python_packaging/test/test_fr04.py

   1 #
   2 # This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3 #
   4 # Copyright (c) 2019, by the GROMACS development team, led by
   5 # Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6 # and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7 # top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8 #
   9 # GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10 # modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11 # as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12 # of the License, or (at your option) any later version.
  13 #
  14 # GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17 # Lesser General Public License for more details.
  18 #
  19 # You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 # License along with GROMACS; if not, see
  21 # http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22 # Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23 #
  24 # If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25 # consider that scientific software is very special. Version
  26 # control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27 # consider code for inclusion in the official distribution, but
  28 # derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29 # in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30 # official version at http://www.gromacs.org.
  31 #
  32 # To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33 # the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34
  35 """Test gmxapi functionality described in roadmap.rst."""
  36
  37 import pytest
  38
  39 import gmxapi as gmx
  40 from gmxapi.version import has_feature
  41
  42 @pytest.mark.skipif(not has_feature('fr4'),
  43                    reason="Feature level not met.")
  44 def test_fr4():
  45     """FR4: Dimensionality and typing of named data causes generation of correct work topologies."""
  46     N = 10
  47     simulation_input = gmx.read_tpr(initial_tpr)
  48
  49     # Array inputs imply array outputs.
  50     input_array = gmx.modify_input(
  51         simulation_input, params={'tau-t': [t / 10.0 for t in range(N)]})
  52
  53     md = gmx.mdrun(input_array)  # An array of simulations
  54
  55     rmsf = gmx.commandline_operation(
  56         'gmx',
  57         'rmsf',
  58         input={
  59             '-f': md.output.trajectory,
  60             '-s': initial_tpr
  61         },
  62         output={'-o': gmx.FileName(suffix='.xvg')})