python_packaging/test/test_fr12.py

   1 #
   2 # This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3 #
   4 # Copyright (c) 2019, by the GROMACS development team, led by
   5 # Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6 # and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7 # top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8 #
   9 # GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10 # modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11 # as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12 # of the License, or (at your option) any later version.
  13 #
  14 # GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17 # Lesser General Public License for more details.
  18 #
  19 # You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 # License along with GROMACS; if not, see
  21 # http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22 # Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23 #
  24 # If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25 # consider that scientific software is very special. Version
  26 # control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27 # consider code for inclusion in the official distribution, but
  28 # derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29 # in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30 # official version at http://www.gromacs.org.
  31 #
  32 # To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33 # the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34
  35 """Test gmxapi functionality described in roadmap.rst."""
  36
  37 import pytest
  38
  39 import gmxapi as gmx
  40 from gmxapi.version import has_feature
  41
  42 @pytest.mark.skipif(not has_feature('fr12'),
  43                    reason="Feature level not met.")
  44 def test_fr12():
  45     """FR12: Simulation checkpoint handling
  46
  47     * gmx.mdrun is properly restartable
  48
  49     This should be invisible to the user, and requires introspection and testing infrastructure to properly test (TBD).
  50     """
  51     from gmxapi import testsupport
  52
  53     simulation_input = gmx.read_tpr(initial_tpr)
  54     md = gmx.mdrun(simulation_input, label='md')
  55     interrupting_context = testsupport.interrupted_md(md)
  56     with interrupting_context as session:
  57         first_half_md = session.md.run()
  58     md = gmx.mdrun(first_half_md, context=testsupport.inspect)
  59     testsupport.verify_restart(md)