manual/programs.tex

   1 %
   2 % This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3 %
   4 % Copyright (c) 2013, by the GROMACS development team, led by
   5 % Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6 % and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7 % top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8 %
   9 % GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10 % modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11 % as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12 % of the License, or (at your option) any later version.
  13 %
  14 % GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15 % but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 % MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17 % Lesser General Public License for more details.
  18 %
  19 % You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 % License along with GROMACS; if not, see
  21 % http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22 % Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23 %
  24 % If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25 % consider that scientific software is very special. Version
  26 % control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27 % consider code for inclusion in the official distribution, but
  28 % derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29 % in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30 % official version at http://www.gromacs.org.
  31 %
  32 % To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33 % the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34
  35 \chapter{Run parameters and Programs}
  36 \label{ch:programs}
  37
  38 \section{On-line and HTML manuals}
  39 \index{online manual}
  40 \index{html manual}
  41 % TODO Check that these statements and default file locations are
  42 % current when the help-writing module has stabilized
  43 All the information in this chapter can also be found in HTML
  44 format in your {\gromacs} data directory. The path depends on
  45 where your files are installed, but the default location is
  46 {\tt /usr/local/gromacs/share/gromacs/html/online.html}.
  47 If you installed from Linux packages it can typically be found as
  48 {\tt /usr/share/gromacs/html/online.html}.
  49 You can also use the online manual from the {\gromacs} web site,
  50 \url{http://manual.gromacs.org/current}.
  51
  52 In addition, we install standard UNIX man pages for all the programs. If
  53 you have sourced the {\tt GMXRC} script in the {\gromacs} binary directory for
  54 your host they should already be present in your {\tt MANPATH} environment variable, and you
  55 should be able to type {\eg} {\tt man gmx-grompp}. You can also use
  56 the {\tt -h} flag on the command line (e.g. {\tt gmx grompp -h}) to
  57 see the same information, as well as {\tt gmx help grompp}.
  58 The list of all programs are available from {\tt gmx help}.
  59
  60 \section{File types\swapindexquiet{file}{type}}
  61 \label{sec:fileformats}
  62 \tabref{form} lists the file types used by {\gromacs} along with
  63 a short description, and you can find a more detail description for
  64 each file in your HTML reference, or in our online version.
  65
  66 {\gromacs} files written in \normindex{XDR} format can be read on any
  67 architecture with {\gromacs} version 1.6 or later if the configuration
  68 script found the XDR libraries on your system. They should always be
  69 present on UNIX since they are necessary for NFS support.
  70
  71 \input{files}
  72
  73 \section{Run Parameters\swapindexquiet{run}{parameter}}
  74 \input{mdp_opt}
  75
  76 % LocalWords:  online html GMXRC MANPATH grompp xdr NFS