scripts/completion.bash

   1 shopt -s extglob
   2 _do_dssp_compl() {
   3 local p c
   4 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
   5 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -ssdump -map -o -sc -a -ta -aa -h -version -nice -b -e -dt -tu -w -xvg -sss' -- $c)); return 0; fi
   6 case "$p" in
   7 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' fs ps ns us ms s ' -- $c ));;
   8 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
   9 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  10 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  11 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  12 -ssdump) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  13 -map) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.map*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  14 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  15 -sc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  16 -a) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  17 -ta) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  18 -aa) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  19 esac }
  20 complete -F _do_dssp_compl do_dssp
  21 shopt -s extglob
  22 _editconf_compl() {
  23 local p c
  24 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
  25 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -o -mead -bf -h -version -nice -w -ndef -bt -box -angles -d -c -center -aligncenter -align -translate -rotate -princ -scale -density -pbc -resnr -grasp -rvdw -sig56 -vdwread -atom -legend -label -conect' -- $c)); return 0; fi
  26 case "$p" in
  27 -bt) COMPREPLY=( $(compgen -W ' triclinic cubic dodecahedron octahedron ' -- $c ));;
  28 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  29 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  30 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  31 -mead) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pqr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  32 -bf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  33 esac }
  34 complete -F _editconf_compl editconf
  35 shopt -s extglob
  36 _eneconv_compl() {
  37 local p c
  38 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
  39 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -o -h -version -nice -b -e -dt -offset -settime -nosort -rmdh -scalefac -noerror' -- $c)); return 0; fi
  40 case "$p" in
  41 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  42 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  43 esac }
  44 complete -F _eneconv_compl eneconv
  45 shopt -s extglob
  46 _g_anadock_compl() {
  47 local p c
  48 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
  49 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -ox -od -of -g -h -version -nice -xvg -free -norms -cutoff' -- $c)); return 0; fi
  50 case "$p" in
  51 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
  52 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  53 -ox) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  54 -od) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  55 -of) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  56 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  57 esac }
  58 complete -F _g_anadock_compl g_anadock
  59 shopt -s extglob
  60 _g_anaeig_compl() {
  61 local p c
  62 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
  63 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -v -v2 -f -s -n -eig -eig2 -comp -rmsf -proj -2d -3d -filt -extr -over -inpr -h -version -nice -b -e -dt -tu -w -xvg -first -last -skip -max -nframes -split -entropy -temp -nevskip' -- $c)); return 0; fi
  64 case "$p" in
  65 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' fs ps ns us ms s ' -- $c ));;
  66 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
  67 -v) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  68 -v2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  69 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  70 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  71 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  72 -eig) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  73 -eig2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  74 -comp) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  75 -rmsf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  76 -proj) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  77 -2d) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  78 -3d) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  79 -filt) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  80 -extr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  81 -over) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  82 -inpr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  83 esac }
  84 complete -F _g_anaeig_compl g_anaeig
  85 shopt -s extglob
  86 _g_analyze_compl() {
  87 local p c
  88 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
  89 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -ac -msd -cc -dist -av -ee -bal -g -h -version -nice -w -xvg -notime -b -e -n -d -bw -errbar -integrate -aver_start -xydy -regression -luzar -temp -fitstart -fitend -smooth -filter -power -nosubav -oneacf -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
  90 case "$p" in
  91 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
  92 -errbar) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none stddev error 90 ' -- $c ));;
  93 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
  94 -fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 erffit ' -- $c ));;
  95 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  96 -ac) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  97 -msd) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  98 -cc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  99 -dist) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 100 -av) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 101 -ee) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 102 -bal) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 103 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 104 esac }
 105 complete -F _g_analyze_compl g_analyze
 106 shopt -s extglob
 107 _g_angle_compl() {
 108 local p c
 109 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 110 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -od -ov -of -ot -oh -oc -or -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -type -all -binwidth -noperiodic -chandler -avercorr -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
 111 case "$p" in
 112 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 113 -type) COMPREPLY=( $(compgen -W ' angle dihedral improper ryckaert-bellemans ' -- $c ));;
 114 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
 115 -fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 erffit ' -- $c ));;
 116 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 117 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 118 -od) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 119 -ov) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 120 -of) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 121 -ot) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 122 -oh) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 123 -oc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 124 -or) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.trr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 125 esac }
 126 complete -F _g_angle_compl g_angle
 127 shopt -s extglob
 128 _g_bar_compl() {
 129 local p c
 130 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 131 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -g -o -oi -oh -h -version -nice -w -xvg -b -e -temp -prec -nbmin -nbmax -nbin' -- $c)); return 0; fi
 132 case "$p" in
 133 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 134 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 135 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 136 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 137 -oi) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 138 -oh) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 139 esac }
 140 complete -F _g_bar_compl g_bar
 141 shopt -s extglob
 142 _g_bond_compl() {
 143 local p c
 144 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 145 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -s -o -l -d -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -blen -tol -noaver -noaverdist' -- $c)); return 0; fi
 146 case "$p" in
 147 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 148 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 149 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 150 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 151 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 152 -l) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 153 -d) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 154 esac }
 155 complete -F _g_bond_compl g_bond
 156 shopt -s extglob
 157 _g_bundle_compl() {
 158 local p c
 159 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 160 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -ol -od -oz -ot -otr -otl -ok -okr -okl -oa -h -version -nice -b -e -dt -tu -xvg -na -z' -- $c)); return 0; fi
 161 case "$p" in
 162 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' fs ps ns us ms s ' -- $c ));;
 163 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 164 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 165 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 166 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 167 -ol) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 168 -od) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 169 -oz) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 170 -ot) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 171 -otr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 172 -otl) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 173 -ok) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 174 -okr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 175 -okl) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 176 -oa) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 177 esac }
 178 complete -F _g_bundle_compl g_bundle
 179 shopt -s extglob
 180 _g_chi_compl() {
 181 local p c
 182 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 183 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -f -o -p -ss -jc -corr -g -ot -oh -rt -cp -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -r0 -phi -psi -omega -rama -viol -noperiodic -all -rad -shift -binwidth -core_rotamer -maxchi -nonormhisto -ramomega -bfact -chi_prod -HChi -bmax -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
 184 case "$p" in
 185 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 186 -maxchi) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 4 5 6 ' -- $c ));;
 187 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
 188 -fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 erffit ' -- $c ));;
 189 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 190 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 191 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 192 -p) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 193 -ss) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 194 -jc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 195 -corr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 196 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 197 -ot) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 198 -oh) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 199 -rt) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 200 -cp) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 201 esac }
 202 complete -F _g_chi_compl g_chi
 203 shopt -s extglob
 204 _g_cluster_compl() {
 205 local p c
