share/html/online/mdp_opt.html

   1 <HTML>
   2 <HEAD>
   3 <TITLE>mdp options</TITLE>
   4 <LINK rel=stylesheet href="style.css" type="text/css">
   5 <BODY text="#000000" bgcolor="#FFFFFF" link="#0000FF" vlink="#990000" alink="#FF0000">
   6 <TABLE WIDTH="98%" NOBORDER >
   7 <TR><TD WIDTH=400>
   8 <TABLE WIDTH=400 NOBORDER>
   9 <TD WIDTH=116>
  10 <a href="http://www.gromacs.org/"><img SRC="../images/gmxlogo_small.jpg"BORDER=0 height=133 width=116></a></td>
  11 <td ALIGN=LEFT VALIGN=TOP WIDTH=280><br><h2>mdp options</h2><font size=-1><A HREF="../online.html">Main Table of Contents</A></font><br><br></td>
  12 </TABLE></TD><TD WIDTH="*" ALIGN=RIGHT VALIGN=BOTTOM><p> </p><B>VERSION 4.0<br>
  13 Sun 18 Jan 2009</B></td></tr></TABLE>
  14 <HR>
  15
  16 <!--
  17
  18 PLEASE BE VERY CAREFUL WHEN EDITING THIS FILE: IT MUST BE
  19 AUTOMATICALLY PARSED BY A SIMPLE SCRIPT (mkmdp in the GROMACS manual repository) TO PRODUCE A
  20 CORRESPONDING LATEX FILE.
  21
  22 IF YOU'RE NOT SURE ABOUT WHAT YOU'RE DOING, DON'T DO IT!
  23
  24 -->
  25
  26 <H3>Table of Contents</H3>
  27
  28 <ul>
  29 <li><A HREF="#general"><b>General remarks</b></A>
  30 <p> </p>
  31 <li><A HREF="#pp"><b>preprocessing</b></A> (include, define)
  32 <li><A HREF="#run"><b>run control</b></A> (integrator, tinit, dt, nsteps, init_step, comm_mode, nstcomm, comm_grps)
  33 <li><A HREF="#ld"><b>langevin dynamics</b></A> (bd_fric, ld_seed)
  34 <li><A HREF="#em"><b>energy minimization</b></A> (emtol, emstep, nstcgsteep)
  35 <li><a HREF="#xmdrun"><b>shell molecular dynamics</b></a>(emtol,niter,fcstep)
  36 <li><a HREF="#tpi"><b>test particle insertion</b></a>(rtpi)
  37 <li><A HREF="#out"><b>output control</b></A> (nstxout, nstvout, nstfout, nstlog, nstcalcenergy, nstenergy, nstxtcout, xtc_precision, xtc_grps, energygrps)
  38 <li><A HREF="#nl"><b>neighbor searching</b></A> (nstlist, ns_type, pbc, periodic_molecules, rlist, rlistlong)
  39 <li><A HREF="#el"><b>electrostatics</b></A> (coulombtype, rcoulomb_switch, rcoulomb, epsilon_r, epsilon_rf)
  40 <li><A HREF="#vdw"><b>VdW</b></A> (vdwtype, rvdw_switch, rvdw, DispCorr)
  41 <li><A HREF="#table"><b>tables</b></A> (table-extension, energygrp_table)
  42 <li><A HREF="#ewald"><b>Ewald</b></A> (fourierspacing, fourier_nx, fourier_ny, fourier_nz, pme_order, ewald_rtol, ewald_geometry, epsilon_surface, optimize_fft)
  43 <li><A HREF="#tc"><b>Temperature coupling</b></A> (tcoupl, nsttcouple, tc_grps, tau_t, ref_t)
  44 <li><A HREF="#pc"><b>Pressure coupling</b></A> (pcoupl, pcoupltype,
  45   nstpcouple, tau_p, compressibility, ref_p, refcoord_scaling)
  46 <li><A HREF="#sa"><b>simulated annealing</b></A> (annealing, annealing_npoints, annealing_time, annealing_temp)
  47 <li><A HREF="#vel"><b>velocity generation</b></A> (gen_vel, gen_temp, gen_seed)
  48 <li><A HREF="#bond"><b>bonds</b></A> (constraints, constraint_algorithm, continuation, shake_tol, lincs_order, lincs_iter, lincs_warnangle, morse)
  49 <li><A HREF="#egexcl"><b>Energy group exclusions</b></A> (energygrp_excl)
  50 <li><A HREF="#walls"><b>Walls</b></A> (nwall, wall_type, wall_r_linpot, wall_atomtype,
  51 wall_density, wall_ewald_zfac)
  52 <li><A HREF="#pull"><b>COM pulling</b></A> (pull, ...)
  53 <li><A HREF="#nmr"><b>NMR refinement</b></A> (disre, disre_weighting, disre_mixed, disre_fc, disre_tau, nstdisreout, orire, orire_fc, orire_tau, orire_fitgrp, nstorireout)
  54 <li><A HREF="#free"><b>Free Energy calculations</b></A> (free_energy, init_lambda, delta_lambda, sc_alpha, sc_power, sc_sigma, couple-moltype, couple-lambda0, couple-lambda1, couple-intramol)
  55 <li><A HREF="#neq"><b>Non-equilibrium MD</b></A> (acc_grps, accelerate, freezegrps, freezedim, cos_acceleration, deform)
  56 <li><A HREF="#ef"><b>Electric fields</b></A> (E_x, E_xt, E_y, E_yt, E_z, E_zt )
  57 <li><A HREF="#qmmm"><b>Mixed quantum/classical dynamics</b></A> (QMMM, QMMM-grps, QMMMscheme, QMmethod, QMbasis, QMcharge, Qmmult, CASorbitals, CASelectrons, SH)
  58 <li><A HREF="#gbsa"><b>Implicit solvent</b></A> (implicit_solvent, gb_algorithm, nstgbradii, rgbradii, gb_epsilon_solvent, gb_saltconc, gb_obc_alpha, gb_obc_beta, gb_obc_gamma, gb_dielectric_offset, sa_algorithm, sa_surface_tension)
  59 <li><A HREF="#user"><b>User defined thingies</b></A> (user1_grps, user2_grps, userint1, userint2, userint3, userint4, userreal1, userreal2, userreal3, userreal4)
  60 <li><A HREF="#idx"><b>Index</b></A>
  61 </ul>
  62 </P>
  63
  64 <HR>
  65
  66 <A NAME="general"><br>
  67 <h3>General</h3>
  68
  69 <P>
  70 Default values are given in parentheses. The first option in
  71 the list is always the default option. Units are given in
  72 square brackets The difference between a dash and an underscore
  73 is ignored. </P>
  74
  75 <P>
  76 A <a href="mdp.html">sample <TT>.mdp</TT> file</a> is
  77 available. This should be appropriate to start a normal
  78 simulation. Edit it to suit your specific needs and desires. </P>
  79
  80 <A NAME="pp"><br>
  81 <hr>
  82 <h3>Preprocessing</h3>
  83
  84 <dl>
  85 <dt><b>include:</b></dt>
  86 <dd>directories to include in your topology. Format:
  87 <PRE>-I/home/john/mylib -I../otherlib</PRE></dd>
  88 <dt><b>define:</b></dt>
  89 <dd>defines to pass to the preprocessor, default is no defines. You can use
  90 any defines to control options in your customized topology files. Options
  91 that are already available by default are:
  92 <dd><dl compact>
  93 <dt>-DFLEXIBLE</dt>
  94 <dd>Will tell <tt>grompp</tt> to include flexible water in stead of rigid water into your
  95 topology, this can be useful for normal mode analysis.</dd>
  96 <dt>-DPOSRES</dt>
  97 <dd>Will tell <tt>grompp</tt> to include posre.itp into your topology, used for
  98 <!--Idx-->position restraint<!--EIdx-->s.</dd>
  99 </dl>
 100 </dl>
 101
 102 <A NAME="run"><br>
 103 <hr>
 104 <h3>Run control</h3>
 105
 106 <dl>
 107 <dt><b>integrator:</b> (Despite the name, this list includes algorithms that are not actually integrators. <tt>steep</tt> and all entries following it are in this category)</dt>
 108 <dd><dl compact>
 109 <dt><b>md</b></dt>
 110 <dd>A leap-frog algorithm<!--QuietIdx-->leap-frog integrator<!--EQuietIdx-->
 111 for integrating Newton's equations of motion.</dd>
 112 <dt><b>md-vv</b></dt>
 113 <dd>A velocity Verlet algorithm for integrating Newton's equations of motion.
 114 For constant NVE simulations started from corresponding points in the same trajectory, the trajectories
 115 are analytically, but not binary, identical to the <b>md</b> leap-frog integrator.  The the kinetic
 116 energy, which is determined from the whole step velocities and is therefore
 117 slightly too high. The advantage of this integrator is more accurate,
 118 reversible Nose-Hoover and Parrinello-Rahman coupling integration
 119 based on Trotter expansion, as well as (slightly too small) full step velocity
 120 output. This all comes at the cost off extra computation, especially with
 121 constraints and extra communication in parallel. Note that for nearly all
 122 production simulations the <b>md</b> integrator is accurate enough.
 123 </dd>
 124 <dt><b>md-vv-avek</b></dt>
 125 <dd>A velocity Verlet algorithm identical to <b>md-vv</b>, except that
 126 the kinetic energy is determined as the average of
 127 the two half step kinetic energies as in the <b>md</b> integrator, and this thus more accurate.
 128 With Nose-Hoover and/or Parrinello-Rahman coupling this comes with
 129 a slight increase in computational cost.
 130 </dd>
 131 <dt><b>sd</b></dt>
 132 <dd> An accurate leap-frog stochastic dynamics integrator.
 133 Four Gaussian random number are required
 134 per integration step per degree of freedom. With constraints,
 135 coordinates needs to be constrained twice per integration step.
 136 Depending on the computational cost of the force calculation,
 137 this can take a significant part of the simulation time.
 138 The temperature for one or more groups of atoms
 139 (<b><A HREF="#tc">tc_grps</A></b>)
 140 is set with <b><A HREF="#tc">ref_t</A></b> [K],
 141 the inverse friction constant for each group is set with
 142 <b><A HREF="#tc">tau_t</A></b> [ps].
 143 The parameter <b><A HREF="#tc">tcoupl</A></b> is ignored.
 144 The random generator is initialized with <b><A HREF="#ld">ld_seed</A></b>.
 145 When used as a thermostat, an appropriate value for <b>tau_t</b> is 2 ps,
 146 since this results in a friction that is lower than the internal friction
 147 of water, while it is high enough to remove excess heat
 148 (unless <b>cut-off</b> or <b>reaction-field</b> electrostatics is used).
 149 NOTE: temperature deviations decay twice as fast as with
 150 a Berendsen thermostat with the same <b>tau_t</b>.</dd>
 151 <dt><b>sd1</b></dt>
 152 <dd> An efficient leap-frog stochastic dynamics integrator.
 153 This integrator is equivalent to <b>sd</b>, except that it requires
 154 only one Gaussian random number and one constraint step.
 155 This integrator is less accurate.
 156 For water the relative error in the temperature with this integrator
 157 is 0.5 <b>delta_t</b>/<b>tau_t</b>, but for other systems it can be higher.
 158 Use with care and check the temperature.</dd>
 159 <dt><b>bd</b></dt>
 160 <dd>An Euler integrator for Brownian or position Langevin dynamics, the
 161 velocity is the force divided by a friction coefficient
 162 (<b><A HREF="#ld">bd_fric</A></b> [amu ps<sup>-1</sup>])
 163 plus random thermal noise (<b><A HREF="#tc">ref_t</A></b>).
 164 When <b><A HREF="#ld">bd_fric</A></b><tt>=0</tt>, the friction coefficient for each
 165 particle is calculated as mass/<b><A HREF="#tc">tau_t</A></b>, as for the
 166 integrator <tt>sd</tt>.
 167 The random generator is initialized with <b><A HREF="#ld">ld_seed</A></b>.</dd>
 168
 169 <dt><b>steep</b></dt>
 170 <dd>A <!--Idx-->steepest descent<!--EIdx--> algorithm for energy
 171 minimization. The maximum step size is <b><A HREF="#em">emstep</A></b>
 172 [nm], the tolerance is <b><A HREF="#em">emtol</A></b> [kJ
 173 mol<sup>-1</sup> nm<sup>-1</sup>].</dd>
 174 <dt><b>cg</b></dt>
 175 <dd>A <!--Idx-->conjugate gradient<!--EIdx--> algorithm for energy
 176 minimization, the tolerance is <b>emtol</b> [kJ mol<sup>-1</sup>
 177 nm<sup>-1</sup>]. CG is more efficient when a steepest descent step
 178 is done every once in a while, this is determined by
 179 <b><A HREF="#em">nstcgsteep</A></b>.
 180 For a minimization prior to a normal mode analysis, which requires
 181 a very high accuracy, GROMACS should be compiled in double precision.</dd>
 182 <dt><b>l-bfgs</b></dt>
 183 <dd>A <!--Idx-->quasi-Newtonian<!--EIdx--> algorithm for energy minimization
 184 according to the low-memory Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shanno approach.
 185 In practice this seems to converge faster than Conjugate Gradients, but due
 186 to the correction steps necessary it is not (yet) parallelized.
