scripts/completion.bash

   1 shopt -s extglob
   2 _do_dssp_compl() {
   3 local p c
   4 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
   5 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -ssdump -map -o -sc -a -ta -aa -h -version -nice -b -e -dt -tu -w -xvg -sss -ver' -- $c)); return 0; fi
   6 case "$p" in
   7 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' fs ps ns us ms s ' -- $c ));;
   8 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
   9 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  10 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  11 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  12 -ssdump) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  13 -map) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.map*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  14 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  15 -sc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  16 -a) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  17 -ta) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  18 -aa) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  19 esac }
  20 complete -F _do_dssp_compl do_dssp
  21 shopt -s extglob
  22 _editconf_compl() {
  23 local p c
  24 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
  25 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -o -mead -bf -h -version -nice -w -ndef -bt -box -angles -d -c -center -aligncenter -align -translate -rotate -princ -scale -density -pbc -resnr -grasp -rvdw -sig56 -vdwread -atom -legend -label -conect' -- $c)); return 0; fi
  26 case "$p" in
  27 -bt) COMPREPLY=( $(compgen -W ' triclinic cubic dodecahedron octahedron ' -- $c ));;
  28 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  29 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  30 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  31 -mead) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pqr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  32 -bf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  33 esac }
  34 complete -F _editconf_compl editconf
  35 shopt -s extglob
  36 _eneconv_compl() {
  37 local p c
  38 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
  39 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -o -h -version -nice -b -e -dt -offset -settime -nosort -rmdh -scalefac -noerror' -- $c)); return 0; fi
  40 case "$p" in
  41 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  42 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  43 esac }
  44 complete -F _eneconv_compl eneconv
  45 shopt -s extglob
  46 _g_anadock_compl() {
  47 local p c
  48 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
  49 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -ox -od -of -g -h -version -nice -xvg -free -norms -cutoff' -- $c)); return 0; fi
  50 case "$p" in
  51 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
  52 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  53 -ox) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  54 -od) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  55 -of) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  56 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  57 esac }
  58 complete -F _g_anadock_compl g_anadock
  59 shopt -s extglob
  60 _g_anaeig_compl() {
  61 local p c
  62 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
  63 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -v -v2 -f -s -n -eig -eig2 -comp -rmsf -proj -2d -3d -filt -extr -over -inpr -h -version -nice -b -e -dt -tu -w -xvg -first -last -skip -max -nframes -split -entropy -temp -nevskip' -- $c)); return 0; fi
  64 case "$p" in
  65 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' fs ps ns us ms s ' -- $c ));;
  66 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
  67 -v) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  68 -v2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  69 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  70 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  71 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  72 -eig) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  73 -eig2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  74 -comp) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  75 -rmsf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  76 -proj) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  77 -2d) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  78 -3d) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  79 -filt) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  80 -extr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  81 -over) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  82 -inpr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  83 esac }
  84 complete -F _g_anaeig_compl g_anaeig
  85 shopt -s extglob
  86 _g_analyze_compl() {
  87 local p c
  88 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
  89 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -ac -msd -cc -dist -av -ee -bal -g -h -version -nice -w -xvg -notime -b -e -n -d -bw -errbar -integrate -aver_start -xydy -regression -luzar -temp -fitstart -fitend -smooth -filter -power -nosubav -oneacf -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
  90 case "$p" in
  91 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
  92 -errbar) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none stddev error 90 ' -- $c ));;
  93 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
  94 -fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 erffit ' -- $c ));;
  95 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  96 -ac) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  97 -msd) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  98 -cc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  99 -dist) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 100 -av) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 101 -ee) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 102 -bal) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 103 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 104 esac }
 105 complete -F _g_analyze_compl g_analyze
 106 shopt -s extglob
 107 _g_angle_compl() {
 108 local p c
 109 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 110 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -od -ov -of -ot -oh -oc -or -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -type -all -binwidth -noperiodic -chandler -avercorr -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
 111 case "$p" in
 112 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 113 -type) COMPREPLY=( $(compgen -W ' angle dihedral improper ryckaert-bellemans ' -- $c ));;
 114 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
 115 -fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 erffit ' -- $c ));;
 116 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 117 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 118 -od) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 119 -ov) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 120 -of) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 121 -ot) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 122 -oh) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 123 -oc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 124 -or) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.trr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 125 esac }
 126 complete -F _g_angle_compl g_angle
 127 shopt -s extglob
 128 _g_bar_compl() {
 129 local p c
 130 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 131 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -g -o -oi -oh -h -version -nice -w -xvg -b -e -temp -prec -nbmin -nbmax -nbin -extp' -- $c)); return 0; fi
 132 case "$p" in
 133 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 134 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 135 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 136 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 137 -oi) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 138 -oh) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 139 esac }
 140 complete -F _g_bar_compl g_bar
 141 shopt -s extglob
 142 _g_bond_compl() {
 143 local p c
 144 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 145 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -s -o -l -d -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -blen -tol -noaver -noaverdist' -- $c)); return 0; fi
 146 case "$p" in
 147 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 148 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 149 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 150 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 151 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 152 -l) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 153 -d) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 154 esac }
 155 complete -F _g_bond_compl g_bond
 156 shopt -s extglob
 157 _g_bundle_compl() {
 158 local p c
 159 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 160 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -ol -od -oz -ot -otr -otl -ok -okr -okl -oa -h -version -nice -b -e -dt -tu -xvg -na -z' -- $c)); return 0; fi
 161 case "$p" in
 162 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' fs ps ns us ms s ' -- $c ));;
 163 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 164 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 165 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 166 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 167 -ol) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 168 -od) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 169 -oz) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 170 -ot) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 171 -otr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 172 -otl) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 173 -ok) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 174 -okr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 175 -okl) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 176 -oa) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 177 esac }
 178 complete -F _g_bundle_compl g_bundle
 179 shopt -s extglob
 180 _g_chi_compl() {
 181 local p c
 182 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 183 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -f -o -p -ss -jc -corr -g -ot -oh -rt -cp -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -r0 -phi -psi -omega -rama -viol -noperiodic -all -rad -shift -binwidth -core_rotamer -maxchi -nonormhisto -ramomega -bfact -chi_prod -HChi -bmax -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
 184 case "$p" in
 185 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 186 -maxchi) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 4 5 6 ' -- $c ));;
 187 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
 188 -fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 erffit ' -- $c ));;
 189 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 190 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 191 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 192 -p) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 193 -ss) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 194 -jc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 195 -corr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 196 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 197 -ot) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 198 -oh) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 199 -rt) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 200 -cp) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 201 esac }
 202 complete -F _g_chi_compl g_chi
 203 shopt -s extglob
 204 _g_cluster_compl() {
 205 local p c
 206 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 207 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -dm -o -g -dist -ev -sz -tr -ntr -clid -cl -h -version -nice -b -e -dt -tu -w -xvg -dista -nlevels -cutoff -nofit -max -skip -av -wcl -nst -rmsmin -method -minstruct -binary -M -P -seed -niter -kT -nopbc' -- $c)); return 0; fi
 208 case "$p" in
 209 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' fs ps ns us ms s ' -- $c ));;
 210 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 211 -method) COMPREPLY=( $(compgen -W ' linkage jarvis-patrick monte-carlo diagonalization gromos ' -- $c ));;