 206 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 207 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -dm -o -g -dist -ev -sz -tr -ntr -clid -cl -h -version -nice -b -e -dt -tu -w -xvg -dista -nlevels -cutoff -nofit -max -skip -av -wcl -nst -rmsmin -method -minstruct -binary -M -P -seed -niter -kT -nopbc' -- $c)); return 0; fi
 208 case "$p" in
 209 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' fs ps ns us ms s ' -- $c ));;
 210 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 211 -method) COMPREPLY=( $(compgen -W ' linkage jarvis-patrick monte-carlo diagonalization gromos ' -- $c ));;
 212 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 213 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 214 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 215 -dm) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 216 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 217 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 218 -dist) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 219 -ev) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 220 -sz) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 221 -tr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 222 -ntr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 223 -clid) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 224 -cl) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 225 esac }
 226 complete -F _g_cluster_compl g_cluster
 227 shopt -s extglob
 228 _g_clustsize_compl() {
 229 local p c
 230 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 231 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -o -ow -nc -mc -ac -hc -temp -mcn -h -version -nice -b -e -dt -tu -w -xvg -cut -mol -nopbc -nskip -nlevels -ndf -rgblo -rgbhi' -- $c)); return 0; fi
 232 case "$p" in
 233 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' fs ps ns us ms s ' -- $c ));;
 234 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 235 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 236 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.tpr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 237 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 238 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 239 -ow) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 240 -nc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 241 -mc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 242 -ac) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 243 -hc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 244 -temp) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 245 -mcn) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 246 esac }
 247 complete -F _g_clustsize_compl g_clustsize
 248 shopt -s extglob
 249 _g_confrms_compl() {
 250 local p c
 251 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 252 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f1 -f2 -o -n1 -n2 -no -h -version -nice -w -one -nomw -pbc -nofit -name -label -bfac' -- $c)); return 0; fi
 253 case "$p" in
 254 -f1) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 255 -f2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 256 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 257 -n1) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 258 -n2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 259 -no) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 260 esac }
 261 complete -F _g_confrms_compl g_confrms
 262 shopt -s extglob
 263 _g_covar_compl() {
 264 local p c
 265 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 266 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -o -v -av -l -ascii -xpm -xpma -h -version -nice -b -e -dt -tu -xvg -nofit -ref -mwa -last -nopbc' -- $c)); return 0; fi
 267 case "$p" in
 268 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' fs ps ns us ms s ' -- $c ));;
 269 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 270 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 271 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 272 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 273 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 274 -v) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 275 -av) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 276 -l) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 277 -ascii) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 278 -xpm) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 279 -xpma) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 280 esac }
 281 complete -F _g_covar_compl g_covar
 282 shopt -s extglob
 283 _g_current_compl() {
 284 local p c
 285 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 286 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -n -f -o -caf -dsp -md -mj -mc -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -sh -nonojump -eps -bfit -efit -bvit -evit -tr -temp' -- $c)); return 0; fi
 287 case "$p" in
 288 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 289 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 290 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 291 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 292 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 293 -caf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 294 -dsp) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 295 -md) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 296 -mj) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 297 -mc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 298 esac }
 299 complete -F _g_current_compl g_current
 300 shopt -s extglob
 301 _g_density_compl() {
 302 local p c
 303 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 304 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -s -ei -o -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -d -sl -dens -ng -symm -center' -- $c)); return 0; fi
 305 case "$p" in
 306 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 307 -dens) COMPREPLY=( $(compgen -W ' mass number charge electron ' -- $c ));;
 308 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 309 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 310 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 311 -ei) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 312 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 313 esac }
 314 complete -F _g_density_compl g_density
 315 shopt -s extglob
 316 _g_densmap_compl() {
 317 local p c
 318 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 319 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -od -o -h -version -nice -b -e -dt -w -bin -aver -xmin -xmax -n1 -n2 -amax -rmax -mirror -sums -unit -dmin -dmax' -- $c)); return 0; fi
 320 case "$p" in
 321 -aver) COMPREPLY=( $(compgen -W ' z y x ' -- $c ));;
 322 -unit) COMPREPLY=( $(compgen -W ' nm-3 nm-2 count ' -- $c ));;
 323 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 324 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 325 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 326 -od) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 327 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 328 esac }
 329 complete -F _g_densmap_compl g_densmap
 330 shopt -s extglob
 331 _g_densorder_compl() {
 332 local p c
 333 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 334 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -f -n -o -or -og -Spect -h -version -nice -b -e -dt -w -1d -bw -bwn -order -axis -method -d1 -d2 -tblock -nlevel' -- $c)); return 0; fi
 335 case "$p" in
 336 -method) COMPREPLY=( $(compgen -W ' bisect functional ' -- $c ));;
 337 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 338 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 339 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 340 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 341 -or) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.out*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 342 -og) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 343 -Spect) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.out*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 344 esac }
 345 complete -F _g_densorder_compl g_densorder
 346 shopt -s extglob
 347 _g_dielectric_compl() {
 348 local p c
 349 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 350 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -d -o -c -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -fft -nox1 -eint -bfit -efit -tail -A -tau1 -tau2 -eps0 -epsRF -fix -ffn -nsmooth' -- $c)); return 0; fi
 351 case "$p" in
 352 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 353 -ffn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 erffit ' -- $c ));;
 354 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 355 -d) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 356 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 357 -c) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 358 esac }
 359 complete -F _g_dielectric_compl g_dielectric
 360 shopt -s extglob
 361 _g_dih_compl() {
 362 local p c
 363 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 364 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -o -h -version -nice -b -e -dt -w -sa -mult' -- $c)); return 0; fi
 365 case "$p" in
 366 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 367 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 368 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.out*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 369 esac }
 370 complete -F _g_dih_compl g_dih
 371 shopt -s extglob
 372 _g_dipoles_compl() {
 373 local p c
 374 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 375 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -en -f -s -n -o -eps -a -d -c -g -adip -dip3d -cos -cmap -q -slab -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -mu -mumax -epsilonRF -skip -temp -corr -nopairs -ncos -axis -sl -gkratom -gkratom2 -rcmax -phi -nlevels -ndegrees -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
 376 case "$p" in
 377 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 378 -corr) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none mol molsep total ' -- $c ));;
 379 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
 380 -fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 erffit ' -- $c ));;
 381 -en) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 382 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 383 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 384 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 385 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 386 -eps) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 387 -a) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 388 -d) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 389 -c) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 390 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 391 -adip) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 392 -dip3d) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 393 -cos) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 394 -cmap) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 395 -q) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 396 -slab) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 397 esac }
 398 complete -F _g_dipoles_compl g_dipoles
 399 shopt -s extglob
 400 _g_disre_compl() {
 401 local p c
 402 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 403 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -f -ds -da -dn -dm -dr -l -n -q -c -x -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -ntop -maxdr -nlevels -nothird' -- $c)); return 0; fi
 404 case "$p" in
