man/man7/gromacs.7

   1 .\" Automatically generated by Pod::Man v1.37, Pod::Parser v1.14
   2 .\" (and then reused elsewhere, since this isn't a perl package)
   3 .\"
   4 .\" Standard preamble:
   5 .\" ========================================================================
   6 .de Sh \" Subsection heading
   7 .br
   8 .if t .Sp
   9 .ne 5
  10 .PP
  11 \fB\\$1\fR
  12 .PP
  13 ..
  14 .de Sp \" Vertical space (when we can't use .PP)
  15 .if t .sp .5v
  16 .if n .sp
  17 ..
  18 .de Vb \" Begin verbatim text
  19 .ft CW
  20 .nf
  21 .ne \\$1
  22 ..
  23 .de Ve \" End verbatim text
  24 .ft R
  25 .fi
  26 ..
  27 .\" Set up some character translations and predefined strings.  \*(-- will
  28 .\" give an unbreakable dash, \*(PI will give pi, \*(L" will give a left
  29 .\" double quote, and \*(R" will give a right double quote.  | will give a
  30 .\" real vertical bar.  \*(C+ will give a nicer C++.  Capital omega is used to
  31 .\" do unbreakable dashes and therefore won't be available.  \*(C` and \*(C'
  32 .\" expand to `' in nroff, nothing in troff, for use with C<>.
  33 .tr \(*W-|\(bv\*(Tr
  34 .ds C+ C\v'-.1v'\h'-1p'\s-2+\h'-1p'+\s0\v'.1v'\h'-1p'
  35 .ie n \{\
  36 .    ds -- \(*W-
  37 .    ds PI pi
  38 .    if (\n(.H=4u)&(1m=24u) .ds -- \(*W\h'-12u'\(*W\h'-12u'-\" diablo 10 pitch
  39 .    if (\n(.H=4u)&(1m=20u) .ds -- \(*W\h'-12u'\(*W\h'-8u'-\"  diablo 12 pitch
  40 .    ds L" ""
  41 .    ds R" ""
  42 .    ds C` ""
  43 .    ds C' ""
  44 'br\}
  45 .el\{\
  46 .    ds -- \|\(em\|
  47 .    ds PI \(*p
  48 .    ds L" ``
  49 .    ds R" ''
  50 'br\}
  51 .\"
  52 .\" If the F register is turned on, we'll generate index entries on stderr for
  53 .\" titles (.TH), headers (.SH), subsections (.Sh), items (.Ip), and index
  54 .\" entries marked with X<> in POD.  Of course, you'll have to process the
  55 .\" output yourself in some meaningful fashion.
  56 .if \nF \{\
  57 .    de IX
  58 .    tm Index:\\$1\t\\n%\t"\\$2"
  59 ..
  60 .    nr % 0
  61 .    rr F
  62 .\}
  63 .\"
  64 .\" For nroff, turn off justification.  Always turn off hyphenation; it makes
  65 .\" way too many mistakes in technical documents.
  66 .hy 0
  67 .if n .na
  68 .\"
  69 .\" Accent mark definitions (@(#)ms.acc 1.5 88/02/08 SMI; from UCB 4.2).
  70 .\" Fear.  Run.  Save yourself.  No user-serviceable parts.
