python_packaging/sample_restraint/tests/test_binding.py

   1 # The myplugin module must be locatable by Python.
   2 # If you configured CMake in the build directory ``/path/to/repo/build`` then,
   3 # assuming you are in ``/path/to/repo``, run the tests with something like
   4 #     PYTHONPATH=./cmake-build-debug/src/pythonmodule mpiexec -n 2 python -m mpi4py -m pytest tests/
   5
   6 # This test is not currently run automatically in any way. Build the module, point your PYTHONPATH at it,
   7 # and run pytest in the tests directory.
   8
   9 import logging
  10 import os
  11
  12 import gmxapi as gmx
  13 from gmxapi.simulation.context import ParallelArrayContext
  14 from gmxapi.simulation.workflow import WorkElement, from_tpr
  15 from gmxapi import version as gmx_version
  16 import pytest
  17 from tests.conftest import withmpi_only
  18
  19 logging.getLogger().setLevel(logging.DEBUG)
  20 # create console handler
  21 ch = logging.StreamHandler()
  22 ch.setLevel(logging.DEBUG)
  23 # create formatter and add it to the handler
  24 formatter = logging.Formatter('%(asctime)s:%(name)s:%(levelname)s: %(message)s')
  25 ch.setFormatter(formatter)
  26 # add the handlers to the logger
  27 logging.getLogger().addHandler(ch)
  28
  29 logger = logging.getLogger()
  30
  31
  32 def test_import():
  33     import myplugin
  34     assert myplugin
  35
  36
  37 @pytest.mark.usefixtures("cleandir")
  38 def test_ensemble_potential_nompi(tpr_filename):
  39     """Test ensemble potential without an ensemble.
  40     """
  41     print("Testing plugin potential with input file {}".format(os.path.abspath(tpr_filename)))
  42
  43     assert gmx.version.api_is_at_least(0, 0, 5)
  44     md = from_tpr([tpr_filename], append_output=False)
  45
  46     # Create a WorkElement for the potential
  47     params = {'sites': [1, 4],
  48               'nbins': 10,
  49               'binWidth': 0.1,
  50               'min_dist': 0.,
  51               'max_dist': 10.,
  52               'experimental': [1.] * 10,
  53               'nsamples': 1,
  54               'sample_period': 0.001,
  55               'nwindows': 4,
  56               'k': 10000.,
  57               'sigma': 1.}
  58     potential = WorkElement(namespace="myplugin",
  59                             operation="ensemble_restraint",
  60                             params=params)
  61     # Note that we could flexibly capture accessor methods as workflow elements, too. Maybe we can
  62     # hide the extra Python bindings by letting myplugin.HarmonicRestraint automatically convert
  63     # to a WorkElement when add_dependency is called on it.
  64     potential.name = "ensemble_restraint"
  65     md.add_dependency(potential)
  66
  67     context = ParallelArrayContext(md)
  68
  69     with context as session:
  70         session.run()
  71
  72
  73 @withmpi_only
  74 @pytest.mark.usefixtures("cleandir")
  75 def test_ensemble_potential_withmpi(tpr_filename):
  76     import os
  77
  78     from mpi4py import MPI
  79     rank = MPI.COMM_WORLD.Get_rank()
  80
  81     rank_dir = os.path.join(os.getcwd(), str(rank))
  82     os.mkdir(rank_dir)
  83
  84     logger.info("Testing plugin potential with input file {}".format(os.path.abspath(tpr_filename)))
  85
  86     assert gmx_version.api_is_at_least(0, 0, 5)
  87     md = from_tpr([tpr_filename, tpr_filename], append_output=False)
  88
  89     # Create a WorkElement for the potential
  90     params = {'sites': [1, 4],
  91               'nbins': 10,
  92               'binWidth': 0.1,
  93               'min_dist': 0.,
  94               'max_dist': 10.,
  95               'experimental': [0.5] * 10,
  96               'nsamples': 1,
  97               'sample_period': 0.001,
  98               'nwindows': 4,
  99               'k': 10000.,
 100               'sigma': 1.}
 101
 102     potential = WorkElement(namespace="myplugin",
 103                             operation="ensemble_restraint",
 104                             params=params)
 105     # Note that we could flexibly capture accessor methods as workflow elements, too. Maybe we can
 106     # hide the extra Python bindings by letting myplugin.HarmonicRestraint automatically convert
 107     # to a WorkElement when add_dependency is called on it.
 108     potential.name = "ensemble_restraint"
 109     md.add_dependency(potential)
 110
 111     context = ParallelArrayContext(md)
 112     with context as session:
 113         session.run()