd><dl compact>
 980 <dt><b>no</b></dt>
 981 <dd> Do not generate velocities. The velocities are set to zero
 982 when there are no velocities in the input structure file.</dd>
 983 <dt><b>yes</b></dt>
 984 <dd>Generate velocities in grompp according to a Maxwell distribution at
 985 temperature <b>gen_temp</b> [K], with random seed <b>gen_seed</b>.
 986 This is only meaningful with integrator <b><A HREF="#run">md</A></b>.</dd>
 987 </dl></dd>
 988 <dt><b>gen_temp: (300) [K]</b></dt>
 989 <dd>temperature for Maxwell distribution</dd>
 990 <dt><b>gen_seed: (173529) [integer]</b></dt>
 991 <dd>used to initialize random generator for random velocities,
 992 when <b>gen_seed</b> is set to -1, the seed is calculated from
 993 the process ID number.
 994 </dl>
 995
 996 <A NAME="bond"><br>
 997 <hr>
 998 <h3>Bonds</h3>
 999
1000 <dl>
1001 <dt><b><!--Idx-->constraints<!--EIdx-->:</b></dt>
1002 <dd><dl compact>
1003 <dt><b>none</b></dt>
1004 <dd>No constraints except for those defined explicitly in the topology,
1005 i.e. bonds are represented by a harmonic (or other) potential
1006 or a Morse potential (depending on the setting of <b>morse</b>)
1007 and angles by a harmonic (or other) potential.
1008 <dt><b>hbonds</b></dt>
1009 <dd>Convert the bonds with H-atoms to constraints.</dd>
1010 <dt><b>all-bonds</b></dt>
1011 <dd>Convert all bonds to constraints.</dd>
1012 <dt><b>h-angles</b></dt>
1013 <dd>Convert all bonds and additionally the angles that involve H-atoms
1014 to bond-constraints.</dd>
1015 <dt><b>all-angles</b></dt>
1016 <dd>Convert all bonds and angles to bond-constraints.</dd>
1017 </dl>
1018
1019 <dt><b>constraint_algorithm:</b></dt>
1020 <dd><dl compact>
1021 <dt><b><!--Idx-->LINCS<!--EIdx--></b></dt>
1022 <dd>LINear Constraint Solver.
1023 With domain decomposition the parallel version P-LINCS is used.
1024 The accuracy in set with
1025 <b>lincs_order</b>, which sets the number of matrices in the expansion
1026 for the matrix inversion.
1027 After the matrix inversion correction the algorithm does
1028 an iterative correction to compensate for lengthening due to rotation.
1029 The number of such iterations can be controlled with
1030 <b>lincs_iter</b>. The root mean square relative constraint deviation
1031 is printed to the log file every <b>nstlog</b> steps.
1032 If a bond rotates more than <b>lincs_warnangle</b> [degrees] in one step,
1033 a warning will be printed both to the log file and to <TT>stderr</TT>.
1034 LINCS should not be used with coupled angle constraints.
1035 </dd>
1036 <dt><b><!--Idx-->SHAKE<!--EIdx--></b></dt>
1037 <dd>SHAKE is slightly slower and less stable than LINCS, but does work with
1038 angle constraints.
1039 The relative tolerance is set with <b>shake_tol</b>, 0.0001 is a good value
1040 for ``normal'' MD. SHAKE does not support constraints between atoms
1041 on different nodes, thus it can not be used with domain decompositon
1042 when inter charge-group constraints are present.
1043 SHAKE can not be used with energy minimization.
1044 </dd>
1045 </dl></dd>
1046 <dt><b>continuation:</b></dt>
1047 <dd>This option was formerly known as <tt>unconstrained_start</tt>.</dd>
1048 <dd><dl compact>
1049 <dt><b>no</b></dt>
1050 <dd>apply constraints to the start configuration and reset shells</dd>
1051 <dt><b>yes</b></dt>
1052 <dd>do not apply constraints to the start configuration
1053 and do not reset shells, useful for exact coninuation and reruns</dd>
1054 </dl></dd>
1055
1056 <A NAME="bond2">
1057 <dt><b>shake_tol: (0.0001)</b></dt>
1058 <dd>relative tolerance for SHAKE</dd>
1059 <dt><b>lincs_order: (4)</b></dt>
1060 <dd>Highest order in the expansion of the constraint coupling matrix.
1061 When constraints form triangles, an additional expansion of the same
1062 order is applied on top of the normal expansion only for the couplings
1063 within such triangles.
1064 For ``normal'' MD simulations an order of 4 usually suffices, 6 is
1065 needed for large time-steps with virtual sites or BD.
1066 For accurate energy minimization an order of 8 or more might be required.
1067 With domain decomposition, the cell size is limited by the distance
1068 spanned by <b>lincs_order</b>+1 constraints. When one wants to scale
1069 further than this limit, one can decrease <b>lincs_order</b> and increase
1070 <b>lincs_iter</b>, since the accuracy does not deteriorate
1071 when (1+<b>lincs_iter</b>)*<b>lincs_order</b> remains constant.</dd>
1072 <dt><b>lincs_iter: (1)</b></dt>
1073 <dd>Number of iterations to correct for rotational lengthening in LINCS.
1074 For normal runs a single step is sufficient, but for NVE
1075 runs where you want to conserve energy accurately or for accurate
1076 energy minimization you might want to increase it to 2.
1077 <dt><b>lincs_warnangle: </b>(30) [degrees]</dt>
1078 <dd>maximum angle that a bond can rotate before LINCS will complain</dd>
1079
1080 <dt><b>morse:</b></dt>
1081 <dd><dl compact>
1082 <dt><b>no</b></dt>
1083 <dd>bonds are represented by a harmonic potential</dd>
1084 <dt><b>yes</b></dt>
1085 <dd>bonds are represented by a Morse potential</dd>
1086 </dl></dd>
1087 </dl>
1088
1089 <A NAME="egexcl"><br>
1090 <hr>
1091 <h3>Energy group <!--Idx-->exclusions<!--EIdx--></h3>
1092 <dl>
1093 <dt><b>energygrp_excl: </b></dt>
1094 <dd>Pairs of energy groups for which all non-bonded interactions are
1095 excluded. An example: if you have two energy groups <tt>Protein</tt>
1096 and <tt>SOL</tt>, specifying
1097 <br>
1098 <tt>energygrp_excl&nbsp;=&nbsp;Protein&nbsp;Protein&nbsp;&nbsp;SOL&nbsp;SOL</tt>
1099 <br>
1100 would give only the non-bonded interactions between the protein and the
1101 solvent. This is especially useful for speeding up energy calculations with
1102 <tt>mdrun -rerun</tt> and for excluding interactions within frozen groups.</dd>
1103 </dl>
1104
1105 <A NAME="walls"><br>
1106 <hr>
1107 <h3><!--Idx-->Walls<!--EIdx--></h3>
1108 <dl>
1109 <dt><b>nwall: 0</b></dt>
1110 <dd>When set to <b>1</b> there is a wall at z=0, when set to <b>2</b>
1111 there is also a wall at z=z_box. Walls can only be used with <b>pbc=xy</b>.