  71 .    \" fudge factors for nroff and troff
  72 .if n \{\
  73 .    ds #H 0
  74 .    ds #V .8m
  75 .    ds #F .3m
  76 .    ds #[ \f1
  77 .    ds #] \fP
  78 .\}
  79 .if t \{\
  80 .    ds #H ((1u-(\\\\n(.fu%2u))*.13m)
  81 .    ds #V .6m
  82 .    ds #F 0
  83 .    ds #[ \&
  84 .    ds #] \&
  85 .\}
  86 .    \" simple accents for nroff and troff
  87 .if n \{\
  88 .    ds ' \&
  89 .    ds ` \&
  90 .    ds ^ \&
  91 .    ds , \&
  92 .    ds ~ ~
  93 .    ds /
  94 .\}
  95 .if t \{\
  96 .    ds ' \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10-\*(#H)'\'\h"|\\n:u"
  97 .    ds ` \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10-\*(#H)'\`\h'|\\n:u'
  98 .    ds ^ \\k:\h'-(\\n(.wu*10/11-\*(#H)'^\h'|\\n:u'
  99 .    ds , \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10)',\h'|\\n:u'
 100 .    ds ~ \\k:\h'-(\\n(.wu-\*(#H-.1m)'~\h'|\\n:u'
 101 .    ds / \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10-\*(#H)'\z\(sl\h'|\\n:u'
 102 .\}
 103 .    \" troff and (daisy-wheel) nroff accents
 104 .ds : \\k:\h'-(\\n(.wu*8/10-\*(#H+.1m+\*(#F)'\v'-\*(#V'\z.\h'.2m+\*(#F'.\h'|\\n:u'\v'\*(#V'
 105 .ds 8 \h'\*(#H'\(*b\h'-\*(#H'
 106 .ds o \\k:\h'-(\\n(.wu+\w'\(de'u-\*(#H)/2u'\v'-.3n'\*(#[\z\(de\v'.3n'\h'|\\n:u'\*(#]
 107 .ds d- \h'\*(#H'\(pd\h'-\w'~'u'\v'-.25m'\f2\(hy\fP\v'.25m'\h'-\*(#H'
 108 .ds D- D\\k:\h'-\w'D'u'\v'-.11m'\z\(hy\v'.11m'\h'|\\n:u'
 109 .ds th \*(#[\v'.3m'\s+1I\s-1\v'-.3m'\h'-(\w'I'u*2/3)'\s-1o\s+1\*(#]
 110 .ds Th \*(#[\s+2I\s-2\h'-\w'I'u*3/5'\v'-.3m'o\v'.3m'\*(#]
 111 .ds ae a\h'-(\w'a'u*4/10)'e
 112 .ds Ae A\h'-(\w'A'u*4/10)'E
 113 .    \" corrections for vroff
 114 .if v .ds ~ \\k:\h'-(\\n(.wu*9/10-\*(#H)'\s-2\u~\d\s+2\h'|\\n:u'
 115 .if v .ds ^ \\k:\h'-(\\n(.wu*10/11-\*(#H)'\v'-.4m'^\v'.4m'\h'|\\n:u'
 116 .    \" for low resolution devices (crt and lpr)
 117 .if \n(.H>23 .if \n(.V>19 \
 118 \{\
 119 .    ds : e
 120 .    ds 8 ss
 121 .    ds o a
 122 .    ds d- d\h'-1'\(ga
 123 .    ds D- D\h'-1'\(hy
 124 .    ds th \o'bp'
 125 .    ds Th \o'LP'
 126 .    ds ae ae
 127 .    ds Ae AE
 128 .\}
 129 .rm #[ #] #H #V #F C
 130 .\" ========================================================================
 131 .\"
 132 .IX Title "GROMACS 7"
 133 .TH GROMACS 7 "2008-10-12" "gromacs" "GROMACS suite, Version 4.0"
 134 .SH "NAME"
 135 gromacs \- molecular dynamics simulation suite
 136 .SH "DESCRIPTION"
 137 .B GROMACS
 138 (the Groningen Machine for Chemical Simulations) is a full-featured
 139 suite of programs to perform molecular dynamics simulations - in other
 140 words, to simulate the behavior of systems with hundreds to millions
 141 of particles, using Newtonian equations of motion.  It is primarily
 142 used for research on proteins, lipids, and polymers, but can be applied
 143 to a wide variety of chemical and biological research questions.
 144 .SH "SYNOPSIS"
 145 .IX Header "SYNOPSIS"
 146 .PP
 147 The following commands make up the GROMACS suite.  Please refer to their
 148 individual man pages for further details.