 405 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 406 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 407 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 408 -ds) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 409 -da) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 410 -dn) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 411 -dm) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 412 -dr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 413 -l) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 414 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 415 -q) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 416 -c) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 417 -x) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 418 esac }
 419 complete -F _g_disre_compl g_disre
 420 shopt -s extglob
 421 _g_dist_compl() {
 422 local p c
 423 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 424 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -o -lt -h -version -nice -b -e -dt -xvg -dist' -- $c)); return 0; fi
 425 case "$p" in
 426 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 427 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 428 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 429 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 430 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 431 -lt) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 432 esac }
 433 complete -F _g_dist_compl g_dist
 434 shopt -s extglob
 435 _g_dos_compl() {
 436 local p c
 437 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 438 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -vacf -mvacf -dos -g -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -nov -recip -abs -normdos -T -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
 439 case "$p" in
 440 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 441 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
 442 -fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 erffit ' -- $c ));;
 443 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 444 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 445 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 446 -vacf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 447 -mvacf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 448 -dos) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 449 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 450 esac }
 451 complete -F _g_dos_compl g_dos
 452 shopt -s extglob
 453 _g_dyndom_compl() {
 454 local p c
 455 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 456 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -o -n -h -version -nice -firstangle -lastangle -nframe -maxangle -trans -head -tail' -- $c)); return 0; fi
 457 case "$p" in
 458 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 459 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 460 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 461 esac }
 462 complete -F _g_dyndom_compl g_dyndom
 463 shopt -s extglob
 464 _genbox_compl() {
 465 local p c
 466 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 467 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -cp -cs -ci -o -p -h -version -nice -box -nmol -try -seed -vdwd -shell -maxsol -vel' -- $c)); return 0; fi
 468 case "$p" in
 469 -cp) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 470 -cs) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 471 -ci) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 472 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 473 -p) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.top*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 474 esac }
 475 complete -F _genbox_compl genbox
 476 shopt -s extglob
 477 _genconf_compl() {
 478 local p c
 479 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 480 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -o -trj -h -version -nice -nbox -dist -seed -rot -shuffle -sort -block -nmolat -maxrot -norenumber' -- $c)); return 0; fi
 481 case "$p" in
 482 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 483 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 484 -trj) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 485 esac }
 486 complete -F _genconf_compl genconf
 487 shopt -s extglob
 488 _g_enemat_compl() {
 489 local p c
 490 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 491 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -groups -eref -emat -etot -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -sum -skip -nomean -nlevels -max -min -nocoul -coulr -coul14 -nolj -lj -lj14 -bhamsr -bhamlr -nofree -temp' -- $c)); return 0; fi
 492 case "$p" in
 493 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 494 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 495 -groups) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 496 -eref) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 497 -emat) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 498 -etot) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 499 esac }
 500 complete -F _g_enemat_compl g_enemat
 501 shopt -s extglob
 502 _g_energy_compl() {
 503 local p c
 504 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 505 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -f2 -s -o -viol -pairs -ora -ort -oda -odr -odt -oten -corr -vis -ravg -odh -h -version -nice -b -e -w -xvg -fee -fetemp -zero -sum -dp -nbmin -nbmax -mutot -skip -aver -nmol -fluct_props -driftcorr -fluc -orinst -ovec -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
 506 case "$p" in
 507 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 508 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
 509 -fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 erffit ' -- $c ));;
 510 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 511 -f2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 512 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 513 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 514 -viol) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 515 -pairs) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 516 -ora) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 517 -ort) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 518 -oda) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 519 -odr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 520 -odt) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 521 -oten) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 522 -corr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 523 -vis) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 524 -ravg) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 525 -odh) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 526 esac }
 527 complete -F _g_energy_compl g_energy
 528 shopt -s extglob
 529 _genion_compl() {
 530 local p c
 531 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 532 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -table -n -o -g -pot -p -h -version -nice -xvg -np -pname -pq -nn -nname -nq -rmin -norandom -seed -scale -conc -neutral' -- $c)); return 0; fi
 533 case "$p" in
 534 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 535 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 536 -table) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 537 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 538 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 539 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 540 -pot) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 541 -p) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.top*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 542 esac }
 543 complete -F _genion_compl genion
 544 shopt -s extglob
 545 _genrestr_compl() {
 546 local p c
 547 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 548 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -o -of -h -version -nice -fc -freeze -disre -disre_dist -disre_frac -disre_up2 -cutoff -constr' -- $c)); return 0; fi
 549 case "$p" in
 550 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 551 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 552 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.itp*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 553 -of) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 554 esac }
 555 complete -F _genrestr_compl genrestr
 556 shopt -s extglob
 557 _g_filter_compl() {
 558 local p c
 559 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 560 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -ol -oh -h -version -nice -b -e -dt -w -nf -all -nonojump -fit' -- $c)); return 0; fi
 561 case "$p" in
 562 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 563 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 564 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 565 -ol) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 566 -oh) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 567 esac }
 568 complete -F _g_filter_compl g_filter
 569 shopt -s extglob
 570 _g_gyrate_compl() {
 571 local p c
 572 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 573 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -o -acf -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -nmol -q -p -moi -nz -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
 574 case "$p" in
 575 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 576 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
 577 -fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 erffit ' -- $c ));;
 578 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 579 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 580 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 581 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 582 -acf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 583 esac }
 584 complete -F _g_gyrate_compl g_gyrate
 585 shopt -s extglob
 586 _g_h2order_compl() {
 587 local p c
 588 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 589 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -nm -s -o -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -d -sl' -- $c)); return 0; fi
 590 case "$p" in
 591 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 592 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 593 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 594 -nm) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 595 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 596 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 597 esac }
 598 complete -F _g_h2order_compl g_h2order
 599 shopt -s extglob
 600 _g_hbond_compl() {
 601 local p c
 602 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 603 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -num -g -ac -dist -ang -hx -hbn -hbm -don -dan -life -nhbdist -h -version -nice -b -e -dt -tu -xvg -a -r -noda -r2 -abin -rbin -nonitacc -contact -shell -fitstart -fitstart -temp -smooth -dump -max_hb -nomerge -geminate -diff -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
 604 case "$p" in
 605 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' fs ps ns us ms s ' -- $c ));;
 606 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 607 -geminate) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none dd ad aa a4 ' -- $c ));;
 608 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
 609 -fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 erffit ' -- $c ));;
 610 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 611 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 612 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 613 -num) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 614 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 615 -ac) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 616 -dist) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 617 -ang) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 618 -hx) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 619 -hbn) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 620 -hbm) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 621 -don) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 622 -dan) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 623 -life) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 624 -nhbdist) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 625 esac }