1112 When set to <b>2</b> pressure coupling and Ewald summation can be used
1113 (it is usually best to use semiisotropic pressure coupling with
1114 the x/y compressibility set to 0, as otherwise the surface area will change).
1115 Walls interact wit the rest of the system through an optional <tt>wall_atomtype</tt>.
1116 Energy groups <tt>wall0</tt> and <tt>wall1</tt> (for <b>nwall=2</b>) are
1117 added automatically to monitor the interaction of energy groups
1118 with each wall.
1119 The <A HREF="#run">center of mass motion removal</A> will be turned
1120 off in the z-direction.</dd>
1121 <dt><b>wall_atomtype:</b></dt>
1122 <dd>the atom type name in the force field for each wall.
1123 By (for example) defining a special wall atom type in the topology with its
1124 own combination rules, this allows for independent tuning of the interaction
1125 of each atomtype with the walls.</dd>
1126 <dt><b>wall_type:</b></dt>
1127 <dd><dl compact>
1128 <dt><b>9-3</b></dt>
1129 <dd>LJ integrated over the volume behind the wall: 9-3 potential</dd>
1130 <dt><b>10-4</b></dt>
1131 <dd>LJ integrated over the wall surface: 10-4 potential</dd>
1132 <dt><b>12-6</b></dt>
1133 <dd>direct LJ potential with the z distance from the wall</dd>
1134 <dt><b>table</b></dt><dd>user defined potentials indexed with the z distance from the wall, the tables are read analogously to
1135 the <b><A HREF="#table">energygrp_table</A></b> option,
1136 where the first name is for a ``normal'' energy group and the second name
1137 is <tt>wall0</tt> or <tt>wall1</tt>,
1138 only the dispersion and repulsion columns are used</dd>
1139 </dl></dd>
1140 <dt><b>wall_r_linpot: -1 (nm)</b></dt>
1141 <dd>Below this distance from the wall the potential is continued
1142 linearly and thus the force is constant. Setting this option to
1143 a postive value is especially useful for equilibration when some atoms
1144 are beyond a wall.
1145 When the value is &le;0 (&lt;0 for <b>wall_type=table</b>),
1146 a fatal error is generated when atoms are beyond a wall.
1147 </dd>
1148 <dt><b>wall_density: [nm<sup>-3</sup>/nm<sup>-2</sup>]</b></dt>
1149 <dd>the number density of the atoms for each wall for wall types
1150 <b>9-3</b> and <b>10-4</b>
1151 <dt><b>wall_ewald_zfac: 3</b></dt>
1152 <dd>The scaling factor for the third box vector for Ewald summation only,
1153 the minimum is 2.
1154 Ewald summation can only be used with <b>nwall=2</b>, where one
1155 should use <b><A HREF="#ewald">ewald_geometry</A><tt>=3dc</tt></b>.
1156 The empty layer in the box serves to decrease the unphysical Coulomb
1157 interaction between periodic images.
1158 </dl>
1159
1160 <A NAME="pull"><br>
1161 <hr>
1162 <h3>COM <!--Idx-->pulling<!--EIdx--></h3>
1163 <dl>
1164 <dt><b>pull:</b></dt>
1165 <dd><dl compact>
1166 <dt><b>no</b></dt>
1167 <dd>No center of mass pulling.
1168 All the following pull options will be ignored
1169 (and if present in the mdp file, they unfortunately generate warnings)</dd>
1170 <dt><b>umbrella</b></dt>
1171 <dd>Center of mass pulling using an umbrella potential
1172 between the reference group and one or more groups.</dd>
1173 <dt><b>constraint</b></dt>
1174 <dd>Center of mass pulling using a constraint
1175 between the reference group and one or more groups.
1176 The setup is identical to the option <b>umbrella</b>, except for the fact
1177 that a rigid constraint is applied instead of a harmonic potential.</dd>
1178 <dt><b>constant_force</b></dt>
1179 <dd>Center of mass pulling using a linear potential and therefore
1180 a constant force. For this option there is no reference position
1181 and therefore the parameters <b>pull_init</b> and <b>pull_rate</b>
1182 are not used.</dd>
1183 </dl></dd>
1184 <dt><b>pull_geometry:</b></dt>
1185 <dd><dl compact>
1186 <dt><b>distance</b></dt>
1187 <dd>Pull along the vector connecting the two groups.
1188 Components can be selected with <b>pull_dim</b>.</dd>
1189 <dt><b>direction</b></dt>
1190 <dd>Pull in the direction of <b>pull_vec</b>.</dd>
1191 <dt><b>direction_periodic</b></dt>
1192 <dd>As <b>direction</b>, but allows the distance to be larger than
1193 half the box size. With this geometry the box should not be dynamic
1194 (e.g. no pressure scaling) in the pull dimensions and the pull force
1195 is not added to virial.</dd>
1196 <dt><b>cylinder</b></dt>
1197 <dd>Designed for pulling with respect to a layer where the reference COM
1198 is given by a local cylindrical part of the reference group.
1199 The pulling is in the direction of <b>pull_vec</b>.
1200 From the reference group a cylinder is selected around the axis going
1201 through the pull group with direction <b>pull_vec</b> using two radii.
1202 The radius <b>pull_r1</b> gives the radius within which all
1203 the relative weights are one, between <b>pull_r1</b> and
1204 <b>pull_r0</b> the weights are switched to zero. Mass weighting is also used.