 149 .Sh "Generating topologies and coordinates"
 150 .IX Subsection "Generating topologies and coordinates"
 151 .Vb 7
 152 \&  pdb2gmx     converts pdb files to topology and coordinate files
 153 \&  g_x2top     generates a primitive topology from coordinates
 154 \&  editconf    edits the box and writes subgroups
 155 \&  genbox      solvates a system
 156 \&  genion      generates mono atomic ions on energetically favorable positions
 157 \&  genconf     multiplies a conformation in 'random' orientations
 158 \&  g_protonate protonates structures
 159 .Ve
 160 .Sh "Running a simulation"
 161 .IX Subsection "Running a simulation"
 162 .Vb 4
 163 \&  grompp      makes a run input file
 164 \&  tpbconv     makes a run input file for restarting a crashed run
 165 \&  mdrun       performs a simulation, do a normal mode analysis or an energy minimization
 166 \&  mdrun_mpi   performs a sim across multiple CPUs or systems
 167 .Ve
 168 .Sh "Viewing trajectories"
 169 .IX Subsection "Viewing trajectories"
 170 .Vb 3
 171 \&  ngmx        displays a trajectory
 172 \&  g_highway   X Window System gadget for highway simulations
 173 \&  g_nmtraj    generate a virtual trajectory from an eigenvector
 174 .Ve
 175 .Sh "Processing energies"
 176 .IX Subsection "Processing energies"
 177 .Vb 3
 178 \&  g_energy    writes energies to xvg files and displays averages
 179 \&  g_enemat    extracts an energy matrix from an energy file
 180 \&  mdrun       with \-rerun (re)calculates energies for trajectory frames
 181 .Ve
 182 .Sh "Converting files"
 183 .IX Subsection "Converting files"
 184 .Vb 6
 185 \&  editconf    converts and manipulates structure files
 186 \&  trjconv     converts and manipulates trajectory files
 187 \&  trjcat      concatenates trajectory files
 188 \&  eneconv     converts energy files
 189 \&  xpm2ps      converts XPM matrices to encapsulated postscript (or XPM)
 190 \&  g_sigeps    convert c6/12 or c6/cn combinations to and from sigma/epsilon
 191 .Ve
 192 .Sh "Tools"
 193 .IX Subsection "Tools"
 194 .Vb 18
 195 \&  make_ndx    makes index files
 196 \&  mk_angndx   generates index files for g_angle
 197 \&  gmxcheck    checks and compares files
 198 \&  gmxdump     makes binary files human readable
 199 \&  g_traj      plots x, v and f of selected atoms/groups (and more) from a trajectory
 200 \&  g_analyze   analyzes data sets
 201 \&  trjorder    orders molecules according to their distance to a group
 202 \&  g_filter    frequency filters trajectories, useful for making smooth movies
 203 \&  g_lie       free energy estimate from linear combinations
 204 \&  g_dyndom    interpolate and extrapolate structure rotations
 205 \&  g_morph     linear interpolation of conformations
 206 \&  g_wham      weighted histogram analysis after umbrella sampling
 207 \&  xpm2ps      convert XPM (XPixelMap) file to postscript
 208 \&  g_sham      read/write xmgr and xvgr data sets
 209 \&  g_spatial   calculates the spatial distribution function (more control than g_sdf)
 210 \&  g_sdf       calculates the spatial distribution function (faster than g_spatial)
 211 \&  g_select    selects groups of atoms based on flexible textual selections
 212 \&  g_tune_pme  time mdrun as a function of PME nodes to optimize settings
 213 .Ve
 214 .Sh "Distances between structures"
 215 .IX Subsection "Distances between structures"
 216 .Vb 4
 217 \&  g_rms       calculates rmsd's with a reference structure and rmsd matrices
 218 \&  g_confrms   fits two structures and calculates the rmsd
 219 \&  g_cluster   clusters structures
 220 \&  g_rmsf      calculates atomic fluctuations
 221 .Ve
 222 .Sh "Distances in structures over time"
 223 .IX Subsection "Distances in structures over time"
 224 .Vb 6
 225 \&  g_mindist   calculates the minimum distance between two groups