 212 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 213 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 214 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 215 -dm) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 216 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 217 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 218 -dist) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 219 -ev) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 220 -sz) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 221 -tr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 222 -ntr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 223 -clid) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 224 -cl) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 225 esac }
 226 complete -F _g_cluster_compl g_cluster
 227 shopt -s extglob
 228 _g_clustsize_compl() {
 229 local p c
 230 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 231 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -o -ow -nc -mc -ac -hc -temp -mcn -h -version -nice -b -e -dt -tu -w -xvg -cut -mol -nopbc -nskip -nlevels -ndf -rgblo -rgbhi' -- $c)); return 0; fi
 232 case "$p" in
 233 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' fs ps ns us ms s ' -- $c ));;
 234 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 235 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 236 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.tpr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 237 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 238 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 239 -ow) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 240 -nc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 241 -mc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 242 -ac) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 243 -hc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 244 -temp) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 245 -mcn) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 246 esac }
 247 complete -F _g_clustsize_compl g_clustsize
 248 shopt -s extglob
 249 _g_confrms_compl() {
 250 local p c
 251 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 252 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f1 -f2 -o -n1 -n2 -no -h -version -nice -w -one -nomw -pbc -nofit -name -label -bfac' -- $c)); return 0; fi
 253 case "$p" in
 254 -f1) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 255 -f2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 256 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 257 -n1) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 258 -n2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 259 -no) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 260 esac }
 261 complete -F _g_confrms_compl g_confrms
 262 shopt -s extglob
 263 _g_covar_compl() {
 264 local p c
 265 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 266 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -o -v -av -l -ascii -xpm -xpma -h -version -nice -b -e -dt -tu -xvg -nofit -ref -mwa -last -nopbc' -- $c)); return 0; fi
 267 case "$p" in
 268 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' fs ps ns us ms s ' -- $c ));;
 269 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 270 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 271 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 272 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 273 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 274 -v) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 275 -av) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 276 -l) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 277 -ascii) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 278 -xpm) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 279 -xpma) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 280 esac }
 281 complete -F _g_covar_compl g_covar
 282 shopt -s extglob
 283 _g_current_compl() {
 284 local p c
 285 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 286 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -n -f -o -caf -dsp -md -mj -mc -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -sh -nonojump -eps -bfit -efit -bvit -evit -tr -temp' -- $c)); return 0; fi
 287 case "$p" in
 288 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 289 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 290 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 291 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 292 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 293 -caf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 294 -dsp) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 295 -md) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 296 -mj) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 297 -mc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 298 esac }
 299 complete -F _g_current_compl g_current
 300 shopt -s extglob
 301 _g_density_compl() {
 302 local p c
 303 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 304 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -s -ei -o -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -d -sl -dens -ng -symm -center' -- $c)); return 0; fi
 305 case "$p" in
 306 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 307 -dens) COMPREPLY=( $(compgen -W ' mass number charge electron ' -- $c ));;
 308 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 309 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 310 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 311 -ei) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 312 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 313 esac }
 314 complete -F _g_density_compl g_density
 315 shopt -s extglob
 316 _g_densmap_compl() {
 317 local p c
 318 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 319 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -od -o -h -version -nice -b -e -dt -w -bin -aver -xmin -xmax -n1 -n2 -amax -rmax -mirror -sums -unit -dmin -dmax' -- $c)); return 0; fi
 320 case "$p" in
 321 -aver) COMPREPLY=( $(compgen -W ' z y x ' -- $c ));;
 322 -unit) COMPREPLY=( $(compgen -W ' nm-3 nm-2 count ' -- $c ));;
 323 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 324 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 325 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 326 -od) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 327 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 328 esac }
 329 complete -F _g_densmap_compl g_densmap
 330 shopt -s extglob
 331 _g_densorder_compl() {
 332 local p c
 333 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 334 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -f -n -o -or -og -Spect -h -version -nice -b -e -dt -w -1d -bw -bwn -order -axis -method -d1 -d2 -tblock -nlevel' -- $c)); return 0; fi
 335 case "$p" in
 336 -method) COMPREPLY=( $(compgen -W ' bisect functional ' -- $c ));;
 337 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 338 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 339 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 340 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 341 -or) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.out*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 342 -og) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 343 -Spect) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.out*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 344 esac }
 345 complete -F _g_densorder_compl g_densorder
 346 shopt -s extglob
 347 _g_dielectric_compl() {
 348 local p c
 349 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 350 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -d -o -c -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -fft -nox1 -eint -bfit -efit -tail -A -tau1 -tau2 -eps0 -epsRF -fix -ffn -nsmooth' -- $c)); return 0; fi
 351 case "$p" in
 352 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 353 -ffn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 erffit ' -- $c ));;
 354 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 355 -d) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 356 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 357 -c) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 358 esac }
 359 complete -F _g_dielectric_compl g_dielectric
 360 shopt -s extglob
 361 _g_dipoles_compl() {
 362 local p c
 363 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 364 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -en -f -s -n -o -eps -a -d -c -g -adip -dip3d -cos -cmap -q -slab -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -mu -mumax -epsilonRF -skip -temp -corr -nopairs -ncos -axis -sl -gkratom -gkratom2 -rcmax -phi -nlevels -ndegrees -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
 365 case "$p" in
 366 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 367 -corr) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none mol molsep total ' -- $c ));;
 368 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
 369 -fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 erffit ' -- $c ));;
 370 -en) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 371 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 372 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 373 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 374 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 375 -eps) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 376 -a) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 377 -d) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 378 -c) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 379 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 380 -adip) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 381 -dip3d) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 382 -cos) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 383 -cmap) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 384 -q) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 385 -slab) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 386 esac }
 387 complete -F _g_dipoles_compl g_dipoles
 388 shopt -s extglob
 389 _g_disre_compl() {
 390 local p c
 391 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 392 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -f -ds -da -dn -dm -dr -l -n -q -c -x -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -ntop -maxdr -nlevels -nothird' -- $c)); return 0; fi
 393 case "$p" in
 394 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 395 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 396 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 397 -ds) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 398 -da) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 399 -dn) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 400 -dm) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 401 -dr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 402 -l) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 403 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 404 -q) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 405 -c) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 406 -x) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 407 esac }
 408 complete -F _g_disre_compl g_disre
 409 shopt -s extglob
 410 _g_dist_compl() {
 411 local p c
 412 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 413 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -o -lt -h -version -nice -b -e -dt -xvg -intra -dist' -- $c)); return 0; fi
 414 case "$p" in
 415 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 416 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 417 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 418 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 419 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 420 -lt) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 421 esac }
 422 complete -F _g_dist_compl g_dist
 423 shopt -s extglob
 424 _g_dos_compl() {
 425 local p c
 426 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 427 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -vacf -mvacf -dos -g -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -nov -recip -abs -normdos -T -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
 428 case "$p" in
 429 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 430 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
 431 -fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 erffit ' -- $c ));;