1205 Note that the radii should be smaller than half the box size.
1206 For tilted cylinders they should be even smaller than half the box size
1207 since the distance of an atom in the reference group
1208 from the COM of the pull group has both a radial and an axial component.
1209 <dt><b>position</b></dt>
1210 <dd>Pull to the position of the reference group plus
1211 <b>pull_init</b> + time*<b>pull_rate</b>*<b>pull_vec</b>.</dd>
1212 </dl></dd>
1213 <dt><b>pull_dim: (Y Y Y)</b></dt>
1214 <dd>the distance components to be used with geometry <b>distance</b>
1215 and <b>position</b>, and also sets which components are printed
1216 to the output files</dd>
1217 <dt><b>pull_r1: (1) [nm]</b></dt>
1218 <dd>the inner radius of the cylinder for geometry <b>cylinder</b></dd>
1219 <dt><b>pull_r0: (1) [nm]</b></dt>
1220 <dd>the outer radius of the cylinder for geometry <b>cylinder</b></dd>
1221 <dt><b>pull_constr_tol: (1e-6)</b></dt>
1222 <dd>the relative constraint tolerance for constraint pulling</dd>
1223 <dt><b>pull_start:</b></dt>
1224 <dd><dl compact>
1225 <dt><b>no</b></dt>
1226 <dd>do not modify <b>pull_init</b>
1227 <dt><b>yes</b></dt>
1228 <dd>add the COM distance of the starting conformation to <b>pull_init</b></dd>
1229 </dl>
1230 <dt><b>pull_nstxout: (10)</b></dt>
1231 <dd>frequency for writing out the COMs of all the pull group</dd>
1232 <dt><b>pull_nstfout: (1)</b></dt>
1233 <dd>frequency for writing out the force of all the pulled group</dd>
1234 <dt><b>pull_ngroups: (1)</b></dt>
1235 <dd>The number of pull groups, not including the reference group.
1236 If there is only one group, there is no difference in treatment
1237 of the reference and pulled group (except with the cylinder geometry).
1238 Below only the pull options for the reference group (ending on 0)
1239 and the first group (ending on 1) are given,
1240 further groups work analogously, but with the number 1 replaced
1241 by the group number.</dd>
1242 <dt><b>pull_group0: </b></dt>
1243 <dd>The name of the reference group. When this is empty an absolute reference
1244 of (0,0,0) is used. With an absolute reference the system is no longer
1245 translation invariant and one should think about what to do with
1246 the <A HREF="#run">center of mass motion</A>.</dd>
1247 <dt><b>pull_weights0: </b></dt>
1248 <dd>see <b>pull_weights1</b></dd>
1249 <dt><b>pull_pbcatom0: (0)</b></dt>
1250 <dd>see <b>pull_pbcatom1</b></dd>
1251 <dt><b>pull_group1: </b></dt>
1252 <dd>The name of the pull group.</dd>
1253 <dt><b>pull_weights1: </b></dt>
1254 <dd>Optional relative weights which are multiplied with the masses of the atoms
1255 to give the total weight for the COM. The number should be 0, meaning all 1,
1256 or the number of atoms in the pull group.</dd>
1257 <dt><b>pull_pbcatom1: (0)</b></dt>
1258 <dd>The reference atom for the treatment of periodic boundary conditions
1259 inside the group
1260 (this has no effect on the treatment of the pbc between groups).
1261 This option is only important when the diameter of the pull group
1262 is larger than half the shortest box vector.
1263 For determining the COM, all atoms in the group are put at their periodic image
1264 which is closest to <b>pull_pbcatom1</b>.
1265 A value of 0 means that the middle atom (number wise) is used.
1266 This parameter is not used with geometry <b>cylinder</b>.
1267 A value of -1 turns on cosine weighting, which is useful for a group
1268 of molecules in a periodic system, e.g. a water slab (see Engin et al.
1269 J. Chem. Phys. B 2010).</dd>
1270 <dt><b>pull_vec1: (0.0 0.0 0.0)</b></dt>
1271 <dd>The pull direction. <tt>grompp</tt> normalizes the vector.</dd>
1272 <dt><b>pull_init1: (0.0) / (0.0 0.0 0.0) [nm]</b></dt>
1273 <dd>The reference distance at t=0. This is a single value,
1274 except for geometry <b>position</b> which uses a vector.</dd>
1275 <dt><b>pull_rate1: (0) [nm/ps]</b></dt>
1276 <dd>The rate of change of the reference position.</dd>
1277 <dt><b>pull_k1: (0) [kJ mol<sup>-1</sup> nm<sup>-2</sup>] / [kJ mol<sup>-1</sup> nm<sup>-1</sup>]</b></dt>
1278 <dd>The force constant. For umbrella pulling this is the harmonic force
1279 constant in [kJ mol<sup>-1</sup> nm<sup>-2</sup>]. For constant force pulling
1280 this is the force constant of the linear potential, and thus minus (!)
1281 the constant force in [kJ mol<sup>-1</sup> nm<sup>-1</sup>].</dd>
1282 <dt><b>pull_kB1: (pull_k1) [kJ mol<sup>-1</sup> nm<sup>-2</sup>] / [kJ mol<sup>-1</sup> nm<sup>-1</sup>]</b></dt>
1283 <dd>As <b>pull_k1</b>, but for state B. This is only used when
1284 <A HREF="#free"><b>free_energy</b></A> is turned on.
