man/man1/mk_angndx.1

   1 .TH mk_angndx 1 "Fri 18 Jan 2013" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.6"
   2 .SH NAME
   3 mk_angndx - generates index files for g_angle
   4
   5 .B VERSION 4.5.6
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3mk_angndx\fP
   8 .BI "\-s" " topol.tpr "
   9 .BI "\-n" " angle.ndx "
  10 .BI "\-[no]h" ""
  11 .BI "\-[no]version" ""
  12 .BI "\-nice" " int "
  13 .BI "\-type" " enum "
  14 .BI "\-[no]hyd" ""
  15 .BI "\-hq" " real "
  16 .SH DESCRIPTION
  17 \&\fB mk_angndx\fR makes an index file for calculation of
  18 \&angle distributions etc. It uses a run input file (\fB .tpx\fR) for the
  19 \&definitions of the angles, dihedrals etc.
  20 .SH FILES
  21 .BI "\-s" " topol.tpr"
  22 .B Input
  23  Run input file: tpr tpb tpa
  24
  25 .BI "\-n" " angle.ndx"
  26 .B Output
  27  Index file
  28
  29 .SH OTHER OPTIONS
  30 .BI "\-[no]h"  "no    "
  31  Print help info and quit
  32
  33 .BI "\-[no]version"  "no    "
  34  Print version info and quit
  35
  36 .BI "\-nice"  " int" " 0"
  37  Set the nicelevel
  38
  39 .BI "\-type"  " enum" " angle"
  40  Type of angle: \fB angle\fR, \fB dihedral\fR, \fB improper\fR or \fB ryckaert\-bellemans\fR
  41
  42 .BI "\-[no]hyd"  "yes   "
  43  Include angles with atoms with mass  1.5
  44
  45 .BI "\-hq"  " real" " \-1    "
  46  Ignore angles with atoms with mass  1.5 and magnitude of their charge less than this value
  47
  48 .SH SEE ALSO
  49 .BR gromacs(7)
  50
  51 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.