man/man1/g_rmsf.1

   1 .TH g_rmsf 1 "Mon 4 Apr 2011" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c"
   2 .SH NAME
   3 g_rmsf - calculates atomic fluctuations
   4
   5 .B VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_rmsf\fP
   8 .BI "\-f" " traj.xtc "
   9 .BI "\-s" " topol.tpr "
  10 .BI "\-n" " index.ndx "
  11 .BI "\-q" " eiwit.pdb "
  12 .BI "\-oq" " bfac.pdb "
  13 .BI "\-ox" " xaver.pdb "
  14 .BI "\-o" " rmsf.xvg "
  15 .BI "\-od" " rmsdev.xvg "
  16 .BI "\-oc" " correl.xvg "
  17 .BI "\-dir" " rmsf.log "
  18 .BI "\-[no]h" ""
  19 .BI "\-[no]version" ""
  20 .BI "\-nice" " int "
  21 .BI "\-b" " time "
  22 .BI "\-e" " time "
  23 .BI "\-dt" " time "
  24 .BI "\-[no]w" ""
  25 .BI "\-xvg" " enum "
  26 .BI "\-[no]res" ""
  27 .BI "\-[no]aniso" ""
  28 .BI "\-[no]fit" ""
  29 .SH DESCRIPTION
  30 \&\fB g_rmsf\fR computes the root mean square fluctuation (RMSF, i.e. standard
  31 \&deviation) of atomic positions in the trajectory (supplied with \fB \-f\fR)
  32 \&after (optionally) fitting to a reference frame (supplied with \fB \-s\fR).
  33
  34
  35 \&With option \fB \-oq\fR the RMSF values are converted to B\-factor
  36 \&values, which are written to a \fB .pdb\fR file with the coordinates, of the
  37 \&structure file, or of a \fB .pdb\fR file when \fB \-q\fR is specified.
  38 \&Option \fB \-ox\fR writes the B\-factors to a file with the average
  39 \&coordinates.
  40
  41
  42 \&With the option \fB \-od\fR the root mean square deviation with
  43 \&respect to the reference structure is calculated.
  44
  45
  46 \&With the option \fB \-aniso\fR, \fB g_rmsf\fR will compute anisotropic
  47 \&temperature factors and then it will also output average coordinates
  48 \&and a \fB .pdb\fR file with ANISOU records (corresonding to the \fB \-oq\fR
  49 \&or \fB \-ox\fR option). Please note that the U values
  50 \&are orientation\-dependent, so before comparison with experimental data
  51 \&you should verify that you fit to the experimental coordinates.
  52
  53
  54 \&When a \fB .pdb\fR input file is passed to the program and the \fB \-aniso\fR
  55 \&flag is set
  56 \&a correlation plot of the Uij will be created, if any anisotropic
  57 \&temperature factors are present in the \fB .pdb\fR file.
  58
  59
  60 \&With option \fB \-dir\fR the average MSF (3x3) matrix is diagonalized.
  61 \&This shows the directions in which the atoms fluctuate the most and
  62 \&the least.
  63 .SH FILES
  64 .BI "\-f" " traj.xtc"
  65 .B Input
  66  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  67
  68 .BI "\-s" " topol.tpr"
  69 .B Input
  70  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
  71
  72 .BI "\-n" " index.ndx"
  73 .B Input, Opt.
  74  Index file
  75
  76 .BI "\-q" " eiwit.pdb"
  77 .B Input, Opt.
  78  Protein data bank file
  79
  80 .BI "\-oq" " bfac.pdb"
  81 .B Output, Opt.
  82  Protein data bank file
  83
  84 .BI "\-ox" " xaver.pdb"
  85 .B Output, Opt.
  86  Protein data bank file
  87
  88 .BI "\-o" " rmsf.xvg"
  89 .B Output
  90  xvgr/xmgr file
  91
  92 .BI "\-od" " rmsdev.xvg"
  93 .B Output, Opt.
  94  xvgr/xmgr file
  95
  96 .BI "\-oc" " correl.xvg"
  97 .B Output, Opt.
  98  xvgr/xmgr file
  99
 100 .BI "\-dir" " rmsf.log"
 101 .B Output, Opt.
 102  Log file
 103
 104 .SH OTHER OPTIONS
 105 .BI "\-[no]h"  "no    "
 106  Print help info and quit
 107
 108 .BI "\-[no]version"  "no    "
 109  Print version info and quit
 110
 111 .BI "\-nice"  " int" " 19"
 112  Set the nicelevel
 113
 114 .BI "\-b"  " time" " 0     "
 115  First frame (ps) to read from trajectory
 116
 117 .BI "\-e"  " time" " 0     "
 118  Last frame (ps) to read from trajectory
 119
 120 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
 121  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
 122
 123 .BI "\-[no]w"  "no    "
 124  View output \fB .xvg\fR, \fB .xpm\fR, \fB .eps\fR and \fB .pdb\fR files
 125
 126 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
 127  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
 128
 129 .BI "\-[no]res"  "no    "
 130  Calculate averages for each residue
 131
 132 .BI "\-[no]aniso"  "no    "
 133  Compute anisotropic termperature factors
 134
 135 .BI "\-[no]fit"  "yes   "
 136  Do a least squares superposition before computing RMSF. Without this you must make sure that the reference structure and the trajectory match.
 137
 138 .SH SEE ALSO
 139 .BR gromacs(7)
 140
 141 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.