1285 The force constant is then (1 - lambda)*<b>pull_k1</b> + lambda*<b>pull_kB1</b>.
1286 </dl>
1287
1288 <A NAME="nmr"><br>
1289 <hr>
1290 <h3><!--Idx-->NMR refinement<!--EIdx--></h3>
1291 <dl>
1292 <dt><b>disre:</b></dt>
1293 <dd><dl compact>
1294 <dt><b>no</b></dt>
1295 <dd>no <!--Idx-->distance restraints<!--EIdx--> (ignore distance
1296 restraint information in topology file)</dd>
1297 <dt><b>simple</b></dt>
1298 <dd>simple (per-molecule) distance restraints,
1299 ensemble averaging can be performed with <tt>mdrun -multi</tt>
1300 where the environment variable <tt>GMX_DISRE_ENSEMBLE_SIZE</tt> sets the number
1301 of systems within each ensemble (usually equal to the mdrun -multi value)</dd>
1302 <dt><b>ensemble</b></dt>
1303 <dd>distance restraints over an ensemble of molecules in one simulation box,
1304 should only be used for special cases, such as dimers
1305 (this option is not fuctional in the current version of GROMACS)</dd>
1306 </dl></dd>
1307 <dt><b>disre_weighting:</b></dt>
1308 <dd><dl compact>
1309 <dt><b>conservative</b></dt>
1310 <dd>the forces are the derivative of the restraint potential,
1311 this results in an r<sup>-7</sup> weighting of the atom pairs</dd>
1312 <dt><b>equal</b></dt>
1313 <dd>divide the restraint force equally over all atom pairs in the restraint</dd>
1314 </dl></dd>
1315 <dt><b>disre_mixed:</b></dt>
1316 <dd><dl compact>
1317 <dt><b>no</b></dt>
1318 <dd>the violation used in the calculation of the restraint force is the
1319 time averaged violation </dd>
1320 <dt><b>yes</b></dt>
1321 <dd>the violation used in the calculation of the restraint force is the
1322 square root of the time averaged violation times the instantaneous violation </dd>
1323 </dl></dd>
1324
1325 <dt><b>disre_fc: (1000) [kJ mol<sup>-1</sup> nm<sup>-2</sup>]</b></dt>
1326 <dd>force constant for distance restraints, which is multiplied by a
1327 (possibly) different factor for each restraint</dd>
1328
1329 <dt><b>disre_tau: (0) [ps]</b></dt>
1330 <dd>time constant for distance restraints running average</dd>
1331
1332 <dt><b>nstdisreout: (100) [steps]</b></dt>
1333 <dd>frequency to write the running time averaged and instantaneous distances
1334 of all atom pairs involved in restraints to the energy file
1335 (can make the energy file very large)</dd>
1336
1337 <A NAME="nmr2">
1338 <dt><b>orire:</b></dt>
1339 <dd><dl compact>
1340 <dt><b>no</b></dt>
1341 <dd>no <!--Idx-->orientation restraints<!--EIdx--> (ignore orientation
1342 restraint information in topology file)</dd>
1343 <dt><b>yes</b></dt>
1344 <dd>use orientation restraints, ensemble averaging can be performed
1345 with <tt>mdrun -multi</tt></dd>
1346 </dl>
1347 <dt><b>orire_fc: (0) [kJ mol]</b></dt>
1348 <dd>force constant for orientation restraints, which is multiplied by a
1349 (possibly) different factor for each restraint, can be set to zero to
1350 obtain the orientations from a free simulation</dd>
1351 <dt><b>orire_tau: (0) [ps]</b></dt>
1352 <dd>time constant for orientation restraints running average</dd>
1353 <dt><b>orire_fitgrp: </b></dt>
1354 <dd>fit group for orientation restraining, for a protein backbone is a good
1355 choice</dd>
1356 <dt><b>nstorireout: (100) [steps]</b></dt>
1357 <dd>frequency to write the running time averaged and instantaneous orientations
1358 for all restraints and the molecular order tensor to the energy file
1359 (can make the energy file very large)</dd>
1360 </dl>
1361
1362 <A NAME="free"><br>
1363 <hr>
1364 <h3><!--Idx-->Free energy calculations<!--EIdx--></h3>
1365
1366 <dl>
1367 <dt><b>free_energy:</b></dt>
1368 <dd><dl compact>
1369 <dt><b>no</b></dt>
1370 <dd>Only use topology A.</dd>
1371 <dt><b>yes</b></dt>
1372 <dd>Interpolate between topology A (lambda=0) to topology B (lambda=1)
1373 and write the derivative of the Hamiltonian with respect to lambda (as specified with <b>dhdl_derivatives</b>), or the Hamiltonian differences w.r.t. other lambda valies (as specified with <b>foreign_lambda</b>) to
1374 the energy file and/or to <tt>dhdl.xvg</tt>, where they can be processed by, for example <tt>g_bar</tt>.
1375 The potentials, bond-lengths and angles are interpolated linearly as
1376 described in the manual. When <b>sc_alpha</b> is larger than zero, soft-core
1377 potentials are used for the LJ and Coulomb interactions.</dd>
1378 </dl></dd>
1379 <dt><b>init_lambda: (0)</b></dt>
1380 <dd>starting value for lambda</dd>
1381 <dt><b>delta_lambda: (0)</b></dt>
1382 <dd>increment per time step for lambda</dd>
1383 <dt><b>foreign_lambda: ()</b></dt>
1384 <dd>Zero, one or more lambda values for which Delta H values will
1385 be determined and written to dhdl.xvg every <b>nstdhdl</b> steps.
1386 Free energy differences between different lambda values can then
1387 be determined with <tt>g_bar</tt>.</dd>
1388 <dt><b>dhdl_derivatives: (yes)</b></dt>
1389 <dd>If yes (the default), the derivatives of the Hamiltonian w.r.t. lambda at each <b>nstdhdl</b> step are written out. These values are needed for interpolation of linear energy differences with <tt>g_bar</tt> (although the same can also be achieved with the right <b>foreign lambda</b> setting, that may not be as flexible), or with thermodynamic integration</dd>
1390 <dt><b>sc_alpha: (0)</b></dt>
1391 <dd>the soft-core parameter, a value of 0 results in linear interpolation of
1392 the LJ and Coulomb interactions</dd>
1393 <dt><b>sc_power: (0)</b></dt>
1394 <dd>the power for lambda in the soft-core function,
1395 only the values 1 and 2 are supported</dd>
1396 <dt><b>sc_sigma: (0.3) [nm]</b></dt>
1397 <dd>the soft-core sigma for particles which have a C6 or C12 parameter equal
1398 to zero or a sigma smaller than <b>sc_sigma</b></dd>
1399 <dt><b>couple-moltype:</b></dt>
1400 <dd>Here one can supply a molecule type (as defined in the topology)
1401 for calculating solvation or coupling free energies.
1402 There is a special option <b>system</b> that couples all molecule types
1403 in the system. This can be useful for equilibrating a system
1404 starting from (nearly) random coordinates.
1405 <b>free_energy</b> has to be turned on.