 187 </dd>
 188 <dt><b>nm</b></dt>
 189 <dd>Normal mode analysis<!--QuietIdx-->normal-mode analysis<!--EQuietIdx--> is performed
 190 on the structure in the <tt>tpr</tt> file. GROMACS should be
 191 compiled in double precision.</dd>
 192 <dt><b>tpi</b></dt>
 193 <dd> Test particle insertion. The last molecule in the topology
 194 is the test particle. A trajectory should be provided with
 195 the <tt>-rerun</tt> option of <tt>mdrun</tt>. This trajectory
 196 should not contain the molecule to be inserted. Insertions
 197 are performed <b>nsteps</b> times in each frame at random locations
 198 and with random orientiations of the molecule. When <b>nstlist</b>
 199 is larger than one, <b>nstlist</b> insertions are performed
 200 in a sphere with radius <b><A HREF="#tpi">rtpi</A></b>
 201 around a the same random location using the same neighborlist
 202 (and the same long-range energy when <b>rvdw</b> or <b>rcoulomb</b>&gt;<b>rlist</b>,
 203 which is only allowed for single-atom molecules).
 204 Since neighborlist construction is expensive, one can perform several
 205 extra insertions with the same list almost for free.
 206 The random seed is set with <b><A HREF="#ld">ld_seed</A></b>.
 207 The temperature for the Boltzmann weighting is set with
 208 <b><A HREF="#tc">ref_t</A></b>, this should match the temperature
 209 of the simulation of the original trajectory.
 210 Dispersion correction is implemented correctly for tpi.
 211 All relevant quantities are written to the file specified with
 212 the <tt>-tpi</tt> option of <tt>mdrun</tt>.
 213 The distribution of insertion energies is written to the file specified with
 214 the <tt>-tpid</tt> option of <tt>mdrun</tt>.
 215 No trajectory or energy file is written.
 216 Parallel tpi gives identical results to single node tpi.
 217 For charged molecules, using PME with a fine grid is most accurate
 218 and also efficient, since the potential in the system only needs
 219 to be calculated once per frame.
 220 </dd>
 221 <dt><b>tpic</b></dt>
 222 <dd> Test particle insertion into a predefined cavity location.
 223 The procedure is the same as for <b>tpi</b>, except that one coordinate
 224 extra is read from the trajectory, which is used as the insertion location.
 225 The molecule to be inserted should be centered at 0,0,0. Gromacs does
 226 not do this for you, since for different situations a different
 227 way of centering might be optimal.
 228 Also <b><A HREF="#tpi">rtpi</A></b> sets the radius for the sphere
 229 around this location. Neighbor searching is done only once per frame,
 230 <b>nstlist</b> is not used.
 231 Parallel tpic gives identical results to single node tpic.
 232 </dl>
 233
 234 <dt><b>tinit: (0) [ps]</b></dt>
 235 <dd>starting time for your run (only makes sense for integrators <tt>md</tt>,
 236 <tt>sd</tt> and <tt>bd</tt>)</dd>
 237 <dt><b>dt: (0.001) [ps]</b></dt></dd>
 238 <dd>time step for integration (only makes sense for integrators <tt>md</tt>,
 239 <tt>sd</tt> and <tt>bd</tt>)</dd>
 240 <dt><b>nsteps: (0)</b></dt>
 241 <dd>maximum number of steps to integrate or minimize, -1 is no maximum</dd>
 242 <dt><b>init_step: (0)</b></dt>
 243 <dd>The starting step.
 244 The time at an step i in a run is calculated as: t = <tt>tinit</tt> + <tt>dt</tt>*(<tt>init_step</tt> + i).
 245 The free-energy lambda is calculated as: lambda = <tt>init_lambda</tt> + <tt>delta_lambda</tt>*(<tt>init_step</tt> + i).
 246 Also non-equilibrium MD parameters can depend on the step number.
 247 Thus for exact restarts or redoing part of a run it might be necessary to
 248 set <tt>init_step</tt> to the step number of the restart frame.
 249 <tt>tpbconv</tt> does this automatically.
 250 </dd>
 251 <dt><b>comm_mode:</b></dt>
 252 <dd><dl compact>
 253 <dt><b>Linear</b></dt>
 254 <dd>Remove center of mass translation</dd>
 255 <dt><b>Angular</b></dt>
 256 <dd>Remove center of mass translation and rotation around the center of mass
 257 </dd>
 258 <dt><b>No</b></dt>
 259 <dd>No restriction on the center of mass motion
 260 </dl></dd>
 261 <dt><b>nstcomm: (10) [steps]</b></dt>
 262 <dd>frequency for center of mass motion removal</dd>
 263 <dt><b>comm_grps:</b></dt>
 264 <dd>group(s) for center of mass motion removal, default is the whole system</dd>
 265 </dl>
 266
 267 <A NAME="ld"><br>
 268 <hr>
 269 <h3><!--Idx-->Langevin dynamics<!--EIdx--></h3>
 270
 271 <dl>
 272 <dt><b>bd_fric: (0) [amu ps<sup>-1</sup>]</b></dt>
 273 <dd>Brownian dynamics friction coefficient.
 274 When <b>bd_fric</b><tt>=0</tt>, the friction coefficient for each
 275 particle is calculated as mass/<b><A HREF="#tc">tau_t</A></b>.</dd>
 276 <dt><b>ld_seed: (1993) [integer]</b></dt>
 277 <dd>used to initialize random generator for thermal noise
 278 for stochastic and Brownian dynamics.
 279 When <b>ld_seed</b> is set to -1, the seed is calculated from the process ID.
 280 When running BD or SD on multiple processors, each processor uses a seed equal
 281 to <b>ld_seed</b> plus the processor number.</dd>
 282 </dl>
 283
 284 <A NAME="em"><br>
 285 <hr>
 286 <h3>Energy minimization<!--QuietIdx-->energy minimization<!--EQuietIdx--></h3>
 287 <dl>
 288 <dt><b>emtol: (10.0) [kJ mol<sup>-1</sup> nm<sup>-1</sup>]</b></dt>
 289 <dd>the minimization is converged when the maximum force is smaller than
 290 this value</dd>
 291 <dt><b>emstep: (0.01) [nm]</b></dt>
 292 <dd>initial step-size</dd>
 293 <dt><b>nstcgsteep: (1000) [steps]</b></dt>
 294 <dd>frequency of performing 1 steepest descent step while doing
 295 conjugate gradient energy minimization.</dd>
 296 <dt><b>nbfgscorr: (10)</b></dt>
 297 <dd>Number of correction steps to use for L-BFGS minimization. A higher
 298 number is (at least theoretically) more accurate, but slower.</dd>
 299 </dl>
 300
 301 <A NAME="xmdrun"><br>
 302 <hr>
 303 <h3>Shell Molecular Dynamics<!--QuietIdx-->shell molecular dynamics<!--EQuietIdx--></h3>
 304 When shells or
 305 flexible constraints are present in the system the positions of the shells
 306 and the lengths of the flexible constraints are optimized at
 307 every time step until either the RMS force on the shells and constraints
 308 is less than emtol, or a maximum number of iterations (niter) has been reached
 309 <dl>
 310 <dt><b>emtol: (10.0) [kJ mol<sup>-1</sup> nm<sup>-1</sup>]</b></dt>
 311 <dd>the minimization is converged when the maximum force is smaller than
 312 this value. For shell MD this value should be 1.0 at most, but since the
 313 variable is used for energy minimization as well the default is 10.0.</dd>
 314 <dt><b>niter: (20)</b></dt>
 315 <dd>maximum number of iterations for optimizing the shell positions
 316 and the flexible constraints.</dd>
 317 <dt><b>fcstep: (0) [ps<sup>2</sup>]</b></dt>
 318 <dd>the step size for optimizing the flexible constraints.
 319 Should be chosen as mu/(d<sup>2</sup>V/dq<sup>2</sup>)
 320 where mu is the reduced mass of two particles in a flexible constraint
 321 and d<sup>2</sup>V/dq<sup>2</sup> is the second derivative of the potential
 322 in the constraint direction. Hopefully this number does not differ too
 323 much between the flexible constraints, as the number of iterations
 324 and thus the runtime is very sensitive to <tt>fcstep</tt>.
 325 Try several values!</dd>
 326 </dl>
 327
 328 <A NAME="tpi"><br>
 329 <hr>
 330 <h3>Test particle insertion</h3>
 331 <dl>
 332 <dt><b>rtpi: (0.05) [nm]</b></dt>
 333 <dd>the test particle insertion radius see integrators
 334 <b><a href="#run">tpi</a></b> and <b><a href="#run">tpic</a></b></dd>
 335 </dl>
 336
 337 <A NAME="out"><br>
 338 <hr>
 339 <h3>Output control</h3>
 340 <dl>
 341 <dt><b>nstxout: (100) [steps]</b></dt>
 342 <dd>frequency to write coordinates to output
 343 <!--Idx-->trajectory file<!--EIdx-->, the last coordinates are always written</dd>
 344 <dt><b>nstvout: (100) [steps]</b></dt>
 345 <dd>frequency  to write velocities to output trajectory,
 346 the last velocities are always written</dd>
 347 <dt><b>nstfout: (0) [steps]</b></dt>
 348 <dd>frequency to write forces to output trajectory.</dd>
 349 <dt><b>nstlog: (100) [steps]</b></dt>
 350 <dd>frequency to write energies to <!--Idx-->log file<!--EIdx-->,
 351 the last energies are always written</dd>
 352 <dt><b>nstcalcenergy: (-1)</b></dt>
 353 <dd>frequency for calculating the energies, 0 is never.
 354 This option is only relevant with dynamics.
 355 With a twin-range cut-off setup <b>nstcalcenergy</b> should be equal to
 356 or a multiple of <b>nstlist</b>.
 357 This option affects the performance in parallel simulations,
 358 because calculating energies requires global communication between all
 359 processes which can become a bottleneck at high parallelization.
 360 The default value of -1 sets <b>nstcalcenergy</b> equal to <b>nstlist</b>,
 361 unless <b>nstlist</b> &le;0, then a value of 10 is used.
 362 If <b>nstenergy</b> is smaller than the automatically generated value,
 363 the lowest common denominator of <b>nstenergy</b> and <b>nstlist</b> is used.
 364 </dd>
 365 <dt><b>nstenergy: (100) [steps]</b></dt>
 366 <dd>frequency to write energies to energy file,
 367 the last energies are always written,
 368 should be a multiple of <b>nstcalcenergy</b>.
 369 Note that the exact sums and fluctuations over all MD steps
 370 modulo <b>nstcalcenergy</b> are stored in the energy file,
 371 so <tt>g_energy</tt> can report exact
 372 energy averages and fluctuations also when <b>nstenergy</b><tt>&gt;1</tt></dd>
 373 <dt><b>nstxtcout: (0) [steps]</b></dt>
 374 <dd>frequency to write coordinates to xtc trajectory</dd>
 375 <dt><b>xtc_precision: (1000) [real]</b></dt>
 376 <dd>precision to write to xtc trajectory</dd>
 377 <dt><b>xtc_grps:</b></dt>
 378 <dd>group(s) to write to xtc trajectory, default the whole system is written
 379 (if <b>nstxtcout</b> &gt; 0)</dd>
 380 <dt><b>energygrps:</b></dt>
 381 <dd>group(s) to write to energy file</dd>
 382 </dl>
 383
 384 <A NAME="nl"><br>
 385 <hr>
 386 <h3>Neighbor searching<!--QuietIdx-->neighbor searching<!--EQuietIdx--></h3>
 387 <dl>
 388 <dt><b>nstlist: (10) [steps]</b></dt>
 389 <dd><dl compact>
 390 <dt><b>&gt;0</b></dt>
 391 <dd>Frequency to update the <!--Idx-->neighbor list<!--EIdx--> (and
 392 the long-range forces, when using twin-range cut-offs). When this is 0,
 393 the neighbor list is made only once.
 394 With energy minimization the neighborlist will be updated for every
 395 energy evaluation when <b>nstlist</b><tt>&gt;0</tt>.</dd>
 396 <dt><b>0</b></dt>
 397 <dd>The neighbor list is only constructed once and never updated.
 398 This is mainly useful for vacuum simulations in which all particles
 399 see each other.</dd>
 400 <dt><b>-1</b></dt>
 401 <dd>Automated update frequency.
 402 This can only be used with switched, shifted or user potentials where
 403 the cut-off can be smaller than <b>rlist</b>. One then has a buffer
 404 of size <b>rlist</b> minus the longest cut-off.
 405 The neighbor list is only updated when one or more particles have moved further
 406 than half the buffer size from the center of geometry of their charge group
 407 as determined at the previous neighbor search.
 408 Coordinate scaling due to pressure coupling or the <b>deform</b> option
 409 is taken into account.
 410 This option guarantees that their are no cut-off artifacts,
 411 but for larger systems this can come at a high computational cost,
 412 since the neighbor list update frequency will be determined
 413 by just one or two particles moving slightly beyond the half buffer length
 414 (which does not necessarily imply that the neighbor list is invalid),
 415 while 99.99% of the particles are fine.
 416 </dd>
 417 </dl></dd>
 418
 419 <dt><b>ns_type:</b></dt>
 420 <dd><dl compact>
 421 <dt><b>grid</b></dt>
 422 <dd>Make a grid in the box and only check atoms in neighboring grid
 423 cells when constructing a new neighbor list every <b>nstlist</b> steps.
 424 In large systems grid search is much faster than simple search.</dd>
 425 <dt><b>simple</b></dt>
 426 <dd>Check every atom in the box when constructing a new neighbor list
 427 every <b>nstlist</b> steps.</dd>
 428 </dl></dd>
 429
 430 <dt><b>pbc:</b></dt>
 431 <dd><dl compact>
 432 <dt><b>xyz</b></dt>
 433 <dd>Use periodic boundary conditions in all directions.</dd>
 434 <dt><b>no</b></dt>
 435 <dd>Use no periodic boundary conditions, ignore the box.