 432 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 433 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 434 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 435 -vacf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 436 -mvacf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 437 -dos) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 438 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 439 esac }
 440 complete -F _g_dos_compl g_dos
 441 shopt -s extglob
 442 _g_dyecoupl_compl() {
 443 local p c
 444 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 445 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -ot -oe -o -rhist -khist -h -version -nice -b -e -tu -w -xvg -pbcdist -norm -bins -R0' -- $c)); return 0; fi
 446 case "$p" in
 447 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' fs ps ns us ms s ' -- $c ));;
 448 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 449 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 450 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 451 -ot) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 452 -oe) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 453 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 454 -rhist) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 455 -khist) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 456 esac }
 457 complete -F _g_dyecoupl_compl g_dyecoupl
 458 shopt -s extglob
 459 _g_dyndom_compl() {
 460 local p c
 461 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 462 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -o -n -h -version -nice -firstangle -lastangle -nframe -maxangle -trans -head -tail' -- $c)); return 0; fi
 463 case "$p" in
 464 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 465 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 466 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 467 esac }
 468 complete -F _g_dyndom_compl g_dyndom
 469 shopt -s extglob
 470 _genbox_compl() {
 471 local p c
 472 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 473 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -cp -cs -ci -o -p -h -version -nice -box -nmol -try -seed -vdwd -shell -maxsol -vel' -- $c)); return 0; fi
 474 case "$p" in
 475 -cp) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 476 -cs) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 477 -ci) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 478 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 479 -p) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.top*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 480 esac }
 481 complete -F _genbox_compl genbox
 482 shopt -s extglob
 483 _genconf_compl() {
 484 local p c
 485 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 486 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -o -trj -h -version -nice -nbox -dist -seed -rot -shuffle -sort -block -nmolat -maxrot -norenumber' -- $c)); return 0; fi
 487 case "$p" in
 488 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 489 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 490 -trj) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 491 esac }
 492 complete -F _genconf_compl genconf
 493 shopt -s extglob
 494 _g_enemat_compl() {
 495 local p c
 496 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 497 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -groups -eref -emat -etot -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -sum -skip -nomean -nlevels -max -min -nocoulsr -coullr -coul14 -noljsr -ljlr -lj14 -bhamsr -bhamlr -nofree -temp' -- $c)); return 0; fi
 498 case "$p" in
 499 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 500 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 501 -groups) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 502 -eref) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 503 -emat) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 504 -etot) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 505 esac }
 506 complete -F _g_enemat_compl g_enemat
 507 shopt -s extglob
 508 _g_energy_compl() {
 509 local p c
 510 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 511 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -f2 -s -o -viol -pairs -ora -ort -oda -odr -odt -oten -corr -vis -ravg -odh -h -version -nice -b -e -w -xvg -fee -fetemp -zero -sum -dp -nbmin -nbmax -mutot -skip -aver -nmol -fluct_props -driftcorr -fluc -orinst -ovec -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
 512 case "$p" in
 513 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 514 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
 515 -fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 erffit ' -- $c ));;
 516 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 517 -f2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 518 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 519 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 520 -viol) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 521 -pairs) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 522 -ora) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 523 -ort) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 524 -oda) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 525 -odr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 526 -odt) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 527 -oten) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 528 -corr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 529 -vis) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 530 -ravg) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 531 -odh) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 532 esac }
 533 complete -F _g_energy_compl g_energy
 534 shopt -s extglob
 535 _genion_compl() {
 536 local p c
 537 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 538 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -table -n -o -g -pot -p -h -version -nice -xvg -np -pname -pq -nn -nname -nq -rmin -norandom -seed -scale -conc -neutral' -- $c)); return 0; fi
 539 case "$p" in
 540 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 541 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 542 -table) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 543 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 544 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 545 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 546 -pot) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 547 -p) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.top*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 548 esac }
 549 complete -F _genion_compl genion
 550 shopt -s extglob
 551 _genrestr_compl() {
 552 local p c
 553 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 554 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -o -of -h -version -nice -fc -freeze -disre -disre_dist -disre_frac -disre_up2 -cutoff -constr' -- $c)); return 0; fi
 555 case "$p" in
 556 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 557 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 558 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.itp*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 559 -of) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 560 esac }
 561 complete -F _genrestr_compl genrestr
 562 shopt -s extglob
 563 _g_filter_compl() {
 564 local p c
 565 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 566 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -ol -oh -h -version -nice -b -e -dt -w -nf -all -nonojump -fit' -- $c)); return 0; fi
 567 case "$p" in
 568 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 569 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 570 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 571 -ol) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 572 -oh) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 573 esac }
 574 complete -F _g_filter_compl g_filter
 575 shopt -s extglob
 576 _g_gyrate_compl() {
 577 local p c
 578 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 579 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -o -acf -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -nmol -q -p -moi -nz -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
 580 case "$p" in
 581 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 582 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
 583 -fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 erffit ' -- $c ));;
 584 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 585 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 586 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 587 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 588 -acf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 589 esac }
 590 complete -F _g_gyrate_compl g_gyrate
 591 shopt -s extglob
 592 _g_h2order_compl() {
 593 local p c
 594 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 595 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -nm -s -o -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -d -sl' -- $c)); return 0; fi
 596 case "$p" in
 597 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 598 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 599 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 600 -nm) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 601 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 602 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 603 esac }
 604 complete -F _g_h2order_compl g_h2order
 605 shopt -s extglob
 606 _g_hbond_compl() {
 607 local p c
 608 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 609 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -num -g -ac -dist -ang -hx -hbn -hbm -don -dan -life -nhbdist -h -version -nice -b -e -dt -tu -xvg -a -r -noda -r2 -abin -rbin -nonitacc -contact -shell -fitstart -fitstart -temp -smooth -dump -max_hb -nomerge -geminate -diff -nthreads -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
 610 case "$p" in
 611 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' fs ps ns us ms s ' -- $c ));;
 612 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 613 -geminate) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none dd ad aa a4 ' -- $c ));;
 614 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
 615 -fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 erffit ' -- $c ));;
 616 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 617 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 618 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 619 -num) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 620 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 621 -ac) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 622 -dist) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 623 -ang) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 624 -hx) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 625 -hbn) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 626 -hbm) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 627 -don) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 628 -dan) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 629 -life) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 630 -nhbdist) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 631 esac }
 632 complete -F _g_hbond_compl g_hbond
 633 shopt -s extglob
 634 _g_helix_compl() {
 635 local p c
 636 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 637 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -n -f -to -cz -co -h -version -nice -b -e -dt -w -r0 -q -noF -db -prop -ev -ahxstart -ahxend' -- $c)); return 0; fi
 638 case "$p" in
 639 -prop) COMPREPLY=( $(compgen -W ' RAD TWIST RISE LEN NHX DIP RMS CPHI RMSA PHI PSI HB3 HB4 HB5 CD222 ' -- $c ));;
 640 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 641 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 642 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 643 -to) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.g87*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 644 -cz) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 645 -co) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 646 esac }
 647 complete -F _g_helix_compl g_helix
 648 shopt -s extglob
 649 _g_helixorient_compl() {
 650 local p c
 651 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 652 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -f -n -oaxis -ocenter -orise -oradius -otwist -obending -otilt -orot -h -version -nice -b -e -dt -xvg -sidechain -incremental' -- $c)); return 0; fi
 653 case "$p" in
