man/man1/genrestr.1

   1 .TH genrestr 1 "Fri 18 Jan 2013" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.6"
   2 .SH NAME
   3 genrestr - generates position restraints or distance restraints for index groups
   4
   5 .B VERSION 4.5.6
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3genrestr\fP
   8 .BI "\-f" " conf.gro "
   9 .BI "\-n" " index.ndx "
  10 .BI "\-o" " posre.itp "
  11 .BI "\-of" " freeze.ndx "
  12 .BI "\-[no]h" ""
  13 .BI "\-[no]version" ""
  14 .BI "\-nice" " int "
  15 .BI "\-fc" " vector "
  16 .BI "\-freeze" " real "
  17 .BI "\-[no]disre" ""
  18 .BI "\-disre_dist" " real "
  19 .BI "\-disre_frac" " real "
  20 .BI "\-disre_up2" " real "
  21 .BI "\-cutoff" " real "
  22 .BI "\-[no]constr" ""
  23 .SH DESCRIPTION
  24 \&\fB genrestr\fR produces an include file for a topology containing
  25 \&a list of atom numbers and three force constants for the
  26 \&\fI x\fR\-, \fI y\fR\-, and \fI z\fR\-direction. A single isotropic force constant may
  27 \&be given on the command line instead of three components.
  28
  29
  30 \&WARNING: position restraints only work for the one molecule at a time.
  31 \&Position restraints are interactions within molecules, therefore
  32 \&they should be included within the correct \fB [ moleculetype ]\fR
  33 \&block in the topology. Since the atom numbers in every moleculetype
  34 \&in the topology start at 1 and the numbers in the input file for
  35 \&\fB genrestr\fR number consecutively from 1, \fB genrestr\fR will only
  36 \&produce a useful file for the first molecule.
  37
  38
  39 \&The \fB \-of\fR option produces an index file that can be used for
  40 \&freezing atoms. In this case, the input file must be a \fB .pdb\fR file.
  41
  42
  43 \&With the \fB \-disre\fR option, half a matrix of distance restraints
  44 \&is generated instead of position restraints. With this matrix, that
  45 \&one typically would apply to Calpha atoms in a protein, one can
  46 \&maintain the overall conformation of a protein without tieing it to
  47 \&a specific position (as with position restraints).
  48 .SH FILES
  49 .BI "\-f" " conf.gro"
  50 .B Input
  51  Structure file: gro g96 pdb tpr etc.
  52
  53 .BI "\-n" " index.ndx"
  54 .B Input, Opt.
  55  Index file
  56
  57 .BI "\-o" " posre.itp"
  58 .B Output
  59  Include file for topology
  60
  61 .BI "\-of" " freeze.ndx"
  62 .B Output, Opt.
  63  Index file
  64
  65 .SH OTHER OPTIONS
  66 .BI "\-[no]h"  "no    "
  67  Print help info and quit
  68
  69 .BI "\-[no]version"  "no    "
  70  Print version info and quit
  71
  72 .BI "\-nice"  " int" " 0"
  73  Set the nicelevel
  74
  75 .BI "\-fc"  " vector" " 1000 1000 1000"
  76  Force constants (kJ/mol nm2)
  77
  78 .BI "\-freeze"  " real" " 0     "
  79  If the \fB \-of\fR option or this one is given an index file will be written containing atom numbers of all atoms that have a B\-factor less than the level given here
  80
  81 .BI "\-[no]disre"  "no    "
  82  Generate a distance restraint matrix for all the atoms in index
  83
  84 .BI "\-disre_dist"  " real" " 0.1   "
  85  Distance range around the actual distance for generating distance restraints
  86
  87 .BI "\-disre_frac"  " real" " 0     "
  88  Fraction of distance to be used as interval rather than a fixed distance. If the fraction of the distance that you specify here is less than the distance given in the previous option, that one is used instead.
  89
  90 .BI "\-disre_up2"  " real" " 1     "
  91  Distance between upper bound for distance restraints, and the distance at which the force becomes constant (see manual)
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  93 .BI "\-cutoff"  " real" " \-1    "
  94  Only generate distance restraints for atoms pairs within cutoff (nm)
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  96 .BI "\-[no]constr"  "no    "
  97  Generate a constraint matrix rather than distance restraints. Constraints of type 2 will be generated that do generate exclusions.
  98
  99 .SH SEE ALSO
 100 .BR gromacs(7)
 101
 102 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.