 436 To simulate without cut-offs, set all cut-offs to 0 and <b>nstlist</b><tt>=0</tt>.
 437 For best performance without cut-offs, use <b>nstlist</b><tt>=0</tt>,
 438 <b>ns_type</b><tt>=simple</tt>
 439 and particle decomposition instead of domain decomposition.</dd>
 440 <dt><b>xy</b></dt>
 441 <dd>Use periodic boundary conditions in x and y directions only.
 442 This works only with <b>ns_type</b><tt>=grid</tt> and can be used
 443 in combination with <b><a href="#walls">walls</a></b>.
 444 Without walls or with only one wall the system size is infinite
 445 in the z direction. Therefore pressure coupling or Ewald summation
 446 methods can not be used.
 447 These disadvantages do not apply when two walls are used.</dd>
 448 </dl></dd>
 449
 450 <dt><b>periodic_molecules:</b></dt>
 451 <dd><dl compact>
 452 <dt><b>no</b></dt>
 453 <dd>molecules are finite, fast molecular PBC can be used</dd>
 454 <dt><b>yes</b></dt>
 455 <dd>for systems with molecules that couple to themselves through
 456 the periodic boundary conditions, this requires a slower PBC algorithm
 457 and molecules are not made whole in the output</dd>
 458 </dl></dd>
 459
 460 <dt><b>rlist: (1) [nm]</b></dt>
 461 <dd>cut-off distance for the short-range neighbor list</dd>
 462
 463 <dt><b>rlistlong: (-1) [nm]</b></dt>
 464 <dd>Cut-off distance for the long-range neighbor list.
 465 This parameter is only relevant for a twin-range cut-off setup
 466 with switched potentials. In that case a buffer region is required to account
 467 for the size of charge groups. In all other cases this parameter
 468 is automatically set to the longest cut-off distance.</dd>
 469 </dl>
 470
 471
 472 <A NAME="el"><br>
 473 <hr>
 474 <h3>Electrostatics<!--QuietIdx-->electrostatics<!--EQuietIdx--></h3>
 475 <dl>
 476 <dt><b>coulombtype:</b></dt>
 477 <dd><dl compact>
 478
 479 <dt><b>Cut-off</b></dt>
 480 <dd>Twin range cut-offs with neighborlist cut-off <b>rlist</b> and
 481 Coulomb cut-off <b>rcoulomb</b>,
 482 where <b>rcoulomb</b>&ge;<b>rlist</b>.
 483
 484 <dt><b>Ewald</b></dt>
 485 <dd>Classical <!--Idx-->Ewald sum<!--EIdx--> electrostatics.
 486 The real-space cut-off <b>rcoulomb</b> should be equal to <b>rlist</b>.
 487 Use e.g. <b>rlist</b><tt>=0.9</tt>, <b>rcoulomb</b><tt>=0.9</tt>. The highest magnitude of
 488 wave vectors used in reciprocal space is controlled by <b>fourierspacing</b>.
 489 The relative accuracy of direct/reciprocal space
 490 is controlled by <b>ewald_rtol</b>.
 491 <br>
 492 NOTE: Ewald scales as O(N<sup>3/2</sup>)
 493 and is thus extremely slow for large systems. It is included mainly for
 494 reference - in most cases PME will perform much better.</dd>
 495
 496 <dt><b><!--Idx-->PME<!--EIdx--></b></dt>
 497 <dd>Fast Particle-Mesh Ewald electrostatics. Direct space is similar
 498 to the Ewald sum, while the reciprocal part is performed with
 499 FFTs. Grid dimensions are controlled with <b>fourierspacing</b> and the
 500 interpolation order with <b>pme_order</b>. With a grid spacing of 0.1
 501 nm and cubic interpolation the electrostatic forces have an accuracy
 502 of 2-3*10<sup>-4</sup>. Since the error from the vdw-cutoff is larger than this you
 503 might try 0.15 nm. When running in parallel the interpolation
 504 parallelizes better than the FFT, so try decreasing grid dimensions
 505 while increasing interpolation.</dd>
 506
 507 <dt><b><!--Idx-->PPPM<!--EIdx--></b></dt>
 508 <dd>Particle-Particle Particle-Mesh algorithm for long range
 509 electrostatic interactions.
 510 Use for example <b>rlist</b><tt>=0.9</tt>, <b>rcoulomb</b><tt>=0.9</TT>.
 511 The grid dimensions are controlled by <b>fourierspacing</b>.
 512 Reasonable grid spacing for PPPM is 0.05-0.1 nm.
 513 See <tt>Shift</tt> for the details of the particle-particle potential.
 514 <br>
 515 NOTE: PPPM is not functional in the current version, but we plan to implement
 516 PPPM through a small modification of the PME code.</dd>
 517
 518 <dt><b>Reaction-Field electrostatics<!--QuietIdx-->reaction-field electrostatics<!--EQuietIdx--></b></dt>
 519 <dd>Reaction field with Coulomb cut-off <b>rcoulomb</b>,
 520 where <b>rcoulomb</b> &ge; <b>rlist</b>.
 521 The dielectric constant beyond the cut-off is <b>epsilon_rf</b>.
 522 The dielectric constant can be set to infinity by setting <b>epsilon_rf</b><tt>=0</tt>.</dd>
 523
 524 <dt><b>Generalized-Reaction-Field</b></dt>
 525 <dd>Generalized reaction field with Coulomb cut-off <b>rcoulomb</b>,
 526 where <b>rcoulomb</b> &ge; <b>rlist</b>.
 527 The dielectric constant beyond the cut-off is <b>epsilon_rf</b>.
 528 The ionic strength is computed from the number of charged
 529 (i.e. with non zero charge) <!--Idx-->charge group<!--EIdx-->s.
 530 The temperature for the GRF potential is set with
 531 <b><A HREF="#tc">ref_t</A></b> [K].</dd>
 532
 533 <dt><b>Reaction-Field-zero</b></dt>
 534 <dd>In GROMACS normal reaction-field electrostatics leads to bad
 535 energy conservation. <b>Reaction-Field-zero</b> solves this
 536 by making the potential zero beyond the cut-off. It can only
 537 be used with an infinite dielectric constant (<b>epsilon_rf=0</b>),
 538 because only for that value the force vanishes at the cut-off.
 539 <b>rlist</b> should be 0.1 to 0.3 nm larger than <b>rcoulomb</b>
 540 to accommodate for the size of charge groups and diffusion
 541 between neighbor list updates. This, and the fact that table lookups
 542 are used instead of analytical functions make <b>Reaction-Field-zero</b>
 543 computationally more expensive than normal reaction-field.</dd>
 544
 545 <dt><b>Reaction-Field-nec</b></dt>
 546 <dd>The same as <b>Reaction-Field</b>, but implemented as in
 547 GROMACS versions before 3.3. No reaction-field correction is applied
 548 to excluded atom pairs and self pairs.
 549 The 1-4 interactions are calculated using a reaction-field.
 550 The missing correction due to the excluded pairs that do not have a 1-4
 551 interaction is up to a few percent of the total electrostatic
 552 energy and causes a minor difference in the forces and the pressure.</dd>
 553
 554 <dt><b>Shift</b></dt>
 555 <dd>Analogous to <b>Shift</b> for <b>vdwtype</b>.
 556 You might want to use <b>Reaction-Field-zero</b> instead,
 557 which has a similar potential shape, but has a physical interpretation
 558 and has better energies due to the exclusion correction terms.
 559 </dd>
 560
 561 <dt><b>Encad-Shift</b></dt>
 562 <dd>The Coulomb
 563 potential is decreased over the whole range, using the definition
 564 from the Encad simulation package.</dd>
 565
 566 <dt><b>Switch</b></dt>
 567 <dd>Analogous to <b>Switch</b> for <b>vdwtype</b>.
 568 Switching the Coulomb potential can lead to serious artifacts,
 569 advice: use <b>Reaction-Field-zero</b> instead.</dd>
 570
 571 <dt><b>User</b></dt>
 572 <dd><a name="usertab"></a><tt>mdrun</tt> will now expect to find a file
 573 <tt>table.xvg</tt> with user-defined potential functions for
 574 repulsion, dispersion and Coulomb. When pair interactions are present,
 575 <tt>mdrun</tt> also expects to find a file <tt>tablep.xvg</tt> for
 576 the pair interactions. When the same interactions should be used
 577 for non-bonded and pair interactions the user can specify the same
 578 file name for both table files.
 579 These files should contain 7
 580 columns: the <tt>x</tt> value,
 581 <tt>f(x)</tt>, <tt>-f'(x)</tt>,
 582 <tt>g(x)</tt>, <tt>-g'(x)</tt>,
 583 <tt>h(x)</tt>, <tt>-h'(x)</tt>,
 584 where <tt>f(x)</tt> is the Coulomb function, <tt>g(x)</tt> the dispersion function
 585 and <tt>h(x)</tt> the repulsion function.
 586 When <b>vdwtype</b> is not set to <b>User</b> the values
 587 for <tt>g</tt>, <tt>-g'</tt>, <tt>h</tt> and <tt>-h'</tt> are ignored.
 588 For the non-bonded interactions <tt>x</tt> values should run
 589 from 0 to the largest cut-off distance + <b>table-extension</b>
 590 and should be uniformly spaced. For the pair interactions the table
 591 length in the file will be used.
 592 The optimal spacing, which is used for non-user tables,
 593 is <tt>0.002</tt> [nm] when you run in single precision
 594 or <tt>0.0005</tt> [nm] when you run in double precision.
 595 The function value at <tt>x=0</tt> is not important. More information is
 596 in the printed manual.</dd>
 597
 598 <dt><b>PME-Switch</b></dt>
 599 <dd>A combination of PME and a switch function for the direct-space part
 600 (see above). <b>rcoulomb</b> is allowed to be smaller than <b>rlist</b>.
 601 This is mainly useful constant energy simulations. For constant temperature
 602 simulations the advantage of improved energy conservation
 603 is usually outweighed by the small loss in accuracy of the electrostatics.
 604 </dd>
 605
 606 <dt><b>PME-User</b></dt>
 607 <dd>A combination of PME and user tables (see above).
 608 <b>rcoulomb</b> is allowed to be smaller than <b>rlist</b>.
 609 The PME mesh contribution is subtracted from the user table by <tt>mdrun</tt>.
 610 Because of this subtraction the user tables should contain
 611 about 10 decimal places.</dd>
 612
 613 <dt><b>PME-User-Switch</b></dt>
 614 <dd>A combination of PME-User and a switching function (see above).
 615 The switching function is applied to final particle-particle interaction,
 616 i.e. both to the user supplied function and the PME Mesh correction part.</dd>
 617
 618 </dl></dd>
 619
 620 <A NAME="el2">
 621 <dt><b>rcoulomb_switch: (0) [nm]</b></dt>
 622 <dd>where to start switching the Coulomb potential</dd>
 623
 624 <dt><b>rcoulomb: (1) [nm]</b></dt>
 625 <dd>distance for the Coulomb <!--Idx-->cut-off<!--EIdx--></dd>
 626
 627 <dt><b>epsilon_r: (1)</b></dt>
 628 <dd>The relative <!--Idx-->dielectric constant<!--EIdx-->.
 629 A value of 0 means infinity.</dd>
 630
 631 <dt><b>epsilon_rf: (1)</b></dt>
 632 <dd>The relative dielectric constant of the reaction field.
 633 This is only used with reaction-field electrostatics.
 634 A value of 0 means infinity.</dd>
 635 </dl>
 636
 637 <A NAME="vdw">
 638 <hr>
 639 <h3>VdW</h3>
 640 <dl>
 641 <dt><b>vdwtype:</b></dt>
 642 <dd><dl compact>
 643 <dt><b>Cut-off</b></dt>
 644 <dd>Twin range cut-offs with neighbor list cut-off <b>rlist</b> and
 645 VdW cut-off <b>rvdw</b>,
 646 where <b>rvdw</b> <tt>&ge;</tt> <b>rlist</b>.</dd>
 647 <dt><b>Shift</b></dt>
 648 <dd>The LJ (not Buckingham) potential is decreased over the whole
 649 range and the forces decay smoothly to zero between <b>rvdw_switch</b>
 650 and <b>rvdw</b>.  The neighbor search cut-off <b>rlist</b> should be
 651 0.1 to 0.3 nm larger than <b>rvdw</b> to accommodate for the size of
 652 charge groups and diffusion between neighbor list
 653 updates.</dd>
 654
 655 <dt><b>Switch</b></dt>
 656 <dd>The LJ (not Buckingham)
 657 potential is normal out to <b>rvdw_switch</b>, after which it is switched
 658 off to reach zero at <b>rvdw</b>. Both the potential and force functions
 659 are continuously smooth, but be aware that all switch functions will give rise
 660 to a bulge (increase) in the force (since we are switching the potential).
 661 The neighbor search cut-off <b>rlist</b> should be 0.1 to 0.3 nm larger than
 662 <b>rvdw</b> to accommodate for the size of charge groups and diffusion
 663 between neighbor list updates.</dd>
 664
 665 <dt><b>Encad-Shift</b></dt>
 666 <dd>The LJ (not Buckingham)
 667 potential is decreased over the whole range, using the definition
 668 from the Encad simulation package.</dd>
 669
 670 <dt><b>User</b></dt>
 671 <dd>See <b><a href="#usertab">user</a></b> for <b>coulombtype</b>.
 672 The function value at <tt>x=0</tt> is not important. When you want to
 673 use LJ correction, make sure that <b>rvdw</b> corresponds to the
 674 cut-off in the user-defined function.
