python_packaging/sample_restraint/tests/conftest.py

   1 #
   2 # This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3 #
   4 # Copyright (c) 2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   5 # Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6 # and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7 # top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8 #
   9 # GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10 # modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11 # as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12 # of the License, or (at your option) any later version.
  13 #
  14 # GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17 # Lesser General Public License for more details.
  18 #
  19 # You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 # License along with GROMACS; if not, see
  21 # http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22 # Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23 #
  24 # If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25 # consider that scientific software is very special. Version
  26 # control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27 # consider code for inclusion in the official distribution, but
  28 # derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29 # in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30 # official version at http://www.gromacs.org.
  31 #
  32 # To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33 # the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34
  35 """Configuration and fixtures for pytest."""
  36
  37 import json
  38 import logging
  39 import os
  40
  41 import pytest
  42
  43 pytest_plugins = ('gmxapi.testsupport',)
  44
  45
  46 @pytest.fixture(scope='class')
  47 def spc_water_box(gmxcli, remove_tempdir):
  48     """Provide a TPR input file for a simple simulation.
  49
  50     Prepare the MD input in a freshly created working directory.
  51     """
  52     import gmxapi as gmx
  53     # TODO: Remove this import when the the spc_water_box fixture is migrated to gmxapi.testsupport
  54     from gmxapi.testsupport import _cleandir
  55
  56     # TODO: (#2896) Fetch MD input from package / library data.
  57     # Example:
  58     #     import pkg_resources
  59     #     # Note: importing pkg_resources means setuptools is required for running this test.
  60     #     # Get or build TPR file from data bundled via setup(package_data=...)
  61     #     # Ref https://setuptools.readthedocs.io/en/latest/setuptools.html#including-data-files
  62     #     from gmx.data import tprfilename
  63
  64     with _cleandir(remove_tempdir) as tempdir:
  65
  66         testdir = os.path.dirname(__file__)
  67         with open(os.path.join(testdir, 'testdata.json'), 'r') as fh:
  68             testdata = json.load(fh)
  69
  70         # TODO: (#2756) Don't rely on so many automagical behaviors (as described in comments below)
  71
  72         structurefile = os.path.join(tempdir, 'structure.gro')
  73         # We let `gmx solvate` use the default solvent. Otherwise, we would do
  74         #     gro_input = testdata['solvent_structure']
  75         #     with open(structurefile, 'w') as fh:
  76         #         fh.write('\n'.join(gro_input))
  77         #         fh.write('\n')
  78
  79         topfile = os.path.join(tempdir, 'topology.top')
  80         top_input = testdata['solvent_topology']
  81         # `gmx solvate` will append a line to the provided file with the molecule count,
  82         # so we strip the last line from the input topology.
  83         with open(topfile, 'w') as fh:
  84             fh.write('\n'.join(top_input[:-1]))
  85             fh.write('\n')
  86
  87         assert os.path.exists(topfile)
  88         solvate = gmx.commandline_operation(gmxcli,
  89                                             arguments=['solvate', '-box', '5', '5', '5'],
  90                                             # We use the default solvent instead of specifying one.
  91                                             # input_files={'-cs': structurefile},
  92                                             output_files={'-p': topfile,
  93                                                           '-o': structurefile,
  94                                                           }
  95                                             )
  96         assert os.path.exists(topfile)
  97
  98         if solvate.output.returncode.result() != 0:
  99             logging.debug(solvate.output.stderr.result())
 100             raise RuntimeError('solvate failed in spc_water_box testing fixture.')
 101
 102         # Choose an exactly representable dt of 2^-9 ps (approximately 0.002)
 103         dt = 2.**-9.
 104         mdp_input = [('integrator', 'md'),
 105                      ('dt', dt),
 106                      ('cutoff-scheme', 'Verlet'),
 107                      ('nsteps', 2),
 108                      ('nstxout', 1),
 109                      ('nstvout', 1),
 110                      ('nstfout', 1),
 111                      ('tcoupl', 'v-rescale'),
 112                      ('tc-grps', 'System'),
 113                      ('tau-t', 1),
 114                      ('ref-t', 298)]
 115         mdp_input = '\n'.join([' = '.join([str(item) for item in kvpair]) for kvpair in mdp_input])
 116         mdpfile = os.path.join(tempdir, 'md.mdp')
 117         with open(mdpfile, 'w') as fh:
 118             fh.write(mdp_input)
 119             fh.write('\n')
 120         tprfile = os.path.join(tempdir, 'topol.tpr')
 121         # We don't use mdout_mdp, but if we don't specify it to grompp,
 122         # it will be created in the current working directory.
 123         mdout_mdp = os.path.join(tempdir, 'mdout.mdp')
 124
 125         grompp = gmx.commandline_operation(gmxcli, 'grompp',
 126                                            input_files={
 127                                                '-f': mdpfile,
 128                                                '-p': solvate.output.file['-p'],
 129                                                '-c': solvate.output.file['-o'],
 130                                                '-po': mdout_mdp,
 131                                            },
 132                                            output_files={'-o': tprfile})
 133         tprfilename = grompp.output.file['-o'].result()
 134         if grompp.output.returncode.result() != 0:
 135             logging.debug(grompp.output.stderr.result())
 136             raise RuntimeError('grompp failed in spc_water_box testing fixture.')
 137
 138         # TODO: more inspection of grompp errors...
 139         assert os.path.exists(tprfilename)
 140         yield tprfilename