man/man1/g_spol.1

   1 .TH g_spol 1 "Fri 18 Jan 2013" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.6"
   2 .SH NAME
   3 g_spol - analyzes solvent dipole orientation and polarization around solutes
   4
   5 .B VERSION 4.5.6
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_spol\fP
   8 .BI "\-f" " traj.xtc "
   9 .BI "\-s" " topol.tpr "
  10 .BI "\-n" " index.ndx "
  11 .BI "\-o" " scdist.xvg "
  12 .BI "\-[no]h" ""
  13 .BI "\-[no]version" ""
  14 .BI "\-nice" " int "
  15 .BI "\-b" " time "
  16 .BI "\-e" " time "
  17 .BI "\-dt" " time "
  18 .BI "\-[no]w" ""
  19 .BI "\-xvg" " enum "
  20 .BI "\-[no]com" ""
  21 .BI "\-refat" " int "
  22 .BI "\-rmin" " real "
  23 .BI "\-rmax" " real "
  24 .BI "\-dip" " real "
  25 .BI "\-bw" " real "
  26 .SH DESCRIPTION
  27 \&\fB g_spol\fR analyzes dipoles around a solute; it is especially useful
  28 \&for polarizable water. A group of reference atoms, or a center
  29 \&of mass reference (option \fB \-com\fR) and a group of solvent
  30 \&atoms is required. The program splits the group of solvent atoms
  31 \&into molecules. For each solvent molecule the distance to the
  32 \&closest atom in reference group or to the COM is determined.
  33 \&A cumulative distribution of these distances is plotted.
  34 \&For each distance between \fB \-rmin\fR and \fB \-rmax\fR
  35 \&the inner product of the distance vector
  36 \&and the dipole of the solvent molecule is determined.
  37 \&For solvent molecules with net charge (ions), the net charge of the ion
  38 \&is subtracted evenly from all atoms in the selection of each ion.
  39 \&The average of these dipole components is printed.
  40 \&The same is done for the polarization, where the average dipole is
  41 \&subtracted from the instantaneous dipole. The magnitude of the average
  42 \&dipole is set with the option \fB \-dip\fR, the direction is defined
  43 \&by the vector from the first atom in the selected solvent group
  44 \&to the midpoint between the second and the third atom.
  45 .SH FILES
  46 .BI "\-f" " traj.xtc"
  47 .B Input
  48  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  49
  50 .BI "\-s" " topol.tpr"
  51 .B Input
  52  Run input file: tpr tpb tpa
  53
  54 .BI "\-n" " index.ndx"
  55 .B Input, Opt.
  56  Index file
  57
  58 .BI "\-o" " scdist.xvg"
  59 .B Output
  60  xvgr/xmgr file
  61
  62 .SH OTHER OPTIONS
  63 .BI "\-[no]h"  "no    "
  64  Print help info and quit
  65
  66 .BI "\-[no]version"  "no    "
  67  Print version info and quit
  68
  69 .BI "\-nice"  " int" " 19"
  70  Set the nicelevel
  71
  72 .BI "\-b"  " time" " 0     "
  73  First frame (ps) to read from trajectory
  74
  75 .BI "\-e"  " time" " 0     "
  76  Last frame (ps) to read from trajectory
  77
  78 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
  79  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
  80
  81 .BI "\-[no]w"  "no    "
  82  View output \fB .xvg\fR, \fB .xpm\fR, \fB .eps\fR and \fB .pdb\fR files
  83
  84 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
  85  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
  86
  87 .BI "\-[no]com"  "no    "
  88  Use the center of mass as the reference postion
  89
  90 .BI "\-refat"  " int" " 1"
  91  The reference atom of the solvent molecule
  92
  93 .BI "\-rmin"  " real" " 0     "
  94  Maximum distance (nm)
  95
  96 .BI "\-rmax"  " real" " 0.32  "
  97  Maximum distance (nm)
  98
  99 .BI "\-dip"  " real" " 0     "
 100  The average dipole (D)
 101
 102 .BI "\-bw"  " real" " 0.01  "
 103  The bin width
 104
 105 .SH SEE ALSO
 106 .BR gromacs(7)
 107
 108 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.