 675 When <b>coulombtype</b> is not set to <b>User</b> the values
 676 for <tt>f</tt> and <tt>-f'</tt> are ignored.</dd>
 677 </dl></dd>
 678
 679 <dt><b>rvdw_switch: (0) [nm]</b></dt>
 680 <dd>where to start switching the LJ potential</dd>
 681
 682 <dt><b>rvdw: (1) [nm]</b></dt>
 683 <dd>distance for the LJ or Buckingham <!--Idx-->cut-off<!--EIdx--></dd>
 684
 685 <dt><b>DispCorr:</b></dt>
 686 <dd><dl compact></dd>
 687 <dt><b>no</b></dt>
 688 <dd>don't apply any correction</dd>
 689 <dt><b>EnerPres</b></dt>
 690 <dd>apply long range <!--Idx-->dispersion correction<!--EIdx-->s for Energy
 691 and Pressure</dd>
 692 <dt><b>Ener</b></dt>
 693 <dd>apply long range dispersion corrections for Energy
 694 only</dd>
 695 </dl>
 696 </dl>
 697
 698 <A NAME="table">
 699 <hr>
 700 <h3>Tables</h3>
 701 <dl>
 702 <dt><b>table-extension: (1) [nm]</b></dt>
 703 <dd>Extension of the non-bonded potential lookup tables beyond the largest cut-off distance.
 704 The value should be large enough to account for charge group sizes
 705 and the diffusion between neighbor-list updates.
 706 Without user defined potential the same table length is used
 707 for the lookup tables for the 1-4 interactions,
 708 which are always tabulated irrespective of the use of
 709 tables for the non-bonded interactions. </dd>
 710
 711 <dt><b>energygrp_table:</b></dt>
 712 <dd>When user tables are used for electrostatics and/or VdW,
 713 here one can give pairs of energy groups for which seperate
 714 user tables should be used.
 715 The two energy groups will be appended to the table file name,
 716 in order of their definition in <b>energygrps</b>, seperated by underscores.
 717 For example, if <tt>energygrps = Na Cl Sol</tt>
 718 and <tt>energygrp_table = Na Na Na Cl</tt>, <tt>mdrun</tt> will read
 719 <tt>table_Na_Na.xvg</tt> and <tt>table_Na_Cl.xvg</tt> in addition
 720 to the normal <tt>table.xvg</tt> which will be used for all other
 721 energy group pairs.
 722 </dd>
 723 </dl>
 724
 725 <A NAME="ewald">
 726 <hr>
 727 <h3>Ewald</h3>
 728 <dl>
 729 <dt><b>fourierspacing: (0.12) [nm]</b></dt>
 730 <dd>For ordinary Ewald, the ratio of the box dimensions and the spacing
 731 determines a lower bound for the number of wave vectors to use in each
 732 (signed) direction. For PME and PPPM, that ratio determines a lower bound
 733 for the number of Fourier-space grid points that will be used along that
 734 axis. In all cases, the number for each direction can be overridden by
 735 entering a non-zero value for <b>fourier_n[xyz]</b>.
 736 For optimizing the relative load of the particle-particle interactions
 737 and the mesh part of PME, it is useful to know that
 738 the accuracy of the electrostatics remains nearly constant
 739 when the Coulomb cut-off and the PME grid spacing are scaled
 740 by the same factor.</dd>
 741
 742 <dt><b>fourier_nx (0) ; fourier_ny (0) ; fourier_nz: (0)</b></dt>
 743 <dd>Highest magnitude of wave vectors in reciprocal space when using Ewald.</dd>
 744 <dd>Grid size when using PPPM or PME. These values override
 745 <b>fourierspacing</b> per direction. The best choice is powers of
 746 2, 3, 5 and 7. Avoid large primes.</dd>
 747
 748 <dt><b>pme_order (4)</b></dt>
 749 <dd>Interpolation order for PME. 4 equals cubic interpolation. You might try
 750 6/8/10 when running in parallel and simultaneously decrease grid dimension.</dd>
 751
 752 <dt><b>ewald_rtol (1e-5)</b></dt>
 753 <dd>The relative strength of the Ewald-shifted direct potential at
 754 <b>rcoulomb</b> is given by <b>ewald_rtol</b>.
 755 Decreasing this will give a more accurate direct sum,
 756 but then you need more wave vectors for the reciprocal sum.</dd>
 757
 758 <dt><b>ewald_geometry: (3d)</b></dt>
 759 <dd><dl compact>
 760 <dt><b>3d</b></dt>
 761 <dd>The Ewald sum is performed in all three dimensions.</dd>
 762 <dt><b>3dc</b></dt>
 763 <dd>The reciprocal sum is still performed in 3D,
 764 but a force and potential correction applied in the <tt>z</tt>
 765 dimension to produce a pseudo-2D summation.
 766 If your system has a slab geometry in the <tt>x-y</tt> plane you can
 767 try to increase the <tt>z</tt>-dimension of the box (a box height of 3 times
 768 the slab height is usually ok)
 769 and use this option.</dd>
 770 </dl></dd>
 771
 772 <dt><b>epsilon_surface: (0)</b></dt>
 773 <dd>This controls the dipole correction to the Ewald summation in 3D. The
 774 default value of zero means it is turned off. Turn it on by setting it to the value
 775 of the relative permittivity of the imaginary surface around your infinite system. Be
 776 careful - you shouldn't use this if you have free mobile charges in your system.
 777 This value does not affect the slab 3DC variant of the long range corrections.</dd>
 778
 779
 780 <dt><b>optimize_fft:</b></dt>
 781 <dd><dl compact>
 782 <dt><b>no</b></dt>
 783 <dd>Don't calculate the optimal FFT plan for the grid at startup.</dd>
 784 <dt><b>yes</b></dt>
 785 <dd>Calculate the optimal FFT plan for the grid at startup. This saves a
 786 few percent for long simulations, but takes a couple of minutes
 787 at start.</dd>
 788 </dl></dd>
 789
 790 </dl>
 791
 792 <A NAME="tc"><br>
 793 <hr>
 794 <h3>Temperature coupling<!--QuietIdx-->temperature coupling<!--EQuietIdx--></h3>
 795
 796 <dl>
 797 <dt><b>tcoupl:</b></dt>
 798 <dd><dl compact>
 799 <dt><b>no</b></dt>
 800 <dd>No temperature coupling.</dd>
 801 <dt><b>berendsen</b></dt>
 802 <dd>Temperature coupling with a Berendsen-thermostat to a bath with
 803 temperature <b>ref_t</b> [K], with time constant <b>tau_t</b> [ps].
 804 Several groups can be coupled separately, these are specified in the
 805 <b>tc_grps</b> field separated by spaces.</dd>
 806 <dt><b>nose-hoover</b></dt>
 807 <dd>Temperature coupling using a Nose-Hoover extended
 808 ensemble. The reference temperature and coupling groups are selected
 809 as above, but in this case <b>tau_t</b> [ps] controls the period
 810 of the temperature fluctuations at equilibrium, which is slightly
 811 different from a relaxation time.
 812 For NVT simulations the conserved energy quantity is written
 813 to energy and log file.</dd>
 814 <dt><b>v-rescale</b></dt>
 815 <dd>Temperature coupling using velocity rescaling with a stochastic term
 816 (JCP 126, 014101).
 817 This thermostat is similar to Berendsen coupling, with the same scaling
 818 using <b>tau_t</b>, but the stochastic term ensures that a proper
 819 canonical ensemble is generated. The random seed is set with
 820 <b><A HREF="#ld">ld_seed</A></b>.
 821 This thermostat works correctly even for <b>tau_t</b><tt>=0</tt>.
 822 For NVT simulations the conserved energy quantity is written
 823 to the energy and log file.</dd>
 824 </dl>
 825 <dt><b>nsttcouple: (-1)</b></dt>
 826 <dd>The frequency for coupling the temperature.
 827 The default value of -1 sets <b>nsttcouple</b> equal to <b>nstlist</b>,
 828 unless <b>nstlist</b>&le;0, then a value of 10 is used.
 829 For velocity Verlet integrators <b>nsttcouple</b> is set to 1.</dd>
 830 </dd>
 831 <dt><b>nh-chain-length (10)</b></dt>
 832 <dd>the number of chained Nose-Hoover thermostats for velocity Verlet integrators, the leap-frog <b>md</b> integrator only supports 1.  Data for the NH chain variables is not printed to the .edr, but can be using the <tt>GMX_NOSEHOOVER_CHAINS</tt> environment variable</dd>
 833 <dt><b>tc_grps:</b></dt>
 834 <dd>groups to couple separately to temperature bath</dd>
 835 <dt><b>tau_t: [ps]</b></dt>
 836 <dd>time constant for coupling (one for each group in <b>tc_grps</b>),
 837 -1 means no temperature coupling</dd>
 838 <dt><b>ref_t: [K]</b></dt>
 839 <dd>reference temperature for coupling (one for each group in <b>tc_grps</b>)</dd>
 840 </dl>
 841
 842 <A NAME="pc"><br>
 843 <hr>
 844 <h3>Pressure coupling<!--QuietIdx-->pressure coupling<!--EQuietIdx--></h3>
 845
 846 <dl>
 847 <dt><b>pcoupl:</b></dt>
 848 <dd><dl compact>
 849 <dt><b>no</b></dt>
 850 <dd>No pressure coupling. This means a fixed box size.</dd>
 851 <dt><b>berendsen</b></dt>
 852 <dd>Exponential relaxation pressure coupling with time constant
 853 <b>tau_p</b> [ps]. The box is scaled every timestep. It has been
 854 argued that this does not yield a correct thermodynamic ensemble,
 855 but it is the most efficient way to scale a box at the beginning
 856 of a run.</dd>
 857 <dt><b>Parrinello-Rahman</b></dt>
 858 <dd>Extended-ensemble pressure coupling where the box vectors are
 859 subject to an equation of motion. The equation of motion for the atoms
 860 is coupled to this. No instantaneous scaling takes place.  As for
 861 Nose-Hoover temperature coupling the time constant <b>tau_p</b> [ps]
 862 is the period of pressure fluctuations at equilibrium. This is
 863 probably a better method when you want to apply pressure scaling
 864 during data collection, but beware that you can get very large
 865 oscillations if you are starting from a different pressure. For
 866 simulations where the exact fluctation of the NPT ensemble are
 867 important, or if the pressure coupling time is very short it may not
 868 be appropriate, as the previous time step pressure is used in some
 869 steps of the GROMACS implementation for the current time step pressure.</dd>
 870 </dl></dd>
 871 <dt><b>MTTK</b></dt>
 872 <dd>Martyna-Tuckerman-Tobias-Klein implementation, only useable with <b>md-vv</b>
 873 or <b>md-vv-avek</b>, very similar to Parrinello-Rahman.
 874 As for Nose-Hoover temperature coupling the time constant <b>tau_p</b>
 875 [ps] is the period of pressure fluctuations at equilibrium. This is
 876 probably a better method when you want to apply pressure scaling
 877 during data collection, but beware that you can get very large
 878 oscillations if you are starting from a different pressure. Currently only supports isotropic scaling.</dd>
 879 </dl></dd>
 880
 881 <dl>
 882 <dt><b>pcoupltype:</b></dt>
 883 <dd><dl compact>
 884 <dt><b>isotropic</b></dt>
 885 <dd>Isotropic pressure coupling with time constant <b>tau_p</b> [ps].
 886 The compressibility and reference pressure are set with
 887 <b>compressibility</b> [bar<sup>-1</sup>] and <b>ref_p</b> [bar], one
 888 value is needed.</dd>
 889 <dt><b>semiisotropic</b></dt>
 890 <dd>Pressure coupling which is isotropic in the <tt>x</tt> and <tt>y</tt> direction,
 891 but different in the <tt>z</tt> direction.
 892 This can be useful for membrane simulations.
 893 2 values are needed for <tt>x/y</tt> and <tt>z</tt> directions respectively.</dd>
 894 <dt><b>anisotropic</b></dt>
 895 <dd>Idem, but 6 values are needed for <tt>xx</tt>, <tt>yy</tt>, <tt>zz</tt>, <tt>xy/yx</tt>, <tt>xz/zx</tt> and <tt>yz/zy</tt>
 896 components, respectively.
 897 When the off-diagonal compressibilities are set to zero,
 898 a rectangular box will stay rectangular.
 899 Beware that anisotropic scaling can lead to extreme deformation
 900 of the simulation box.</dd>
 901 <dt><b>surface-tension</b></dt>
 902 <dd>Surface tension coupling for surfaces parallel to the xy-plane.
 903 Uses normal pressure coupling for the <tt>z</tt>-direction, while the surface tension
 904 is coupled to the <tt>x/y</tt> dimensions of the box.
 905 The first <b>ref_p</b> value is the reference surface tension times
 906 the number of surfaces [bar nm],
 907 the second value is the reference <tt>z</tt>-pressure [bar].
 908 The two <b>compressibility</b> [bar<sup>-1</sup>] values are the compressibility
 909 in the <tt>x/y</tt> and <tt>z</tt> direction respectively.
 910 The value for the <tt>z</tt>-compressibility should be reasonably accurate since it
 911 influences the convergence of the surface-tension, it can also be set to zero
 912 to have a box with constant height.</dd>
 913 </dl></dd>
 914
 915 <dt><b>nstpcouple: (-1)</b></dt>
 916 <dd>The frequency for coupling the pressure.
 917 The default value of -1 sets <b>nstpcouple</b> equal to <b>nstlist</b>,
 918 unless <b>nstlist</b> &le;0, then a value of 10 is used.
