python_packaging/src/test/conftest.py

   1 #
   2 # This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3 #
   4 # Copyright (c) 2019, by the GROMACS development team, led by
   5 # Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6 # and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7 # top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8 #
   9 # GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10 # modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11 # as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12 # of the License, or (at your option) any later version.
  13 #
  14 # GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17 # Lesser General Public License for more details.
  18 #
  19 # You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 # License along with GROMACS; if not, see
  21 # http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22 # Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23 #
  24 # If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25 # consider that scientific software is very special. Version
  26 # control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27 # consider code for inclusion in the official distribution, but
  28 # derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29 # in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30 # official version at http://www.gromacs.org.
  31 #
  32 # To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33 # the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34
  35 """Configuration and fixtures for pytest."""
  36
  37 import json
  38 import logging
  39 import os
  40 import shutil
  41 import tempfile
  42
  43 import pytest
  44
  45
  46
  47 @pytest.fixture()
  48 def cleandir():
  49     """Provide a clean temporary working directory for a test.
  50
  51     Example usage:
  52
  53         import os
  54         import pytest
  55
  56         @pytest.mark.usefixtures("cleandir")
  57         def test_cwd_starts_empty():
  58             assert os.listdir(os.getcwd()) == []
  59             with open("myfile", "w") as f:
  60                 f.write("hello")
  61
  62         def test_cwd_also_starts_empty(cleandir):
  63             assert os.listdir(os.getcwd()) == []
  64             assert os.path.abspath(os.getcwd()) == os.path.abspath(cleandir)
  65             with open("myfile", "w") as f:
  66                 f.write("hello")
  67
  68         @pytest.mark.usefixtures("cleandir")
  69         class TestDirectoryInit(object):
  70             def test_cwd_starts_empty(self):
  71                 assert os.listdir(os.getcwd()) == []
  72                 with open("myfile", "w") as f:
  73                     f.write("hello")
  74
  75             def test_cwd_also_starts_empty(self):
  76                 assert os.listdir(os.getcwd()) == []
  77                 with open("myfile", "w") as f:
  78                     f.write("hello")
  79
  80     Ref: https://docs.pytest.org/en/latest/fixture.html#using-fixtures-from-classes-modules-or-projects
  81     """
  82     oldpath = os.getcwd()
  83     newpath = tempfile.mkdtemp()
  84     os.chdir(newpath)
  85     yield newpath
  86     os.chdir(oldpath)
  87     # TODO: Allow override to prevent removal of the temporary directory
  88     shutil.rmtree(newpath)
  89
  90
  91 @pytest.fixture(scope='session')
  92 def gmxcli():
  93     # TODO: (#2896) Find a more canonical way to identify the GROMACS commandline wrapper binary.
  94     #  We should be able to get the GMXRC contents and related hints from a gmxapi
  95     #  package resource or from module attributes of a ``gromacs`` stub package.
  96     command = shutil.which('gmx')
  97     if command is None:
  98         gmxbindir = os.getenv('GMXBIN')
  99         if gmxbindir is None:
 100             gromacsdir = os.getenv('GROMACS_DIR')
 101             if gromacsdir is not None and gromacsdir != '':
 102                 gmxbindir = os.path.join(gromacsdir, 'bin')
 103         if gmxbindir is None:
 104             gmxapidir = os.getenv('gmxapi_DIR')
 105             if gmxapidir is not None and gmxapidir != '':
 106                 gmxbindir = os.path.join(gmxapidir, 'bin')
 107         if gmxbindir is not None:
 108             gmxbindir = os.path.abspath(gmxbindir)
 109             command = shutil.which('gmx', path=gmxbindir)
 110         else:
 111             message = "Tests need 'gmx' command line tool, but could not find it on the path."
 112             raise RuntimeError(message)
 113     if command is None:
 114         message = "Tests need 'gmx' command line tool, but could not find it on the path."
 115         raise RuntimeError(message)
 116     try:
 117         assert os.access(command, os.X_OK)
 118     except Exception as E:
 119         raise RuntimeError('"{}" is not an executable gmx wrapper program') from E
 120     yield command
 121
 122
 123 @pytest.fixture(scope='class')
 124 def spc216(gmxcli):
 125     """Provide a TPR input file for a simple simulation.
