man/man1/g_protonate.1

   1 .TH g_protonate 1 "Fri 18 Jan 2013" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.6"
   2 .SH NAME
   3 g_protonate - protonates structures
   4
   5 .B VERSION 4.5.6
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_protonate\fP
   8 .BI "\-s" " topol.tpr "
   9 .BI "\-f" " traj.xtc "
  10 .BI "\-n" " index.ndx "
  11 .BI "\-o" " protonated.xtc "
  12 .BI "\-[no]h" ""
  13 .BI "\-[no]version" ""
  14 .BI "\-nice" " int "
  15 .BI "\-b" " time "
  16 .BI "\-e" " time "
  17 .BI "\-dt" " time "
  18 .SH DESCRIPTION
  19 \&\fB g_protonate\fR reads (a) conformation(s) and adds all missing
  20 \&hydrogens as defined in \fB gmx2.ff/aminoacids.hdb\fR. If only \fB \-s\fR is
  21 \&specified, this conformation will be protonated, if also \fB \-f\fR
  22 \&is specified, the conformation(s) will be read from this file,
  23 \&which can be either a single conformation or a trajectory.
  24 \&
  25
  26
  27 \&If a \fB .pdb\fR file is supplied, residue names might not correspond to
  28 \&to the GROMACS naming conventions, in which case these residues will
  29 \&probably not be properly protonated.
  30 \&
  31
  32
  33 \&If an index file is specified, please note that the atom numbers
  34 \&should correspond to the \fB protonated\fR state.
  35 .SH FILES
  36 .BI "\-s" " topol.tpr"
  37 .B Input
  38  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
  39
  40 .BI "\-f" " traj.xtc"
  41 .B Input, Opt.
  42  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  43
  44 .BI "\-n" " index.ndx"
  45 .B Input, Opt.
  46  Index file
  47
  48 .BI "\-o" " protonated.xtc"
  49 .B Output
  50  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb
  51
  52 .SH OTHER OPTIONS
  53 .BI "\-[no]h"  "no    "
  54  Print help info and quit
  55
  56 .BI "\-[no]version"  "no    "
  57  Print version info and quit
  58
  59 .BI "\-nice"  " int" " 0"
  60  Set the nicelevel
  61
  62 .BI "\-b"  " time" " 0     "
  63  First frame (ps) to read from trajectory
  64
  65 .BI "\-e"  " time" " 0     "
  66  Last frame (ps) to read from trajectory
  67
  68 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
  69  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
  70
  71 .SH KNOWN PROBLEMS
  72 \- For the moment, only .pdb files are accepted to the \-s flag
  73
  74 .SH SEE ALSO
  75 .BR gromacs(7)
  76
  77 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.