 919 For velocity Verlet integrators <b>nstpcouple</b> is set to 1.</dd>
 920 </dd>
 921
 922 <dt><b>tau_p: (1) [ps]</b></dt>
 923 <dd>time constant for coupling</dd>
 924 <dt><b>compressibility: [bar<sup>-1</sup>]</b></dt>
 925 <dd>compressibility (NOTE: this is now really in bar<sup>-1</sup>)
 926 For water at 1 atm and 300 K the compressibility is 4.5e-5 [bar<sup>-1</sup>].</dd>
 927 <dt><b>ref_p: [bar]</b></dt>
 928 <dd>reference pressure for coupling</dd>
 929 <dt><b>refcoord_scaling:</b></dt>
 930 <dd><dl compact>
 931 <dt><b>no</b></dt>
 932 <dd>The reference coordinates for position restraints are not modified.
 933 Note that with this option the virial and pressure will depend on the absolute
 934 positions of the reference coordinates.</dd>
 935 <dt><b>all</b></dt>
 936 <dd>The reference coordinates are scaled with the scaling matrix of the pressure coupling.</dd>
 937 <dt><b>com</b></dt>
 938 <dd>Scale the center of mass of the reference coordinates with the scaling matrix of the pressure coupling. The vectors of each reference coordinate to the center of mass are not scaled. Only one COM is used, even when there are multiple molecules with position restraints. For calculating the COM of the reference coordinates in the starting configuration, periodic boundary conditions are not taken into account.
 939 </dl></dd>
 940 </dd>
 941 </dl>
 942
 943 <A NAME="sa"><br>
 944 <hr>
 945 <h3>Simulated annealing<!--QuietIdx-->simulated annealing<!--EQuietIdx--></h3>
 946
 947 Simulated annealing is controlled separately for each temperature group in GROMACS. The reference temperature is a piecewise linear function, but you can use an arbitrary number of points for each group, and choose either a single sequence or a periodic behaviour for each group. The actual annealing is performed by dynamically changing the reference temperature used in the thermostat algorithm selected, so remember that the system will usually not instantaneously reach the reference temperature!
 948 <dl>
 949 <dt><b>annealing:</b></dt>
 950 <dd>Type of annealing for each temperature group</dd>
 951 <dd><dl compact></dd>
 952 <dt><b>no</b></dt>
 953 <dd>No simulated annealing - just couple to reference temperature value.</dd>
 954 <dt><b>single</b></dt>
 955 <dd>A single sequence of annealing points. If your simulation is longer than the time of the last point, the temperature will be coupled to this constant value after the annealing sequence has reached the last time point.</dd>
 956 <dt><b>periodic</b></dt>
 957 <dd>The annealing will start over at the first reference point once the last reference time is reached. This is repeated until the simulation ends.
 958 </dd>
 959 </dl>
 960
 961 <dt><b>annealing_npoints:</b></dt>
 962 <dd>A list with the number of annealing reference/control points used for
 963 each temperature group. Use 0 for groups that are not annealed. The number of entries should equal the number of temperature groups.</dd>
 964
 965 <dt><b>annealing_time:</b></dt>
 966 <dd>List of times at the annealing reference/control points for each group. If you are using periodic annealing, the times will be used modulo the last value, i.e. if the values are 0, 5, 10, and 15, the coupling will restart at the 0ps value after 15ps, 30ps, 45ps, etc. The number of entries should equal the sum of the numbers given in <tt>annealing_npoints</tt>.</dd>
 967
 968 <dt><b>annealing_temp:</b></dt>
 969 <dd>List of temperatures at the annealing reference/control points for each group. The number of entries should equal the sum of the numbers given in <tt>annealing_npoints</tt>.</dd>
 970 <br>
 971 Confused? OK, let's use an example. Assume you have two temperature groups, set the group selections to <tt>annealing = single periodic</tt>, the number of points of each group to <tt>annealing_npoints = 3 4</tt>, the times to <tt>annealing_time = 0 3 6 0 2 4 6</tt> and finally temperatures to <tt>annealing_temp = 298 280 270 298 320 320 298</tt>.
 972 The first group will be coupled to 298K at 0ps, but the reference temperature will drop linearly to reach 280K at 3ps, and then linearly between 280K and 270K from 3ps to 6ps. After this is stays constant, at 270K. The second group is coupled to 298K at 0ps, it increases linearly to 320K at 2ps, where it stays constant until 4ps. Between 4ps and 6ps it decreases to 298K, and then it starts over with the same pattern again, i.e. rising linearly from 298K to 320K between 6ps and 8ps. Check the summary printed by <tt>grompp</tt> if you are unsure!
 973 </dl>
 974
 975 <A NAME="vel"><br>
 976 <hr>
 977 <h3>Velocity generation</h3>
 978
 979 <dl>
 980 <dt><b>gen_vel:</b></dt>
 981 <dd><dl compact>
 982 <dt><b>no</b></dt>
 983 <dd> Do not generate velocities. The velocities are set to zero
 984 when there are no velocities in the input structure file.</dd>
 985 <dt><b>yes</b></dt>
 986 <dd>Generate velocities in <tt>grompp</tt> according to a Maxwell distribution at
 987 temperature <b>gen_temp</b> [K], with random seed <b>gen_seed</b>.
 988 This is only meaningful with integrator <b><A HREF="#run">md</A></b>.</dd>
 989 </dl></dd>
 990 <dt><b>gen_temp: (300) [K]</b></dt>
 991 <dd>temperature for Maxwell distribution</dd>
 992 <dt><b>gen_seed: (173529) [integer]</b></dt>
 993 <dd>used to initialize random generator for random velocities,
 994 when <b>gen_seed</b> is set to -1, the seed is calculated from
 995 the process ID number.
 996 </dl>
 997
 998 <A NAME="bond"><br>
 999 <hr>
1000 <h3>Bonds</h3>
1001
1002 <dl>
1003 <dt><b>constraints<!--QuietIdx-->constraint algorithms<!--QuietEIdx-->:</b></dt>
1004 <dd><dl compact>
1005 <dt><b>none</b></dt>
1006 <dd>No constraints except for those defined explicitly in the topology,
1007 i.e. bonds are represented by a harmonic (or other) potential
1008 or a Morse potential (depending on the setting of <b>morse</b>)
1009 and angles by a harmonic (or other) potential.
1010 <dt><b>h-bonds</b></dt>
1011 <dd>Convert the bonds with H-atoms to constraints.</dd>
1012 <dt><b>all-bonds</b></dt>
1013 <dd>Convert all bonds to constraints.</dd>
1014 <dt><b>h-angles</b></dt>
1015 <dd>Convert all bonds and additionally the angles that involve H-atoms
1016 to bond-constraints.</dd>
1017 <dt><b>all-angles</b></dt>
1018 <dd>Convert all bonds and angles to bond-constraints.</dd>
1019 </dl>
1020
1021 <dt><b>constraint_algorithm:</b></dt>
1022 <dd><dl compact>
1023 <dt><b><!--Idx-->LINCS<!--EIdx--></b></dt>
1024 <dd>LINear Constraint Solver.
1025 With domain decomposition the parallel version P-LINCS is used.
1026 The accuracy in set with
1027 <b>lincs_order</b>, which sets the number of matrices in the expansion
1028 for the matrix inversion.
1029 After the matrix inversion correction the algorithm does
1030 an iterative correction to compensate for lengthening due to rotation.
1031 The number of such iterations can be controlled with
1032 <b>lincs_iter</b>. The root mean square relative constraint deviation
1033 is printed to the log file every <b>nstlog</b> steps.
1034 If a bond rotates more than <b>lincs_warnangle</b> [degrees] in one step,
1035 a warning will be printed both to the log file and to <TT>stderr</TT>.
1036 LINCS should not be used with coupled angle constraints.
1037 </dd>
1038 <dt><b><!--Idx-->SHAKE<!--EIdx--></b></dt>
1039 <dd>SHAKE is slightly slower and less stable than LINCS, but does work with
1040 angle constraints.
1041 The relative tolerance is set with <b>shake_tol</b>, 0.0001 is a good value
1042 for ``normal'' MD. SHAKE does not support constraints between atoms
1043 on different nodes, thus it can not be used with domain decompositon
1044 when inter charge-group constraints are present.
1045 SHAKE can not be used with energy minimization.
1046 </dd>
1047 </dl></dd>
1048 <dt><b>continuation:</b></dt>
1049 <dd>This option was formerly known as <tt>unconstrained_start</tt>.</dd>
1050 <dd><dl compact>
1051 <dt><b>no</b></dt>
1052 <dd>apply constraints to the start configuration and reset shells</dd>
1053 <dt><b>yes</b></dt>
1054 <dd>do not apply constraints to the start configuration
1055 and do not reset shells, useful for exact coninuation and reruns</dd>
1056 </dl></dd>
1057
1058 <A NAME="bond2">
1059 <dt><b>shake_tol: (0.0001)</b></dt>
1060 <dd>relative tolerance for SHAKE</dd>
1061 <dt><b>lincs_order: (4)</b></dt>
1062 <dd>Highest order in the expansion of the constraint coupling matrix.
1063 When constraints form triangles, an additional expansion of the same
1064 order is applied on top of the normal expansion only for the couplings
1065 within such triangles.
1066 For ``normal'' MD simulations an order of 4 usually suffices, 6 is
1067 needed for large time-steps with virtual sites or BD.
1068 For accurate energy minimization an order of 8 or more might be required.
1069 With domain decomposition, the cell size is limited by the distance
1070 spanned by <b>lincs_order</b>+1 constraints. When one wants to scale
1071 further than this limit, one can decrease <b>lincs_order</b> and increase
1072 <b>lincs_iter</b>, since the accuracy does not deteriorate
1073 when (1+<b>lincs_iter</b>)*<b>lincs_order</b> remains constant.</dd>
1074 <dt><b>lincs_iter: (1)</b></dt>
1075 <dd>Number of iterations to correct for rotational lengthening in LINCS.
1076 For normal runs a single step is sufficient, but for NVE
1077 runs where you want to conserve energy accurately or for accurate
1078 energy minimization you might want to increase it to 2.
1079 <dt><b>lincs_warnangle: </b>(30) [degrees]</dt>
1080 <dd>maximum angle that a bond can rotate before LINCS will complain</dd>
1081
1082 <dt><b>morse:</b></dt>
1083 <dd><dl compact>
1084 <dt><b>no</b></dt>
1085 <dd>bonds are represented by a harmonic potential</dd>
1086 <dt><b>yes</b></dt>
1087 <dd>bonds are represented by a Morse potential</dd>
1088 </dl></dd>
1089 </dl>
1090
1091 <A NAME="egexcl"><br>
1092 <hr>
1093 <h3>Energy group <!--Idx-->exclusions<!--EIdx--></h3>
1094 <dl>
1095 <dt><b>energygrp_excl: </b></dt>
1096 <dd>Pairs of energy groups for which all non-bonded interactions are
1097 excluded. An example: if you have two energy groups <tt>Protein</tt>
1098 and <tt>SOL</tt>, specifying
1099 <br>
1100 <tt>energygrp_excl&nbsp;=&nbsp;Protein&nbsp;Protein&nbsp;&nbsp;SOL&nbsp;SOL</tt>
1101 <br>
1102 would give only the non-bonded interactions between the protein and the
1103 solvent. This is especially useful for speeding up energy calculations with
1104 <tt>mdrun -rerun</tt> and for excluding interactions within frozen groups.</dd>
1105 </dl>
1106
1107 <A NAME="walls"><br>
1108 <hr>
1109 <h3>Walls<!--QuietIdx-->walls<!--EQuietIdx--></h3>
1110 <dl>
1111 <dt><b>nwall: 0</b></dt>
1112 <dd>When set to <b>1</b> there is a wall at <tt>z=0</tt>, when set to <b>2</b>
1113 there is also a wall at <tt>z=z_box</tt>. Walls can only be used with <b>pbc=xy</b>.
1114 When set to <b>2</b> pressure coupling and Ewald summation can be used
1115 (it is usually best to use semiisotropic pressure coupling with
1116 the <tt>x/y</tt> compressibility set to 0, as otherwise the surface area will change).
1117 Walls interact wit the rest of the system through an optional <tt>wall_atomtype</tt>.
1118 Energy groups <tt>wall0</tt> and <tt>wall1</tt> (for <b>nwall=2</b>) are
1119 added automatically to monitor the interaction of energy groups
1120 with each wall.
1121 The <A HREF="#run">center of mass motion removal</A> will be turned
1122 off in the <tt>z</tt>-direction.</dd>
1123 <dt><b>wall_atomtype:</b></dt>
1124 <dd>the atom type name in the force field for each wall.
1125 By (for example) defining a special wall atom type in the topology with its
1126 own combination rules, this allows for independent tuning of the interaction
1127 of each atomtype with the walls.</dd>
1128 <dt><b>wall_type:</b></dt>
1129 <dd><dl compact>
1130 <dt><b>9-3</b></dt>
1131 <dd>LJ integrated over the volume behind the wall: 9-3 potential</dd>
1132 <dt><b>10-4</b></dt>
1133 <dd>LJ integrated over the wall surface: 10-4 potential</dd>
1134 <dt><b>12-6</b></dt>
1135 <dd>direct LJ potential with the z distance from the wall</dd>
1136 <dt><b>table</b></dt><dd>user defined potentials indexed with the z distance from the wall, the tables are read analogously to
1137 the <b><A HREF="#table">energygrp_table</A></b> option,
1138 where the first name is for a ``normal'' energy group and the second name
1139 is <tt>wall0</tt> or <tt>wall1</tt>,
1140 only the dispersion and repulsion columns are used</dd>
1141 </dl></dd>
1142 <dt><b>wall_r_linpot: -1 (nm)</b></dt>
1143 <dd>Below this distance from the wall the potential is continued
1144 linearly and thus the force is constant. Setting this option to
1145 a postive value is especially useful for equilibration when some atoms
1146 are beyond a wall.