1406 The Van der Waals interactions and/or charges in this molecule type can be
1407 turned on or off between lambda=0 and lambda=1, depending on the settings
1408 of <b>couple-lambda0</b> and <b>couple-lambda1</b>. If you want to decouple
1409 one of several copies of a molecule, you need to copy and rename
1410 the molecule definition in the topology.</dd>
1411 <dt><b>couple-lambda0:</b></dt>
1412 <dd><dl compact>
1413 <dt><b>vdw-q</b></dt>
1414 <dd>all interactions are on at lambda=0
1415 <dt><b>vdw</b></dt>
1416 <dd>the charges are zero (no Coulomb interactions) at lambda=0
1417 <dt><b>q</b></dt>
1418 <dd>the Van der Waals interactions are turned at lambda=0; soft-core interactions will be required to avoid singularities
1419 <dt><b>none</b></dt>
1420 <dd>the Van der Waals interactions are turned off and the charges are zero at lambda=0; soft-core interactions will be required to avoid singularities
1421 </dl>
1422 <dt><b>couple-lambda1:</b></dt>
1423 <dd> analogous to <b>couple-lambda1</b>, but for lambda=1
1424 <dt><b>couple-intramol:</b></dt>
1425 <dd><dl compact>
1426 <dt><b>no</b></dt>
1427 <dd>All intra-molecular non-bonded interactions for moleculetype <b>couple-moltype</b> are replaced by exclusions and explicit pair interactions. In this manner the decoupled state of the molecule corresponds to the proper vacuum state without periodicity effects.
1428 <dt><b>yes</b></dt>
1429 <dd>The intra-molecular Van der Waals and Coulomb interactions are also turned on/off. This can be useful for partitioning free-energies of relatively large molecules, where the intra-molecular non-bonded interactions might lead to kinetically trapped vacuum conformations. The 1-4 pair interactions are not turned off.
1430 </dl>
1431 <dt><b>nstdhdl: (10)</b></dt>
1432 <dd>the frequency for writing dH/dlambda and possibly Delta H to dhdl.xvg,
1433 0 means no ouput, should be a multiple of <b>nstcalcenergy</b></dd>
1434 <dt><b>separate_dhdl_file: (yes)</b></dt>
1435 <dd><dl compact>
1436 <dt><b>yes</b></dt>
1437 <dd>the free energy values that are calculated (as specified with the <b>foreign-lambda</b> and <b>dhdl_derivatives</b> settings) are written out to a separate file, with the default name <tt>dhdl.xvg</tt>. This file can be used directly with <tt>g_bar</tt>.</dd>
1438 <dt><b>no</b></dt>
1439 <dd>The free energy values are written out to the energy output file (<tt>ener.edr</tt>, in accumulated blocks at every <b>nstenergy</b> steps), where they can be extracted with <tt>g_energy</tt> or used directly with <tt>g_bar</tt>.</dd>
1440 </dl>
1441 <dt><b>dh_hist_size: (0)</b></dt>
1442 <dd>If nonzero, specifies the size of the histogram into which the Delta H values (specified with <b>foreign_lambda</b>) and the derivative dH/dl values are binned, and written to ener.edr. This can be used to save disk space while calculating free energy differences. One histogram gets written for each <b>foreign lambda</b> and two for the dH/dl, at every <b>nstenergy</b> step. Be aware that incorrect histogram settings (too small size or too wide bins) can introduce errors. Do not use histograms unless you're certain you need it.</dd>
1443 <dt><b>dh_hist_spacing (0.1)</b></dt>
1444 <dd>Specifies the bin width of the histograms, in energy units. Used in conjunction with <b>dh_hist_size</b>. This size limits the accuracy with which free energies can be calculated.  Do not use histograms unless you're certain you need it.</dd>
1445 </dl>
1446
1447
1448 <A NAME="neq"><br>
1449 <hr>
1450 <h3><!--Idx-->Non-equilibrium MD<!--EIdx--></h3>
1451
1452 <dl>
1453 <dt><b>acc_grps: </b></dt>
1454 <dd>groups for constant acceleration (e.g.: <tt>Protein Sol</tt>)
1455 all atoms in groups Protein and Sol will experience constant acceleration
1456 as specified in the <b>accelerate</b> line</dd>
1457 <dt><b>accelerate: (0) [nm ps<sup>-2</sup>]</b></dt>
1458 <dd>acceleration for <b>acc_grps</b>; x, y and z for each group
1459 (e.g. <tt>0.1 0.0 0.0 -0.1 0.0 0.0</tt> means that first group has constant
1460 acceleration of 0.1 nm ps<sup>-2</sup> in X direction, second group the
1461 opposite).</dd>
1462 <dt><b>freezegrps: </b></dt>
1463 <dd>Groups that are to be frozen (i.e. their X, Y, and/or Z position will
1464 not be updated; e.g. <tt>Lipid SOL</tt>). <b>freezedim</b> specifies for
1465 which dimension the freezing applies.
1466 To avoid spurious contibrutions to the virial and pressure due to large
1467 forces between completely frozen atoms you need to use
1468 <A HREF="#egexcl">energy group exclusions</A>, this also saves computing time.
1469 Note that frozen coordinates are not subject to pressure scaling.</dd>
1470 <dt><b>freezedim: </b></dt>
1471 <dd>dimensions for which groups in <b>freezegrps</b> should be frozen,
1472 specify <tt>Y</tt> or <tt>N</tt> for X, Y and Z and for each group
1473 (e.g. <tt>Y Y N N N N</tt> means that particles in the first group
1474 can move only in Z direction. The particles in the second group can
1475 move in any direction).</dd>
1476 <dt><b>cos_acceleration: (0) [nm ps<sup>-2</sup>]</b></dt>
1477 <dd>the amplitude of the acceleration profile for calculating the
1478 <!--Idx-->viscosity<!--EIdx-->.
1479 The acceleration is in the X-direction and the magnitude is
1480 <b>cos_acceleration</b> cos(2 pi z/boxheight).
1481 Two terms are added to the energy file:
1482 the amplitude of the velocity profile and 1/viscosity.</dd>
1483 <dt><b><!--Idx-->deform<!--EIdx-->: (0 0 0 0 0 0) [nm ps<sup>-1</sup>]</b></dt>
1484 <dd>The velocities of deformation for the box elements:
1485 a(x) b(y) c(z) b(x) c(x) c(y). Each step the box elements
1486 for which <b>deform</b> is non-zero are calculated as:
1487 box(ts)+(t-ts)*deform, off-diagonal elements are corrected
1488 for periodicity. The coordinates are transformed accordingly.