 626 complete -F _g_hbond_compl g_hbond
 627 shopt -s extglob
 628 _g_helix_compl() {
 629 local p c
 630 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 631 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -n -f -to -cz -co -h -version -nice -b -e -dt -w -r0 -q -noF -db -prop -ev -ahxstart -ahxend' -- $c)); return 0; fi
 632 case "$p" in
 633 -prop) COMPREPLY=( $(compgen -W ' RAD TWIST RISE LEN NHX DIP RMS CPHI RMSA PHI PSI HB3 HB4 HB5 CD222 ' -- $c ));;
 634 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 635 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 636 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 637 -to) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.g87*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 638 -cz) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 639 -co) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 640 esac }
 641 complete -F _g_helix_compl g_helix
 642 shopt -s extglob
 643 _g_helixorient_compl() {
 644 local p c
 645 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 646 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -f -n -oaxis -ocenter -orise -oradius -otwist -obending -otilt -orot -h -version -nice -b -e -dt -xvg -sidechain -incremental' -- $c)); return 0; fi
 647 case "$p" in
 648 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 649 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 650 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 651 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 652 -oaxis) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 653 -ocenter) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 654 -orise) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 655 -oradius) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 656 -otwist) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 657 -obending) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 658 -otilt) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 659 -orot) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 660 esac }
 661 complete -F _g_helixorient_compl g_helixorient
 662 shopt -s extglob
 663 _g_hydorder_compl() {
 664 local p c
 665 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 666 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -s -o -or -Spect -h -version -nice -b -e -dt -w -d -bw -sgang1 -sgang2 -tblock -nlevel' -- $c)); return 0; fi
 667 case "$p" in
 668 -d) COMPREPLY=( $(compgen -W ' z x y ' -- $c ));;
 669 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 670 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 671 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 672 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 673 -or) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.out*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 674 -Spect) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.out*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 675 esac }
 676 complete -F _g_hydorder_compl g_hydorder
 677 shopt -s extglob
 678 _g_lie_compl() {
 679 local p c
 680 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 681 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -o -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -Elj -Eqq -Clj -Cqq -ligand' -- $c)); return 0; fi
 682 case "$p" in
 683 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 684 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 685 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 686 esac }
 687 complete -F _g_lie_compl g_lie
 688 shopt -s extglob
 689 _g_mdmat_compl() {
 690 local p c
 691 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 692 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -mean -frames -no -h -version -nice -b -e -dt -xvg -t -nlevels' -- $c)); return 0; fi
 693 case "$p" in
 694 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 695 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 696 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 697 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 698 -mean) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 699 -frames) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 700 -no) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 701 esac }
 702 complete -F _g_mdmat_compl g_mdmat
 703 shopt -s extglob
 704 _g_membed_compl() {
 705 local p c
 706 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 707 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -p -o -x -cpi -cpo -c -e -g -ei -rerun -table -tablep -tableb -dhdl -field -table -tablep -tableb -rerun -tpi -tpid -ei -eo -j -jo -ffout -devout -runav -px -pf -mtx -dn -multidir -h -version -nice -deffnm -xvg -xyinit -xyend -zinit -zend -nxy -nz -rad -pieces -asymmetry -ndiff -maxwarn -nocompact -v' -- $c)); return 0; fi
 708 case "$p" in
 709 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 710 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 711 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 712 -p) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.top*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 713 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 714 -x) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xtc*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 715 -cpi) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.cpt*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 716 -cpo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.cpt*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 717 -c) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 718 -e) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 719 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 720 -ei) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edi*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 721 -rerun) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 722 -table) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 723 -tablep) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 724 -tableb) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 725 -dhdl) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 726 -field) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 727 -table) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 728 -tablep) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 729 -tableb) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 730 -rerun) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 731 -tpi) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 732 -tpid) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 733 -ei) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edi*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 734 -eo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edo*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 735 -j) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.gct*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 736 -jo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.gct*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 737 -ffout) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 738 -devout) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 739 -runav) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 740 -px) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 741 -pf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 742 -mtx) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.mtx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 743 -dn) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 744 -multidir) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.rundir*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 745 esac }
 746 complete -F _g_membed_compl g_membed
 747 shopt -s extglob
 748 _g_mindist_compl() {
 749 local p c
 750 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 751 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -od -on -o -ox -or -h -version -nice -b -e -dt -tu -w -xvg -matrix -max -d -group -pi -split -ng -nopbc -respertime -printresname' -- $c)); return 0; fi
 752 case "$p" in
 753 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' fs ps ns us ms s ' -- $c ));;
 754 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 755 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 756 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 757 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 758 -od) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 759 -on) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 760 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.out*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 761 -ox) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 762 -or) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 763 esac }
 764 complete -F _g_mindist_compl g_mindist
 765 shopt -s extglob
 766 _g_morph_compl() {
 767 local p c
 768 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 769 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f1 -f2 -o -or -n -h -version -nice -w -xvg -ninterm -first -last -nofit' -- $c)); return 0; fi
 770 case "$p" in
 771 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 772 -f1) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 773 -f2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 774 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 775 -or) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 776 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 777 esac }
 778 complete -F _g_morph_compl g_morph
 779 shopt -s extglob
 780 _g_msd_compl() {
 781 local p c
 782 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 783 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -o -mol -pdb -h -version -nice -b -e -tu -w -xvg -type -lateral -ten -ngroup -nomw -rmcomm -tpdb -trestart -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
 784 case "$p" in
 785 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' fs ps ns us ms s ' -- $c ));;
 786 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 787 -type) COMPREPLY=( $(compgen -W ' no x y z ' -- $c ));;
 788 -lateral) COMPREPLY=( $(compgen -W ' no x y z ' -- $c ));;
 789 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 790 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 791 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 792 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 793 -mol) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 794 -pdb) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 795 esac }
 796 complete -F _g_msd_compl g_msd
 797 shopt -s extglob
 798 _gmxcheck_compl() {
 799 local p c
 800 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 801 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -f2 -s1 -s2 -c -e -e2 -n -m -h -version -nice -vdwfac -bonlo -bonhi -rmsd -tol -abstol -ab -lastener' -- $c)); return 0; fi
 802 case "$p" in
 803 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 804 -f2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 805 -s1) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 806 -s2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 807 -c) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 808 -e) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 809 -e2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 810 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 811 -m) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.tex*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 812 esac }
 813 complete -F _gmxcheck_compl gmxcheck
 814 shopt -s extglob
 815 _gmxdump_compl() {
 816 local p c
 817 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 818 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -f -e -cp -p -mtx -om -h -version -nice -nonr -sys' -- $c)); return 0; fi
 819 case "$p" in