1147 When the value is &le;0 (&lt;0 for <b>wall_type=table</b>),
1148 a fatal error is generated when atoms are beyond a wall.
1149 </dd>
1150 <dt><b>wall_density: [nm<sup>-3</sup>/nm<sup>-2</sup>]</b></dt>
1151 <dd>the number density of the atoms for each wall for wall types
1152 <b>9-3</b> and <b>10-4</b>
1153 <dt><b>wall_ewald_zfac: 3</b></dt>
1154 <dd>The scaling factor for the third box vector for Ewald summation only,
1155 the minimum is 2.
1156 Ewald summation can only be used with <b>nwall=2</b>, where one
1157 should use <b><A HREF="#ewald">ewald_geometry</A><tt>=3dc</tt></b>.
1158 The empty layer in the box serves to decrease the unphysical Coulomb
1159 interaction between periodic images.
1160 </dl>
1161
1162 <A NAME="pull"><br>
1163 <hr>
1164 <h3>COM <!--Idx-->pulling<!--EIdx--></h3>
1165 <dl>
1166 <dt><b>pull:</b></dt>
1167 <dd><dl compact>
1168 <dt><b>no</b></dt>
1169 <dd>No center of mass pulling.
1170 All the following pull options will be ignored
1171 (and if present in the <tt>.mdp</tt> file, they unfortunately generate warnings)</dd>
1172 <dt><b>umbrella</b></dt>
1173 <dd>Center of mass pulling using an umbrella potential
1174 between the reference group and one or more groups.</dd>
1175 <dt><b>constraint</b></dt>
1176 <dd>Center of mass pulling using a constraint
1177 between the reference group and one or more groups.
1178 The setup is identical to the option <b>umbrella</b>, except for the fact
1179 that a rigid constraint is applied instead of a harmonic potential.</dd>
1180 <dt><b>constant_force</b></dt>
1181 <dd>Center of mass pulling using a linear potential and therefore
1182 a constant force. For this option there is no reference position
1183 and therefore the parameters <b>pull_init</b> and <b>pull_rate</b>
1184 are not used.</dd>
1185 </dl></dd>
1186 <dt><b>pull_geometry:</b></dt>
1187 <dd><dl compact>
1188 <dt><b>distance</b></dt>
1189 <dd>Pull along the vector connecting the two groups.
1190 Components can be selected with <b>pull_dim</b>.</dd>
1191 <dt><b>direction</b></dt>
1192 <dd>Pull in the direction of <b>pull_vec</b>.</dd>
1193 <dt><b>direction_periodic</b></dt>
1194 <dd>As <b>direction</b>, but allows the distance to be larger than
1195 half the box size. With this geometry the box should not be dynamic
1196 (e.g. no pressure scaling) in the pull dimensions and the pull force
1197 is not added to virial.</dd>
1198 <dt><b>cylinder</b></dt>
1199 <dd>Designed for pulling with respect to a layer where the reference COM
1200 is given by a local cylindrical part of the reference group.
1201 The pulling is in the direction of <b>pull_vec</b>.
1202 From the reference group a cylinder is selected around the axis going
1203 through the pull group with direction <b>pull_vec</b> using two radii.
1204 The radius <b>pull_r1</b> gives the radius within which all
1205 the relative weights are one, between <b>pull_r1</b> and
1206 <b>pull_r0</b> the weights are switched to zero. Mass weighting is also used.
1207 Note that the radii should be smaller than half the box size.
1208 For tilted cylinders they should be even smaller than half the box size
1209 since the distance of an atom in the reference group
1210 from the COM of the pull group has both a radial and an axial component.
1211 <dt><b>position</b></dt>
1212 <dd>Pull to the position of the reference group plus
1213 <b>pull_init</b> + time*<b>pull_rate</b>*<b>pull_vec</b>.</dd>
1214 </dl></dd>
1215 <dt><b>pull_dim: (Y Y Y)</b></dt>
1216 <dd>the distance components to be used with geometry <b>distance</b>
1217 and <b>position</b>, and also sets which components are printed
1218 to the output files</dd>
1219 <dt><b>pull_r1: (1) [nm]</b></dt>
1220 <dd>the inner radius of the cylinder for geometry <b>cylinder</b></dd>
1221 <dt><b>pull_r0: (1) [nm]</b></dt>
1222 <dd>the outer radius of the cylinder for geometry <b>cylinder</b></dd>
1223 <dt><b>pull_constr_tol: (1e-6)</b></dt>
1224 <dd>the relative constraint tolerance for constraint pulling</dd>
1225 <dt><b>pull_start:</b></dt>
1226 <dd><dl compact>
1227 <dt><b>no</b></dt>
1228 <dd>do not modify <b>pull_init</b>
1229 <dt><b>yes</b></dt>
1230 <dd>add the COM distance of the starting conformation to <b>pull_init</b></dd>
1231 </dl>
1232 <dt><b>pull_nstxout: (10)</b></dt>
1233 <dd>frequency for writing out the COMs of all the pull group</dd>
1234 <dt><b>pull_nstfout: (1)</b></dt>
1235 <dd>frequency for writing out the force of all the pulled group</dd>
1236 <dt><b>pull_ngroups: (1)</b></dt>
1237 <dd>The number of pull groups, not including the reference group.
1238 If there is only one group, there is no difference in treatment
1239 of the reference and pulled group (except with the cylinder geometry).
1240 Below only the pull options for the reference group (ending on 0)
1241 and the first group (ending on 1) are given,
1242 further groups work analogously, but with the number 1 replaced
1243 by the group number.</dd>
1244 <dt><b>pull_group0: </b></dt>
1245 <dd>The name of the reference group. When this is empty an absolute reference
1246 of (0,0,0) is used. With an absolute reference the system is no longer
1247 translation invariant and one should think about what to do with
1248 the <A HREF="#run">center of mass motion</A>.</dd>
1249 <dt><b>pull_weights0: </b></dt>
1250 <dd>see <b>pull_weights1</b></dd>
1251 <dt><b>pull_pbcatom0: (0)</b></dt>
1252 <dd>see <b>pull_pbcatom1</b></dd>
1253 <dt><b>pull_group1: </b></dt>
1254 <dd>The name of the pull group.</dd>
1255 <dt><b>pull_weights1: </b></dt>
1256 <dd>Optional relative weights which are multiplied with the masses of the atoms
1257 to give the total weight for the COM. The number should be 0, meaning all 1,
1258 or the number of atoms in the pull group.</dd>
1259 <dt><b>pull_pbcatom1: (0)</b></dt>
1260 <dd>The reference atom for the treatment of periodic boundary conditions
1261 inside the group
1262 (this has no effect on the treatment of the pbc between groups).
1263 This option is only important when the diameter of the pull group
1264 is larger than half the shortest box vector.
1265 For determining the COM, all atoms in the group are put at their periodic image
1266 which is closest to <b>pull_pbcatom1</b>.
1267 A value of 0 means that the middle atom (number wise) is used.
1268 This parameter is not used with geometry <b>cylinder</b>.
1269 A value of -1 turns on cosine weighting, which is useful for a group
1270 of molecules in a periodic system, e.g. a water slab (see Engin et al.
1271 J. Chem. Phys. B 2010).</dd>
1272 <dt><b>pull_vec1: (0.0 0.0 0.0)</b></dt>
1273 <dd>The pull direction. <tt>grompp</tt> normalizes the vector.</dd>
1274 <dt><b>pull_init1: (0.0) / (0.0 0.0 0.0) [nm]</b></dt>
1275 <dd>The reference distance at t=0. This is a single value,
1276 except for geometry <b>position</b> which uses a vector.</dd>
1277 <dt><b>pull_rate1: (0) [nm/ps]</b></dt>
1278 <dd>The rate of change of the reference position.</dd>
1279 <dt><b>pull_k1: (0) [kJ mol<sup>-1</sup> nm<sup>-2</sup>] / [kJ mol<sup>-1</sup> nm<sup>-1</sup>]</b></dt>
1280 <dd>The force constant. For umbrella pulling this is the harmonic force
1281 constant in [kJ mol<sup>-1</sup> nm<sup>-2</sup>]. For constant force pulling
1282 this is the force constant of the linear potential, and thus minus (!)
1283 the constant force in [kJ mol<sup>-1</sup> nm<sup>-1</sup>].</dd>
1284 <dt><b>pull_kB1: (pull_k1) [kJ mol<sup>-1</sup> nm<sup>-2</sup>] / [kJ mol<sup>-1</sup> nm<sup>-1</sup>]</b></dt>
1285 <dd>As <b>pull_k1</b>, but for state B. This is only used when
1286 <A HREF="#free"><b>free_energy</b></A> is turned on.
1287 The force constant is then (1 - lambda)*<b>pull_k1</b> + lambda*<b>pull_kB1</b>.
1288 </dl>
1289
1290 <A NAME="nmr"><br>
1291 <hr>
1292 <h3><!--Idx-->NMR refinement<!--EIdx--></h3>
1293 <dl>
1294 <dt><b>disre:</b></dt>
1295 <dd><dl compact>
1296 <dt><b>no</b></dt>
1297 <dd>ignore <!--Idx-->distance restraint<!--EIdx--> information in topology file</dd>
1298 <dt><b>simple</b></dt>
1299 <dd>simple (per-molecule) distance restraints.
1300 <dt><b>ensemble</b></dt>
1301 <dd>distance restraints over an ensemble of molecules in one
1302 simulation box. Normally, one would perform ensemble averaging over
1303 multiple subsystems, each in a separate box, using <tt>mdrun -multi</tt>;s
1304 upply <tt>topol0.tpr</tt>, <tt>topol1.tpr</tt>, ... with different
1305 coordinates and/or velocities.
1306 The environment variable <tt>GMX_DISRE_ENSEMBLE_SIZE</tt> sets the number
1307 of systems within each ensemble (usually equal to the <tt>mdrun -multi</tt> value).</dd>
1308 </dd>
1309 </dl></dd>
1310 <dt><b>disre_weighting:</b></dt>
1311 <dd><dl compact>
1312 <dt><b>equal</b> (default)</dt>
1313 <dd>divide the restraint force equally over all atom pairs in the restraint</dd>
1314 <dt><b>conservative</b></dt>
1315 <dd>the forces are the derivative of the restraint potential,
1316 this results in an r<sup>-7</sup> weighting of the atom pairs.
1317 The forces are conservative when <tt>disre_tau</tt> is zero.</dd>
1318 </dl></dd>
1319 <dt><b>disre_mixed:</b></dt>
1320 <dd><dl compact>
1321 <dt><b>no</b></dt>
1322 <dd>the violation used in the calculation of the restraint force is the
1323 time-averaged violation </dd>
1324 <dt><b>yes</b></dt>
1325 <dd>the violation used in the calculation of the restraint force is the
1326 square root of the product of the time-averaged violation and the instantaneous violation</dd>
1327 </dl></dd>
1328
1329 <dt><b>disre_fc: (1000) [kJ mol<sup>-1</sup> nm<sup>-2</sup>]</b></dt>
1330 <dd>force constant for distance restraints, which is multiplied by a
1331 (possibly) different factor for each restraint given in the <tt>fac</tt>
1332 column of the interaction in the topology file.</dd>
1333
1334 <dt><b>disre_tau: (0) [ps]</b></dt>
1335 <dd>time constant for distance restraints running average. A value of zero turns off time averaging.</dd>
1336
1337 <dt><b>nstdisreout: (100) [steps]</b></dt>
1338 <dd>period between steps when the running time-averaged and instantaneous distances
1339 of all atom pairs involved in restraints are written to the energy file
1340 (can make the energy file very large)</dd>
1341
1342 <A NAME="nmr2">
1343 <dt><b>orire:</b></dt>
1344 <dd><dl compact>
1345 <dt><b>no</b></dt>
1346 <dd>ignore <!--Idx-->orientation restraint<!--EIdx--> information in topology file</dd>
1347 <dt><b>yes</b></dt>
1348 <dd>use orientation restraints, ensemble averaging can be performed
1349 with <tt>mdrun -multi</tt></dd>
1350 </dl>
1351 <dt><b>orire_fc: (0) [kJ mol]</b></dt>
1352 <dd>force constant for orientation restraints, which is multiplied by a
1353 (possibly) different weight factor for each restraint, can be set to zero to
1354 obtain the orientations from a free simulation</dd>
1355 <dt><b>orire_tau: (0) [ps]</b></dt>
1356 <dd>time constant for orientation restraints running average. A value of zero turns off time averaging.</dd>
1357 <dt><b>orire_fitgrp: </b></dt>
1358 <dd>fit group for orientation restraining. This group of atoms is used
1359 to determine the rotation <b>R</b> of the system with respect to the
1360 reference orientation. The reference orientation is the starting
1361 conformation of the first subsystem. For a protein, backbone is a reasonable
1362 choice</dd>
1363 <dt><b>nstorireout: (100) [steps]</b></dt>
1364 <dd>period between steps when the running time-averaged and instantaneous orientations
1365 for all restraints, and the molecular order tensor are written to the energy file
1366 (can make the energy file very large)</dd>
1367 </dl>
1368
1369 <A NAME="free"><br>
1370 <hr>
1371 <h3>Free energy calculations<!--QuietIdx-->free energy calculations<!--EQuietIdx--></h3>
1372
1373 <dl>
1374 <dt><b>free_energy:</b></dt>
1375 <dd><dl compact>
1376 <dt><b>no</b></dt>
1377 <dd>Only use topology A.</dd>
1378 <dt><b>yes</b></dt>
1379 <dd>Interpolate between topology A (lambda=0) to topology B (lambda=1)
1380 and write the derivative of the Hamiltonian with respect to lambda (as specified with <b>dhdl_derivatives</b>), or the Hamiltonian differences with respect to other lambda values (as specified with <b>foreign_lambda</b>) to
1381 the energy file and/or to <tt>dhdl.xvg</tt>, where they can be processed by, for example <tt>g_bar</tt>.