 654 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 655 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 656 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 657 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 658 -oaxis) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 659 -ocenter) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 660 -orise) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 661 -oradius) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 662 -otwist) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 663 -obending) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 664 -otilt) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 665 -orot) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 666 esac }
 667 complete -F _g_helixorient_compl g_helixorient
 668 shopt -s extglob
 669 _g_hydorder_compl() {
 670 local p c
 671 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 672 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -s -o -or -Spect -h -version -nice -b -e -dt -w -d -bw -sgang1 -sgang2 -tblock -nlevel' -- $c)); return 0; fi
 673 case "$p" in
 674 -d) COMPREPLY=( $(compgen -W ' z x y ' -- $c ));;
 675 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 676 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 677 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 678 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 679 -or) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.out*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 680 -Spect) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.out*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 681 esac }
 682 complete -F _g_hydorder_compl g_hydorder
 683 shopt -s extglob
 684 _g_kinetics_compl() {
 685 local p c
 686 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 687 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -d -d2 -o -o2 -o3 -ee -g -m -h -version -nice -tu -w -xvg -notime -b -e -bfit -efit -T -n -cut -ucut -euf -efu -ei -maxiter -noback -tol -skip -nosplit -nosum -nodiscrete -mult' -- $c)); return 0; fi
 688 case "$p" in
 689 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' fs ps ns us ms s ' -- $c ));;
 690 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 691 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 692 -d) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 693 -d2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 694 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 695 -o2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 696 -o3) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 697 -ee) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 698 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 699 -m) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 700 esac }
 701 complete -F _g_kinetics_compl g_kinetics
 702 shopt -s extglob
 703 _g_lie_compl() {
 704 local p c
 705 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 706 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -o -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -Elj -Eqq -Clj -Cqq -ligand' -- $c)); return 0; fi
 707 case "$p" in
 708 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 709 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 710 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 711 esac }
 712 complete -F _g_lie_compl g_lie
 713 shopt -s extglob
 714 _g_mdmat_compl() {
 715 local p c
 716 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 717 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -mean -frames -no -h -version -nice -b -e -dt -xvg -t -nlevels' -- $c)); return 0; fi
 718 case "$p" in
 719 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 720 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 721 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 722 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 723 -mean) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 724 -frames) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 725 -no) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 726 esac }
 727 complete -F _g_mdmat_compl g_mdmat
 728 shopt -s extglob
 729 _g_membed_compl() {
 730 local p c
 731 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 732 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -p -o -x -c -e -dat -h -version -nice -xyinit -xyend -zinit -zend -nxy -nz -rad -pieces -asymmetry -ndiff -maxwarn -start -v -mdrun_path' -- $c)); return 0; fi
 733 case "$p" in
 734 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 735 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 736 -p) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.top*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 737 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 738 -x) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xtc*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 739 -c) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 740 -e) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 741 -dat) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 742 esac }
 743 complete -F _g_membed_compl g_membed
 744 shopt -s extglob
 745 _g_mindist_compl() {
 746 local p c
 747 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 748 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -od -on -o -ox -or -h -version -nice -b -e -dt -tu -w -xvg -matrix -max -d -group -pi -split -ng -nopbc -respertime -printresname' -- $c)); return 0; fi
 749 case "$p" in
 750 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' fs ps ns us ms s ' -- $c ));;
 751 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 752 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 753 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 754 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 755 -od) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 756 -on) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 757 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.out*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 758 -ox) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 759 -or) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 760 esac }
 761 complete -F _g_mindist_compl g_mindist
 762 shopt -s extglob
 763 _g_morph_compl() {
 764 local p c
 765 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 766 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f1 -f2 -o -or -n -h -version -nice -w -xvg -ninterm -first -last -nofit' -- $c)); return 0; fi
 767 case "$p" in
 768 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 769 -f1) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 770 -f2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 771 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 772 -or) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 773 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 774 esac }
 775 complete -F _g_morph_compl g_morph
 776 shopt -s extglob
 777 _g_msd_compl() {
 778 local p c
 779 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 780 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -o -mol -pdb -h -version -nice -b -e -tu -w -xvg -type -lateral -ten -ngroup -nomw -rmcomm -tpdb -trestart -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
 781 case "$p" in
 782 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' fs ps ns us ms s ' -- $c ));;
 783 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 784 -type) COMPREPLY=( $(compgen -W ' no x y z ' -- $c ));;
 785 -lateral) COMPREPLY=( $(compgen -W ' no x y z ' -- $c ));;
 786 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 787 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 788 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 789 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 790 -mol) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 791 -pdb) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 792 esac }
 793 complete -F _g_msd_compl g_msd
 794 shopt -s extglob
 795 _gmxcheck_compl() {
 796 local p c
 797 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 798 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -f2 -s1 -s2 -c -e -e2 -n -m -h -version -nice -vdwfac -bonlo -bonhi -rmsd -tol -abstol -ab -lastener' -- $c)); return 0; fi
 799 case "$p" in
 800 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 801 -f2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 802 -s1) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 803 -s2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 804 -c) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 805 -e) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 806 -e2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 807 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 808 -m) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.tex*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 809 esac }
 810 complete -F _gmxcheck_compl gmxcheck
 811 shopt -s extglob
 812 _gmxdump_compl() {
 813 local p c
 814 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 815 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -f -e -cp -p -mtx -om -h -version -nice -nonr -sys' -- $c)); return 0; fi
 816 case "$p" in
 817 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 818 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 819 -e) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 820 -cp) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.cpt*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 821 -p) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.top*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 822 -mtx) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.mtx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 823 -om) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.mdp*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 824 esac }
 825 complete -F _gmxdump_compl gmxdump
 826 shopt -s extglob
 827 _g_nmeig_compl() {
 828 local p c
 829 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 830 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -of -ol -os -qc -v -h -version -nice -xvg -nom -first -last -maxspec -T -constr -width' -- $c)); return 0; fi
 831 case "$p" in
 832 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 833 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.mtx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 834 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 835 -of) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 836 -ol) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 837 -os) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 838 -qc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 839 -v) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 840 esac }
 841 complete -F _g_nmeig_compl g_nmeig
 842 shopt -s extglob
 843 _g_nmens_compl() {
 844 local p c
 845 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 846 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -v -e -s -n -o -h -version -nice -xvg -temp -seed -num -first -last' -- $c)); return 0; fi
 847 case "$p" in
 848 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 849 -v) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 850 -e) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 851 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 852 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 853 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 854 esac }
 855 complete -F _g_nmens_compl g_nmens
 856 shopt -s extglob
 857 _g_nmtraj_compl() {
 858 local p c
 859 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 860 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -v -o -h -version -nice -eignr -phases -temp -amplitude -nframes' -- $c)); return 0; fi
 861 case "$p" in
 862 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 863 -v) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 864 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 865 esac }
 866 complete -F _g_nmtraj_compl g_nmtraj
 867 shopt -s extglob
 868 _g_options_compl() {
 869 local p c
 870 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 871 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -h -version -nice' -- $c)); return 0; fi
 872 case "$p" in
 873 esac }
 874 complete -F _g_options_compl g_options
 875 shopt -s extglob
 876 _g_order_compl() {
 877 local p c
 878 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 879 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -nr -s -o -od -ob -os -Sg -Sk -Sgsl -Sksl -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -d -sl -szonly -unsat -permolecule -radial -calcdist' -- $c)); return 0; fi
 880 case "$p" in
 881 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 882 -d) COMPREPLY=( $(compgen -W ' z x y ' -- $c ));;