1489 Frozen degrees of freedom are (purposely) also transformed.
1490 The time ts is set to t at the first step and at steps at which
1491 x and v are written to trajectory to ensure exact restarts.
1492 Deformation can be used together with semiisotropic or anisotropic
1493 pressure coupling when the appropriate compressibilities are set to zero.
1494 The diagonal elements can be used to <!--Idx-->strain<!--EIdx--> a solid.
1495 The off-diagonal elements can be used to <!--Idx-->shear<!--EIdx--> a solid
1496 or a liquid.</dd>
1497 </dl>
1498
1499 <A NAME="ef"><br>
1500 <hr>
1501 <h3><!--Idx-->Electric field<!--EIdx-->s</h3>
1502
1503 <dl>
1504 <dt><b>E_x ; E_y ; E_z:</b></dt>
1505 <dd>If you want to use an electric field in a direction, enter 3 numbers
1506 after the appropriate <b>E_*</b>, the first number: the number of cosines,
1507 only 1 is implemented (with frequency 0) so enter 1,
1508 the second number: the strength of the electric field in
1509 <b>V nm<sup>-1</sup></b>,
1510 the third number: the phase of the cosine, you can enter any number here
1511 since a cosine of frequency zero has no phase.</dd>
1512 <dt><b>E_xt;  E_yt;  E_zt: </b></dt>
1513 <dd>not implemented yet</dd>
1514 </dl>
1515 <br>
1516
1517 <hr>
1518 <A NAME="qmmm"><br>
1519 <h3><!--Idx-->Mixed quantum/classical molecular dynamics<!--EIdx--></h3>
1520
1521 <dl>
1522 <dt><b>QMMM:</b></dt>
1523 <dd><dl compact="compact">
1524 <dt><b>no</b></dt>
1525 <dd>No QM/MM.</dd>
1526 <dt><b>yes</b></dt>
1527 <dd>Do a QM/MM simulation. Several groups can be described at
1528 different QM levels separately. These are specified in
1529 the <b>QMMM-grps</b> field separated by spaces. The level of <i>ab
1530 initio</i> theory at which the groups are described is speficied
1531 by <b>QMmethod</b> and <b>QMbasis</b> Fields. Describing the
1532 groups at different levels of theory is only possible with the ONIOM
1533 QM/MM scheme, specified by <b>QMMMscheme</b>.</dd>
1534 </dl></dd>
1535
1536 <dt><b>QMMM-grps:</b></dt>
1537 <dd>groups to be descibed at the QM level</dd>
1538
1539 <dt><b>QMMMscheme:</b></dt>
1540 <dd><dl compact="compact">
1541 <dt><b>normal</b></dt>
1542 <dd>normal QM/MM. There can only be one <b>QMMM-grps</b> that is modelled
1543 at the <b>QMmethod</b> and <b>QMbasis</b> level of <i>ab initio</i>
1544 theory. The rest of the system is described at the MM level. The QM
1545 and MM subsystems interact as follows: MM point charges are included
1546 in the QM one-electron hamiltonian and all Lennard-Jones interactions
1547 are described at the MM level.</dd>
1548 <dt><b>ONIOM</b></dt>
1549 <dd>The interaction between the subsystem is described using the ONIOM
1550 method by Morokuma and co-workers. There can be more than one <b>QMMM-grps</b> each modeled at a different level of QM theory
1551 (<b>QMmethod</b> and <b>QMbasis</b>).
1552 </dd></dl></dd>
1553
1554 <dt><b>QMmethod: (RHF)</b></dt>
1555 <dd>Method used to compute the energy and gradients on the QM
1556 atoms. Available methods are AM1, PM3, RHF, UHF, DFT, B3LYP, MP2,
1557 CASSCF, and MMVB. For CASSCF, the number of electrons and orbitals
1558 included in the active space is specified by <b>CASelectrons</b>
1559 and <b>CASorbitals</b>. </dd>
1560
1561 <dt><b>QMbasis: (STO-3G)</b></dt>
1562 <dd>Basisset used to expand the electronic wavefuntion. Only gaussian
1563 bassisets are currently available, <i>i.e.</i> STO-3G, 3-21G, 3-21G*,
1564 3-21+G*, 6-21G, 6-31G, 6-31G*, 6-31+G*, and 6-311G.</dd>
1565
1566 <dt><b>QMcharge: (0) [integer]</b></dt>
1567 <dd>The total charge in <i>e</i> of the <b>QMMM-grps</b>. In case
1568 there are more than one <b>QMMM-grps</b>, the total charge of each
1569 ONIOM layer needs to be specified separately.</dd>
1570
1571 <dt><b>QMmult: (1) [integer]</b></dt>
1572 <dd>The multiplicity of the <b>QMMM-grps</b>. In case there are more
1573 than one <b>QMMM-grps</b>, the multiplicity of each ONIOM layer needs
1574 to be specified separately.</dd>
1575
1576 <dt><b>CASorbitals: (0) [integer]</b></dt>
1577 <dd>The number of orbitals to be included in the active space when
1578 doing a CASSCF computation.</dd>
1579
1580 <dt><b>CASelectrons: (0) [integer]</b></dt>
1581 <dd>The number of electrons to be included in the active space when
1582 doing a CASSCF computation.</dd>
1583
1584 <dt><b>SH:</b></dt>
1585 <dd><dl compact="compact">
1586 <dt><b>no</b></dt>
1587 <dd>No surface hopping. The system is always in the electronic
1588 ground-state.</dd>
1589 <dt><b>yes</b></dt>
1590 <dd>Do a QM/MM MD simulation on the excited state-potential energy
1591 surface and enforce a <i>diabatic</i> hop to the ground-state when the
1592 system hits the conical intersection hyperline in the course the
1593 simulation. This option only works in combination with the CASSCF
1594 method.</dd>
1595 </dl>
1596 </dl>
1597
1598 <A NAME="gbsa"><br>
1599 <hr>
1600 <h3>Implicit solvent</h3>
1601
1602 <dl>
1603 <dt><b>implicit_solvent:</b></dt>
1604 <dd><dl compact="compact">
1605 <dt><b>no</b></dt>
1606 <dd>No implicit solvent</dd>
1607 <dt><b>GBSA</b></dt>
1608 <dd>Do a simulation with implicit solvent using the Generalized Born formalism.
