python_packaging/docker/ci.dockerfile

   1 # Provide an easy-to-reproduce environment in which to test full Python functionality.
   2
   3 # Run with default command or specify one of the scripts to be executed through the entrypoint.
   4 #
   5 #    docker run --rm -ti gmxapi/ci-mpich:fr1 integrationtest
   6 #
   7 # Building:
   8 #
   9 # Requires Docker 17.05 or higher.
  10 #
  11 # Note to maintainers:
  12 # Build from the GROMACS image at the current fork point. Tag with the feature
  13 # name or the current revision.
  14 #
  15 #    FORKPOINT=$(git show -s --pretty=format:"%h" `git merge-base gerrit_master HEAD`)
  16 #    REF=`git show -s --pretty=format:"%h"`
  17 #    # or
  18 #    REF="fr1"
  19 #    docker build -t gmxapi/ci-mpich:${REF} --build-arg REF=${FORKPOINT} -f ci.dockerfile ..
  20 #
  21
  22 #
  23 # Use gromacs installation from gmxapi/gromacs image
  24 #
  25
  26 ARG REF=latest
  27 FROM gmxapi/gromacs-mpich:$REF as gromacs
  28 # This intermediate is necessary because the COPY command does not support syntax like the following:
  29 #COPY --from=gmxapi/gromacs:$REF /usr/local/gromacs /usr/local/gromacs
  30
  31 FROM gmxapi/gromacs-dependencies-mpich
  32
  33 RUN apt-get update && \
  34     apt-get -yq --no-install-suggests --no-install-recommends install \
  35         python3 \
  36         python3-dev \
  37         python3-venv && \
  38     rm -rf /var/lib/apt/lists/*
  39
  40 # TODO: Use non-system Python installations for explicit version coverage.
  41 # Consider pyenv for generic management of Python environment.
  42
  43 ENV CMAKE_ROOT /usr/local/cmake
  44 ENV PATH $CMAKE_ROOT/bin:$PATH
  45
  46 RUN groupadd -r testing && useradd -m -s /bin/bash -g testing testing
  47
  48 USER testing
  49
  50 ENV VENV /home/testing/venv
  51 RUN python3 -m venv $VENV
  52 RUN . $VENV/bin/activate && \
  53     pip install --no-cache-dir --upgrade pip setuptools
  54
  55 ADD --chown=testing:testing requirements-*.txt /home/testing/gmxapi/
  56
  57 RUN . $VENV/bin/activate && \
  58     pip install --no-cache-dir -r /home/testing/gmxapi/requirements-test.txt
  59
  60 COPY --from=gromacs $CMAKE_ROOT $CMAKE_ROOT
  61 COPY --from=gromacs /usr/local/gromacs /usr/local/gromacs
  62
  63 ADD --chown=testing:testing src /home/testing/gmxapi/src
  64 ADD --chown=testing:testing src/gmxapi /home/testing/gmxapi/src/gmxapi
  65
  66 # We use "--no-cache-dir" to reduce Docker image size. The other pip flags are
  67 # to eliminate network access and speed up the build, since we already know we
  68 # have installed the dependencies.
  69 RUN . $VENV/bin/activate && \
  70     (cd $HOME/gmxapi/src && \
  71      GMXTOOLCHAINDIR=/usr/local/gromacs/share/cmake/gromacs \
  72       pip install --no-cache-dir --no-deps --no-index --no-build-isolation . \
  73     )
  74
  75 ADD --chown=testing:testing src/test /home/testing/gmxapi/test
  76 ADD scripts /docker_entry_points
  77 ADD --chown=testing:testing test /home/testing/test
  78
  79 ADD --chown=testing:testing sample_restraint /home/testing/sample_restraint
  80
  81 # TODO: (#3027) Get googletest sources locally.
  82 RUN . $VENV/bin/activate && \
  83     . /usr/local/gromacs/bin/GMXRC && \
  84     (cd $HOME/sample_restraint && \
  85      mkdir build && \
  86      cd build && \
  87      cmake .. \
  88              -DDOWNLOAD_GOOGLETEST=ON \
  89              -DGMXAPI_EXTENSION_DOWNLOAD_PYBIND=ON && \
  90      make -j4 && \
  91      make test && \
  92      make install \
  93     )
  94
  95 # TODO: this can be in the root user section above once it is stable
  96 COPY docker/entrypoint.sh /
  97
  98 ENTRYPOINT ["/entrypoint.sh"]
  99 CMD ["run_full"]
 100
 101
 102 # MPI tests can be run in this container without requiring MPI on the host.
 103 # (We suggest running your docker engine with multiple CPU cores allocated.)
 104 #     docker run --rm -t gmxapi/ci:${REF} /home/testing/scripts/run_full_mpi.sh
 105 # We should also try tests with an MPI-connected set of docker containers.
 106
 107 # To be able to step through with gdb, run with something like the following, replacing
 108 # 'imagename' with the name of the docker image built with this recipe.
 109 # docker run --rm -ti --security-opt seccomp=unconfined imagename bash