 883 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 884 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 885 -nr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 886 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 887 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 888 -od) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 889 -ob) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 890 -os) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 891 -Sg) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 892 -Sk) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 893 -Sgsl) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 894 -Sksl) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 895 esac }
 896 complete -F _g_order_compl g_order
 897 shopt -s extglob
 898 _g_pme_error_compl() {
 899 local p c
 900 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 901 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -o -so -h -version -nice -beta -tune -self -seed -v' -- $c)); return 0; fi
 902 case "$p" in
 903 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 904 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.out*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 905 -so) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 906 esac }
 907 complete -F _g_pme_error_compl g_pme_error
 908 shopt -s extglob
 909 _g_polystat_compl() {
 910 local p c
 911 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 912 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -f -n -o -v -p -i -h -version -nice -b -e -dt -tu -w -xvg -nomw -pc' -- $c)); return 0; fi
 913 case "$p" in
 914 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' fs ps ns us ms s ' -- $c ));;
 915 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 916 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 917 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 918 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 919 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 920 -v) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 921 -p) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 922 -i) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 923 esac }
 924 complete -F _g_polystat_compl g_polystat
 925 shopt -s extglob
 926 _g_potential_compl() {
 927 local p c
 928 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 929 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -s -o -oc -of -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -d -sl -cb -ce -tz -spherical -ng -correct' -- $c)); return 0; fi
 930 case "$p" in
 931 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 932 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 933 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 934 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 935 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 936 -oc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 937 -of) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 938 esac }
 939 complete -F _g_potential_compl g_potential
 940 shopt -s extglob
 941 _g_principal_compl() {
 942 local p c
 943 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 944 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -a1 -a2 -a3 -om -h -version -nice -b -e -dt -tu -w -foo' -- $c)); return 0; fi
 945 case "$p" in
 946 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' fs ps ns us ms s ' -- $c ));;
 947 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 948 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 949 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 950 -a1) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 951 -a2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 952 -a3) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 953 -om) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 954 esac }
 955 complete -F _g_principal_compl g_principal
 956 shopt -s extglob
 957 _g_protonate_compl() {
 958 local p c
 959 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 960 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -f -n -o -h -version -nice -b -e -dt' -- $c)); return 0; fi
 961 case "$p" in
 962 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 963 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 964 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 965 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 966 esac }
 967 complete -F _g_protonate_compl g_protonate
 968 shopt -s extglob
 969 _g_rama_compl() {
 970 local p c
 971 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 972 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -o -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg' -- $c)); return 0; fi
 973 case "$p" in
 974 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 975 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 976 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 977 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 978 esac }
 979 complete -F _g_rama_compl g_rama
 980 shopt -s extglob
 981 _g_rdf_compl() {
 982 local p c
 983 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 984 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -d -o -sq -cn -hq -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -bin -com -surf -rdf -nopbc -nonorm -xy -cut -ng -fade -nlevel -startq -endq -energy' -- $c)); return 0; fi
 985 case "$p" in
 986 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 987 -surf) COMPREPLY=( $(compgen -W ' no mol res ' -- $c ));;
 988 -rdf) COMPREPLY=( $(compgen -W ' atom mol_com mol_cog res_com res_cog ' -- $c ));;
 989 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 990 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 991 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 992 -d) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 993 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 994 -sq) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 995 -cn) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 996 -hq) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 997 esac }
 998 complete -F _g_rdf_compl g_rdf
 999 shopt -s extglob
1000 _g_rms_compl() {
1001 local p c
1002 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1003 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -f -f2 -n -o -mir -a -dist -m -bin -bm -h -version -nice -b -e -dt -tu -w -xvg -what -nopbc -fit -prev -split -skip -skip2 -max -min -bmax -bmin -nomw -nlevels -ng' -- $c)); return 0; fi
1004 case "$p" in
1005 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' fs ps ns us ms s ' -- $c ));;
1006 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1007 -what) COMPREPLY=( $(compgen -W ' rmsd rho rhosc ' -- $c ));;
1008 -fit) COMPREPLY=( $(compgen -W ' rot+trans translation none ' -- $c ));;
1009 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1010 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1011 -f2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1012 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1013 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1014 -mir) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1015 -a) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1016 -dist) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1017 -m) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1018 -bin) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1019 -bm) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1020 esac }
1021 complete -F _g_rms_compl g_rms
1022 shopt -s extglob
1023 _g_rmsdist_compl() {
1024 local p c
1025 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1026 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -equiv -o -rms -scl -mean -nmr3 -nmr6 -noe -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -nlevels -max -nosumh -nopbc' -- $c)); return 0; fi
1027 case "$p" in
1028 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1029 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1030 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1031 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1032 -equiv) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1033 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1034 -rms) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1035 -scl) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1036 -mean) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1037 -nmr3) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1038 -nmr6) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1039 -noe) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1040 esac }
1041 complete -F _g_rmsdist_compl g_rmsdist
1042 shopt -s extglob
1043 _g_rmsf_compl() {
1044 local p c
1045 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1046 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -q -oq -ox -o -od -oc -dir -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -res -aniso -nofit' -- $c)); return 0; fi
1047 case "$p" in
1048 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1049 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1050 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1051 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1052 -q) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1053 -oq) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1054 -ox) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1055 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1056 -od) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1057 -oc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1058 -dir) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1059 esac }
1060 complete -F _g_rmsf_compl g_rmsf
1061 shopt -s extglob
1062 _grompp_compl() {
1063 local p c
1064 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1065 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -po -c -r -rb -n -p -pp -o -t -e -ref -h -version -nice -v -time -normvsbds -maxwarn -zero -norenum' -- $c)); return 0; fi
1066 case "$p" in
1067 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.mdp*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1068 -po) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.mdp*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1069 -c) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1070 -r) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1071 -rb) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1072 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1073 -p) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.top*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1074 -pp) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.top*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1075 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1076 -t) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1077 -e) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1078 -ref) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1079 esac }
1080 complete -F _grompp_compl grompp
1081 shopt -s extglob
1082 _g_rotacf_compl() {
1083 local p c
1084 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1085 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -o -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -d -noaver -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
1086 case "$p" in
1087 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1088 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
1089 -fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 erffit ' -- $c ));;
1090 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1091 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1092 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1093 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1094 esac }
1095 complete -F _g_rotacf_compl g_rotacf
1096 shopt -s extglob
1097 _g_rotmat_compl() {
1098 local p c
1099 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1100 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -o -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -ref -skip -fitxy -nomw' -- $c)); return 0; fi
1101 case "$p" in
1102 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1103 -ref) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none xyz xy ' -- $c ));;
1104 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1105 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1106 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1107 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1108 esac }
1109 complete -F _g_rotmat_compl g_rotmat
1110 shopt -s extglob
1111 _g_saltbr_compl() {