1609 Three different methods for calculating the Born radii are available, Still, HCT and
1610 OBC. These are specified with the <b>gb_algorithm</b> field. The non-polar solvation
1611 is specified with the <b>sa_algorithm</b> field.</dd>
1612 </dl>
1613
1614 <dt><b>gb_algorithm:</b></dt>
1615 <dd><dl compact="compact">
1616 <dt><b>Still</b></dt>
1617 <dd>Use the Still method to calculate the Born radii</dd>
1618 <dt><b>HCT</b></dt>
1619 <dd>Use the Hawkins-Cramer-Truhlar method to calculate the Born radii</dd>
1620 <dt><b>OBC</b></dt>
1621 <dd>Use the Onufriev-Bashford-Case method to calculate the Born radii</dd>
1622 </dl>
1623
1624 <dt><b>nstgbradii: (1) [steps]</b></dt>
1625 <dd>Frequency to (re)-calculate the Born radii. For most practial purposes,
1626 setting a value larger than 1 violates energy conservation and leads to
1627 unstable trajectories.</dd>
1628
1629 <dt><b>rgbradii: (1.0) [nm]</b></dt>
1630 <dd>Cut-off for the calculation of the Born radii. Currently must be equal to rlist</dd>
1631
1632 <dt><b>gb_epsilon_solvent: (80)</b></dt>
1633 <dd>Dielectric constant for the implicit solvent</dd>
1634
1635 <dt><b>gb_saltconc: (0) [M]</b></dt>
1636 <dd>Salt concentration for implicit solvent models, currently not used</dd>
1637
1638 <dt><b>gb_obc_alpha (1); gb_obc_beta (0.8); gb_obc_gamma (4.85);</b></dt>
1639 <dd>Scale factors for the OBC model. Default values are OBC(II).
1640 Values for OBC(I) are 0.8, 0 and 2.91 respectively</dd>
1641
1642 <dt><b>gb_dielectric_offset: (0.009) [nm]</b></dt>
1643 <dd>Distance for the di-electric offset when calculating the Born radii. This is
1644 the offset between the center of each atom the center of the polarization energy
1645 for the corresponding atom</dd>
1646
1647 <dt><b>sa_algorithm</b></dt>
1648 <dd><dl compact="compact">
1649 <dt><b>Ace-approximation</b></dt>
1650 <dd>Use an Ace-type approximation (default)</dd>
1651 <dt><b>None</b></dt>
1652 <dd>No non-polar solvation calculation done. For GBSA only the polar part gets
1653 calculated</dd>
1654 </dl>
1655
1656 <dt><b>sa_surface_tension: [kJ mol<sup>-1</sup> nm<sup>-2</sup>]</b></dt>
1657 <dd>Default value for surface tension with SA algorithms. The default value is -1;
1658 Note that if this default value is not changed
1659 it will be overridden by grompp using values that are specific for the choice
1660 of radii algorithm (0.0049 kcal/mol/Angstrom<sup>2</sup> for Still, 0.0054 kcal/mol/Angstrom<sup>2</sup>
1661 for HCT/OBC)
1662
1663 Setting it to 0 will while using an sa_algorithm other than None means
1664 no non-polar calculations are done.
1665 </dd>
1666 </dl>
1667
1668 <A NAME="user"><br>
1669 <hr>
1670 <h3>User defined thingies</h3>
1671
1672 <dl>
1673 <dt><b>user1_grps; user2_grps: </b></dt>
1674 <dt><b>userint1 (0); userint2 (0); userint3 (0); userint4 (0)</b></dt>
1675 <dt><b>userreal1 (0); userreal2 (0); userreal3 (0); userreal4 (0)</b></dt>
1676 <dd>These you can use if you modify code. You can pass integers and
1677 reals to your subroutine. Check the inputrec definition in
1678 <tt>src/include/types/inputrec.h</tt></dd>
1679
1680 </dl>
1681
1682 <A NAME="idx"><br>
1683 <hr>
1684 <h3>Index</h3>
1685
1686 <P>
1687
1688 <multicol cols=4>
1689 <A HREF="#neq">acc_grps</A><br>
1690 <A HREF="#neq">accelerate</A><br>
1691 <A HREF="#sa">annealing</A><br>
1692 <A HREF="#sa">annealing_npoints</A><br>
1693 <A HREF="#sa">annealing_time</A><br>
1694 <A HREF="#sa">annealing_temp</A><br>
1695 <A HREF="#ld">bd_fric</A><br>
1696 <A HREF="#vdw">bDispCorr</A><br>
1697 <A HREF="#run">comm_mode</A><br>
1698 <A HREF="#run">comm_grps</A><br>
1699 <A HREF="#pc">compressibility</A><br>
1700 <A HREF="#bond">constraint_algorithm</A><br>
1701 <A HREF="#bond">constraints</A><br>
1702 <A HREF="#neq">cos_acceleration</A><br>
1703 <A HREF="#el">coulombtype</A><br>
1704 <A HREF="#free">couple-intramol</A><br>
1705 <A HREF="#free">couple-lambda0</A><br>
1706 <A HREF="#free">couple-lambda1</A><br>
1707 <A HREF="#free">couple-moltype</A><br>
1708 <A HREF="#pp">define</A><br>
1709 <A HREF="#neq">deform</A><br>
1710 <A HREF="#free">delta_lambda</A><br>
1711 <A HREF="#nmr">disre</A><br>
1712 <A HREF="#nmr">disre_weighting</A><br>
1713 <A HREF="#nmr">disre_mixed</A><br>
1714 <A HREF="#nmr">disre_fc</A><br>
1715 <A HREF="#nmr">disre_tau</A><br>