 820 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 821 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 822 -e) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 823 -cp) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.cpt*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 824 -p) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.top*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 825 -mtx) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.mtx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 826 -om) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.mdp*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 827 esac }
 828 complete -F _gmxdump_compl gmxdump
 829 shopt -s extglob
 830 _g_nmeig_compl() {
 831 local p c
 832 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 833 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -of -ol -qc -v -h -version -nice -xvg -nom -first -last -T -constr' -- $c)); return 0; fi
 834 case "$p" in
 835 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 836 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.mtx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 837 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 838 -of) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 839 -ol) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 840 -qc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 841 -v) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 842 esac }
 843 complete -F _g_nmeig_compl g_nmeig
 844 shopt -s extglob
 845 _g_nmens_compl() {
 846 local p c
 847 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 848 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -v -e -s -n -o -h -version -nice -xvg -temp -seed -num -first -last' -- $c)); return 0; fi
 849 case "$p" in
 850 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 851 -v) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 852 -e) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 853 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 854 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 855 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 856 esac }
 857 complete -F _g_nmens_compl g_nmens
 858 shopt -s extglob
 859 _g_nmtraj_compl() {
 860 local p c
 861 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 862 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -v -o -h -version -nice -eignr -phases -temp -amplitude -nframes' -- $c)); return 0; fi
 863 case "$p" in
 864 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 865 -v) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 866 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 867 esac }
 868 complete -F _g_nmtraj_compl g_nmtraj
 869 shopt -s extglob
 870 _g_options_compl() {
 871 local p c
 872 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 873 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -h -version -nice' -- $c)); return 0; fi
 874 case "$p" in
 875 esac }
 876 complete -F _g_options_compl g_options
 877 shopt -s extglob
 878 _g_order_compl() {
 879 local p c
 880 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 881 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -nr -s -o -od -ob -os -Sg -Sk -Sgsl -Sksl -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -d -sl -szonly -unsat -permolecule -radial -calcdist' -- $c)); return 0; fi
 882 case "$p" in
 883 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 884 -d) COMPREPLY=( $(compgen -W ' z x y ' -- $c ));;
 885 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 886 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 887 -nr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 888 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 889 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 890 -od) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 891 -ob) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 892 -os) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 893 -Sg) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 894 -Sk) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 895 -Sgsl) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 896 -Sksl) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 897 esac }
 898 complete -F _g_order_compl g_order
 899 shopt -s extglob
 900 _g_pme_error_compl() {
 901 local p c
 902 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 903 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -o -so -h -version -nice -beta -tune -self -seed -v' -- $c)); return 0; fi
 904 case "$p" in
 905 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 906 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.out*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 907 -so) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 908 esac }
 909 complete -F _g_pme_error_compl g_pme_error
 910 shopt -s extglob
 911 _g_polystat_compl() {
 912 local p c
 913 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 914 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -f -n -o -v -p -i -h -version -nice -b -e -dt -tu -w -xvg -nomw -pc' -- $c)); return 0; fi
 915 case "$p" in
 916 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' fs ps ns us ms s ' -- $c ));;
 917 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 918 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 919 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 920 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 921 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 922 -v) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 923 -p) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 924 -i) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 925 esac }
 926 complete -F _g_polystat_compl g_polystat
 927 shopt -s extglob
 928 _g_potential_compl() {
 929 local p c
 930 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 931 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -s -o -oc -of -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -d -sl -cb -ce -tz -spherical -ng -correct' -- $c)); return 0; fi
 932 case "$p" in
 933 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 934 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 935 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 936 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 937 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 938 -oc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 939 -of) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 940 esac }
 941 complete -F _g_potential_compl g_potential
 942 shopt -s extglob
 943 _g_principal_compl() {
 944 local p c
 945 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 946 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -a1 -a2 -a3 -om -h -version -nice -b -e -dt -tu -w -foo' -- $c)); return 0; fi
 947 case "$p" in
 948 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' fs ps ns us ms s ' -- $c ));;
 949 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 950 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 951 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 952 -a1) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 953 -a2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 954 -a3) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 955 -om) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 956 esac }
 957 complete -F _g_principal_compl g_principal
 958 shopt -s extglob
 959 _g_protonate_compl() {
 960 local p c
 961 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 962 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -f -n -o -h -version -nice -b -e -dt' -- $c)); return 0; fi
 963 case "$p" in
 964 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 965 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 966 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 967 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 968 esac }
 969 complete -F _g_protonate_compl g_protonate
 970 shopt -s extglob
 971 _g_rama_compl() {
 972 local p c
 973 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 974 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -o -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg' -- $c)); return 0; fi
 975 case "$p" in
 976 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 977 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 978 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 979 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 980 esac }
 981 complete -F _g_rama_compl g_rama
 982 shopt -s extglob
 983 _g_rdf_compl() {
 984 local p c
 985 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 986 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -d -o -sq -cn -hq -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -bin -com -surf -rdf -nopbc -nonorm -xy -cut -ng -fade -nlevel -startq -endq -energy' -- $c)); return 0; fi
 987 case "$p" in
 988 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 989 -surf) COMPREPLY=( $(compgen -W ' no mol res ' -- $c ));;
 990 -rdf) COMPREPLY=( $(compgen -W ' atom mol_com mol_cog res_com res_cog ' -- $c ));;
 991 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 992 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 993 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 994 -d) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 995 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 996 -sq) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 997 -cn) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 998 -hq) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 999 esac }
1000 complete -F _g_rdf_compl g_rdf
1001 shopt -s extglob
1002 _g_rms_compl() {
1003 local p c
1004 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1005 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -f -f2 -n -o -mir -a -dist -m -bin -bm -h -version -nice -b -e -dt -tu -w -xvg -what -nopbc -fit -prev -split -skip -skip2 -max -min -bmax -bmin -nomw -nlevels -ng' -- $c)); return 0; fi
1006 case "$p" in
1007 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' fs ps ns us ms s ' -- $c ));;
1008 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1009 -what) COMPREPLY=( $(compgen -W ' rmsd rho rhosc ' -- $c ));;
1010 -fit) COMPREPLY=( $(compgen -W ' rot+trans translation none ' -- $c ));;
1011 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1012 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1013 -f2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1014 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1015 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1016 -mir) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1017 -a) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1018 -dist) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1019 -m) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1020 -bin) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1021 -bm) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1022 esac }
1023 complete -F _g_rms_compl g_rms
1024 shopt -s extglob
1025 _g_rmsdist_compl() {
1026 local p c
1027 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1028 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -equiv -o -rms -scl -mean -nmr3 -nmr6 -noe -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -nlevels -max -nosumh -nopbc' -- $c)); return 0; fi
1029 case "$p" in
1030 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1031 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1032 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1033 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1034 -equiv) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1035 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1036 -rms) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1037 -scl) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1038 -mean) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1039 -nmr3) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1040 -nmr6) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1041 -noe) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1042 esac }