1112 local p c
1113 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1114 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -h -version -nice -b -e -dt -t -sep' -- $c)); return 0; fi
1115 case "$p" in
1116 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1117 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1118 esac }
1119 complete -F _g_saltbr_compl g_saltbr
1120 shopt -s extglob
1121 _g_sans_compl() {
1122 local p c
1123 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1124 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -f -n -d -pr -sq -prframe -sqframe -h -version -nice -b -e -dt -tu -xvg -mode -mcover -nopbc -startq -endq -qstep -seed -nt' -- $c)); return 0; fi
1125 case "$p" in
1126 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' fs ps ns us ms s ' -- $c ));;
1127 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1128 -mode) COMPREPLY=( $(compgen -W ' direct mc ' -- $c ));;
1129 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1130 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1131 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1132 -d) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1133 -pr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1134 -sq) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1135 -prframe) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1136 -sqframe) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1137 esac }
1138 complete -F _g_sans_compl g_sans
1139 shopt -s extglob
1140 _g_sas_compl() {
1141 local p c
1142 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1143 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -o -or -oa -tv -q -n -i -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -probe -ndots -qmax -f_index -minarea -nopbc -noprot -dgs' -- $c)); return 0; fi
1144 case "$p" in
1145 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1146 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1147 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1148 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1149 -or) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1150 -oa) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1151 -tv) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1152 -q) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1153 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1154 -i) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.itp*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1155 esac }
1156 complete -F _g_sas_compl g_sas
1157 shopt -s extglob
1158 _g_select_compl() {
1159 local p c
1160 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1161 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -sf -n -os -oc -oi -om -on -h -version -nice -b -e -dt -xvg -normpbc -nopbc -select -selrpos -seltype -dump -norm -cfnorm -resnr' -- $c)); return 0; fi
1162 case "$p" in
1163 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1164 -selrpos) COMPREPLY=( $(compgen -W ' atom res_com res_cog mol_com mol_cog whole_res_com whole_res_cog whole_mol_com whole_mol_cog part_res_com part_res_cog part_mol_com part_mol_cog dyn_res_com dyn_res_cog dyn_mol_com dyn_mol_cog ' -- $c ));;
1165 -seltype) COMPREPLY=( $(compgen -W ' atom res_com res_cog mol_com mol_cog whole_res_com whole_res_cog whole_mol_com whole_mol_cog part_res_com part_res_cog part_mol_com part_mol_cog dyn_res_com dyn_res_cog dyn_mol_com dyn_mol_cog ' -- $c ));;
1166 -resnr) COMPREPLY=( $(compgen -W ' number index ' -- $c ));;
1167 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1168 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1169 -sf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1170 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1171 -os) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1172 -oc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1173 -oi) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1174 -om) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1175 -on) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1176 esac }
1177 complete -F _g_select_compl g_select
1178 shopt -s extglob
1179 _g_sgangle_compl() {
1180 local p c
1181 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1182 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -s -oa -od -od1 -od2 -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -one -z' -- $c)); return 0; fi
1183 case "$p" in
1184 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1185 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1186 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1187 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1188 -oa) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1189 -od) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1190 -od1) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1191 -od2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1192 esac }
1193 complete -F _g_sgangle_compl g_sgangle
1194 shopt -s extglob
1195 _g_sham_compl() {
1196 local p c
1197 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1198 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -ge -ene -dist -histo -bin -lp -ls -lsh -lss -map -ls3 -mdata -g -h -version -nice -w -xvg -notime -b -e -ttol -n -d -bw -nosham -tsham -pmin -dim -ngrid -xmin -xmax -pmax -gmax -emin -emax -nlevels -mname' -- $c)); return 0; fi
1199 case "$p" in
1200 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1201 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1202 -ge) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1203 -ene) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1204 -dist) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1205 -histo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1206 -bin) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1207 -lp) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1208 -ls) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1209 -lsh) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1210 -lss) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1211 -map) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1212 -ls3) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1213 -mdata) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1214 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1215 esac }
1216 complete -F _g_sham_compl g_sham
1217 shopt -s extglob
1218 _g_sigeps_compl() {
1219 local p c
1220 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1221 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -o -h -version -nice -w -xvg -c6 -cn -pow -sig -eps -A -B -C -qi -qj -sigfac' -- $c)); return 0; fi
1222 case "$p" in
1223 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1224 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1225 esac }
1226 complete -F _g_sigeps_compl g_sigeps
1227 shopt -s extglob
1228 _g_sorient_compl() {
1229 local p c
1230 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1231 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -o -no -ro -co -rc -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -com -v23 -rmin -rmax -cbin -rbin -pbc' -- $c)); return 0; fi
1232 case "$p" in
1233 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1234 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1235 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1236 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1237 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1238 -no) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1239 -ro) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1240 -co) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1241 -rc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1242 esac }
1243 complete -F _g_sorient_compl g_sorient
1244 shopt -s extglob
1245 _g_spatial_compl() {
1246 local p c
1247 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1248 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -f -n -h -version -nice -b -e -dt -w -pbc -nodiv -ign -bin -nab' -- $c)); return 0; fi
1249 case "$p" in
1250 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1251 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1252 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1253 esac }
1254 complete -F _g_spatial_compl g_spatial
1255 shopt -s extglob
1256 _g_spol_compl() {
1257 local p c
1258 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1259 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -o -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -com -refat -rmin -rmax -dip -bw' -- $c)); return 0; fi
1260 case "$p" in
1261 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1262 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1263 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1264 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1265 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1266 esac }
1267 complete -F _g_spol_compl g_spol
1268 shopt -s extglob
1269 _g_tcaf_compl() {
1270 local p c
1271 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1272 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -ot -oa -o -of -oc -ov -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -mol -k34 -wt -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
1273 case "$p" in
1274 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1275 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
1276 -fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 erffit ' -- $c ));;
1277 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1278 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1279 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1280 -ot) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1281 -oa) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1282 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1283 -of) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1284 -oc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1285 -ov) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1286 esac }
1287 complete -F _g_tcaf_compl g_tcaf
1288 shopt -s extglob
1289 _g_traj_compl() {
1290 local p c
1291 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1292 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -ox -oxt -ov -of -ob -ot -ekt -ekr -vd -cv -cf -av -af -h -version -nice -b -e -dt -tu -w -xvg -com -nopbc -mol -nojump -nox -noy -noz -ng -len -fp -bin -ctime -scale' -- $c)); return 0; fi
1293 case "$p" in
1294 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' fs ps ns us ms s ' -- $c ));;
1295 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1296 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1297 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1298 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1299 -ox) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1300 -oxt) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1301 -ov) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1302 -of) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1303 -ob) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1304 -ot) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1305 -ekt) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1306 -ekr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1307 -vd) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1308 -cv) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1309 -cf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1310 -av) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1311 -af) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1312 esac }
1313 complete -F _g_traj_compl g_traj
1314 shopt -s extglob
1315 _g_tune_pme_compl() {
1316 local p c
1317 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1318 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -p -err -so -s -o -x -cpi -cpo -c -e -g -dhdl -field -table -tabletf -tablep -tableb -rerun -tpi -tpid -ei -eo -j -jo -ffout -devout -runav -px -pf -ro -ra -rs -rt -mtx -dn -bo -bx -bcpo -bc -be -bg -beo -bdhdl -bfield -btpi -btpid -bjo -bffout -bdevout -brunav -bpx -bpf -bro -bra -brs -brt -bmtx -bdn -h -version -nice -xvg -np -npstring -ntmpi -r -max -min -npme -fix -rmax -rmin -noscalevdw -ntpr -steps -resetstep -simsteps -launch -nobench -noappend -cpnum' -- $c)); return 0; fi
1319 case "$p" in
1320 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1321 -npstring) COMPREPLY=( $(compgen -W ' -np -n none ' -- $c ));;
1322 -npme) COMPREPLY=( $(compgen -W ' auto all subset ' -- $c ));;