1382 The potentials, bond-lengths and angles are interpolated linearly as
1383 described in the manual. When <b>sc_alpha</b> is larger than zero, soft-core
1384 potentials are used for the LJ and Coulomb interactions.</dd>
1385 </dl></dd>
1386 <dt><b>init_lambda: (0)</b></dt>
1387 <dd>starting value for lambda</dd>
1388 <dt><b>delta_lambda: (0)</b></dt>
1389 <dd>increment per time step for lambda</dd>
1390 <dt><b>foreign_lambda: ()</b></dt>
1391 <dd>Zero, one or more lambda values for which Delta H values will
1392 be determined and written to dhdl.xvg every <b>nstdhdl</b> steps.
1393 Free energy differences between different lambda values can then
1394 be determined with <tt>g_bar</tt>.</dd>
1395 <dt><b>dhdl_derivatives: (yes)</b></dt>
1396 <dd>If yes (the default), the derivatives of the Hamiltonian with respect to lambda at each <b>nstdhdl</b> step are written out. These values are needed for interpolation of linear energy differences with <tt>g_bar</tt> (although the same can also be achieved with the right <b>foreign lambda</b> setting, that may not be as flexible), or with thermodynamic integration</dd>
1397 <dt><b>sc_alpha: (0)</b></dt>
1398 <dd>the soft-core parameter, a value of 0 results in linear interpolation of
1399 the LJ and Coulomb interactions</dd>
1400 <dt><b>sc_power: (0)</b></dt>
1401 <dd>the power for lambda in the soft-core function,
1402 only the values 1 and 2 are supported</dd>
1403 <dt><b>sc_sigma: (0.3) [nm]</b></dt>
1404 <dd>the soft-core sigma for particles which have a C6 or C12 parameter equal
1405 to zero or a sigma smaller than <b>sc_sigma</b></dd>
1406 <dt><b>couple-moltype:</b></dt>
1407 <dd>Here one can supply a molecule type (as defined in the topology)
1408 for calculating solvation or coupling free energies.
1409 There is a special option <b>system</b> that couples all molecule types
1410 in the system. This can be useful for equilibrating a system
1411 starting from (nearly) random coordinates.
1412 <b>free_energy</b> has to be turned on.
1413 The Van der Waals interactions and/or charges in this molecule type can be
1414 turned on or off between lambda=0 and lambda=1, depending on the settings
1415 of <b>couple-lambda0</b> and <b>couple-lambda1</b>. If you want to decouple
1416 one of several copies of a molecule, you need to copy and rename
1417 the molecule definition in the topology.</dd>
1418 <dt><b>couple-lambda0:</b></dt>
1419 <dd><dl compact>
1420 <dt><b>vdw-q</b></dt>
1421 <dd>all interactions are on at lambda=0
1422 <dt><b>vdw</b></dt>
1423 <dd>the charges are zero (no Coulomb interactions) at lambda=0
1424 <dt><b>q</b></dt>
1425 <dd>the Van der Waals interactions are turned at lambda=0; soft-core interactions will be required to avoid singularities
1426 <dt><b>none</b></dt>
1427 <dd>the Van der Waals interactions are turned off and the charges are zero at lambda=0; soft-core interactions will be required to avoid singularities
1428 </dl>
1429 <dt><b>couple-lambda1:</b></dt>
1430 <dd> analogous to <b>couple-lambda1</b>, but for lambda=1
1431 <dt><b>couple-intramol:</b></dt>
1432 <dd><dl compact>
1433 <dt><b>no</b></dt>
1434 <dd>All intra-molecular non-bonded interactions for moleculetype <b>couple-moltype</b> are replaced by exclusions and explicit pair interactions. In this manner the decoupled state of the molecule corresponds to the proper vacuum state without periodicity effects.
1435 <dt><b>yes</b></dt>
1436 <dd>The intra-molecular Van der Waals and Coulomb interactions are also turned on/off. This can be useful for partitioning free-energies of relatively large molecules, where the intra-molecular non-bonded interactions might lead to kinetically trapped vacuum conformations. The 1-4 pair interactions are not turned off.
1437 </dl>
1438 <dt><b>nstdhdl: (10)</b></dt>
1439 <dd>the frequency for writing dH/dlambda and possibly Delta H to dhdl.xvg,
1440 0 means no ouput, should be a multiple of <b>nstcalcenergy</b></dd>
1441 <dt><b>separate_dhdl_file: (yes)</b></dt>
1442 <dd><dl compact>
1443 <dt><b>yes</b></dt>
1444 <dd>the free energy values that are calculated (as specified with the <b>foreign-lambda</b> and <b>dhdl_derivatives</b> settings) are written out to a separate file, with the default name <tt>dhdl.xvg</tt>. This file can be used directly with <tt>g_bar</tt>.</dd>
1445 <dt><b>no</b></dt>
1446 <dd>The free energy values are written out to the energy output file (<tt>ener.edr</tt>, in accumulated blocks at every <b>nstenergy</b> steps), where they can be extracted with <tt>g_energy</tt> or used directly with <tt>g_bar</tt>.</dd>
1447 </dl>
1448 <dt><b>dh_hist_size: (0)</b></dt>
1449 <dd>If nonzero, specifies the size of the histogram into which the Delta H values (specified with <b>foreign_lambda</b>) and the derivative dH/dl values are binned, and written to ener.edr. This can be used to save disk space while calculating free energy differences. One histogram gets written for each <b>foreign lambda</b> and two for the dH/dl, at every <b>nstenergy</b> step. Be aware that incorrect histogram settings (too small size or too wide bins) can introduce errors. Do not use histograms unless you're certain you need it.</dd>
1450 <dt><b>dh_hist_spacing (0.1)</b></dt>
1451 <dd>Specifies the bin width of the histograms, in energy units. Used in conjunction with <b>dh_hist_size</b>. This size limits the accuracy with which free energies can be calculated.  Do not use histograms unless you're certain you need it.</dd>
1452 </dl>
1453
1454
1455 <A NAME="neq"><br>
1456 <hr>
1457 <h3>Non-equilibrium MD<!--QuietIdx-->non-equilibrium MD<!--EQuietIdx--></h3>
1458
1459 <dl>
1460 <dt><b>acc_grps: </b></dt>
1461 <dd>groups for constant acceleration (e.g.: <tt>Protein Sol</tt>)
1462 all atoms in groups Protein and Sol will experience constant acceleration
1463 as specified in the <b>accelerate</b> line</dd>
1464 <dt><b>accelerate: (0) [nm ps<sup>-2</sup>]</b></dt>
1465 <dd>acceleration for <b>acc_grps</b>; x, y and z for each group
1466 (e.g. <tt>0.1 0.0 0.0 -0.1 0.0 0.0</tt> means that first group has constant
1467 acceleration of 0.1 nm ps<sup>-2</sup> in X direction, second group the
1468 opposite).</dd>
1469 <dt><b>freezegrps: </b></dt>
1470 <dd>Groups that are to be frozen (i.e. their X, Y, and/or Z position will
1471 not be updated; e.g. <tt>Lipid SOL</tt>). <b>freezedim</b> specifies for
1472 which dimension the freezing applies.
1473 To avoid spurious contibrutions to the virial and pressure due to large
1474 forces between completely frozen atoms you need to use
1475 <A HREF="#egexcl">energy group exclusions</A>, this also saves computing time.
1476 Note that coordinates of frozen atoms are not scaled by pressure-coupling
1477 algorithms.</dd>
1478 <dt><b>freezedim: </b></dt>
1479 <dd>dimensions for which groups in <b>freezegrps</b> should be frozen,
1480 specify <tt>Y</tt> or <tt>N</tt> for X, Y and Z and for each group
1481 (e.g. <tt>Y Y N N N N</tt> means that particles in the first group
1482 can move only in Z direction. The particles in the second group can
1483 move in any direction).</dd>
1484 <dt><b>cos_acceleration: (0) [nm ps<sup>-2</sup>]</b></dt>
1485 <dd>the amplitude of the acceleration profile for calculating the
1486 <!--Idx-->viscosity<!--EIdx-->.
1487 The acceleration is in the X-direction and the magnitude is
1488 <b>cos_acceleration</b> cos(2 pi z/boxheight).
1489 Two terms are added to the energy file:
1490 the amplitude of the velocity profile and 1/viscosity.</dd>
1491 <dt><b><!--Idx-->deform<!--EIdx-->: (0 0 0 0 0 0) [nm ps<sup>-1</sup>]</b></dt>
1492 <dd>The velocities of deformation for the box elements:
1493 a(x) b(y) c(z) b(x) c(x) c(y). Each step the box elements
1494 for which <b>deform</b> is non-zero are calculated as:
1495 box(ts)+(t-ts)*deform, off-diagonal elements are corrected
1496 for periodicity. The coordinates are transformed accordingly.
1497 Frozen degrees of freedom are (purposely) also transformed.
1498 The time ts is set to t at the first step and at steps at which
1499 x and v are written to trajectory to ensure exact restarts.
1500 Deformation can be used together with semiisotropic or anisotropic
1501 pressure coupling when the appropriate compressibilities are set to zero.
1502 The diagonal elements can be used to <!--Idx-->strain<!--EIdx--> a solid.
1503 The off-diagonal elements can be used to <!--Idx-->shear<!--EIdx--> a solid
1504 or a liquid.</dd>
1505 </dl>
1506
1507 <A NAME="ef"><br>
1508 <hr>
1509 <h3>Electric fields<!--QuietIdx-->electric field<!--EQuietIdx--></h3>
1510
1511 <dl>
1512 <dt><b>E_x ; E_y ; E_z:</b></dt>
1513 <dd>If you want to use an electric field in a direction, enter 3 numbers
1514 after the appropriate <b>E_*</b>, the first number: the number of cosines,
1515 only 1 is implemented (with frequency 0) so enter 1,
1516 the second number: the strength of the electric field in
1517 <b>V nm<sup>-1</sup></b>,
1518 the third number: the phase of the cosine, you can enter any number here
1519 since a cosine of frequency zero has no phase.</dd>
1520 <dt><b>E_xt;  E_yt;  E_zt: </b></dt>
1521 <dd>not implemented yet</dd>
1522 </dl>
1523 <br>
1524
1525 <hr>
1526 <A NAME="qmmm"><br>
1527 <h3>Mixed quantum/classical molecular dynamics<!--QuietIdx>QM/MM<!--EQuietIdx--></h3>
1528
1529 <dl>
1530 <dt><b>QMMM:</b></dt>
1531 <dd><dl compact="compact">
1532 <dt><b>no</b></dt>
1533 <dd>No QM/MM.</dd>
1534 <dt><b>yes</b></dt>
1535 <dd>Do a QM/MM simulation. Several groups can be described at
1536 different QM levels separately. These are specified in
1537 the <b>QMMM-grps</b> field separated by spaces. The level of <i>ab
1538 initio</i> theory at which the groups are described is specified
1539 by <b>QMmethod</b> and <b>QMbasis</b> Fields. Describing the
1540 groups at different levels of theory is only possible with the ONIOM
1541 QM/MM scheme, specified by <b>QMMMscheme</b>.</dd>
1542 </dl></dd>
1543
1544 <dt><b>QMMM-grps:</b></dt>
1545 <dd>groups to be descibed at the QM level</dd>
1546
1547 <dt><b>QMMMscheme:</b></dt>
1548 <dd><dl compact="compact">
1549 <dt><b>normal</b></dt>
1550 <dd>normal QM/MM. There can only be one <b>QMMM-grps</b> that is modelled
1551 at the <b>QMmethod</b> and <b>QMbasis</b> level of <i>ab initio</i>
1552 theory. The rest of the system is described at the MM level. The QM
1553 and MM subsystems interact as follows: MM point charges are included
1554 in the QM one-electron hamiltonian and all Lennard-Jones interactions
1555 are described at the MM level.</dd>
1556 <dt><b>ONIOM</b></dt>
1557 <dd>The interaction between the subsystem is described using the ONIOM
1558 method by Morokuma and co-workers. There can be more than one <b>QMMM-grps</b> each modeled at a different level of QM theory
1559 (<b>QMmethod</b> and <b>QMbasis</b>).
