man/man7/gromacs.7.cmakein

   1 .\" Automatically generated by Pod::Man v1.37, Pod::Parser v1.14
   2 .\" (and then reused elsewhere, since this isn't a perl package)
   3 .\"
   4 .\" Standard preamble:
   5 .\" ========================================================================
   6 .de Sh \" Subsection heading
   7 .br
   8 .if t .Sp
   9 .ne 5
  10 .PP
  11 \fB\\$1\fR
  12 .PP
  13 ..
  14 .de Sp \" Vertical space (when we can't use .PP)
  15 .if t .sp .5v
  16 .if n .sp
  17 ..
  18 .de Vb \" Begin verbatim text
  19 .ft CW
  20 .nf
  21 .ne \\$1
  22 ..
  23 .de Ve \" End verbatim text
  24 .ft R
  25 .fi
  26 ..
  27 .\" Set up some character translations and predefined strings.  \*(-- will
  28 .\" give an unbreakable dash, \*(PI will give pi, \*(L" will give a left
  29 .\" double quote, and \*(R" will give a right double quote.  | will give a
  30 .\" real vertical bar.  \*(C+ will give a nicer C++.  Capital omega is used to
  31 .\" do unbreakable dashes and therefore won't be available.  \*(C` and \*(C'
  32 .\" expand to `' in nroff, nothing in troff, for use with C<>.
  33 .tr \(*W-|\(bv\*(Tr
  34 .ds C+ C\v'-.1v'\h'-1p'\s-2+\h'-1p'+\s0\v'.1v'\h'-1p'
  35 .ie n \{\
  36 .    ds -- \(*W-
  37 .    ds PI pi
  38 .    if (\n(.H=4u)&(1m=24u) .ds -- \(*W\h'-12u'\(*W\h'-12u'-\" diablo 10 pitch
  39 .    if (\n(.H=4u)&(1m=20u) .ds -- \(*W\h'-12u'\(*W\h'-8u'-\"  diablo 12 pitch
  40 .    ds L" ""
  41 .    ds R" ""
  42 .    ds C` ""
  43 .    ds C' ""
  44 'br\}
  45 .el\{\
  46 .    ds -- \|\(em\|
  47 .    ds PI \(*p
  48 .    ds L" ``
  49 .    ds R" ''
  50 'br\}
  51 .\"
  52 .\" If the F register is turned on, we'll generate index entries on stderr for
  53 .\" titles (.TH), headers (.SH), subsections (.Sh), items (.Ip), and index
  54 .\" entries marked with X<> in POD.  Of course, you'll have to process the
  55 .\" output yourself in some meaningful fashion.
  56 .if \nF \{\
  57 .    de IX
  58 .    tm Index:\\$1\t\\n%\t"\\$2"
  59 ..
  60 .    nr % 0
  61 .    rr F
  62 .\}
  63 .\"
  64 .\" For nroff, turn off justification.  Always turn off hyphenation; it makes
  65 .\" way too many mistakes in technical documents.
  66 .hy 0
  67 .if n .na
  68 .\"
  69 .\" Accent mark definitions (@(#)ms.acc 1.5 88/02/08 SMI; from UCB 4.2).
  70 .\" Fear.  Run.  Save yourself.  No user-serviceable parts.
  71 .    \" fudge factors for nroff and troff
  72 .if n \{\
  73 .    ds #H 0
  74 .    ds #V .8m
  75 .    ds #F .3m
  76 .    ds #[ \f1
  77 .    ds #] \fP
  78 .\}
  79 .if t \{\
  80 .    ds #H ((1u-(\\\\n(.fu%2u))*.13m)
  81 .    ds #V .6m
  82 .    ds #F 0
  83 .    ds #[ \&
  84 .    ds #] \&
  85 .\}
  86 .    \" simple accents for nroff and troff
  87 .if n \{\
  88 .    ds ' \&
  89 .    ds ` \&
  90 .    ds ^ \&
  91 .    ds , \&
  92 .    ds ~ ~
  93 .    ds /
  94 .\}
  95 .if t \{\
  96 .    ds ' \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10-\*(#H)'\'\h"|\\n:u"
  97 .    ds ` \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10-\*(#H)'\`\h'|\\n:u'
  98 .    ds ^ \\k:\h'-(\\n(.wu*10/11-\*(#H)'^\h'|\\n:u'
  99 .    ds , \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10)',\h'|\\n:u'
 100 .    ds ~ \\k:\h'-(\\n(.wu-\*(#H-.1m)'~\h'|\\n:u'
 101 .    ds / \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10-\*(#H)'\z\(sl\h'|\\n:u'
 102 .\}
 103 .    \" troff and (daisy-wheel) nroff accents
 104 .ds : \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10-\*(#H+.1m+\*(#F)'\v'-\*(#V'\z.\h'.2m+\*(#F'.\h'|\\n:u'\v'\*(#V'
 105 .ds 8 \h'\*(#H'\(*b\h'-\*(#H'
 106 .ds o \\k:\h'-(\\n(.wu+\w'\(de'u-\*(#H)/2u'\v'-.3n'\*(#[\z\(de\v'.3n'\h'|\\n:u'\*(#]
 107 .ds d- \h'\*(#H'\(pd\h'-\w'~'u'\v'-.25m'\f2\(hy\fP\v'.25m'\h'-\*(#H'
 108 .ds D- D\\k:\h'-\w'D'u'\v'-.11m'\z\(hy\v'.11m'\h'|\\n:u'
 109 .ds th \*(#[\v'.3m'\s+1I\s-1\v'-.3m'\h'-(\w'I'u*2/3)'\s-1o\s+1\*(#]
