python_packaging/test/test_fr03.py

   1 #
   2 # This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3 #
   4 # Copyright (c) 2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   5 # Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6 # and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7 # top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8 #
   9 # GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10 # modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11 # as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12 # of the License, or (at your option) any later version.
  13 #
  14 # GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17 # Lesser General Public License for more details.
  18 #
  19 # You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 # License along with GROMACS; if not, see
  21 # http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22 # Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23 #
  24 # If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25 # consider that scientific software is very special. Version
  26 # control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27 # consider code for inclusion in the official distribution, but
  28 # derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29 # in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30 # official version at http://www.gromacs.org.
  31 #
  32 # To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33 # the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34
  35 """Test gmxapi functionality described in roadmap.rst."""
  36
  37 import os
  38 import shutil
  39 import stat
  40 import tempfile
  41
  42 import gmxapi as gmx
  43
  44
  45 def test_fr3():
  46     """FR3: Output proxy can be used as input."""
  47     with tempfile.TemporaryDirectory() as directory:
  48         file1 = os.path.join(directory, 'input')
  49         file2 = os.path.join(directory, 'output')
  50
  51         # Make a shell script that acts like the type of tool we are wrapping.
  52         scriptname = os.path.join(directory, 'clicommand.sh')
  53         with open(scriptname, 'w') as fh:
  54             fh.write('\n'.join(['#!' + shutil.which('bash'),
  55                                 '# Concatenate an input file and a string argument to an output file.',
  56                                 '# Mock a utility with the tested syntax.',
  57                                 '#     clicommand.sh "some words" -i inputfile -o outputfile',
  58                                 'echo $1 | cat $3 - > $5\n']))
  59         os.chmod(scriptname, stat.S_IRWXU)
  60
  61         line1 = 'first line'
  62         filewriter1 = gmx.commandline_operation(scriptname,
  63                                                 arguments=[line1],
  64                                                 input_files={'-i': os.devnull},
  65                                                 output_files={'-o': file1})
  66
  67         line2 = 'second line'
  68         filewriter2 = gmx.commandline_operation(scriptname,
  69                                                 arguments=[line2],
  70                                                 input_files={'-i': filewriter1.output.file['-o']},
  71                                                 output_files={'-o': file2})
  72
  73         filewriter2.run()
  74         # Check that the files have the expected lines
  75         with open(file1, 'r') as fh:
  76             lines = [text.rstrip() for text in fh]
  77         assert len(lines) == 1
  78         assert lines[0] == line1
  79         with open(file2, 'r') as fh:
  80             lines = [text.rstrip() for text in fh]
  81         assert len(lines) == 2
  82         assert lines[0] == line1
  83         assert lines[1] == line2