 126
 127     Prepare the MD input in a freshly created working directory.
 128     """
 129     import gmxapi as gmx
 130
 131     # TODO: (#2896) Fetch MD input from package / library data.
 132     # Example:
 133     #     import pkg_resources
 134     #     # Note: importing pkg_resources means setuptools is required for running this test.
 135     #     # Get or build TPR file from data bundled via setup(package_data=...)
 136     #     # Ref https://setuptools.readthedocs.io/en/latest/setuptools.html#including-data-files
 137     #     from gmx.data import tprfilename
 138
 139     tempdir = tempfile.mkdtemp()
 140
 141     testdir = os.path.dirname(__file__)
 142     with open(os.path.join(testdir, 'testdata.json'), 'r') as fh:
 143         testdata = json.load(fh)
 144
 145     # TODO: (#2756) Don't rely on so many automagical behaviors (as described in comments below)
 146
 147     structurefile = os.path.join(tempdir, 'structure.gro')
 148     # We let `gmx solvate` use the default solvent. Otherwise, we would do
 149     #     gro_input = testdata['solvent_structure']
 150     #     with open(structurefile, 'w') as fh:
 151     #         fh.write('\n'.join(gro_input))
 152     #         fh.write('\n')
 153
 154     topfile = os.path.join(tempdir, 'topology.top')
 155     top_input = testdata['solvent_topology']
 156     # `gmx solvate` will append a line to the provided file with the molecule count,
 157     # so we strip the last line from the input topology.
 158     with open(topfile, 'w') as fh:
 159         fh.write('\n'.join(top_input[:-1]))
 160         fh.write('\n')
 161
 162     solvate = gmx.commandline_operation(gmxcli,
 163                                         arguments=['solvate', '-box', '5', '5', '5'],
 164                                         # We use the default solvent instead of specifying one.
 165                                         # input_files={'-cs': structurefile},
 166                                         output_files={'-p': topfile,
 167                                                       '-o': structurefile,
 168                                                       }
 169                                         )
 170     assert solvate.output.returncode.result() == 0
 171
 172     mdp_input = [('integrator', 'md'),
 173                  ('cutoff-scheme', 'Verlet'),
 174                  ('nsteps', 1000),
 175                  ('nstxout', 100),
 176                  ('nstvout', 100),
 177                  ('nstfout', 100),
 178                  ('tcoupl', 'v-rescale'),
 179                  ('tc-grps', 'System'),
 180                  ('tau-t', 1),
 181                  ('ref-t', 298)]
 182     mdp_input = '\n'.join([' = '.join([str(item) for item in kvpair]) for kvpair in mdp_input])
 183     mdpfile = os.path.join(tempdir, 'md.mdp')
 184     with open(mdpfile, 'w') as fh:
 185         fh.write('\n'.join(mdp_input))
 186         fh.write('\n')
 187     tprfile = os.path.join(tempdir, 'topol.tpr')
 188     # We don't use mdout_mdp, but if we don't specify it to grompp,
 189     # it will be created in the current working directory.
 190     mdout_mdp = os.path.join(tempdir, 'mdout.mdp')
 191
 192     grompp = gmx.commandline_operation(gmxcli, 'grompp',
 193                                        input_files={
 194                                            '-f': mdpfile,
 195                                            '-p': solvate.output.file['-p'],
 196                                            '-c': solvate.output.file['-o'],
 197                                            '-po': mdout_mdp,
 198                                        },
 199                                        output_files={'-o': tprfile})
 200     tprfilename = grompp.output.file['-o'].result()
 201     if grompp.output.returncode.result() != 0:
 202         logging.debug(grompp.output.erroroutput.result())
 203         raise RuntimeError('grompp failed in spc216 testing fixture.')
 204
 205     # TODO: more inspection of grompp errors...
 206     assert os.path.exists(tprfilename)
 207     yield tprfilename
 208
 209     # Clean up.
 210     # Note: these lines are not executed (and tempdir is not removed) if there
 211     # are exceptions before `yield`
 212     # TODO: Allow override to prevent removal of the temporary directory
 213     shutil.rmtree(tempdir)