 110 .ds Th \*(#[\s+2I\s-2\h'-\w'I'u*3/5'\v'-.3m'o\v'.3m'\*(#]
 111 .ds ae a\h'-(\w'a'u*4/10)'e
 112 .ds Ae A\h'-(\w'A'u*4/10)'E
 113 .    \" corrections for vroff
 114 .if v .ds ~ \\k:\h'-(\\n(.wu*9/10-\*(#H)'\s-2\u~\d\s+2\h'|\\n:u'
 115 .if v .ds ^ \\k:\h'-(\\n(.wu*10/11-\*(#H)'\v'-.4m'^\v'.4m'\h'|\\n:u'
 116 .    \" for low resolution devices (crt and lpr)
 117 .if \n(.H>23 .if \n(.V>19 \
 118 \{\
 119 .    ds : e
 120 .    ds 8 ss
 121 .    ds o a
 122 .    ds d- d\h'-1'\(ga
 123 .    ds D- D\h'-1'\(hy
 124 .    ds th \o'bp'
 125 .    ds Th \o'LP'
 126 .    ds ae ae
 127 .    ds Ae AE
 128 .\}
 129 .rm #[ #] #H #V #F C
 130 .\" ========================================================================
 131 .\"
 132 .IX Title "GROMACS 7"
 133 .TH GROMACS 7 "${TODAYS_DATE}" "gromacs" "GROMACS suite, Version ${PROJECT_VERSION}"
 134 .SH "NAME"
 135 gromacs \- molecular dynamics simulation suite
 136 .SH "DESCRIPTION"
 137 .B GROMACS
 138 (the Groningen Machine for Chemical Simulations) is a full-featured
 139 suite of programs to perform molecular dynamics simulations - in other
 140 words, to simulate the behavior of systems with hundreds to millions
 141 of particles, using Newtonian equations of motion.  It is primarily
 142 used for research on proteins, lipids, and polymers, but can be applied
 143 to a wide variety of chemical and biological research questions.
 144 .SH "SYNOPSIS"
 145 .IX Header "SYNOPSIS"
 146 .PP
 147 The following commands make up the GROMACS suite.  Please refer to their
 148 individual man pages for further details.
 149 ${PROGMANPAGES}
 150 .PP
 151 .SH "ADDITIONAL DOCUMENTATION"
 152 .IX Header "ADDITIONAL DOCUMENTATION"
 153 Consult the manual at <\fIhttp://www.gromacs.org/content/view/27/42/\fR> for an
 154 introduction to molecular dynamics in general and GROMACS in particular,
 155 as well as an overview of the individual programs.
 156 .PP
 157 The shorter HTML reference and GROMACS FAQ are available in \fB/usr/share/doc/gromacs/html/\fR .
 158 .PP
 159 Tutorial files and other miscellaneous references are stored in \fB/usr/share/gromacs/\fR .
 160 .SH "REFERENCES"
 161 .IX Header "REFERENCES"
 162 The development of GROMACS is mainly funded by academic research grants.
 163 To help us fund development, the authors humbly ask that you cite the GROMACS papers:
 164 .PP
 165 H.J.C. Berendsen, D. van der Spoel and R. van Drunen.  \fBGROMACS: A message-passing
 166 parallel molecular dynamics implementation\fR.  Comp. Phys. Comm. \fI91\fR, 43-56 (1995)
 167 .PP
 168 Erik Lindahl, Berk Hess and David van der Spoel.  \fBGROMACS 3.0: A package for
 169 molecular simulation and trajectory analysis\fR.  J. Mol. Mod. \fI7\fR, 306-317 (2001)
 170 .PP
 171 B. Hess, C. Kutzner, D. van der Spoel, and E. Lindahl.  \fBGROMACS 4: Algorithms for
 172 Highly Efficient, Load-Balanced, and Scalable Molecular Simulation\fR.  J. Chem. Theory
 173 Comput. \fI4\fR, 3, 435-447 (2008), <\fIhttp://dx.doi.org/10.1021/ct700301q\fR>
 174 .SH "AUTHORS"
 175 .IX Header "AUTHORS"
 176 Current developers:
 177 .PP
 178 David van der Spoel <spoel@gromacs.org>
 179 .br
 180 Berk Hess <hess@gromacs.org>
 181 .br
 182 Erik Lindahl <lindahl@gromacs.org>
 183 .PP
 184 A full list of present and former contributors
 185 is available at <http://www.gromacs.org>
 186 .PP
 187 This manual page is largely based on the GROMACS online reference, and was
 188 prepared in this format by Nicholas Breen <nbreen@ofb.net>.
 189 .SH "BUGS"
 190 .IX Header "BUGS"
 191 GROMACS has no major known bugs, but be warned that it stresses your CPU more
 192 than most software.  Systems with slightly flaky hardware may prove unreliable
 193 while running heavy-duty simulations.  If at all possible, please try to
 194 reproduce bugs on another machine before reporting them.