 226 \&  g_dist      calculates the distances between the centers of mass of two groups
 227 \&  g_bond      calculates distances between atoms
 228 \&  g_mdmat     calculates residue contact maps
 229 \&  g_polystat  calculates static properties of polymers
 230 \&  g_rmsdist   calculates atom pair distances averaged with power \-2, \-3 or \-6
 231 .Ve
 232 .Sh "Mass distribution properties over time"
 233 .IX Subsection "Mass distribution properties over time"
 234 .Vb 8
 235 \&  g_traj      plots x, v, f, box, temperature and rotational energy
 236 \&  g_gyrate    calculates the radius of gyration
 237 \&  g_msd       calculates mean square displacements
 238 \&  g_polystat  calculates static properties of polymers
 239 \&  g_rotacf    calculates the rotational correlation function for molecules
 240 \&  g_rdf       calculates radial distribution functions
 241 \&  g_rotmat    plots the rotation matrix for fitting to a reference structure
 242 \&  g_vanhove   calculates Van Hove displacement functions
 243 .Ve
 244 .Sh "Analyzing bonded interactions"
 245 .IX Subsection "Analyzing bonded interactions"
 246 .Vb 4
 247 \&  g_bond      calculates bond length distributions
 248 \&  mk_angndx   generates index files for g_angle
 249 \&  g_angle     calculates distributions and correlations for angles and dihedrals
 250 \&  g_dih       analyzes dihedral transitions
 251 .Ve
 252 .Sh "Structural properties"
 253 .IX Subsection "Structural properties"
 254 .Vb 14
 255 \&  g_hbond     computes and analyzes hydrogen bonds
 256 \&  g_saltbr    computes salt bridges
 257 \&  g_sas       computes solvent accessible surface area
 258 \&  g_order     computes the order parameter per atom for carbon tails
 259 \&  g_principal calculates axes of inertia for a group of atoms
 260 \&  g_rdf       calculates radial distribution functions
 261 \&  g_sdf       calculates solvent distribution functions
 262 \&  g_sgangle   computes the angle and distance between two groups
 263 \&  g_sorient   analyzes solvent orientation around solutes
 264 \&  g_spol      analyzes solvent dipole orientation and polarization around solutes
 265 \&  g_bundle    analyzes bundles of axes, e.g. helices
 266 \&  g_disre     analyzes distance restraints
 267 \&  g_clustsize calculate size distributions of atomic clusters
 268 \&  g_anadock   cluster structures from Autodock runs
 269 .Ve
 270 .Sh "Kinetic properties"
 271 .IX Subsection "Kinetic properties"
 272 .Vb 8
 273 \&  g_traj      plots x, v, f, box, temperature and rotational energy
 274 \&  g_velacc    calculates velocity autocorrelation functions
 275 \&  g_tcaf      calculates viscosities of liquids
 276 \&  g_kinetics  calculate kinetic rate constants (experimental)
 277 \&  g_bar       calculates free energy difference estimates through Bennett's acceptance ratio
 278 \&  g_current   calculate current autocorrelation function of system
 279 \&  g_vanhove   compute Van Hove correlation function
 280 \&  g_principal calculate principal axes of inertion for a group of atoms
 281 .Ve
 282 .Sh "Electrostatic properties"
 283 .IX Subsection "Electrostatic properties"
 284 .Vb 6
 285 \&  genion       generates mono atomic ions on energetically favorable positions
 286 \&  g_potential  calculates the electrostatic potential across the box
 287 \&  g_dipoles    computes the total dipole plus fluctuations
 288 \&  g_dielectric calculates frequency dependent dielectric constants
 289 \&  g_current    calculate current autocorrelation function of system
 290 \&  g_spol       analyze dipoles around a solute
 291 .Ve
 292 .Sh "Protein specific analysis"
 293 .IX Subsection "Protein specific analysis"
 294 .Vb 7
 295 \&  do_dssp       assigns secondary structure and calculates solvent accessible surface area
 296 \&  g_chi         calculates everything you want to know about chi and other dihedrals
