man/man1/make_ndx.1

   1 .TH make_ndx 1 "Fri 18 Jan 2013" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.6"
   2 .SH NAME
   3 make_ndx - makes index files
   4
   5 .B VERSION 4.5.6
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3make_ndx\fP
   8 .BI "\-f" " conf.gro "
   9 .BI "\-n" " index.ndx "
  10 .BI "\-o" " index.ndx "
  11 .BI "\-[no]h" ""
  12 .BI "\-[no]version" ""
  13 .BI "\-nice" " int "
  14 .BI "\-natoms" " int "
  15 .SH DESCRIPTION
  16 \&Index groups are necessary for almost every gromacs program.
  17 \&All these programs can generate default index groups. You ONLY
  18 \&have to use \fB make_ndx\fR when you need SPECIAL index groups.
  19 \&There is a default index group for the whole system, 9 default
  20 \&index groups for proteins, and a default index group
  21 \&is generated for every other residue name.
  22
  23
  24 \&When no index file is supplied, also \fB make_ndx\fR will generate the
  25 \&default groups.
  26 \&With the index editor you can select on atom, residue and chain names
  27 \&and numbers.
  28 \&When a run input file is supplied you can also select on atom type.
  29 \&You can use NOT, AND and OR, you can split groups
  30 \&into chains, residues or atoms. You can delete and rename groups.
  31
  32
  33 \&The atom numbering in the editor and the index file starts at 1.
  34 .SH FILES
  35 .BI "\-f" " conf.gro"
  36 .B Input, Opt.
  37  Structure file: gro g96 pdb tpr etc.
  38
  39 .BI "\-n" " index.ndx"
  40 .B Input, Opt., Mult.
  41  Index file
  42
  43 .BI "\-o" " index.ndx"
  44 .B Output
  45  Index file
  46
  47 .SH OTHER OPTIONS
  48 .BI "\-[no]h"  "no    "
  49  Print help info and quit
  50
  51 .BI "\-[no]version"  "no    "
  52  Print version info and quit
  53
  54 .BI "\-nice"  " int" " 0"
  55  Set the nicelevel
  56
  57 .BI "\-natoms"  " int" " 0"
  58  set number of atoms (default: read from coordinate or index file)
  59
  60 .SH SEE ALSO
  61 .BR gromacs(7)
  62
  63 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.