1323 -p) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.out*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1324 -err) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1325 -so) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1326 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1327 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1328 -x) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xtc*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1329 -cpi) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.cpt*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1330 -cpo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.cpt*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1331 -c) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1332 -e) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1333 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1334 -dhdl) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1335 -field) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1336 -table) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1337 -tabletf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1338 -tablep) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1339 -tableb) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1340 -rerun) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1341 -tpi) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1342 -tpid) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1343 -ei) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edi*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1344 -eo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1345 -j) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.gct*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1346 -jo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.gct*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1347 -ffout) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1348 -devout) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1349 -runav) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1350 -px) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1351 -pf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1352 -ro) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1353 -ra) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1354 -rs) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1355 -rt) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1356 -mtx) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.mtx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1357 -dn) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1358 -bo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1359 -bx) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xtc*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1360 -bcpo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.cpt*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1361 -bc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1362 -be) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1363 -bg) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1364 -beo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1365 -bdhdl) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1366 -bfield) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1367 -btpi) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1368 -btpid) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1369 -bjo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.gct*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1370 -bffout) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1371 -bdevout) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1372 -brunav) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1373 -bpx) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1374 -bpf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1375 -bro) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1376 -bra) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1377 -brs) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1378 -brt) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1379 -bmtx) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.mtx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1380 -bdn) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1381 esac }
1382 complete -F _g_tune_pme_compl g_tune_pme
1383 shopt -s extglob
1384 _g_vanhove_compl() {
1385 local p c
1386 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1387 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -om -or -ot -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -sqrt -fm -rmax -rbin -mmax -nlevels -nr -fr -rt -ft' -- $c)); return 0; fi
1388 case "$p" in
1389 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1390 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1391 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1392 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1393 -om) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1394 -or) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1395 -ot) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1396 esac }
1397 complete -F _g_vanhove_compl g_vanhove
1398 shopt -s extglob
1399 _g_velacc_compl() {
1400 local p c
1401 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1402 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -o -os -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -m -norecip -mol -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
1403 case "$p" in
1404 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1405 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
1406 -fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 erffit ' -- $c ));;
1407 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1408 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1409 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1410 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1411 -os) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1412 esac }
1413 complete -F _g_velacc_compl g_velacc
1414 shopt -s extglob
1415 _g_wham_compl() {
1416 local p c
1417 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1418 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -ix -if -it -ip -o -hist -oiact -iiact -bsres -bsprof -tab -h -version -nice -xvg -min -max -noauto -bins -temp -tol -v -b -e -dt -histonly -boundsonly -nolog -unit -zprof0 -cycl -sym -ac -acsig -ac-trestart -nBootstrap -bs-method -bs-tau -bs-seed -histbs-block -vbs' -- $c)); return 0; fi
1419 case "$p" in
1420 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1421 -unit) COMPREPLY=( $(compgen -W ' kJ kCal kT ' -- $c ));;
1422 -bs-method) COMPREPLY=( $(compgen -W ' b-hist hist traj traj-gauss ' -- $c ));;
1423 -ix) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1424 -if) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1425 -it) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1426 -ip) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1427 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1428 -hist) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1429 -oiact) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1430 -iiact) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1431 -bsres) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1432 -bsprof) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1433 -tab) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1434 esac }
1435 complete -F _g_wham_compl g_wham
1436 shopt -s extglob
1437 _g_wheel_compl() {
1438 local p c
1439 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1440 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -o -h -version -nice -r0 -rot0 -T -nonn' -- $c)); return 0; fi
1441 case "$p" in
1442 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1443 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.eps*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1444 esac }
1445 complete -F _g_wheel_compl g_wheel
1446 shopt -s extglob
1447 _g_x2top_compl() {
1448 local p c
1449 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1450 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -o -r -h -version -nice -ff -v -nexcl -noH14 -alldih -remdih -nopairs -name -nopbc -pdbq -noparam -noround -kb -kt -kp' -- $c)); return 0; fi
1451 case "$p" in
1452 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1453 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.top*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1454 -r) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.rtp*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1455 esac }
1456 complete -F _g_x2top_compl g_x2top
1457 shopt -s extglob
1458 _g_xrama_compl() {
1459 local p c
1460 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1461 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -h -version -nice -b -e -dt' -- $c)); return 0; fi
1462 case "$p" in
1463 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1464 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1465 esac }
1466 complete -F _g_xrama_compl g_xrama
1467 shopt -s extglob
1468 _make_edi_compl() {
1469 local p c
1470 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1471 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -eig -s -n -tar -ori -o -h -version -nice -xvg -mon -linfix -linacc -radfix -radacc -radcon -flood -outfrq -slope -linstep -accdir -radstep -maxedsteps -eqsteps -deltaF0 -deltaF -tau -Eflnull -T -alpha -restrain -hessian -harmonic -constF' -- $c)); return 0; fi
1472 case "$p" in
1473 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1474 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1475 -eig) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1476 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1477 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1478 -tar) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1479 -ori) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1480 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edi*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1481 esac }
1482 complete -F _make_edi_compl make_edi
1483 shopt -s extglob
1484 _make_ndx_compl() {
1485 local p c
1486 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1487 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -o -h -version -nice -natoms' -- $c)); return 0; fi
1488 case "$p" in
1489 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1490 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1491 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1492 esac }
1493 complete -F _make_ndx_compl make_ndx
1494 shopt -s extglob
1495 _mdrun_compl() {
1496 local p c
1497 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1498 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -o -x -cpi -cpo -c -e -g -dhdl -field -table -tabletf -tablep -tableb -rerun -tpi -tpid -ei -eo -j -jo -ffout -devout -runav -px -pf -ro -ra -rs -rt -mtx -dn -multidir -membed -mp -mn -h -version -nice -deffnm -xvg -pd -dd -ddorder -npme -nt -ntmpi -ntomp -ntomp_pme -pin -pinoffset -pinstride -gpu_id -noddcheck -rdd -rcon -dlb -dds -gcom -nb -notunepme -testverlet -v -nocompact -seppot -pforce -reprod -cpt -cpnum -noappend -nsteps -maxh -multi -replex -nex -reseed -ionize' -- $c)); return 0; fi
1499 case "$p" in
1500 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1501 -ddorder) COMPREPLY=( $(compgen -W ' interleave pp_pme cartesian ' -- $c ));;
1502 -pin) COMPREPLY=( $(compgen -W ' auto on off ' -- $c ));;
1503 -dlb) COMPREPLY=( $(compgen -W ' auto no yes ' -- $c ));;
1504 -nb) COMPREPLY=( $(compgen -W ' auto cpu gpu gpu_cpu ' -- $c ));;
