python_packaging/src/test/test_mdrun.py

   1 #
   2 # This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3 #
   4 # Copyright (c) 2019, by the GROMACS development team, led by
   5 # Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6 # and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7 # top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8 #
   9 # GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10 # modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11 # as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12 # of the License, or (at your option) any later version.
  13 #
  14 # GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17 # Lesser General Public License for more details.
  18 #
  19 # You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 # License along with GROMACS; if not, see
  21 # http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22 # Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23 #
  24 # If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25 # consider that scientific software is very special. Version
  26 # control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27 # consider code for inclusion in the official distribution, but
  28 # derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29 # in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30 # official version at http://www.gromacs.org.
  31 #
  32 # To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33 # the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34
  35 """Test gromacs.mdrun operation.
  36
  37 Factory produces deferred execution operation.
  38
  39 TODO: Factory expects input for conformation, topology, simulation parameters, simulation state.
  40
  41 TODO: Factory accepts additional keyword input to indicate binding
  42  to the "potential" interface.
  43 """
  44
  45 import logging
  46 import os
  47 import pytest
  48
  49 # Configure the `logging` module before and non-built-in packages start to use it.
  50 logging.getLogger().setLevel(logging.DEBUG)
  51 # create console handler
  52 ch = logging.StreamHandler()
  53 ch.setLevel(logging.DEBUG)
  54 # create formatter and add it to the handler
  55 formatter = logging.Formatter('%(asctime)s:%(name)s:%(levelname)s: %(message)s')
  56 ch.setFormatter(formatter)
  57 # add the handlers to the logger
  58 logging.getLogger().addHandler(ch)
  59
  60 from gmxapi import _gmxapi
  61
  62 from pytesthelpers import withmpi_only
  63
  64 @pytest.mark.usefixtures('cleandir')
  65 def test_run_from_tpr(spc_water_box):
  66     assert os.path.exists(spc_water_box)
  67     filename = os.path.abspath(spc_water_box)
  68     system = _gmxapi.from_tpr(filename)
  69     context = _gmxapi.Context()
  70     md = system.launch(context)
  71     md.run()