1043 complete -F _g_rmsdist_compl g_rmsdist
1044 shopt -s extglob
1045 _g_rmsf_compl() {
1046 local p c
1047 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1048 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -q -oq -ox -o -od -oc -dir -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -res -aniso -nofit' -- $c)); return 0; fi
1049 case "$p" in
1050 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1051 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1052 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1053 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1054 -q) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1055 -oq) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1056 -ox) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1057 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1058 -od) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1059 -oc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1060 -dir) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1061 esac }
1062 complete -F _g_rmsf_compl g_rmsf
1063 shopt -s extglob
1064 _grompp_compl() {
1065 local p c
1066 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1067 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -po -c -r -rb -n -p -pp -o -t -e -h -version -nice -v -time -normvsbds -maxwarn -zero -norenum' -- $c)); return 0; fi
1068 case "$p" in
1069 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.mdp*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1070 -po) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.mdp*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1071 -c) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1072 -r) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1073 -rb) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1074 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1075 -p) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.top*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1076 -pp) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.top*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1077 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1078 -t) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1079 -e) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1080 esac }
1081 complete -F _grompp_compl grompp
1082 shopt -s extglob
1083 _g_rotacf_compl() {
1084 local p c
1085 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1086 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -o -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -d -noaver -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
1087 case "$p" in
1088 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1089 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
1090 -fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 erffit ' -- $c ));;
1091 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1092 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1093 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1094 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1095 esac }
1096 complete -F _g_rotacf_compl g_rotacf
1097 shopt -s extglob
1098 _g_rotmat_compl() {
1099 local p c
1100 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1101 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -o -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -ref -skip -fitxy -nomw' -- $c)); return 0; fi
1102 case "$p" in
1103 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1104 -ref) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none xyz xy ' -- $c ));;
1105 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1106 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1107 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1108 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1109 esac }
1110 complete -F _g_rotmat_compl g_rotmat
1111 shopt -s extglob
1112 _g_saltbr_compl() {
1113 local p c
1114 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1115 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -h -version -nice -b -e -dt -t -sep' -- $c)); return 0; fi
1116 case "$p" in
1117 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1118 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1119 esac }
1120 complete -F _g_saltbr_compl g_saltbr
1121 shopt -s extglob
1122 _g_sas_compl() {
1123 local p c
1124 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1125 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -o -or -oa -tv -q -n -i -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -probe -ndots -qmax -f_index -minarea -nopbc -noprot -dgs' -- $c)); return 0; fi
1126 case "$p" in
1127 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1128 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1129 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1130 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1131 -or) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1132 -oa) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1133 -tv) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1134 -q) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1135 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1136 -i) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.itp*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1137 esac }
1138 complete -F _g_sas_compl g_sas
1139 shopt -s extglob
1140 _g_select_compl() {
1141 local p c
1142 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1143 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -sf -n -os -oc -oi -om -on -h -version -nice -b -e -dt -xvg -normpbc -nopbc -select -selrpos -seltype -dump -norm -cfnorm -resnr' -- $c)); return 0; fi
1144 case "$p" in
1145 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1146 -selrpos) COMPREPLY=( $(compgen -W ' atom res_com res_cog mol_com mol_cog whole_res_com whole_res_cog whole_mol_com whole_mol_cog part_res_com part_res_cog part_mol_com part_mol_cog dyn_res_com dyn_res_cog dyn_mol_com dyn_mol_cog ' -- $c ));;
1147 -seltype) COMPREPLY=( $(compgen -W ' atom res_com res_cog mol_com mol_cog whole_res_com whole_res_cog whole_mol_com whole_mol_cog part_res_com part_res_cog part_mol_com part_mol_cog dyn_res_com dyn_res_cog dyn_mol_com dyn_mol_cog ' -- $c ));;
1148 -resnr) COMPREPLY=( $(compgen -W ' number index ' -- $c ));;
1149 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1150 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1151 -sf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1152 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1153 -os) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1154 -oc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1155 -oi) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1156 -om) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1157 -on) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1158 esac }
1159 complete -F _g_select_compl g_select
1160 shopt -s extglob
1161 _g_sgangle_compl() {
1162 local p c
1163 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1164 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -s -oa -od -od1 -od2 -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -one -z' -- $c)); return 0; fi
1165 case "$p" in
1166 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1167 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1168 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1169 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1170 -oa) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1171 -od) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1172 -od1) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1173 -od2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1174 esac }
1175 complete -F _g_sgangle_compl g_sgangle
1176 shopt -s extglob
1177 _g_sham_compl() {
1178 local p c
1179 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1180 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -ge -ene -dist -histo -bin -lp -ls -lsh -lss -map -ls3 -mdata -g -h -version -nice -w -xvg -notime -b -e -ttol -n -d -bw -nosham -tsham -pmin -dim -ngrid -xmin -xmax -pmax -gmax -emin -emax -nlevels -mname' -- $c)); return 0; fi
1181 case "$p" in
1182 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1183 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1184 -ge) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1185 -ene) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1186 -dist) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1187 -histo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1188 -bin) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1189 -lp) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1190 -ls) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1191 -lsh) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1192 -lss) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1193 -map) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1194 -ls3) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1195 -mdata) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1196 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1197 esac }
1198 complete -F _g_sham_compl g_sham
1199 shopt -s extglob
1200 _g_sigeps_compl() {
1201 local p c
1202 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1203 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -o -h -version -nice -w -xvg -c6 -cn -pow -sig -eps -A -B -C -qi -qj -sigfac' -- $c)); return 0; fi
1204 case "$p" in
1205 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1206 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1207 esac }
1208 complete -F _g_sigeps_compl g_sigeps
1209 shopt -s extglob
1210 _g_sorient_compl() {
1211 local p c
1212 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1213 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -o -no -ro -co -rc -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -com -v23 -rmin -rmax -cbin -rbin -pbc' -- $c)); return 0; fi
1214 case "$p" in
1215 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1216 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1217 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1218 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1219 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1220 -no) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1221 -ro) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1222 -co) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1223 -rc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1224 esac }
1225 complete -F _g_sorient_compl g_sorient
1226 shopt -s extglob
1227 _g_spatial_compl() {
1228 local p c
1229 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1230 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -f -n -h -version -nice -b -e -dt -w -pbc -nodiv -ign -bin -nab' -- $c)); return 0; fi
1231 case "$p" in
1232 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1233 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1234 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1235 esac }
1236 complete -F _g_spatial_compl g_spatial
1237 shopt -s extglob
1238 _g_spol_compl() {
1239 local p c
1240 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1241 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -o -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -com -refat -rmin -rmax -dip -bw' -- $c)); return 0; fi
1242 case "$p" in
1243 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1244 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1245 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1246 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1247 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1248 esac }
1249 complete -F _g_spol_compl g_spol
1250 shopt -s extglob
1251 _g_tcaf_compl() {
1252 local p c
