man/man1/gmxcheck.1

   1 .TH gmxcheck 1 "Mon 4 Apr 2011" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c"
   2 .SH NAME
   3 gmxcheck - checks and compares files
   4
   5 .B VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3gmxcheck\fP
   8 .BI "\-f" " traj.xtc "
   9 .BI "\-f2" " traj.xtc "
  10 .BI "\-s1" " top1.tpr "
  11 .BI "\-s2" " top2.tpr "
  12 .BI "\-c" " topol.tpr "
  13 .BI "\-e" " ener.edr "
  14 .BI "\-e2" " ener2.edr "
  15 .BI "\-n" " index.ndx "
  16 .BI "\-m" " doc.tex "
  17 .BI "\-[no]h" ""
  18 .BI "\-[no]version" ""
  19 .BI "\-nice" " int "
  20 .BI "\-vdwfac" " real "
  21 .BI "\-bonlo" " real "
  22 .BI "\-bonhi" " real "
  23 .BI "\-[no]rmsd" ""
  24 .BI "\-tol" " real "
  25 .BI "\-abstol" " real "
  26 .BI "\-[no]ab" ""
  27 .BI "\-lastener" " string "
  28 .SH DESCRIPTION
  29 \&\fB gmxcheck\fR reads a trajectory (\fB .trj\fR, \fB .trr\fR or
  30 \&\fB .xtc\fR), an energy file (\fB .ene\fR or \fB .edr\fR)
  31 \&or an index file (\fB .ndx\fR)
  32 \&and prints out useful information about them.
  33
  34
  35 \&Option \fB \-c\fR checks for presence of coordinates,
  36 \&velocities and box in the file, for close contacts (smaller than
  37 \&\fB \-vdwfac\fR and not bonded, i.e. not between \fB \-bonlo\fR
  38 \&and \fB \-bonhi\fR, all relative to the sum of both Van der Waals
  39 \&radii) and atoms outside the box (these may occur often and are
  40 \&no problem). If velocities are present, an estimated temperature
  41 \&will be calculated from them.
  42
  43
  44 \&If an index file, is given its contents will be summarized.
  45
  46
  47 \&If both a trajectory and a \fB .tpr\fR file are given (with \fB \-s1\fR)
  48 \&the program will check whether the bond lengths defined in the tpr
  49 \&file are indeed correct in the trajectory. If not you may have
  50 \&non\-matching files due to e.g. deshuffling or due to problems with
  51 \&virtual sites. With these flags, \fB gmxcheck\fR provides a quick check for such problems.
  52
  53
  54 \&The program can compare two run input (\fB .tpr\fR, \fB .tpb\fR or
  55 \&\fB .tpa\fR) files
  56 \&when both \fB \-s1\fR and \fB \-s2\fR are supplied.
  57 \&Similarly a pair of trajectory files can be compared (using the \fB \-f2\fR
  58 \&option), or a pair of energy files (using the \fB \-e2\fR option).
  59
  60
  61 \&For free energy simulations the A and B state topology from one
  62 \&run input file can be compared with options \fB \-s1\fR and \fB \-ab\fR.
  63
  64
  65 \&In case the \fB \-m\fR flag is given a LaTeX file will be written
  66 \&consisting of a rough outline for a methods section for a paper.
  67 .SH FILES
  68 .BI "\-f" " traj.xtc"
  69 .B Input, Opt.
  70  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  71
  72 .BI "\-f2" " traj.xtc"
  73 .B Input, Opt.
  74  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  75
  76 .BI "\-s1" " top1.tpr"
  77 .B Input, Opt.
  78  Run input file: tpr tpb tpa
  79
  80 .BI "\-s2" " top2.tpr"
  81 .B Input, Opt.
  82  Run input file: tpr tpb tpa
  83
  84 .BI "\-c" " topol.tpr"
  85 .B Input, Opt.
  86  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
  87
  88 .BI "\-e" " ener.edr"
  89 .B Input, Opt.
  90  Energy file
  91
  92 .BI "\-e2" " ener2.edr"
  93 .B Input, Opt.
  94  Energy file
  95
  96 .BI "\-n" " index.ndx"
  97 .B Input, Opt.
  98  Index file
  99
 100 .BI "\-m" " doc.tex"
 101 .B Output, Opt.
 102  LaTeX file
 103
 104 .SH OTHER OPTIONS
 105 .BI "\-[no]h"  "no    "
 106  Print help info and quit
 107
 108 .BI "\-[no]version"  "no    "
 109  Print version info and quit
 110
 111 .BI "\-nice"  " int" " 0"
 112  Set the nicelevel
 113
 114 .BI "\-vdwfac"  " real" " 0.8   "
 115  Fraction of sum of VdW radii used as warning cutoff
 116
 117 .BI "\-bonlo"  " real" " 0.4   "
 118  Min. fract. of sum of VdW radii for bonded atoms
 119
 120 .BI "\-bonhi"  " real" " 0.7   "
 121  Max. fract. of sum of VdW radii for bonded atoms
 122
 123 .BI "\-[no]rmsd"  "no    "
 124  Print RMSD for x, v and f
 125
 126 .BI "\-tol"  " real" " 0.001 "
 127  Relative tolerance for comparing real values defined as 2*(a\-b)/(|a|+|b|)
 128
 129 .BI "\-abstol"  " real" " 0.001 "
 130  Absolute tolerance, useful when sums are close to zero.
 131
 132 .BI "\-[no]ab"  "no    "
 133  Compare the A and B topology from one file
 134
 135 .BI "\-lastener"  " string" " "
 136  Last energy term to compare (if not given all are tested). It makes sense to go up until the Pressure.
 137
 138 .SH SEE ALSO
 139 .BR gromacs(7)
 140
 141 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.