1560 </dd></dl></dd>
1561
1562 <dt><b>QMmethod: (RHF)</b></dt>
1563 <dd>Method used to compute the energy and gradients on the QM
1564 atoms. Available methods are AM1, PM3, RHF, UHF, DFT, B3LYP, MP2,
1565 CASSCF, and MMVB. For CASSCF, the number of electrons and orbitals
1566 included in the active space is specified by <b>CASelectrons</b>
1567 and <b>CASorbitals</b>. </dd>
1568
1569 <dt><b>QMbasis: (STO-3G)</b></dt>
1570 <dd>Basis set used to expand the electronic wavefuntion. Only Gaussian
1571 basis sets are currently available, <i>i.e.</i> STO-3G, 3-21G, 3-21G*,
1572 3-21+G*, 6-21G, 6-31G, 6-31G*, 6-31+G*, and 6-311G.</dd>
1573
1574 <dt><b>QMcharge: (0) [integer]</b></dt>
1575 <dd>The total charge in <tt>e</tt> of the <b>QMMM-grps</b>. In case
1576 there are more than one <b>QMMM-grps</b>, the total charge of each
1577 ONIOM layer needs to be specified separately.</dd>
1578
1579 <dt><b>QMmult: (1) [integer]</b></dt>
1580 <dd>The multiplicity of the <b>QMMM-grps</b>. In case there are more
1581 than one <b>QMMM-grps</b>, the multiplicity of each ONIOM layer needs
1582 to be specified separately.</dd>
1583
1584 <dt><b>CASorbitals: (0) [integer]</b></dt>
1585 <dd>The number of orbitals to be included in the active space when
1586 doing a CASSCF computation.</dd>
1587
1588 <dt><b>CASelectrons: (0) [integer]</b></dt>
1589 <dd>The number of electrons to be included in the active space when
1590 doing a CASSCF computation.</dd>
1591
1592 <dt><b>SH:</b></dt>
1593 <dd><dl compact="compact">
1594 <dt><b>no</b></dt>
1595 <dd>No surface hopping. The system is always in the electronic
1596 ground-state.</dd>
1597 <dt><b>yes</b></dt>
1598 <dd>Do a QM/MM MD simulation on the excited state-potential energy
1599 surface and enforce a <i>diabatic</i> hop to the ground-state when the
1600 system hits the conical intersection hyperline in the course the
1601 simulation. This option only works in combination with the CASSCF
1602 method.</dd>
1603 </dl>
1604 </dl>
1605
1606 <A NAME="gbsa"><br>
1607 <hr>
1608 <h3>Implicit solvent</h3>
1609
1610 <dl>
1611 <dt><b>implicit_solvent:</b></dt>
1612 <dd><dl compact="compact">
1613 <dt><b>no</b></dt>
1614 <dd>No implicit solvent</dd>
1615 <dt><b>GBSA</b></dt>
1616 <dd>Do a simulation with implicit solvent using the Generalized Born formalism.
1617 Three different methods for calculating the Born radii are available, Still, HCT and
1618 OBC. These are specified with the <b>gb_algorithm</b> field. The non-polar solvation
1619 is specified with the <b>sa_algorithm</b> field.</dd>
1620 </dl>
1621
1622 <dt><b>gb_algorithm:</b></dt>
1623 <dd><dl compact="compact">
1624 <dt><b>Still</b></dt>
1625 <dd>Use the Still method to calculate the Born radii</dd>
1626 <dt><b>HCT</b></dt>
1627 <dd>Use the Hawkins-Cramer-Truhlar method to calculate the Born radii</dd>
1628 <dt><b>OBC</b></dt>
1629 <dd>Use the Onufriev-Bashford-Case method to calculate the Born radii</dd>
1630 </dl>
1631
1632 <dt><b>nstgbradii: (1) [steps]</b></dt>
1633 <dd>Frequency to (re)-calculate the Born radii. For most practial purposes,
1634 setting a value larger than 1 violates energy conservation and leads to
1635 unstable trajectories.</dd>
1636
1637 <dt><b>rgbradii: (1.0) [nm]</b></dt>
1638 <dd>Cut-off for the calculation of the Born radii. Currently must be equal to rlist</dd>
1639
1640 <dt><b>gb_epsilon_solvent: (80)</b></dt>
1641 <dd>Dielectric constant for the implicit solvent</dd>
1642
1643 <dt><b>gb_saltconc: (0) [M]</b></dt>
1644 <dd>Salt concentration for implicit solvent models, currently not used</dd>
1645
1646 <dt><b>gb_obc_alpha (1); gb_obc_beta (0.8); gb_obc_gamma (4.85);</b></dt>
1647 <dd>Scale factors for the OBC model. Default values are OBC(II).
1648 Values for OBC(I) are 0.8, 0 and 2.91 respectively</dd>
1649
1650 <dt><b>gb_dielectric_offset: (0.009) [nm]</b></dt>
1651 <dd>Distance for the di-electric offset when calculating the Born radii. This is
1652 the offset between the center of each atom the center of the polarization energy
1653 for the corresponding atom</dd>
1654
1655 <dt><b>sa_algorithm</b></dt>
1656 <dd><dl compact="compact">
1657 <dt><b>Ace-approximation</b></dt>
1658 <dd>Use an Ace-type approximation (default)</dd>
1659 <dt><b>None</b></dt>
1660 <dd>No non-polar solvation calculation done. For GBSA only the polar part gets
1661 calculated</dd>
1662 </dl>
1663
1664 <dt><b>sa_surface_tension: [kJ mol<sup>-1</sup> nm<sup>-2</sup>]</b></dt>
1665 <dd>Default value for surface tension with SA algorithms. The default value is -1;
1666 Note that if this default value is not changed
1667 it will be overridden by <tt>grompp</tt> using values that are specific for the choice
1668 of radii algorithm (0.0049 kcal/mol/Angstrom<sup>2</sup> for Still, 0.0054 kcal/mol/Angstrom<sup>2</sup>
1669 for HCT/OBC)
1670
1671 Setting it to 0 will while using an sa_algorithm other than None means
1672 no non-polar calculations are done.
1673 </dd>
1674 </dl>
1675
1676 <A NAME="user"><br>
1677 <hr>
1678 <h3>User defined thingies</h3>
1679
1680 <dl>
1681 <dt><b>user1_grps; user2_grps: </b></dt>
1682 <dt><b>userint1 (0); userint2 (0); userint3 (0); userint4 (0)</b></dt>
1683 <dt><b>userreal1 (0); userreal2 (0); userreal3 (0); userreal4 (0)</b></dt>
1684 <dd>These you can use if you modify code. You can pass integers and
1685 reals to your subroutine. Check the inputrec definition in
1686 <tt>src/include/types/inputrec.h</tt></dd>
1687
1688 </dl>
1689
1690 <A NAME="idx"><br>
1691 <hr>
1692 <h3>Index</h3>
1693
1694 <P>
1695
1696 <multicol cols=4>
1697 <A HREF="#neq">acc_grps</A><br>
1698 <A HREF="#neq">accelerate</A><br>
1699 <A HREF="#sa">annealing</A><br>
1700 <A HREF="#sa">annealing_npoints</A><br>
1701 <A HREF="#sa">annealing_time</A><br>
1702 <A HREF="#sa">annealing_temp</A><br>
1703 <A HREF="#ld">bd_fric</A><br>
1704 <A HREF="#vdw">bDispCorr</A><br>
1705 <A HREF="#run">comm_mode</A><br>
1706 <A HREF="#run">comm_grps</A><br>
1707 <A HREF="#pc">compressibility</A><br>
1708 <A HREF="#bond">constraint_algorithm</A><br>
1709 <A HREF="#bond">constraints</A><br>
1710 <A HREF="#neq">cos_acceleration</A><br>
1711 <A HREF="#el">coulombtype</A><br>
1712 <A HREF="#free">couple-intramol</A><br>
1713 <A HREF="#free">couple-lambda0</A><br>
1714 <A HREF="#free">couple-lambda1</A><br>
1715 <A HREF="#free">couple-moltype</A><br>
1716 <A HREF="#pp">define</A><br>
1717 <A HREF="#neq">deform</A><br>
1718 <A HREF="#free">delta_lambda</A><br>
1719 <A HREF="#nmr">disre</A><br>
1720 <A HREF="#nmr">disre_weighting</A><br>
1721 <A HREF="#nmr">disre_mixed</A><br>
1722 <A HREF="#nmr">disre_fc</A><br>
1723 <A HREF="#nmr">disre_tau</A><br>
1724 <A HREF="#run">dt</A><br>
1725 <A HREF="#em">emstep</A><br>
1726 <A HREF="#em">emtol</A><br>
1727 <A HREF="#egexcl">energygrp_excl</A><br>
1728 <A HREF="#table">energygrp_table</A><br>
1729 <A HREF="#out">energygrps</A><br>
1730 <A HREF="#el2">epsilon_r</A><br>
1731 <A HREF="#el2">epsilon_rf</A><br>
1732 <A HREF="#ewald">ewald_rtol</A><br>
1733 <A HREF="#ewald">ewald_geometry</A><br>
1734 <A HREF="#ewald">epsilon_surface</A><br>
1735 <A HREF="#ef">E_x</A><br>
1736 <A HREF="#ef">E_xt</A><br>
1737 <A HREF="#ef">E_y</A><br>
1738 <A HREF="#ef">E_yt</A><br>
1739 <A HREF="#ef">E_z</A><br>
1740 <A HREF="#ef">E_zt </A><br>
1741 <A HREF="#xmdrun">fcstep</A><br>
1742 <A HREF="#ewald">fourier_nx</A><br>
1743 <A HREF="#ewald">fourier_ny</A><br>
1744 <A HREF="#ewald">fourier_nz</A><br>
1745 <A HREF="#ewald">fourierspacing</A><br>
1746 <A HREF="#free">free_energy</A><br>
1747 <A HREF="#neq">freezedim </A><br>
1748 <A HREF="#neq">freezegrps</A><br>
1749 <A HREF="#vel">gen_seed</A><br>
1750 <A HREF="#vel">gen_temp</A><br>
1751 <A HREF="#vel">gen_vel</A><br>
1752 <A HREF="#pp">include</A><br>
1753 <A HREF="#free">init_lambda</A><br>
1754 <A HREF="#run">init_step</A><br>
1755 <A HREF="#run">integrator</A><br>
1756 <A HREF="#ld">ld_seed</A><br>
1757 <A HREF="#bond2">lincs_iter</A><br>
1758 <A HREF="#bond2">lincs_order</A><br>
1759 <A HREF="#bond2">lincs_warnangle</A><br>
1760 <A HREF="#bond2">morse</A><br>
1761 <A HREF="#em">nbfgscorr</A><br>
1762 <A HREF="#xmdrun">niter</A><br>
1763 <A HREF="#tc">nh-chain-length</A><br>
1764 <A HREF="#em">nstcgsteep</A><br>
1765 <A HREF="#out">nstcalcenergy</A><br>
1766 <A HREF="#run">nstcomm</A><br>
1767 <A HREF="#nmr">nstdisreout</A><br>
1768 <A HREF="#out">nstenergy</A><br>
1769 <A HREF="#run">nsteps</A><br>
1770 <A HREF="#out">nstfout</A><br>
1771 <A HREF="#nl">nstlist</A><br>
1772 <A HREF="#out">nstlog</A><br>
1773 <A HREF="#pc">nstpcouple</A><br>
1774 <A HREF="#tc">nsttcouple</A><br>
1775 <A HREF="#out">nstvout</A><br>
1776 <A HREF="#out">nstxout</A><br>
1777 <A HREF="#out">nstxtcout</A><br>
1778 <A HREF="#nl">ns_type</A><br>
1779 <A HREF="#wall">nwall</A><br>
1780 <A HREF="#ewald">optimize_fft</A><br>
1781 <A HREF="#nmr2">orire</A><br>
1782 <A HREF="#nmr2">orire_fc</A><br>
1783 <A HREF="#nmr2">orire_tau</A><br>
1784 <A HREF="#nmr2">orire_fitgrp</A><br>
1785 <A HREF="#nmr2">nstorireout</A><br>
1786 <A HREF="#nl">pbc</A><br>
1787 <A HREF="#pc">pcoupl</A><br>
1788 <A HREF="#pc">pcoupltype</A><br>
1789 <A HREF="#nl">periodic_molecules</A><br>
1790 <A HREF="#ewald">pme_order</A><br>
1791 <A HREF="#pull">pull</A><br>
1792 <A HREF="#pc">refcoord_scaling</A><br>
1793 <A HREF="#pc">ref_p</A><br>
1794 <A HREF="#tc">ref_t</A><br>
1795 <A HREF="#el2">rcoulomb_switch</A><br>
1796 <A HREF="#el2">rcoulomb</A><br>
1797 <A HREF="#nl">rlist</A><br>
1798 <A HREF="#nl">rlistlong</A><br>
1799 <A HREF="#tpi">rtpi</A><br>
1800 <A HREF="#vdw">rvdw_switch</A><br>
1801 <A HREF="#vdw">rvdw</A><br>
1802 <A HREF="#free">sc_alpha</A><br>
1803 <A HREF="#free">sc_power</A><br>
1804 <A HREF="#free">sc_sigma</A><br>
1805 <A HREF="#bond2">shake_tol</A><br>
1806 <A HREF="#table">table-extension</A><br>
1807 <A HREF="#pc">tau_p</A><br>
1808 <A HREF="#tc">tau_t</A><br>
1809 <A HREF="#tc">tc_grps</A><br>
1810 <A HREF="#tc">tcoupl</A><br>
1811 <A HREF="#run">tinit</A><br>
1812 <A HREF="#bond">continuation</A><br>
1813 <A HREF="#user">user1_grps</A><br>
1814 <A HREF="#user">user2_grps</A><br>
1815 <A HREF="#user">userint1</A><br>
1816 <A HREF="#user">userint2</A><br>
1817 <A HREF="#user">userint3</A><br>
1818 <A HREF="#user">userint4</A><br>
1819 <A HREF="#user">userreal1</A><br>
1820 <A HREF="#user">userreal2</A><br>
1821 <A HREF="#user">userreal3</A><br>
1822 <A HREF="#user">userreal4</A><br>
1823 <A HREF="#el">vdwtype</A><br>
1824 <A HREF="#out">xtc_grps</A><br>
1825 <A HREF="#out">xtc_precision</A><br>
1826 <A HREF="#sa">zero_temp_time</A><br>
1827 <A HREF="#walls">wall_atomtype</A><br>
1828 <A HREF="#walls">wall_density</A><br>
1829 <A HREF="#walls">wall_ewald_zfac</A><br>
1830 <A HREF="#walls">wall_r_linpot</A><br>
1831 <A HREF="#walls">wall_type</A><br>
1832 </multicol>
1833
1834 <hr>
1835 <div ALIGN=RIGHT>
1836 <font size="-1"><a href="http://www.gromacs.org">http://www.gromacs.org</a></font><br>
1837
1838 </div>
1839 </BODY>
1840 </HTML>
1841