1253 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1254 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -ot -oa -o -of -oc -ov -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -mol -k34 -wt -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
1255 case "$p" in
1256 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1257 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
1258 -fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 erffit ' -- $c ));;
1259 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1260 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1261 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1262 -ot) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1263 -oa) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1264 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1265 -of) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1266 -oc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1267 -ov) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1268 esac }
1269 complete -F _g_tcaf_compl g_tcaf
1270 shopt -s extglob
1271 _g_traj_compl() {
1272 local p c
1273 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1274 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -ox -oxt -ov -of -ob -ot -ekt -ekr -vd -cv -cf -av -af -h -version -nice -b -e -dt -tu -w -xvg -com -nopbc -mol -nojump -nox -noy -noz -ng -len -fp -bin -ctime -scale' -- $c)); return 0; fi
1275 case "$p" in
1276 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' fs ps ns us ms s ' -- $c ));;
1277 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1278 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1279 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1280 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1281 -ox) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1282 -oxt) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1283 -ov) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1284 -of) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1285 -ob) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1286 -ot) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1287 -ekt) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1288 -ekr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1289 -vd) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1290 -cv) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1291 -cf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1292 -av) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1293 -af) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1294 esac }
1295 complete -F _g_traj_compl g_traj
1296 shopt -s extglob
1297 _g_tune_pme_compl() {
1298 local p c
1299 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1300 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -p -err -so -s -o -x -cpi -cpo -c -e -g -dhdl -field -table -tablep -tableb -rerun -tpi -tpid -ei -eo -j -jo -ffout -devout -runav -px -pf -mtx -dn -bo -bx -bcpo -bc -be -bg -beo -bdhdl -bfield -btpi -btpid -bjo -bffout -bdevout -brunav -bpx -bpf -bmtx -bdn -h -version -nice -xvg -np -npstring -nt -r -max -min -npme -fix -upfac -downfac -ntpr -four -steps -resetstep -simsteps -launch -deffnm -ddorder -noddcheck -rdd -rcon -dlb -dds -gcom -v -nocompact -seppot -pforce -reprod -cpt -cpnum -noappend -maxh -multi -replex -reseed -ionize' -- $c)); return 0; fi
1301 case "$p" in
1302 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1303 -npstring) COMPREPLY=( $(compgen -W ' -np -n none ' -- $c ));;
1304 -npme) COMPREPLY=( $(compgen -W ' auto all subset ' -- $c ));;
1305 -ddorder) COMPREPLY=( $(compgen -W ' interleave pp_pme cartesian ' -- $c ));;
1306 -dlb) COMPREPLY=( $(compgen -W ' auto no yes ' -- $c ));;
1307 -p) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.out*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1308 -err) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1309 -so) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1310 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1311 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1312 -x) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xtc*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1313 -cpi) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.cpt*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1314 -cpo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.cpt*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1315 -c) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1316 -e) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1317 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1318 -dhdl) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1319 -field) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1320 -table) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1321 -tablep) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1322 -tableb) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1323 -rerun) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1324 -tpi) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1325 -tpid) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1326 -ei) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edi*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1327 -eo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edo*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1328 -j) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.gct*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1329 -jo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.gct*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1330 -ffout) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1331 -devout) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1332 -runav) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1333 -px) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1334 -pf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1335 -mtx) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.mtx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1336 -dn) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1337 -bo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1338 -bx) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xtc*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1339 -bcpo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.cpt*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1340 -bc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1341 -be) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1342 -bg) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1343 -beo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edo*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1344 -bdhdl) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1345 -bfield) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1346 -btpi) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1347 -btpid) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1348 -bjo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.gct*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1349 -bffout) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1350 -bdevout) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1351 -brunav) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1352 -bpx) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1353 -bpf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1354 -bmtx) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.mtx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1355 -bdn) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1356 esac }
1357 complete -F _g_tune_pme_compl g_tune_pme
1358 shopt -s extglob
1359 _g_vanhove_compl() {
1360 local p c
1361 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1362 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -om -or -ot -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -sqrt -fm -rmax -rbin -mmax -nlevels -nr -fr -rt -ft' -- $c)); return 0; fi
1363 case "$p" in
1364 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1365 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1366 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1367 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1368 -om) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1369 -or) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1370 -ot) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1371 esac }
1372 complete -F _g_vanhove_compl g_vanhove
1373 shopt -s extglob
1374 _g_velacc_compl() {
1375 local p c
1376 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1377 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -o -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -m -mol -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
1378 case "$p" in
1379 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1380 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
1381 -fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 erffit ' -- $c ));;
1382 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1383 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1384 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1385 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1386 esac }
1387 complete -F _g_velacc_compl g_velacc
1388 shopt -s extglob
1389 _g_wham_compl() {
1390 local p c
1391 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1392 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -ix -if -it -ip -o -hist -oiact -iiact -bsres -bsprof -tab -h -version -nice -xvg -min -max -noauto -bins -temp -tol -v -b -e -dt -histonly -boundsonly -nolog -unit -zprof0 -cycl -sym -ac -acsig -ac-trestart -nBootstrap -bs-method -bs-tau -bs-seed -histbs-block -vbs' -- $c)); return 0; fi
1393 case "$p" in
1394 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1395 -unit) COMPREPLY=( $(compgen -W ' kJ kCal kT ' -- $c ));;
1396 -bs-method) COMPREPLY=( $(compgen -W ' b-hist hist traj traj-gauss ' -- $c ));;
1397 -ix) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1398 -if) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1399 -it) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1400 -ip) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1401 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1402 -hist) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1403 -oiact) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1404 -iiact) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1405 -bsres) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1406 -bsprof) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1407 -tab) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1408 esac }
1409 complete -F _g_wham_compl g_wham
1410 shopt -s extglob
1411 _g_wheel_compl() {
1412 local p c
1413 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1414 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -o -h -version -nice -r0 -rot0 -T -nonn' -- $c)); return 0; fi
1415 case "$p" in
1416 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1417 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.eps*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1418 esac }
1419 complete -F _g_wheel_compl g_wheel
1420 shopt -s extglob
1421 _g_x2top_compl() {
1422 local p c
1423 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1424 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -o -r -h -version -nice -ff -v -nexcl -noH14 -alldih -remdih -nopairs -name -nopbc -pdbq -noparam -noround -kb -kt -kp' -- $c)); return 0; fi
1425 case "$p" in
1426 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1427 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.top*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1428 -r) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.rtp*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1429 esac }
1430 complete -F _g_x2top_compl g_x2top
1431 shopt -s extglob
1432 _g_xrama_compl() {
1433 local p c
1434 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1435 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -h -version -nice -b -e -dt' -- $c)); return 0; fi
