man/man1/genconf.1

   1 .TH genconf 1 "Fri 18 Jan 2013" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.6"
   2 .SH NAME
   3 genconf - multiplies a conformation in 'random' orientations
   4
   5 .B VERSION 4.5.6
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3genconf\fP
   8 .BI "\-f" " conf.gro "
   9 .BI "\-o" " out.gro "
  10 .BI "\-trj" " traj.xtc "
  11 .BI "\-[no]h" ""
  12 .BI "\-[no]version" ""
  13 .BI "\-nice" " int "
  14 .BI "\-nbox" " vector "
  15 .BI "\-dist" " vector "
  16 .BI "\-seed" " int "
  17 .BI "\-[no]rot" ""
  18 .BI "\-[no]shuffle" ""
  19 .BI "\-[no]sort" ""
  20 .BI "\-block" " int "
  21 .BI "\-nmolat" " int "
  22 .BI "\-maxrot" " vector "
  23 .BI "\-[no]renumber" ""
  24 .SH DESCRIPTION
  25 \&\fB genconf\fR multiplies a given coordinate file by simply stacking them
  26 \&on top of each other, like a small child playing with wooden blocks.
  27 \&The program makes a grid of \fI user\-defined\fR
  28 \&proportions (\fB \-nbox\fR),
  29 \&and interspaces the grid point with an extra space \fB \-dist\fR.
  30
  31
  32 \&When option \fB \-rot\fR is used the program does not check for overlap
  33 \&between molecules on grid points. It is recommended to make the box in
  34 \&the input file at least as big as the coordinates +
  35 \&van der Waals radius.
  36
  37
  38 \&If the optional trajectory file is given, conformations are not
  39 \&generated, but read from this file and translated appropriately to
  40 \&build the grid.
  41 .SH FILES
  42 .BI "\-f" " conf.gro"
  43 .B Input
  44  Structure file: gro g96 pdb tpr etc.
  45
  46 .BI "\-o" " out.gro"
  47 .B Output
  48  Structure file: gro g96 pdb etc.
  49
  50 .BI "\-trj" " traj.xtc"
  51 .B Input, Opt.
  52  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  53
  54 .SH OTHER OPTIONS
  55 .BI "\-[no]h"  "no    "
  56  Print help info and quit
  57
  58 .BI "\-[no]version"  "no    "
  59  Print version info and quit
  60
  61 .BI "\-nice"  " int" " 0"
  62  Set the nicelevel
  63
  64 .BI "\-nbox"  " vector" " 1 1 1"
  65  Number of boxes
  66
  67 .BI "\-dist"  " vector" " 0 0 0"
  68  Distance between boxes
  69
  70 .BI "\-seed"  " int" " 0"
  71  Random generator seed, if 0 generated from the time
  72
  73 .BI "\-[no]rot"  "no    "
  74  Randomly rotate conformations
  75
  76 .BI "\-[no]shuffle"  "no    "
  77  Random shuffling of molecules
  78
  79 .BI "\-[no]sort"  "no    "
  80  Sort molecules on X coord
  81
  82 .BI "\-block"  " int" " 1"
  83  Divide the box in blocks on this number of cpus
  84
  85 .BI "\-nmolat"  " int" " 3"
  86  Number of atoms per molecule, assumed to start from 0. If you set this wrong, it will screw up your system!
  87
  88 .BI "\-maxrot"  " vector" " 180 180 180"
  89  Maximum random rotation
  90
  91 .BI "\-[no]renumber"  "yes   "
  92  Renumber residues
  93
  94 .SH KNOWN PROBLEMS
  95 \- The program should allow for random displacement of lattice points.
  96
  97 .SH SEE ALSO
  98 .BR gromacs(7)
  99
 100 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.