share/html/online/map.html

   1 <title>map file format</title>
   2 <H3>Description</H3>
   3 This file maps matrix data to RGB values which is used by the
   4 <a href="../programs/gmx-do_dssp.html">gmx do_dssp</a> program.<p>
   5 The format of this file is as follow: first line number of elements
   6 in the colormap. Then for each line: The first character is
   7 a code for the secondary structure type.
   8 Then comes a string for use in the legend of the plot and then the
   9 R (red) G (green) and B (blue) values. <p>
  10 In this case the colors are
  11 (in order of appearance): white, red, black, cyan, yellow, blue,
  12 magenta, orange.
  13 <pre>
  14 8
  15 ~       Coil            1.0       1.0     1.0
  16 E       B-Sheet         1.0       0.0     0.0
  17 B       B-Bridge        0.0       0.0     0.0
  18 S       Bend            0.0       0.8     0.8
  19 T       Turn            1.0       1.0     0.0
  20 H       A-Helix         0.0       0.0     1.0
  21 G       3-Helix         1.0       0.0     1.0
  22 I       5-Helix         1.0       0.6     0.0
  23 </pre>