1505 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1506 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1507 -x) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xtc*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1508 -cpi) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.cpt*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1509 -cpo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.cpt*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1510 -c) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1511 -e) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1512 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1513 -dhdl) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1514 -field) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1515 -table) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1516 -tabletf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1517 -tablep) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1518 -tableb) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1519 -rerun) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1520 -tpi) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1521 -tpid) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1522 -ei) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edi*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1523 -eo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1524 -j) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.gct*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1525 -jo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.gct*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1526 -ffout) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1527 -devout) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1528 -runav) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1529 -px) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1530 -pf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1531 -ro) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1532 -ra) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1533 -rs) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1534 -rt) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1535 -mtx) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.mtx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1536 -dn) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1537 -multidir) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1538 -membed) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1539 -mp) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.top*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1540 -mn) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1541 esac }
1542 complete -F _mdrun_compl mdrun
1543 shopt -s extglob
1544 _mdrun_mpi_compl() {
1545 local p c
1546 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1547 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -o -x -cpi -cpo -c -e -g -dhdl -field -table -tabletf -tablep -tableb -rerun -tpi -tpid -ei -eo -j -jo -ffout -devout -runav -px -pf -ro -ra -rs -rt -mtx -dn -multidir -membed -mp -mn -h -version -nice -deffnm -xvg -pd -dd -ddorder -npme -nt -ntmpi -ntomp -ntomp_pme -pin -pinoffset -pinstride -gpu_id -noddcheck -rdd -rcon -dlb -dds -gcom -nb -notunepme -testverlet -v -nocompact -seppot -pforce -reprod -cpt -cpnum -noappend -nsteps -maxh -multi -replex -nex -reseed -ionize' -- $c)); return 0; fi
1548 case "$p" in
1549 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1550 -ddorder) COMPREPLY=( $(compgen -W ' interleave pp_pme cartesian ' -- $c ));;
1551 -pin) COMPREPLY=( $(compgen -W ' auto on off ' -- $c ));;
1552 -dlb) COMPREPLY=( $(compgen -W ' auto no yes ' -- $c ));;
1553 -nb) COMPREPLY=( $(compgen -W ' auto cpu gpu gpu_cpu ' -- $c ));;
1554 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1555 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1556 -x) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xtc*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1557 -cpi) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.cpt*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1558 -cpo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.cpt*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1559 -c) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1560 -e) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1561 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1562 -dhdl) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1563 -field) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1564 -table) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1565 -tabletf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1566 -tablep) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1567 -tableb) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1568 -rerun) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1569 -tpi) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1570 -tpid) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1571 -ei) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edi*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1572 -eo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1573 -j) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.gct*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1574 -jo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.gct*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1575 -ffout) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1576 -devout) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1577 -runav) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1578 -px) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1579 -pf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1580 -ro) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1581 -ra) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1582 -rs) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1583 -rt) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1584 -mtx) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.mtx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1585 -dn) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1586 -multidir) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.line_buf*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1587 -membed) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1588 -mp) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.top*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1589 -mn) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1590 esac }
1591 complete -F _mdrun_mpi_compl mdrun_mpi
1592 shopt -s extglob
1593 _mk_angndx_compl() {
1594 local p c
1595 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1596 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -n -h -version -nice -type -nohyd -hq' -- $c)); return 0; fi
1597 case "$p" in
1598 -type) COMPREPLY=( $(compgen -W ' angle dihedral improper ryckaert-bellemans ' -- $c ));;
1599 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1600 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1601 esac }
1602 complete -F _mk_angndx_compl mk_angndx
1603 shopt -s extglob
1604 _ngmx_compl() {
1605 local p c
1606 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1607 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -h -version -nice -b -e -dt' -- $c)); return 0; fi
1608 case "$p" in
1609 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1610 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1611 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1612 esac }
1613 complete -F _ngmx_compl ngmx
1614 shopt -s extglob
1615 _pdb2gmx_compl() {
1616 local p c
1617 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1618 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -o -p -i -n -q -h -version -nice -chainsep -merge -ff -water -inter -ss -ter -lys -arg -asp -glu -gln -his -angle -dist -una -ignh -missing -v -posrefc -vsite -heavyh -deuterate -nochargegrp -nocmap -renum -rtpres' -- $c)); return 0; fi
1619 case "$p" in
1620 -chainsep) COMPREPLY=( $(compgen -W ' id_or_ter id_and_ter ter id interactive ' -- $c ));;
1621 -merge) COMPREPLY=( $(compgen -W ' no all interactive ' -- $c ));;
1622 -water) COMPREPLY=( $(compgen -W ' select none spc spce tip3p tip4p tip5p ' -- $c ));;
1623 -vsite) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none hydrogens aromatics ' -- $c ));;
1624 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1625 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1626 -p) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.top*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1627 -i) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.itp*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1628 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1629 -q) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1630 esac }
1631 complete -F _pdb2gmx_compl pdb2gmx
1632 shopt -s extglob
1633 _tpbconv_compl() {
1634 local p c
1635 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1636 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -f -e -n -o -h -version -nice -extend -until -nsteps -time -zeroq -novel -nocont -init_fep_state' -- $c)); return 0; fi
1637 case "$p" in
1638 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1639 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1640 -e) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1641 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1642 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1643 esac }
1644 complete -F _tpbconv_compl tpbconv
1645 shopt -s extglob
1646 _trjcat_compl() {
1647 local p c
1648 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1649 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -o -n -demux -h -version -nice -tu -xvg -b -e -dt -prec -novel -settime -nosort -keeplast -overwrite -cat' -- $c)); return 0; fi
1650 case "$p" in
1651 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' fs ps ns us ms s ' -- $c ));;
1652 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1653 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1654 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1655 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1656 -demux) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1657 esac }
1658 complete -F _trjcat_compl trjcat
1659 shopt -s extglob
1660 _trjconv_compl() {
1661 local p c
1662 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1663 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -o -s -n -fr -sub -drop -h -version -nice -b -e -tu -w -xvg -skip -dt -round -dump -t0 -timestep -pbc -ur -center -boxcenter -box -clustercenter -trans -shift -fit -ndec -novel -force -trunc -exec -app -split -sep -nzero -dropunder -dropover -conect' -- $c)); return 0; fi
1664 case "$p" in
1665 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' fs ps ns us ms s ' -- $c ));;
1666 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1667 -pbc) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none mol res atom nojump cluster whole ' -- $c ));;
1668 -ur) COMPREPLY=( $(compgen -W ' rect tric compact ' -- $c ));;
1669 -boxcenter) COMPREPLY=( $(compgen -W ' tric rect zero ' -- $c ));;
1670 -fit) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none rot+trans rotxy+transxy translation transxy progressive ' -- $c ));;
1671 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1672 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1673 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1674 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1675 -fr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1676 -sub) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1677 -drop) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1678 esac }
1679 complete -F _trjconv_compl trjconv
1680 shopt -s extglob
1681 _trjorder_compl() {
1682 local p c
1683 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1684 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -o -nshell -h -version -nice -b -e -dt -xvg -na -da -com -r -z' -- $c)); return 0; fi
1685 case "$p" in
1686 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1687 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1688 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1689 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1690 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1691 -nshell) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1692 esac }
1693 complete -F _trjorder_compl trjorder
1694 shopt -s extglob
1695 _xpm2ps_compl() {
1696 local p c
1697 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1698 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -f2 -di -do -o -xpm -h -version -nice -w -noframe -title -yonce -legend -diag -size -bx -by -rainbow -gradient -skip -zeroline -legoffset -combine -cmin -cmax' -- $c)); return 0; fi
1699 case "$p" in
1700 -title) COMPREPLY=( $(compgen -W ' top once ylabel none ' -- $c ));;
1701 -legend) COMPREPLY=( $(compgen -W ' both first second none ' -- $c ));;
1702 -diag) COMPREPLY=( $(compgen -W ' first second none ' -- $c ));;
1703 -rainbow) COMPREPLY=( $(compgen -W ' no blue red ' -- $c ));;
1704 -combine) COMPREPLY=( $(compgen -W ' halves add sub mult div ' -- $c ));;
1705 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1706 -f2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1707 -di) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.m2p*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1708 -do) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.m2p*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1709 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.eps*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1710 -xpm) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1711 esac }
1712 complete -F _xpm2ps_compl xpm2ps