1716 <A HREF="#run">dt</A><br>
1717 <A HREF="#em">emstep</A><br>
1718 <A HREF="#em">emtol</A><br>
1719 <A HREF="#egexcl">energygrp_excl</A><br>
1720 <A HREF="#table">energygrp_table</A><br>
1721 <A HREF="#out">energygrps</A><br>
1722 <A HREF="#el2">epsilon_r</A><br>
1723 <A HREF="#el2">epsilon_rf</A><br>
1724 <A HREF="#ewald">ewald_rtol</A><br>
1725 <A HREF="#ewald">ewald_geometry</A><br>
1726 <A HREF="#ewald">epsilon_surface</A><br>
1727 <A HREF="#ef">E_x</A><br>
1728 <A HREF="#ef">E_xt</A><br>
1729 <A HREF="#ef">E_y</A><br>
1730 <A HREF="#ef">E_yt</A><br>
1731 <A HREF="#ef">E_z</A><br>
1732 <A HREF="#ef">E_zt </A><br>
1733 <A HREF="#xmdrun">fcstep</A><br>
1734 <A HREF="#ewald">fourier_nx</A><br>
1735 <A HREF="#ewald">fourier_ny</A><br>
1736 <A HREF="#ewald">fourier_nz</A><br>
1737 <A HREF="#ewald">fourierspacing</A><br>
1738 <A HREF="#free">free_energy</A><br>
1739 <A HREF="#neq">freezedim </A><br>
1740 <A HREF="#neq">freezegrps</A><br>
1741 <A HREF="#vel">gen_seed</A><br>
1742 <A HREF="#vel">gen_temp</A><br>
1743 <A HREF="#vel">gen_vel</A><br>
1744 <A HREF="#pp">include</A><br>
1745 <A HREF="#free">init_lambda</A><br>
1746 <A HREF="#run">init_step</A><br>
1747 <A HREF="#run">integrator</A><br>
1748 <A HREF="#ld">ld_seed</A><br>
1749 <A HREF="#bond2">lincs_iter</A><br>
1750 <A HREF="#bond2">lincs_order</A><br>
1751 <A HREF="#bond2">lincs_warnangle</A><br>
1752 <A HREF="#bond2">morse</A><br>
1753 <A HREF="#em">nbfgscorr</A><br>
1754 <A HREF="#xmdrun">niter</A><br>
1755 <A HREF="#tc">nh-chain-length</A><br>
1756 <A HREF="#em">nstcgsteep</A><br>
1757 <A HREF="#out">nstcalcenergy</A><br>
1758 <A HREF="#run">nstcomm</A><br>
1759 <A HREF="#nmr">nstdisreout</A><br>
1760 <A HREF="#out">nstenergy</A><br>
1761 <A HREF="#run">nsteps</A><br>
1762 <A HREF="#out">nstfout</A><br>
1763 <A HREF="#nl">nstlist</A><br>
1764 <A HREF="#out">nstlog</A><br>
1765 <A HREF="#pc">nstpcouple</A><br>
1766 <A HREF="#tc">nsttcouple</A><br>
1767 <A HREF="#out">nstvout</A><br>
1768 <A HREF="#out">nstxout</A><br>
1769 <A HREF="#out">nstxtcout</A><br>
1770 <A HREF="#nl">ns_type</A><br>
1771 <A HREF="#wall">nwall</A><br>
1772 <A HREF="#ewald">optimize_fft</A><br>
1773 <A HREF="#nmr2">orire</A><br>
1774 <A HREF="#nmr2">orire_fc</A><br>
1775 <A HREF="#nmr2">orire_tau</A><br>
1776 <A HREF="#nmr2">orire_fitgrp</A><br>
1777 <A HREF="#nmr2">nstorireout</A><br>
1778 <A HREF="#nl">pbc</A><br>
1779 <A HREF="#pc">pcoupl</A><br>
1780 <A HREF="#pc">pcoupltype</A><br>
1781 <A HREF="#nl">periodic_molecules</A><br>
1782 <A HREF="#ewald">pme_order</A><br>
1783 <A HREF="#pull">pull</A><br>
1784 <A HREF="#pc">refcoord_scaling</A><br>
1785 <A HREF="#pc">ref_p</A><br>
1786 <A HREF="#tc">ref_t</A><br>
1787 <A HREF="#el2">rcoulomb_switch</A><br>
1788 <A HREF="#el2">rcoulomb</A><br>
1789 <A HREF="#nl">rlist</A><br>
1790 <A HREF="#nl">rlistlong</A><br>
1791 <A HREF="#tpi">rtpi</A><br>
1792 <A HREF="#vdw">rvdw_switch</A><br>
1793 <A HREF="#vdw">rvdw</A><br>
1794 <A HREF="#free">sc_alpha</A><br>
1795 <A HREF="#free">sc_power</A><br>
1796 <A HREF="#free">sc_sigma</A><br>
1797 <A HREF="#bond2">shake_tol</A><br>
1798 <A HREF="#table">table-extension</A><br>
1799 <A HREF="#pc">tau_p</A><br>
1800 <A HREF="#tc">tau_t</A><br>
1801 <A HREF="#tc">tc_grps</A><br>
1802 <A HREF="#tc">tcoupl</A><br>
1803 <A HREF="#run">tinit</A><br>
1804 <A HREF="#bond">continuation</A><br>
1805 <A HREF="#user">user1_grps</A><br>
1806 <A HREF="#user">user2_grps</A><br>
1807 <A HREF="#user">userint1</A><br>
1808 <A HREF="#user">userint2</A><br>
1809 <A HREF="#user">userint3</A><br>
1810 <A HREF="#user">userint4</A><br>
1811 <A HREF="#user">userreal1</A><br>
1812 <A HREF="#user">userreal2</A><br>
1813 <A HREF="#user">userreal3</A><br>
1814 <A HREF="#user">userreal4</A><br>
1815 <A HREF="#el">vdwtype</A><br>
1816 <A HREF="#out">xtc_grps</A><br>
1817 <A HREF="#out">xtc_precision</A><br>
1818 <A HREF="#sa">zero_temp_time</A><br>
1819 <A HREF="#walls">wall_atomtype</A><br>
1820 <A HREF="#walls">wall_density</A><br>
1821 <A HREF="#walls">wall_ewald_zfac</A><br>
1822 <A HREF="#walls">wall_r_linpot</A><br>
1823 <A HREF="#walls">wall_type</A><br>
1824 </multicol>
1825
1826 <hr>
1827 <div ALIGN=RIGHT>
1828 <font size="-1"><a href="http://www.gromacs.org">http://www.gromacs.org</a></font><br>
1829
1830 </div>
1831 </BODY>
1832 </HTML>
1833