man/man1/g_velacc.1

   1 .TH g_velacc 1 "Fri 18 Jan 2013" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.6"
   2 .SH NAME
   3 g_velacc - calculates velocity autocorrelation functions
   4
   5 .B VERSION 4.5.6
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_velacc\fP
   8 .BI "\-f" " traj.trr "
   9 .BI "\-s" " topol.tpr "
  10 .BI "\-n" " index.ndx "
  11 .BI "\-o" " vac.xvg "
  12 .BI "\-[no]h" ""
  13 .BI "\-[no]version" ""
  14 .BI "\-nice" " int "
  15 .BI "\-b" " time "
  16 .BI "\-e" " time "
  17 .BI "\-dt" " time "
  18 .BI "\-[no]w" ""
  19 .BI "\-xvg" " enum "
  20 .BI "\-[no]m" ""
  21 .BI "\-[no]mol" ""
  22 .BI "\-acflen" " int "
  23 .BI "\-[no]normalize" ""
  24 .BI "\-P" " enum "
  25 .BI "\-fitfn" " enum "
  26 .BI "\-ncskip" " int "
  27 .BI "\-beginfit" " real "
  28 .BI "\-endfit" " real "
  29 .SH DESCRIPTION
  30 \&\fB g_velacc\fR computes the velocity autocorrelation function.
  31 \&When the \fB \-m\fR option is used, the momentum autocorrelation
  32 \&function is calculated.
  33
  34
  35 \&With option \fB \-mol\fR the velocity autocorrelation function of
  36 \&molecules is calculated. In this case the index group should consist
  37 \&of molecule numbers instead of atom numbers.
  38
  39
  40 \&Be sure that your trajectory contains frames with velocity information
  41 \&(i.e. \fB nstvout\fR was set in your original \fB .mdp\fR file),
  42 \&and that the time interval between data collection points is
  43 \&much shorter than the time scale of the autocorrelation.
  44 .SH FILES
  45 .BI "\-f" " traj.trr"
  46 .B Input
  47  Full precision trajectory: trr trj cpt
  48
  49 .BI "\-s" " topol.tpr"
  50 .B Input, Opt.
  51  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
  52
  53 .BI "\-n" " index.ndx"
  54 .B Input, Opt.
  55  Index file
  56
  57 .BI "\-o" " vac.xvg"
  58 .B Output
  59  xvgr/xmgr file
  60
  61 .SH OTHER OPTIONS
  62 .BI "\-[no]h"  "no    "
  63  Print help info and quit
  64
  65 .BI "\-[no]version"  "no    "
  66  Print version info and quit
  67
  68 .BI "\-nice"  " int" " 19"
  69  Set the nicelevel
  70
  71 .BI "\-b"  " time" " 0     "
  72  First frame (ps) to read from trajectory
  73
  74 .BI "\-e"  " time" " 0     "
  75  Last frame (ps) to read from trajectory
  76
  77 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
  78  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
  79
  80 .BI "\-[no]w"  "no    "
  81  View output \fB .xvg\fR, \fB .xpm\fR, \fB .eps\fR and \fB .pdb\fR files
  82
  83 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
  84  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
  85
  86 .BI "\-[no]m"  "no    "
  87  Calculate the momentum autocorrelation function
  88
  89 .BI "\-[no]mol"  "no    "
  90  Calculate the velocity acf of molecules
  91
  92 .BI "\-acflen"  " int" " \-1"
  93  Length of the ACF, default is half the number of frames
  94
  95 .BI "\-[no]normalize"  "yes   "
  96  Normalize ACF
  97
  98 .BI "\-P"  " enum" " 0"
  99  Order of Legendre polynomial for ACF (0 indicates none): \fB 0\fR, \fB 1\fR, \fB 2\fR or \fB 3\fR
 100
 101 .BI "\-fitfn"  " enum" " none"
 102  Fit function: \fB none\fR, \fB exp\fR, \fB aexp\fR, \fB exp_exp\fR, \fB vac\fR, \fB exp5\fR, \fB exp7\fR, \fB exp9\fR or \fB erffit\fR
 103
 104 .BI "\-ncskip"  " int" " 0"
 105  Skip this many points in the output file of correlation functions
 106
 107 .BI "\-beginfit"  " real" " 0     "
 108  Time where to begin the exponential fit of the correlation function
 109
 110 .BI "\-endfit"  " real" " \-1    "
 111  Time where to end the exponential fit of the correlation function, \-1 is until the end
 112
 113 .SH SEE ALSO
 114 .BR gromacs(7)
 115
 116 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.