 297 \&  g_helix       calculates everything you want to know about helices
 298 \&  g_helixorient calculate coordinates/directions of alpha-helix components
 299 \&  g_rama        computes Ramachandran plots
 300 \&  g_xrama       shows animated Ramachandran plots
 301 \&  wheel         plots helical wheels
 302 .Ve
 303 .Sh "Interfaces"
 304 .IX Subsection "Interfaces"
 305 .Vb 6
 306 \&  g_potential calculates the electrostatic potential across the box
 307 \&  g_density   calculates the density of the system
 308 \&  g_order     computes the order parameter per atom for carbon tails
 309 \&  g_h2order   computes the orientation of water molecules
 310 \&  g_bundle    analyzes bundles of axes, e.g. transmembrane helices
 311 \&  g_membed    embeds a protein into a lipid bilayer
 312 .Ve
 313 .Sh "Covariance analysis"
 314 .IX Subsection "Covariance analysis"
 315 .Vb 3
 316 \&  g_covar     calculates and diagonalizes the covariance matrix
 317 \&  g_anaeig    analyzes the eigenvectors
 318 \&  make_edi    generate essential-dynamics input file from g_covar output
 319 .Ve
 320 .Sh "Normal modes"
 321 .IX Subsection "Normal modes"
 322 .Vb 7
 323 \&  grompp      makes a run input file
 324 \&  mdrun       finds a potential energy minimum
 325 \&  mdrun       calculates the Hessian
 326 \&  g_nmeig     diagonalizes the Hessian
 327 \&  make_edi    generates essential-dynamics input file from g_nmeig analysis
 328 \&  g_anaeig    analyzes the normal modes
 329 \&  g_nmens     generates an ensemble of structures from the normal modes
 330 .Ve
 331 .PP
 332 .SH "ADDITIONAL DOCUMENTATION"
 333 .IX Header "ADDITIONAL DOCUMENTATION"
 334 Consult the manual at <\fIhttp://www.gromacs.org/content/view/27/42/\fR> for an
 335 introduction to molecular dynamics in general and GROMACS in particular,
 336 as well as an overview of the individual programs.
 337 .PP
 338 The shorter HTML reference and GROMACS FAQ are available in \fB/usr/share/doc/gromacs/html/\fR .
 339 .PP
 340 Tutorial files and other miscellaneous references are stored in \fB/usr/share/gromacs/\fR .
 341 .SH "REFERENCES"
 342 .IX Header "REFERENCES"
 343 The development of GROMACS is mainly funded by academic research grants.
 344 To help us fund development, the authors humbly ask that you cite the GROMACS papers:
 345 .PP
 346 H.J.C. Berendsen, D. van der Spoel and R. van Drunen.  \fBGROMACS: A message-passing
 347 parallel molecular dynamics implementation\fR.  Comp. Phys. Comm. \fI91\fR, 43-56 (1995)
 348 .PP
 349 Erik Lindahl, Berk Hess and David van der Spoel.  \fBGROMACS 3.0: A package for
 350 molecular simulation and trajectory analysis\fR.  J. Mol. Mod. \fI7\fR, 306-317 (2001)
 351 .PP
 352 B. Hess, C. Kutzner, D. van der Spoel, and E. Lindahl.  \fBGROMACS 4: Algorithms for
 353 Highly Efficient, Load-Balanced, and Scalable Molecular Simulation\fR.  J. Chem. Theory
 354 Comput. \fI4\fR, 3, 435-447 (2008), <\fIhttp://dx.doi.org/10.1021/ct700301q\fR>
 355 .SH "AUTHORS"
 356 .IX Header "AUTHORS"
 357 Current developers:
 358 .PP
 359 David van der Spoel <spoel@gromacs.org>
 360 .br
 361 Berk Hess <hess@gromacs.org>
 362 .br
 363 Erik Lindahl <lindahl@gromacs.org>
 364 .PP
 365 A full list of present and former contributors
 366 is available at <http://www.gromacs.org>
 367 .PP
 368 This manual page is largely based on the GROMACS online reference, and was
 369 prepared in this format by Nicholas Breen <nbreen@ofb.net>.
 370 .SH "BUGS"
 371 .IX Header "BUGS"
 372 GROMACS has no major known bugs, but be warned that it stresses your CPU more
 373 than most software.  Systems with slightly flaky hardware may prove unreliable
 374 while running heavy-duty simulations.  If at all possible, please try to
 375 reproduce bugs on another machine before reporting them.