1436 case "$p" in
1437 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1438 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1439 esac }
1440 complete -F _g_xrama_compl g_xrama
1441 shopt -s extglob
1442 _make_edi_compl() {
1443 local p c
1444 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1445 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -eig -s -n -tar -ori -o -h -version -nice -xvg -mon -linfix -linacc -radfix -radacc -radcon -flood -outfrq -slope -linstep -accdir -radstep -maxedsteps -eqsteps -deltaF0 -deltaF -tau -Eflnull -T -alpha -restrain -hessian -harmonic -constF' -- $c)); return 0; fi
1446 case "$p" in
1447 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1448 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1449 -eig) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1450 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1451 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1452 -tar) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1453 -ori) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1454 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edi*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1455 esac }
1456 complete -F _make_edi_compl make_edi
1457 shopt -s extglob
1458 _make_ndx_compl() {
1459 local p c
1460 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1461 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -o -h -version -nice -natoms' -- $c)); return 0; fi
1462 case "$p" in
1463 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1464 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1465 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1466 esac }
1467 complete -F _make_ndx_compl make_ndx
1468 shopt -s extglob
1469 _mdrun_compl() {
1470 local p c
1471 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1472 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -o -x -cpi -cpo -c -e -g -dhdl -field -table -tablep -tableb -rerun -tpi -tpid -ei -eo -j -jo -ffout -devout -runav -px -pf -mtx -dn -multidir -h -version -nice -deffnm -xvg -pd -dd -nt -npme -ddorder -noddcheck -rdd -rcon -dlb -dds -gcom -v -nocompact -seppot -pforce -reprod -cpt -cpnum -noappend -maxh -multi -replex -reseed -ionize' -- $c)); return 0; fi
1473 case "$p" in
1474 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1475 -ddorder) COMPREPLY=( $(compgen -W ' interleave pp_pme cartesian ' -- $c ));;
1476 -dlb) COMPREPLY=( $(compgen -W ' auto no yes ' -- $c ));;
1477 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1478 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1479 -x) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xtc*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1480 -cpi) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.cpt*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1481 -cpo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.cpt*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1482 -c) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1483 -e) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1484 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1485 -dhdl) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1486 -field) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1487 -table) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1488 -tablep) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1489 -tableb) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1490 -rerun) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1491 -tpi) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1492 -tpid) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1493 -ei) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edi*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1494 -eo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edo*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1495 -j) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.gct*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1496 -jo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.gct*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1497 -ffout) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1498 -devout) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1499 -runav) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1500 -px) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1501 -pf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1502 -mtx) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.mtx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1503 -dn) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1504 -multidir) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.rundir*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1505 esac }
1506 complete -F _mdrun_compl mdrun
1507 shopt -s extglob
1508 _mk_angndx_compl() {
1509 local p c
1510 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1511 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -n -h -version -nice -type -nohyd -hq' -- $c)); return 0; fi
1512 case "$p" in
1513 -type) COMPREPLY=( $(compgen -W ' angle dihedral improper ryckaert-bellemans ' -- $c ));;
1514 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1515 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1516 esac }
1517 complete -F _mk_angndx_compl mk_angndx
1518 shopt -s extglob
1519 _ngmx_compl() {
1520 local p c
1521 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1522 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -h -version -nice -b -e -dt' -- $c)); return 0; fi
1523 case "$p" in
1524 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1525 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1526 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1527 esac }
1528 complete -F _ngmx_compl ngmx
1529 shopt -s extglob
1530 _pdb2gmx_compl() {
1531 local p c
1532 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1533 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -o -p -i -n -q -h -version -nice -chainsep -merge -ff -water -inter -ss -ter -lys -arg -asp -glu -gln -his -angle -dist -una -ignh -missing -v -posrefc -vsite -heavyh -deuterate -nochargegrp -nocmap -renum -rtpres' -- $c)); return 0; fi
1534 case "$p" in
1535 -chainsep) COMPREPLY=( $(compgen -W ' id_or_ter id_and_ter ter id interactive ' -- $c ));;
1536 -merge) COMPREPLY=( $(compgen -W ' no all interactive ' -- $c ));;
1537 -water) COMPREPLY=( $(compgen -W ' select none spc spce tip3p tip4p tip5p ' -- $c ));;
1538 -vsite) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none hydrogens aromatics ' -- $c ));;
1539 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1540 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1541 -p) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.top*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1542 -i) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.itp*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1543 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1544 -q) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1545 esac }
1546 complete -F _pdb2gmx_compl pdb2gmx
1547 shopt -s extglob
1548 _tpbconv_compl() {
1549 local p c
1550 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1551 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -f -e -n -o -h -version -nice -extend -until -nsteps -time -zeroq -novel -nocont' -- $c)); return 0; fi
1552 case "$p" in
1553 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1554 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1555 -e) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1556 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1557 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1558 esac }
1559 complete -F _tpbconv_compl tpbconv
1560 shopt -s extglob
1561 _trjcat_compl() {
1562 local p c
1563 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1564 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -o -n -demux -h -version -nice -tu -xvg -b -e -dt -prec -novel -settime -nosort -keeplast -overwrite -cat' -- $c)); return 0; fi
1565 case "$p" in
1566 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' fs ps ns us ms s ' -- $c ));;
1567 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1568 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1569 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1570 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1571 -demux) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1572 esac }
1573 complete -F _trjcat_compl trjcat
1574 shopt -s extglob
1575 _trjconv_compl() {
1576 local p c
1577 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1578 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -o -s -n -fr -sub -drop -h -version -nice -b -e -tu -w -xvg -skip -dt -round -dump -t0 -timestep -pbc -ur -center -boxcenter -box -clustercenter -trans -shift -fit -ndec -novel -force -trunc -exec -app -split -sep -nzero -dropunder -dropover -conect' -- $c)); return 0; fi
1579 case "$p" in
1580 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' fs ps ns us ms s ' -- $c ));;
1581 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1582 -pbc) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none mol res atom nojump cluster whole ' -- $c ));;
1583 -ur) COMPREPLY=( $(compgen -W ' rect tric compact ' -- $c ));;
1584 -boxcenter) COMPREPLY=( $(compgen -W ' tric rect zero ' -- $c ));;
1585 -fit) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none rot+trans rotxy+transxy translation transxy progressive ' -- $c ));;
1586 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1587 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1588 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1589 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1590 -fr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1591 -sub) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1592 -drop) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1593 esac }
1594 complete -F _trjconv_compl trjconv
1595 shopt -s extglob
1596 _trjorder_compl() {
1597 local p c
1598 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1599 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -o -nshell -h -version -nice -b -e -dt -xvg -na -da -com -r -z' -- $c)); return 0; fi
1600 case "$p" in
1601 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1602 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1603 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1604 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1605 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1606 -nshell) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1607 esac }
1608 complete -F _trjorder_compl trjorder
1609 shopt -s extglob
1610 _xpm2ps_compl() {
1611 local p c
1612 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1613 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -f2 -di -do -o -xpm -h -version -nice -w -noframe -title -yonce -legend -diag -size -bx -by -rainbow -gradient -skip -zeroline -legoffset -combine -cmin -cmax' -- $c)); return 0; fi
1614 case "$p" in
1615 -title) COMPREPLY=( $(compgen -W ' top once ylabel none ' -- $c ));;
1616 -legend) COMPREPLY=( $(compgen -W ' both first second none ' -- $c ));;
1617 -diag) COMPREPLY=( $(compgen -W ' first second none ' -- $c ));;
1618 -rainbow) COMPREPLY=( $(compgen -W ' no blue red ' -- $c ));;
1619 -combine) COMPREPLY=( $(compgen -W ' halves add sub mult div ' -- $c ));;
1620 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1621 -f2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1622 -di) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.m2p*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1623 -do) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.m2p*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1624 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.eps*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1625 -xpm) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1626 esac }
1627 complete -F _xpm2ps_compl xpm2ps